UNIVERSITATEA ALEXANDRU IOAN CUZA

DIN IAI
FACULTATEA DE BIOLOGIE

Proiect la Metode statistice aplicate n

bioinformatic

CUPRINS
Descriere experiment..................................................................................................................3
Prelucrare datelor........................................................................................................................4
Concluzii.....................................................................................................................................6
Bibliografie.................................................................................................................................7

Descriere experiment
Titlu: Identificarea genelor asociate cu celulele canceroase osoase i de sn
metastazic.
Experimentul s-a realizat n Spania la Barcelona i a fost publicat pe data de 1
octombrie 2014, n cadrul institutului de cercetare n biomedicin din Barcelona.
Tipul experimentului: exprimarea profilului prim metoda array;
S-a folosit hibridizarea ARN (Affymetrix) analizndu-se comparativ ntre celulele
metastazice osoase izolate in vivo i celule parentale i axa schimbrilor care afecteaz
expresia potenialelor genelor metastazice osoase.
ARN-ul total din celulele replicate ale MCF7 printeti i BoM2 derivate metastazic
din oase crescute timp de 48 de ore n mediu obinuit i au fost izolate de controlul in vitro
din cultura de MAF exprimat MCF7 ale celulelor parentale. ARN-ul total a fost extras
folosind TRIzol Plus ARN Purificarea Kit (Life Technologies).

Prelucrare datelor
1. Datele au fost preluate de pe: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/ acc.cgi?
acc=GSE51232. Acestea coneau dou seturi de date pentru procesare, unul
pentru valorile celulelor metastazice iar cellat pentru celulelor parentale.
2. Pentru procesarea datelor am folosit programul de analiz statistic R 3.0.2.:
3. Datele au introduse n fiiere Text.
Procesarea datelor n R 3.0.2.
4. n R am introdus datele cu ajutorul formulei: > table <read.table("C:\\rststistic\\valori3.txt", header=T, sep="\t")
5. Am normalizat datele cu formula > tablenorm <- (table$VALUE mean(table$VALUE))/sd(table$VALUE)
6. Pentru a furniza o metode de a introduce datele n grafice am folosit formula: >
tablefr=as.data.frame(tablenorm).
7. Pentru a introduce datele normalizate n grafic ca x (abscisa) am folosit formula:
> x <- c(table$ID_REF).
8. Pentru a introduce n grafic y (ordonata) am folosit formula: > y <- c(tablenorm).
9. Pentru a genera un grafic cu cele doua seturi de valori am folosit formula: >
plot(x,y).
10. Pentru a redenumi x i y din grafi am folosit formula: > plot(x,y,
main="Scartter", xlab="Abscisa", ylab="Ordonata").

Figur 1 Formulele folosite pentru procesarea datelor n programul R 3.0.2.

Figur 2 Graficul obinut dup procesarea datelor

Concluzii
1. Dup ce am prelucrat datele i am obinut graficul s-a evideniat c datele sunt
cuprinse ntre valori apropiate.
2. Comparativ cele dou seturi de date au artat c rezultatele experimentului au fost
relevante.
3. Din compararea datelor a rezulat c hibridizarea ARN-lui din celulele osose normale
au s-au obinut rezultate asemntoare cu cele din celulele parentale.

Bibliografie
1.
2.
3.
4.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE51232
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSM1240799
http://www.r-project.org/
R core team, 2014, R language definition.