Enache Valentina, Biochimie an I

Inozitol 2-dehidrogenaza Universitatea Bucuresti, Facultatea de Biologie

Student:Valentina Enache Sectia: Biochimie, grupa 1, subgrupa An universitar: I

Enache Valentina, Biochimie an I

Enzimele
Enzimele sunt catalizatori biochimici propriu-zisi, asadar sunt compusi care maresc viteza reactiilor chimice ce se desfasoara in sistemele biologice, fara sa se consume in cursul lor. Termenul de enzima=in drojdie. Avand in vedere ca enzimele sunt biocatalizatori, legile catalizei se aplica fireste si in cazul lor. Enzimele, ca toti catalizatorii, nu catalizzeaza decat reactii termodinamic posibile, decurgand in sensul stabilirii unui echilibru.

Clasificarea enzimelor
Dupa o clasificare mai noua, realizata de Union of Biochemistry Commission of Enzymes 1961, enzimele sunt impartite in sase clase: 1.Oxido-reductaze 2.Tranferaze 3.Hidroraze 4.Liaze 5.Izomeraze 6.Ligaze sau sintetaze Aceste clase sunt impartite la randul lor, dupa anumite criteria, in clase si subclase. Astfel, fiecare enzima are codul ei, poate fi identificata exact dupa un anumit cod care contine patru cifre. Prima reprezinta clasa din care face parte enzima, cea de-a doua reprezinta subclasa, cea de-a treia cifra reprezinta subsubclasa, iar cea de-a patra reprezinta numarul de ordine al enzimei in subsubclasa respectiva.

Inozitol 2-dehidrogenaza
Enzima inositol 2-dehidrogenaza este recunoscuta prin codul E.C. 1.1.1.18. Asadar, aceasta face parte din clasa oxidoreductazelor, care actioneaza

Enache Valentina, Biochimie an I asupra unui sistem REDOX in care donorul de -ni si protoni este un alcool, iar acceptorul este NAD cu numarul de ordine 18. Se mai gaseste si sub denumirea de mio-inozitol dehidrogenaza. Aceasta enzima participa la urmatorul echilibru chimic.

Mio-inozitol+ NAD(+)=2,4,6/3,5 pentahidroxiciclohexan+NADH

+ Myoinositol NAD(+)

= 2,4,6/3,5pentahydroxycyclohexanone

NADH

Inozitol (C 6 H 12 6 ) este o substan care acioneaz ca un factor de cretere pentru animale i microorganisme, adesea folosit ca un complex de vitamina B.

Enache Valentina, Biochimie an I Inozitolul, care se gaseste mai abundent sub forma de mio-inozitol, cis1,2,3,4,-trans-4,6 ciclohexanol. Acesta este un polialcool care joaca un rol important in calitatea de baza structurala pentru mesagerii secundari in celulele cum ar fi fosfat-inozitol(IPN). Inozitolul se gsete n multe alimente, n special n cereale i fructe. Mio-inozitol a fost considerat, la inceput, o vitamina aparinnd complexului B, dar nu mai este considerat, deoarece aceasta poate fi sintetizat de organismul uman. Inozitolul este baza a numeroase semnale celulare, fiind implicat in numeroase procese biologice, cum ar fi asamblarea citoscheletului, controlul concentratiei intracelulare de Ca2+, meninnd potenialul de membran a celulelor, modularea activitii insulinei ; descompunerea grsimilor , niveluri reduse de colesterol din snge. Nicotinamid adenin nucleotid, abreviat NAD +, este o coenzima gasita n toate celulele vii. Compusul este o dinucleotida, de vreme ce const din dou nucleotide unite prin grupurile lor fosfat. O nucleotid contine o baz adenina i cealalta nicotinamida. In metabolism, NAD + este implicat n reactii redox, care transport electroni de la o reacie la alta. Coenzima este, prin urmare, gsita n dou forme n celule: NAD + este un agent de oxidare - accepta electroni de la alte molecule si devine redus. Aceast reacie face NADH, care poate fi apoi folosit ca un agent de reducere in donarea de electroni. Aceste reactii transfer de electroni sunt principala funcie de NAD +. Cu toate acestea, este, de asemenea, utilizat in alte procese celulare, cel mai notabil fiind un substrat de enzime care adauga sau elimina grupe chimice din proteine, n modificari posttranslational. Datorit importantei acestor functii, enzimele implicate in metabolismul NAD + sunt obiective pentru descoperirea de droguri. n organisme, NAD + poate fi sintetizat din aminoacizi triptofan sau acid aspartic. n mod alternativ, componente mai complexe ale coenzimelor sunt preluate din alimente ca vitamina numita niacina. Compui similari sunt eliberati de reacii care descompun structura de NAD +. Aceste componente preformate trec apoi printr-o cale de salvare pe care le recicleaz napoi n forma activ. Unele NAD + sunt, de asemenea, transformate n nicotinamid adenin dinucleotid fosfat (NADP +); chimia acestei coenzima este similar cu cea a NAD +, dar are diferite roluri n metabolismul. In urmatoarele articole sunt prezentate functiile enzimei inozitol 2 dehidrogenaza, care se gaseste mai frecvent sub forma de mio-inozitol 2-

Enache Valentina, Biochimie an I dehidrogenaza, in diferite organisme, cum ar fi Bacillus subtilis precum si structura aceteia.

Ancheta structurala de mio-inositol dehidrogenaza de la Bacillus subtilis: implicatii pentru mecanismul catalitic i clasificare subfamiliei inozitol dehidrogenazei.
Inozitol-dehidrogenaza din Bacillus subtilis (BsIDH) este o enzim dependent de ADN care catalizeaza oxidarea axiala a gruparii hidroxi de la mio-inositol, pentru a forma scilo-inosose. Noi am determinat structurile de cristal de tip slbatic BsIDH si a K97V mutant inactiv n apo-, holo- i complexe ternare cu inozitol si inosose. BsIDH este un tetramer cu un aranjament nou constnd din dou -coli lungi continui, format din toti cei patru monomeri, n care cele dou componente centrale sunt rasucite pentru a forma nucleul de tetramer. Fiecare subunitate din tetramer este formata din dou domenii: un domeniu N-terminal Rossmanns coninnd locul cofactorliant, si un domeniu C-terminal continnd locul inozitol-legare. Analiza structural ne-a permis s determinam reziduuri importante n cofactor i liantul substrat. Lys97, Asp172 i His176 reprezinta triada catalizator implicate n mecanismul catalitic de BsIDH, similar cu ceea ce a fost propus pentru enzime conexe i dehidrogenaze cu catena scurt. n plus, o schimbare conformaional n inelul nicotinamida a fost observat n unele complexe ternare, sugernd transferul hidrura la si fata de NAD +. n cele din urm, compararea structurii si secventei de BsIDH cu alte inozitol dehidrogenaze putative ne-a permis s difereniem aceste enzime n patru subfamilii bazate pe ase motive secventa de consens definesc cofactor-i siturile de legare a substratului.

O gena funcionala de mio-inozitol dehirogenaza este necesara pentru fixarea eficient a azotului si competitivitatea in Sinorhizobium fredii USDA191 la nodulate de soia (Glycine max [L.] Merr.).
Compuii inositol derivati furnizeaz o surs de nutrieni pentru bacteriile din sol, care au capacitatea de a degrada astfel de compui. Tulpinile Rhizobium, care sunt capabile s utilizeze anumii derivai inositol sunt colonizatori buni de plante gazd. Am clonat i determinat secvena nucleotidic a genei

Enache Valentina, Biochimie an I dehidrogenazei mio-inositol (idhA) din Sinorhizobium fredii USDA191, prima enzima responsabil de catabolismul inozitolului. Proteina IdhA dedusa are o mas molecular de 34648 Da i arat similitudine semnificativ secven cu secvenele de proteine de Sinorhizobium meliloti IdhA i Moca; Bacillus subtilis IolG, YrbE, i YucG; i Streptomyces griseus stri. S. fredii USDA191 idhA mutante a relevat nici o activitate detectabil dehidrogenaza mio-inositol i nu a reuit s creasc de la mio-inositol ca unic surs de carbon. Analiza Nord Blot i idhA-LacZ studii de expresie fuzionate indica faptul ca idhA este indus de Myo-inositol. S. fredii USDA191 idhA mutanta a fost drastic afectat n capacitatea sa de a reduce azot i a artat deteriorarea bacteroizilor in interiorul nodulilor. Numrul de bacterii recuperate din astfel de noduli a fost aproximativ de trei ori mai mic dect numrul de bacterii izolate din nodulii iniiali de S. fredii USDA191. n plus, idhA mutant a fost, de asemenea, afectat grav, n capacitatea sa de a concura cu tulpina de tip slbatic din soia nodulata. n condiii de concuren, nodulii indusi pe rdcini de soia au fost ocupate n special de tulpina mam, chiar i atunci cnd idhA mutanta a fost aplicat la un avantaj numeric de 10 ori. Astfel, putem concluziona c este necesar o gen funcional idhA pentru fixarea eficient a azotului i pentru noduli competitivi de soia de S. fredii USDA191

Bacillus subtilis inozitol dehidrogenaza- codarea genei (IDH): secven i expresie n Escherichia coli.
Inozitol dehidrogenaza din Bacillus subtilis (Idh), care codific gena (IDH) a fost clonat n B. subtilis fagi temperat, Rho 11, iar apoi n Escherichia coli (plasmide pBR322 i pUC118).Secvena nucleotidic a genei IDH, care const din 344 de codoni i al cror produs are o dl de 38351, a fost determinat. E. coli, care poart pIOL05d15, n care expresia genei IDH este sub controlul lac promotor de pUC118, supraprodus o Idh activa de aprox. 20% din totalul proteinei prin adugarea de izopropil-beta-D-thiogalactopyranoside. Aceast enzim supraprodusa reactioneaza incrucisat cu un anticorp anti-Idh, i expune aceeasi gena i specificitate de substrat ca i cele ale enzimei din B. Subtilis.

Efectele radicalilor liberi de oxigen de pe membrana mio inositol dehidrogenaza din Bacillus pumilus tulpina 5

Enache Valentina, Biochimie an I Cantitti micromolare de superoxid dismutaza (SOD) sau parabenzochinona (PBQ) inhiba membrana legata mio inozitol dehidrogenaza de Bacillus pumilus tulpina 5 n modul in care aceasta enzime transfera electronii la 2,6 diclorfenol indofenol (DCPIP). Tendintele de inhibitie sunt similare cu cele raportate anterior de noi pentru inhibarea manitolului si benzoatului. Am postulat c transferul de electroni de la enzima la DCPIP implic n pasii sai de limitare a ratei, un intermediar catalitic n natura superoxidului (O2-) i / sau radicalului hidroxil liber (OH.). Baleiajul unuia sau ambilor radicali, prin urmare, inhib reacia de transfer de electroni. PBQ servete ca o chiuvet electroni n reacie prevenind reducerea DCPIP.

Oxidarea stereoselectiv de derivate inozitol protejate catalizate de inozitol dehidrogenaza din Bacillus subtilis
Dehidrogenaza inozitol (CE 1.1.1.18) din Bacillus subtilis este dovedit ca are o cavitate nepolare adiacenta la situsul activ, permind derivailori racemici protejati de inositol, cum ar fi 4-O-benzil-mio-inositol s fie recunoscute cu ajutorul stereoselectivitii aparent foarte ridicata.

Represiune catabolica de inozitol dehidrogenaza i sinteza kinazei gluconat de la Bacillus subtilis.

Reglementarea inducerii inozitol dehidrogenazei (CE 1.1.1.18) i gluconat de kinazei (CE 2.7.1.12) a fost studiat la Bacillus subtilis. Dehidrogenaza inozitol este indusa de mio-inositol si kinazei gluconat este indus de D-gluconat. Ambele inducii au fost puternic reprimate de caloriile metabolizate rapid cum ar fi D-glucoz, D-manoz, D-fructoz si glicerol (D-glucoz avut cel mai puternic efect represive), dar acestea au fost slab reprimate de carbohidrai metabolizati incet. Dei fiecare carbohidrat a avut un efect puternic asupra inducerii inozitol dehidrogenazei dect cea a kinazei gluconat, ea a artat o tendinta similar n ceea ce priveste gradul de reprimare a fiecrei inductii. Aceast reprimare catabolica nu putea fi diminuat prin adugarea de AMP ciclic la mediu. n plus, D-glucoz nemetabolizate analog nu au sau au avut efecte slabe de represiune . Presupunand ca glucidele metabolizate rapid ar putea fi metabolizate pentru a reprima ambele inducii, acesta a fost investigat dac mai multi mutani blocati n calea Embden-Meyerhof puteau produce metabolitul (e) (represor) pentru a le reprima. O fosfoglicerat kinaza

Enache Valentina, Biochimie an I (CE 2.7.2.3) mutanta deficita ar putea produce represor de la D-glucoza, Dmanoz D-fructoz i glicerol, dar alti mutanti pot sa nu-l produc de la carbohidrati n imposibilitatea de a fi metabolizat n fiecare mutant. Astfel, reprimarea catabolizata de ambele inducii enzimatice prea s fie n conformitate cu regulamentul similar. Identificarea posibil a represorului de inducerea n inozitol dehidrogenazei i kinazei gluconat in vivo a fost discutat. In concluzie, enzima inozitol 2-dehirogenaza este implicata in mai multe procese biologice cum ar fi catalizarea oxidarii axiale a gruparii hidroxi de la mio-inositol, pentru a forma scilo-inosose descoperita in Bacillus subtilis. Compuii inositol derivati furnizeaz o surs de nutrieni pentru bacteriile din sol, care au capacitatea de a degrada astfel de compui. Deasemenea are un rol imporatant in codarea genei (IDH) din Escherichia coli, precum si la fixarea azotului la Sinorhizobium fredi in nodulate de soia.