Procesul B-oxidarii acizilor grasi nesaturati decurge identic cu cel al acizilor grasi saturati pana in vecinatatea dublei legaturi,deoarece

B-oxidarea necesita configuatia trans a dublei legaturi este necesara o reactive de izomerizare cat alizata de o enoil-CoA izomeraza.In plus fiecare dubla legatura necesita o etapa de reducere care consuma NADPH.Cantitatea de ATP rezultata este mai redusa deca t in cazul unui acid gras saturat care contine acelasi numar de atomi de carbon.