BRCA 1-alinieri de secvențe

BRCA1 reprezintă o genă umană supresoare tumorală, care este localizată pe brațul lung al
cromozomului 17-17q21 și care se exprimă în țesutul mamar. Aceasta este responsabilă de
rupturile de ADN dublu catenar, controlul ciclului celular și menținerea stabilității genomice.
Sintetizează o proteină de susceptibilitate a cancerului mamar de tip 1, care participă la formarea
unor complexe multiproteice cu diferite proteine adaptoare pentru efectuarea funcțiilor specifice.
Un astfel de complex proteic este complexul BASC (BRCA1 Associated genome Surveillance),
care conţine un număr de proteine care sunt implicate în repararea eficientă a leziunilor ADN.
Atunci când gena este mutată sau modificată astfel încât produsul proteic nu funcționează
correct, deteriorarea AND-ului poate să nu fie corect reparată. Ca rezultat celulele sunt mai
susceptibile de a dezvolta alte modificări genetice care pot duce la cancer. Mutațiile specifice la
BRCA1 măresc riscul de cancer mamar sau ovarian la femei, efectele acestor mutații pot fi
văzute chiar și atunci când a doua copie a genei este normală.
Pentru acest referat am folosit UniProt, care este o este o bază de date accesibilă de secvențe
de proteine și informații funcționale, multe intrări fiind derivate din proiectele de secvențiere a
genomului. Aceasta conține o cantitate mare de informații despre funcția biologică a proteinelor
derivate din literatura de specialitate.(Pundir și colab.,2017).
Am ales să descriu gena BRCA1 din mai multe organisme. Prima descriere se referă la gena
BRCA1 de la om, care are codul UniProt P38398. La om au fost identificate peste 100 de mutații
de susceptibilitate la cancerul mamar sau ovarian în gena BRCA1. Pierderea alelei de tip sălbatic
la 90% din tumorile de la pacienții cu mutații BRCA1 moștenite indică o funcție de suprimare a
tumorii. Incidența scăzută a mutațiilor somatice sugerează că inactivarea BRCA1 în tumorile
sporadice are loc prin mecanisme alternative, cum ar fi ștergerea cromozomilor interstițiali sau
transcripția redusă. Pentru a identifica posibilele caracteristici ale regiunii genomice BRCA1 care
pot contribui la instabilitatea cromozomilor, precum și la elementele de reglementare
transcripționale potențiale, o secvență de ADN 117,143 bp care cuprinde BRCA1 a fost obținută
prin secvențierea aleatorie a patru cosmide identificate dintr-o bibliotecă specifică pentru
cromozomul uman 17.(Smith și colab.,1996).
Cea de a doua descriere are în prim plan gena BRCA1 de la șoarece, care are codul UniProt
P48754. Au fost izolate clonele genomice care conțin BRCA1 ca o primă etapă în generarea unui

1
model de șoarece pentru pierderea funcției acestei gene. O bibliotecă genomică de șoarece a fost
testată folosind sonde corespunzătoare exonului 11 al genei BRCA1 umane. Au fost identificate
două clone de șoarece suprapuse care au fost hibridizate cu exonii umani BRCA1 9-12. Analiza
secvenței de 1,4 kb din regiunea acestor clone care corespunde unei părți din exonul uman 11 a
evidențiat o identitate de acid nucleic de 72%, dar numai o identitate de aminoacizi de 50% cu
gena umană. Cromozomul 17 de sinteză la om a fost confirmat prin cohibridizare cu sonda de
șoarece pentru gena NF1.(Schröck și colab.,1996).
Cea de a treia descriere se referă la gena BRCA1 de la șobolan care are codul UniProt
O54952. A fost clonat un fragment al omologului BRCA1 de șobolan pentru cartografiere și
explorarea funcției sale biologice. Fragmentele de ADN parțiale ale omologului BRCA1 de
șobolan au fost izolate prin RT-PCR. Analiza secvenței a arătat că domeniul degetului RING este
bine conservat în rândul șobolanilor, șoarecelui și omului. Secvențierea parțială a intronului
BRCA1 al șobolanului a relevat un polimorfism al repetării TTTTG a pentanucleotidului între
tulpinile WKY și WF.(Chen și colab.,1996).

2
3
4
 Fig.1 Alinierea secvențelor BRCA1 la om, șoarece și șobolan

Pentru realizarea Fig.1 am folsit Jalview care este o piesă de software de bioinformatică
utilizată pentru a privi și a edita mai multe alinieri ale secvențelor. Este scris în limbajul de
programare Java.(Waterhouse și colab.,2009).Am folosit fontul SansSerif cu caractere de 14, iar
textul l-am boldat.Pentru colorarea secvențelor am folosit modul Zappo care colorează
aminoacizii în funcție de tipul lor.Pentru încărcarea secvețelor am intrat în File-Fetch sequences-
UniProt, după care am căutat gena de interes și am selectat-o și am dat Add.

Bibliografie

 Chen KS., Shepel LA., Haag JD., Heil GM., Gould MN., 1996. Cloning, genetic mapping
and expression studies of the rat Brca1 gene. Carcinogenesis. 17, 1561-1566.

 Pundir S, Martin MJ, O’Donovan C., 2017. UniProt Protein Knowledgebase. Methods
Mol. Biol. 1558, 41-55.

 Schröck E., Badger P., Larson D., Erdos M, Wynshaw-Boris A., Ried T, Brody L., 1996.
The murine homolog of the human breast and ovarian cancer susceptibility gene Brca1
maps to mouse chromosome 11D. Hum Genet. 97, 256-259.

 Smith TM., Lee MK., Szabo CI., Jerome N., McEuen M., Taylor M., Hood L., King
MC., 1996. Complete genomic sequence and analysis of 117 kb of human DNA
containing the gene BRCA1. Genome Res. 6, 1029-1049.

 Waterhouse AM, Procter JB, Martin DMA, Clamp M, Barton GJ., 2009. Jalview Version
2-a multiple sequence alignment editor and analysis workbench. Bioinformatics. 25,
1189-1191.

5
6