U2 - BIOFIZICA ATOMIC I MOLECULAR

Obiective:
-

definiia i obiectul biofizicii

scurt istoric
ramurile biofizicii
nivelele de organizare a materiei vii
caracteristicile sistemelor vii
mijloace de investigare n biofizic

Competenele unitii de nvare:

Dup parcurgerea acestei uniti de nvare:
Studenii:
- se vor familiariza cu termenii specifici;
- i vor nsui noiunile referitoare la ramurile biofizicii ;
- vor contientiza caracterul interdisciplinar al biofizicii.

2. BIOFIZICA ATOMIC I MOLECULAR

2.1. Noiuni de structura materiei
2.2. Structuri moleculare
2.3. Biofizica molecular a apei i a soluiilor apoase
2.4. Noiuni de fizic sistemelor disperse
2.5. Fenomene de transport n soluii i prin membran
2.1. NOIUNI DE STRUCTURA MATERIEI
Materia = alctuit din atomi i molecule
Aceste componente, n mod individual, posed structuri i proprieti care pot fi descrise cu
ajutorul legilor fizicii i chimiei.
Atomul = cuprinde nucleul i nveliul electronic
- cea mai mic parte a unui element care pstreaz proprietile chimice ale elementului
din care provine.
nveliul electronic = este format din e, dispui pe nivele electronice.
Nucleul = format din protoni i neutroni ( nucleoni)
- cu mase aproximativ egale i egale cu o unitate atomic de mas:
1 u.a.m. = 1/12 m12C = 1,662 x 10-27 kg

(1)

Protonii i electronii = sunt particule ncrcate cu sarcin electric pozitiv, respectiv negativ
egal cu sarcina electric elementar:
1e = 1,602 x 10-19 C
me = 1/1840 u.a.m. = 9,1.10-31 kg
Atomul este neutru din punct de vedere electric: e= p .
Neutronii sunt particule neutre din punct de vedere electric (nu posed sarcin electric).

Numrul atomic (Z) = nr. e de pe nveliul electronic ( sau nr. p+ din nucleu)
= numrul de ordine al elementului din sistemul periodic Mendeleev.
Numrul de mas (A) = numrul total de nucleoni din nucleu
- corespunde masei nucleului exprimat n u.a.m. (este de fapt masa atomului,
pt. c masa e de pe nveli este neglijabil n raport cu masa nucleonilor)
=> atomul este format din Z protoni, A - Z neutroni, i Z electroni.
Pentru caracterizarea unui atom se utilizeaz urmatoarea notaie simbolic:
A
Z

unde X este simbolul elementului chimic.

n ordine cresctoare, dup numrul atomic Z, pe grupe i perioade, elementele chimice sunt
aezate n sistemul periodic (tabelul) Mendeleev.
Obs. Primul element din sistemul periodic este hidrogenul, H (A = Z = 1), cel mai simplu element
chimic, format dintr-un proton i un electron.
Feedback:

Clasificarea atomilor:
1) dup A (nr.de mas) atomii de la nceputul sistemului periodic numindu-se uoare i cele de
la sfrit, grele.
2) dup Z (nr. atomic) i A( nr. de mas) patru categorii:
a) izotopii = atomi cu Z1 = Z2, dar A1 A2,
ex: izotopii hidrogenului
2

deuteriu: 1D i tritiu: 1T
b) izobarii = atomi cu A1= A2, dar Z1 Z2
ex:
27

27

Mg si Al
12

13

c) izotonii = atomi cu acelai numr de neutroni, dar Z1Z2 i de A1A2. Pentru acetia
diferena A - Z este aceeai.
ex:
3

tritiu: 1T i heliu: 2He.

d) izomerii = atomi caracterizai prin aceleai numere de mas i de ordine, dar situai n
stri energetice diferite.
Masa atomic (ma) = numrul de mas al elementului exprimat n kilograme. Ex: masa atomic a
aluminiului (A = 27) este
ma = 27 kg /kmol
Raza atomic (Ra): considerm c atomii sunt sfere rigide aflate n contact => vol. atomului este:
2

Va = 4 R
3

i volumul unui kilomol, pentru un element n stare de agregare lichid sau solid:
V =Va NA = ma

unde
26

NA= 6,023.10 at/kmol numrul lui Avogadro

este densitatea materialului.
-10

Ex: Al are r = 2700 kg/m3 => Ra = 1,59.10 m ( ordinul de mrime pentru raza atomului)
Raza nucleului (rn): considerm c nucleul este sferic i are volumul propor ional cu numrul de
nucleoni:

vn = 4r = kA
3

Rezult c
3

rn = r0A

unde
ro = 1,45.10-15m, este raza unui nucleon.
-10

-15

Comparnd dimensiunile razei atomului (10 m) cu raza nucleului (10

m) => atomul are
structur lacunar = un nucleu masiv i compact + electronii care se rotesc la distane mari de
nucleu.
Elementele constitutive ale materiei vii. Principalele elemente constitutive ale materiei vii sunt
elementele uoare (Z<30), elemente universale i indispensabile:
(Z=1), C (Z = 6), N (Z = 7), O (Z = 8), Na (Z = 11), K(Z = 19) i Ca (Z = 20)
Obs.: - O- se gsete n cea mai mare cantitate, dup care urmeaz C, H, N,
- C- reprezint mai mult de jumtate din masa moleculelor organice,
- cea mai mare parte dintre atomii de oxigen i hidrogen se gasesc sub form de molecule de
ap.
- pt. c materia vie conine o cantitate mare de ap i a faptului c masa atomic a C este
mic => densitatea materiei vii este cu puin mai mare dect densitatea apei.

Trepte de organizare a materiei. Natura nconjurtoare este alctuit din molecule i atomi. Aceste
particule de substan nu sunt ns amestecate haotic, dezordonat, ci sunt aranjate n diferite feluri,
sunt organizate, formnd diferite corpuri, dintre care unele sunt lipsite de via,
iar altele sunt vii. n tabelul urmtor sunt prezentate treptele de organizare ale materiei, de la
particulele elementare pn la organismele pluricelulare superioare.

2.2. Structuri moleculare

Caracteristicile chimice ale unui atom se manifest n reaciile de combinare, adic n formarea de
molecule.
Atomii diferitelor elemente chimice se pot combina n proporii diferite pentru a forma molecule.
Legtuti chimice:
n funcie de tipul forelor de interaciune dintre atomii care formeaz molecula:
a) Legtura Wan der Waals (dipolar)
- este o legatur slab
- se realizeaz ntre atomii de acelai fel cu pturile electronice complete (structrura de dublet sau
octet) cum sunt gazele rare,
- atomul avnd o structur de dipol (centrul sarcinilor electrice pozitive dat de nucleu nu coincide
cu centrul sarcinilor electrice negative ale invelisului). ntre capetele dipolilor cu semne contrare
apare o for de atracie electric care determin acest tip de legatur.
- ex.: atomul de He.
b) Legatura ionic (heteropolara):
- acest tip de legatur chimic se realizeaz ntre atomi diferii;
- pentru a forma configuraiile electronice stabile de dublet sau de octet atomii componenti cedeaza
un electron si devin ioni pozitivi sau acepta un electron si devin ioni negativi. Intre cei doi ioni cu
sarcini opuse apare o for de atracie electrostatic care determin acest tip de legatur
- ex. molecula de NaCl.
c) Legatura covalent (homeopolar).
- se stabilete ntre atomi identici sau diferiti prin punerea n comun a electronilor de valen,
pentru a forma configuraii electronice stabile de dublet sau octet.
- este cel mai rspndit tip de legatur chimic
- este o legatur puternic pentru c se realizeaz prin punere n comun de electroni.
- ex.: - molecula de hidrogen (H2), cea mai simpl molecul, sau
- molecula de ap (H2O), cea mai des ntlnit molecul n organismele vii.
d) Legatura metalic
- se realizeaz prin punerea n comun a tuturor electronilor de valen a atomilor care alctuiesc
metalul, a.. electronii se mic cvasiliber (gaz electronic) printre nodurile reelei cristaline format
din ionii pozitivi ai metalului.
- este cea mai puternic legatur => duritatea mare a metalelor
- prezena electronilor liberi n metale => conductibilitatea electric i termic mare a acestora.

2.3. Biofizica molecular a apei i soluiilor apoase

Apa:
- lichidul cu cea mai mare rspndire n natur (~ 75% din suprafaa Pmntului) i cel mai
important pentru biosfera;
- 70% din organism este apa i se consider c viaa a aprut n mediul acvatic. Starea de agregare
a apei este, la temperaturile la care organismele vii i desfoar existena, preponderent cea
lichid => apa este matricea vieii.
Apa este important nu numai din punct de vedere cantitativ (component majoritar al organismelor
vii), dar i pentru c ia parte la organizarea structural a biosistemelor i la activitatea metablolic
celular.
Rolul apei n organismele vii este multiplu:
- solvent universal al materiei vii, att la nivel celular ct i interstiial;
- n interiorul celulelor apa particip la procese chimice, reacii de hidroliz, oxidare, condensare;
- are rol fundamental n procesul de fotosintez, fiind unul din reactani;
- apa constituie mediul de transport al ionilor, moleculelor i al celulelor de la un organ la altul;
- apa este agentul de eliminare din organism a cataboliilor toxici n procesele de transpiraie i
miciune;
- intervine direct sau indirect n procesele de termoreglare, circulaie sangiun, transpiraie,
respiraie.
Clasificarea apei n organismele vii se face dup patru criterii:
locul n care se afl n raport cu celulele:
- intracelular sau
- extracelular, care la randul ei poate fi - interstiial (extravascular) i
- circulant (vascular);
distribuia apei n esuturi:
- tisular sau
- cavitar;
interacia cu moleculele biologice:
- liber sau
- structurat (interacioneaz cu gruprile hidrofile ale proteinelor, glucidelor,
lipidelor, acizilor nucleci, etc.);
proveniena sa n organism:
- exogen (provine din exterior) sau
- endogen (rezultat n urma reaciilor biochimice).
Stuctura moleculei de ap (H2O)
- cuprinde dou legturi covalente ntre atomul de oxigen i cei doi atomi de hidrogen. Datorit
prezenei n natur a trei izotopi ai hidogenului i trei izotopi ai oxigenului se cunosc 18 specii de
ap

- molecula de ap are atomii coplanari, cu unghiul dintre legturile covalente de 105 o i cu

lungimea legaturilor de 0,99.10-10m, prezentnd o structur de dipol electric permanent.
- electronii moleculei de ap, n total 10, sunt repartizai n modul urmtor:
2 electroni n apropierea oxigenului,
2 perechi care se rotesc pe dou orbite aflate n plan perpendicular pe planul moleculei de
ap, avnd nucleul de oxigen n focare (= electroni neparticipani nu particip la legatura
covalent;
2 perechi de electroni care se rotesc pe dou orbite ce nconjoar legtura dintre oxigen i
hidrogen, n planul moleculei de ap (planul format de cele trei nuclee). Prin aceti electroni se
realizeaz legtura covalent.
- aceast dispunere a orbitelor determin structura tetraedric a moleculei de ap, cu nucleul
oxigenului n centru i cei doi protoni, respectiv cele dou perechi de electroni neparticipani n
vrfuri.
Pentru c moleculele de ap:
au un dipol permanent ele au tendina de a interaiona electrostatic, (legturi Wan der Waals):
- ntre ele,
- cu ionii sau dipolii moleculari i, de asemenea
- cu gruprile hidrofile ale macromoleculelor.
au capacitatea de a forma asociaii moleculare, caz n care ntre molecule se formeaz legturi de
hidrogen. Asocierea moleculelor de ap n faz lichid, are caracter cooperativ (legarea a dou
molecule de ap favorizeaz legarea la acest ansamblu a altor molecule de ap, .a.m.d., iar ruperea
unei legturi faciliteaza ruperea altora).
structura cvasicristalin a apei => comportrii anormale a apei => apa prezint:
- puncte de topire i fierbere ridicate i diferen mare de temperatura ntre acestea (1000C);
- cel mai mare coeficient de tensiune superficial n raport cu toate lichidele (exceptnd Hg);
- coeficient de vscozitate ridicat;
- cldur specific mare, confer rolul de a regla variaiile de temperatur din organism;
- caldur latent mare;
- variaie atipic a densitii spre deosebire de majortitatea lichidelor la care densitatea scade
cu creterea temperaturii, apa prezint o temperatur (40C) la care densitatea este maxim; prin
rcire sub aceasta temperatur densitatea ei scad.

2.4. Noiuni de fizica sistemelor disperse

Sisteme disperse (soluii)
= sistemele polifazice n care una sau mai multe faze (solid, lichid, sau gazoas) sunt
discontinue,
= sunt formate din:
- mediu de dispersie (solvent), faza n cantitatea cea mai mare (majoritar);
- faza dispersat (solvit), faza n cantitate mic (minoritar).
Clasificarea sistemelor disperse:
1) Sistemele disperse bifazice se clasific dup starea de agregare a fazelor astfel:
Mediu de dispersie
Solid
Lichid
Gaz

Faza dispersat
Solid
Lichid
Gaz
Solid
Lichid
Gaz
Solid
Lichid
Gaz

Denumire. Exemple
Soluii solide (aliaje)
Incluziuni minerale
Spume solide, geluri uscate
Soluii, suspensii
Soluii, emulsii
Emulsii gazoase, spume diluante
Aerosoli. Fum
Cea
Amestecuri moleculare

2) dup gradul de dispersie:

Grad de dispersie ()= valoarea invers a diametrului particulei disperse (d):
= 1/d
Grupa
Grad mic de dispersie

Caracteristicile particulei disperse

Nu trec prin filtre de hrtie; precipit sau plutesc relativ repede; nu
dializeaz i nu difuzeaz; sunt vizibile cu microscopul obinuit.

Dispersie coloidal

Trec prin filtrele cele mai fine, sunt reinute prin ultrafiltrare, nu se
depun n mod vizibil, nu dializeaz, difuzeaz puin, se
vizualizeazdoar la ultra microscop.

Dispersie molecular i ionic

Trec prin toate filtrele, nu se depun, dializez i difuzeaz foarte uor,

nu se pot observa la nici un ultra microscop

2.5. Fenomene de transport n soluii i prin membran

Fenomene de transport molecular:
- fenomenele datorate micrii moleculelor
- const ntr-o deplasare net de substan dintr-un loc n altul dac n cadrul sistemului
considerat
- au loc atunci cnd exist condiii care creeaz diferene de: presiune, densitate, concentraie,
temperatur, etc.
- sunt caracteristice mediilor fluide.
Fluidele = substane care au o coeziune molecular relativ mic ( curg i iau forma vasului n
care sunt puse)
- ex.:gazele, lichidele i mediile disperse n care aceste faze predomin pot fi considerate
fluide. n organismele vii intervin medii disperse complexe, de interes biologic, n care solventul
(mediul de dispersie) este apa. Ex.: sngele este o soluie complex de gaze, lichide i solide n
ap.
Principalele fenomene de transport molecular sunt: vscozitatea, difuzia i osmoza.
Vscozitatea. Clasificarea lichidelor dup vscozitate.
Clasificare:
- lichid ideal = un lichid incompresibil i fr vscozitate.
- lichidele reale:
- sunt compresibile i au vscozitate,
- se clasific n lichide newtoniene i
\ nenewtoniene.
n cazul lichidelor reale, aflate n curgere, se constat c acest proces are loc n straturi subiri,
moleculele din acelai strat avnd aceiai vitez, n timp ce moleculele din straturile vecine au
viteze diferite.
ntre moleculele staturilor vecine (ca de altfel i ntre moleculele aceluiai strat) se exercit
fore de atracie Wan der Waals. Aceste fore se opun deplasrii relaive a straturilor de lichid,
determinnd apariia unei frecri interne, numit vscozitate.
Fortele de frecare interna (fortele de vscozitate) sunt orientate tangenial i n sens opus
vitezei stratului respectiv.
Daca n timpul curgerii straturile de lichid: - rmn paralele curgere laminar, fora de
vscozitate fiind dat de legea lui Newton :
Fv = S v
r
unde: este coeficientul de vscozitate dinamic al lichidului, care depinde de natura lichidului i
de temperatura,
S, suprafaa comun a celor dou straturi, v, diferena de vitez dintre straturi,
r, distana dintre straturi,
v / r fiind gradientul de vitez.

pt.lichidele ideale
0 pt.lichidele reale: nu depinde de viteza de curgere l. newtoniene (apa, eterul, urina)
nu mai este constant (depinde de viteza de curgere)- l. nenwtoniene
(ex. sngele sau lichidele coloidale).
Vscozitatea relativ a unui lichid se exprim n raport cu vscozitatea apei la 20oC, apa=
0,01 Ns/m2, rezultnd o marime fizic adimensional numit coeficient de vscozitate relativ i
respectiv vscozitatea cinematic:
r
apa

c (12)
unde este densitatea lichidului.
Fv r
v/r
Fig. 6.