UNIVERSITATEA “ALEXANDRU IOAN CUZA” din IAŞI

Facultatea de Biologie
Specializarea GENETICĂ MOLECULARĂ

BIOSTATISTICĂ MEDICALĂ

-PROIECT-
Profilul transcripțional și inhibarea biosintezei colesterolului în celulele limfocitelor T
umane de către toxina marină azaspiracid

Coordonator ştiinţific :
ȘEF LUCR. DR. MANIU CĂLIN LUCIAN

Candidat:
ANDREI ADELINA

IAŞI
2018
 Cuprins

INTRODUCERE ........................................................................................................................ 3
MATERIALE ȘI METODE....................................................................................................... 4
REZULTATE ȘI DISCUȚII ...................................................................................................... 5
CONCLUZII .............................................................................................................................. 7

2
 INTRODUCERE

”Statistica este ştiinţa obţinerii faptelor incerte din date sigure”- de Evan Esar

Statistica este un domeniu ştiinţific care permite studiul fenomenelor a căror

proprietate fundamentală este variabilitatea. În genetică principala caracteristică definitorie
este variabilitatea. Prin urmare o analiză statistică în domeniul geneticii este de mare
relevanță.

Acest referat are în vedere utilizarea unui instrument web numit GEO2R, care ne
permite să comparăm două sau mai multe grupe de probe într-o serie GEO, cu scopul de a
identifica genele care sunt exprimate diferențial în condiții experimentale.

Scopul acestei lucrari cuprinde realizarea unei analize experimentale care pune în
lumină expresia genelor, folosind datele brute din baza de date GEO2R, date care vor fi
prelucrate și interpretate.

3
 MATERIALE ȘI METODE

Experimentul pe care l–am ales pune in lumina o toxină marină azaspiracidul-1 (AZA-
1). Acest toxin se acumulează în crustaceele din mai multe țări, inclusiv Canada de Est,
Maroc și o mare parte din Europa de Vest, fiind frecvent asociat la om cu intoxicații gastro-
intestinale severe. Prin urmare azaspiracidul pune în pericol sanatatea consumatorilor de
fructe de mare.

Deoarece mecanismul de acțiune al AZA-1 nu este în prezent cunoscut, microarrays

ADN-ului uman au fost utilizate pentru a exprima expresia genelor în celulele T ale
limfocitelor umane după expunerea la AZA-1.

Culturilor de celule T au fost expuse la AZA în decursul a 1, 4 ș 24 ore, fiind apoi

recoltate pentru extragerea ARN. Genele foarte timpurii (1 oră) au avut ca rezultate un factor
de transcripție specific pentru celulele T, proteine membranare, receptori și gene inflamatorii.
La 4 ore, genele care au răspuns au inclus factori de transcripție și gene de creștere celulară, în
plus față de cele 16 gene implicate în sinteza acidului gras și a colesterolului. În mod similar,
la 24 de ore, 17 din cele 35 de gene principale au fost implicate în sinteza acidului gras și a
colesterolului. Adnotatorul Gene Map și programul Profiler Pathway confirmă efectele de
semnalizare celulară orientate către căile de biosinteză a lipidelor.

Profilul transcripțional indus de AZA-1 a împărtășit o asemănare mare cu profilurile

de expresie ale studiilor inhibitorilor de sinteză a colesterolului in vitro și studiilor in vitro și
in vivo ale genei de sinteză a colesterolului, sugerând un răspuns transcripțional comun și un
posibil mecanism de acțiune.

Tipul experimentului este de exprimarea a profilului prin matrice. Indicativul

experimentului GSE5346. In vederea acestei analize statistice am realizat o grupare a probelor
după cum reiese în figura 1. Grupele de probe au fost caracterizate în funcție de timpul expus
la AZA-1(1,4,24 ore).

Figura 1. Gruparea celor 6 probe în baza de date GEO2R. Se formează 3 grupe a cate
două probe. Fiecare grupă are specific timpul de vehiculare la AZA-1(1, 4. 24hr ).

4
 REZULTATE ȘI DISCUȚII

Prelucrarea datelor brute din baza de date GEO2R ( indicativ GSE5346) a avut ca
rezultat Graficul 1.

În graficul de mai jos am obtinut rezultatele distribuției. Ilustrarea distribuției are o

importanță majora deoarece, este primul indicator care ne arată dacă probele selectate sunt
potrivite pentru comparatie. Prin urmare, linia din centrul fiecarei distribuții reprezintă de
fapt, media distribuțiilor. De asemenea, variatiile de dimensiune dintre casete exprimă
deviația standard.

Graficul 1. Diagrama boxplot și distributia valorilor.

In graficul1 linia fiecărei distribuții este poziționată pe centru, ceea ce putem emită că
probele selectate au un continut relevant, adică pot fi comparate.

5
 Etapa exeperimentală a studiului a avut în vedere 437 de gene care sunt implicate în
reglarea lipidelor. Gena aleasă de mine este DHCR24 care codifică enzima 24-
dehidrocolesterol reductaza, o enzimă implicată în biosinteza colesterolului (Figura 2.).

Figura 2. Gena de interes DHCR24 implicată în reglarea lipidelor.

În cazul genei DHCR24, datele statistice de analiză GEO2R sunt reprezentate în graficul 2.

Datele din figura 2 exprimă diferențele dintre cele trei grupuri de probe. Se observă destul de
clar că celule vehiculate cu AZA-1 timp de 24 de ore prezintă expresia genei cea mai ridicată
comparativ cu celelalte două seturi de probe. Probele expuse timp de o ora la AZA-1 a
prezentat o expresie a genelor mult mai scăzută și chiar subexprimată.

Graficul 2. Expreșia genei DHCR24 în culturile de celule T în prezența toxinului AZA-

1.Barele roșii verticale reprezintă pentru fiecare probă gradul de expresie al genei. Ultimul
rand de casete este secționat în trei colane. Fiecare coloană delimitează timpul de expunere la
AZA-1( 1, 4 și 24 de ore).

6
 CONCLUZII

Analiza datelor brute prin intermediul pachetului de date GEO2R, am putut emite următoarele
concluzii:

1. Pachetul de date GEO2R oferă o modalitate simpla și rapidă în vederea profilului

transcripțional din cadrul genomului.

2. În cazul culturilor de celulare T expuse timp de 24 de ore la AZA-1, gena DHCR24 a

exprimat valoarea cea mai ridicată a expresiei genei, în comparație cu celelalte grupe de
probe.

3. Majorarea profilului transcripțional al genei DHR24, în cadrul genomului, poate sugera un

posibil mecanism de acțiune în ceea ce privește inhibarea biosintezei colesterolului.