Sinteza proteinelor

Structura proteinelor, transcriptie, translatie si reglaj genic

Este activitatea fundamentala a fiecarei celule din organism. Ea
reprezinta expresia informatiei genetice din ADN si este un fenomen
care se desfasoara intr-un singur sens: ADN→ARN→proteine. Datorita
universalitatii sale, acest proces este cunoscut sub denumirea de dogma
centrala a biologiei moleculare care descrie procesul format din doua
etape, transcriptia si translatia prin care se produce fluxul informatiei
genetice din ADN genic pana la proteina nou-sintetizata.

In realitate, fluxul informatiei genetice nu este in totalitate unidirectional.

Exista secvente de ADN-retrotranspozoni (Tn clasa I), care sunt
transcrise mai intai in ARN si apoi sub actiunea unei revers transcriptaze
sunt copiate sub forma de ADNc care se insera aleatoriu in ADN.
Exemplu de virus ARN care se insera prin reverstranscriptie in genomul
ADN este vs. HIV, genele XOTAIR.

Sintagma “Genele controleaza sinteza proteinelor”

Clasic - Functia genelor: o gena-un caracter

Dr. Garrod (1890):

• descrie alcaptonuria
• postuleaza existenta unei legaturi intre gene si proteine
• concept de erori innascute de metabolism
Beadle si Tatum-Nobel 1968: o gena - o enzima (proteina) - Neurospora

O gena - un polipeptid (hemoglobina)

Modern:

O gena codifica mai multe polipeptide (mec de selectarea promotorilor,

matisare alternativa, editare ARN – ex: pro-opiomelanocortina)

Mai multe gene - un polipeptid (lanturile IG)

Structura proteinelor

Catene polipeptidice formate prin polimerizarea celor 20 de tipuri de aa

1.Structura primara: numarul, tipul si secventa aa

1
 • unica, specifica si constanta;

• Determina functia si antigenicitatea proteinei.

2. Structura secundara-legaturi de hidrogen intre aa invecinati-structuri

alfa si beta

3. Structura tertiara-configuratia tridimensionala

4. Structura cuaternara-2 sau mai multe catene identice

CODUL GENETIC

Intelegerea fluxului de informatie genetica cere cunoasterea modului

particular in care sunt codificate mesajele in structura ADN-ului
cromozomial. Informatia genetica este inregistrata in moleculele acizilor
nucleici sub forma unui cod genetic.

Codul genetic este determinat de ordinea bazelor azotate in structura

primara a ADN-ului.

Orice informatie genetica este reprezentata conventional prin semne –

simboluri (A, G, C, T/U);

Totalitatea semnelor conventionale care servesc la obtinerea unui mesaj

reprezinta alfabetul genetic.

4 simboluri (A, G, C, T/U) = 20 aminoacizi?

Watson si Crick au introdus in 1961 notiunea de codon – unitatea de

functie a codului genetic, format dintr-o succesiune de baze azotate,
necesare pentru codificarea unui aminoacid din structura proteinelor;

Initial s-a crezut ca unitatea de functie este reprezentata de un singur

nucleotid, adica codonul univoc. Daca codonul ar specifica strict un
aminoacid, numarul codonilor obtinuti ar fi de 4 x 1 = 4, deci ar fi
specificati numai 4 aminoacizi, iar restul de 16 ar ramane nespecificati;

Acelasi rationament poate fi aplicat si in cazul codonului biunivoc 4 x 4

= 16 codoni, respectiv 16 aminoacizi, admitand faptul ca ordinea bazelor
modifica tipul de aminoacid;

2
Nierenberg si Matthaei (1961) au demonstrat ca, dimensional, codonul
este triunivoc, iar fiecare aminoacid este codificat de o tripleta,
succesiunea a trei nucleotide adiacente;

Prin aceasta asociere numarul combinatiilor posibile este de 4 x 4 x 4 =

64, care acopera si depaseste numarul aminoacizilor din structura
proteinelor.

Descifrarea codului genetic

Codul genetic a fost descris de catre Robert Holley, Har Gobind

Khorana si Marshall Nirenberg in 1965 si a insemnat inceputul erei
geneticii moleculare. Codul a fost descifrat experimental folosind
polinucleotide sintetice cu secventa cunoscuta de ARNm si analizand
secventa de aminoacizi a proteinei sintetizate artificial. De exemplu,
ARNm sintetic al poliuracilului a produs un polipeptid alcatuit numai din
fenilalanina, deci tripleta UUU codifica fenilalanina(Premiul Nobel pentru
chimie in 1968).

CARACTERISTICILE CODULUI GENETIC

• Unitatea de functie a codului genetic este codonul. El este

format din secventa liniara a trei nucleotide;

• Reprezinta un sistem de corespondenta intre informatia din

structura ADN-ului si un anumit aminoacid

• Codul genetic este degenerat. Numarul combinatiilor posibile

este 4³ = 64 codoni. Fata de numarul aminoacizilor avem un
surplus de 44 de codoni. Dintre aceste triplete, multe participa la
codificarea aceluiasi aminoacid.

• De exemplu, leucina este codificata de 6 codoni diferiti: UUA,

UUG, CUU, CUC, CUA si CUG, iar arginina de 6 codoni: CGU,
CGC, CGA, CGG, AGA si AGG.

• Acestia sunt codoni sinonimi iar codul genetic este degenerat,

adica un aminoacid este specificat de mai multi codoni. Acest
aspect se numeste redundanta informationala;

3
• Desi este un termen peiorativ, caracterul degenerat al codului
genetic este un avantaj informational deoarece unele mutatii
genice ce produc codoni sinonimi nu modifica proteina codificata
de gena (mutatii silentioase sau izo-semantice)

• Aceasta degenerare este un sistem de protectie impotriva efectului

mutatiilor.

• Codul genetic inscris in molecula ADN-ului este recunoscut in

structura ARN-ului mesager prin complementaritatea bazelor: C
» G, G » C, T » A, A » U.

• Codul genetic nu este ambiguu. Un codon dat recunoaste un

singur tip de aminoacid.

• Codificarea este inepuizabila. De exemplu, secventa de 10

dezoxiribonucleotide realizeaza 1 milion de combinatii sau fraze
diferite, iar dintr-o secventa de 15 dezoxiribonucleotide pot rezulta
cateva sute de milioane de combinatii diferite.

• Mesajele au punctuatie. Semnele de punctuatie sunt

reprezentate de un codon start sau initiator AUG, si 3 codoni
denumiti non-sens (UAA, UAG, UGA) care semnifica oprirea
sintezei proteice.

• Codonul initiator AUG (cu care se incepe cadrul deschis de

lectura) specifica metionina.

• Codonii stop semnaleaza incheierea sintezei si eliberarea

polipeptidului format (prin fixarea unor factori de eliberare).

• Codoni start alternativi pot fi GUG sau UUG; acestia in mod

obisnuit reprezinta valina si leucina dar in prezenta unor factori
initiatori ai translatiei sunt tradusi drept metionina si formil-
metionina

• Ceilalti 61 de codoni sunt codoni sens care semnifica cei 20 de

aminoacizi.

• Intre codoni nu exista semne de separare sau virgule. Citirea

mesajului se face in flux continuu pana la codonul terminator.

4
 Intre codoni nu raman dezoxi-ribonucleotide izolate, neintegrate in
componenta unui triplet functional.

• Codul genetic nu accepta suprapunere. Fiecare codon poseda

bazele proprii, care nu participa in acelasi timp la structurarea altui
codon.

• Codul genetic este universal. Aceeiasi codoni codifica aceiasi

aminoacizi la marea majoritate a genelor la animale, plante si
micoorganisme, iar semnalele START si STOP sunt universale si
ele.

Exceptii de la universalitate ale codului genetic

Acestea se refera mai ales la desemnarea unuia sau doi codoni

terminatori drept codoni codificatori la nivelul genelor mitocondriale si al
aminoacizilor nestandardizati.

Codul genetic se modifica prin mutatie.

• Principalele tipuri de mutatii, limitate la un singur cistron constau

din: insertia repetitiva, substitutia sau deletia unei baze din
structura ADN-ului

• Daca intr-o celula prin mutatie se suprima sau se insera 1-2

nucleotide (sau un alt numar care nu este multiplu de 3) se
produce o decalare a cadrului de lectura al genei care duce la
aparitia altui codon.

• Toti codonii vor fi diferiti si se va sintetiza o proteina in care toti

aminoacizii vor fi diferiti de la locul in care s-a produs mutatia
(numita frameshift).

5
Mutatiile in codul genetic

1. Repetitii trinucleotidice

• Boala Huntington: insertii CAG care adauga serii de glutamina

• Ataxia Friedreich: repetitii GAA in primul intron

• Atrofia dentatorubral-pallidoluysiana (DRPLA), produsa prin

amplificarea unor secvente CAG ce produce poliglutamina in
proteina atrofina-1

• Boala Kennedy, produsa prin amplificarea trinucleotidica a

secventei CAG in primul exon al genei receptorului androgenic

• Sindromul X Fragil: insertii CGG pe cromozomul X; practic acestea

nu sunt legate de arginina deoarece mutatia este localizata in
regiunea 5’ netranslata;

• CTG in distrofia miotrofica ;

• Ataxia spinocerebelara, cu repetitii CAG

2. Mutatii missense

• Anemia Sickle-cell: GAG se transforma in GTG in gena beta a

hemoglobinei;

6
 • APC: varianta missense GAC la GTC

• Cancer prostatic: mutatie missense GCC la ACC in gena steroid 5

alfa-reductaza

3. Mutatii nonsens:

• β-thalassemia (β-globin gene)

• Boala McArdle’s – glicogenoza prin mutatie nonsens in gena

miofosforilazei

4.Deletia:

• Fibroza chistica – deletia UUU

• Amplificarea codului genetic

• Din 2001 au fost creati 40 de aminoacizi de sinteza

• H. Murakami si M. Sisido au emis teoria codonului format din 4 si

5 baze

• Steven A. Benner a construit al 65-lea codon functional (in vivo).

SINTEZA DE PROTEINE SI POLIPEPTIDE poate fi impartita in 2

etape:

Transcriptia informatiei genetice de la ADN catre moleculele de ARNm;

I. Translatia/ Traductia informatiei genetice intr-un lant polipeptidic.

Tipuri de ARN-polimeraze

• Procariote – Toate cele 3 tipuri de ARN sunt transcrise de

aceeasi ARN-polimeraza

• Eucariote – Fiecare tip de ARN este transcris de catre un tip

diferit de ARN-polimeraza

• ARN-pol I (localizata în nucleol): ARNr 45 S

• ARN-poI II (localizata în nucleoplasma): ARNm, ARNsn

• ARN-pol III (localizata în nucleoplasma): ARNt si ARN 5S, ARNsn.

7
TRANSCRIPTIA LA PROCARIOTE

Prin asamblarea ribonucleotidelor in structura ARN-m, respectandu-se

principiul complementaritatii bazelor se reproduce fidel, in negativ,
informatia genetica din segmentul cistronului de ADN.
Transcriptia ARN-m are loc in 3 etape:

• Initierea;

• Elongatia;

• Terminarea.

FAZA DE INITIERE A TRANSCRIPTIEI

Incepe cu o secventa particulara de ADN denumita situs promotor, unde

se ataseaza enzima ARN-polimeraza-ADN-dependenta, care initiaza
transcriptia;

• ARN-polimeraza sintetizeaza acid nucleic in directia 5’ la 3’, iar

citirea matritei de ADN se face in directia 3’ la 5’;

• La acest nivel se gaseste si o subunitate proteica denumita factor

sigma, care are rolul de a mentine conformatia de dublu helix
necesara recunoasterii situsului promotor;

• In momentul in care complexul ARN-polimeraza/factor sigma

recunoaste corect promotorul, factorul sigma se disociaza de ARN
polimeraza si enzima incepe sa despiralizeze helixul de ADN,
formand o regiune de dezoxiribonucleotide neimperecheate, care
serveste drept matrita pentru sinteza ARN-ului.

Initierea

• α-leaga AND (secvente reglatorii), proteine, ARN-pol;

• β-catalitic (leaga NTP si formeaza legaturile fosfatdiesterice;

• β’- leaga ADN;

• σ – recunoaste promotorul;

• Ω – asambleaza ARN-pol.

• Beta si beta prim formeaza impreuna centrul activ al enzimei.

8
• ARN polimeraza de la E. coli este formata din 6 subunitati
polipeptidice:

• 2 subunitati alfa;

• 1 beta;

• 1 beta prim;

• 1 omega

• Subunitatea sigma-asigura legarea specifica a ARN-pol la

anumite secvente de ADN numite promotor fata de care creste
afinitatea ARN-pol si scade afinitatea enzimei pentru catena non-
matrita;

• Primele 5 subunitati sunt strans unite in miezul enzimei

• Enzima miez se poate lega nespecific la ADN;

• Holoenzima ARN polimeraza recunoaste secventa initiala a unei

gene, regiunea de start, care este cunoscuta sub denumirea de
regiunea promotor;

• Informatia continuta de promotor face enzima ARN polimeraza

capabila sa recunoasca precis punctul initial de la care incepe
transcriptia;

9
Structura promotorului la bacterii

• e alcatuit din regiunea de recunoastere situata in pozitia -35 pb

fata de situsul initial de transcriptie(tss).

• Are structura TTGACA si la nivelul ei se ataseaza ARN

polimeraza.

• Aceasta structura se refera la catena superioara care nu va fi

transcrisa.

• Polimeraza paraseste secventa -35 si se deplaseaza in aval spre o

alta regiune conservata.

• Aceasta este a doua secventa de consens (TATAAT) si este

situata in pozitia -10 fata de tss.

• Este denumita PRIBNOW BOX(PB)

• Distanta dintre PB si secventa

-35 este de aproximativ 16-
18b;

• PB este regiunea unde

polimeraza se ataseaza ferm
de ADN si se considera ca
este pozitia in care helixul de
ADN se deschide pentru a
permite imperecherea de
recunoastere intre matrita de
ADN si ARNm;

• Atasarea ARN-polimerazei este conditionata de o serie de factori

de transcriptie;

• Regiunea deschisa se intinde de la PB pana la cateva pozitii

inaintea punctului +1 (tss);

• Numai una dintre cele doua catene de ADN este folosita drept
matrita, catena numita antisens (3’→5’);

• Se obisnuieste sa se descrie secventa genica de pe catena sens;

10
 • Transcriptul de ARN(5’→3’) va fi complementar ca directie si
structura (cu exceptia U care inlocuieste T) cu catena sens;

• Primul nucleotid al transcriptului de ARN este de obicei o purina (A

sau G) situata la capatul 5’;

• Aceasta inseamna ca pe catena antisens a secventei de ADN care

va fi transcrisa se va gasi la capatul 3’ o pirimidina (T sau C).

• Initierea transcriptiei se incheie odata cu formarea primei legaturi

fosfat diesterice intre NTP+1 si NTP+2

Faza de elongatie

• In timp ce polimeraza se deplaseaza de-a lungul catenei antisens,

pe lantul de ARN sunt adaugate resturi de ribonucleozid
monofosfati (AMP, CMP, GMP, sau UMP) la capatul 3’;

• Aceste nucleotide rezulta din clivarea precursorilor ribonucleozid

trifosfati (ATP, CTP, GTP si UTP) de o molecula de pirofosfat
(PPi);

• Subunitatea sigma se detaseaza de pe restul enzimei dupa ce s-

au format 6-10 legaturi fosfodiesterice de NTP si se poate atasa la
un alt complex polimerazic;

• Regiunea deschisa a ADN-ului se extinde pe o portiune de aprox.

15pb, deoarece dublul helix de ADN se reface in spatele enzimei
sub actiunea topoizomerazei;

• Fiecare transcript in crestere va avea un capat 3’ liber la care se

poate atasa capatul 5’ al unui nou nucleotid

Etapa de terminare a transcriptiei

Se realizeaza prin doua mecanisme:

• Ro dependent

• Situsuri ter

11
Mecanismul ro dependent

• Ro este o helicaza ATP-dependenta care are rolul de a desface

duplexul ADN-ARN;

• ARN-pol intalneste o zona bogata in GC si incetineste

transcrierea;

• Proteina ro ajunge ARN-pol si disociaza ARN de ADN.

Mecanismul ro independent:

• Situsurile ter sunt bogate in secvente palindromice GC cu

structura simetrica in oglinda urmate de regiuni bogate in secvente
AT (aprox. 6-8 resturi A) pe catena codificatoare);

• Secventa inversata, prin transcriere, genereaza un ARN in ac de

par (prin formarea unei regiuni dicatenare), care se termina cu
numeroase secvente uridilice (complementare cozii poli-A);

• ARN-pol se opreste cand ajunge la un situs ter;

• Pauza permite ARN sa formeze un ac de par;

• Acul de par cu coada poli-U distruge legaturile spatiale intre ARN

si ARN-pol;

• Complexul de elongare este astfel disociat si elongarea se termina

12
Secventa semnalizatoare a terminarii transcriptiei

TRANSCRIPTIA LA EUCARIOTE
Diferita fata de procariote. Eucariotele au 3 ARN-polimeraze diferite, in
vreme ce procariotele au decat una. ARNm eucariot este prelucrat
inainte de a fi utilizat pentru sinteza proteinelor.

Tipuri de ARN-polimeraza la eucariote:

ARN polimeraza I (nucleol) sintetizeaza ARNr 20S si ARNr 50S; ARN

polimeraza II sintetizeaza ARNm (complementar si antiparallel cu catena
matrita) codificat in toate genele structural, ARNmi si ARNsn; ARN
polimeraza III sintetizeaza ARNt, ARNsn si ARNr 5S.

13
Cele trei polimeraze nu sunt capabile sa recunoasca si sa se lege de
secvente specifice din promotori. Ele au nevoie de factorii de
transcriptie, de care depind in totalitate. FT sunt proteine care recunosc
specific secventele promotorilor si initiaza transcriptia. Majoritatea
promotorilor care interactioneaza cu ARN polimeraza II contin o
secventa conservata numita caseta HOGNESS( TATA box).

Structura genei

• Cadrul deschis de lectura

• Regiunile de reglare:

1. Regiunea 5’-promotorul

2. Regiunea 3’

Cadrul deschis de lectura

• SST –situsul de start

• Regiunea 5’UTR -secventa lider, incepe la +1 si se termina la

codonul initiator

• Are secventa de consens

5’-CCAGCCATG-3’

• Exonii-secvente codante, in medie 8/gena

• Intronii-secvente necodante, incep cu 5’GT si se termina cu

AG3’(semnale pentru decuparea corecta) Ultimul exon contine un
codon stop(TAA, TAG, TGA)

14
 • Regiunea 3’UTR cu secventa AATAAA→AAUAAA(situs de poli-A)

Structura promotorului

• Este localizat in pozitia -25pb in amonte fata de tss(+1) si are

secventa de consens 5’-TATAAA-3’;

• Este inconjurat de secvente GC;

• Factorii de transcriptie care se leaga in vecinatatea casetei TATA

se atasaza pe rand;

• Primul care se atasaza este TF IID, cunoscut sub denumirea de

proteina TATA deoarece recunoaste secventa TATA;

• Dupa atasarea TF IID este permisa atasarea TF A, TF B, ARN-

polimeraza si TF IIE

15
 • Secventa TATA determina situsul exact pentru initierea
transcriptiei, dar nu este singurul;

• Alte doua secvente sunt caseta CAAT si caseta GC. Acestea au

rol in modificarea expresiei genice prin controlul transcriptiei;

• CAAT box are secventa de consens GGCCAATCT si este

localizata in pozitia -80 in amonte fata de +1. Mutatiile in CAAT
reduc nivelul transcriptiei de la promotor in aval; Mutatiile in TATA
box reduc partial activitatea transcriptionala, dar altereaza major
situsul initial de transcriptie.

• GC box cuprinde 2 casete, fiecare cu secventa de consens

GGGCGG;

• Una dintre casete este situata in amonte si cealalta in aval fata de

caseta CAAT;

• TATA box si CG box interactioneaza cu cativa factori de

transcriptie bine definiti;

• CAAT box este recunoscuta de diferite molecule proteice, unele

dintre ele facilitand transcriptia;

• Secventele enhancer sunt situsuri de legare pentru o mare

varietate de FT. Ele au rolul de a stimula rata transcriptiei.

Maturarea ARNm precursor

Transcriptele primare de ARN formate sufera un proces de maturare

nucleara care fac ARN disponibil si util translatiei si are 2 etape:

16
1. Modificarea extremitatilor ARNm precursor

Are rol de cresterea stabilitatii (protectie la actiunea endonucleazelor),

facilitarea transportului in citoplasma si recunoasterea si fixarea la
subunitatea 40S a ribozomului Precoce in transcriptie este adaugat un
nucleotid neobisnuit 7-metilguanilat la capatul 5’ al ARN-pm, numit cap
(capac, boneta, calota). Acesta are rolul de atasare a ribozomilor
pentru translatie. In momentul in care transcriptia este aproape
completa, la capatul 3’ este atasata o serie de 50-250 nucleotide cu
adenina, numita coada poli-A. La aceasta coada se adauga proteina
PABP(polyA binding protein). Rolul sau este de a transporta ARN-m in
afara nucleului si de a-l stabiliza impotriva degradarii in citoplasma.
Dupa transcriptia ARN-pm, regiunile non-codante sunt excizate iar
regiunile codante sunt unite prin complexe de ribonucleoproteine numite
spliceozomi pentru a forma ARN-m matur, care trece apoi in
citoplasma pentru a fi translat in proteine.

2. Matisarea ARNm este un termen care semnifica innadirea a doua

capete. Se descriu urmatoarele secvente de semnal: 5’GT(GU in ARN)
–situs donor si 3’AG situs acceptor dar si situsul de conexiune sau de
legatura(branch site) cu nucleotidul A

Etape

• 1. Sectionarea jonctiunii exon intron 5’GU

• 2. Atasarea nucleotidului terminal G la nucleotidul A al situsului de

bransare(transesterificare) si formarea unei structuri lasou/bucla

17
 • 3. Sectionarea intronului la jonctiunea 3’AG, indepartarea lui si
unirea segmentelor de ARN exonic(transesterificare).

• Reactiile sunt mediate printr-un complex ARN-

proteine(spliceozomi) format din 5 tipuri de
ARNsn(U1,U2,U4,U5,U6) si proteine

Matisarea alternativa

Ordinea exonilor in ADN si transcriptul primar sunt pastrate in ARNm

matur. Exista, cu toate acestea, o flexibilitate in utilizarea exonilor, in
sensul ca in celule diferite vor fi retinuti in ARNm numai o parte din
exoni, restul fiind eliminati odata cu intronii – matisare alternativa.
Aceasta duce la tipuri diferite de ARN din aceeasi gena, deci tipuri
diferite de polypeptide. Aceste proteine pot fi inrudite(izoforme) ca in
cazul mielinei sau troponinei C sau complet diferite (de exemplu gena
calcitoninei produce in celulele C tiroidiene precursorul calcitoninei iar in
creier precursorul unui neuromediator CGRP.

18
Matisare alternativa

Structura capatului 5’ al genei β-globinei

Structura nucleotidica completa a genei β-globinei

TRANSLATIA/TRADUCTIA INFORMATIEI GENETICE

Elementele implicate in realizarea translatiei sunt:

• ARN-r

• ARN-t

19
 • Aminoacizi

• Enzime

• Donatorii de energie

• Elementele implicate in realizarea translatiei:

ARN-t, aminoacizi

1. Activarea aa
In timpul translatiei ARN-t specifici fixeaza aminoacizii specifici, ii
transfera pe ribozomi si ii insera intr-o pozitie specifica , in functie de
mesajul din ARN-m. Cuplarea si transportul specific se fac in prezenta
ATP-ului si a aminoacil-ARN-t-sintetaza specifica. Activarea
aminoacidului si transportul sau specific se desfasoara in doua etape:

- prima etapa corespunde activarii aminoacidului:

R-CH(NH2)-COOH + Enzima + ATP = R-CH(NH2)-CO-O-AMP-E + PP

aminoacid aminoacid activat

- in etapa a doua are loc cuplarea aminoacidului activat cu ARN-t:

R-CH(NH2)-CO-O-AMP-E + ARN-t = R-CH-CO-O-ARN-t + AMP + E

aminoacil-ARN-t

20
 2. ARNt

Acest proces este efectuat de catre portiunea anticodon a moleculelor

de ARN-t complementare cu secventa de codoni de pe ARN-m;

ARN-t este o molecula tridimensionala cu forma de frunza de trifoi

inversata, cu lungime de aprox. 70 nucleotide;

La capatul 3’ se poate atasa un aminoacid specific;

La capatul opus se gaseste bucla anticodon, care contine o serie de trei

baze complementare cu codonul de pe ARN-m, numit capatul de citire;

Bucla DHU – dihidrouridina – recunoaste si leaga aminoacil - ARNt

sintetaza

Bucla TΨC contine pseudouridina (Ψ) si ribotimina (T) – asigura legarea

de subunitatea 50S a ribozomului

21
 3. Ribozomii si ARNr

La bacterii sunt formati din doua subunitati, diferite prin constanta de

sedimentare: marea subunitate are 50S (ARNr 23S, 5S, 34 proteine) iar
mica subunitate are constanta 30S (ARNr 16S, 21 tipuri de proteine);

La om, subunitatile sunt 60S (ARNr 5S, 5,8S, 28S, 46 tipuri de proteine)
si 40S (ARNr 18S, 33 tipuri de proteine).

Fiecare subunitate este constituita din complexe de proteine(40%) si

ARN-r (60%);

Fixarea ARN-m de ribozomi se face la la subunitatea de 40S.Ribozomii

au 4 situsuri functionale: pe subunitatea mica situsul de fixare al
extremitatii 5’ a ARNm; pe subunitatea mare situsul P (peptidil) si
A(aminoacil) unde se fixeaza moleculele de ARNt incarcate cu
aminoacizi specifici si situsul de iesire E (exit).

O molecula de ARN-m poate fi explorata de mai multi ribozomi, formand

poliribozomul sau polizomul. Fixarea ARN-m de ribozomi se face la la
subunitatea de 40S.

Translatia/traductia informatiei genetice

Faz de initiere

Pentru a initia translatia o unitate ribozomala de 30 S se leaga la o

secventa scurta de ARNm numita situsul de legatura ribozomal.
Secventa incepe intotdeauna cu semnalul AUG, denumit codon
initiator. Anticodonul complementar de pe ARN-t va fi UAC si transporta
specific numai metionina. Aceasta cuplare se realizeaza in prezenta a
doi factori de initiere de natura proteica (Fc si Fb). Subunitatea
ribozomala de 50S se ataseaza apoi la complexul de initiere, iar factorii
de initiere se desprind si se formeaza ribozomul de 70S. Se formeaza
astfel capul de citire, favorizat de un alt factor de initiere Fa, in prezenta
unei molecule de GTP. Subunitatea mare are doua situsuri alaturate:
situsul aminoacil-A si situsul peptidil-P. Situsul P este primul ocupat
de ARN-t adaptor.

22
Faza de elongatie

Soseste al doilea ARN-t adaptor, care transporta un aminoacid care

care se fixeaza de ribozom in situsul A. In prezenta peptidil-
transferazei din ribozom se stabileste o legatura peptidica intre cei doi
aminoacizi. Dupa legarea aminoacizilor, ARN-t initiator paraseste situsul
P ribozomal prin situsul de iesire E. Ribozomul avanseaza trei baze pe
secventa ARN-m. Prin avansare , al doilea ARN-t trece pe situsul P.
Situsul A este eliberat prin avansare, cuprinzand codonul urmator din
secventa ARN-m. Soseste al treilea ARN-t adaptor, care ocupa situsul
A. Se formeaza o noua legatura peptidica intre aminoacizii 2 si 3, dupa
care ARN-t paraseste ribozomul. Lantul polipeptidic in crestere strabate
un tunel in interiorul subunitatii 50S;

Faza de terminare

Acest proces continua de nenumarate ori in directia 3’-5’ pana cand

ribozomul atinge un codon stop (UAA, UAG, UGA). Factorii eliberatori
elibereaza lantul polipeptidic de pe ARN-t, iar cele doua subunitati
ribozomale vor fi reciclate. In timpul fazei de elongatie proteina ia o
forma functionala tridimensionala.

23
REGLAREA SINTEZEI PROTEICE

Mecanismele de reglare au fost studiate cel mai bine la bacterii.

Exemplul clasic: Modelul operonului descris de catre Francois Jacob si
Jacques Monod la E.coli – premiul Nobel 1965. Ei au demonstrat
experimental si teoretic ca sinteza proteinelor nu este constanta in timp
ci variaza in functie de necesitatile celulei. Mecanismele de reglare au la
baza actiunea unor enzime si au fost descrise pentru procariote si
eucariote. Enzimele care intervin in reglarea sintezei proteice pot fi
controlate prin 2 mecanisme:

1. Controlul genetic al sintezei enzimei;

2. Controlul activitatii enzimatice (inhibitie de feed-

back)

1. Controlul genetic al sintezei enzimatice se refera la controlul

transcriptiei ARN-m necesar pentru sinteza unei enzime.

Acest control se realizeaza prin intermediul proteinelor reglatoare care

se pot atasa la ADN si pot bloca sau amplifica functia ARN-polimerazei;

Proteinele reglatoare pot functiona ca:

1. Represori (control genetic negativ)

a. Corepresori (operonul trp);
b. Inductori (operonul lac);
2. Activatori (control genetic pozitiv).

24
Represorii sunt proteine reglatoare care blocheaza transcriptia
ARN-m. Represorii se leaga la o portiune de ADN numita operator care
se gaseste in aval de promotor. Legarea proteinei reglatoare la operator
blocheaza trecerea ARN-polimerazei de operator si transcrierea
secventei de gene structurale ale enzimei – control genetic negativ.
Represorii sunt proteine alosterice care au un situs de legare pentru o
molecula specifica numita corepresor - care modifica forma proteinei
represor astfel incat ea sa se poata cupla cu operatorul si sa blocheze
transcriptia.

Operonul triptofan in absenta corepresorului:

Operonul triptofan in prezenta corepresorului (triptofan in exces):

Inductorul altereaza forma proteinei reglatoare, blocheza cuplarea cu

operatorul si permite transcriptia. Reglarea prin inductor este
caracteristica operonului lactoza si este necesar pentru transportul si
metabolizarea lactozei la E. coli.
25
Operonul lac de la E. coli contine gene implicate in metabolismul
lactozei

Este activ numai cand lactoza este prezenta si glucoza lipseste

Represorul lac si CAP (catabolit activator protein) regleaza operonul

on/off ca raspuns la nivelurile de glucoza si lactoza

Represorul lac este un senzor pentru lactoza

CAP este senzor pentru glucoza

Un operon inductibil in absenta inductorului (operonul lactoza)

• Pasul 1: Gena reglatoare codifica o proteina represor activa;

• Pasul 2: Proteina represor se leaga apoi la regiunea operator a

operonului;

• Pasul 3: ARN polimeraza nu se poate lega de regiunea promotor a

operonului cind proteina represor activa este legata de regiunea
operator;

• Pasul 4: Daca ARN polimeraza nu se leaga la regiunea promotor

genele celor 3 enzime (Z, Y si A) nu sunt transcrise in ARNm;

26
 • Pasul 5: In lipsa transcriptiei celor 3 gene enzimatice, cele 3
enzime necesare pentru utilizarea lactozei de catre bacterie nu
sunt sintetizate.

Modelul de functionare al unui operon inductibil in prezenta

inductorului (operonul Lac)

• Pasul 1: Gena reglatoare codifica o proteina represor activa;

• Pasul 2: Lactoza, molecula inductoare se leaga de proteina
represor activa;
• Pasul 3: Legarea inductorului inactiveaza proteina represor;
• Pasul 4: Proteina represor inactiva nu se mai poate lega la
regiunea operatoare a operonului
• Pasul 5: Deoarece proteina represor inactiva nu este capabila
sa se lege la regiunea operatoare, ARN polimeraza va fi din
nou capabila sa se lege la regiunea promotor a operonului;
• Pasul 6: ARN polimeraza este acum capabila sa transcrie cele
3 gene enzimatice (Z, Y si A) in ARNm;
• Pasul 7: Odata cu transcrierea acestor gene sunt sintetizate
cele 3 enzime necesare bacteriei pentru a utiliza lactoza.

27
REGLEREA SINTEZEI PROTEICE PRIN CONTROL GENETIC
POZITIV

Activatorii sunt proteine reglatoare care promoveaza sau initiaza

transcriptia. Activatorii controleaza gene care au un promotor la care
ARN-polimeraza nu se poate atasa. Activatorul este o proteina
allosterica care se poate lega de situsul activator de legatura. ARN-
polimeraza nu se va putea lega de promotor si nu va putea transcrie
genele. Legarea unei proteine inductor la activator ii va modifica forma
si aceasta se va atasa la situsul activator de legatura. ARN-polimeraza
se leaga de promotor si initiaza transcriptia – control genetic pozitiv.

Activitatea unei proteine activatoare in absenta inductorului

• Gena reglatoare produce o proteina activatoare inactiva;

• Proteina activatoare nu se poate lega de situsul de legare

activator;

• ARN polimeraza nu se poate lega la promotor iar gena X nu se

transcrie si enzima nu se sintetizeaza.

O proteina activatoare in prezenta inductorului – pasul 1

• Gena reglatoare produce o proteina activatoare inactiva;

• Inductorul se leaga la activator;

28
• Legarea inductorului produce modificarea formei activatorului;

• Activatorul se poate lega la situsul activator de reglare.

• O proteina activatoare in prezenta inductorului – pas 2

• Legarea activatorului evidentiaza situsul de legare al ARN

polimerazei la promotor;

• ARN polimeraza se leaga la promotor si este capabila sa transcrie

gena X in ARN-m;

• Sinteza enzimei.

29
2. Controlul activitatii enzimatice(inhibitie prin feed-back)

• Inhibitie non-competitiva;

• Inhibitie competitiva.

Inhibitia noncompetitiva prin enzime allosterice

Produsul final (inhibitor) al caii metabolice se combina cu situsul

allosteric al enzimei, aceasta altereaza situsul activ al enzimei astfel
incit ea nu se mai poate lega la substratul initial al caii. Aceasta
blocheaza sinteza produsului final.

Inhibitia competitiva a activitatii enzimatice

Produsul final (inhibitor) al caii metabolice se leaga la situsul activ al

primei enzime a caii. Ca rezultat enzima nu se mai poate lega la
substratul initiator al caii metabolice.

REGLAREA SINTEZEI PROTEICE LA EUCARIOTE

Exista diferente majore intre reglarea sintezei la eucariote si procariote.

Eucariotele au histone si cromozomii sunt stans infasurati in cromatina,
iar procariotele au proteine legate direct de ADN care se poate exprima
mult mai usor. Procariotele nu au introni iar fiecare gena are propria sa
regiune reglatoare. Eucariotele folosesc factori de transcriptie si regiuni
promotoare pentru reglarea controlata a fiecarei gene. Eucariotele au
introni; ca urmare se produce procesarea ARNm, care este folosit mai
ales in reglarea expresiei genice la eucariote.

Reglarea expresiei genice se produce la mai multe niveluri:

pretranscriptional, transcriptional si posttranscriptional.

CONTROL PRETRANSCRIPTIONAL

Se refera la exprimarea in spatiu a genelor in anumite celule, organe

sau tesuturi;

Topoizomerazele- suprainrulare ADN cu cresterea gradului de torsiune

al cromatinei-reduce transcriptia;

30
Modificari in conformatia ADN-ului-trecerea de la forma B la forma Z-
procese maligne-favorizeaza transcriptia;

Mecanisme epigenetice= modificari ale complexului nucleoproteic, ce nu

implica schimbari in secventa nucleotidica

1. modificarea histonelor nucleozomale-metilarea activeaza

transcriptia, acetilarea reduce transcriptia

2. schimbarea pozitiei nucleozomilor,

3. metilarea ADN- in insulele CpG din struct promotor- represia

transcriptiei

4. Amprentarea genomica (sindrom Prader-Willi si Angelman)

5. Inactivarea cromozomului X

CONTROL TRANSCRIPTIONAL

Punctul primar de control este reglarea activitatii ARN-polimerazei II.

Activitatea ei este controlata de: elemente cis-reglatoare, factori de
transcriptie transreglatori, controlul la distanta al expresiei genice prin
enhancers sau silencers, reglare prin liganzi, ca raspuns la semnalele
extracelulare(sunt receptori intracelulari la care se ataseaza diferiti
hormoni si au efect de factori de transcriptie), selectarea promotorilor
pentru gene care au mai multi promotori(gena distrofinei, cu cel putin 8
promotori).

CONTROL POSTTRANSCRIPTIONAL

Sunt mecanisme secundare care controleaza expresia genica dupa

transcriptie. Acestea cuprind:

• Controlul procesarii ARN;

• Controlul translational;

• Controlul degradarii mRNA;

• Controlul activitatii proteice;

31
Controlul procesarii ARN

Este limitat la eucariote si determina cum si cand este splitat sau

procesat transcriptul primar pentru a forma ARNm;

De exemplu, unele transcripturi de ARN produc diferite tipuri de ARNm

din aceeasi gena, in diferite tipuri de celule numai prin folosirea
selectiva a exonilor-matisare alternative (gena calcitoninei cu 2
variante-calcitonina in celulele tiroidiene si peptidul neuromodulator in
hipotalamus).

II. Controlul translational

• Determina care ARNm va fi translat in proteine si cand;

• Se realizeaza prin fenomenul de interferenta pe care il produc

molecule mici ARN micro cu rol de incetinire a translatiei si prin
degradarea mutatiilor non-sens premature din ARNm, care ar
produce proteine anormale.

• De exemplu, translatia poate fi inhibata de ARNm cuplat cu

diferite proteine specifice sau stimulata de secvente nucleotidice
speciale de la capatul ARNm, care faciliteaza cuplarea ribozomilor.

• Se realizeaza prin urmatoarele mecanisme:

• Adaugarea secventei cap la extremitatea 5’ a ARNm cu rolul de

a-l proteja de actiunea 5’ a exonucleazelor si de atasare a
ribozomilor.

• Procesul de splicing

• Adaugarea cozii poli-A (poliadenilare) la capatul3’ actioneaza

protector impotriva exonucleazelor si stimuleaza viteza translatiei;

• Procesul de editare al ARNm – este un mecanism evolutiv prin

care se modifica structura ARNm in timpul procesului de maturare
(modificari nucleozidice, deaminare, editare la virusuri). Ex:
editarea C->U in gena pt apolipoproteinaB sau a genei pt NF1

III. Controlul degradarii ARNm

Se realizeaza prin stabilizarea sau destabilizarea selectiva unor tipuri
diferite de ARNm.

32
O proteina care este necesara in cantitati mari pe o perioada lunga de
timp are un ARNm foarte stabil.

• De exemplu, ARNm al β – globinei are un timp de injumatatire de

10 ore (timp de injumatatire timpul necesar pentru ca 50% dintr
molecule sa fie degradate). Alte proteine sunt necesare numai
tranzitor si au un ARNm cu timp de injumatatire de cateva minute.
ARNm produs de oncogenele c-MYC si c-FOS are o stabilitate
anormal de mare-sinteza proteine oncogene-stim proliferarea
celulara

IV. Controlul activitatii proteice

Presupune activarea si inactivarea selectiva, modificarea moleculelor
proteice specifice dintr-o celula sau un anumit tip de celula, influentand
cand si cum actioneaza o proteina.

De exemplu - unele proteine sunt necesare pentru evenimente legate de

dezvoltare si actioneaza numai in anumite celule sau intr-un moment
specific al dezvoltarii (HbE, HbF).

Aceste proteine produc efecte profunde asupra altor celule si trebuie sa

fie inactivate imediat dupa ce au actionat, deoarece pot produce
anomalii de dezvoltare.

Videoclipuri informationale:

1. https://www.youtube.com/watch?v=KZBljAM6B1s&t=
2. https://www.youtube.com/watch?v=gG7uCskUOrA
3. https://www.youtube.com/watch?v=QvNdzLALvkI
4. https://www.youtube.com/watch?v=LuOaEe89_HE&t=
5. https://www.youtube.com/watch?v=LY36NxERR3s

33