Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
Legatura peptidica din peptide si polipeptide prezinta o forma planara in care electronii pi si N se
deplaseaza reciproc pin efect electromer si astfel se obtin structuri cu sarcini intregi despartite, procesul
fiind si reversibil de-a lungul intregului sistem peptidic exista un nor electronic in care electronii sunt
uniformi repartizat intre at de N, C si O, in care apar sarcini electrice partiale despartite, pe at de N
exsta o sarcina pozitiva care nu mai permite acestui atom sa constituie leg de H.
Solubilitatea peptidelor si polipepditidelor in apa si lichide biologice seste dependenta de
componenta in resturile de Aa. In genere structurile cu dmensiuni relativ mici sunt solubile in apa si
lichidele biologice, iar atunci cand peptidele si polipeptidele sunt solubile in apa pot sa apara 2
fenomede:
Salting in
Salting out; in prezenta electrolitilor.
Porcesul Salting in (cresterea solubilitatii) la adaosul unor cantitati si f mici de saruri solutiilor pepd
sau poipep se explica prin faptul ca macromoleculele acestor specii sufera un proces de hidratare in
prezenta apei din sistem. La adaosul unor cantitati mici de saruri(electroliti), ionii electrolitilor se vor
hidrata cu apa din solutie si in urma adsorbtiei pe suprafata moleculei sau macromoleculei vor
determina o crstere a gradului de hidratare a acestora care se materializare prin cresterea solubilitatii
polipeptidelor in solutia data.
Procesul Salting out (precipitarea polipeptidelor in prezenta electrolitilor) se explica prin faptul ca la
adaosul unor cantitati mari si f mari de electroliti, ionii acestora se vor hidrata prin consumul intregii
cantitati de apa din solutie, iar restul de apa necesar va fi luat de pe macromoleculele hidratate. In acest
mod proteinele sufera un proces de precipitare (iesire din sistem) datorita lipsei sau cantitatilor
insuficiente de apa de hidratare.
Activitatea optica este deternmintata de aa constituienti
Absorbanta este determinata de prezenta celor 3 resturi de Aa cu radicali aromatici .
Reactivitatea peptidelor si polipeptidelor este determinata de existenta gruparilor amino terminale si
carboxi terminala existente la capetele structurilor, dar si de existenta radicalilor specifici resturilor de
aa care policondenseaza in vederea obtinerii lantului macromolecular.
Pt evidentierea analitica calitativa si cantitativa se pot utiliza atat procesele de absorbtie in intervalul
260-280 nm de UV apropiat, reactia cu ninhidrina si reactia cu reactivul biuret (CuSO4/NaOH) care
presupune reactie......se constituie complex schelat fotocolorimetrabil, ei absorbind lumina vizibila la
lungimi de unda mici
Evidentierea structurii primare (secventei resturilor aa) a lanturilor peptideice si polipeptidice s
poate realiza si prin alte reactii:
1.Metoda Sanger cu ajutorul careia se evidentiaza numai si numai aa N-terminal in prezenta
fluorodinitrobenzenului. Acesta formeaza cu peptidul (polipeptidul) un dinitro derivat al benzenului
care in urma hidrolizei se obtine alaturi de dinitrobenzen aa N-terminal si toti aa in forma libera
existenti in lantul polipeptidic initial. Dinitrobenzen aminoacidul este colorat in nuante de galben,
dependent de natura aa si astfel aa N-terminal poate fi evidentiat si calitativ si cantitativ.
2.Metoda cu clorura de dansil. Clorura de dansil este un compus care are capacitatea de a absorbi
radiatia din domeniu UV si de a emite radiatii in domeniul vizibil(are caracteristici fluorescente). In
fluorescenta in urma absortiei unei cuante de energie substanta trece din starea fundamentala( E0) in
starea excitata (E*) pe diferite niveluri vibrationale. Dupa absorbtie molecula devine instabila
termodinamic si tinde sa se sabilizeze prin eliberarea unei cantitati de E sub forma de caldura (trece din
starea vibrationala in starea vibrationala minima posibila, V0), iar de pe starea virationala de E minima
a starii excitate compusul emite o radiatie de energie mai mica decat a radiatiei incidente in vederea
trecerii de pe E* pe E0. Si in acest mod subst initial incolora dupa iradiere in domeniul UV va aparea
colorata. In interactia dintre clorura de dansil si peptid (polipeptid) se constituie dasil aminoacidul care
prezinta fluorescenta specifica doar acestui aa. Restul aa din peptid (polipeptid) vor ramane in solutie in
urma hidrolizei in amestec nedefinit.
3.In aprecierea calitativa si cantitativa a tuturor resturilor de aa dintr-un lant peptidic sau polipeptidic se
utilizeaza metoda Edman in care se utilizeaza ca reactant fenilizotiocinatul. Si in acest caz se realizaza
interactia dintre izotiocianat si aa N-terminal cu formarea unui compus final capabil sa absoarba
radiatia dependent de natura aminoacidului legat, restul peptidului (polipeptidului) ramane intact astfel
ca la adaosul urmatoarei de FITC aa N-terminl ramas (initial a fost in poziti2 ,acum in 1) va
intercationa similar cu acest reactiv, samd pana cand toate restrile de aa din lantul polipeptidic au fost
evidentiate analitic.
4.Tehnica cu bromcian. Lanturile macromoleculare polipeptidice in prezenta BrCN se rup in dreptul
tuturor resturilor de metionina si se elimina metilsulfocianul ca produs secundar obtinand la capatul
carboxi-terminal un sistem in care o gr hidraxil se gaseste in pozitie favorabila cu o gr carboxil pt a
dezvolta o reactie de esterificare intern cu formarea unui ester intern numit lactona. In totdeauna
numarul de molie de BrCN consumat in reactia cu lantul polipeptidic este in corelatie cu nr de resturi
metionina din intreaga molecula
PROTEINE
Structura tertiara:
Deoarece majoritatea structurilor polipeptidice poseda partial capacitatea de a satisface legaturile de H
intra sau intermoleculare aceste zone succedandu-se cu alte zone in care nu exista probabilitatea
constituirii leg de H s-a propus urmtorul nivel structural numit structura tertiala. In aceasta ipoteza
zonele din macromolecule cu caracteristici ale aa de a constitui in structuri secundare sutn indreptate
inspre zona centrala a unui globul in timp ce zonele care nu au caracteristica de a constitui structuri
secundare(cu caracteristici hidrofile mi pronuntate) se aranjeaza in acelasi globul inspre exteriorul
acestuia in tontact direct cu apa din lichidele biologice. Globulul rezultat (ghemostatistic) prezinta o
relativa stabilitate termodinamica in raport cu mediul apos si impachetarea macromoleculelor conform
structurii tetiale determina ca acestea sa fie solubile in apa, contrar celor care adopta numai structura
secundara care intotdeauna sunt insolubile in apa si lichide biologice. In constituirea ghemului statistic
macromolecular si in stabilizarea acestuia intervin toate legaturile chimice sau fizice cunoscute.
Prin intermediul structurilor tertiale macromoleculele adopta o conformatie nativa (functionala) de
energie minima si stabilitate maxima pentru conditiile de mediu date.
Orice modificare intervenita la nivelul structurii tertiare (native) determina o modificare sau o
deprimare a functiei proteinei respective pana la pierderea acesteia. Aceste modificari structuri in
interiorul macromoleculei pot fi reversibile sai ireversibile si se numesc procese de denaturare.
Agentii denaturanti s.n. Chaotropici si acestia pot fi: temperatura, pH-ul, acizi si baze tari, solventi
organici, detergentii, sarurile minerale (ionii pozitivi si negatici).
Temperatura este agent chaotropic prin faptul ca prin cresterea acesteia creste agitatia termica si
odata cu aceasta atomii constituenti din macromolecula isi modifica pozitia relativa unii fata de ceilalti.
Teperatura poate afecta ireversibil functia unei proteine daca valoarea acesteia este de peste 50
(grade)C.
Valoarea pH-ului influenteaza gradul de ionizare al gr funcionale .si prin aceasta dispar si apar leg
noi de H, dispar sau apar leg ionice care determina la randul lor modificarea conformatiei, dar si a
configuratiei ghemului statistic.
Acizii si bazele tari pe langa ionizarea sau deionizarea gr funct libere prezente de-a lungul lantului
polipeptidic, influenteaza si capacitatea de constituire a leg de H.
Solventii organici (de regula alcoli, aldehidele sau cetonele) modifica gradul de constituire a leg de
H intramoleculare si prin aceasta modifica conformatia ghemului statistic.
Detergentii fara exceptie sunt molecule amfifile si pot interveni in procesul de denaturare
preponderent prin intermediul zonelor hidrofobe extinse cu care interactioneaza la nivelul resturilor aa
care poseda radicali hidrofobi.
Sarurile (electrolitii) inter vin in procesul de denaturare prin intermediul anionilor sau cationilor care
pot interactiona fie prin adsorbtie la nivelul lantului macromolecular, fie prin constituirea unor leg
ionice care de asemenea destabilizeaza fie conformatia, fie configuratia ghemului statistic.
In stiintele viete exista o serie Hoffmeister caracteristica atat anionilor cai si cationilor implicati in
procesul de denaturare. Se constata astfel ca dintre anionii P si S prezinta cea mai mica capacitate de
denaturare si astfel ei pot fi utilizati preferential in constituirea solutiilor tampon in vitro utilizate in
toate procesele biochimice(sau chimice) in care intervin macromolecule de natura proteice.
Nu se indica utilizarea anionilor de I si sulfo-cianura in procesele biologice deoarece acestea au
capacitate denaturanta f puternica. Similar se utilizeaza cationi cu capacitate slaba denaturanta amoniu,
sodiu, potasiu si respectiv cationi cu capac mare denaturanta Ca, Ba, Al.
Dintre structurile tertiare cele mai studiate este mioglobina care prezinta un singur lant
macromolecular la nivelul caruia este legat prin intermediul ionilor de Fe (Fe 2+) un nucelu hem.
Lantul polipeptidic este de dimensiuni mic aprox 18KDa(18000g/mol). Lantul este de tip beta si
poseda inspre zona centrala a ghemului 8 zone distincte de tip alfa-helix, iar inspre exterior sunt
prezente zonele cu caracteristici mai pronuntat hidrofile. In zona centrala a ghemului statistic
mioglobinic se intalnesc 2 resturi de His distantate in ceea ce priveste structura primara, insa apropiate
in spatiu care sunt implicate direct in constituirea unui complex chelat cu ionii fierosi.
STRUCTURA DOMENIALA
S-a constatat ca anumite macromolecule de natura polipeptidica poseda zone distincte din interiorul
macromoleculei care adopta structuri tertiare individuale si stfel macromolecula este contituita dintr-un
nr mai mare de ghemuri statistice acesta fiind corespunzator zonelor delimitate .in interiorul fiecarei
zone se succed organizarile secundare si tertiare in asa mod incat macromolecul in ansamblul ei poseda
o fc bine definita deter de existenta acestora. Domeniu este o unitate de evolutie care permite
diversificare in ceea ce priveste fc macromoleculei.
Proteinele domeniale pot fi analoage (poseda fc biologice similare) si pot fi omoloage (poseda un
stramos comun ancestral in care exista cel putin un domeniu identic.
Prin combinarea zonelor domniale intre ele la nivelul macromoleculei se realizeaza optimizarea fc
biologice si complexitatea acesteia. Cea mai cunoscuta structura care adopta o struct domeniala este
struct de baza a imunoglobulinelor(anti corpi). Toate imunoglobulinele poseda o struct de baza
constituita din 4 lanturi macromoleculare reunite intre ele prin intermediul unor legaturi disulfusa(SS).
In intreag macromolecula se intalnesc 12 zone distincte numite domenii care prezinta organizarea
proprie tertiara.
STRUCTURA CUATERNARA
Structura cuaternara presupune existenta mai multor lanturi polipeptidice (de regula nr par) in
interactie reciproca pt constituirea unei struct functionale. Componentele structurii functionale
cuaternare (oligomerul) sunt nefunctionale biologic (protomerii), acestia poseda fc numai si numai in
asociere.
Lanturile polipeptidice (protomerii) interactioneaza intre ele prin intermediul fortelor
NECOVALENTE si astfel asocierea lor presupune complementaritate structurala prin intermediul
careia se realizeaza o reglare functionala si specificitate de actiune.
Cel mai cunoscut sistem care adopta structura cuaternara este hemoglobina care are o masa
moleculara de aprox 60KDa. Hemoglobina se gaseste in toare eritrocitele sub forma de structuri
cuaternare la nivelul unui eritrocit existand apro 10^8 structuri hemoglobinice. Structural, hemoglobina
se aseamana cu mioglobina deoarece fiecare lant de tip alfa sau beta (polipeptidic) leaga cate o gr hem
la nivelul careia exista Fe2+ sub forma coordinat (chelatizat). Pt chelatizarea ionului feros din
hemoglobina ca si in mioglobina acesta este coordinat prin intermediul celor 2 resturi de His distala-
proximala prezente in acelasi lant polipeptidic. Deosebirea esentiala dintre mioglo si hemoglo se refera
la fptul ca mioglobina poseda structura tertiara (un singur lant polipeptidic) in timp ce hemoglobina
poseda structura cuaternara constituita din 4 lanturi polipeptidice (2alfa, 2beta) care leaga 4 structuri
hem.Cele 4 structuri polipeptidice globinice se aranjeaza in spatiu in asa fel incat in pozitiile adiacente
sa se gaseasca struct dferite (alfa cu beta; beta cu alfa). Ambele structuri macromolecular(MB sau HB)
au rol in transportul si depozitarea O molecular: MB la nivelul tesuturilor preia O molecular la pres
partial joase ale acestuia si HB se incarca cu O molecular la nivel pulmonar, este circulata rpin
intermediul lichidelor biologice pana la nivelul tesuturilor. Incarcarea cu O molecular a HB necesita
presiuni partiale mari ale O molecular.
Presiunea partiala a unui gaz dintr-un amestec gazos este presiunea pe care ar avea-o gazul daca ar
ocupa intregul volum al amestecului.
Ambele structuri necesita ionul feros numai si numi in stare de oxidre Fe2+, trans acestuia in Fe3+
conduce la obtinerea met-Hb sau met-Mb care sunt nefunctionale(nu sunt transportori ai O molecular).
Hem-ul este o struct de dimensiuni mici constituit din 4 nuclee pirolice legate prin intermediul cate
unui at de C. Dintre cele 4 nuclee pirolice 2 constituie leg covalente cu ionul feros, iar celelalte 2
constituie leg covalent-coordinative cu acelas ion, celelalte 2 coordinatii ale ionului feros fiind
satisfacute de resturile histidinice si respectiv molecula de O daca Mb sau Hb sunt oxidate.
Structura hemica este planara si poseda conjugare continua si din aceasta cauza absoarbe radiatia vis
si apare colorata in rosu.
Variatia gradului de sturare a Mb si a Hb.
Mb are afinitate f mare pt O molecular si astfel la presiuni f mici ale O molecular se incarca cu
acesta (sub 40mmHg) si preste aceasta pres partiala (presiune venoasa) Mb se satureaza cu O molec
(oricat ar creste pres partiala in mediu gradul de saturare ramane acelasi 100%)
Variatia gradului de incarcare a Mb cu O2 molecular este sub forma unei hiperbola echilatera.
Hb spre deosebire de Mb poseda afinitate redusa pr O molecular si din aceasta cauza incarcarea sa cu
acest gaz necesita presiuni partiale ridicate. Daca in apropierea pres partiale de 40mmHg Mb este
satura cu O, Hb la aceeasi valoare este incarcata doar 50-60%. Incarcarea totala a Hb cu O molecular se
realizeaza in apropierea presiunior arteriale (aprox 100mmHg). Variatia gradului de incarcare u O
molecular a Hb in raport cu presiuniea partiala a O molec este sub forma de curba sigmoidala care
presupune existenta ca si in cazul Mb a unei zone de platou (saturare) cnd oricat ar creste pres partiala
din mediu saturarea nu se modifica.
Hb fiind constituita din 4 structuri protomere aflate in interactie reciproca, in absenta O molec se
gaseste intr-o structura tensionata (T) care permite f greu patrunderea moleculei de O inspre zona
centrala a oligomerului in vederea legarii acestuia de ionii ferosi. Odata patrunsa o molecular de O in
struct oligomerului se trece de la configuratia T la R (relaxanta) care permite mai usor patrunderea urm
mol de O in vederea legarii. Urmatorii moli de O molec (3 si 4) patrund patrund mult mai usor decat
primul sau al soilea mol deoarece structura oligomera este deschisa patrunderii acestuia.
Intotdeauna se incarca cu O molec la inceput cele 2 gr hem leate la nivelul lanturilor alfa si apoi se
incarca gr hem legate de structurile beta. Procesul prin care fixarea moleculelor de O se realizeaza la
nivelul oligomerului s.n. proces de cooperativitate. Din aceasta cauza in procesul de transport si
cedarea moleculelor de O tesuturilor de catre Hb oxidata, aceasta nu se va descarca niciodata complet
de O molecular (doar in proportie de 50-60%) si sub aceasta froma de Hb redusa este transportata la
nivel pulmonar prin intermediul sangelui unde se reincarca cu inca 2 moli de O per mol de oligomer in
vederea transportarii sub forma de Hb oxidata catre tesuturi