CONTROLUL EXPRESIEI GENICE

Genetică moleculară 2
2020
Student: Lipan Ioana

Utilizând următoarele link-uri, alegeți o genă implicată în procesul de declanșare / reglare intrinsecă
sau extrinsecă a apoptozei:

Selectați calea
(intrinsecă sau
extrinsecă)

Selectați gena

https://www.cellsignal.com/contents/science-cst-pathways-cell-death/regulation-of-
apoptosis/pathways-apoptosis-regulation

https://www.cusabio.com/statics/images/pathway/Apoptosis-picture.p

Gena aleasă: DFF45

1. Identificați poziția genei în cadrul genomului, structura (lungime, număr de exoni) și funcțiile genei
https://genome-euro.ucsc.edu/index.html

https://www.genecards.org/

Poziția genei: cromozom 13, brațul q, poziția 14.11

Număr exoni: 3.
Lungime: 196,708 perechi de baze.
Funcție: Factorul de transcriere care este ținta principală a semnalizării insulinei și reglează homeostazia
metabolică ca răspuns la stresul oxidativ. Se leagă de elementul de răspuns la insulină (IRE) cu secvența de
consens 5'-TT [G / A] TTTTG-3 'și de elementul de legătură familial Daf-16 (DBE) aferent cu secvența de
consens 5'-TT [G / A] TTTAC -3' . Activitate suprimată de insulină. Principalul regulator al echilibrului redox
și al numărului de osteoblast și controlează masa osoasă. Orchestrează funcția endocrină a scheletului în
reglarea metabolismului glucozei. Acționează sinergic cu ATF4 pentru a suprima activitatea osteocalcinei /
BGLAP, crescând nivelul de glucoză și declanșând intoleranța la glucoză și insensibilitatea la insulină. De
asemenea, suprima activitatea transcripțională a RUNX2, un activator în amonte de osteocalcin / BGLAP.
În hepatocite, promovează gluconeogeneza acționând împreună cu PPARGC1A și CEBPA pentru a activa
expresia genelor precum IGFBP1, G6PC și PCK1. Regulator important al morții celulare care acționează în
aval de CDK1, PKB / AKT1 și STK4 / MST1. Promovează moartea celulelor neuronale. Mediază acțiunea
insulinei asupra țesutului adipos. Reglează expresia genelor adipogene precum PPARG în timpul
diferențierii preadipocitelor și, dimensiunea adipocitelor și expresia genelor specifice țesutului adipos, ca
răspuns la aportul excesiv de calorii. Reglează activitatea transcripțională a GADD45A și repararea ADN-
ului deteriorat de oxidul nitric în celulele beta. Necesar pentru inducerea morții celulelor autofage ca
răspuns la înfometare sau stres oxidativ într-o manieră independentă de transcriere. Mediază funcția MLIP
în hipertrofia cardiomiocitelor și remodelarea cardiacă.
2. Consultați literatura de specialitate (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed) și identificați primeri
care pot fi utilizați pentru cuantificarea expresiei genei prin RT-qPCR, în linii celulare umane normale sau
tumorale.

Yang L, Wang X, Guo H, Zhang W, Wang W and Ma H (2019) Whole Transcriptome Analysis of Obese
Adipose Tissue Suggests u001kfc.1 as a Potential Regulator to Glucose Homeostasis. Front. Genet.
10:1133. doi: 10.3389/fgene.2019.01133

Forward primer: GCAGCCGCCACATTCAACAG

Reverse primer: GCCCCGCGAAGTTAAGTTCT

3. Aliniați primerii identificați la punctul 2 cu secvența de referință

(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/) în MEGA (https://www.megasoftware.net/). Dacă nu se
aliniază corect, identificați alte perechi sau creați noi primeri care sa permită amplificarea unei secvențe
de maxim 200pb din regiunile codificatoarea ale genei de interes
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/)

Yang L, Wang X, Guo H, Zhang W, Wang W and Ma H (2019) Whole Transcriptome Analysis of Obese
Adipose Tissue Suggests u001kfc.1 as a Potential Regulator to Glucose Homeostasis. Front. Genet.
10:1133. doi: 10.3389/fgene.2019.01133

Lungime secvență dintre primeri: 192 pb.

Poziție:
Forward primer: 45-64.
Reverse primer: 237-256.
Exon1: 1-1059.
Exon2: 1060-2411.
Exon3: 1412-5779.
Primerii s-au atașat la exonul 1.

4. Identificați liniile celulare și țesuturile în care se exprimă gena (https://www.proteinatlas.org/)

Ulterior, verificați expresia genei pentru următoarele linii celulare:

myeloma cells L363, RPMI8226, U266

breast carcinoma cells MDA-MB-231, MCF7
normal breast cells MCF12A / hTERT-HME1
melanoma cells A375
normal human dermal fibroblasts NDHF
osteosarcoma cells HOS
normal osteoblasts HOB

Țesuturile în care se exprimă gena sunt: țesutul muscular scheletic, ovare, țesutul adipos, țesutul
mamar, endometru, ficat, ganglionul limfatic, cervix, uter, mușchi neted, apendice, țesutul organului
reproducător feminin, amigdală, plămân, etc.

Liniile celulare în care se exprimă gena sunt: U-698, HSkMC, Daudi, ASC diff, hTCEpi, REH, HUVEC TERT2,
RPTEC TERT1, HDLM-2, HHSteC, TIME, NTERA-2, RH-30, etc.

Gena se exprimă în următoarele linii celulare: RPMI8226, U266/70, U266/84, MCF7.

5. Căutați 1 articol (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/) cu factor de impact mai mare de 3, care să
prezinte expresia genei de la punctul 1 în anumite condiții experimentale (utilizați în căutare cuvintele
plasma, oxidative effect, ROS, reactive oxygen species, apoptosis). Realizați o scurtă prezentare care să
redea scopul experimentului, metodele utilizate, rezultatele obținute și concluzii.

COMPLETAȚI NUMELE, NUMELE GENEI SELECTATE ȘI LINKUL ARTICOLULUL ÎN TABELUL CENTRALIZATOR:

TABEL