AFLP-urile sunt fragmente ADN obținute prin digestie cu enzime de restricție,

urmate de ligarea adaptorilor oligonucleotidici la produsele de digestie și

amplificare selectivă prin PCR. Astfel, AFLP implică atât RFLP cât și PCR.
Primerii PCR constau dintr-o secvență de bază (parte a adaptorului) și o secvență
specifică pentru enzime de restricție și 1-5 nucleotide selective (cu cât numărul de
nucleotide selective este mai mare, cu atât numărul de benzi obținute pe profil este
mai mic). Profilurile de bandă AFLP sunt rezultatul variațiilor în locurile de
restricție sau în regiunea care intervine. Tehnologia AFLP generează simultan
fragmente din multe situsuri genomice (de obicei 50-100 fragmente per reacție)
care sunt separate prin electroforeză pe gel de poliacrilamidă și care sunt în general
marcate ca markeri dominanți. Amplificarea selectivă a lungimii fragmentelor
(SFLA) și amplificarea selectivă a fragmentelor de restricție (SRFA) sunt sinonime
folosite uneori pentru a se referi la AFLP-uri. O variantă a tehnicii AFLP este
cunoscută sub denumirea de locus polimorfic microsatelit selectiv (SAMPL).
Această tehnologie amplifică locurile microsatellite utilizând un singur primer
AFLP în combinație cu un primer complementar secvențelor microsatellitelor
compuse, care nu necesită clonarea și caracterizarea prealabilă.

Puncte forte
Punctele forte ale AFLP constau în abundența genomică ridicată,
reproductibilitatea considerabilă, generarea multor benzi informative pe reacție,
gama lor largă de aplicații și faptul că nu sunt necesare date de secvență pentru
construcția grundului. AFLP-urile nu pot fi distribuite total în mod aleatoriu în
jurul genomului, deoarece gruparea în anumite regiuni genomice, cum ar fi
centromerii, a fost raportată pentru unele culturi. AFLP-urile pot fi analizate pe
secvențe automate, dar în unele sisteme sunt întâlnite probleme software legate de
notarea AFLP-urilor.

Puncte slabe
Dezavantajele includ necesitatea purificării ADN cu greutate moleculară ridicată,
dominarea alelelor și posibila ne-omologie a fragmentelor comigratoare aparținând
diferitelor loci. În plus, datorită numărului mare și intensității diferite a benzilor pe
combinație de primeri, este necesară adoptarea unor criterii stricte dar subiectiv
definite pentru acceptarea benzilor în analiză. O atenție deosebită ar trebui acordată
faptului că benzile AFLP nu sunt întotdeauna independente. De exemplu, în cazul
unei inserții între două situsuri de restricție, fragmentul de ADN amplificat are ca
rezultat o dimensiune crescută a benzii. Aceasta va fi interpretată ca pierderea unei
mici trupe și, în același timp, câștigul unei banda mai mare. Acest lucru este
important pentru analiza dependenței genetice, deoarece ar spori ponderea benzilor
ne-independente în comparație cu celelalte benzi.
Aplicații
Datorită profilurilor de amprente extrem de informative obținute în general, AFLP-
urile pot fi aplicate în studii care implică identitatea genetică, originea și
identificarea clonelor și soiurilor și studiile filogenetice ale speciilor strâns legate.
Abundenta lor ridicata genomica si distributia generala aleatorie in intreaga
genomul fac AFLPs o tehnologie de mare valoare pentru studiile de cartografiere
genetica. SAMPL este considerat mai aplicabil la studii intraspecifice decât la
studii interspecifice datorită alelelor frecvente null.