Structura chimică a aminoacizilor

Aa - compuşi organici difuncţionali:

- grupa funcţională amino (-NH2)
- grupa funcţională carboxil (-COOH)
legate de un radical organic

Caracteristică acestei structuri : grefarea ambelor grupe

funcţionale pe acelaşi atom de carbon (poziţia α) în cazul aa
din structura proteinelor (α-aminoacizi)

Se cunosc şi aminoacizi la care grupa -NH 2 este legată de al

doilea atom de carbon faţă de grupa - COOH, (poziţia ß), al
treilea (poziţia γ) etc.
 Nomenclatura aminoacizilor
Denumirea ştiinţifică a aminoacizilor = formată din
- prefixul amino
- numele acidului de la care provine
cu indicarea poziţiei atomului de carbon de care este legată
grupa funcţională -NH2 (α, β, γ, δ, ε sau 2, 3 etc.), faţă de
grupa funcţională carboxil –COOH

acid α-amino propionic acid ß-amino-propionic

(α -alanina) (ß-alanina)

În general nomenclatura raţională este mai puţin folosită, deoarece

sunt utilizate în general, denumiri uzuale, specifice fiecărui
aminoacid (glicocol, alanină, serină, triptofan etc.).
 Clasificarea aminoacizilor
După structura lor chimică:
 Izomeria aminoacizilor

Dat prezenței atomului de C asimetric în poziţia α faţă de gruparea

carboxil, moleculele aa (cu excepția glicocolului), au activitate optică
exprimată prin capacitatea moleculelor lor de a roti planul luminii
polarizate spre dreapta (izomerul, enantiomerul dextrogir), sau spre
stânga (izomerul, enantiomerul levogir)

Asemănător glucidelor, aa aparţin unei anumite serii sterice, D sau L

COOH COOH

HN C H H C NH2
2

R R
stânga dreapta
• Aminoacizii naturali prezenţi în structura proteinelor
aparţin exclusiv formei sterice L

• Ca şi în cazul glucidelor, configuraţia sterică a

aminoacizilor este independentă de activitatea optică
 Structura amfionică

Caracterul amfoter al aminoacizilor se datorează prezenţei

concomitente în moleculă a grupelor -NH2 (care conferă
proprietăţi bazice, acceptoare de protoni) şi a grupelor –
COOH (care conferă proprietăţi acide, donoare de protoni)
În soluţiile apoase, moleculele aminoacizilor au structura unor
amfioni(ioni dipolari), care pot funcţiona atât ca bază cât şi ca
acid:
Existenţa amfionului explică utilizarea soluţiilor de aminoacizi
ca soluţii tampon (creează şi menţin constant un anumit pH la
adăugarea unor cantităţi mici de acizi sau de baze tari):
Aa se pot condensa intermolecular formând legături peptidice
-CO-NH-
Acestea se stabilesc între grupa NH2 de la C α al unui aa şi grupa COOH
a altui aminoacid, prin eliminare de apă

Se formează astfel: di-, tri-, tetra-, ..., polipeptide

 Oligopeptide
= constituite dintr-un număr mic de aa (convenţional 2-10) şi denumite
în consecinţă: di-, tri-, tetra-, ..., decapeptide
H H -H2O H H
H2N C COOH H2N C COOH H2N C CO NH C COOH
R R R1 R
2 2 2
Orice peptidă se caracterizează prin prezenţa legăturilor peptidice, în
care sunt implicate toate grupele COOH şi NH2 grefate la Cα, cu
excepţia unei grupe COOH şi a unei grupe NH2 care rămân la capetele
catenei peptidice (polipeptidice)

Aceste 2 grupări funcţionale neimplicate în formarea legăturilor

peptidice = denumite grupare carboxil C-terminală (aminoacid C-
terminal), respectiv, grupa amino N-terminală (aminoacid N-
terminal)
Prin convenţie, aminoacidul N-terminal dintr-un lanţ peptidic
(polipeptidic) se consideră a fi primul aminoacid din structura
respectivă

Numele peptidelor se stabileşte prin indicarea succesivă a

denumirii fiecărui aminoacid component, cu adăugarea
sufixului il şi terminând cu numele întreg al aminoacidului
care are gruparea carboxil intactă
Denumirea poate fi acordată şi prin utilizarea prescurtării
numelui aminoacidului, respectiv primele trei litere din
denumire:
Pentru a preciza faptul că este vorba de o moleculă de sine
stătătoare, se scrie:

H-Ala-Ala-Glu-Arg-Val-Ser-Arg-OH

ceea ce înseamnă că, at de H din grupa –NH2 a primului aminoacid

şi grupa -COOH a ultimului aminoacid nu participă la formarea
altor legături peptidice

Datorită grupelor funcţionale terminale (-NH 2 şi –COOH),

peptidele manifestă caracter amfoter

Prin hidroliză acidă sau enzimatică (cu enzimele peptidaze),

peptidele sunt scindate în aminoacizii componenţi
 Reprezentanţi naturali ai oligopeptidelor
Glutationul
- o tripeptidă: glutamil-cisteinil-glicina, cu răspândire
universală

În regnul vegetal, glutationul se găseşte în special în seminţe,

unde conţinutul său creşte în timpul încolţirii
În țes. animale: ficatul
Importanţa biologică a glutationului derivă din uşurinţa cu
care se poate oxida grupa funcţională -SH (tiol)
Oxigenul molecular, în prezenţa urmelor de metale cu rol
catalitic (de exemplu, Fe), determină oxidarea formei R-SH

Reducerea formei R-S-S-R este biocatalizată de glutation-

reductază, enzimă prezentă în toate organismele vii
Glutationul îndeplineşte în organism roluri biochimice
complexe:

- rol de sistem redox neenzimatic

- rol antioxidant, de protejare a unor substraturi (ex acid

ascorbic) faţă de procesele de oxidare
- component al coenzimei donatoare de atomi de hidrogen în
procese redox
Neuropeptidele
- întâlnite în SNC
- endorfinele: se leagă de receptori care pot lega şi morfina
Cel mai simplu reprezentant = grupul pentapeptidelor denumite
encefaline
Insulina şi proinsulina
= hormoni peptidici care joacă un rol foarte important în reglarea
metabolismului glucidic
Insulina a fost prima protidă a cărei secvenţă de 51 de aminoacizi a fost
clarificată în 1953
Antibiotice peptidice
- substanţe produse de ciuperci sau microorganisme care conţin
aminoacizi neproteinogeni
ex:
penicilina : are în structură aminoacizii valină şi cisteină
gramicidina = o peptidă ciclică formată din 10 aminoacizi, printre care
fenilalanina
 Polipeptide

- peptide în compoziţia cărora intră peste 10

aminoacizi, (până la 100 aminoacizi)
 Proteinele

• compuşi organici macromoleculari, biopolimeri, cu structură

complexă şi importanţă vitală deosebită

M depinde de tipul şi numărul de aa componenţi

cuprinsă între 10000- zeci de milioane Da

Cantităţi mari de proteine = biosintetizate în plante din cei 20 de aa

proteinogeni, la care se adaugă 2 amide: glutamina şi asparagina

1. Proteinele împreună cu lipidele și glucidele reprezintă suportul chimic structural al
organismelor vegetale, animale, microorganisme (funcție structurală și plastică)

2. Numeroase proteine joacă rol de catalizatori ai reacțiilor chimice în sistemele biologice

(enzimele)

3. Intră în compoziția mușchilor și participă la contracția musculară asigurând toate formele

de mișcare mecanică inclusiv activitatea plămânilor, inimii, peristaltismul intestinal etc.

4. Proteinele cu funcție de transport în organism contribuie la transportul unor micromolecule

și a ionilor anorganici

5. Sub formă de anticorpi, apără organismul împotriva substanțelor și celulelor provenite din
alte organisme

6. Unele proteine, peptide acționează ca hormoni participând la reglarea proceselor biochimice

7. Diferențierea, creșterea, dezvoltarea, reproducerea și alte însușiri ale viului depind de

proteine specifice
 Compoziţia şi structura proteinelor
Proteinele = polimeri în structura cărora intră ca unități monomere α aa
În molecula proteinelor resturile de aa se unesc covalent unul cu altul
prin intermediul legăturii peptidice sau amidice formând lanțuri sau
catene polipeptidice neramificate
Un lanț polipeptidic = alcătuit dintr-o "coloană vertebrală“ în care se
repetă periodic legătura peptidică și o parte variabilă datorată radicalilor
liberi distinctivi ai aa constituienți

Extremitate
Extremitate
C-terminala
N-terminala
Macromoleculele proteice pot fi alcătuite din 1 sau câteva lanțuri
polipeptidice identice sau diferite

ex: ribonucleaza conține 1 singur lanț polipeptidic

Hb – 4 lanțuri polipeptidice unite între ele prin legături intercatenare
covalente și necovalente

Deoarece prin hidroliza totală a proteinelor rezultă aa (unitatea

structurală) se impune ca pentru cunoaşterea structurii proteinelor să se
determine:

- numărul şi natura aminoacizilor componenţi

- succesiunea lor de legare în macromoleculă (secvenţa lor)
Se impune apoi analiza configuraţiei catenei polipeptidice,
care are mărimi şi structuri interne specifice, ce imprimă
proteinei configuraţii cu diferite orientări şi interacţiuni

Pornind de la aceste consideraţii, Lindenstrom şi Lang au

stabilit următoarele nivele de organizare a structurii complexe
a proteinelor:

structura primară
structura secundară
structura terţiară
structura cuaternară
 Structura primară a proteinelor
Structura primară a proteinelor : succesiunea sau
secvența de unire a aminoacizilor prin legături
peptidice în molecula proteică

O R H H
H2N N COOH
C C C
C N C
H O H R
H R n
aminoacid aminoacid
N-terminal C-terminal
• Reprezentare grafică se poate realiza printr-o linie în zig
zag, atunci când configuraţia ei este determinată numai de
unghiurile de valenţă ale atomilor de carbon
• De acest schelet se fixează resturile R caracteristice
aminoacizilor constituenţi, orientate alternativ de-o parte şi
de alta a lanţului

Legătura peptidică
 Structura primară precizează numărul, felul şi
ordinea în care se succed aminoacizii în molecula
proteică (lanţul polipeptidic)

 Redă totalitatea legăturilor covalente din moleculă

- se numeşte structură covalentă

Secvența resturilor de aa în molecula proteinelor =

determinată genetic
Ea este codificată în genom şi determină:
- proprietăţile fizico-chimice ale proteinei;
- celelalte structuri în ordine ierarhică (configuraţia
proteinei)
Secvența aa determină proprietățile și funcțiile
biologice ale proteinelor
Structura primară a proteinelor condiționează
diversitatea și specificitatea organismelor vii

Fiecare specie de animale și plante posedă proteinele

sale proprii, specifice

Alterarea secvenței aa în moleculele de proteine

poate determina funcții anormale
Catena polipeptidică are flexibilitate numai la nivelul
legăturilor ce implică participarea carbonilor metinici
Astfel, se pot efectua rotiri la nivelul legăturilor dintre C2
(C) şi CO (notată Psi () ), precum şi dintre C2 şi NH (notată
cu Phi () )
• Psi ()

• Phi ()

• Rigiditatea legaturii peptidice

 Structura secundară
•Structura secundară descrie modul de aranjare a unui lanţ
polipeptidic prin interacţiuni care se pot stabili între grupările
peptidice din lanţ

Posibilitatea de rotație a radicalilor de aa în jurul axelor de

legătură Cα-C și Cα-N din lanțul polipeptidic favorizează
apariția unei structuri spațiale specifice proteinelor-structura
secundară

Structura secundară este definită de poziţiile spaţiale pe care

le au resturile R ale aa, unul faţă de altul, de-a lungul catenei
polipeptidice

•Atomii Cα vor adopta poziţii rigide faţă de planul legăturii

duble, în peptidele naturale fiind prezentă numai config. trans,
mai stabilă
Structura secundară a proteinelor este stabilizată de legături
de hidrogen care se formează între grupele carbonilice și
iminice ale legăturilor peptidice
• În catena polipeptidică, potenţialul de donare de hidrogen
este reprezentat de grupările NH, iar cel de acceptare de
către grupările C=O ale aceleaşi catene, sau a unor catene
învecinate
• Cu alte cuvinte, legătura de hidrogen ar reprezenta o
acţiune de schimb dintre atomul de azot şi cel de oxigen, a
hidrogenului aparţinând grupărilor NH şi CO

Legătura de H este mai slabă decât o legătură covalentă, având

doar 1/10 din energia de legare
• Structura secundară este determinată de modul în care se
realizează legăturile de hidrogen- aranjamentul cel mai stabil
este acela în care se realizează numărul maxim de legături de
hidrogen
(1951, Linus Pauling și Robert Corey)
•2 tipuri structuri secundare:
1. Structura α-helix
2. Structura β-foaie pliată

În ambele structuri, lanțul polipeptidic poate să se plieze în

mod regulat într-o structură repetitivă

Ulterior, s-au evidențiat alte structuri nerepetitive: structuri

în “agrafă de păr” (engl. "β-turn" sau "hairpin turn"), bucle
(engl. loop), regiuni de intoarcere (engl. turn)

Toate aceste structuri repetitive și nerepetitive contribuie la

formarea nivelului de organizare secundar al proteinei
α-helixul ia naștere prin înfășurarea
helicoidală (spiralată) a lanțului
polipeptidic pe suprafața unui cilindru
ipotetic
Fiecare tură (spiră) a α-helixului =
alcătuită din 3-6 resturi de aa
Structura = stabilizată prin punți de H
intracatenare între grupele carbonil
și imino
-Fiecare grupă carbonil formează 1 leg
de H cu cea de-a 4 a grupă imino din
secvența polipeptidică
-Leg. de H = dispuse aproape perfect
paralel cu axa α-helixului
-Radicalii aa componenți = orientați
spre exteriorul α-helixului ceea ce
condiționează interacțiunea lor
Stabilitatea helixului poate fi influențată de compoziția
structurii primare a proteinei

Anumiți aa favorizează structura spiralată: Ala, Glu, Leu, Met

Alți aa întrerup structura helicoidală: Pro, Gly, Tyr, Ser

Stabilitatea helixului este mult micşorată în stare dizolvată a

proteinei
Acidul glutamic, de natură sintetică, are înfăţişare α-helix în
mediul acid, în timp ce în mediul bazic, datorită ionizării
grupărilor carboxilice laterale, respingerea lor electrostatică
rupe legăturile de hidrogen şi molecula capătă o înfăşurare
întâmplătoare (din engl. "random coil")

În proteinele naturale formate din L-aa predomină α-helixul de

dreapta, care este mai stabil energetic
O altă variantă a structurii secundare = modelul "straturilor
pliate“ sau ß-structura
În proteine : 2 tipuri de ß-structură
1. Modelul straturilor pliate antiparalele: format din lanțuri
polipeptidice întinse în formă de zigzag, cu o strucutră
structură asemănătoare unei foi pliate
Un lanț al unei structuri pliate este format din 5-10 sau mai
multi aa
Ambele tipuri de ß-structură sunt stabilizate prin
punți de hidrogen intercatenare între grupările
carbonil și imino ale legăturilor peptidice din
lanțurile polipeptidice adiacente
• R sunt orientaţi alternativ, de o parte şi de alta a
planului leg. peptidice
 CO HN O
C CO CO CO
HN O H
C N HN HN HN

Structurile secundare β H
CR RCH H
CR H
CR H
CR H
CR
OC N
H OC OC
pot fi formate din lanțuri
OC OC
H O
N C NH N
H H
N N
H

orientate paralel sau RCH

CO H
N
HCR R
CH
C
O
R
CH R
CH R
CH

antiparalel
CO CO CO
H
N C
O H
N H
N H
N H
N

ANT
IPARALEL(A) PARALE
L
Lanțurile în structurile β
pot avea o orientare plată
(B) sau răsucită (C)
• Acest tip de structură apare în proteinele fibrilare
(separat) sau împreună cu α-helix

• La proteinele globulare apare structura β, fie între

segmentele aceluiaşi lanţ, fie aparţinând unor
lanţuri diferite, prin schimbarea bruscă a direcţiei
lanţului polipeptidic- răsucire β sau răsucire în “ac
de păr”
 Conformația  cu lanţuri paralele
R O H R
H R H O H H
C N C C
C N C
C N C C N C
N C N C
H H O H R H O
O H R

H R H O H R
H O H R
C N C
C N C
C N C C C
N C C N N C
H H O H R H O
O H R

Conformația  cu lanţuri antiparalele

R H R H O H R
H H O
C C N C C
N C C C
N C C N C N
N C
H H O H R H O
O H R

O H H R O H
O H H R N
C C C N
C N C
C C C N C
C N C N
H R H H R O H H R
O
 Structura terțiară a proteinelor

Structura terţiară este dată de poziţia relativă în spaţiu a

lanţurilor polipeptidice care formează o proteină

Prin structura terțiară se înțelege replicarea și înfășurarea

lanțurilor peptidice cu structurile lor helicoidale și ß-pliate
într-o organizare spațială complexă sub formă de ghem sau
globulă
 Structura terțiară este determinată de
interacţiunile dintre radicalii R (nr. şi felul
interacţiunilor)

 La acest nivel de organizarea proteina dobândeşte

conformaţia sa nativă, funcţională

 Catenele laterale hidrofobe sunt dispuse în interiorul

moleculei, iar grupările hidrofile sunt la exteriorul
moleculei
 Tipuri de legături necovalente
stabilite între radicalii R ai aa.:
1.legături ionice:între radicali cu
sarcini negative (aspartil, glutamil)
şi cei cu sarcini pozitive
(lizil, histidil, arginil)
2.Interacţiuni hidrofobe: între
radicalii aa nepolari (valil, alanil,
leucil, izoleucil, fenilelanil)
3.Legături disulfidice: între
resturile cisteinil
4. Legături de hidrogen între
radicalii cu grupări -OH (seril,
treonil), amidice (glutamil, asparagil),
fenolice (tirozil)
Structura terțiară este o structură stabilă datorită:
- interacțiunilor hidrofobe dintre radicalii laterali ai aa
CH
CH
H3C CH3
H3C CH3
CH
CH

- legăturilor de hidrogen
CH

O
H
_
O
C=O

- legăturilor disulfurice
CH
CH2 C O
S _
O
S +
NH 3
CH2
CH
Mioglobina se găseşte în muşchiul cardiac şi striat şi
reprezintă un deposit tisular de oxigen
Este considerată cel mai sensibil indicator al infarctului
miocardic
Conţine un singur lanţ polipepdic, 153 resturi aa şi o grupare
prostetică hem
Lanţul cuprinde 8 segmente elicoidale (A, B, C..H)-75%

Acestea sunt separate de joncţiuni neelicoidale, la nivelul

cărora lanţul îşi schimbă direcţia

Radicalii polari (hidrofili) sunt orientaţi spre exteriorul

moleculei iar radicalii nepolari (hidrofobi) spre interior, unde
formează un buzunar hidrofob (se găseşte hemul)

Miezul hidrofob al moleculei, unde se găseşte gruparea hem

este esenţial pentru menţinerea stării de oxidare a Fe +2 şi deci
a funcţiei Mb. 45
 Structura cuaternară a proteinelor

• reprezintă cel mai înalt nivel de organizare al proteinelor

• Rezultă din interacțiunea lanțurilor polipeptidice
independente care au deja o structură primară, secundară și
terțiară bine definită

Lanţurile polipeptidice individuale se numesc monomeri,

protomeri sau subunităţi

Proteinele care au în structură mai mulţi protomeri prezintă

ca nivel superior de organizare structura cuaternară

Structura cuaternară descrie modalităţile de interacţiune

ale subunităţilor (monomeri) care alcătuiesc o proteină
oligomeră (multimeră)
Structura cuaternară prezintă distribuţia spaţială a
subunităţilor şi stabileşte ansamblul interacţiunilor şi
contactelor dintre subunităţile unei proteine
Structura cuaternară este determinată de legături slabe,
necovalente: legături de hidrogen, ionice, interacţiuni
hidrofobe

 Acestea se manifestă la nivelul suprafeţelor complementare

ale monomerilor

 Structura cuaternară indică numărul şi felul protomerilor,

natura interacţiunilor şi conformaţia în ansamblu a proteinei
oligomere

Funcţia specifică a unei proteine oligomere se manifestă

numai la nivelul structurii cuaternare, protomerii separaţi fiind
inactivi
 Structura cuaternară a proteinelor
Hemoglobina
Hb - un agregat tetramer format din 4 lanţuri polipeptidice,
fiecare cu structura sa primară, secundară şi terţiară, legate între
ele prin legături de H, legături van der Waals, legături polare
Fiecare protomer este format dintr-un lanţ polipeptidic legat de o
grupare prostetică, hem
 •Hemul Este o structură heterociclică asociată cu Fe+2
•Nucleul este reprezentat de complexul format din protoporfirina
IX și Fe2+
• protoporfirina : - 4 nuclee pirolice unite prin punţi metinice
•4 radicali metil
• 2 radicali vinil
• 2 resturi de acid propionic
• Structu • Structur • Structu • Structura
ra a ra cuaternar
primar secund tertiara a
ă ara

• Amino • Catena • Subunita

acizi polipep tile
legati tidica proteice