ADN i ARN

MOLECULELE EREDITII
http://www.dnai.org/timeline/index.html

STRUCTURA PRIMAR (COVALENT)
A ADN
ADN este o macromolecul cu structur polinucleotidic

un nucleotid este alctuit din:
o oz
o baz azotat
una sau mai multe grupri fosfat
Pentozele din structura acizilor nucleici
DEOXIRIBOZA-n ADN (acidul deoxiribonucleic)
RIBOZA-n ARN (acidul ribonucleic)
Structura bazelor azotate din ADN
Heterocicluri cu N derivate de la:
purin BAZE PURINICE
primidin BAZE PIRIMIDINICE
Tautomeria bazelor azotate
(ceto enol i amino imino)
in vivo, echilibrele sunt deplasate ctre formele ceto, respectiv amino

sgeile colorate indic atomii care pot participa la formarea legturilor de hidrogen
Structura nucleozidelor i nucleotidelor
NUCLEOZID: baz azotat legat |-N-glicozidic la C1 al pentozei
la formarea legturii glicozidice particip:
N
9
din bazele purinice
N
1
din bazele pirimidinice
NUCLEOTID: nucleozid esterificat la C5-OH cu una sau mai multe grupri fosfat
Nomenclatura bazelor, nucleozidelor i nucleotidelor
din ADN
Baza Deoxiribonucleozid
Deoxiribonucleotid
(Deoxiribonucleozid-5-
monofosfat)
Adenina (A) Deoxiadenozina Deoxiadenilat
(dAMP)
Guanina (G) Deoxiguanozina Deoxiguanilat
(dGMP)
Timina (T) Deoxitimidina Deoxitimidilat
(dTMP)
Citozina(C) Deoxicitidina Deoxicitidilat
(dCMP)

Structura unui fragment de caten ADN

nucleotidele sunt legate
prin puni 3-5 fosfodiesterice
ntr-o succesiune (secven) liniar
o caten polinucleotidic

catenele polinucleotidice au polaritate:
la o extremitate se gsete gruparea 5-P
la cealalt extremitate este gruparea 3-OH

secvena de nucleotide poate fi notat:
pApGpTpC....

prin convenie, notatrea ncepe cu
nucleotidul 5

MODELUL ADN DUBLU CATENAR (ADNdc)
(James Watson, Francis Crick, 1953)
A fost dedus pe baza imaginilor de difracie a razelor X prin fibre de ADN
STRUCTURA SECUNDAR A ADN
Caracteristicile modelului Watson-Crick
ADN celular este dublu catenar (bicatenar)
alctuit din dou catene polinucleotidice
cele dou catene sunt antiparalele :
una are polaritate 5-3iar cealalt, 3-5

rsucite helical n jurul unui ax comun (o-helix de dreapta)

bazele purinice i pirimidinice se gsesc n interiorul
helixului
gruprile fosfat i unitile deoxiriboz sunt la exterior
planurile bazelor sunt perpendiculare pe axa helixului
planurile ozelor formeaz unghiuri de ~90 cu
planurile bazelor

diametrul helixului : 2 nm

bazele adiacente:
se afl la distan de 0,34 nm una de alta de-a lungul axei
helixului,
sunt rotite una fa de cealalt cu 36

structura helical se repet dup fiecare 10 baze pe fiecare
caten, la intervale de 3,4 nm
cele dou catene sunt asociate prin legturi de hidrogen ntre perechile de baze
doar dou tipuri de perechi de baze sunt permise de restriciile sterice i geometrice
perechi Watson-Crick: A.T i G.C.
A formeaz dou legturi de hidrogen cu T
G formeaz trei legturi de hidrogen cu C.
legturile glicozidice ale unei perechi de baze nu sunt diametral opuse,
B-ADN are o canelur mare (1,2 nm/ 0,85 nm) i o canelur mic (0,6 nm/ 0,75 nm)
fiecare este mrginit de atomi potenial donori /acceptori de legturi de hidrogen
n canelura mic se afl O-2 al pirimidinei i N-3 al purinei
canelura mare este pe partea opus
Structura ADN dublu catenar
Secvena bazelor azotate de-a lungul unei catene polinucleotidice poart informaia genetic

Forele care stabilizeaz
ADN dublu catenar
formarea legturilor de hidrogen ntre perechile de baze:
stabilitate termodinamic
coninut informaional, prin specificitatea perechilor de baze
Legturi de hidrogen
sunt stabile cnd:
atomii implicai se gsesc anumite distane unul de altul (0,28-0,30 nm pentru O i N)
aranjamentul lor este liniar
criteriile geometrice le confer specificitate
Forele hidrofobe
bazele azotate sunt plate i relativ insolubile n ap
tind s se aeze una peste alta, perpendicular pe axa dublului helix (stivuirea
bazelor)
helixul este stabilizat prin interaciunile dintre norii electronici (t-t) ai bazelor
stivuite n interiorul su
Variabilitatea conformaiei ADN
dublu catenar
conformaia descris de modelul Watson-Crick (ADN-B) corespunde
majoritii ADN celular

n anumite condiii, ADN dublu catenar
poate adopta i alte conformaii: ADN-A i ADN-Z
poate forma structuri de tip triplex sau cvadruplex
CONFORMAIILE
ADN
DUBLU CATENAR
Caracteristica
geometric
Forma A Forma B Forma Z
Sensul de rsucire al
helixului
dreapta dreapta stnga
Diametrul helixului 2,3 nm 2 nm 1,8 nm
Unitatea repetitiv 1pb 1pb 2pb
Rotaie/pb 33 36 -60/2
Nr. baze/tur de spir 11 10,4(10,0-10,7) 12 (6 dinucleotide)
nclinarea pb fa de axa
helixului
+19 -1,2 -9
Creterea helixului/pb
de-a lungul axei
0,26 nm 0,34 nm 0,37 nm
Pasul helixului 2,8nm 3,4 nm 4,5 nm
Unghiul mediu al rsucirii
n elice
+18 +16 ~0
Conformaia legturii
glicozidice
anti anti purine-sin;
pirimidine-anti
Proporiile canelurii mari Extrem de ngust i
foarte adnc
Larg i de adncime
intermediar
Aplatizat pe suprafaa
helixului
Proporiile canelurii mici Foarte larg dar
superficial
ngust i de adncime
intermediar
Extrem de ngust dar
foarte adnc
PROPRIETILE ADN
BICATENAR
Forma i dimensiunile ADN bicatenar
(2x10
6
Da= 3000 pb= 1 m)
Sursa pb.10
3
(kb)
Lungime
(m)
Virusuri
SV40 5,1 1,7
Fagul 48,6 17
Fagul T2 166 56
Bacterii
Mycoplasma 760 260
E. coli 4000 1360
Eucariote
Saccharomyces 13500 4600
Drosophila 165000 56000
Om 2900000 990000
Denaturarea i renaturarea ADN
Separarea catenelor care formeaz dublul helix=denaturare (melting; topire)

in vivo, n timpul replicrii (procesul de sintez a ADN)
in vitro, cnd o soluie de ADN este adus n condiii de temperatur i pH foarte
diferite de condiiile fiziologice
Curba denaturrii termice a ADN
bazele azotate absorb radiaii din domeniul UV (240 nm)
reprezentnd grafic creterea absorbanei n funcie de temperatura la care este supus
soluia ADN
curb de topire de form sigmoidal

absorbana crete brusc ntr-un domeniu de temperatur relativ ngust
cooperativitatea interaciunilor care stabilizeaz dublul helix

temperatura de topire (Tm-melting temperature) a ADN
temperatura la care absorbana reprezint 50% din valoarea maxim, corespunztoare
denaturrii complete (separrii complete a catenelor)
Temperatura de topire este caracteristic fiecrui ADN

T
m
este determinat de:
coninutul de perechi G.C
tria ionic a soluiei (a)-soluii saline diluate; (b)-soluii saline concentrate
ofer informaii privind compoziia de baze azotate a ADN
Proprietile tolpologice ale ADN
Topologia ADN
se refer la forma i traiectoria spaial a ADN
abordeaz interdisciplinar, cu instrumentele matematicii, probleme
ale biologiei moleculare ca:
suprarsucirea (supercoiling)
nnodarea (knotting)
catenarea (catenation)
Micrografii electronice ale unor molecule de ADN circular;
1-forma relaxat; 2-5-forme suprarsucite
Suprarsucirea ADN
ADN circular purificat din bacterii i eucariote
este de regul suprarsucit negativ (spre dreapta)
suprarsucirea negativ poate fi considerat o
form de stocare a energiei libere utilizabil n
procese care necesit separarea catenelor ADN
(replicarea, transcripia)
Topoizomerazele
enzime care pot modifica gradul de suprarsucire a ADN
bicatenar
catalizeaz scindarea temporar i reformarea
legturilor fosfodiesterice

exist dou tipuri de topoizomeraze care se deosebesc
prin mecanismul de aciune i prin funcia celular:
Topoizomeraze de tip I
Topoizomeraze de tip II
Aplicaii medicale: inhibitorii topoizomerazelor
Inhibitorii ADN girazei bacteriene
ageni antibacterieni
Ex. quinolonele (negram, urotrat) i aminocumarinele (novobiocina)
utilizai pentru tratarea infeciilor urinare cauzate de colibacili
inhib giraza bacterianblocheaz replicarea cromozomului bacterian
aciunea selectiv a acestor antibiotice se bazeaz pe diferena structural
dintre topoizomerazele bacteriene i cele umane
Ciprofloxacin
Novobiocina
Inhibitorii topoizomerazelor umane
anticancerigeni
blocheaz aciunea reglatoare a topoizomerazelor
Ex. etopozidul (VP16) inhib topoizomeraza II
taxolul (extras din Taxus baccata) inhib topoizomeraza I



Etopozid
STRUCTURA ARN
Primar: secvena nucleotidelor
Secundar: formarea perechilor intracatenare de baze
Teriar: conformaia tridimensional

Structura primar a ARN
ARN are, ca i ADN, structur polinucleotidic dar se deosebete de acesta sub trei
aspecte:
scheletul oz-fosfat al ARN conine riboza n loc de 2-deoxiriboza
n ARN timina este nlocuit cu uracil
exist n mod obinuit n form monocatenar
aceste modificri chimice minore au consecine structurale i funcionale majore.

Structura nucleozidelor i nucleotidelor ARN
NUCLEOZID: baz azotat legat b-N-glicozidic la C1 al ribozei
La formarea legturii glicozidice particip:
N9 din bazele purinice (G, C)
N1 din bazele pirimidinice (U, C)
NUCLEOTID: nucleozid esterificat la C5 -OH cu una sau mai multe grupri fosfat

Nomenclatura bazelor, nucleozidelor i nucleotidelor
din ARN
Baza Ribonucleozid
Ribonucleotid
(Ribonucleozid-5-monofosfat)
Adenina (A) Adenozina Adenilat (AMP)
Guanina (G) Guanozina Guanilat (GMP)
Uracil (U) Uridina Uridilat (UMP)
Citozina(C) Citidina Citidilat (CMP)
ARN este sintetizat totdeauna sub form monocatenar, prin copierea informaiei
unei singure catene dintr-un duplex care servete ca matri.
dei ARN poate forma duplexuri helicale lungi, asemntoare structural cu ADN-A,
acestea sunt neobinuite n natur
datorit prezenei unor secvene complementare de baze, n structura ARN exist
scurte regiuni dublu helicale formate prin mperecheri intracatenare ale bazelor azotate
De ce T n ADN i U n ARN?
prin dezaminare oxidativ accidental, C se transform n U, putnd genera o
mutaie


sistmele de reparare recunosc U (a crui prezen este nefireasc n ADN) i l
ndeprteaz prin excizie, fiind apoi nlocuit cu C
n ADN, T este un semnal de normalitate, iar orice apariie a U este considerat
o greeal i tratat ca atare
dac ADN ar fi avut U n stare normal, enzimele de reparare nu ar fi putut
distinge U normal de U rezultat prin dezaminarea C
n ARN, aceast difereniere nu se poate face; ca urmare, erorile rezultate din
dezaminarea C nu sunt reparate
pentru ARN nu exist un sistem de reparare a erorilor
ARN este o molecul efemer, n contrast cu ADN care trebuie conservat pe timp
nelimitat
Elemente de structur secundar a ARN
Motive de structur secundar a
ARN: (A)-agraf, (B)-
protuberan, (C)-bucl; (D)
frunza de trifoi
Apar n regiunile cu secvene
complementare de baze azotate
(A) perechi convenionale Watson
Crick: A.U i G.C
(B) (B) perechea neconvenional G.U
Perechi de baze din ARN
Structura teriar a ARN
Formarea tripletului U.A.U
(A) Formarea unui pseudonod.
(B) Interaciunile dintre bazele azotate care stabilizeaz structura
Funciile ARN
Cu excepia anumitor virusuri, ARN nu are rol de material genetic i nu este
matri pentru propria sa replicare
ARN ndeplinete ns roluri biologice numeroase i diverse, prin care
particip la exprimarea informaiei genetice codificate n ADN
ARN mesager (ARNm): intermediar ntre gene i ribozomi, dispozitive
celulare de sintez a proteinelor
ARN de transport (ARNt): adaptor ntre codonii din ARN mesager i
aminoacizi
ARN ribozomal (ARNr): rol structural dar i catalitic, la formarea
legturilor peptidice
Pe lng aceste trei clase majore, exist multe alte tipuri de ARN care
ndeplinesc funcii celulare importante
Diversitatea funcional a ARN
Tipuri Funcii
ARN heterogen nuclear-
ARNhn
Produs primar al transcripiei, la eucariote;
este prelucrat la ARNm
ARN citoplasmatic de mici
dimensiuni (small)-ARNsc
Prelucrarea ARNt; particul de recunoatere a semnalului-
direcioneaz secreia proteinelor nou sintetizate prin reticulul
endoplasmic
ARN nuclear de mici
dimensiuni-ARNsn
n alctuirea particulelor ribonucleoproteice de mici dimensiuni;
particip la prelucrarea ARNm
ARN nucleolar de mici
dimensiuni-ARNsno
Prelucrarea, maturarea i metilarea ARNr, la eucariote
ARN telomerazic Matria telomerazei, enzima care adaug repetri telomerice la
capetele cromozomilor, la eucariote
micro ARN (ARNmi) regleaz post-transcripional expresia genelor prin procesul numit
interferena ARN
ORGANIZAREA
MATERIALULUI GENETIC
N CELULE
Genomurile eucariote

La organismele eucariote, genomul are
dou componente:
genomul nuclear
genomul organitelor celulare.

Genomul nuclear conine cea mai mare
parte a materialului genetic, este localizat
n nucleu i divizat n cromozomi.

Genomurile organitelor celulare au
dimensiuni mai mici i sunt localizate n
mitocondrii la toate organismele
eucariote;

Eucariotele fotosintetizante au i
genomuri cloroplastice.

Genomul nuclear
const dintr-o serie de molecule liniare de
ADN, fiecare alctuind un cromozom
la toate organismele eucariote exist cel
puin doi cromozomi
moleculele de ADN sunt totdeauna liniare.
la acest nivel de organizare, aspectul variabil
al genomurilor este numrul de cromozomi,
care nu pare s fie corelat cu caracteristicile
biologice ale organismului.
drojdiile au 16 cromozomi, de patru ori mai
mult dect Drosophila.
nu exist o corelaie ntre mrimea genomului
(cantitatea de ADN) i numrul cromozomilor:
unele salamandre au genomul de 30 de ori mai
mare dect genomul uman dar este format
dintr-un numr de dou ori mai mic de
cromozomi.
caracterul neuniform al proceselor de evoluie
care au modelat arhitectura genomurilor la
diferite organisme.

CARIOTIPUL UMAN
cea mai important funcie a cromozomilor este de purttori ai genelor, unitile
funcionale ale ereditii.
gena este definit de obicei ca un segment de ADN care conine instruciunile
pentru sinteza unei anumite proteine sau a unui set de proteine nrudite
exist i gene al cror produs final nu este o protein, ci o molecul de ARN care poate
ndeplini n celul diverse funcii structurale sau catalitice
cromozomii eucariotelor conin, pe lng gene, un mare exces de ADN care nu
pare s poarte o informaie vital

ADN aparent nefolositor (junk DNA), a crui secven de nucleotide poate s nu fie
important
funcioneaz ca material de spaiere ntre gene
implicat n:
evoluia pe termen lung
exprimarea corect a genelor
n contrast, genomurile procariote sunt extrem de compacte


mpachetarea ADN n cromozomi
cromozomii sunt mult mai scuri dect
moleculele de ADN pe care le conin

la om, lungimea ADN din cromozomul 22,
format din 4810
6
pb, este de 5 cm; n timpul
mitozei, acest cromozom are doar 2m.

existena unui sistem organizat de
compactare a ADN

compactarea trebuie s permit:
mpachetarea ADN n spaiul limitat al
nucleului
desfurarea proceselor ca replicarea,
repararea i transcripia (accesarea
genomului)
Nucleozomul
un nucleozom const dintr-un segment un segment de ADN bicatenar de 146-147 pb care se
nfoar de 1,65 ori spre stnga n jurul unui miez proteic, numit octamer histonic.
octamerul este alctuit din cte dou molecule de histone H2A, H2B, H3 i H4, numite i
histone miez (core histone).
diametrul octamerului este de aproximativ 10 nm.
o singur molecul de histon H1, numit i histon de legtur (linker histone), se leag la
fiecare nucleozom, venind n contact att cu miezul histonic ct i cu ADN.
Micrografie electronic a
fibrilei de cromatin-
structura mrgele pe a
Micrografie electronic
a fibrei de cromatin
Dou modele ale fibrei de
cromatin de 30 nm.
(A) solenoid (B) zigzag
Fibra de cromatin de 30 nm
este forma n care se gsete cromatina n interfaz, perioada dintre dou diviziuni celulare
se organizeaz sub form de bucle pe un schelet proteic, ntr-o structur cu diametru de 30
nm.
compactarea avansat conduce la heterocromatin, inactiv transcripional
Genomurile
procariote
majoritatea au dimensiuni mai mici de 510
6
pb
exist i unele mult mai mari
ex. B. megaterium are un genom uria de 310
7
pb

imaginea clasic:
un duplex ADN circular
format prin legarea covalent a capetelor 3 i 5 ale fiecrei catene
localizat n nucleoid

la E. coli:
cromozomul circular are circumferina de 1,6 mm
bacteria are doar 1,02,0 m
ADN-ul adopt n celul o form compact (este suprarsucit)
cu ajutorul unor proteine care se leag la ADN
structura rezultat nu se aseamn cromozomului eucariot
Organizarea materialului genetic la procariote
modelul actual al cromozomului bacterian (E. coli )
ADN este ataat la un miez proteic din care radiaz 40-50 de bucle suprarsucite
fiecare bucl este format din circa 100 kb ADN
HU
cea mai abundent dintre proteinele implicate n compactarea ADN bacterian
este diferit structural de histone
ndeplinete o funcie similar
formeaz un tetramer n jurul cruia se nfoar circa 60 pb ADN
Genomurile virale
Virusurile suntentiti infecioase acelulare, submicroscopice (20-300 nm)
alctuite din:
material genetic (o cantitate mic :10
6
Da -10
8
Da)
o capsul proteic
nu se pot reproduce independent
replicarea lor se realizeaz prin infectarea unei celule gazd

Genomurile virale prezint o mare diversitate a structural:
ADN
bacteriofagii au genomurile formate din ADN bicatenar
ARN
virusurile plantelor au de obicei genomuri din ARN monocatenar
ADN i ARN
genomul citomegalovirusului: un miez ADN i cteva segmente ARN

la unele specii virale exist nucleotide anormale, ca hidroximetilcitozina

genomurile virale ADN au stabilitate mai mare dect genomurile ARN


a. virus bacterian:bacteriofagul T4
b. virus animal (adenovirus)
c. virus vegetal (mozaicul tutunului)
Virusurile sunt ansambluri supramoleculare
acioneaz ca parazii intracelulari
irusurile sunt alctuite din elemente
genetice (ADN sau ARN) nchise ntr-o
capsul proteic
Sunt entiti infecioase, nu organisme vii
Se reproduc numai n interiorul celulelor
pe care le paraziteaz
Prezint specificitate aproape absolut
pentru celulele gazd, n care se multiplic
Exist virusuri specifice pentru toate
tipurile de celule
A. Alctuirea unui bacteriofag
B. Mecanismul infeciei virale
Tipuri de genomuri virale
EXPRIMAREA GENOMULUI

Imaginea clasic:
informaia genetic este copiat prin procesul de
replicare semiconservativ
fiecare caten a ADN bicatenar este matri
pentru sinteza unei catene complementare.

citirea i utilizarea informaiei genetice
(exprimarea genomului) se realizeaz n dou
etape:
n procesul de transcripie, segmente de
ADN direcioneaz sinteza unor molecule de
ARN
n procesul de translaie, moleculele ARN
mesager direcioneaz sinteza moleculelor
proteice.
http://highered.mcgraw-
hill.com/sites/0072437316/student_view0/chapter14/animations.html
http://highered.mcgraw-
hill.com/sites/0072437316/student_view0/chapter15/animations.html