Otomanii au cucerit Slavonia şi marea majoritate a UNgariei
la 1541. În secolul următor, majoritatea teritoriilor bosniace
nu erau teritorii de frontieră şi s-au dezvoltat în relativă linişte. Situaţia s-a schimbat însă după tratatul de la Karlowitz (1699) când Habsburgii au smuls Ungaria şi Slovenia de la otomani, iar Bosnia septentrională a devenit hotar între cele două imperii rivale. în 1716, Austria ocupă nordul Bosniei şi nordul Serbiei, alături de Banat şi Oltenia, dar toate aceste teritorii sunt pierdute la 1739 de către habsburgi, conform tratatului de la Belgrad. Dinamica teritoriilor a dus la mişcări de populaţie musulmană din fostele paşalykuri din Ungaria şi Croaţia, acestea aşezându- se mai ales în Bosnia, unde au găsit coreligionari de-ai lor. Această populaţia a fsot treptat asimilată de Bosnieci. Nobilimea din Herzegovina a fost loială stăpânirii otomane, astfel încât au sprijinit bosniecilor împotriva turcilor. Cel mai cunoscut exemplu este cel al insurecţiei Dragonului de Bosnia, capitanului Husein Gradascevic.