Legatura de hidrogen

http://www.northland.cc.mn.us/biology/Biology1111/animations/hydrogenbonds.html

Structuri biologice:
aspecte generale
Pentru biolog:
Organizarea mcroscopica sau
microscopica vizibila a unui organism

Exemple

Structura
scheletului
www.enchantedlearn
ing.com/.../skelcolor.
GIF

Structura celulei

http:/
/www
.cellsa
live.co
m/

Structura mitocondriei

http://micro.
magnet.fsu.e
du/cells/mito
chondria/ima
ges/mitocho
ndriafigure1.
jpg

In biofizica

Termenul de structura are o definitie

mai larga

Se aplica si la:

Structura atomilor

http://molaire1.club.fr/e_atomequan1.gif

Marimi dependente de
timp

Electrocardiograma normala

Sonograma radarului la
lilieci

Retele metabolice

Ecosistem

Matematica

Sistem: agregat de elemente cu o

anumita interelatie dintre ele
Structura sistemului: totalitatea
interelatiilor

In biofizica
Sisteme
Realtiile dintre

elemente

DINAMICE

INTERACTIUNI

Retele metabolice
Elementele
sistemului:
metabolitii
Interactiunile:
reactiile metabolice

Ecosistem
Interactiune
dintre

indivizii populatiei

Macromolecule biologice
ca sisteme

Exista patru nivele de organizare

Structura primara
Secventa liniara a monomerilor
elementelor) dintr-un lant monomer
liniar (sistem)

Structura secundara

pozitionarea in spatiu a monomerilor (elementelor)

intr-o parte a moleculei (sistemului) unul relativ la
celalalt

Structura tertiara
pozitionarea in spatiu a
regiunilor omogene de structuri
secundare (elemente) dintr-o
molecula (sistem

Structura cuaternara
http://pqs.ebi.ac.uk/
pozitionarea in spatiu a
macromoleculelor (elemente)
intr-un complex supramolecular
(sistem).

Structuri periodice
(cristale)
Structuri neperiodice
(structuri biologice)
cristale aperiodice: structura
inalt organizata de elemente
care nu se repeata periodic

Procesele de formare a structrilor

biologice (dezvolare a vietii,
reproducere, )

Entropia SCADE

PARE sa fie in contradictie

cu principiul al doilea al
termodinamicii
Procese spontane din sisteme
IZOLATE se produc cu o
crestere a entropiei
In sisteme IZOLATE entropia
atinge maximul

Nici un sistem biologic (chiar

ecosistem!) incluzind si mediul NU
poate fi considerat izolat

Pamintul NU este un
sistem izolat
Primeste energie de la Soare
Emite (iradiaza) energie

Flux permanent de
energie (substanta)

Sistemele biologice sunt

sisteme dinamice la
nechilibru

Structuri la echilibru:

Cristale de sare obtinute prin

evaporarea apei
Structuri la neechilibru (disipative)

Autoasambalarea
(autooraganizarea)

Plierea spontana a proteinelor

Aranjarea in structuri supramoleculare
(complexe enzimatice)

Entropie
Masura

a ordinii

Masura

a dezordinii (lipsei de

ordine)

Un sistem cu maxim de dezordine

maximul de entropie

Entropia este un
parametru extensiv
Entropiile S1 si S2 a
doua subsisteme se pot
suma

S=S1+S2

Miscarea termica,
ordine si probabilitate

Relatia distributia arbitrara

si organizarea (ordine)

Auto-organizarea si stabilitatea structurilor

Entropia:

Gradul de dezordine

Model simplu:
4:0

3:1

2:2

Care este probabilitatea de

realizare a unei distributii
(4:0,3:1, )??

Probabilitate termodinamica

Numarul de posibilitati prin

care se realizeaza o anumita
situatie este proportiala cu

Probabilitatea termodinamica

Entropia

S=f(W)

Probabilitati (AND)

Pentru doua situatii care se realizeaza

cu probabiltatile W1 si W2

Care este probabilitatea de realizare a

situatiei combinate (1 AND 2)?

W= W1 . W2

S=f(W)=S1+
S2
f(W1)+f(W2) =
W2)

.
f(W1

Ce functie matematica
indeplineste aceasta proprietatea?
ln A + ln B = ln (A. B)

S= k ln W
Entropia este proportionala cu
W
Ecuatia lui Boltzmann a
entropiei

K este constanta lui Boltzmann

K = 1,380658 10-23 J/K = 8,6174 . 10-5 eV/K

De la bile la
molecule

Energii

n molecule

n1 energia W1
n2 energia W2W

..

nm energia Wm

n!

n1! n2! n3! nm!

Legatura dintre informatie si

entropie
Este primavara

Este frumos afara

Ploua
Ninge

Informatia valoroasa

probabilitate de
realizare

scazuta

Moneda, carti de joc,

Este
mai

usor
????

De ghicit o
fata a
monedei
decat o
carte de joc

Definirea probabilitatii in
matematica:
P= (numarul de cazuri
favorabile)/
(numarul de cazuri
posibile)

Exemple matematice

Probabilitatea de obtinere
1/2
cap/pajura
o fata a
1/6
zarului

Deosebiri intre
probabilitatea
termodinamica si
probabilitatea matematica
(informationala)

W >1
0 < P <1

Dar
I=f(P)

I=K ln P
Ecuatia lui
Shannon

I=K ln P
Unitati de masura:

Unitatea de masura a lui I este

determinata de unitatea de masura a lui K

Cea mai frecventa unitate

de masura este
Bit= binary decision
Decizie binara = da/nu

Exemplu: ghicirea unei

fete a menedei

1 bit

I=K ln P
K = - 1 / ln 2 = 1,443
I= -1,443 ln
P

= - log2 P
I in
biti

Termodinam Teoria
informatie
ica
Informati
Entropi
e
e

S=k ln P
Ecuatia
UnBoltzmann
sistem izolat tinde
spre maximul de
entropie

I=K ln
P
Ecuatia
Shannon
In trasmiterea

informatiei se pierde
valoarea informatiei

Sistemele vii se hranesc cu

entropie negativa

negentropie

Continutul de informatie al
unei proteine
Probabilitatea prezentei unui
aminoacid intr-un anumit loc
din secventa proteinei
Continutul de informatie al
fiecarui monomer

Sumarea valorilor monomerilor

Acid nucleic

Patru perechi de baze

2 bit/ baza

Exemplu: AND de 15000 perechi de baze

30.000 biti