PROTEINE

PEPTIDE
AMINOACIZI
PROTEINELE
agenii funciilor biologice

AMINOACIZII
unitile structurale ale proteinelor
unitile structurale ale proteinelor sunt aminoacizii
secvena/succesiunea aminoacizilor ntr-o caten
polipeptidic/protein determin:
structura tridimensional
funcia biologic a proteinei
nelegerea structurii, proprietilor i funciilor
biologice ale proteinelor presupune cunoaterea
structurii i proprietilor aminoacizilor
AMINOACIZII
o-Aminoacizii sunt
unitile structurale ale proteinelor
20 aminoacizi proteici standard
la atomul de carbon (C
o
) se leag covalent:
o grupare carboxil
o grupare amino
un atom de hidrogen
o grupare de atomi, R (caten lateral)




-aminoacizii reacioneaz
intermolecular formnd catene
polipeptidice
n
o -aminoacizii se individualizeaz prin catenele laterale (R)
atomii de carbon din catenele laterale sunt notai cu literele consecutive
din alfabetul grec
19 aminoacizi proteici au grupri amino primare
prolina este un iminoacid

Clasificarea i nomenclatura
aminoacizilor proteici standard
Clasificarea dup natura gruprii R
cu radical R nepolar (alifatic/aromatic)
cu radical R polar, neionizat la pH fiziologic
cu radical R polar, ionizat la pH fiziologic (acid/bazic)
Denumirea
sistematic, n acord cu regulile IUPAC bazate pe structura
chimic
uzual (trivial), atribuit la descoperirea lor i care nu
reflect neaprat structura chimic
Abrevierea
din trei litere, de obicei primele din denumirea uzual
dintr-o liter, pentru a exprima concis secvenele proteice


Aminoacizi nepolari (1)
Glicina (Gly, G) Alanina (Ala, A) Valina (Val, V) Leucina (Leu, L) Izoleucina (Ile, I)
Aminoacizi nepolari (2)
Prolina (Pro, P) Fenilalanina (Phe, F) Triptofanul (Trp, W) Metionina (Met, M)
Prolina este un iminoacid
introduce tensiuni n catena polipeptidic
influeneaz viteza de pliere a catenelor polipeptidice

Aminoacizii nepolari
Au cea mai mare frecven n proteine, la toate speciile
(L, A, G, V)
Catenele lor laterale au caracter hidrofob
tind s evite contactul cu apa
n structura teriar a proteinelor, sunt localizai la
interior
interaciunile hidrofobe dintre gruprile R
stabilizeaz structura secundar i teriar a
proteinelor

Frecvena aminoacizilor n proteine

Metionina
unul dintre cei doi aminoacizi cu sulf
din proteine
implicat n procese de
recunoatere molecular
poate fi oxidat la sulfoxid sau
sulfon
particip la interaciuni proteice
intra- i intermoleculare

Prolina
Singurul iminoacid din
structura proteinelor
! n proteine, legturile peptidice sunt trans, cu excepia cazurilor
X-Pro, care sunt 10% cis
Interconversia cis-trans a legturilor X-Pro
limiteaz viteza de pliere a proteinelor
este catalizat de peptidil prolil izomeraze (PPI; imunofiline)
PPI sunt implicate n procese biologice importante:
expresia proteinelor
mitoza
comunicarea celular
i patologii:
SIDA
maladiile neurodegenerative

Aminoacizi polari neionizai (1)
Serina (Ser, S) Treonina (Thr, T) Cisteina (Cys, C)

A u grupri R polare dar neionizate la pH fiziologic
crete caracterul hidrofil i solubilitatea n ap
tind s se localizeze la suprafaa proteinelor, n contact cu apa


Aminoacizi polari neionizai (2)
Asparagina (Asn, N) Glutamina (Gln, Q) Tirozina (Tyr, Y)

Asn i Gln pot interaciona prin legturi de hidrogen, similar
legturilor peptidice din scheletul polipeptidic
Cisteina
importan structural:
poate forma legturi disulfurice cu alt rest Cys din aceeai caten polipeptidic
sau din alta
mercaptanii (ex. 2-mercaptoetanol) i ditiotreitolul (DTT, reactiv Cleland)
scindeaz reductiv legtura disulfuric din cistin/proteine
importana funcional:
catena lateral a Cys ionizeaz la valori mai mari de pH (pKa=8)
-S
-
este un nucleofil puternic, catalizator n multe reacii enzimatice
Oxidarea reversibil Cys
poate contribui la ndeprtarea speciilor
reactive de oxigen
protecie mpotriva stresului oxidativ

Aminoacizi ionizai pozitiv (bazici)
Lizin (Lys, K) Arginin (Arg, R) ) Histidin (His, H)
catene laterale ionizate pozitiv la pH fiziologic
hidrofili
tind s se localizeze la exteriorul proteinelor, n contact cu apa
importani pentru enzimele cu mecanism catalitic de tip acid-baz ( His)
Aminoacizi ionizai negativ
Acid aspartic (Asp, D) Acid glutamic (Glu, E)
catene laterale ionizate negativ la pH fiziologic
hidrofili,
tind s se localizeze la exteriorul proteinelor, n contact cu apa
importani pentru enzimele cu mecanism catalitic de tip acid-baz
Proteaza HIV-1

Model structural al HIV-1 complexat cu
inhibitorul BEA369 (multicolor)
Aminoacizii din situsul catalitic (Asp-Thr-
Gly) sunt colorai n rou
Diferite regiuni ale proteazei sunt
desemnate pe baza asemnrii modelului
su structural cu imaginea unui bulldog
englezesc (sau a unei pisici grase)
Are n situsul catalitic un rest de Asp
Ali aminoacizi proteici
apar rar n proteine
se formeaz prin modificri
post-translaionale ale
proteinelor
Ali aminoacizi
proteici

Distribuia i importana
unor aminoacizi rari n proteine

3,5,3',5'-tetraiodtironina (tiroxina)
3, 3',5-triiodtironina
aminoacizi iodurai
prezeni doar n tiroglobulin, o protein produs
de glanda tiroid
se formeaz prin iodurarea resturilor de tirozin
din tiroglobulin
se elibereaz prin degradarea tiroglobulinei
acioneaz ca hormoni ai creterii i dezvoltrii

Tiroxina
4-hidroxiprolina
derivat al prolinei
se gsete n:
extensin (o protein a peretelui
celular vegetal)
colagen




5-hidroxilizina
se gsete n:
colagen
gelatin

Hidroxiprolina
Hidroxilizina
Hidroxilarea Pro din colagen, sub aciunea enzimei prolil hidroxilaza
Acidul ascorbic (vitamina C) este cofactor n reacia redox
Carena n vitamina C afecteaz sinteza colagenului SCORBUT
Inhibarea/ enzimei prolil hidroxilaza conduce la colagenoze grave


se formeaz prin modificarea chimic (metilare, respectiv acetilare) a
aminoacizilor bazici Arg i Lys

intr n alctuirea histonelor, proteine bazice asociate cu ADN n
cromozomi
N-metilarginina
N-acetillzina
Fosfoserina, fosfotreonina, fosfotirozina
Se formeaz prin fosforilarea reversibil gruprii OH a unor resturi de Ser,
Thr, Tyr

Fosforilarea reversibil este o modalitate de reglare a activitii unor
proteine

Desmozina i izodesmozina


aminoacizi derivai de la
4 resturi de Lys
se gsesc n elastin (o
protein fibroas)

metilhistidina, c-N-metillizina i c-N,N,N-trimetillizina
se formeaz prin metilarea unor aminoacizi proteici standard (His, Lys)
se gsesc n anumite proteine musculare cu rol contractil
Ex. N-metillizina apare n miozin

3-metilhistidina
(6-N)-metillizina
(6-N, 6-N, 6-N)
trimetillizina
acidul -carboxiglutamic, este prezent n cteva proteine:
protrombina, implicat n coagularea sngelui
alte proteine care leag ionii de calciu

acidul piroglutamic se gsete n bacteriorodopsin, singura protein
cu rol de pomp de protoni acionat de lumin

Acid -carboxiglutamic
Acidul piroglutamic
Aminoacizi neproteici
aminoacizi i derivai ai acestora
nu intr n alctuirea proteinelor
ndeplinesc funcii biologice importante
Aminoacizi
neproteici
Aminoacizi
neproteici
Funciile unor aminoacizi neproteici
|-Alanina
se gsete n peptidele naturale carnozina i
anserina
este component a acidului pantotenic (o vitamin)

Penicilamina
constituent al antibioticului penicilin

Citrulina
precursorul direct al argininei

Ornitina, betaina, homocisteina i homoserina
intermediari metabolici importani

Betaina (N, N, N-trimetilglicin)
Homocisteina
Homoserina
Ornitina
Citrulina
Acidul -aminobutiric (GABA)
se formeaz prin decarboxilarea acidului glutamic
este un neurotransmitor inhibitor
Implicat n reglarea excitabilitii neuronale

Ali neurotransmitori i reglatori:
Histamina se formeaz prin decarboxilarea histidinei
declaneaz rspunsul inflamator
Serotonina se formeaz din triptofan
contribuie la starea de bine/fericire

Epinefrina (adrenalina)
deriv de la tirozin
hormon important
n primul stadiu al
rspunsului la stres
fight-or-flight

Acidul aminobutiric
(GABA)
Epinefrina (adrenalina)
Histamina
Serotonina
(5-hidroxitriptamina)
AMINOACIZILOR

PROPRIETILE
PROPRIETILE ACIDO-BAZICE
ALE AMINOACIZILOR
Ionizarea aminoacizilor
la pH neutru, aminoacizii au structur amfionic:
att gruparea amino ct i gruparea carboxil sunt ionizate
startea de ionizare a unui aminoacid depinde de pH:
n soluie acid (ex.pH 1):
gruparea carboxil este neionizat (-COOH)
gruparea amino este ionizat (-NH
3
+
)
n soluie alcalin (ex. pH 11):
gruparea carboxil este ionizat (-COO
-
)
gruparea amino este neionizat (-NH
2
)

Aminoacizii au proprieti caracteristice compuilor ionici:
puncte de topire de ~300C
solubili n solveni polari (ex. apa)
insolubili n solveni organici

Aminoacizii sunt acizi poliprotici slabi

la o valoare specific de pH, numit pH izoelectric (pI), aminoacizii sunt
neutri din punct de vedere electric
la pI, sarcina net a unui aminoacid este 0 (zero)
pI se calculeaz ca medie a valorilor pKa, lund n considerare ionizrile care
implic speciile electric neutre:
pI=(pKa
1
+pKa
2
)/2
Aminoacid
Grupare
-COOH
Grupare
-NH
3
+

Catena
lateral R
alanin 2.35 9.87
arginin 2.01 9.04 12.48
asparagin 2.02 8.80
acid aspartic 2.10 9.82 3.86
cistein 1.86 10.25 8.00
acid glutamic 2.10 9.47 4.07
glutamin 2.17 9.13
glicin 2.35 9.78
histidin 1.77 9.10 6.10
izoleucin 2.32 9.76
leucin 2.33 9.74
lizin 2.18 8.95 10.53
metionin 2.28 9.20
fenilalanin 2.58 9.24
prolin 2.00 10.60
serin 2.21 9.15
treonin 2.09 9.10
triptofan 2.38 9.39
tirozin 2.20 9.11 10.07
valin 2.29 9.72
Sarcina electric a aminoacizilor este
important pentru c determin:
reactivitatea catenei laterale
proprietile pe care anumii
aminoacizi le confer proteinelor
Sarcina global a aminoacizilor n
soluie poate fi calculat n
conformitate cu teoria acido-bazic

Ecuaia Henderson-Hasselbalch



Stabilete o corelaie ntre:
Valoarea pH a soluiei unui acid
Constanta de aciditate Ka
Raportul dintre concentraia acidului
disociat i nedisociat

Valorile pK
a
ale gruprilor ionizabile
din aminoacizii proteici
Ecuaia Henderson-Hasselbalch
Considernd c ionizarea unui acid slab, HA, are loc cu constanta de disociere
(aciditate) K
a
. Atunci,

i
Rearanjnd expresia n funcie de parametrulde interes, *H
+
+, se obine:



Prin logaritmarea ecuaiei se obine:

Schimbnd semnul i definind pK
a
= -log K
a
,

rezult:


sau
ecuaia
Henderson-Hasselbalch
Ecuaia Henderson-Hasselbalch poate fi
utilizat pentru caracterizarea cantitativ a
echilibrelor acid-baz n sistemele biologice
pH-ul unei soluii poate fi calculat dac se
cunosc:
concentraia acidului slab HA
concentraia bazei ale conjugate A
-
,
valoarea K
a
.

Titrarea aminoacizilor
Curba de titrare a glicinei
Curba de titrare a glicinei prezint dou
puncte de inflexiune:
la valori sczute de pH, att gruparea
acid ct i cea bazic sunt protonate
n cursul titrrii cu o baz tare (NaOH,
KOH), glicina pierde secvenial doi
protoni, similar unui acid diprotic
La pH 2,3 concentraiile formelor cationice
i amfionice sunt egale
La pH 9,6, concentraiile formelor amfionice
i anionice sunt egale
pI=pH izoelectric
Valoarea pH la care aminoacidul nu
prezint sarcin net
Este specific fiecrui aminoacid
Ali aminoacizi cu grupri R nepolare au
curbe de titrate similare glicinei

Aminoacizii cu grupri R ionizabile au curbe de titrare mai complicate
Curba de titrare a histidinei
Curba de titrare a ac. glutamic
-curbele de titrare similare prezint aminoacizii Arg, Asp, Cys, Glu, His, Lys, Tyr
Perturbarea intramolecular a valorilor pKa la glicin
Perturbarea intramolecular a valorilor pKa
Prezena gruprii ncrcate pozitiv -NH
3
+
face mai dificil protonarea
gruprii carboxilat, datorit repulsiei electrostatice.
pH-ul trebuie s fie mai mic (|H
+
| mai mare) pentru a protona
gruparea carboxilat
Prezena gruprii electronegative COO
-
faciliteaz ndeprtarea uni
proton din gruparea amino

Valorile pKa pentru glicin sunt perturbate semnificativ n comparaie cu
cele din acidul sau amina corespunztoare
n proteine:

valorile pKa ale catenelor laterale ale aminoacizilor individuali pot
fi perturbate semnificativ de:
prezena n vecintate a unor catene laterale ionizate
prezena substratelor i a produilor de reacie
ACTIVITATEA
OPTIC
A AMINOACIZILOR
Chiralitatea aminoacizilor
C
o
din aminoacizi are patru substitueni diferii (cu
excepia glicinei, n care R=H) este asimetric (chiral;
stereocentru)

relaia de enantiomerie (enantios -opus, gr.) ntre
moleculele chirale (chiara-mn) arat c ele nu pot fi
suprapuse peste imaginea lor n oglind




Pentru alanin, sunt posibile dou structuri spaiale nesuperpozabile
(enantiomeri):
! Substanele cu molecule
asimetrice au activitate optic
rotesc planul luminii polarizate


enantiomerii rotesc planul
luminii polarizate n sensuri
opuse cu acelai unghi

Formule de proiecie Fisher ale alaninei

Clasificarea operaional

n funcie de sensul n care rotesc planul luminii polarizate, moleculele sunt
clasificate ca:
dextrogire (dextros=drept; gr.) rotesc planul luminii polarizate n sens
orar
levogire (levos=stng; gr.) - rotesc planul luminii polarizate n sens
antiorar
Moleculele dextrogire sunt desemnate prin (+), iar cele levogire prin (-)
! Aceast clasificare nu ofer indicaii despre configuraia absolut
(aranjamentul spaial) a gruprilor din centrul chiral

Aspecte cantitative
rotaia optic se msoar cu polarimetrul
msura cantitativ a rotaiei optice a unei substane se
numete rotaie specific, |o|
D
20



unde:
20-temperatura (C) la care se fac determinrile
D-radiaia monocromatic utilizat (linia D din spectrul sodiului,
=589,3 nm)
Aminoacidul
Rotaia specific,
[ o ]
D
25
()
L-Alanina +1,8
L-Arginina +12,5
Acidul L-aspartic +5,0
Acidul L-glutamic +12,0
L-Histidina -38,5
L-Izoleucina +12,4
L-Leucina -11,0
L-Lizina +13,5
L-Metionina -10,0
L-Fenilalanina -34,5
L-Prolina -86,2
L-Serina -7,5
L-Treonina -28,5
L- Triptofanul -33,7
L-Valina +5,6
toi aparin seriei stereochimice L
unii aminoacizi proteici sunt
dextrogiri iar alii, levogiri
Rotaia specific
a unor aminoacizi

Sistemul de nomenclatur D, L (Fischer)
Configuraia gruprilor legate de centrul de asimetrie este corelat cu cea a
gliceraldehidei
Prin convenie (Emil Fischer, 1891), steroizomerii (+) i (-) ai
gliceraldehidei au fost desemnai ca D- i, respectiv, L-gliceraldehid
Toi aminoacizii din proteine se gsesc n configuraia stereochimic L

Pentru o-aminoacizi, aranjamentul
gruprilor legate de atomul C
o
este
asemntor celui din gliceraldehid

au aceeai configuraie relativ:
L-gliceraldehida i L-alanina
D-gliceraldehida i D-alanina


Molecule cu mai multe centre de asimetrie

Pentru fiecare centru de asimetrie exist dou configuraii posibile
O molecul cu n centre chirale poate avea 2
n
izomeri spaiali (stereoizomeri)
Ex: aminoacizii treonina i izoleucina au cte dou centre chirale, deci 4
steroizomeri care formeaz dou perechi: L, D i allo-L , allo-D); (allos-altul; gr)
Formele L i D nu sunt enantiomeri ai formelor
allo-L i allo-D, fiindc nu se comport fa de ele
ca obiectul i imaginea sa n oglind

L i D sunt diastereoizomeri (izomeri de
distan) ai formelor allo-L i allo-D

Spre deosebire de perechile de enantiomeri,
care difer doar prin sensul rotaiei optice,
diastereoizomerii se deosebesc prin proprietile
fizice i chimice
Dac cele dou centre de asimetrie dintr-o molecul se prezint ca obiectul i
imaginea sa n oglind, molecula este o optic inactiv
compensarea intern a rotaiei optice determinate de cele dou sterocentre
(form mezo)
Stereoizomerii cistinei.
Formele D i L sunt enantiomeri i prezint activitate optic.
Forma mezo are simetrie intern i este optic inactiv
amestecul echimolecular a doi enantiomeri = amestec racemic;
este optic inactiv, prin compensarea intermolecular.
Sistemul Cahn-Ingold-Prelog (R,S)
convenia CIP se bazeaz pe configuraia absolut a stereocentrelor
se stabilete ordinea prioritii substituenilor cu ajutorul unor reguli
ex. prioritatea substituenilor 1, 2, 3, 4 ai atomului de carbon asimetric scade n ordinea:
1>2>3>4
se privete molecula din direcia opus grupei cu prioritatea minim
Dac, pornind de la substituentul cu prioritatea maxim (1), ordinea descresctoare a
prioritii substituenilor este n sens orar (dreapta), configuraia atomului de carbon
asimetric se noteaz cu R (rectus-drept; lat.)
n caz contrar, configuraia se noteaz cu S (sinister-stng; lat.)
Reguli de stabilire a prioritii substituenilor
1. Se iau n considerare numai atomii legai direct la stereocentru.
Prioritatea se atribuie pe baza numrului atomic Z.
Prioritatea 1 se atribuie atomului/ grupului de atomi cu cel mai mare numr atomic,
iar prioritatea 4 celui mai mic
Ex. CHFClBr
valorile Z ale atomilor legai de carbonul asimetric scad n ordinea:
Br>Cl>F> H
Ordinea prioritii este:
Br>Cl>F>H
2. Dac unul sau mai muli atomi sunt identici, se examineaz atomii legai
direct de de acetia, prioritatea lor atribuindu-se tot pe baza valorii Z.
Legturile multiple sunt echivalate cu un numr egal de legturi simple.
Ex. Gliceraldehida
- valorile Z scad n ordinea: O>C, C>H
- ordinea prioritii este: OH>CHO, CH
2
OH>H


Conform conveniei CIP, L-alanina este
desemnat (S)-alanin (similar
gliceraldehidei)
Toi L-aminoacizii proteici sunt (S)-
aminoacizi, cu excepia L-cistinei care
este (R)-cistin
Sistemul R, S permite descrierea
complet a substanelor cu mai multe
stereocentre
Ex.
L-treonina este (2S, 3-R)-treonin
L-izoleucina este (2S, 3S)-izoleucin
De ce sunt toate proteinele alctuite exclusiv din L-aminoacizi ?
Caracterul regulat, repetitiv al elementelor de structur secundar din proteine
presupune ca toi aminoacizii constitueni s fie ori L, ori D (nu un amestec de L i D)
natura ar fi putut alege D sau L (probabilitatea este de 50/50)
nu exist o explicaie pentru alegerea L-aminoacizilor
Proprieti fizice ale aminoacizilor
substane solide, cristaline; incolore
pt: 200-300C (moleculele sunt ionizate)
solubile n ap
insolubile n solveni organici
activitate optic
absorbie UV (aa aromatici: >250 nm)
absorbie IR (toi aa)
Absorbia UV a aminoacizilor
Inelele aromatice din structura Tyr,
Trp i mai puin Phe absorb radiaii
luminoase din domeniul UV
o metod de dozare a proteinelor
n soluie
Tyr i Trp prezint fluorescen
studii privind structura i funciile
proteinelor
Aminoacidul
Lungimea
de und (nm)
Absorbtivitatea
molar (M
-1
.cm
-1
)
Triptofan 280 5600
Tirozin 274 1400
Fenilalanin 257 200
Proprieti chimice generale
dac pH-ul este ajustat la valoarea adecvat,
aminoacizii prezint majoritatea reaciilor chimice
caracteristice gruprilor:
carboxil
amino
Radicalii R particip la reacii specifice determinate de
structura lor

Reacii ale gruprii
carboxil
amoniac
amine primare
alcooli

cu:
Reacia cu amoniac amide

Reacia cu amine primare
amide substituite

Reacia de esterificare
n prezena alcoolului adecvat i a unui acid tare
Polimerizarea aminoacizilor
are loc prin repetarea reaciei:
Reacii ale gruprii amino
aldehide
anhidride
halogenuri acide


cu:
Reacia cu aldehidebaze Schiff

Reacia de acilare


cu anhidride sau cloruri acide
Reacia cu ninhidrin
Ninhidrina determin dezaminarea oxidativ a gruprii o-
amino
Produii reaciei sunt:
aldehida corespunztoare
NH
3
i CO
2

hidrindantina, un derivat redus al ninhidrinei.
Amoniacul reacioneaz cu hidrindantina i nc o molecul
de ninhidrin
un compus purpuriu (purpura Ruhemann) care poate fi
cuantificat spectrofotometric la 570 nm.
eliberarea CO
2
n aceast reacie indic prezena unui o-
aminoacid.

o-iminoacizii (prolina i hidroxiprolina) formeaz cu ninhidrina un
compus de culoare galben, cu maximul de absorbie la 440 nm
reacia cu ninhidrina a fost utilizat pe scar larg, n trecut, pentru
detecia amprentelor, n criminalistic i medicina legal

Oxidarea specific

catenele laterale ale anumitor aminoacizi sunt
sensibile la oxidarea cu iod:
gruparea fenolic a Tyr
heterociclurile Trp i His
gruprile tiol din Cys i Met
dozarea cantitii de iod consumat n astfel de reacii
poate fi utilizat pentru a determina numrul acestor
aminoacizi n peptide.
aminoacizii bazici nu reacioneaz cu iodul

Oxidarea cisteinei
Cisteina conine o grupare tiol care n condiii oxidante
dimerizeaz cu uurin la disulfura sa, considerat uneori un
aminoacid distinct (cistina).

Legturile disulfurice sunt prezente n multe peptide
i proteine
cele dou catene polipeptidice care alctuiesc insulina sunt legate una
de cealalt prin puni disulfurice
keratina din pr prezint secvene nehelicale bogate n Cys care permit
legarea unul de altul a filamentelor intermediare
forma firului de pr poate fi schimbat prin ruperea i refacerea legturilor
disulfurice dintre keratin i proteinele asociate.

Formarea punilor
disulfurice n keratin
Importana reactivitii catenei laterale
a aminoacizilor
posibilitatea modificrii chimice specifice a proteinelor, datorit
proprietilor diferite ale unor catene laterale ale aminoacizilor

detecia i cuantificarea aminoacizilor i proteinelor prin reacii la care
particip specific unul sau mai muli aminoacizi, avnd ca rezultat o
modificare cantitativ a unei proprieti msurabile

funciile biologice ale proteinelor depind de comportamentul i
reactivitatea aminoacizilor constitueni

Reacii de culoare ale aminoacizilor
Denumirea
reaciei

Reactivul folosit Culoarea rezultat
Tipul de aminoacid
identificat
xantoproteic
acid azotic,hidroxid de
amoniu
portocaliu
aminoacizii aromatici
(formeaz nitroderivai)
Millon
azotat de mercur n acid
azotic/azotit
precipitat rou
crmiziu sau
coloraie roie
aminoacizi ciclici cu
grupare hidroxil
(tirozina)
sulfurii de plumb
Acetat sau azotat de
plumb n mediu alcalin
precipitat negru
de sulfur de
plumb
aminoacizi cu sulf n
molecul: cistein,
metionin cistin
Sakaguchi
naftol i hipoclorit de
sodiu n mediu bazic
rou carmin
arginin cu grupare
guanidinic
Adamkiewicz-
Hopkins
acid acetic glacial/acid
glioxilic/acid sulfuric
fumans
violet
aminoacid cu nucleu
indolic (triptofan)
Reacii de culoare ale aminoacizilor
Denumirea
reaciei
Reactivul folosit
Culoarea
rezultat
Tipul de aminoacid
identificat
Pauly
carbonat de sodiu i
acid diazobenzen
sulfonic
rou viiniu histidin i tirozin
ninhidrinei ninhidrin purpuriu
caracteristic att pentru
aminoacizi ct i pentru
proteine
biuretului
soluie diluat de sulfat
de cupru n mediu bazic
albastru violet
legatura peptidic i se
datoreaz formrii de
combinaii complexe
nitroprusiatului
de sodiu
nitroprusiat de sodiu n
soluie amoniacal
rou
aminoacizi cu grupre tiol
(-SH) liber
Reacii cu importan metabolic
decarboxilare
dezaminare
transaminare

Decarboxilarea aminoacizilor
Decarboxilarea biochimic a
aminoacizilor conduce la
amine

Enzimele care catalizeaz
aceste reacii: decarboxilaze
sau carboxi-liaze (EC 4.1.1)

Aminoacidul Amina
biogen
triptofan triptamin
fenilalanin feniletilamin
tirozin tiramin
histidin histamin
serin etanolamin
acid glutamic GABA
lizin cadaverin
arginin agmatin
ornitin putrescein
5-HTP serotonin
L-DOPA dopamin
Decarboxilarea acidului glutamic
acidul -aminobutiric (GABA)
principalul neurotransmitor cu rol inhibitor din SNC, la
mamifere
regleaz:
excitabilitatea neuronal
tonusul muscular

catalizat de glutamat decarboxilaza
cofactor: piridoxal fosfatul (vitamina B6)

Dezaminarea aminoacizilor
procesul prin care aminoacizii sunt degradai, cnd
aportul de proteine este prea mare
are loc n ficat i rinichi
gruparea amino este ndeprtat sub form de amoniac
restul hidrocarbonat este reciclat sau oxidat, cu eliberare
de energie
amoniacul este toxic pentru organismul uman
este transformat enzimatic n uree sau acid uric, prin reacia cu
CO
2

Dezaminarea oxidativ a glutamatului
catalizat de glutamat dehidrogenaza
cofactor: NAD
+
(sau NADP
+
)
rezult o-cetoglutarat

Transaminarea
transformarea aminoacizilor n cetoacizii corespunztori
transferul gruprii amino de la un aminoacid la un cetoacid diferit
enzime: TRANSAMINAZE (ex. GOT, GPT)
toate transaminazele necesit cofactorul piridoxal/piridoxamin fosfat
rezult o nou pereche aminoacid-cetoacid
reacie reversibil
unul dintre substrate este, de obicei, glutamatul

Formarea legturii peptidice

att gruparea amino ct i gruparea carboxil pot forma amide
dou molecule de aminoacid pot participa la o reacie de condensare.
are loc:
eliminarea unei molecule de ap
formarea unei legturi peptidice ntre cele dou resturi de aminoacizi
prin repetarea reaciei de condensare se formeaz polipeptide
i proteine


peptidele i proteinele sunt polimeri liniari n care fiecare
aminoacid este legat de doi aminoacizi vecini
structura primar a proteinelor reprezint secvena
aminoacizilor constitueni

Sinteza chimic a legturii peptidice
Acilarea gruprii amino prin tratare cu cloruri acide la pH>10
(protejare)
transformarea gruprii carboxil n clorur sau anhidrid acid (activare)
deshidratarea amestecului de aminoacizi n prezena
diciclohexilcarbodiimidei (DCC)
Procedeul Merrifield
sintez automatizat de peptide >10 aminoacizi
ataarea C-terminal al catenei peptidice la un polimer solid
(rin), de obicei sub form de bile mici
separarea i purificarea se realizeaz prin filtrarea i splarea
bilelor cu solveni adecvai
sunt apoi adugai reactivii pentru formarea urmtoarei
legturi peptidice, .a.m.d.
n final, peptidul se elibereaz prin scindarea benzil esterului
Procedeul
Merrifield
Sinteza proteinelor
= translaie
presupune adugarea secvenial a aminoacizilor la o
caten polipeptidic n cretere
are loc sub aciunea unei ribozime numite ribozom
ordinea n care aminoacizii sunt adugai este citit cu
ajutorul codului genetic de pe o matri ARNm
ARNm este copia unei gene din organismul respectiv

Sinteza proteinelor are loc pe ribozomi i este direcionat de
ARNm
CODUL GENETIC
Prima
poziie
(capt 5)
A doua poziie
A treia
poziie
(capt 3)


U
U C A G

U
C
A
G
UUU Phe
UUC Phe
UUA Leu
UUG Leu
UCU Ser
UCC Ser
UCA Ser
UCG Ser
UAU Tyr
UAC Tyr
UAA Stop
UAG Stop
UGU Cys
UGC Cys
UGAStop
UGG Trp

C
CUU Leu
CUC Leu
CUA Leu
CUG Leu
CCU Pro
CCC Pro
CCA Pro
CCG Pro
CAU His
CAC His
CAA Gln
CAG Gln
CGU Arg
CGC Arg
CGA Arg
CGG Arg
U
C
A
G

A
AUU Ile
AUC Ile
AUA Ile
AUG Met
ACU Thr
ACC Thr
ACA Thr
ACG Thr
AAU Asn
AAC Asn
AAA Lys
AAG Lys
AGU Ser
AGC Ser
AGA Arg
AGG Arg
U
C
A
G

G
GUU Val
GUC Val
GUA Val
GUG Val
GCU Ala
GCC Ala
GCA Ala
GCG Ala
GAU Asp
GAC Asp
GAA Glu
GAG Glu
GGU Gly
GGC Gly
GGA Gly
GGG Gly
U
C
A
G
Aminoacizii n nutriie
ajung n organism prin aport alimentar
cei 20 de aminoacizi standard:
sunt utilizai la sinteza proteinelor i altor
biomolecule
sunt oxidai la uree i CO2, ca surs de energie

Aminoacizii n nutriie
aminoacizi eseniali (8 dintre cei 20)
nu pot fi sintetizai de organismul
uman n cantitile necesare pentru o
funcionare normal
trebuie obinui din hran.
aminoacizi semieseniali (5)
la copii
cile metabolice de sintez a
aminoacizilor sunt incomplet
dezvoltate
cantitatea necesar din fiecare
aminoacid depinde de:
vrst
starea de sntate
generalizrile privind aportul necesar
de aminoacizi sunt dificile
Eseniali Neeseniali
Fenilalanina Alanina
Izoleucina Asparagina
Leucina Acidul aspartic
Lizina Cisteina*
Metionina Acidul glutamic
Treonina Glutamina*
Triptofanul Glicina*
Valina Prolina*
Serina*
Tirozina*
Arginina
Histidina
* eseniali n anumite situaii
Utilizrile aminoacizilor
tehnologia i industria alimentar
glutamatul monosodic-intensificator de arom
utilizat pe scar larg umami
aditivi la produsele alimentare din soia, care nu
conine unii aminoacizi eseniali (Lys, Met, Thr, Trp)
aspartam-ndulcitor sintetic (aspartil-fenilalanin-1-
metilester)
cosmetice
medicamente



Aspartam
Utilizri ale aminoacizilor
ca medicamente
Substana Aplicaia farmaceutic
5-hidroxitriptofan
(5-HTP)
Tratament experimental mpotriva
depresiei
L-dihidroxifenilalanina
(L-DOPA)
Tratament mpotriva maladiei
Parkinson
eflornitin
Inhib enzima ornitin decarboxilaza i
este utilizat n tratamentul bolii
somnului
Alte utilizri ale aminoacizilor
materii prime pentru sintezele chirale (enantiomeri puri)
precursori ai catalizatorilor chirali (ex. pentru reacii de
hidrogenare asimetric)
componeni ai unei game largi de polimeri biodegradabili:
ambalaje
sisteme de livrare a medicamentelor
implanturi prostetice
Ex. poliaspartat:
polimer biodegradabil, solubil n ap
utilizabil pentru obinerea scutecelor i n agricultur
inhibitor de coroziune: chelateaz ioni metalici
tirozina: potenial nlocuitor al fenolilor corozivi la obinerea
policarbonailor

PEPTIDE
, "small digestibles
ribozomale-sintetizate prin translaia ARNm
neribozomale-sintetizate de enzime specifice
Formarea dipeptidelor
prin eliminarea unei molecule de ap ntre:
gruparea o-carboxil a unui aminoacid
gruparea o-amino a altui aminoacid
reptarea succesiv a conensrii conduce la:
oligopeptide (<30-50 aminoacizi)
polipeptide


Peptide

Polimeri scuri ai aminoacizilor
Fiecare unitate este numit rest/reziduu (de
aminoacid)
2 resturi-dipeptid
3 resturi-tripeptid
12-20 resturi-oligopeptid
>20 resturi-polipeptid

Orice peptid are:
la extremitatea stng un rest de aminoacid cu gruparea o-
amino liber, capt amino terminal (N-terminal)
la cealalt extremitateun rest de aminoacid cu gruparea o
carboxil liber, care reprezint captul carboxil terminal (C-
terminal)

Structura unei tetrapeptide
Prin convenie:

citirea secvenei peptidelor ncepe de la captul N-terminal spre cel
C-terminal
aminoacizii sunt indicai succesiv ca radicali, ultimul fiind denumit ca
atare

NH
2
-Gly-Ala-COOH
glicil-alanin
NH
2
-Ala-Gly -COOH
alanil-glicin
Legtura C-N are caracter parial
de dubl legtur
Flexibilitatea catenelor polipeptidice este restricionat
Rotaia este posibil doar n jurul Co
Exemple de peptide naturale
Denumirea
(numr de
aminoacizi)
Sursa ori funcia Secvena de aminoacizi
Glutation
(3)
Majoritatea celulelor
(stimuleaz creterea esuturilor)
(+)
H
3
NCH(CO
2
(
)
)CH
2
CH
2
CONHCH(CH
2
SH)CONHCH
2
CO
2
H
-Glu-Cys-Gly (sau ECG)
TRH
(3)
Neurohormon hipotalamic
(factor de eliberarea tirotropinei)

Angiotensina II (8)
Agent presor
(acioneaz asupra glandelor
suprarenale)
Asp-Arg-Val-Tyr-Ile-His-Pro-PheNH
2
(or DRVYIHPFNH
2
)
Bradichinina
(9)
Vasodilatator hipotensiv
(acioneaz asupra muchilor
netezi)
Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg (or RPPGFSPFR)
Oxitocina
(9)
Hormon de contractare a uterului
(stimuleaz i lactaia)
Alte exemple de peptide naturale
Denumirea
Numr de
aminoacizi
Sursa ori funcia Secvena de aminoacizi
Somatostatina
(14)
Inhib eliberarea hormonului de
cretere
(utilizat la tratarea ulcerului)
Endotelina
(21)
Vasoconstrictor puternic
(similar structural cu veninul
anumitor erpi)
Melitina
(26)
Veninul de albin
(utilizat la tratarea reumatismului)
Gly-Ile-Gly-Ala-Val-Leu-Lys-Val-Leu-Thr-Thr-Gly-Leu-Pro~
~Ala-Leu-Ile-Ser-Trp-Ile-Lys-Arg-Lys-Arg-Gln-GlnNH
2

(sau GIGAVLKVLTTGLPALISWIKRKRQQNH
2
)
Glucagon
(29)
Factor hiperglicemic
(utilizat la tratarea diabetului)
His-Ser-Gln-Gly-Thr-Phe-Thr-Ser-Asp-Tyr-Ser-Lys-Tyr-Leu-
Asp~Ser-Arg-Arg-Ala-Gln-Asp-Phe-Val-Gln-Trp-Leu-Met-Asn-
Thr
(sau HSQGTFTSDYSKYLDSRRAQDFVQWLMNT)
Insulina
(51)
Hormon pancreatic
(utilizat la tratarea diabetului)
Valinomicina
ionofor natural, neutru
din Streptomyces sp.
dodecapeptid (12 aa):
resturi alternative de aminoacizi i esteri
molecul macrociclic
D- i L-valin, acid D-hidroxivaleric i acid L-lactic
legturi amidice i esterice alternative
structura spaial: brar n zigzag
catenele metil i propil determin hidrofobia i solubilitatea n bistratul
lipidic

Valinomicina
n membrana celular, valinomicina este foarte selectiv
pentru K
+
fa de Na
+

complexul Valinomicin K
+
are constanta de stabilitate
(10
6
) mai mare dect complexul valinomicin Na+ (10)
Rol: transportor specific de potasiu prin membrane
lipidice, n sensul gradientului de potenial electrochimic

Antamanida
dodecapeptid ciclic
izolat din ciuperca ortrvitoare
Amanita phalloides
studiat ca:
posibil agent antitoxic mpotriva
efectelor faloidinei (otrav fungic)
pentru posibilitatea utilizrii n
tratamentul edemelor
are o cavitate de legare cu
geometrie diferit de
valinomocin
este nalt selectiv pentru Na
+


Gramicidina
Antibiotic (Gramicidina D ) A: B:C=(80: 6:14 )%
obinut din specia bacterian Bacillus brevis
15 resturi de aminoacizi; D i L alterneaz
formula general:
Formil-L-X-Gly-L-Ala-D-Leu-L-Ala-D-Val-L-Val-D-Val-L-Trp-D-Leu-
L-Y-D-Leu-L-Trp-D-Leu-L-Trp-etanolamin
X i Y depind de tipul moleculei:
X poate fi Val i Ile la oricare tip
Y individualizeaz gramicidinele
A: Trp,
B: Phe,
C: Tyr

Gramicidina
Configuraiile alternante D, L determin capacitatea gramicidinei
de a adopta structur |-helical, cu 6-7 aminoacizi/tur
n interior: grupri polare permit trecerea ionilor
n exterior: grupri hidrofobeinteraciunea cu bistratul lipidic
|-helixul se absambleaz n interiorul bistratului lipidic
membranar
pentru c o singur molecul nu este suficient pentru a
traversa membrana, gramicidina dimerizeaz 'cap la cap',
formnd un canal alungit.
Aciunea bactericid a gramicidinei:
creterea permeabiliatii peretelui celular bacterian pentru cationi
anorganici monovaleni
perturbarea gradientul ionic dintre citoplasm i mediul extracelular.

Moldelul canalului ionic format de
gramicidina A (dimer helical, rou)
dimerul este nglobat n bistratul lipidic
sferele verzi reprezint capetele polare
ale fosfolipidelor
cozile apolare nu sunt reprezentate)
K+-albastru; Cl- rou
Topologia 'cap la cap' a
moleculelor de gramicidin
o-Amanitina
peptid biciclic, 8 aminoacizi
cea mai toxic dintre amatoxine (toxinele
ciupercilor din genul Amanita)
LD
50
=0,1 mg/kg
structur atipic, ramificat
2 aminoacizi modificai:
triptofan dihidroxilat
cistein sulfinat
formeaz o bucl intern
legtura peptidic normal a gruprii C-
terminale a catenei polipeptidice formeaz
bucla extern
sintetizat de ribozomi
Efect: inhib ARN polimerazei II
letal

Structura o-amanitinei
Complexul o-amanitinei
cu ARN polimeraza II
Familii de peptide umane
1.Peptide de tip tahikinin
2. Peptide intestinale vasoactive
3.Polipeptide pancreatice
4.Peptidele opiate
5.Peptide de tip calcitonin


au activitate hormonal
sintetizate n celule sub forma unor propetide mai lungi
prelucrate proteolitic nainte de a iei din celule
30- 40 de aminoacizi
n structura lor tridimnesional exist o regiune o-helical
eliberate n fluxul sangvin, unde ndeplinesc roluri de
semnalizare