În plan militar a urmărit două direcții majore de acțiune.

Prima a fost crearea

unui sistem de fortificații permanent la granițele țării - în timpul său
construindu-se sau dezvoltându-se rețeaua de cetăți ce cuprindea cetățile de la
Suceava, Neamț, Crăciuna, Chilia, Cetatea Albă, Tighina, Orhei, Lăpușna și Hotin.
Cea de-a doua direcție majoră a fost crearea unei armate moderne cu o componentă
permanentă, profesionistă și semiprofesionistă și o componentă de masă, formată din
corpuri de răzeși înarmați, mobilizați în cazul marilor campanii militare.

Pe parcursul domniei a dus peste 40 de războaie sau bătălii, marea lor majoritate
victorioase, cele mai semnificative fiind victoria de la Baia asupra lui Matei
Corvin în 1467, victoria de la Lipnic împotriva tătarilor, în 1469 sau victoria
repurtată în Bătălia de la Codrii Cosminului asupra regelui Poloniei Ioan Albert,
în 1497. Cel mai mare succes militar l-a reprezentat victoria zdrobitoare din
Bătălia de la Vaslui împotriva unei puternice armate otomane conduse de Soliman-
Pașa - beilerbeiul Rumeliei, la 10 ianuarie 1475. În urma pierderii acestei
bătălii, În anul următor sultanul Mehmed al II-lea va conduce în persoană o
expediție în Moldova încheiată cu înfrângerea armatei Moldovei, în bătălia de la
Valea Albă-Războieni.