Biochimie - Cursul 7

Metabolismul este o activitate celulară în care sunt implicate mai multe sisteme enzimatice în
scopul:
 obţinerii “energiei chimice” prin captarea energiei solare sau degradarea unor nutrienţi
din mediu;
 conversiei moleculelor (care joacă rolul de nutrienţi) în alte molecule indispensabile
celulei;
 obţinerii macromoleculelor (proteine, acizi nucleici sau polizaharide) din precursorii
acestora;
 sintezei sau degradării unor biomolecule (lipide, mesageri celulari);
Metabolismul poate fi divizat în două procese distincte:
a) catabolismul (degradarea) în care nutrienţii şi constituienţii celulei sunt scindaţi în
scopul folosirii componenţilor pentru obţinerea energiei;
b) anabolismul (biosinteza) este procesul prin care moleculele sunt sintetizate din
componenţii mai simpli.
Organismele vii pot fi impărţite în două grupuri mari în funcţie de forma în care preiau
carbonul din mediu. Autotrofele (de exemplu procariotele) sunt organisme care pot sintetiza
constituienţii lor celulari plecând de la molecule simple ca H2O, NH3, CO2 sau H2S.
Chemolitotrofele pot obţine energie prin oxidarea compuşilor anorganici (NH3, H2S sau Fe2+):
NH3 + 4 O2 → 2 HNO3 + 2 H2O
H2S + 2 O2 → H2SO4
4 FeCO3 + O2 + 6 H2O → 4 Fe(OH)3 + 4 CO2
Fotoautotrofele pot transfera electronii de la donori anorganici către CO2 în scopul sintezei
carbohidraţilor, molecule care pot fi convertite ulterior pentru a produce energie.
Heterotrofele pot obţine energie în urma oxidării compuşilor organici (carbohidraţi, lipide şi
proteine) şi din acest motiv sunt dependente de autotrofe (care biosintetizează aceste substanţe).
Organismele pot fi clasificate şi în funcţie de agentul oxidant folosit la modificarea nutrienţilor.
Organismele aerobe (incluzând şi animalele) pot utiliza oxigenul, pe când cele anaerobe (E.
coli) pot creşte atât în absenţa cât şi în prezenţa oxigenului.
Căile metabolice sunt o serie de reacţii enzimatice cuplate în care se obţin produşi specifici.
Reactanţii, intermediarii şi produşii de reacţie poartă numele de metaboliţi. Se cunosc peste 2000
de reacţii metabolice fiecare fiind catalizată de către o enzimă distinctă. Enzimele şi metaboliţii
dintr-o celulă variază în funţie de organism, tipul celulei, nutrienţii din mediu şi de stadiul de
dezvoltare al celulei.
În căile catabolice metaboliţii sunt scindaţi conducând la produşi mai simpli. Unul dintre
aceşti produşi este acetil-coenzima A. Energia liberă rezultată din aceste procese este stocată sub
forma ATP-ului (sintetizat prin cuplarea dintre ADP şi fosfat) sau prin reducerea coenzimei
NADP+ la NADPH. ATP-ul şi NADPH-ul constituie sursa principală de energie pentru reacţiile
anabolice.
 O caracteristică a catabolismului este aceea că în decursul căilor metabolice un număr mare
de substanţe (carbohidraţi, lipide sau proteine) este convertit într-un număr redus de intermediari
metabolici. Aceşti intermediari sunt mai târziu utilizaţi în căile metabolice oxidative (de exemplu
oxidarea atomilor din gruparea acetil din acetil-CoA la CO2 în cadrul ciclului acidului citric). În
situaţia în care o substanţă este oxidată (pierde electroni) altă substanţă este redusă (acceptă
electroni; în ciclul acidului citric rezultă formele reduse ale coenzimelor-NADH şi FADH2) şi
cedează electronii acesteia moleculelor de oxigen cu formarea apei.
Cu câteva excepţii interconversia metaboliţilor în căile metabolice degradative sau de
biosinteză este asistată de enzime. În absenţa enzimelor reacţiile sunt prea lente pentru a sprijini
supravieţuirea celulei. În plus, specificitatea enzimelor garantează eficienţa reacţiilor metabolice
prin prevenirea formării compuşilor nedoriţi sau toxici.
Există 6 tipuri majore de reacţii enzimatice:
1. reacţiile de oxido-reducere catalizate de oxidoreductaze;
2. reacţiile de transfer a unor grupe (grupări fosfat, resturi de peptide), catalizate de
transferaze;
3. reacţiile hidrolitice (hidroliza esterilor, hidroliza legăturilor C-X, adiţia apei la legătura
dublă) catalizate de hidrolaze;
4. reacţiile de eliminare în care legatura dublă este formată, catalizată de liaze;
5. reacţiile de izomerizare, catalizate de izomeraze;
6. reacţiile de formare a unor legături chimice (C-C), pe baza energiei consumate de o sursă
de energie (uzual ATP), catalizate de ligaze (sintetaze).
Compartimentarea citoplasmei eucariotelor permite desfaşurarea proceselor metabolice în
locaţii diferite. De exemplu, fosforilarea oxidativă are loc în mitocondrie, iar glicoliza (căile de
degradare a carbohidraţilor) şi biosinteza acizilor graşi au loc în citozol. În tabelul A sunt
ilustrate o serie de căi metabolice majore care au loc în organitele celulare ale eucariotelor.
Procesele metabolice din procariote, organisme în care nu sunt prezente organitele celulare, pot
fi localizate într-o anumită zonă a citozolului.

Tabel A. Funcţiile metabolice ale organitelor celulare

Organita celulară Principalele funcţii
Mitocondria Ciclul acidului citric, fosforilarea oxidativă, oxidarea
acizilor graşi, catabolismul aminoacizilor
Citozol Glicoliza, calea metabolică a fosfatului pentozei,
biosinteza acizilor graşi, reacţii din cadrul glucogenezei
Lizozomi Digestia enzimatică a componentelor celulare şi a
materiei ingerate
Nucleu Replicarea şi transcripţia ADN-ului, procesarea ARN-
ului
Aparatul Golgi Modificarea postranslaţională a lipidelor sau proteinelor;
formarea membranelor plasmatice şi a veşziculelor
secretorii
Reticulul endoplasmaic rugos Sinteza proteinelor membranare sau secretorii
Reticulul endoplasmaic neted Biosinteza lipidelor şi steroidelor
Peroxizomi (Glioxizomii din Reacţii oxidative catalizate de aminoacid oxidaze şi
plante) catalaze; reacţii din ciclul glioxilatului în plante
 Compuşi macroergici
În urma oxidării complete a glucozei se eliberează o cantitate considerabilă de energie:
C6H12O6 + 6 O2 → 6 CO2 + 6 H2O Go = − 2850 KJ/Mol
Oxidarea completă a palmitatului este mai exotermă
C16H32O2 + 23 O2 → 16 CO2 + 16 H2O Go = − 9781 KJ/Mol
Metabolismul oxidativ decurge gradual. Energia care se eliberează din aceste procese
exergonice este conservată cu ajutorul unor intermediari cu energie ridicată prin a căror hidroliză
se susţin procesele endoterme.
Celulele utilizează câteva forme de energie, incluzând compuşii fosforilaţi asemeni
nucleotidei ATP, compuşi care conţin legături tioesterice şi coenzime reduse ca NADH. Fiecare
dintre acestea reprezintă o sursă de energie liberă pe care celula o utilizează în numeroase
moduri (inclusiv în sinteza ATP-ului).
ATP-ul şi grupările fosforil
Intermediarul adenozintrifosfat (ATP) apare în toate formele de viaţă cunoscute. ATP-ul
constă dintr-un rest de adenozină (adenină + riboză) la care sunt ataşate trei grupe fosforil (o
legătură fosfoesterică şi două legături fosfoanhidridice).
NH2
Importanţa biologică a ATP-ului rezidă legatura legatura
fosfoanhidridica fosf oesterica N
din cantitatea de energia liberă care N

acompaniază ruperea legăturilor O O O

N
N
fosfoanhidridice. Aceste reacţii însoţesc de -O P O P O P O
O

regulă transferul unei grupări fosforil O- O- O- H H

(conducând la ATP) sau nucleotidil (AMP; H

OH OH
H

rezultând şi pirofosfat - PPi):

ATP + H2O → ADP + Pi Adenozina
ATP + H2O → AMP + PPi
Valorile G0’ ale hidrolizei compuşilor AMP

fosforilaţi sunt tabelate mai jos (tabelul B).

ADP

Tabel B. Energiile libere standard de hidroliză a

unor compuşi fosforilaţi ATP
Compus G0’, KJ/
Mol
Fosfoenol piruvatul -61,9
1,3-bifosfogliceratul -49,4
ATP (→ AMP + PPi) -45,6
Acetil fosfat sau fosfocreatina -43,1
ATP (→ ADP + Pi) -30,5
Glucoz-1-fosfatul -20,9
PPi (pirofosfat) -19,2
Fructoz-6-fosfatul, Glucoz-6- -13,8
fosfatul
Glicerol-3-fosfatul -9,2
 Cu cât valorile G0’ sunt mai negative cu atât compusul fosforilat are tendinţa de a transfera
grupele fosforil apei (are potenţial de transfer al grupelor fosfat mai ridicat). De remarcat este
faptul că molecula de ATP are un potenţial de transfer intermediar. Astfel, compuşii care posedă
valori ale G0’ mai negative pot transfera gruparea fosfat pe ADP situaţie în care rezultă ATP-ul.
Această moleculă (ATP-ul) poate transfera gruparea fosfat pe moleculele de fructoză sau
glucoză.
Reacţiile exoterme ale compuşilor macroergici sunt cel mai adesea cuplate cu reacţiile
endoterme. De exemplu hexokinaza este o enzima care catalizeză formarea glucoz-6-fosfatului,
dar nu catalizează şi reacţia de hidroliză a ATP-ului. În contrapartidă, ATP-ul se formează prin
transferul unei grupări fosforil de pe fosfoenolpiruvat pe ADP reacţie catalizată de piruvat
kinaza. Cele două reacţii sunt cuplate şi porţiunea din calea metabolică în care se află acestea
este per amsamblu exotermă.
Potenţialul ridicat de transfer al grupelor fosforil al fosfoguanidinelor (fosfocreatina şi
fosfoarginina) apare datorită stabilizării prin rezonanţă (mai pronunţată decât fosfoanhidridele).
-
NH2+ O R = CH2 - CO2 ; X = CH3 Fosfocreatina
H
C N P O-
-
R = CH2 - CH2 - CH2 - CH - CO2 ; X = H Fosf oarginina
-
N X O
NH3
R

Fosfogu anid ine

Fosfocreatina constituie un rezervor energetic pentru formarea ATP-ului.

Celulele din musculare şi nervoase, care se bazează pe folosirea ATP-ului, se bazează pe
fosfoguanidină pentru a regenera rapid ATP-ul. În vertebrate fosfocreatina este sintetizată prin
fosforilarea reversibilă a creatinei de către ATP, reacţie catalizată de creatin kinaza.
G0’= +12,6 KJ/ Mol
În stare de repaus muşchii scheletici ai vertebratelor conţin o cantitate suficientă de
fosfocreatină pentru a suplini nevoiile energetice pentru câteva secunde. În muşchii
nevertebratelor (de exemplu al homarilor) fosfoarginina joacă un rol similar. Aceste fosfo
guanidine sunt denumite şi fosfageni.
Interconversia nucleozid trifosfaţilor
Majoritatea proceselor biosintetice (sinteza proteinelor sau acizilor nucleici) necesită alţi
nucleozid trifosfaţi decât ATP-ul. Dacă sinteza ARN-ului necesită alături de ATP şi CTP, GTP
sau UTP, sinteza ADN-ului este posibilă doar în prezenţa dCTP, dGTP, dTTP sau dATP. Toţi
aceşti nucleozid trifosfaţi (NTP) sunt sintetizaţi din ATP şi nucleozid difosfaţii corespunzători
(NDP) în prezenţa enzimei nucleozid difosfat kinază:
 Adenilat kinazele catalizează conversia nuclozid monofosfaţilor la difosfaţi pe seama
energiei ATP-ului:

Această enzimă este prezentă în toate ţesuturile şi are drept scop de a menţine un echilibru în
concentraţia celor 3 nucleotide. În situţia în care se acumulează AMP-ul majoritatea este
convertit în ADP şi mai târziu utilizat la sinteza ATP-ului.
Tioesterii
Legăturile tioesterice apar în unii intermediari metabolici (implicând resturile de cisteină din
situsurile enzimatice) sau în unii compuşi din metabolismul lipidic (incluzând acetil-CoA un
compus rezultat în urma catabolismului carbohidraţilor, acizilor graşi sau aminoacizilor).
O Gupare acetil Coenzima A (CoA) are o grupă -
S C CH3 mercapto-etil aminică legată printr-o
CH2 grupare amidică la acidul pantotenic, care,
rest de -mercapto-
etilamina CH2 la rândul său este ataşat la un rest de 3’-
NH
fosfoadenozină printr-o punte pirofosfo-
C O
rică. Gruparea acetil din acetil-CoA este
implicată în formarea unei punţi tioesterice
CH2
adenozin- cu gruparea sulfidril (-SH) din-
CH2 3'-fosfat
mercapto-etil amină. Astfel, rolul CoA este
NH NH2
rest de acid de a transporta grupările acetil sau în
pantotenic C O N general grupări acil.
N
HO C H Acil-CoA este un compus cu energie
H3C C CH3 O O N N ridicată. Reacţia de hidroliză a grupării
H2C O P O P O O
tioesterice G0’ este de -31,5 KJ/ Mol, fapt
O- O- H H care face ca reacţia să fie mai exergonică
H H decât hidroliza ATP-ului. Acest fapt s-ar
O H
putea explica prin faptul că în cazul
O P O-
tioesterilor gruparea acestora este stabili-
O-
zată mai puţin prin rezonanţă.
Structura acetil-coenzimei A

Formarea legăturilor tioesterice în cazul unor intermediari metabolici permite conservarea

energiei libere rezultate în urma oxidării „combustibililor” metabolici (lipide). Energia stocată
poate fi utilizată în alte reacţii care necesită energie. De exemplu, în ciclul acidului citric clivarea
unei grupări tioesterice (succinil-CoA) eliberează suficientă energie liberă pentru a sintetiza
GTP-ul din GDP si Pi (fosfat).
În timp ce o serie de metaboliţi sunt oxidaţi la CO2 electronii sunt transferaţi prin intermediul
unor complecşi moleculari la oxigenul molecular. Procesul de transport al electronilor împreună
cu traslocarea protonilor prin membranele celulare induc sinteza ATP-ului (fosforilarea
oxidativă).
 Cofactorii (NAD+ şi FAD)
Doi dintre cei mai cunoscuţi purtători de electroni sunt coenzimele nicotin-adenin-dinucleo-
tidul (NAD+) şi flavin-adenin-dinucleotidul (FAD). Restul de nicotinamidă din NAD+ (sau
NADP+, forma fosforilată a NAD+) este locul în care poate avea loc reducerea reversibilă,
fenomen care constă în transferul ionului hidrură (H-):

Reducerea NAD+ la NADH (R = riboz-pirofosforil-adenozină)

R FAD-ul este o coenzimă care

acceptă unul sau doi electroni
H3C N N O
conducând la forma semichinonică
FAD forma oxidata
forma chinonica (un radical stabil, FADH) sau
NH
H3C N forma complet redusă (FADH2).
O Schimbările care apar în decursul
+
+ H +e - reducerii pot fi vizualizate prin
virajul culorii de la galben (FAD)
R la galben pal (FADH2). Funcţia
H3C N N importantă a acestor coenzime
O +
FADH f orma radicalica (NAD şi FAD) constă în reversibi-
f orma semichinonica litatea reducerii. Astfel, aceste
NH
H3C N molecule pot accepta electroni pe
H O care pot să-i transfere pe alţi
purtători şi ca atare pot fi
+ H+ + e-
regenerate să participe în alte
R cicluri de oxidare şi reducere.
H
H3C N N O
FADH forma redusa
NH forma hidrochinonica
H3C N
H O

Reducerea FAD la FADH2 (R = ribitol-pirofosforil-adenozină)

 FAD-ul nu poate fi sintetizat direct de către organismul uman, dar poate fi obţinut prin dietă
în formă de riboflavină (vitamina B2).
NADH si FADH2 rezultate în urma glicolizei, oxidării acizilor graşi sau din ciclul acidului
citric sunt molecule bogate în energie şi conţin perechi de electroni avand un potenţial de transfer
ridicat. Aceşti electroni pot utilizaţi pentru reducerea O2 la H2O, proces în care o mare parte de
energie liberă este eliberată şi poate fi utilizată la producerea ATP-ului. Fosforilarea oxidativă
este procesul în care ATP-ul este format ca urmare a transferului electronilor NADH-ului sau
FADH2-ului la O2 prin intermediul unor purtători de electroni. Acest proces are loc în membrana
mitocondrială internă a organismelor aerobe şi are ca efect pomparea protonilor înafara matricei
mitocondriale.
Sursele de carbon sunt oxidate în ciclul acidului citric şi asigură electronii cu potenţial ridicat
de transfer. Mai târziu, energia de transfer a electronilor este convertită într-o energie de transfer
a protonilor şi mai târziu ultima formă de energie este convertită într-un potenţial de transfer al
grupei fosforil.

Reprezentarea sumara a fosforilarii oxidative

Sinteza ATPului si oxidarea sunt cuplate
prin intermediul fluxului de protoni