Ghid de utilizare a softului de modelare moleculara HyperChem 5

Crearea de mici molecule in 2D si 3D

Se selecteaza elementul chimic (Build > Default Element > C ~ elementul de referinta pentru compusi
organici)

Se selecteza Draw tool (

) (primul din stanga)
Se pozitioneza cursorul pe suprafata grafica, apoi L-click - se aseaza primul atom, L-drag - prima
legatura. Printr-o combinatie de L-click si L-drag se traseaza scheletul de carbon al compusului
(backbone)
L-click pe o legatura o transforma in legatura dubla, apoi tripla
Double-click pe un ciclu il aromatizeaza

Transformarea din 2D in 3D
In meniul Build > Add H & Model Build
Masuratori geometrice
Caracteristicile atomilor
In meniul Select > Atoms
Se alege Select tool (
) (al doilea din stanga)
Se pozitioneza cursorul pe atomul de interes - L-click - in partea inferioara a ferestrei sunt afisate tipul
si coordonatele geometrice ale atomului selectat)
Masurarea distantelor legaturilor
Select > Bonds, apoi L-click pe legatura respectiva
Masurarea unghiurilor
L-drag de la primul la ultimul atom, apoi se elibereaza butonul stang al mouse-ului
Masurarea unghiurilor de torsiune
L-drag de la primul la ultimul atom, apoi se elibereaza butonul stang al mouse-ului
Dupa selectie unghiul de torsiune poate fi constrans la o anumita valoare din Build > Constrain bond
torsion
Masurarea distantelor non-bonded
Select > Multiple selections
R-click pe o zona libera a suprafetei grafice, pentru a deselecta selectia anterioara
L-click consecutiv pe doi atomi neuniti printr-o legatura
Legaturile de hidrogen
R-click pe o zona libera a suprafetei grafice, pentru a deselecta selectia anterioara
In meniul Display > Show Hydrogen Bonds sau Recompute Hydrogen Bonds

Minimizarea energiei sistemului

Alegerea campului de forta: Setup > Mol. Mechanics > Amber > Options:
- distance dependent
Scale factor 1
Electrostatic, Van der Waals scales 0.5
Cutoffs - none
Setup > Select parameter set > Amber 2
Construim cicloxehanul (conformatia "scaun" este implicita - are energie minima)
Compute > Single Point > sunt afisate Energy, Gradient
Compute > Geometry Optimization > se alege algoritmul Polak-Ribiere
Transformarea cicloxehanului din "scaun" in "baie"
Definirea unui plan de reflexie
Select > Multiple selections
Se alege Selection tool

 L-click pe legaturile 1-2 si 4-5 pentru a selecta planul de reflexie

In meniul Select > Name selection: se alege PLANE
Reflectarea unui capat al moleculei
In meniul Display > Show Hydrogens
L-drag pentru a extinde selectia la toti atomii de o parte a planului selectat
Edit > Reflect
Optimizarea structurii
Calculul functiei de densitate de probabilitate a orbitalilor moleculari
Setup > Ab initio > se alege un set de baza, plus celelalte optiuni
Compute > Single point (este utilizat modulul Hyper Gauss)
Dupa efectuarea calculelor, se pot reprezenta grafic diferitele proprietati ale orbitalilor moleculari,
precum densitatea totala de sarcina sau potentialul electrostatic (se selecteza din meniul Compute >
Plot Molecular Properties)
Simularea dinamicii si comportamentului de echilibru
Alegerea structurii initiale
Se incarca unul sau mai multe fisiere de structura (de exemplu in format pdb)
Sarcinile partiale ale atomilor sunt fie predefinite, fie calculate prin mecanica cunatica, fie aproximate
Alegerea campului de forta
Setup > Molecular Mechanics > Amber > Options > OK
Solvatarea structurii
Setup > Periodic box > se seteaza dimensiunile si distanta minima solut - solvent
Optimizarea geometriei
Dinamica moleculara
Compute > Molecular dynamics > se seteza parametrii
Heat time 0.1 ps
Temp step 30 K
Run time 0.5 ps
Step size 0.0005 ps
Data collection period 4
Turn constant temperature off
In timpul simularii se pot reprezenta grafic energia cinetica, potentiala, si energia totala a sistemului
Exista alte doua variante de simulare:
Langevin dynamics - in care se introduce un termen de frictiune si un termen stochastic pentru a
simula coliziunile intermoleculare
Metoda Monte Carlo, in care este explorat spatiul configurational al unui compus prin mutari
individuale, succesive, ale pozitiei unui atom, si recalcularea energiei ansamblului - sunt retinute mutatiile
care duc la minimizarea energiei, insa se introduce si un termen aleator pentru acceptarea mutatiilor care
cresc energia sistemului, pentru a evita "caderea" sistemului intr-un minim local de energie.