Patru noi litere ADN dublează alfabetul vieții 19 febr 2019

https://www.nature.com/articles/d41586-019-00650-8

ADN-ul sintetic pare să se comporte ca varietatea naturală, sugerând că substanțele chimice dincolo de cele patru
baze familiare ale naturii ar putea susține viața pe Pământ.

O imagine de difracție cu raze X a unei părți a unei molecule de ADN. Noua versiune din 8 litere este la fel de
stabilă. Credit: Science Source / Science Photo Library

ADN-ul vieții de pe Pământ își stochează în mod natural informațiile în doar patru substanțe chimice cheie -
guanină, citozină, adenină și timină, denumite în mod obișnuit G, C, A și respectiv T.

Acum oamenii de știință au dublat acest număr de elemente constitutive ale vieții, creând pentru prima dată un
limbaj genetic sintetic, format din opt litere, care pare să stocheze și să transcrie informații la fel ca ADN-ul natural.

Într-un studiu publicat pe 22 februarie în Science  1 , un consorțiu de cercetători condus de Steven Benner,
fondatorul Fundației pentru Evoluția Moleculară Aplicată din Alachua, Florida, sugerează că un alfabet genetic
extins ar putea, în teorie, să susțină și viața.

„Este un adevărat punct de reper”, spune Floyd Romesberg, biolog chimist la Scripps Research Institute din La Jolla,
California. Studiul implică faptul că nu există nimic deosebit de „magic” sau special în acele patru substanțe chimice
care au evoluat pe Pământ, spune Romesberg. „Aceasta este o descoperire conceptuală”, adaugă el.

În mod normal, pe măsură ce o pereche de șuvițe de ADN se răsucesc una pe cealaltă într-o spirală dublă,
substanțele chimice de pe fiecare șuviță se împerechează: A se leagă de T și C se leagă de G.

Multă vreme, oamenii de știință au încercat să adauge mai multe perechi din aceste substanțe chimice, cunoscute
și sub numele de baze, la acest cod genetic. De exemplu, Benner a creat pentru prima dată baze „nenaturale” în
anii 1980. Au urmat alte grupuri, laboratorul lui Romesberg făcând titluri în 2014 după ce a inserat o pereche de
baze nenaturale într-o celulă vie.

Dar cel mai recent studiu este primul care demonstrează în mod sistematic că bazele nenaturale complementare se
recunosc și se leagă una de cealaltă și că helica dublă pe care o formează își păstrează structura.

Echipa lui Benner, care include cercetători din diferite companii și instituții din SUA, a creat literele sintetice
modificând structura moleculară a bazelor obișnuite. Literele ADN se împerechează deoarece formează legături de
hidrogen: fiecare conține atomi de hidrogen, care sunt atrași de atomii de azot sau oxigen din partenerul
lor. Benner explică că este un pic ca cărămizile Lego care se prind împreună când găurile și vârfurile se aliniază.

Prin ajustarea acestor găuri și vârfuri, echipa a venit cu câteva perechi noi de baze, inclusiv o pereche numită S și B
și o altă numită P și Z 2 . În cea mai recentă lucrare, ei descriu cum combină aceste patru baze sintetice cu cele
naturale. Cercetătorii numesc limbajul rezultat din opt litere „hachimoji” după cuvintele japoneze pentru „opt” și
„literă”. Bazele suplimentare au fiecare o formă similară cu una dintre cele patru naturale, dar au variații în tiparele
lor de legătură.

Cercetătorii au efectuat apoi o serie de experimente care au arătat că secvențele lor sintetice împărtășesc
proprietăți cu ADN-ul natural, care sunt esențiale pentru susținerea vieții.

Recuperare de date

Pentru a funcționa ca un sistem de stocare a informațiilor, ADN-ul trebuie să respecte reguli previzibile, astfel încât
echipa a demonstrat mai întâi că, într-un mod similar bazelor obișnuite, bazele sintetice au format perechi în mod
fiabil. Au creat sute de molecule ale ADN-ului sintetic și au descoperit că literele legate de partenerii lor sunt
previzibile.

Au arătat apoi că structura helicelor duble a rămas stabilă, indiferent de ordinea în care se aflau bazele sintetice.
Acest lucru este important, deoarece pentru ca viața să evolueze, secvențele ADN trebuie să poată varia fără ca
întreaga structură să se destrame. Folosind difracția cu raze X, echipa a arătat că trei secvențe diferite de ADN
sintetic au păstrat aceeași structură atunci când au fost cristalizate.

Acesta este un avans substanțial, spune Philipp Holliger, biolog sintetic la Laboratorul MRC de Biologie Moleculară
din Cambridge, Marea Britanie, deoarece alte metode de extindere a alfabetului genetic nu sunt la fel de sănătoase
din punct de vedere structural. În loc de substanțe chimice care utilizează legături de hidrogen pentru a se
împerechea, aceste alte abordări folosesc molecule care resping apa ca baze. Acestea pot fi plasate la intervale
între literele naturale, dar structura ADN-ului se descompune dacă sunt plasate pe rând.

În cele din urmă, echipa a arătat că ADN-ul sintetic poate fi transcris fidel în ARN. „Capacitatea de a stoca informații
nu este foarte interesantă pentru evoluție”, spune Benner. „Trebuie să poți transfera aceste informații într-o
moleculă care face ceva.”

Conversia ADN-ului în ARN este un pas cheie pentru traducerea informațiilor genetice în proteine, caii de lucru ai
vieții. Dar unele secvențe de ARN, cunoscute sub numele de aptameri, se pot lega ele însele de molecule specifice.

Echipa lui Benner a creat ADN sintetic care codifică un anumit aptamer și apoi a confirmat că transcrierea a avut loc
și secvența ARN a funcționat corect.

Holliger spune că lucrarea este un punct de plecare interesant, dar mai este o distanță substanțială de parcurs
înainte de a ajunge la un adevărat sistem genetic sintetic din opt litere. O întrebare cheie, de exemplu, va fi dacă
ADN-ul sintetic poate fi reprodus de polimeraze, enzimele responsabile pentru sintetizarea ADN-ului în interiorul
organismelor în timpul diviziunii celulare. Acest lucru a fost demonstrat pentru alte metode, cum ar fi Romesberg,
care utilizează baze de respingere a apei.

Varietate de viață

Totuși, Benner spune că lucrarea arată că viața ar putea fi susținută de baze ADN cu structuri diferite de cele patru
pe care le cunoaștem, care ar putea fi relevante în căutarea semnăturilor vieții în altă parte a Universului.

Adăugarea de litere la ADN ar putea avea, de asemenea, mai multe aplicații practice.
Cu o mai mare diversitate în elementele genetice, oamenii de știință ar putea crea secvențe de ARN sau ADN care
pot face lucrurile mai bine decât cele patru litere standard, inclusiv funcții dincolo de stocarea genetică.

De exemplu, grupul lui Benner a arătat anterior că firele de ADN care includeau Z și P se legau mai bine de celulele
canceroase decât secvențele cu doar cele patru baze standard 3 . Și Benner a înființat o companie care
comercializează ADN sintetic pentru a fi utilizat în diagnosticul medical.

Cercetătorii ar putea folosi ADN-ul lor sintetic pentru a crea proteine noi, precum și ARN. Echipa lui Benner a
dezvoltat, de asemenea, alte perechi de baze noi, deschizând posibilitatea de a crea structuri ADN care conțin 10
sau chiar 12 litere. Dar faptul că cercetătorii au extins deja alfabetul genetic la opt este în sine remarcabil, spune
Romesberg. „Se dublează deja ceea ce are natura.”

Nature  566 , 436 (2019)

doi:  https://doi.org/10.1038/d41586-019-00650-8

Referințe Hoshika, S. și colab.  Știința  363 , 884-887 (2019).

Articol Google Scholar  Georgiadis, MM și colab.  J. Am.  Chem.  Soc.  137 , 6947–6955 (2015).

PubMed Articol Google Scholar  Zhang, L. și colab.  J. Am.  Chem.  Soc.  137 , 6734-6737 (2015).

PubMed Articol Google Scholar 

Descărcați referințele

Condensatele proteice oferă o platformă pentru controlul cromatinei

ȘTIRI ȘI VIZUALIZĂRI 15 SEP 21

Virusul Ebola poate fi redus și se poate reactiva după ani de zile la supraviețuitori umani

ȘTIRI ȘI VIZUALIZĂRI 15 SEP 21

……………………………………..

Biologii computaționali se confruntă cu complexitatea ARN.

Unul dintre cele mai frumoase aspecte ale codului genetic este simplitatea sa: trei litere de ADN se combină în 64
de moduri diferite, ușor de explicat într-un tabel la îndemână, pentru a codifica cei 20 de aminoacizi standard care
se combină pentru a forma o proteină.
ARN: o fiară dificil de prezis. Credit: LAGUNA DESIGN / SPL

Dar între ADN și proteine apare ARN și un tărâm complex al expansiunii. ARN este un schimbător de forme, uneori
purtând mesaje genetice și uneori reglându-le, adoptând o multitudine de structuri care îi pot afecta funcția. Într-o
lucrare publicată în acest număr (vezi pagina 53 ), o echipă de cercetători condusă de Benjamin Blencowe și
Brendan Frey de la Universitatea din Toronto din Ontario, Canada, raportează prima încercare de a defini un al
doilea cod genetic: unul care prezice modul în care segmentele de ARN mesager transcris dintr-o genă dată poate fi
amestecat și asortat pentru a produce mai multe produse în diferite țesuturi, un proces numit splicing
alternativ. De această dată nu există un tabel simplu - în locul său sunt algoritmi care combină mai mult de 200 de
caracteristici diferite ale ADN-ului cu predicții ale structurii ARN.

Lucrarea evidențiază progresul rapid pe care l-au făcut metodele de calcul în modelarea peisajului ARN. În plus față
de înțelegerea îmbinării alternative, informatica îi ajută pe cercetători să prezică structurile ARN și să identifice
țintele micilor fragmente de reglementare ale ARN-ului care nu codifică proteinele. „Este un moment interesant”,
spune Christopher Burge, biolog de calcul la Massachusetts Institute of Technology din Cambridge. „Vor fi multe
progrese în următorii câțiva ani.”

Porțile de inundații au fost deschise de tehnologii de mare viteză care permit cercetătorilor să compileze cataloage
cuprinzătoare de molecule de ARN găsite în diferite țesuturi și în condiții de mediu diferite. Astfel de tehnici au
dezvăluit că 95% din genomul uman este alternativ îmbinat și că schimbările în acest proces însoțesc multe
boli. Dar nimeni nu știa cum să prezică ce formă a unei anumite gene ar fi exprimată într-un țesut dat. „Codul de
îmbinare este o problemă de care ne bătem capul de ani de zile”, spune Burge. „Acum avem în sfârșit tehnologiile
de care avem nevoie”.

„Codul de îmbinare este o problemă împotriva căreia ne batem capul de ani de zile. , ”

Echipa lui Blencowe și Frey au folosit mase de date generate de aceste tehnologii pentru a antrena un algoritm
computerizat pentru a prezice rezultatul îmbinării alternative la șoareci. Având în vedere secvența ADN a unei
anumite gene, algoritmul prezice care segmente ale acelei secvențe ADN vor fi incluse într-o moleculă de ARN
mesager final într-unul din cele patru tipuri de țesut: sistemul nervos central, mușchi, sistemul digestiv și
embrioni. Modelul funcționează bine, spune Burge, și este un avans tehnologic important. Dar speră că va fi rafinat
pentru a imita mai îndeaproape mecanismul pe care îl utilizează utilajul de îmbinare celulară pentru a face alegerile
sale.

Fâlfâie și fâșâie

Secvența de litere dintr-o moleculă de ARN nu este singurul factor determinant al modului în care va funcționa
molecula. Structura sa tridimensională poate afecta, de asemenea, modul în care interacționează cu alte molecule,
inclusiv medicamente care sunt concepute să o vizeze. „ARN formează structuri extrem de flexibile care se mișcă și
se zgâlțâie doar datorită mișcării termice”, spune Hashim Al-Hashimi, biofizician la Universitatea Michigan din Ann
Arbor. "Este foarte dificil să le definim ca o structură statică." Structurile aceleiași molecule determinate folosind
diverse tehnici arată uneori extrem de diferite, adaugă Al-Hashimi, deoarece ARN-ul este sensibil chiar și la variații
mici din mediul său.

Drept urmare, cercetătorii, inclusiv Al-Hashimi, sunt dornici să dezvolte metode care să prezică structura
tridimensională a ARN pe baza secvenței sale. În prezent, tehnicile experimentale care dezvăluie modul în care o
moleculă de ARN se pliază pe sine - structura sa secundară - sunt destul de avansate. De exemplu, în 2009, Kevin
Weeks, chimist la Universitatea din Carolina de Nord la Chapel Hill și colegii săi, au raportat structura secundară
completă a genomului HIV-1 - un fir de ARN lung de aproximativ 9.000 de litere ( JM Watts și
colab . Nature  460, 711-716; 2009 ). Al-Hashimi a dezvoltat o metodă care combină astfel de structuri
bidimensionale cu cunoașterea constrângerilor privind flexibilitatea ARN pentru a prezice aspecte ale structurii
tridimensionale (MH Bailor și colab . Știința 327, 202–206; 2010 ).

Dar programele automate pentru prezicerea structurilor tridimensionale sunt încă destul de limitate ca domeniu și
necesită rafinare, spune Tamar Schlick, chimist de calcul la Universitatea din New York.

O mare parte din entuziasmul pentru înțelegerea ARN este motivat de descoperirea de ARN-uri mici care nu
codifică proteinele, dar pot regla expresia genelor. Vânătoarea urmează să catalogheze aceste ARN-uri și țintele lor
- o căutare ajutată de progresele în proiectarea algoritmilor și acumularea de secvențe de genom. Acest lucru
permite cercetătorilor să caute pe întinderi vaste de ADN necodificat între gene: conservarea secțiunilor din multe
specii ar putea sugera că acestea au funcții importante.

Dar entuziasmul pentru găsirea ARN-urilor funcționale necodificate ar putea fi scăpat de sub control, avertizează
Sean Eddy, biolog de calcul la campusul de cercetare Janelia Farm al Institutului Medical Howard Hughes din
Ashburn, Virginia. Echipele au raportat mii de astfel de ARN-uri, dar puțini cercetători au urmărit pentru a confirma
exact ceea ce fac aceste ARN-uri sau dacă moleculele sunt pur și simplu greșeli avortate de mașinile care
convertesc ADN-ul în ARN.

Deocamdată, Burge spune că se bucură de renașterea continuă în domeniul informaticii ARN. „Aceste noi
tehnologii mi-au dat speranță”. https://www.nature.com/articles/465016a

………………………..

Cuvânt nou în lexiconul vieții

 John Whitfield 

Nature ( 2002 ) Citați acest articol

 29 Accesări

 ValoriDetalii

Cercetătorii găsesc al 22-lea aminoacid într-un microb.

Există un cuvânt nou în vocabularul vieții. Cercetătorii au descoperit că literele ADN pot fi rearanjate pentru a
delimita un al 22-lea aminoacid.
ADN: literele vieții au mai multe permutări decât credeam.

Oamenii de știință care au spart codul genetic al vieții în anii 1950 au spus că scrie doar 20 de „cuvinte” -
aminoacizii din care sunt construite nenumăratele proteine din toată viața. Dar în 1986 a fost descoperit un alt
aminoacid în bacterii.

„Am crezut că a 21-a este o aberație, dar aici vedem alta”, spune biochimistul Michael Chan de la Ohio State
University, Columbus. „Poate că 23 și 24 sunt chiar după colț”.

Aminoacizii 21 și 22 nu au propriul cod genetic. Acestea sunt introduse în proteine printr-o schimbare a

semnificației unei secvențe de ADN care oprește în mod normal fabricarea proteinelor.

Chan și colegii săi au găsit noul aminoacid, numit pirolizină, într-un microb numit Methanosarcina . Bug-ul trăiește
în intestine de bovine, unde descompune moleculele organice pentru energie, făcând metanul ca produs
secundar. Pirolizina se află într-una dintre proteinele producătoare de metan ale organismului 1 , 2 .

Echipa din Ohio a găsit, de asemenea, o genă pentru proteina care conține pirolizină într-o bacterie, dar
aminoacidul probabil nu este răspândit, spune geneticianul John Atkins de la Universitatea din Utah, Salt Lake
City. În schimb, cel de-al 21-lea aminoacid, selenocisteina, apare în multe organisme, de la bacterii la mamifere.

Descoperirea evidențiază flexibilitatea mașinilor pentru celule, spune Atkins. „Există o bogăție mai mare în citirea
codului genetic decât mulți oameni au apreciat”, spune el.

Lanțul evenimentelor

Proteinele sunt lanțuri de aminoacizi. Secvența literelor ADN din gene determină ordinea aminoacizilor.

Fiecare secvență de ADN din trei litere scrie un aminoacid. Există patru litere sau baze ADN diferite, oferind 64 de
combinații posibile de trei baze, astfel încât unii aminoacizi au mai mult de o ortografie tripletă.

Este nevoie de mai mulți pași pentru a transforma informațiile din genom în proteine. În primul rând, o genă este
copiată într-o moleculă numită ARN mesager care se deplasează de la cromozomul celulei la fabrica de proteine.

Apoi, alte molecule numite ARN-uri de transfer, care transportă aminoacizii, se atașează la ARN-ul mesager. Există
ARN-uri de transfer pentru fiecare cuvânt cod din trei litere, cu excepția celor care opresc sinteza proteinelor.  Pe
măsură ce se aliniază pe ARN-ul mesager, se formează lanțul de aminoacizi, înainte de a se detașa pentru a deveni
o proteină cu drepturi depline.
Metanosarcina a lucrat cu această mașinărie pe scară largă pentru a-i permite să utilizeze pirolizină. Bug-ul trebuie
să facă molecula, probabil prin modificarea unuia dintre cei 20 de aminoacizi de bază și, de asemenea, pentru a
crea un ARN de transfer special care să-l poarte. Și la un moment dat în timpul evoluției, sensul unui cuvânt cod
ADN s-a schimbat de la „oprire” la „pirolizină”.

Nu se știe cum s-ar fi putut întâmpla acest comutator. Un indiciu, spune Atkins, este că utilajul celular durează 2
secunde pentru a citi codul „stop”, dar doar 30 de milisecunde pentru a procesa pe cei care reprezintă aminoacizi
obișnuiți. Această întârziere ar putea oferi unui ARN de transfer modificat șansa de a interveni și de a lua locul
moleculei care termină de obicei lanțul proteic.

Referințe Srinivasan, G. James, CM & Krzycki, JA Pirolizină codificată de UAG în Archaea: încărcarea unui ARNt
specializat în decodarea UAG. Știința  296, 1459 - 1462 (2002).

RECLAME Articol Google Scholar  Hao, B. și colab. Un nou reziduu codificat UAG în structura unei metanogen
metiltransferază. Știința  296, 1462 - 1466 (2002).

…………………………

Mărirea alfabetului

Două scrisori noi au fost adăugate la codul genetic, relatează Philip Ball.

Scriitorul francez Georges Perec a scris odată un întreg roman fără să folosească litera „e”. Comunicarea cu un
alfabet restricționat trebuie să fie o afacere frustrantă. Cu toate acestea, mesajele genetice ale celulei se
desfășoară cu doar patru caractere, codificate în cele patru soiuri de molecule mici, numite „baze”, care constituie
ADN.

Acum, o echipă de chimiști din SUA a venit cu o modalitate de a lărgi alfabetul genetic, creând potențialul de a scrie
mesaje moleculare într-un limbaj destul de străin de celulele normale. Această lucrare este raportată în Journal of
the American Chemical Society  1 .

Cele patru baze ADN sunt adenina, timina, citozina și guanina, denotate A, T, C și G. Acestea se repetă în secvențe
specifice de-a lungul coloanei vertebrale a dublei spirale spiralate a ADN-ului, alcătuind un cod care spune celulei
cum să pună împreună proteina molecule de care are nevoie pentru a funcționa.

Moleculele de proteine au structuri complexe construite din 20 de componente; dar acestea pot fi traduse din
codul genetic cu patru caractere, deoarece bazele ADN sunt citite în grupuri de trei, cu 64 de permutări.

Cu toate acestea, cercetătorii au multe motive pentru a fi interesați să creeze un nou cod genetic cu diferite
caractere. De exemplu, ADN-ul cu baze non-naturale ar putea fi mai rezistent la degradarea chimică decât ADN-ul
natural. Sau „genele” nenaturale inserate în genom pot influența modul în care genele naturale sunt traduse în
proteine.

Bazele convenționale se combină în perechi care fixează împreună firele duble ale spiralei duble. Adezivitatea lor
provine dintr-un fel de interacțiune numită legătură de hidrogen și este extrem de selectivă: A se lipește doar de T
și C de G. Anterior, cercetătorii au încercat să introducă noi baze de legare a hidrogenului în ADN, dar au fost
împiedicați de tendința bazelor de a se lipi mai puțin discriminator.

Floyd Romesberg și colegii de la Scripps Research Institute din La Jolla, California, au adoptat o abordare
diferită. Au încorporat în ADN o pereche de baze care se unește prin interacțiuni „hidrofobe”. Spre deosebire de
bazele convenționale de ADN, noul soi este relativ insolubil în apă și, prin urmare, tind să se atragă reciproc și să se
aglomereze mai degrabă pe măsură ce globulele de grăsime se unesc în apă. Acest lucru are avantajul că bazele
artificiale nu au practic nicio înclinație de a se împerechea cu bazele naturale care leagă hidrogenul.

Romesberg și colegii săi au arătat anterior că o anumită pereche de baze sintetice, notate „7AI” și „ICS”, se
împerechează eficient atunci când sunt atașate la coloana vertebrală a dublei spirale. Dar pentru a funcționa cu
adevărat ca baze ADN, astfel de constructe artificiale trebuie să poată interacționa cu enzimele proteice care
procesează ADN-ul în celulă. Cel mai important, ele trebuie acceptate ca componente respectabile ale ADN-ului de
către enzima care pune împreună dubla helix, numită „ADN polimerază”. Dacă enzima decide că noile baze sunt
acceptabile, versiunea mutată a ADN-ului cu un set de caractere mai larg ar putea fi construită și copiată după
bunul plac.

Atât 7AI cât și ICS sunt tolerate ca blocuri de construcție de un anumit tip de ADN polimerază bacteriană. Dar sunt
departe de a fi ideale. Fiecare are o înclinație puternică de a se împerechea cu o altă copie a sa, formând uniuni
7AI: 7AI și ICS: ICS, precum și perechea dorită 7AI: ICS. Romesberg și colegii săi au găsit acum o modalitate de a
evita aceste „nepotriviri” utilizând versiuni modificate ale celor două baze artificiale.

Au sintetizat o gamă întreagă de variante și au căutat prin ele pentru a găsi versiuni care să se asocieze
selectiv. Căutarea a produs o pereche non-naturală pe care ADN-polimeraza ar încorpora-o într-un ADN dublu helix
în creștere, în mod eficient și selectiv. Acest lucru face ca noua împerechere, denotată PP: MICS, să fie prima
adăugire la codul genetic care permite ca noile „cuvinte” genetice să fie scrise fără prea multe greșeli.

Referințe Wu, Y. și colab. Eforturi spre extinderea alfabetului genetic: optimizarea interacțiunilor hidrofobe
interbazice. Jurnalul Societății Chimice Americane  122 , 7621 - 7632 2000.

https://www.nature.com/articles/news000831-6

………………………………..

ADN-ul „străin” produce pentru prima dată proteine în celulele vii Ewen Callaway 

Natură volum 551 , pagini550–551 ( 2017 ) Citați acest articol

Alfabetul genetic extins ar putea permite producerea de noi medicamente pe bază de proteine.

Celulele bacteriene și-au folosit codul genetic extins pentru a produce o versiune modificată a unei proteine
fluorescente verzi. Credit: Imagini de William B. Kiosses

Viața și-a petrecut ultimele miliarde de ani lucrând cu un vocabular restrâns. Acum, cercetătorii au încălcat aceste
reguli, adăugând litere suplimentare la lexiconul limitat al biologiei.
Chimistul Floyd Romesberg de la Scripps Research Institute din La Jolla, California, și colegii săi au
manipulat celulele bacteriene Escherichia coli pentru a încorpora două tipuri de baze chimice străine, sau litere, în
ADN-ul lor. Celulele au folosit apoi acele informații pentru a introduce aminoacizi nenaturali într-o proteină
fluorescentă 1 .

Organismele codifică în mod natural informații ereditare folosind doar patru baze: adenină (A), timină (T), citozină
(C) și guanină (G). Acestea formează perechi care țin împreună spirala dublă a ADN-ului și diferite secvențe de trei
litere codifică pentru fiecare dintre cei 20 de aminoacizi care alcătuiesc proteinele din celulele vii. Noua lucrare este
prima care arată că bazele nenaturale pot fi folosite pentru a produce proteine într-o celulă vie.

Realizarea, spune Romesberg, arată că biologia sintetică - un domeniu axat pe impregnarea organismelor cu
trăsături noi - își poate atinge obiectivele reinventând cele mai elementare fațete ale vieții. „Nu există un sistem
biologic atât de fundamental și mai intim legat de ceea ce suntem decât stocarea și recuperarea informațiilor”,
spune el. „Ceea ce am făcut este să proiectăm o nouă piesă care să funcționeze chiar alături de piesele existente și
să poată face tot ce fac.”

Extensii alfabetice

Mai multe echipe încearcă să extindă codul genetic . Cele patru baze naturale de ADN pot fi aranjate în 64 de
combinații diferite de trei litere, numite codoni, care specifică aminoacizii. Dar redundanța în acest cod - de
exemplu, CGC, CGA, CGG și CGT reprezintă toate aminoacizii arginină - înseamnă că aproape toate proteinele
necesare pentru viață sunt formate din doar 20 de aminoacizi.

Cercetători, inclusiv geneticianul George Church de la Școala de Medicină Harvard din Boston, Massachusetts,
lucrează la refacerea codonilor redundanți pentru a specifica noi aminoacizi. Grupul lui Romesberg explorează o
strategie diferită: adăugarea unei perechi de baze complet noi în ADN. Acest lucru ar crește considerabil numărul
de codoni posibili, oferind teoretic celulelor capacitatea de a exploata mai mult de 100 de aminoacizi în plus.

Deși Biserica crede în continuare că propria sa abordare este mai practică pentru majoritatea aplicațiilor, el descrie
noua lucrare ca o „etapă importantă în explorarea elementelor fundamentale ale vieții”.

Cercetătorii au imaginat mai întâi un alfabet genetic extins la începutul anilor 1960. Primul mare succes a venit în
1989, când o echipă condusă de chimistul Steven Benner, apoi la Institutul Federal Elvețian de Tehnologie din
Zurich, a forjat molecule de ADN care conțin forme modificate de citozină și guanină 2 . Aceste litere ADN
„amuzante”, așa cum le-a numit Benner, ar putea să se replice și să producă ARN și proteine în reacțiile din
eprubete.

ADN mai amuzant

În ultimele două decenii, echipa lui Romesberg a realizat sute de molecule de ADN și mai amuzante . Spre
deosebire de perechile de baze convenționale din ADN și de cele realizate de echipa lui Benner - care sunt legate
împreună de atomi de hidrogen împărțiți - aceste baze străine se lipesc împreună din cauza insolubilității lor în apă,
imitând în mare măsură cum picăturile de grăsime se aglomerează în apă.

Pentru a funcționa în celulele vii, totuși, perechile de baze străine trebuie să stea alături de baze naturale fără a
perturba forma ADN-ului sau a perturba sarcinile esențiale, cum ar fi procesele care copiază fidel ADN-ul și îl
transcriu în ARN mesager - o moleculă intermediară între ADN și proteine. În 2014, laboratorul lui Romesberg a
raportat o descoperire : o tulpină de E. coli cu o buclă de ADN care conține o singură pereche de baze
nenaturale 3 . „ADN-ul extraterestru” a fost format din substanțe chimice numite dNaM și d5SICS (denumite X și
respectiv Y). Dar celulele s-au împărțit lent și au avut tendința de a-și pierde ADN-ul străin în timp.
Într-o lucrare publicată la începutul acestui an 4 , echipa lui Romesberg a creat un E. coli mai sănătos,
semisintetic, care nu și-a respins atât de ușor ADN-ul străin (în această versiune, d5SICS a fost înlocuit cu o
substanță chimică de formă similară numită dTPT3). Cu toate acestea, această tulpină, la fel ca cea raportată în
2014, nu avea capacitatea de a utiliza noii săi codoni.

Credit: Grafic: Adaptat de la Synthorx Inc. 2015. Structură: Pedelacq, JD și colab. Nat. Biotehnologie. 24, 79-88
(2006) / RCSB PDB

În cea mai recentă cercetare 1 , raportată în Nature pe 29 noiembrie, echipa a creat celule sănătoase care în cele
din urmă își pot folosi ADN-ul străin. În experimente separate, celulele au încorporat doi aminoacizi nenaturali
(numiți PrK și pAzF) într-o proteină care emite o strălucire moale, verde. Atât bazele străine, cât și aminoacizii au
fost hrăniți către celule, iar orice organism care a scăpat cumva din laborator nu ar putea să le producă. Pentru a
permite celulelor să utilizeze aceste noi componente, cercetătorii au creat versiuni modificate ale moleculelor
numite ARNt, care funcționează pentru a citi codoni și a transporta aminoacizii corespunzători către fabricile de
proteine ale celulelor - ribozomi.

Noii aminoacizi nu au modificat forma sau funcția proteinei fluorescente verzi. Dar „acum că putem stoca și prelua
informații”, spune Romesberg, „să facem ceva cu ea”. În lucrări nepublicate, echipa sa a inserat o pereche de baze
străine într-un sit cheie din gena implicată în rezistența la antibiotice. Bacteriile care își pierd ADN-ul străin devin
sensibile la medicamentele legate de penicilină.

Magazin de bomboane

Romesberg a fondat o companie de biotehnologie, numită Synthorx, tot în La Jolla, care încearcă să încorporeze
aminoacizi nenaturali în medicamente pe bază de proteine, cum ar fi IL-2, o proteină care reglează numărul de
celule albe din sânge. Abordarea ar putea fi utilizată pentru a proiecta medicamente care sunt preluate mai ușor de
celule, de exemplu, sau care sunt mai puțin toxice sau se descompun mai repede. Proteinele ar putea fi, de
asemenea, proiectate pentru a avea proprietăți care lipsesc aminoacizilor convenționali, cum ar fi capacitatea de a
atrage puternic electroni. „Este ca și cum ai fi un copil într-un magazin de bomboane”, spune Romesberg. Dar, în
acest caz, „puștiul a petrecut 20 de ani fantezând că intră în acel magazin de bomboane. Dintr-o dată mă gândesc
ce fel de bomboane pot obține”.

Echipe conduse de Benner și Ichiro Hirao, chimist biologic la Institutul de Bioinginerie și Nanotehnologie din
Singapore, au dezvoltat deja sisteme de eprubete pentru utilizarea ADN-ului străin pentru codificarea aminoacizilor
nenaturali. Dar Hirao vede avantajele mutării în celulele vii. Proteinele care conțin aminoacizi nenaturali ar putea fi
produse la scară mai mare și mai ieftin folosind celule bacteriene, spune el. Aducerea tehnologiei la celulele
eucariote ar permite și dezvoltarea de noi medicamente pentru anticorpi.

Cu toate acestea, Benner, care se află acum la Fundația pentru Evoluția Moleculară Aplicată de lângă Gainesville,
Florida, sugerează că, deoarece sistemul Romesberg se bazează pe forțe hidrofobe relativ slabe pentru a menține
perechile de baze străine împreună, potențialul său pentru aplicații industriale ar putea fi limitat. Celulele pot
tolera baza străină rară, spune Benner, dar „pur și simplu nu se poate construi un întreg sistem genetic din ele”.
Romesberg și colegii săi lucrează acum la extinderea alfabetului genetic. Până în prezent, echipa a identificat încă
12 codoni care conțin X și Y care sunt funcționali, spune Romesberg, dar „încă mai sunt multe de făcut”.

Imagini de William B. Kiosses

Celulele bacteriene și-au folosit codul genetic extins pentru a produce o versiune modificată a unei proteine
fluorescente verzi.

Referințe Zhang, Y. și colab. Natura  http://dx.doi.org/10.1038/nature24659 (2017). Switzer, C., Moroney, SE &

Benner, SA J. Am.  Chem.  Soc.  111 , 8322–8323 (1989).

CAS Articol Google Scholar  Malyshev, DA și colab. Nature  509 , 385–388 2014 Zhang, Y. și colab. Proc.  Natl
Acad.  Știință.  SUA  114 , 1317-1322 (2017).

………………………………………………..

Genele nu ne pot spune totul

 Philip Ball 

Nature ( 2000 ) Citați acest articol

 7 Accesări

 ValoriDetalii

Ideea că și codul genetic documentează propria evoluție poate fi o gândire de dorință. .

Precambrian: cele mai vechi fosile asemănătoare cianobacteriilor cunoscute au o vechime de aproape 3,5 miliarde
de ani

Noi cercetări pun la îndoială teoria conform căreia genele conțin „semnături” care pot oferi o perspectivă asupra
modului în care a evoluat codul genetic în sine.
Conform teoriei coevoluției, discutată pentru prima dată în urmă cu peste 25 de ani, ADN-ul care alcătuiește codul
genetic din orice organism conține o semnătură a dezvoltării sale. Cu alte cuvinte, genele dețin un record „istoric”
al originilor vieții.

Stephen Freeland și colegii de la Universitatea Princeton au revizuit teoria și spun că această semnătură este
ilizibilă. Există mai mult de 1 la 2 șanse ca orice înregistrare a modului în care s-a dezvoltat codul genetic să fie
amestecată dincolo de interpretarea semnificativă, relatează echipa în Proceedings of the National Academy of
Sciences USA  1 .

Codul genetic traduce un limbaj molecular în altul. Proteinele, moleculele calului de lucru ale celulei, sunt lanțuri de
molecule mici interconectate - „aminoacizi” - dintre care 20 de tipuri apar în natură. Secvența aminoacizilor de-a
lungul lanțului proteic este înregistrată în ADN de un șir de molecule diferite, „nucleotide”, de-a lungul dublei
spirale.

Există doar patru tipuri de nucleotide, notate A, C, G și T. Acestea sunt citite în grupuri de trei de către mecanismul
molecular care produce proteine. Acest lucru oferă suficiente permutații diferite pentru a codifica toți cei 20 de
aminoacizi.

Fiecare grup de trei nucleotide - AAC, să zicem sau GCT - este numit „codon”. În aproape fiecare organism de pe
Pământ, un anumit codon codifică același aminoacid, indicând faptul că acest cod genetic universal a apărut dintr-o
singură sursă evolutivă.

Teoria coevoluției sugerează că codul genetic a fost odată mai simplu, deoarece ar fi existat mai puține tipuri de
aminoacizi pe Pământul timpuriu. Ideea este că, pe măsură ce primele organisme au devenit mai complexe, au
făcut aminoacizi noi din cei care existau deja.

Apoi, spune teoria, un nou aminoacid ar fi uzurpat unul dintre codonii care reprezentau anterior aminoacidul din
care a fost fabricat cel nou.

Deci, inspectând codul genetic actual, ar trebui să putem descoperi secvența pașilor prin care cel mai vechi cod s-a
extins pentru a cuprinde mai mulți aminoacizi. Acest lucru echivalează cu un fel de istorie evolutivă a genelor,
extinzând „arborele vieții” înapoi chiar înainte de primele organisme unicelulare recunoscute.

Dar teoria ar cădea dacă relațiile dintre codoni și aminoacizi s-ar fi putut întâmpla întâmplător. De exemplu,
aminoacidul leucină (pentru care unul dintre mai mulți codoni este CTT) se spune că a fost fabricat din valină
(codon GTT). Teoria susține că diferența de nucleotidă dintre cei doi codoni indică această relație evolutivă.

Dar acest lucru depinde dacă este rezonabil să presupunem că valina a fost făcută din leucină, mai degrabă decât
din alt aminoacid. Și echipa lui Freeland susține că unele dintre perechile precursor / produs asumate de teoria
coevoluției nu au sens biochimic. De asemenea, teoria nu ține cont de neajunsurile mașinilor de fabricare a
proteinelor care traduc codul, spun cercetătorii.

După corectarea acestor concepții greșite, ei descoperă că există o probabilitate de 62% ca relațiile de codoni
dintre precursori și produse revendicate ca suport pentru teoria coevoluției să poată apărea prin pură întâmplare.

Referințe Ronneberg, TA, Landweber, LF & Freeland, SJ Testarea unei teorii biosintetice a codului genetic: fapt sau
artefact? Proceedings of the National Academy of Sciences USA  97 , 13690 - 13695 2000.

https://www.nature.com/articles/news001221-4

……………………………………………………………………………
Codul genetic eliminat oferă candidați pentru primele molecule ale vieții.

Chimiștii din Statele Unite au construit cel mai simplu limbaj genetic posibil. La fel ca Morse sau codul binar, are
doar două litere - dar poate orchestra unele dintre reacțiile moleculare de bază necesare pentru ca viața să
evolueze.

Această schemă genetică decupată ar putea oferi indicii despre cum a început viața în supa chimică de pe Pământul
timpuriu, spun dezvoltatorii săi John Reader și Gerald Joyce de la Scripps Research Institute din La Jolla,
California 1 .

Astăzi, rețetele pentru viață - ARN și ADN - sunt scrise în mod normal într-un alfabet molecular de patru litere:
bazele adenină (A), guanină (G) și citozină (C), împreună cu timina (T) în ADN sau uracil ( U) în ARN. Fiecare genă din
ADN este o secvență de A, G, C și T.

Dar aceste baze nu sunt ușor de realizat din constituenții chimici ai Pământului timpuriu, subliniază Reader și
Joyce. Așadar, este posibil să nu fi fost disponibile pentru a construi molecule capabile să efectueze procesele
chimice de bază ale vieții, cum ar fi replicarea și cataliza.

O moleculă mai simplă cu două baze ar fi putut avea șanse mai mari, susțin duoul. Au făcut o ribozimă din două
litere - o moleculă care ajută pe alta să se lipească de ea. Aceste legături catalizate sunt necesare pentru a construi
lanțurile moleculare ale moleculelor genetice ADN și ARN.

Majoritatea catalizatorilor biologici sau enzimele sunt proteine. Dar ribozimele sunt fabricate din ARN. Deoarece
ambele pot cataliza reacțiile și pot deține și transmite informații genetice, ARN-urile ar fi putut oferi baza
moleculară a vieții înainte ca proteinele și ADN-ul să evolueze.

Pereche de lipire

Folosind doar două baze, Reader și Joyce au imitat ribozima ligazei R3, o întindere de ARN care se fixează pe o altă
moleculă de ARN.

O parte a ribozimei R3 are o secvență de bază care se potrivește cu cea a moleculei sale țintă de ARN. Cercetătorii
au construit această secvență de legare și țintă numai din bazele A și U.

Apoi, din motive tehnice, au înlocuit A-urile cu o bază non-naturală numită diaminopurină (D). Ribozima rezultată
poate fi copiată fără a fi nevoie de baze G sau C. Copierea este o parte necesară a procesului de găsire a unui mimic
din două litere.

Cercetătorii au eliminat apoi toate G-urile pe care le-au putut din molecula R3, păstrând în același timp o parte din
comportamentul său catalitic (se poate gestiona fără C-uri). Toți, în afară de trei, puteau merge; dacă cercetătorii i-
au scos pe oricare dintre aceștia, molecula nu mai era catalitică.

Pentru a merge mai departe, cercetătorii au abandonat designul rațional și s-au orientat spre evoluția in vitro. Au
înlocuit G-urile rămase la întâmplare cu U sau D, amestecând în același timp câteva dintre celelalte U-uri și D-uri din
moleculă.

Niciunul dintre produsele realizate în acest fel nu este un catalizator deosebit de uimitor. Dar funcționează. Cele
mai bune, care conțin doar U și D, se leagă de ținta ARN de 36.000 de ori mai rapid decât în absența oricărui
catalizator. Cu alte cuvinte, un ribozim din două litere este mult mai bun decât nimic.
D nu este prea dificil de creat din tipul de ingrediente care erau probabil disponibile pe Pământul timpuriu, spun
Reader și Joyce. De asemenea, subliniază avantajul unei molecule de tip ARN care nu conține C: citozina se
descompune destul de repede dacă se încălzește.

Referințe Reader, JS & Joyce, GF Un ribozim compus din doar două nucleotide diferite. Nature , 420, 841 - 844,
(2002).

https://www.nature.com/articles/news021216-9

…………………………………………………….

https://www.nature.com/collections/mjkksldswr