Sunteți pe pagina 1din 14

Bioinformatica

4.

Elemente de biologie celular i


molecular

O caracteristic esenial a materiei vii este reprezentat de structura sa celular,


alturi de nc dou proprieti fundamentale: metabolismul i reproducerea.
Dei exist mari diferene ntre celulele diverselor specii, sau chiar ntre celulele
aceluiai organism, exist i o serie de caracteristici comune pe care le vom trece n
revist.
Disciplina care se ocup cu studiul celulei i a fenomenelor la nivelul celular se
numete biologie celular. Din biologia celular vom extrage sintetic cteva noiuni
privind:
- structura celulei umane (membran, citoplasm, nucleu, organite celulare
mitocondria i ribozomii
- diviziunea celular mitoza i meioza.
Explicarea fenomenelor biologice pe baze moleculare face obiectul unei discipline
nrudite cu biologia celular, numit biologie molecular. Din aceast disciplin ne
vom opri la dou mecanisme:
- replicarea ADN
- sinteza proteinelor

4.1.

Structura general a unei celule umane

4.1.1. Enumerarea principalelor componente ale celulei


umane
a)
b)
c)
d)

membrana
citoplasma
nucleu
organite celulare

Fig. 4.1.1. Structura celulei umane

Bioinformatica
4.1.2. Membrana celular
A. Membrana celular delimiteaz celula la exterior, are rol de susinere i
separare, fiind sediul unor procese de schimb de substane ntre celul i mediul su
extern.
B. Membrana celular este alctuit distr-un strat dublu foto-lipidic, coninnd n
forme i proporii diferite o serie de structuri proteice (modelul mozaic lichid SingerNicholson, 1972), (figura 4.1.2.a)

Fig. 4.1.2.a. Membrana celular-modelul mozaic lichid

C. Proprieti fizice
Membrana celular are o grosime de 3-10 nm, cu slab conductibilitate electric,
dar cu mare capacitate electric, greu permeabil pentru ap i ioni.
D. Matricea membranei celulare este alctuit din fosfolipide ce formeaz un strat
dublu.
Fosfolipidele au caracter amfipatic, avnd un capt hidrofil i un capt hidrofob
(figura 4.1.2.b).

Fig. 4.1.2.b. Structura general a unui fosfolipid

Bioinformatica
Acizii grai AG1, AG2 au 16-18 atomi de carbon n lan i avnd caracter hidrofob,
se orienteaz spre interiorul membranei, n timp ce restul fosforic, avnd grupri OH
este hidrofil, fiind orientat spre feele exterioare ale membranei, fie spre interiorul
celulei, fie spre exterior.
E. Proteinele membranare formeaz insule n matricea fosfolipidic ele pot fi:
a) proteine intrinseci, care pot s fie la rndul lor:
- proteine ce traverseaz membrana (canale ionice pentru transport pasiv sau pompe
ionice pentru transport activ), figura 4.1.2.c
- proteine parial nglobate, ce formeaz structuri numite receptori membranari, cu
rol foarte important n funcionarea membranei (de receptori se pot lega diferite
molecule-hormoni, medicamente etc.)

Figura 4.1.2.c. Canale i pompe ionice

b) Proteine extrinseci, legate slab la suprafaa membranei


F. Membrana celular este totodat sediul fenomenelor electrice, de producere a
potenialului de membran.
G. Membrana are un rol important n semnalizarea inter i intracelular privind
transferul de informaii n aceste procese de semnalizare sunt implicai i receptorii
membranari.
H. S ncheiem cu rolul membranei n apoptoz - fenomenul de moarte natural
programat.

4.1.3. Citoplasma
A. Citoplasma este o soluie apoas ce reprezint mediul de dispersie pentru
substanele dizolvate:
- ioni ([K+ ] 150 mM, [ Na+] 10 mM, [Cl-] 100mM
- molecule mici neutre [glucoz]
- macromolecule(proteine, polizaharide etc).
B. Citoplasma este strbtut de fire ce se sprijin pe membran, nucleu i
organitele celulare mari, ce formeaz un citoschelet:
C. Proprietile sunt sintetizate n tabelul 4.1.3.

Bioinformatica
Tabel 4.1.3. Proprietile fizice ale citoplasmei

4.1.4. Nucleul celular


A. Nucleul celular este o formaiune sferic sau ovoidal, cu diametrul de 4-6 m,
alctuit n cea mai mare parte din ADN.
B. Structura nucleului figura 4.1.4.a
n interior se gsete o formaiune mai dens numit nucleol, iar la exterior este
mrginit de o membran nuclear, cu pori prin care pot trece molecule mici. Transportul
prin membrana nuclear (pentru ARN i proteine) este asigurat de molecule numite
cargo-GTP-aze.
C. Nucleul este sediul de stocare a informaiei genetice i joac un rol important
n procesul de diviziune celular i n procesul de sintez a proteinelor.

Fig. 4.1.4. Structura nucleului

4.1.5. Organitele celulare


n citoplasm se gsesc numeroase organite celulare, fiecare cu un rol bine definit
n funcionarea celulei:
- reticulul endoplasmic
- ribozomi

Bioinformatica
-

mitocondrii
aparatul Golgi
libozomi
centrioli
microtubuli, microfilamente
vacuole, vezicule

Ne vom opri pe scurt doar la ribozomi i mitocondrii, avnd n vedere importana


lor n studiile de bioinformatic.

4.1.6. Mitocondria
A. Mitocondria este un organit celular care este sediul sintezei moleculelor
macroergice de ATP.
B. Are form alungit avnd n interior creste formate prin plierea membranei
interne. Membrana intern conine molecule ce asigur un transfer de electroni (NADH,
FAD, ubiquinon i citocromc), nsoit de eliminare de protoni. Procesul se numete
fosforilare oxidativ, avnd ca rezultat sinteza unei molecule de ATP. Funcionarea
este asigurat de o pomp de protoni descris sub numele de teoria chemiosmotic de
ctre Mitchell, laureat al premiului Nobel n 1978.
Schematic, transferul electronilor n membrana intern a mitocondriei este
prezentat n figura 4.1.6.a, iar principiul pompei de protoni este sintetizat n figura
4.1.6.b

Fig. 4.1.6.a. Mecanismul fosforilrii oxidative

Bioinformatica

Fig. 4.1.6.b. Teorie chemiosmotic a pompei de protoni

4.1.7. Ribozomii
A. Ribozomii sunt cele mai mici organite celulare, descoperite de ctre George
Palade, de origine romn, premiul Nobel n 1974.
B. Sunt alctuii din ARN ribozomal i sunt sediul sintezei proteinelor.
C. Un ribozom are trei situs-uri, notate......, n care se poate lega o molecul de
ARNt)ARN de transport sau de transfer (figura 4.1.7.)

Fig. 4.1.7. Structura ribozomilor

4.2.

Diviziunea celular

Majoritatea celulelor umane (sunt doar unele excepii) se divid n cursul vieii lor.
Procesul de diviziune se petrece diferit la celulele somatice, fa de cele sexuale i vom
trata separat cele dou cazuri.

Bioinformatica
4.2.1. Mitoza
A. Mitoza este procesul de diviziune al celulelor somatice.
B. Celulele somatice sunt diploide au fiecare cromozom n dou exemplare. n
cazul celulelor umane sunt 23 de perechi de cromozomi (unele detalii vor fi prezentate
n cursul de genetic).
C. Ciclul de via al unei celule somatice, adic intervalul de timp dintre dou
diviziuni, cuprinde mai multe faze, n care se sintetizeaz la nceput ARNm i proteine,
apoi se sintetizeaz i ADN practic se dubleaz cantitatea lui prin procesul de
replicare n nucleu.
D. Diviziunea celular ocup cca 10% din ciclul celular i are mai multe faze:
- profaza cromozomii devin vizibili, fiecare fiind dublat longitudinal, apar 2
centrioli ce migreaz spre polii celulei, dispare membrana nuclear i se formeaz
fusul de diviziune
- metafaza cromozomii se aranjeaz n regiunea ecuatorului i se leag de fibrele
fusului n zona centromerului
- anafaza deplasarea cromatidelor fiecrui cromozom spre polii celulei
- telofaza formarea la fiecare pol a cte unui nucleu, cu formarea de membran
nuclear.
n final se divizeaz i citoplasma formndu-se dou celule fiice cu nuclee identice.
Fenomenele descrise mai sus sunt prezentate sintetic n figura 4.2.1

Fig. 4.2.1. Mitoza

4.2.2. Meioza
A. Diviziunea prin meioz este tipic pentru celulele germinale, ovocitul i
spermatocitul, n zona de maturizare ce formeaz celule sexuale, numite i gamei.
B. Meioza cuprinde dou diviziuni succesive:
a) diviziunea reducional cnd dintr-o celul germinal diploid se formeaz dou
celule haploide (cu fiecare cromozom ntr-un singur exemplar)
b) diviziunea ecuaional asemntoare mitozei, cu deosebirea c fiecare celul care
se divide acum este o celul haploid.
C. n final rezult 4 celule haploide figura 4.2.2.

Bioinformatica

Fig. 4.2.2. Meioza

S urmrim n continuare dou procese eseniale din biologia molecular:


replicarea ADN i sinteza proteinelor.

4.3.

Replicarea ADN

4.3.1. Noiunea de replicare


A. Descifrarea mecanismului replicrii ADN a avut o importan deosebit prin
aportul su la nelegerea mecanismelor genetice de transmitere ereditar a informaiei.
B. Replicarea reprezint procesul de producere a unei replici, adic o copie
identic cu originalul. n cazul ADN este vorba de producere a dou molecule de ADN
identice pornind de la una singur.

4.3.2. Fazele replicrii ADN


A. Replicarea este iniiat ntr-un punct al dublului helix, numit origine - o
regiune cu secven recunoscut de o protein iniiatoare a replicrii aceste regiuni sunt
de obicei bogate n perechi AT, mai uor de desfcut.
B. Pornind de la origine, dublul helix este despiralat, cu o enzim
topoizomeraza, apoi este desfcut asemntor cu un fermoar, fiind rupte toate punile de
hidrogen pe o anumit poriune din helix de ctre o enzim - helicaza. Sunt astfel
expuse liber spre exterior bazele azotate, n succesiunea lor, ale ambelor lanuri ale
helixului. Lanul care este desfcut de la 35 nct completarea s apar n
succesiunea fireasc 5 3 se numete lan conductor (leading strand), iar cellalt
este lan ntrziat ( lagging strand) (figura 4.3.2.)

Bioinformatica

Fig. 4.3.2. Mecanismul replicrii ADN

Forma de furc a dublului helix desfcut de helicaz a generat i numele


structurii n aceast faz: furc de replicare ( replication fork).
C. Pe lanul conductor poziiile expuse sunt ocupate succesiv de ctre
nucleotidele corespunztoare (conform perechilor posibile A-T i G-C), proces condus
de o enzim numit ADN-polimeraz. ns sinteza pe cellalt lan nu poate fi realizat
natural, succesiunea de sintez fiind invers, de la 35. De aceea, informaia pentru
un set de baze azotate libere este nti transpus n ordinea posibil 53 pe nite
fragmente denumite Okasaki, fragmente ce sunt apoi cuplate pe lan cu ajutorul enzimei
ADN-ligaza.
D. Fiecare din lanurile iniiale este acum completat cu un lan pereche, care este
spiralat i devine un dublu helix identic cu originalul.
E. n eukariote procesul de replicare poate ncepe n mai multe poziii din dublul
helixurilor de ADN.
F. Replicarea poate s fie incomplet i s nu ajung chiar pn la captul fiecrui
cromozom, numit telomer, rezultnd o scurtare generaie dup generaie, fenomen
considerat a avea un rol n procesul de mbtrnire, n apoptoz sau n apariia unor boli
(inclusiv unele forme de cancer).

4.4.

Sinteza proteinelor

4.4.1. Paradigma central a bioinformaticii


A. ncercrile de a explica marea variabilitate biologic fenotipic n contextul
unitii moleculare a structurilor biologice a condus la plasarea acesteia ntr-o poziie
cheie pentru bioinformatic. ntrebarea la care dorim s rspundem este: Cum este
transmis informaia stocat n structura moleculelor de ADN din nucleele celulelor,
ctre celule, pentru a coordona practic toate procesele celulare, dar n special sinteza
proteinelor, care sunt att elemente structurale ct i elemente de control (enzime) a
proceselor celulare. Mecanismul sintezei proteinelor este azi n bun msur cunoscut,
dei exist nc elemente nu pe deplin elucidate. La descifrarea mecanismelor i-au adus
contribuia cercettori din diverse domenii, un rol important avndu-l cei din domeniul
bioinformaticii.
B. Schema din figura 4.4.1.a reprezint sintetic principalele procese ce au loc
pentru sinteza proteinelor.

Bioinformatica

Fig. 4.4.1.a Sinteza proteinelor dogma central a bioinformaticii

Vom descrie n continuare aceste procese.

4.4.2. Transcripia
A. Regiunea din ADN care conine informaia privind sinteza unei proteine se
numete gen de sintez. n amonte fa de gena de sintez se gsete o gen promotor,
cu rol n declanarea procesului de copiere a informaiei. Zona promotor mai este
numit 5 UTR 5 untranslated region, iar dup gena de sintez mai este o poriune ce
nu codific secven proteic numit 3 UTR.
B. Mecanismul transcripiei
La activarea zonei promotor, dublul helix ADN din regiunea genei de sintez este
desfcut n sensul 35 de ctre helicoz, apoi intervine ARN-polimeraza, care
faciliteaz formarea unui lan ARN n sensul normal 53. Un singur lan din cele
dou ale ADN este utilizat pentru citire, numit lan matri ( template strand),
cellalt fiind numit lan de codificare (coding strand), deoarece conine secvena exact
n forma n care apare n molecula de ARN sintetizat, cu singura deosebire c, n ARN,
n loc de timin apare uracilul. Transcripia este prezentat schematic n figura 4.4.2.

10

Bioinformatica

Fig. 4.4.2. Transcripia

Procesul de transcripie are trei faze:prima este iniierea, prin activarea


promotorului, a doua se numete elongare, reprezentat prin adugarea, nucleotid cu
nucleotid, a componentelor lanului de ARN, iar ultima faz este terminarea
(formarea unei bucle bogat n G-C, urmat de o succesiune de U).
S menionm c exist i transcripie revers, adic din ARN n ADN, ntlnit n
unele cazuri patologice, cum ar fi infecia cu HIV.
C. Migrarea ARNm
Lanul ARN format n nucleu se numete ARN mesager i se noteaz ARNm. n
nucleu se mai gsesc nite organite numite spliceosomi care asigur un proces numit
splicing. Prin acest proces sunt eliminate din molecula de ARNm format, regiunile
fr rol n codificarea secvenei proteice, numite introni, rmnnd numai regiunile
codificatoare, numite exoni. Molecula nou format va traversa membrana nuclear i
va ajunge la ribozomi, unde se va desfura procesul de translaie.

4.4.3. Codul genetic


A. Pentru a putea folosi informaia purtat ntr-un alfabet cu 4 litere, cum este
cazul acizilor nucleici, la codificarea a 20 aminoacizi, vom avea nevoie de o succesiune
de cel puin 3 litere, George Gamov, care asigur 4 3 = 64 combinaii posibile(cu 2 litere
am fi putut obine numai 42 = 16 combinaii. Aceast ipotez, c o succesiune de 3 baze
azotate ntr-o secven ADN codific 1 aminoacid ntr-o secven proteic a fost
confirmat experimental (Nirenberg, 1961). A fost astfel introdus termenul de codon,
definit ca un triplet de baze azotate ntr-un lan de acid nucleic pentru codificarea unui
aminoacid ntr-o secven polipeptidic.
B. Cercetri ulterioare (Khorana, Hollez premiul Nobel 1968) au permis stabilirea
codului genetic prezentat n figura 4.4.3.

11

Bioinformatica

Fig. 4.4.3. Codul genetic

C. Observm c pentru majoritatea aminoacizilor exist mai multe codificri


posibile. De asemenea exist un codon de star, precum i trei codoni de stop crora nu
le corespunde nici un aminoacid.

4.4.4. ARN de transport


A. n mecanismul sintezei proteinelor este necesar implicarea unor molecule care
s asigure corespondena stabilit n codul genetic. Acestea sunt moleculele numite
ARN de transport sau de transfer, notate ARNt (studiate n detaliu de Ochoa - premiul
Nobel 1959).
B. Structura ARNt
Molecula de ARNt este destul de mic n comparaie cu alte tipuri de ARN. Ea are
4 brae dintre care dou formeaz legturi n timpul translaiei (figura 4.4.4)

Fig. 4.4.4. Structura moleculei de ARNt

12

Bioinformatica
C. Observm c braul superior are o poriune cu captul 5 liber, care este de
obicei fosforilat, iar la captul 3 se poate detaa amoniacidul ataarea este specific.
D. Braul opus are o bucl ce conine o secven de trei baze azotate
complementare codificrii aminoacidului, secven care se numete anticodon.
Aceast poriune este cea cu care molecula de ARNt se leag de secvena potrivit din
matria ARNm.
E. Celelalte dou ramuri, buclele D i T faciliteaz mecanismul de cuplare pe
ribozom.

4.4.5. Structura ribozomilor


Revenim la descrierea structurii ribozomilor, nceput n 4.1.7.
Ribozomii au dou regiuni, o regiune care poate cupla molecule de ARNm venit
din nucleu i o regiune care conine 3 situs-uri, notate E, P i A, regiune n care se leag
ARNt.

Fig. 4.4.5.

4.4.6. Mecanismul translaiei


A. Cnd ARNm expune spre situl P poriunea cu codonul de star (AVG), situl
poate fi ocupat de un ARNt ce codific Met (conform codului genetic).
B. n situl A, nc liber, se poate lega de un ARNt care s aib anticodonul
corespunztor urmtorului codon din ARNm, codon expus ctre situl A.
C. Aminoacidul legat de ARNt de pe situl A se cupleaz printr-o legtur
peptidic de aminoacidul legat de ARNt de pe situl P.
D. La formarea acestei legturi peptidice, AA din P se desprinde de ARNt de care
era legat i ntreaga structur format se mut cu un codon spre n fa: ARNt din P
trece n E, ARNt din A trece n P, cu tot cu aminoacizii legai de el i n paralel se
deplaseaz i ARNm n unitatea inferioar. Energia necesar procesului este furnizat
de o molecul de GTP, procesul fiind susinut de o alt protein numit factor de
elongaie; de fapt, aceast faz se i numete elongaie.
E. Situl A devenind vacant poate fi ocupat de un alt ARNt cu anticodon
corespunztor urmtorului codon din matria ARNm. Totodat ARNt de pe situl E se
desprinde de lanul ARNm. Aminoacidul legat de ARNt care a ocupat acum situl A

13

Bioinformatica
poate forma o legtur peptidic cu AA din poziia P, urmat de desprinderea acestuia
de ARNT care l-a purtat.
Procesul se reia pas cu pas, generndu-se un polipeptid, care iese din ribozom.
F. Procesul de translaie se ncheie cnd pe matria ARNM apare un codon de
stop, care nu are echivalent n ARNt, deci situl A nu se mai ocup. n acest moment,
lanul polipeptidic format se desprinde de ribozom.
Fazele sintezei proteinelor sunt prezentate schematic n figura 4.4.6.

Fig. 4.4.6. mecanismul translaiei

4.5.

Controlul sintezei proteinelor

Mecanismele moleculare au un sistem de control care dirijeaz declanarea,


desfurarea respectiv terminarea tuturor proceselor.
Controlul sintezei proteinelor la procariote este un mecanism de feedback studiat de
Jacob, Monod i Lwoff (premiul Nobel 1965).
n cazul eucariotelor, mecanismul este mai complicat, descris prin modele cu
feedback pozitiv. Nu vom intra aici n detalii privind aceste mecanisme de reglare.

14