Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
Biochimice
Prof. dr. ing. Vasile Lavric
Departamentul de Inginerie
Chimica
Evaluarea cunotinelor
Examen
Test grila cinci variante pentru fiecare ntrebare; acces liber la documentaie
Notarea:
A) nici o varianta aleasa, Zero puncte;
B) toate variantele bifate, Zero puncte;
g p g
C) pentru orice alta situaie, se aplica formula: P
b 1
g nseamn numrul variantelor corecte bifate, pg nseamn ponderea variantei g
iar b nseamn numrul variantelor greite bifate.
Exemple:
3 1
3 1
P
3 1
P
Modelarea proceselor
Realitatea
Procesul care trebuie
modelat
Abstractizare
Model Fizic
Realitatea, aa cum o
nelegem
Ipoteze
simplificatoare
Modelul Matematic
Realitatea, aa cum o
putem prezice
5/2/15
mbuntiri
Condiii la
limit
Model departe de
realitate
Beneficiile modelarii
mbuntete nelegerea fenomenului modelat
evidenierea principalelor relaii cauza efect
intercondiionarea proceselor componente
simulrile permit investigri in zone periculoase/greu de atins
experimental
programarea experimentelor
parametrii puin senzitivi
zonele experimentale de interes
proiectare si control
predicia modelului permite o mai buna proiectare a
echipamentului
adecvarea la realitate permite controlul echipamentului
educaie
5/2/15
si perfecionare
Reactoare Chimice si Biochimice
Etapele modelarii
5/2/15
1.
Definirea
cunostintelor
teoretice
si
experimentale la care se va face apel.
2.
Etapele modelarii
3.
5/2/15
Identificarea
constringerilor
si
ipotezelor
utilizate in deducerea modelului.
unitile de msur
Etapele modelarii
5/2/15
3.
4.
Implementarea algoritmului
5.
Depanarea
Reactoare Chimice si Biochimice
Reactoare chimice
Definitie:
Reactorul chimic reprezinta spatiul inchis unde se
desfasoara o reactie chimica; in cadrul procesului, unele
specii (reactanti) sufera anumite transformari (devenind
produsi), legea conservarii masei aplicandu-se fara exceptie.
Reactorul chimic de tip hibrid asigura separarea in situ a
produsilor doriti sau a celor intermediari, avand drept
consecinta nu doar scaderea costurilor totale de productie,
dar si cresterea vitezei de proces datorita gradientilor chimici
mai mari.
Orice proces chimic industrial are drept scop producerea economica
a unui produs dorit dintr-o varietate de materii prime, printr-o
succesiune de pasi, care poate fi conturata intr-o schema de flux
generala.
5/2/15
Reactoare chimice
Schema de flux a unui proces chimic oarecare
Materii prime
Pasi de tratare
fizica anteriori
procesarii chimice
Etapele procesarii
chimice
Pasi de tratare
fizica ulteriori
procesarii chimice
5/2/15
Produsi
Modelarea bioreactoarelor
PROCE
S
CHIMIC
BIOPR
OCES
5/2/15
10
dS
Mecanismele posibile:
de transport
convectiv
difuzional
de generare
la suprafa
n volum
5/2/15
11
acumulat
transportat
generat
particularizat, funcie de modul n care este exprimat proprietatea P
scalar
P dV P v n dS n dS F n dS
t
V
S
S
S
G dV
vectorial
F n dS
PdV Pv n dS n dS
t V
S
S
S
5/2/15
GdV
12
5/2/15
13
Reactoare chimice
Clasificarea reactiilor chimice pentru modelarea reactoarelor
Non-catalitice
Majoritatea reactiilor in faza
gazoasa
Omogene
Arderea carbunelui
Sinteza amoniacului
Oxidarea minereurilor
Eterogene
Catalitice
14
Lista unor
produse de
fermentaie si a
valorilor lor de
piaa
5/2/15
15
Bioprocese
5/2/15
Biochimic
e
Biologic
e
Enzime
(in
vitro)
Enzim
e
(in
vivo)
16
Enzimele (Proteine)
formate dintr-o
secven liniar de
aminoacizi legai prin
puni peptidice (legtura
dintre o grupare -amino
a unui aminoacid si
gruparea -carboxil a
celuilalt aminoacid;
legtura peptidic
legtur parial dubl,
aflat aproape
ntotdeauna in
configuraia trans;
structura
primar
5/2/15
secundar
17
Enzimele (Proteine)
foarte mare specificitate pentru o anumita reacie sau grup
de reacii.
active doar in condiii stricte
cresc viteza procesului
nu modific echilibrul chimic (scad energia de activare).
Zona activ - responsabil de legtura cu substratul de
reacie si conversia sa in produi (forma unei 'crevase' in masa
proteinei, in care substratul se cupleaz chimic prin legturi
multiple).
5/2/15
18
Celulele
Celulele clasificare general
procariote (bacteriile si algele verzialbastre)
structura intern simpl
cele mai rspndite organisme de pe
pmnt
eucariote (origine animal sau vegetal)
structur intern complex
se pot specializa ca pri ale unei structuri
externe complexe
5/2/15
19
Elemente de stoechiometrie
Reactii simple
j 1
Reactii multiple
Aj 0
i 1
5/2/15
j 1
ij
A 0
Aj 0
20
Elemente de stoechiometrie
Nicotinamid-dinucleotidadenina hidrogenata
(redusa)
Coenzima
A
Nicotinamiddinucleotid-adenina
fosfat
Nicotinamid-dinucleotidadenina - coenzima
Calea pentozo-fosfatului
Adenozin-difosfat
5/2/15
Adenozin-5'-trifosfat
Grupare
fosfat
21
Elemente de stoechiometrie
Procesul fermentativ este aproximat, de obicei, printr-o ecuaie general
Substrat + Sursa de azot + O2 Microorganism + Produs + CO2 + H 2O
t CH l Om t NH 3 t O2
CH aOb N c
t CH
pOq N r
t H 2O t CO2
Coeficieni
stoechiometrici,
5/2/15
22
Elemente de stoechiometrie
Randamente
5/2/15
23
5/2/15
24
Conversia
Proces descris de o singura ecuaie
S
j Aj 0
a A b BK
j 1
kd
kr
qQ s SK
N A0 N A
XA
;
N A0
NB0 N B
XB
N B0
N A N A0 1 X A
b
N B N A0 M BA X A
a
5/2/15
N Q N A0
N S N A0
b N A0
XB
XA
a N B0
q
M QA X A
N Aj 0
a
M jA
s
N A0
M SA X A
a
25
j 1
N Aj N Aj 0
j 1, 2,K , S
N Aj 0
ij
i 1
; i 1, 2,K , R
Reacii multiple
Aj
Aj 0
N A j N A j 0 j
R
j 1
ij
Aj 0
N A j N Aj 0 ij i
i 1
NT NT 0 ij i
j 1 i 1
5/2/15
26
C Aj
N Aj
V
j
C Aj C A0 M jA X A
a
j
j
N A0 M jA X A
M jA X A
a
a
C Aj
C A0
V0 1 A X A
1 A X A
NT
X A 0
X A 1
X A 0
5/2/15
X A 0
NT
NT
X A 0
X A 0
X A 1
X A 1
X A 1
27
y Aj
N Aj
NT
Reacii singulare
j
j
N A0 M jA X A
M jA X A
a
a
y Aj S
S
j
j
N A0 M jA X A M jA X A
a
a
j 1
j 1
Reacii multiple
R
y Aj
N Aj 0 ij i
i 1
S
R
NT 0 ij i
j 1 i 1
5/2/15
y A j 0 ij M i
S
i 1
R
1 ij M i
j 1 i 1
28
Termodinamica
Termodinamica
Caldura degajata sau absorbita in timpul procesului
caldura adaugata
caldura adaugata
chimic
caldura
absorbita
caldura
absorbita
pentru ca reactantii
in
timpul
reactiei
sa fie adusi
la temperatura T
de
la
T
la
T
2
1
pentru ca produsii
in timpul reactiei
la temperatura T sa fie readusi
1
de
la
T
la
T
1
2
H r 2 H 2 H1 reactanti H r1 H 2 H1 produsi
T2
H r 2 H r1 C p dT
T1
C p j C p , A j
j 1
G j GA0 j RT ln K
0
j 1
5/2/15
29
V dt
volumul de fluid timp
V poate fi nlocuit de A (arie), W (masa de catalizator),
Vw (volumul de catalizator), Vr (volumul reactorului)
suprafata
volum
volumul
volum
masa de
Aj
Aj
Aj
Aj
rAj
solidului
desolid
reactorului
de fluid
solid
1 1
ri
V ij
5/2/15
dN Aj
1 d i
, i 1, 2,K , R
dt i V dt
Reactoare Chimice si Biochimice
30
dN A j
dt
V j r V rAj
dN Aj
dt
5/2/15
dN Aj
i 1
ij V ri V rAj
dt i i 1
31
A B
kd
kr
Q S , KC
rinvers kr CQ CS
rdirect kd C A CB
Echilibru
rS ,direct rS ,invers 0
KC
k d CR CS
k r C AC B
Tema de casa
32
Cinetica enzimatica
Deoarece substratul si enzima interacioneaz prin intermediul
legturilor cu raza scurta de aciune, care necesita un contact
apropiat, substratul trebuie sa aib o matria corespunztoare in
enzima
Mecanisme:
cheie-lcat, care si-a dovedit limitele in timp;
geometrie indusa matria enzimatica se formeaz abia in urma
interaciunii cu un anume substrat;
legare neproductiva.
5/2/15
33
Cinetica enzimatica
Mecanismul
lcat
cheie-
5/2/15
34
Cinetica enzimatica
Modelul
indus
geometrie
35
Cinetica enzimatica
Modelul geometriei
induse
5/2/15
Cinetica enzimatica
Modelul legrii
neproductive
5/2/15
Numai substratul
specific se poate
lega la centrul
activ in mod
corect, restul
legndu-se la mai
puine grupuri
catalitice (active),
37
reacia
neputnd
Cinetica enzimatica
Clasificarea enzimelor dupa tipul de
reactii catalizate
5/2/15
38
Cinetica enzimatica
Fie calea elementara de convertire a substratului S in produsul P
sub actiunea enzimei E:
E S
ES
k 1
k1
k2
k2
EP
Cinetica enzimatica
Viteza iniial
Cantitatea de produs format
este reprezentata funcie de
timp.
5/2/15
Cinetica enzimatica
41
Cinetica enzimatica
Elementul esenial in determinarea unei expresii cinetice este ipoteza
pseudo - staionaritii complexului activat, intermediarul catalitic
avnd energia cea mai mare.
Se pleac de la ecuaiile stoechiometrice elementare:
k1 ES
E S
k2 E P
k1
5/2/15
42
Cinetica enzimatica
Conform cu observaiile experimentale, consideram ca obinerea
produsului este un proces de ordinul unu
V0 k2 ES
In conditii de pseudo-stationaritate
d ES
0 k1 E
S k1 k2 ES
dt
k1 E S
k1
k 2 ES
Dup rearanjare
E S k1 k2
k1
ES
KM
k 1 k 2
k1
43
Cinetica enzimatica
Concentraia complexului activ poate fi calculata din condiia de
pseudo - staionaritate:
E S
ES
KM
E T E ES
ES
E ES S
V0 k2 E T
KM
ES E T
S
KM S
S
KM S
5/2/15
Ecuatia Michaelis-Menten
S
V0 Vmax
KM S
Reactoare Chimice si Biochimice
44
Cinetica enzimatica
La concentraii mici de substrat, cnd [S] << KM, V0 =
(Vmax/KM)[S]; adic, viteza de reacie este proporionala cu
concentraia de substrat, caracteristica a proceselor liniare.
La concentraii mari de substrat, cnd [S] >> KM, V0= Vmax;
adic, procesul se desfoar la viteza maxima, indiferent de
concentraia substratului, caracteristica a proceselor de
ordinul zero.
Cnd [S] = KM, atunci V0 = Vmax/2. Deci, KM reprezint
concentraia de substrat la care viteza de reacie este
jumtate din viteza maxima.
KM este o mrime importanta a reaciilor catalizate enzimatic,
fiind semnificativa pentru procesele biologice.
5/2/15
45
Cinetica enzimatica
Constanta de afinitate, KM, furnizeaz o msura a concentraiei de
substrat la care jumtate din centrii activi sunt ocupai moment de
la care cataliza devine semnificativa ca viteza de proces. De fapt,
concentraia de substrat corespunztoare lui KM este cea in vivo.
Dar, KM este, de asemenea, legat de constantele pailor elementari
din reacia catalitica fundamentala, KM = (k-1 + k2)/k1. Considernd
cazul limita in care k-1 este mult mai mare dect k2, se observa ca ES
disociaz in E si S mult mai repede dect se formeaz produsul P.
Viteza specifica maxima, Vmax, determina viteza de turnover,
definita ca numrul de molecule de substrat convertite in produs de o
molecula de enzima in unitatea de timp, cnd enzima este saturata
cu substrat egala cu k2, denumita si kcat.
5/2/15
46
Cinetica enzimatica
Obinerea parametrilor Vmax si KM din date
experimentale
Vmax S
V
Liniarizare
KM S
Langmuir
5/2/15
S
V
KM S
Vmax Vmax
47
Cinetica enzimatica
Obtinerea parametrilor Vmax si KM din date
experimentale
KM 1
1
1
Vmax S
Liniarizare Lineweaver- V
V Vmax Vmax S
KM S
Burk
5/2/15
48
Cinetica enzimatica
Obtinerea parametrilor Vmax si KM din date
experimentale
Vmax S
V
V
K
V
max
M
Liniarizare
EadieKM S
S
Hofstee
5/2/15
49
Cinetica enzimatica
Enzime alosterice pot avea mai muli centri activi la care se leag
diferite substraturi
Cinetica Hill
5/2/15
Vmax S
KM
50
Cinetica enzimatica
Enzima activa pentru
un anume grad de
disociere
k1
k2
H
k
1 K
k2
A
pH
5/2/15
A H
A A
pK
Control
pH
optim
prin
grupele
ionizabile
ale
reziduurilor amino-acide
Pepsina, 2pHopt
3.3
Chimotripsina,
7pHopt 8
Amilaza, pHopt =
6.8
51
Cinetica enzimatica
Modelul reaciei enzimatice dependente de pH
E
ES
c Ke2
c K es 2
K S
S EH
c K e1
c K es1
EH 2
EH 2 S
5/2/15
EHS
kcat EH
Vmax S
K S
S
Parametri
model
H
K
1
es2
K es1 H
H
K
1
e2
K e1
H
52
Cinetica enzimatica
Inhibitie
competitiva
K S
E S
I
c Ki
EI
5/2/15
ES
kcat E
Vmax S
V *
KS S
*
K S 1 K S
K i
53
Cinetica enzimatica
Inhibitie acompetitiva
KS
E S
ES
kcat E
Parametru model
I
c Ki
ESI
5/2/15
I
Ki
Vmax S
K S S
54
Cinetica enzimatica
Inhibitie mixta
KS
E S
ES
kcat E
c Ki
c Ki
EI
S
KS
ESI
Parametri
model
I
1
Ki
1
V
5/2/15
K i
Vmax S
K S
S
55
Cinetica enzimatica
Inhibitie necompetitiva - caz particular al inhibitiei mixte, in
care = 1 si =
KS
E S
ES
kcat E
c Ki
c Ki
EI
S
KS
5/2/15
ESI
Parametri
model
I
1
Ki
1 Vmax S
KS S
56
Cinetica enzimatica
Inhibitie prin substrat
E S
k1
ES
k 1
k2
S
k4 k4
Parametri
model
k k
K m 1 2
k1
ESS
Vmax S
K iu
k4
k4
1 S
S
K iu
Km
5/2/15
57
Cinetica biologica
Procesele si reaciile implicate in activitile
metabolice
Catabolis
m
Metabolis
m
5/2/15
Anabolis
m
Reactoare Chimice si Biochimice
58
Cinetica biologica
Transport
- preluarea substratului si exportul metaboliilor/enzimelor
Catabolism - reacii de degradare si oxidare
- generare de energie libera Gibbs (ATP) si metabolii precursori (12)
Anabolism
biosinteza aminoacizi, co-enzime, cofactori (molecule de
semnalizare)
reacii de polimerizare asamblarea in proteine, enzime etc
Reacii de asamblare
- modificri conformaionale, transportul enzimelor/proteinelor in zone
rezervate din celula, formarea structurilor celulare (perete, membrane
interne, nucleu etc)
5/2/15
59
Cinetica biologica
60
Cinetica biologica
Transport prin peretele celulei si membrana citoplasmatica
molecule mici
difuzie
difuzie facilitata proteine transportoare in membrana
citoplasmatica
transport activ
macro-molecule (enzime/proteine)
pompe chimice
5/2/15
61
Cinetica biologica
5/2/15
62
Cinetica biologica
Transport difuzie
Ecuatii de
facilitata
bilant
Specia
transposrtata
Enzima libera
Enzima
complexata
Enzima totala
Fluxul prin transport
facilitat
Jens Nielsen, John Villadsen, Gunnar Liden - Bioreaction Engineering Principles, Kluwer Academic/Plenum Publishers, New
York, 2003
5/2/15
Reactoare Chimice si Biochimice
63
Cinetica biologica
Fazele de crestere ale ciclului celular
dX
kd X
dt
dX
X
dt
5/2/15
X X 0 e
t tlag
Timpul de
dublare, td
td
ln 2
64
Cinetica biologica
65
Cinetica biologica
Stoechiometria procesului biologic, pe grupe
principale de reacii
j 1
i 1
ij
Si ij Pi ij X i 0
i 1
i 1
S P X
Jens Nielsen, John Villadsen, Gunnar Liden - Bioreaction Engineering Principles, Kluwer Academic/Plenum Publishers, New
York, 2003
5/2/15
Reactoare Chimice si Biochimice
66
Cinetica biologica
Viteza neta de consum a substratului
i
J
rS ,i ji v j
j 1
rP ,i ji v j
j 1
rX ,i ji v j
j 1
Viteza de cretere a
biomasei Q
rX ,i
i 1
5/2/15
67
Cinetica biologica
Modele cinetice nestructurate si
Conceptul de cutie nesegregate
neagra toate procesele celulare sunt
condensate intr-o singura reacie toate randamentele sunt
constante
Viteza de consum a substratului este proporionala cu viteza
de producere a biomasei
rS YX / S rX S , X YX / S S , X X
Malthu
s
max
Logistic
(Verhulst)
max 1 X
X
5/2/15
X
1 X
kt
e
t 0
t 0
1 ekt
68
Cinetica biologica
Modele cinetice nestructurate si
nesegregate
Cinetica Monod
S 0
Ordinul
unu
5/2/15
max
S
KS
max S
KS S
max
Ordinul
zero
69
Cinetica biologica
Jens Nielsen, John Villadsen, Gunnar Liden - Bioreaction Engineering Principles, Kluwer Academic/Plenum Publishers, New
York, 2003
5/2/15
Reactoare Chimice si Biochimice
70
Cinetica biologica
Proprietile modelului cinetic Monod
Procesul biologic autocatalitic
a) in lipsa inoculului, nu poate avea loc
b) exista o concentraie de substrat pentru care
viteza este maxima
rX S X
YX / S
X X0
X X 0 YX / S S 0 S
S0 S
rX
5/2/15
max X 0 YX / S S0 S S
KS S
71
Cinetica biologica
Proprietile modelului cinetic Monod
X0
S 2 K S S K S
S0
YX / S
2
K
S
S
2
max
rX
S
YX / S
S max
X0
K K S
S0 K S
YX / S
2
S
max
2 rX
S 2
YX / S
5/2/15
2 K S K S
KS
X0
S0
YX / S
3
S
72
Cinetica biologica
Proprietile modelului cinetic Monod
Influenta
X0
Influenta
S0
73
Cinetica biologica
Proprietile modelului cinetic Monod
Dependena vitezei maxime de cretere celular de temperatur si pH
max
0
max
E
R T
max
crete
re
E 8,12 , kcal/mol
0
max
ak pH k
k 1
deces
E 50,100 , kcal/mol
a
max max
T Tmin
1 e max T Tmax
Jens Nielsen, John Villadsen, Gunnar Liden - Bioreaction Engineering Principles, Kluwer Academic/Plenum Publishers, New
b
York, 2003
5/2/15
74
Cinetica biologica
Proprietile modelului cinetic Monod
Dependena vitezei maxime de cretere celular de pH
polinomiala
max
0
max
ak pH k
k 1
complexa
max
0
max
pH K 2
1
K1 pH
Jens Nielsen, John Villadsen, Gunnar Liden - Bioreaction Engineering Principles, Kluwer Academic/Plenum Publishers, New
York, 2003
5/2/15
Reactoare Chimice si Biochimice
75
Cinetica biologica
Proprietile modelului cinetic Monod
5/2/15
76
Cinetica biologica
Alte modele empirice
Jens Nielsen, John Villadsen, Gunnar Liden - Bioreaction Engineering Principles, Kluwer Academic/Plenum Publishers, New
York, 2003
5/2/15
Reactoare Chimice si Biochimice
77
Cinetica biologica
Tipuri de inhibiii
produ
s
substrat
K P
0
max max
P
K P
14P2 43
max
S2
KS S
Ki
Bazua &Wilke
0
max max
K P1 P K P 2
1 4 4 2 4 43
Holzberg
K P 1 P
0
max max
e{
Aiba
max
0
max
P
1
14 2K43
P
Ghose &Tyagy
5/2/15
78
Cinetica biologica
Creteri pe substraturi multiple
Doua sau mai multe substraturi sunt limitative concomitent competitive
randame
nte
Intermediarii virtuali X si X nu se acumuleaz in proces, iar
celulele pot fi in una din cele trei stri
5/2/15
79
Cinetica biologica
Creteri pe substraturi multiple
80
Cinetica biologica
Creteri pe substraturi multiple
Doua sau mai multe substraturi care nu sunt limitative
concomitent
Cinetica
Cinetica
N
aditiva
multiplicativa
S
N
i
S
i 1
max,i
Si
max
; max min
S
K
S
i 1
S ,i
i
S ,i
i
1 4 4 2 4 43
K S ,i S i
5/2/15
0
max
i 1
ki S aj ,i
Ses , j
K Saj ,i S aj ,i
j 1 K Ses , j S es , j
81
Cinetica biologica
82
Cinetica biologica
Mentenanta si randamentul real in
biomasa
max
din
experiment
YXexp
/S
5/2/15
S
m YX / S
KS S
1
YXreal
/S
83
Cinetica biologica
Cinetica formarii produilor
rP
{ X
{ X
asociata cresterii celulare
1 4 4 4 4 44 2 neasociata
4 4 4cresterii
4 4celulare
43
partial asociata cresterii celulare
rP YP / X rX
rP
P
max
S*
K SP S *
rP YP / S rS , rX 0
Metabolitul secundar
de la care cile se
despart
P
rP max
k1 X k2 1 X
5/2/15
84