Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
flow-citometrică
Grupa 2, Anul 4
Universitatea de Medicină și Farmacie ,,Grigore T. Popa” Iași
Facultatea de Bioinginerie Medicală
Subgrupa 1: Iancu Joshua, Sălăvăstru Oana
Subgrupa 2: Șerban Alexandru, Ureche Cătălina, Ungureanu Mădălina
Subgrupa 3: Cojocariu Mădălina, Bătrînu Clarissa, Pascu Roxana
Subgrupa 4: Ursache Teofil, Popa Diana, Andronic Mădălin
1
I. Introducere
Bioaerosolii sunt particule suspendate în aerul atmosferic, deseori denumite și “praf
organic”. Aceste particule pot fi de origine animală, vegetală (polen), fungi, bacterii și
metaboliții secundari ai acestora, virusuri etc. și pot produce probleme de sănătate în cazul
oamenilor și al animalelor.
Conform studiilor realizate în ultimii ani, există două tipuri de factori care afectează
dispersia și comportamentul bioaerosolilor, prezentate în tabelul 2:
2
Temperatura și umiditatea ridicată a mediului favorizează creștrea microbiană pe
substraturi propice, aceste culturi reprezentând o sursă de bioaerosoli. De asemenea,
curenții de aer, direcția și viteza acestora au o contribuție majoră în concentrarea
particulelor, transportarea și relocarea dintr-un mediu într-altul.
Un alt factor important este activitatea umană dintr-un spațiu. Gesturi normale și
fiziologice precum vorbitul, tusea sau strănutul împing aerul forțat, sub presiune, prin
cavitatea nazală sau bucală. Acest proces are ca rezultat ejecția microbilor din tractul
respirator superior în aer. Strănutul este cel mai efficient mod de împrăștiere a
bioaerosolilor deoarece produce aproximativ un million de astfel de particule, cu diametrul
mai mic de 0.1 μm.
Flowcitometria
Flow-citometria este o tehnică utilizată pentru detectarea, măsurarea caracteristicilor
fizice și chimice ale unei populații de celule sau particule.
În acest proces, un eșantion conținând celule sau particule este suspendat într-un fluid
și injectat în flow-citometru. In mod ideal, cate o singura celulă trece la un moment dat printr-
3
un fascicul laser, unde lumina împrăștiată este caracteristică celulelor și componentelor lor.
Celulele sunt adesea etichetate cu markeri fluorescenti astfel încât lumina este absorbită și apoi
emisă într-o bandă de lungimi de undă. Zeci de mii de celule pot fi examinate rapid, iar datele
colectate sunt procesate de un computer.
Metodele bazate pe impingement funcționează similar cu tehnicile bazate pe impactare,
cu excepția faptului că microorganismele sunt colectate într-un mediu de colectare lichid. În
general, aerul este aspirat printr-un tub îngust pe mediul de colectare, unde debitul de aer
prelevat depinde de diametrul duzei de intrare. Particulele suspendate sufera un impact in
lichidul de colectare cand aerul atinge lichidul.
4
II. Erori
Ce țin de dispersia și comportamentul bioaerosolilor:
Conform studiilor realizate în ultimii ani, există două tipuri de factori care afectează
dispersia și comportamentul bioaerosolilor, prezentate în tabelul 4.
5
III. Schema bloc a sistemului
6
Bloc de procesare și afișare
Microcontroller-ul numără impulsurile primite din etajul anterior și afișează rezultatul
pe un ecran LCD, sub forma: numar bioaerosoli/litri de aer. Dispozitivul mai este prevăzut și
cu o ieșire serială pentru a putea stoca informațiile prin intermediul unui USB.
Sursă
În ceea ce privește alimentarea, am utilizat o sursă de 12V întrucât pompa și detectorul
au nevoie de o asemenea tensiune. Celelalte componente au nevoie de sursă de 5V, pentru a o
obține am utilizat un coborâtor de tensiune.
7
Pompa BioLite+ este o pompa cu vacuum ce are un debit reglabil și o presune maximă
de 850 mbar. Dimensiunea acesteia este de 162*209*303 mm și o greutatede 7.25 de
kilograme. Operează la o temperatură între 0 și 40°C. Aceasta este alimentată la 230V, 1.25A.
Laserul utilizat (figura 4) de tip undă continuă (continuous wave = CW) oferă performanțe
ridicate datorită design-ului său compact (100x40x40mm). Lungimea de undă de 488nm și
emisiile cu un singur mod de până la 500 mW acoperă o gamă largă de aplicații. Modul său de
proiectare de tip standard ajută la integrarea sa ușoară în diverse proiecte. Dispozitivul este
prevăzut cu ieșire de tip USB 2.0 pentru culegerea facilă a datelor. Laserul poate fi utilizat în
diverse aplicații cum ar fi flow-citometrie, microscopie confocală, optogenetică etc.
8
IV.3. Fotosenzorul H7422-50
9
Tabel 6 – Parametrii fotosenzorului H7422-50
10
Figura 8 – Micro pompă 120SP1250-5TV
11
Figura 9 – Simbol schematic al amplificatorului TL-081
12
Parametrii comparatorului de tip fereastră sunt reprezentați în tabelul 9:
13
Parametru Valoare Unitate de măsură
Performanță 20 MIPS (la 20 MHz)
Memorie 32 KB
SRAM 2 KB
EEPROM 1 KB
Număr pini 28-32 -
Frecvență maximă 20 MHz
Număr maxim pini I/O 23 -
14
Are un potențiometru pentru modificarea contrastului, avantajul principal fiind
consumul scăzut de curent (1,5 mA pentru afișare și 20 mA pentru lumina de fundal) față de
un afișaj pe leduri per segment. Este ușor de programat, nu are limitări la afișarea caracterelor
speciale. Fiecare caracter este afișat pe o matrice de 5x7 pixeli. Acest LCD funcţionează cu
ajutorul a două registre: Command şi Data.
Registrul Command înregistrează comenzile ce sunt trimise LCD-ului. Comenzile ce
pot fi date sunt taskuri predefinite ce pot fi de iniţializare, ștergere, setarea poziţiei
cursorului ş.a.m.d. Registrul Data înregistrează datele ce vor fi afişate. Datele sunt
înregistrate în cod ASCII.
15
IV.9. Sursa LJ-D120120C
Sursa de alimentare utilizată pentru acest proiect oferă 12V și 10A și este potrivită
pentru orice dispozitiv ce necesită o alimentare stabilă. Este prevăzută cu protecție pentru un
eventual scurt circuit sau o supratensiune. De asemenea, poate caracterizată printr-un zgomot
redus la ieșire. Sursa este utilizată pentru a alimenta blocul de captare al bioaerosolilor, flow-
citometrul, blocul de amplificare, blocul de procesare și blocul de afișare.
16
V. Schema electrică a blocului de amplificare și comparare
Formule pentru calculul tensiunii de ieșire din amplificator:
I= U/R => 0,1 uA= U/ 150 k => 0.000001 = U/150000 => U= 0,15 V
VOffset= 0,5 V
Vp= 0 = Vn
IIN= IR2 => (Vn- VoutTL081) / R2= IR2 => VoutTL081= R2 * IIN
17
Figura 14 – Schema electrică a etajului de amplificare și comparare
Explicații:
Curentul generat de senzor este debitat pe rezistența R3.
Aplicând legea lui Ohm, măsurăm tensiunea de la bornele rezistenței R3.
Amplificatorul TL081 amplifică tensiunea de pe rezistorul R3 de 10 ori. Comparăm
tensiunea de ieșire de la amplificatprul TL081 cu o tensiune prag de 2,56V.
Când nu există particule comparatorul generează o tensiune logică de 5 V iar noi avem
nevoie să genereze 0 V. De aceea folosim tranzistorul BC547, care neagă semnalul
logic.
Pentru a putea număra particulele, conectăm ieșirea de la tranzistor în pinul 2 de la
microcontroler, care generează întreruperi de sistem. Pentru a facilita execuția fără
întreruperi a instrucțiunilor utilizăm librărirea simple timer, care lucrează cu ajutorul
întreruperilor software.
Pentru a porni numărătoarea trebuie să apăsăm pe butonul de pornire. După apăsarea
butonului va porni dioda laser și se va genera un semnal de 2 Hz cu un factor de umplere
de 50 % pentru pompa de lichid. În același timp se pornește un cronometru care așteaptă
100 de minute, iar după expirarea timpului se va opri laserul și generatorul de semnal
pentru pompa de lichi. Se va afișa pe ecran numărul de particule. Pentru a permite
conectivitatea la alte dispozitive se va transmite prin interfața serială rezultatul
măsurării.
Pentru a putea capta semnalul cât mai corect, introducel tot blocul de amplificare și
comparare într-o cutie metalică.
Ordinea contactelor din conector este: masa -> semnal ->alimentare.
18
Figura 15 – Semnalul depășește pragul setat
19
Figura 18 – Când particula blochează fascicolul laser
20
Explicații:
21
VI.1.Cod Arduino:
1. #include <SimpleTimer.h>
2. #include <LiquidCrystal.h>
3.
4. LiquidCrystal lcd(12, 11, 5, 4, 3, 9);
5.
6. unsigned long long int nr_particule; // Variabila nr_particule memoreaza valori cuprinse
intre 0 si 18,446,744,073,709,551,615, deoarece sunt foarte multe particule
7. bool start_masurare = 0;
8. String rezultat = "";
9.
10. bool semnal_2hz_pompa = HIGH;
11. int pasi_pompa = 0;;
12. bool pompa_pornita = false;
13.
14. SimpleTimer timp_masurare;
15. SimpleTimer generare_4hz;
16.
17. void setup()
18. {
19. Serial.begin(115200);
20. lcd.begin(16, 2);
21. attachInterrupt(2, onPulse, FALLING); // Atasam intrerupere pentru microntroller de la
etajul de amplificare si comparare
22. nr_particule = 0;
23. timp_masurare.setTimeout(6000000, functie_masurare); // Generam un impuls de 2 hz
24. generare_4hz.setInterval(250, activare_dezactivare_pompa); // Masuram timp de 100 minute
25. }
26.
27. void loop()
28. {
29. if(digitalRead(A0) && start_masurare == 0)
30. {
31. analogWrite(8, 255); // Pornim dioda laser
32. generare_4hz.run(); // Pornim pompa de lichid
33. timp_masurare.run(); // Asteptam 100 minute si dupa oprim laserul si pompa si afisam
34. start_masurare = 1;
35. pompa_pornita = true;
36. lcd.clear();
37. lcd.setCursor(0, 0);
38. lcd.print("Contorizez nr.");
39. lcd.setCursor(0, 1);
40. lcd.print(" particule");
41. }
42. }
43.
44. void functie_masurare()
45. {
46. Serial.print("Numar particule: ");
47. lcd.setCursor(0, 0);
48. lcd.print("Numar particule");
49. unsigned int first_half, last_half;
50. first_half = nr_particule % 1000000000;
51. nr_particule = nr_particule / 1000000000;
52. last_half = nr_particule % 1000000000;
53. nr_particule = 0;
54. lcd.setCursor(0, 1);
55. lcd.print(last_half);
56. lcd.setCursor(10, 0);
57. lcd.print(first_half);
58. Serial.print(last_half);
59. Serial.println(first_half);
22
60. analogWrite(8, 0); // Oprim dioda laser
61. pompa_pornita = false;
62. start_masurare = 0;
63. }
64.
65. void activare_dezactivare_pompa()
66. {
67. if(pompa_pornita){
68. if(pasi_pompa == 0)
69. digitalWrite(7, HIGH);
70. else
71. digitalWrite(7, LOW);
72. pasi_pompa++;
73. }
74. }
75.
76. void onPulse()
77. {
78. nr_particule++;
79. }
Explicații:
La alimentarea microcontroller-ului se va inițializa comunicarea serială, dacă există,
inițializăm afișajul împreună cu rezoluția pe care o dorim (vom folosi 16 linii și 2 coloane,
adică rezoluția maximă), inițializăm intreruperea fizică pe pinul 2 al microcontroller-ului și
inițializăm intreruperile software cu care dorim să lucrăm.
Pentru a putea utiliza afișajul inițializăm pinii de comunicare cu microcontroller-ul:
- Pinul DB7 al ecranului --> pinul D9 al microcontroller-ului
- Pinul DB6 al ecranului --> pinul D3 al microcontroller-ului
- Pinul DB5 al ecranului --> pinul D4 al microcontroller-ului
- Pinul DB4 al ecranului --> pinul D5 al microcontroller-ului
- Pinul E (enable) al ecranului --> pinul D11 al microcontroller-ului
- Pinul RS (reset) al ecranului --> pinul D12 al microcontroller-ului
Microcontroller-ul va aștepta apăsarea butonului de începere a cronometrării măsurătorii,
iar după ce se apasă butonul, se va executa următorul set de instrucțiuni:
- se va genera semnal de amplitudine maximă pe pinul 8, pin in care este conectat
tranzistorul care închide circuitul de alimentare a diodei laser;
- se va porni generarea de semnal cu o frecvență de 2 Hz și un factor de umplere de 50%
pentru pompa de lichid. În funcția care generează semnal, se va trimite semnal logic de
5V pe pinul digital 7 al microcontroollerului, pin în care se atașează un tranzistor de
comandă a releului cu structură solidă, capabil să comute sarcini de curent mare;
- Se va porni contorul de 100 de minute pentru măsurare;
- Se va activa pompa de lichid;
- Se va afișa pe LCD mesajul „Contorizez nr. particule”.
După ce va expira timpul de cronometrare, se vor executa următoarele instrucțiuni:
23
- Se va afișa pe ecran mesajul: „Număr particule” pe primul rând și pe al doilea rând se
va afișa numărul de particule;
- Se va trimite pe conexiunea serială mesajul: ”Număr particule”, urmat de numărul de
particule;
- Se va opri pompa de lichid și se va aștepta următoarea apăsare de buton pentru a face o
nouă măsurătoare.
Pentru a număra particulele, am creat o variabilă care are o dimensiune de 8 biți,
dimensiune suficient de mare pentru a putea memora un număr mare de particule. Vom
incrementa variabila de fiecare dată când se va schimba semnalul logic de pe pinul 2 din valoare
adevărată în valoare falsă.
Datorită dimensiunii mari a variabilei de contorizare, am scindat-o în două variabile de
dimensiune mai mică, 4 biți, pentru a fi compatibilă cu protocolul de transmitere serială a
compilatorului și a librăriilor din programului de dezvoltare arduino.
VII. Bibliografie:
1.https://www.skcinc.com/catalog/index.php?cPath=100000000_102000000_102000150
2.https://www.skcinc.com/catalog/product_info.php?products_id=547
3.K.Willwkw, X.Lin, S.A.Grinshpun, „Improved Aerosol Collection by Combined
Impaction and Centrifugal Motion”, Aerosol Science and Technology, Vol 28, Issue 5, 1998,
pag. 439-456
4.Gerrit J. van den Engh & Willem Stokdijk, Paralel pulse processing and data aquisition
for high speed, low error flow cytometry, US Patents, 1992
5.Mario Roederer, Spectral Compensation for Flow Cytometry: Visualization Artifacts,
Limitations, and Caveats, August 2001
6. https://www.omicron-laser.de/english/lasers/diode-lasers/luxx-lasers/luxx-diode-
lasers.html
7. https://www.hamamatsu.com/eu/en/product/type/H7422-50/index.html
8. https://biochemfluidics.com/pdf/micro-pump-brochure.pdf
9. https://www.ti.com/product/TL081
10. http://www.ti.com/lit/ds/symlink/lm393-n.pdf?ts=1590660642612
24