Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
Plandelectie
1.Aminoacizi
1.1Definitie,structura,nomenclatura
1.2Proprietatifizicesichimice
2.Proteine
2.1Structura
2.1.1Structuraprimara
1.1.2.Structurasecundara
2.1.2Structuratertiara
2.1.3Structuracuaternara
2.2Relatiefunctiestructura
2.2Proprietati,exemple
1.Aminoacizi
1.1Generalitatidefinitie
Aminoacizii sunt molecule mici care contin doua grupari functionale si anume gruparea
amino (NH2) si grupareaacida(carboxilCOOH)deundeprovinesidenumirea lor.Din
marea clasa a aminoacizilor pentru organismele biologicesunt importantiaminoacizii.
Acestia au atat gruparea amino cat si gruparea acid carboxil legate la acelasi atom de
carbonnumitsicarbon.
Desen
Gruparea carboxil legata de carbonul alfa este denumita si carboxil, similar gruparea
NH2legatalaCalfapoartadenumireadegrupareamino.
1.2Structura:
Dintre toti aminoacizii cunoscuti, doar 20 intra in alcatuirea proteinelor motiv pentru
care sunt denumiti si aminoacizi proteinogeni. Doar acesti 20 de aminoacizi sunt
specificati de
codul genetic si utilizati de organismele vii pentru sinteza proteinelor
proprii. Alti aminoacizi care ar putea fi intilniti in proteine provin din modificarea
chimicaaunuiadincei20aminocizi.
Toti cei 20 aa prezinta o structura comuna si anume carbonul la care sunt atasate
gruparile NH2, COOH si atomul de H, si un radical (notat R, care satisface cea de a4a
valenta a atomului de carbon) si care difera la fiecare dintre ei. Astfel aminoacizii pot fi
clasificati dupa structura radicalului R in: aminoacizi alifatici (cu caracter nepolar),
aminoacizi cu caracter polar,farasarcinaelectrica,aminoacizicucaracterpolar purtatori
de sarcina electrica (pozitivabazici, negativaacizi), aminoacizi ce contin la radical
atomuldeS,aminoacizicuradicalaromatic.
1.3Proprietati
Proprietatile fizice si chimice ale aminoacizilor sunt dictate de structura lor chimica.
Dintre proprietatile fizice vor fi prezentate : a) izomeria sterica iar dintre proprietatile
b)Ionizarea
Prin ionizare se intelege fenomenul in urma caruia o molecula sau un atom (neutru
din punct de vedere electric)seincarcacuosarcinapozitivasaunegativacaurmarea
transferuluiuneiparticulepurtatoaredesarcinaelectrica(ion)sauaunuielectron.
Toti aminoacizii contin in structura lor o grupare carboxilsiaminocare(ambele)
sunt ionizabile adica in anumite conditii(de pH) pot exista atat in forma ionica
(incarcate cu sarcina electrica) cat si in forma neutra, moleculara, (fara sarcina
electrica).
GrupareaCOOHarecaracteracidintimpcegrupareaNH2arecaracterbazic.
+
Princaracteracidseintelegecapacitateauneisubstantedeacedaunproton(H
).
Princaracterbazicseintelegecapacitateauneisubstantedeaacceptaunproton.
Caracterul acid nu se manifesta cu aceeasi intensitate la toti acizii (lucru valabil si
pentru caracterul bazic), ci difera de la un acidlaaltulfunctiedestructurachimicaa
acestuia. Astfel intilnim acizi tari si acizi slabi, in mod asemantor baze tari si baze
slabe.
Prin caracter acid tare se intelege capacitatea unei substante de a ceda total,
ireversibil,protonul.DinaceastacategoriefacparteaciziimineraliHCl,H
SO
.
2
4
Caracter slab pentru un acid semnifica faptul ca acesta cedeaza partial, reversibil,
protonul si este cazul acizilor organici (a caror structuta generala este RCOOH)
inclusiv a gruparii carboxil apartinand aminoacizilor. Fenomenul de ionizare al
gruparii COOH apare atat atunci cand gruparea este legata de C cat si atunci cand
grupareaCOOHestesituatalaradical.
La un anumit pH proportia dintre forma moleculara si cea ionica este egala (50%
forma moleculara si 50% forma ionica, simultan). Acest pH a fost numit pKa (Ka
reprezintaconstantadedisocierepentruacid).
pKpentrugrupareaCOOHesteaproximativ2.
La valori ale pHului mai mici ca 2 toate gruparile COOH va fiprezenteinforma
molecularaprotonata(COOH).
La valori ale pHului = cu 2,jumatate(50%) dinmoleculevorfiinformamoleculara
nedisociata(COOH) si jumatate (50%) vor fi in forma ionica, disociata(COO). Cu
altecuvintelapK=2celedouaformevorcoexistaincantitatiegale.
La valori ale pHului mai mari ca 2, gruparile COOH va fi in forma ionica,
neprotonata (COO
). Prin urmare la pH fiziologic (7,4) majoritatea gruparilor
COOH(99%)voraveaformaionica.
pKpentrugrupareaNH2esteaproximativ9,5.
La valori ale pHului mai mici ca 9,5 toate gruparile NH2 vorfiprezenteinforma
+
ionicaprotonata(NH3
).
La valori ale pHului = cu 9,5, jumatate(50%) din molecule vor fi in forma ionica
+
protonata (NH3
) si jumatate (50%) vor fi in forma moleculara neprotonata (NH2).
CualtecuvintelapK=9,5celedouaformevorcoexistaincantitatiegale.
La valori ale pHului mai mari ca 9,5, gruparile NH2 vor fi in forma ionica,
+
protonata (NH3
). Prin urmare la pH fiziologic (7,4) majoritatea (99%) gruparilor
NH2voraveaformaionica.
AstfelstructurarealaaaciduluiAspsiGlulapHfiziologicvafi:
StructurarealaaacizilorArgsiLyslapHfiziologicvafi:
c)Reactiadecondensare
Prin urmare compusul rezultat in urma reactiei dintre doi aminoacizi poarta numele
de
dipeptidsicontineolegaturapeptidica
.
Adaugareaunuinouaalaundipeptidducelaformareaunuitripeptid.
2.Proteine
roldeaparareanticorpii
Din punct de vedere chimic insa proteinele nu sunt altceva decat lanturi de aminoacizi
legati intre ei prin legatura peptidica si care prezinta diferite aranjamente spatiale mai
simple sau mai complicate. Structura tridimensionala pe care o proteina o adopta,
serveste, de regula, scopului destinat proteinei respective. Cum functiile proteinelor sunt
complexeapareevidentcasistructuraacestoravafiunacomplexa.
Studierea arhitecturii proteinelor a relevat existenta a 4 nivele de organizare numite:
structura primara, secundara, tertiara si cuaternara. Aceste 4 tipuri de structuri sunt
generatedetipuride
legaturichimicediferitecarese stabilescintre
gruparifunctionale
diferite
astfel:
structura primara este generata de legatura peptidica ce se formeaza intre
grupareaCOOHaunuiaasigrupareaNH2aaltuiaa.
structura secundara este generatadelegaturile
de hidrogencesestabilesc
intre atomii ce alcatuiesc legatura peptidica (elementele chimice ale
legaturiipeptidice)
structura tertiara este generata delegaturislabe(
de hidrogen
,ionice,Van
der Waals) si/sau legaturi puternice (legaturi disulfidice) ce se stabilesc
intreradicaliiapartinandaceluiasilantpolipeptidic.
structura cuaternara este generata de legaturi slabe (
de hidrogen
, ionice,
Van der Waals) si (in cazuri particulare) de legaturi puternice (legaturi
disulfidice)cesestabilesc intreradicaliiapartinandlalanturipolipeptidice
diferite.
Structuraprimara
Structuraprimaraestereprezentatade
secventadeaminocizi
dinlantulproteic.
Prin secventa se intelege felul si ordinea aminoacizilor in lant. Structura primara este
realizata de legatura peptidica ce se formeaza intre gruparea COOH a unui aa si
gruparea NH2 a urmatorului aa. Fiecare aminoacid din lantul polipetidic mai poarta
denumirea si de reziduu sau rest. Inlocuirea accidentala (genetic sau ca urmare a unei
mutatii) a unui singur aminoacid in structura primara poate altera functia proteinei (vezi
anemiacuceluleinformadesecerasausiclemia)
Caracteristicilelegaturiipeptidice:
Lantul polipeptidic obtinut prin unirea mai multor aa prezinta polaritate si sens. Cele
douanotiuniauurmatoareasemnificatie:
in afirmatia de maisusnotiuneadepolaritate(
poateinduceconfuzie
)sereferala
faptul ca lantul polipeptidic are doua capete, ), doi poli (la capatul de start se
gaseste gruparea NH2, iar la capatul terminal gruparea COOH. Folosita in acest
context ea este
diferita de notiunea de polaritate care se refera la sarcina
electrica
. Notiunea de polaritate este folosita in descrierea pozitiei pe care o pot
adopta la un moment dat portiuni ale lanturilor polipeptidice unele fata de altele
(o portiune Aare directia COOH >NH2 in timp ce o portiune B are directia
NH2> COOH fata de A ). Deci notiunea de polaritate poate fi folosita in cele
douasensuridiferite
Notiunea de sens se refera la faptul ca directia corecta de citire a unui lant
polipeptidicestedelagrupareaNH
catregrupareaCOOH.
2
Exempludecitire:
GlyAlaProestediferitdeProAlaGly
Structurasecundara
Structura secundara este generata de legaturile
dehidrogenincaresuntimplicatiatomul
deOsiHceapartindiferitelorlegaturipeptidice.
Din cauza
polarizariilegaturiiprimare,potaparelegaturidehidrogencarefaccalantul
polipeptidic sa adopte diferite configuratii spatiale si sa nu pastreze forma liniaracarear
rezulta din insiruireaaminoacizilorunuldupacelalalt.Rotirea,indoirea,curbarealantului
polipeptidic, mai ampla sau mai stransa sunt determinate de secventa de aminoacizi, de
posibilitateaderotatielanivelulC
side
prezentainteractiunilorchimice(legdeH
)
Cele mai intilnite forme ale structurii secundare sunt structura a)helix si b)structura
pliat
a)Structurahelix
Apare prin rasucirea lantului polipeptidice in jurul unui cilindru imaginar, rezultand o
structuraasemanatoarecuunarcinspiralasaucuoeliceceareurmatoarelecaracteristici:
pasul elicei (distanta dintre doua puncte situate in planuri diferite darechivalente
peverticala,)estede5.2Asicuprinde3,6aa
sensulrasuciriieliceiestederegulaspredreapta
conformatia elicei este stabilizata de legaturile de H ce se stabilesc intre Oul
carbonilic apartinand unui aa si Hul de la gruparea NH apartinand celui de al
patrulea aa situat pe directia de inaintare a lantului polipeptidic. Aceastaarataca
structurahelixapareintreaaveciniinlantulpolipeptidic
legaturiledehidrogensuntparalelecuaxulcilindruluiimaginar
radicaliisuntproiectatiinafaracilindrului(asemanatorunortepidecactus)
Existaoseriedeaminoacizicareintreruparanjareaelicolidalasianume:
prolina este singurul aminoacid care nu prezinta H la atomul de N ce apartine
legaturii peptidice si prin urmare nu poate forma legaturi de hidrogen la acest
atom. In plus C este imobilizat intro structura ciclica fapt ce impiedica rotirea
permisadoarinjurulCalfasicareestenecesaraspiralarii(desena)
aminoacizii care la pH fiziologic prezinta sarcina electrica localizata pe radical
formeaza legaturi electrostatice de atractie sau de respingere care perturba
structura regulata elicoidala, atunci cand sunt in imediata vecinatate (desen b1,
b2)
aminoacizii cu radicali voluminosi (Trp, Ile etc) atunci cand sunt in imediata
vecinatate deranjeaza structura elicoidala ca urmare a impiedicarilor sterice
(desenc)
a.
b.
c.
b)Structurapliata(foaiepliata)
Este o structura in care lantul polipeptidic descrie un zigzag generand o forma
asemanatoare cu o foaie pliata (desen a). Aceasta structuraapareatuncicandportiuniale
lantului polipeptidic se aliniaza paralel unele cu altele ca urmare a indoirii inacdepara
acestuia. Segmentele care formeaza structura beta sunt de regula invecinate in secventa
lantului polipeptidic, dar asta nu exclude posibilitate ca acestea safiesirelativdistantate
unuldealtul(desena).
a.
Caracteristici:
legaturiledehidrogensuntaproapeperpendicularepeaxullantului
radicaliisuntplasatideopartesidealtaafoii
b.
c.
Strutura betaturn permite indoirea lantului polipeptidic in vederea unei impachetari cat
mai compacte cerute de forma globulara a unui tip de proteine numite proteinelor
globulare.
Intreradicalisepotstabiliurmatoareleinteractiuni:
legaturi hidrofobe care apar intre radicalii nepolari. Acestia tind sa se asocieze
unii cu altiiastfelincatsaexcludamoleculelepolarecumarfiapasaualtiradicali
polari
legaturi de hidrogen ce pot apare intre atomii de O sau N (la electronii
neparticipanti) si atomi de hidrogen apartinand unor grupari polare (OH
apartinand Ser). Radicalii polari si cei cu sarcina electrica sunt ambii hidrofili.
Acestiatindsainteractionezeintreeisisaexpulzezeinafararadicaliinepolari.
legaturi ionice sunt generate de ionizarea radicalilor lapHfiziologic.Amintimca
la pHfiziologicradicalulacizilorAspsiGluprezintasarcinanegativa(COO
),iar
+
radicalul aa Lys si Arg prezinta sarcina pozitiva (NH3
). O grupare carboxil
+
ionica situata de pe un radical poate fi atrasa de ionul NH3
de pe alt radical
rezultandolegaturaionica.
Legaturile disulfidice ce apar intre doua resturi de cisteina stabilizeaza
impachetareadatoritatarieilorsilimiteazatendintelededepliere
Structuracuaternara
Structura cuaternara este generata delegaturislabe(
de hidrogen
,ionice,VanderWaals)
si doar uneori de legaturi puternice (legaturi disulfidice) ce se stabilesc intre radicalii
apartinandlalanturipolipeptidicediferite.
Unele proteine sunt alcatuite dintrun singur lant polipeptidicsespunedespreacestea ca
austructuratertiara.
Majoritatea proteinelor suntalcatuitedinmaimultelanturipolipeptidicesisespuneca au
structura cuaternara. Lanurile individuale se numesc protomeri sau subuniti, fiecare
avnd structur primar, secundar i teriar proprie. Acestea sunt tinute impreuna de
interactiunile ce se stabilesc intre resturile de aminoacizi de pe segmente apartinand
diferitelor lanturi si care ajung unele in vecinatatea celorlalte. Fortele ce actioneaza
pentru asamblarea protomerilor sunt acelelasi care actioneazaincadrulstructuriiteriare,
cudeosebireac,nacestcaz,legturilesestabilescntreprotomerisausubunitati.
2.2Proprietatileproteinelor,relatiastructurafunctie,exemple.
Structura chimica a aadeterminaproprietatilefizicochimicealeproteinelor,inalcatuirea
caroraintra,configuratiaspatialaaacestorasiinfinalconditioneazafunctialor.
Denaturareasihidrolizaproteinelor
.
Structura proteinelor este realizata prin intermediul a doua tipuri generale de legaturi si
anume: legaturi puternice covalente (legatura peptidica) si legaturi slabe necovalente.
Distrugerea acestor legaturi produce despachetarea sau chiar dezintegrarea structurii
proteinelor.
Denaturarea reprezintaruperealegaturilorslabe:deH,ionicesauhidrofobesidetermina
pierderea structurilor secundara, tertiara si cuaternara. Prin urmare proteinelesedepliaza
si isi pierd structura spatiala si prin urmarea si capacitatea functionala. Denaturarea nu
afecteazastructuraprimaraaproteinelor,legaturilepeptidiceramanandintacte.
Denaturareaproteinelorestecauzatadeagentidenaturantica:
crestereatemperaturiicarepoatedeterminaruperealegaturiledehidrogen
modificarea pHului care prin protonarea sau deprotonarea radicalilor poate
intrerupelegaturileionice
agentiireducatoricarepotrupepuntiledisulfidice
Inmajoritateacazurilordenaturareaestereversibila.
Hidroliza proteinelor reprezinta ruperea legaturii peptidice ceeaceduceladezintegrarea
structurii primare a proteinei pana la stadiul de aminoacizi. Acest fenomen este unul
ireversibil.
Hidroliza proteinelor poate fi cauzata de agenti chimici (acizi si baze la temperaturi
ridicate) sau in organism de enzime proteolitice sau peptidaze (tripsina, chemotripsina,
pepsina)
Solubilitateaproteinelor
a)Proteineinsolubile
Proteinelefibrilareau deregularolstructural.Acesteasuntinsolubilesiintrainalcatuirea
tesutului conjunctiv, a muschilor si a tendoanelor. Proteinele fibrilare au o structura
liniara care permite o organizare compacta ordonata care favorizeaza formarea unui
numar mare de interactiuni pe toata lungimea proteinei fapt care le confera acestora
rezistentaservindfunctieistructurale.Unexempludeproteinainsolubilaestecolagenul.
Colagenul este o proteina a carei structura este cea a unui triplu helix, alcatuita din trei
lanturi care se rotesc unul in jurul celuilaltformandostructuraasemanatoareunuiodgon
(franghii).
deoarece contine intro proportie semnificativa doi aminoacizi: glicina (in proportie de
30%adicafiecarealtreileaaminoacid,figuratacuobulinaneagra)siprolina.
Prezenta glicinei aminoacid mic ca dimensiuni permite apropierea maximaintreceletrei
lanturifaptcareconferarezistentaconsiderabilaacestuia.
Prolina permite formarea unui numar mare de legaturidehidrogenpeintreagalungimea
lantului datorita formei ei hidroxilate de hidroxiprolina. Hidroxilarea prolinei( atasarea
unei grupari hidroxil) are loc inprezentavitamineiC.Lipsaacesteiadinalimentatieduce
laaparitiascorbutuluiboalacaracterizatadeprezentaunuiunuicolagenfriabil.
b)Proteinesolubile
Proteinelesolubileindeplinescingeneralrolfunctionalsimaiputinrolstructural.
Inmediubiologicseintalnescdouatipuridesolubilitati:
hidrosolubilitatea*caresereferalasolubilitateaintrunmediuapos(exmediusanguin,
intracelularsauextracelularetc)
liposolubilitatea**caresereferalasolubilitateainmediulipofil/hidrofob(cumeste
membranacelulara).
Siintruncazsiincelalaltpozitionareaaminoacizilorestedeasanaturaincatsa
serveascafunctieiproteineiastfel:
b.1
Proteinelehidrosolubilenumitesi
globulareindeplinescroldetransport(albumina,
hemoglobina,mioglobina),rolcatalitic(enzimele),roldeaparare(anticorpi).
La proteinele hidrosolubile pozitionarea radicalilor apartinind lantului polipeptidic este
urmatoarea:
radicalii polari hidrofili sunt dispusi la suprafata moleculei proteice unde pot
interactionacumoleculeledeapa.
radicalii nepolari care sunt hidrofobi (resping si sunt respinsi de apa) se atrag
reciprocsitindsaseaglomereazesisasepozitionezeininteriorulmoleculei.
In consecinta partea hidrofoba este izolata departe de apa, in timp ce gruparile polare
hidrofile sunt lasate la suprafata proteinei favorizand solubilizarea acesteia
(desen)
.
Astfel aceastastructuraincarezonahidrofilasihidrofoba suntlocalizateadecvatserveste
functieidetransport.
b.2 Proteinele liposolubile sunt localizate in general in membrana celulara (care dpdv
structural este un dublu strat fosfolipidic) cu caracter hidrofob. In aceasta categorie se
inscriu proteinele membranare (canale sau pori) si proteinele transmembranare
(receptori).
Domeniul extracelular este capabil sa fixeze in regiunea polara hormonii cu caracter
hidrosolubil (adrenalina). Domeniulintracelularestecapabilsainteractionezecuproteine
intracelulare declansand un raspunsintracelular.Astfelaceastastructuraadaptatacuzona
hidrofila si hidrofoba localizate adecvat poate face legatura intre spatiul extrasicelintra
celularservindastfelfunctieidecomunicare.
Proteinesimplesicomplexe
Un alt criteriudeclasificarealproteineloresteomogenitatea,conformcareiaproteinele
potfi:proteinesimplesauheteroproteine.
Proteinelesimplesuntalcatuitenumaidinlanturipolipeptidice.
Heteroproteinele contin pe langalantul/rilepolipeptidic/esioparteneproteicacareesteo
structura chimica distincta. Partea proteica a heteroproteinelor se numeste de regula
apoproteina iar partea neproteica se mai numeste parte prostetica. In categoria
heteroproteinelor intra: glicoproteine, lipoproteine, fosfoproteine, cromoproteine (care
includsihemoproteinele).
Hemoproteinele sunt un grup de proteine din care fac parte: mioglobina, hemoglobina,
citocromiietcsicarecontincaparteprosteticahemul.
Hemul reprezinta unitatea functionala a proteinei iar lanturile polipeptidice
construiescspatiulfavorabilincareaceastasafunctioneze.
Mioglobina
Mioglobina este o heteroproteina monomerica (cu structura tertiara) alcatuita din hem si
un lant polipeptidic numit globina.Eaeste prezentainmuschiulcardiacsischeleticsiare
rolinstocareasitransportuloxigenuluilaacestnivel.
Structurahem
Mioglobinaexistain2stari:
In starea deoxigenata (candoxigenulnuestefixatlahem)fierulestesituatusorin
afaraplanuluiineluluiprotoporfirinic(desenA).
In stare oxigenta, cand oxigenul ocupa cea de a 6 a coordinare a fierului, ca
2+
urmare a interactiei intre oxigen si Fe
acesta din urma este tras in centrul
protoporfirinei IX, deplasand usor Hys proximala si odata cu eaintregulsegment
polipeptidiccareiaiiapartine(desenB).
Cu alte cuvinte aceasta structura mobila permite fixarea reversibilaaoxigenului lanivel
tisularfaraamodificastareadeoxidareafierului.
InconcluziemioglobinaleagaosinguramoleculadeO
inmodreversibil.
2
Hemoglobina
Hemoglobina este prezenta in hematii (celulele rosii din sange) si are rol in transportul
oxigenuluidelaplamanicatretesuturi.
Hemoglobina este alcatuita din 4 lanturi polipeptidice doua de tip alfa si doua de tip
beta tinute impreuna de legaturi slabe necovalente. Fiecare lant are o structura cu
portiuni elicoidale ce formeaza un buzunar si o gruparehemsituatainacestaasemanator
mioglobinei.
Inconcluziehemoglobinaleagareversibil4moleculedeO2.
Citocromii
Citocromii sunt hemoproteine ce au ca grupare prostetica hemul. Acestia pot avea
structuramonomericasaupotintracasubunitatiinstructuricuaternarecomplexe.
Citocromiiaurolintransportulelectronilorfunctionanddupaprincipiulfinfigura:
Acestcomportamentesteposibildatoritafaptuluicalegareahemuluideparteaproteicase
face diferit la citocromi fata de mioglobina/hemoglobina adica la nivelul radicalilor
hemuluisinulanivelulfieruluidinhem.