Viata Medicala - Saptamanal al personalului medico-sanitar

EDITURA Viata Medicala Romaneasca Ars Medici

Arhiva | 2012 | Februarie | Numarul 7 (1153)

Genomica funcţională şi lumea „-omică“

Autor: Prof. dr. Mircea COVIC | 21 Februarie 2012

După descifrarea structurii genomului uman a urmat „faza de exploatare“ a datelor obţinute –
un proces complex, dificil şi de durată. Obiectivul principal al acestei etape de „adnotare“ este
determinarea semnificaţiei şi rolului diferitelor categorii de elemente structurale din genom. A
început astfel epoca genomicii funcţionale, care studiază funcţiile ADN genomic, precum şi
funcţiile produselor sale, moleculele de ARN transcrise şi proteinele, care constituie în
ansamblul lor transcriptomul şi proteomul*. Misiunea genomicii funcţionale este mult mai
dificilă, deoarece, spre deosebire de genomica structurală („statică“), genomica funcţională este
„dinamică“; ea studiază „elemente“ (ARN, proteine, metaboliţi) ce se modifică „în timp“ (în
diferite etape ale dezvoltării organismului) şi „în spaţiu“ (în diferite tipuri de celule, ţesuturi,
organe) şi interacţionează unele cu altele.
În esenţă, genomica funcţională urmăreşte elucidarea relaţiei dintre genomul şi fenotipul
organismului, în stare de sănătate şi boală. Pentru medicina genomică, această abordare este
deosebit de importantă întrucât modificările expresiei genelor, transcriptelor ARN şi proteinelor
într-o anumită boală vor permite înţelegerea aprofundată a patogeniei sale, precum şi dezvoltarea
unor noi mijloace terapeutice care vor fi nu numai „ţintite“ pe un anumit proces sau cale
patogenică, dar şi „individualizate“, adaptate la profilul personal de expresie genomică. Primele
beneficii au început să apară în studiul unor forme de cancer, cum este, de exemplu, cancerul de
sân.
 Nivelul primar de abordare a genomicii funcţionale este reprezentat de studiul funcţiilor ADN
genomic, în special al genelor şi elementelor transcrise. Să ne reamintim că, potrivit dogmei
centrale a biologiei moleculare (ADN –> ARNm –> proteină), gena este un segment liniar de
ADN ce deţine informaţia codificată pentru realizarea unei funcţii, cel mai adesea pentru sinteza
unei/unor proteine; în nucleul celulei, această informaţie este mai întâi copiată (transcripţie) într-
o moleculă de ARN mesager, care este apoi transportată în citoplasmă, la ribozomi, unde este
decodificată (translaţie) într-o anumită succesiune de aminoacizi ce formează un polipeptid, o
proteină. Aceste procese sunt reglate la mai multe niveluri, pentru ca sinteza de proteine să se
realizeze într-un anumit moment, într-o anumită celulă şi cu o anumită intensitate; reglajul genic
este poate mai important decât informaţia deţinută de genă. Obiectivul global al genomicii
funcţionale (şi în special al Proiectului ENCODE – „ENCyclopedia of DNA elements“) este
catalogarea şi înţelegerea tuturor elementelor funcţionale ale genomului uman (gene şi secvenţe
non-genice). Înainte de a încerca succinta lor prezentare, aş dori însă să subliniez că elucidarea
integrală a structurii, funcţiei şi reglării genelor este mai importantă decât un „exerciţiu
academic“, deoarece furnizează mijloace şi căi pentru o abordare mai bună a diagnosticului,
prognosticului, terapiei şi profilaxiei bolilor umane. Înţelegerea genomicii este premisa necesară
pentru înţelegerea unor noi direcţii majore de progres ale medicinii actuale!
Primele rezultate obţinute în genomica funcţională par să bulverseze cunoştinţele noastre
anterioare. Astfel, descoperirea unor gene intricate (gene incluse în alte gene) sau suprapunerea
unor gene ARN cu gene ce codifică proteine ş.a. – impun o reevaluare a definiţiei tradiţionale
a genei ca „unitate a eredităţii“ care determină „un anumit fenotip/o funcţie”. Se trece de la un
model „liniar“ la unul „modular“, în care gena – ca segment de ADN bicatenar – este o asociere
de mai multe secvenţe (module), potenţial suprapuse, ce pot fi transcrise de pe una sau de pe
cealaltă catenă a ADN, codificând mai multe produse finale funcţionale, proteine şi/sau ARN.
Astfel se explică de ce genomul uman, având doar circa 21.000 de gene ce codifică proteine (mai
puţine decât la alte specii), poate produce un număr mult mai mare şi mai variat de produse
funcţionale.
La fel de surprinzătoare a fost identificarea unei mari diversităţi a secvenţelor şi a meca-
nismelor multiple de reglare a expresiei genei, ce implică multiple şi variate interacţiuni între
ADN genic sau ARN mesager şi proteine sau molecule de ARN reglatoare. Ele formează reţele
de control complexe, înrudite cu interacţiunile dintre circuitele unui computer. În acest context
se include rolul reglator, divers şi omniprezent, al moleculelor de ARN necodant (ARNnc).
Unele molecule ARNnc sunt „scurte/mici“ (20–100 de nucleotide), fiind reprezentate mai ales de
microARN (ARNmi)şi ARNmic interferent (ARNsi), care se fixează complementar pe molecule
de ARN mesager şi reprimă translaţia lor. Alte molecule de ARNnc sunt „lungi/ mari” (peste 200
de nucleotide), de ex ARNlinc (de la „long intergenic ncRNA“), care reglează expresia ADN
genic. ARNnc lung reprezintă interfaţa dintre proteinele reglatoare (care sunt identice în celule
diferite şi chiar la specii diferite) şi ADN genomic din anumite regiuni; aşa cum „controlorii
traficului aerian“ organizează avioanele în aer, aterizarea şi decolarea lor, ARNnc lung determină
intrarea sau ieşirea din funcţie a anumitor gene pe care le recunoaşte specific. Viziunea
genomului în care informaţia şi programul genetic sunt centrate pe proteine pare greşită; majo-
ritatea informaţiei genetice este încorporată în ARN necodant şi dogma centrală a geneticii „pare
imperfectă“. A sosit, probabil, timpul să vedem genomul uman mai mult ca o „maşină de ARN“
decât ca o „maşină de proteine“. În plus, cercetări recente au evidenţiat variaţii importante între
ARNnc la persoane diferite, sugerând ipoteza că deşi avem acelaşi set de gene, reglarea lor se
poate face diferit de la un individ la altul.
Numeroase studii realizate în ultimii ani au demonstrat implicarea moleculelor mici de ARN
necodant în cancer, boli neurodegenerative sau boli produse prin dereglarea mecanismelor
imune. Expresia anormală a ARN necodant va produce boală prin dereglarea funcţiei genelor
(normale!) pe care le reglează. Aceste dereglări ar putea fi reversibile şi corectate folosind
molecule sintetice de ARNsi, special proiectate; astfel de opţiuni terapeutice sunt testate în
prezent prin studii/trialuri clinice avansate.
Genomica funcţională nu se limitează însă la studiul funcţiilor ADN genomic, gene ce codifică
proteine sau gene ARN, precum şi ADN non-genic; ea studiază rolul diferitelor elemente
structurale ale genomului la nivel de transcriptom şi proteom. Transcriptomul reprezintă setul
de transcripte, molecule de ARN codante sau necodante, produse într-o celulă / ţesut / organ într-
un anumit moment al vieţii; el reflectă genele care sunt exprimate în acel moment şi, de obicei,
este variabil. Transcriptomica studiază, cu diferite metode (microreţele de expresie a ADN;
secvenţierea ARN etc.), profilul expresiei genice într-o anumită populaţie celulară. Aplicaţiile
ştiinţifice şi medicale sunt tot mai numeroase. Astfel, studiul transcriptomului în celulele stem va
permite înţelegerea proceselor de diferenţiere celulară, iar analiza transcriptomului diferitelor
tipuri de tumori va elucida procesul complex de carcinogeneză şi va duce la identificarea unor
noi ţinte terapeutice. Transcriptomul este precursorul proteomului (ansamblul de proteine
structurale şi funcţionale produse într-o celulă, ţesut, organ). Proteomica studiază funcţia acestor
structuri pe baza expresiei globale a proteinelor pe care le sintetizează într-un anumit moment
(folosind electroforeza bidimensională, cromatografia, spectrofotometria de masă). Proteomica
este mai complicată decât genomica deoarece, spre deosebire de genom, care este relativ
„constant“, proteomul este dinamic, variază spaţial şi temporal, precum şi în anumite condiţii de
mediu. Proteomica va permite cu certitudine înţelegerea mai profundă a modului cum
funcţionează organismul uman, iar aplicaţiile medicale pot fi numeroase. Să ne reamintim de
utilizarea unor biomarkeri proteici în diagnosticul bolilor sau „proiectarea” unor medicamente.
Prin identificarea proteinelor asociate cu o boală, folosind softuri speciale, se poate stabili
computerizat structura 3D a acestor proteine, identificând situsurile active; pe această bază se pot
concepe noi medicamente care inactivează proteinele implicate în boală.
Între proteinele care formează proteomul sau între proteom şi alte molecule (de exemplu,
ADN) se produc interacţiuni complexe. Astfel, mai multe proteine diferite formează complexe
proteice („maşini moleculare“) ce îndeplinesc o anumită funcţie (spre exemplu, replicarea ADN).
Alte proteine interacţionează formând reţele funcţionale. De pildă, semnalele extracelulare sunt
transmise în interiorul celulei prin interacţiunea unor proteine de semnalizare, care joacă un rol
important în diferite procese fiziologice şi patologice. Reţeaua interacţiunilor proteine–proteine
formează interactomul, iar studiul ei se numeşte interactomică.
Sub acţiunea proteinelor/enzimelor din celule, ţesuturi, organe rezultă un ansamblu
caracteristic de produse intermediare sau metaboliţi numit metabolom. Studiul tuturor
metaboliţilor ce iau parte la un proces biologic se numeşte metabolomică. În final, vom preciza
că studiul tuturor fenotipurilor exprimate de o celulă, ţesut, organ, organism („fenom“) se
numeşte fenomică şi că lumea „-omică“ este mai mare (epigenomică, farmacogenomică etc.);
dar despre aceste probleme vom discuta în alte articole.
 Lumea „-omică“ este organizată ierarhic, pe baza relaţiilor dintre diferite componente:
genomică → transcriptomică → proteomică → interactomică → metabolomică → fenomică. Ele
formează reţele funcţionale şi reglatorii la toate nivelurile de organizare: molecule, celule,
ţesuturi, organe, organism. Din această perspectivă (numită biologia sistemelor sau reţelelor),
dezvoltarea şi fiziologia organismului sunt văzute ca procese (interacţiuni) dinamice ale unor
reţele de componente complexe care operează diferit în spaţiu şi timp, precum şi de la o persoană
la alta, fiind unice. Boala este considerată o perturbare a unui sistem (reţea) normal(ă) şi nu o
disfuncţie a unui/unor module componente. Înţelegerea, depistarea/diagnosticul şi tratamentul
bolilor se vor axa pe identificarea şi manipularea reţelelor perturbate global şi nu a
componentelor afectate. Paradigma „medicinii sistemice sau a reţelelor“ este „să gândim
global, dar să acţionăm local“, folosind o combinaţie optimă ce va ţinti nodurile acestor reţele;
probabil că aceasta va fi soluţia eficace în terapia anticanceroasă.
Astăzi, tehnologiile „-omice“ sunt instrumente izolate, care au produs încă relativ puţine
informaţii. Foarte probabil, în viitor, aceste tehnologii se vor aplica împreună (aşa cum
telefoanele inteligente încorporează informaţiile oferite de telefon, cameră, mp3 player, TV şi
GPS) pentru a înţelege aprofundat factorii de risc, manifestările bolii, precum şi tratamentul ei pe
baza profilurilor individuale genomic–transcriptomic–proteomic–metabolomic–fenomic. În plus,
alcătuirea şi disfuncţiile reţelelor vor fi diferite la persoane diferite; astfel, medicina sistemică
integrativă facilitează tranziţia la medicina personalizată.

*Sufixul „-om“, folosit în biologia moleculară (de exemplu, genom, transcriptom, proteom) se
referă la totalitatea constituenţilor de un anumit fel, iar sufixul „-omică“ la un domeniu de studiu
al unui anumit grup de constituenţi/elemente.