Nagato a trăit împreună cu părinții săi: Fusō și Ise la marginea satului Amegakure.

Când era foarte tânăr, Madara Uchiha ia transplantat în secret Rinneganiul lui
Nagato fără cunoștința părinților săi. Câteva zile mai târziu, în timpul celui de-
al doilea război mondial shinobi, Nagato și părinții săi s-au adăpostit acasă
pentru a evita luptele de afara. Într-o zi, doi shinobi din Konoha au intrat în
casă cautând mâncare, iar Nagato și părinții lui au încercat să se furișeze
neobservați. Când au fost descoperiți, părinții lui i-au atacat pe shinobii, astfel
încât Nagato să poată scăpa. Shinobi din Konoha i-au ucis părinții în autoapărare
și, după ce și-au dat seama că sunt doar civili, și-au cerut scuze de la Nagato.
Depășit de durere, Nagato a folosit pentru prima dată Rinneganul de la Madara
pentru ai ucide și ai răzbuna pe părinții săi. După îngroparea părinților, Nagato,
acum a rămas orfan, a fost forțat să plece de acasă și să caute hrană și adăpost.
Cu resurse rare datorită războiului în curs, nimeni nu l-a ajutat până când Nagato,
sa prăbușit de foame dar a fost găsit de Konan și Yahiko, orfani ca el.

Jiraiya le-a găsit un loc unde să locuiască și i-a învățat cum să pescuiască, dar
nu i-ar învăța ninjutsu. În timp ce orfanii erau afară într-o zi, au fost găsiți și
atacați de un chūnin din Iwagakure. Temându-se de viața prietenilor săi, Nagato a
folosit Rinneganul pentru a-l ucide pe Iwa-nin. Când Jiraiya a ajuns pentru a-i
ajuta, a observat pentru prima dată ochii lui Nagato și ia adus aminte de
legendarul (Eremitul celor Șase Căi), posesorul original al Rinneganului. Din
această cauză, Jiraiya s-a răzgândit și a început să-i învețe ninjutsu. Nagato avea
regrete pentru ca la omorât pe acel om, dar Jiraiya l-a convins că uneori violența
și durerea personală erau necesare pentru a-i proteja pe ceilalți. Cu timpul, chiar
și-a împărtășit credința că Nagato a fost reîncarnarea Eremituli celor Șase Căi și
la fel ca el, Nagato își va folosi Rinneganul pentru a crea pace în lume.

Jiraiya i-a antrenat pe orfani timp de trei ani. Datorită lui Rinnegan, Nagato
stăpânește cu ușurință tot ce a fost învățat. Odată ce au reușit să învingă una
dintre clonele sale de umbră într-o luptă, Jiraiya a decis că sunt gata să traiască
singuri și el s-a întors în Konoha, încrezător că vor aduce reforma în țară. Cei
trei au format o organizație pe care au numit-o Akatsuki, cu Yahiko ca lider și au
început să pledeze pentru încheierea războiului. Mesajul lor s-a dovedit popular și
au adunat mulți adepți; chiar și Jiraiya auzise despre grupul lor. În timpul celui
de-Al Treilea Război Mondial Shinobi, au fost abordați de de Obito Uchiha,
deghizat. Prezentându-se ca Madara Uchiha, el s-a oferit să-i ajute și să-i arate
lui Nagato cum să deblocheze întregul potențial al Rinneganului său. Yahiko a
refuzat , bănuind că Tobi se va folosi de Nagato.