Peptide i proteine

Peptide 2 - 10 -aminoacizi; Polipeptide 10 - 50 -aminoacizi n molecul, Proteine = polipeptidele 102 - 104 -aminoacizi n molecul. Proteide sau proteine conjugate combinaiile organice dintre o protein i o component neproteic, denumit grup prostetic.
R R H H H2N CH C N CH C N CH COOH O aminoacid N-terminal O n aminoacid C-terminal R

Nomenclatura: Peptide inferioare - prefix format din numele radicalilor celorlali aminoacizi constitueni, ncepnd cu aminoacidul N-terminal + denumirea aminoacidului C-terminal. Peptide i polipeptide - scrierea prescurtat convenional n cazul fiecrui aminoacid constituent. Polipeptidele i proteinele cu funciuni biologice importante au denumiri consacrate sau empirice. Exemple:
+ H3N-CH-CO-NH-CH2-COO CH3 + H3N-CH-CO-NH-CH-COOH CH2-COO CH2-C6H5 + H3N-CH2-CO-NH-CH-CO-NH-CH2-COO CH3

alanil-glicin sau Ala-Gli

aspartil-fenilalanin sau Asp-Fen

glicil-alanil-glicin sau Gli-Ala-Gli

CH3 + H3N-CH2-CO-NH-CH-CO-NH-CH-CO-NH-CH-COO CH3 CH2-CH(CH3)2

glicil-alanil-leucil-alanin sau Gli-Ala-Leu-Ala

A. Structur
Peptidele sunt formate din aminoacizi naturali legai ntre ei prin legturi amidice sau peptidice. Proteinele sunt formate din catene polipeptidice cu dimensiuni foarte mari, a cror structur se complic prin diversele aspecte conformaionale determinate de catenele macromoleculare. n ordinea complexitii, structura unei peptide, proteine poate fi clasificat i studiat n patru etape:

1. Structura primar - natura i succesiunea aminoacizilor n catena polipeptidic. Grupa

amidic, numit i legtur peptidic, ce st la baza formrii lanului sau catenei de aminoacizi din structura primar a unei peptide, prezint o conjugare p- care determin o configuraie planar a celor trei atomi constitueni ai legturii amidice i este reprezentat prin structurile limit bipolare.
O C N O C N

O R H H 1,19 1,47 N C C N C 1,32 C N C 122 C 1,53 N 117 121 1,01 R H H R H O H

110 123

Atomii de carbon chirali din poziia fa de grupa amidic a fiecrui aminoacid natural n parte adopt o configuraie tetraedric, astfel nct atomul de hidrogen i substituentul R sunt orientai spaial de-o parte i de alta a planului determinat de catena polipeptidic (numit i caten poliamidic). Conformaia unui astfel de lan peptidic i unghiurile, respectiv lungimile de legtur sunt prezentate n figura de mai sus.

2. Structura secundar - posibilitatea formrii legturilor de hidrogen intramoleculare, ntre

cele dou poriuni ale aceleiai catene, sau intermoleculare, ntre catene diferite.

N H

O C

Prin studii de raze X s-a demonstrat c macromoleculele polipeptidice nu au forme extinse, ci adopt forme ncreite (plisate) sau spiralate sub form de elice (-helix, figura 1c). Keratina, proteina fibroas din firul de pr, adopt n stare normal o conformaie ncreit (-keratina), diferit de cea al -keratinei din firul de pr umezit i ntins. n structura -keratinei (figura 1a i 1b) catenele polipeptidice sunt orientate paralel n acelai sens, sunt puin ncreite i sunt unite prin legturi de hidrogen. Figura 1. Structura secundar a -keratinei
HR N H O C RH O C RH HR N H C O H N HR C O H N RH N H O C RH RH O C O C HR N H HR N H C O C O H N RH H N RH

a) Straturi paralele

b) Straturi ncreite sau pliate

c) Elice n proteine

Macromolecula polipeptidic din structura -keratinei este ncolcit n form de spiral sau elice (cu pasul spre dreapta, asemntor cu filetul unui urub spre dreapta). Grupele R, alchil, arilalchil sau cu structur heterociclic, ale aminoacizilor naturali cu configuraie L, ies alternativ din planul ondulat al catenei polipeptidice, de o parte i de alta a acestuia.

n elicea prezentat n figura 2a, datorit configuraiei a aminoacizilor constitueni, radicalii R sunt orientai spre exteriorul elicei (figura 2, reprezentarea c n care elicea este privit de la un capt, de-a lungul axei longitudinale), iar grupele plane amidice, sau peptidice, sunt dispuse astfel nct s permit formarea de legturi de hidrogen ntre spiralele elicei (reprezentarea b), ceea ce i confer stabilitate. Elicea poate fi comparat cu o scar n spiral n care fiecare treapt corespunde unui rest de aminoacid. nlimea unei trepte de aminoacid este de 1,5, iar distana dintre spire este de 5,4. O astfel de spiral elicoidal conine aproximativ 3,6 aminoacizi pe spir (figura 2, reprezentarea b).

Figura 2

3. Structura teriar - posibilitatea stabilirii unor legturi slabe ntre resturile R cu structuri alchil,
arilalchil sau heterociclice, cu diverse funciuni grefate pe acestea. Aceste legturi provoac torsionri sau ncolciri ale catenei polipetidice meninute relativ rigid dup o anumit ordine. Conformaia tridrimensional a macromoleculelor proteice se formeaz de obicei prin intermediul cuplrii mai multor lanuri polipeptidice scurte ntre ele, cuplare care duce la formarea fibrelor proteice. Legturile intercatenare ntre lanurile proteice pot fi principale sau secundare. In funcie de natura lor chimic, legturile care contribuie la structura teriar a proteinelor pot fi: legturi van der Waals ntre radicalii alchil sau arilalchil; legturi de hidrogen ntre grupel carboxil ale aminoacizilor dicarboxilici i grupe hidroxil libere; legturi covalente prin punte de sulf (-S-S-) formate prin unirea oxidativ a dou grupe tiolice (-S-H) din cistein; legturi fosfodiesterice ce se formeaz de regul ntre dou resturi de serin i acid fosforic; legturi covalente eterice ce se pot forma ntre dou resturi de aminoacizi cu grupe hidroxilice; legturi ionice sau electrovalente sau prin atracii electrostatice ntre grupele amoniu i carboxilat din aminoacizi dibazici i dicarboxilici.

legturi legturi de hidrogen legturi ionice legturi covalente van der Waals intercatenare prin punte de sulf fosfodiesterice eterice 4. Structura cuaternar - conformaiile rezultate prin asocierea mai multor structuri teriare formate din elice diferite, uneori asociate i cu alte molecule de natur neproteic. Acestea conduc la agregate complexe ce includ i grupele prostetice, molecule diferite structural de proteine.

B. Metode analitice pentru stabilirea structurii primare a unei peptide, polipeptide sau proteine Etapa I: determinarea calitativ i cantitativ a aminoacizilor constitueni; Etapa II: determinarea ordinei succesiunii a celor aproximativ douzeci aminoacizi naturali.
Etapa I: Determinarea tipului sau naturii aminoacizilor constitueni ai unei polipeptide sau proteine se poate realiza prin hidroliza total a acesteia: n mediu acid la cald (100-120C; ) cu o sol. HCl 6N, timp de 24 de ore, se obine amestecul aminoacizilor componeni sub form de clorhidrai; n mediu bazic la cald (100C) cu o sol. de NaOH 2N, timp de 2 ore. (dezavantaj - racemizarea i degradarea unor aminoacizi (arginina, cisteina, serina i triptofanul).
+ H3N CH CO NH CH CO NH CH COO n R R R
-

HCl 6N

+ (n+2) Cl- H3N

CH COOH R

Pentru identificarea calitativ i cantitativ a aminoacizilor se utilizeaz metode analitice cromatografice combinate cu metode spectrofotometrice.
Cromatografia n strat subire (CSS; TLC - thin layer chromatography) sau cromatografia pe hrtie. Cromatografia pe schimbtori de ioni de tipul polistiren-sulfonailor are ca principiu reacia dintre aminoacidul sub form amfionic i grupele sulfonice de pe suprafaa rinii. + + Polistiren-SO 3H + H3N-R-COO Polistiren-SO 3 + H3N-R- COOH Aminoacizii sunt reinui mai slab sau mai puternic n funcie de bazicitatea lor relativ, iar eluarea lor se face cu soluii tampon cu pH crescnd progresiv. Eluatul este tratat cu ninhidrin care la nclzire d o coloraie intens (max = 570 nm). Fiecare aminoacid astfel separat prin eluare cu o anumit cantitate de solvent, va fi comparat cu un etalon i apoi dozat spectrofotometric prin determinarea intensitii culorii.

Etapa II: Determinarea ordinei de succesiune a aminoacizilor din catena polipeptidic poate fi realizat prin metode chimice i/sau biochimice. Astfel s-au stabilit structurile unor peptide naturale cu aciune fiziologic hormonal ca: oxitocina (9 aminoacizi), vasopresina (7 aminoacizi), insulina (51 aminoacizi) i a enzimei proteinice ribonucleaza (124 aminoacizi). Metoda grupelor marginale - tratarea peptidei cu un reactiv specific grupei amino cu care aminoacidul N-terminal formeaz o combinaie stabil. Dup reaciile de hidroliza selectiv a primului rest de aminoacid se identific aminoacidul N-terminal astfel substituit la grupa amino, restul catenei polipeptidice nu este hidrolizat i apoi operaia se repet. n mod analog se poate proceda i n cazul aminoacizilor C-terminali. Se pot astfel scinda treptat i identifica succesiv aminoacizii componeni n ordinea n care se afl ei n catena polipeptidic. Identificarea aminoacizilor N-terminali prin metoda Sanger
NO2 O2N NO2 H K2CO3 H F + H O2N N CH C N CH C 2N CH C N CH C H R O R O R' O R' O dinitrofluorobenzen polipeptida polipeptida marcata (DNFB) NO2 + + ~ H3O O2N N CH COOH + H3N CH C H R R' O aminoacid N-terminal polipeptida cu un aminoacid mai putin

Metoda Erdmann

C6H5 N C

+ H ~H S + H2N CH C N CH C R O R' O fenilizotiocianat polipeptida H5C6 S N C + H2N CH C N H O C R' O

H H C6H5 N C N CH C N CH C H S R O R' O derivat de feniltiouree

R N-fenilhidantoina

polipeptida cu un aminoacid mai putin

Identificarea aminoacidului C-terminal prin metod chimic (procedeu mai puin eficace) esterificarea grupei carboxil cu metanol, urmat de reducerea selectiv a acesteia la alcool cu borohidrur de litiu (LiBH4 nu reduce grupele carboxil i amidice). Dup hidroliz se identific cromatografic aminoalcoolul scindat de restul catenei polipeptidice.
R COOH R COOCH3 R CH2OH

Hidroliza enzimatic a polipeptidelor i proteinelor este realizat de enzime specifice, denumite peptidaze. Endopeptizazele hidrolizeaz numai legturile peptidice din interiorul catenei polipeptidice; pentru scindarea proteinelor mari n fragmente polipeptidice mai mici. Specificitatea peptidazelor - scindarea legturii amidice din vecintatea unui anumit aminoacid. Pepsina (aflat n sucul gastric) i chimotripsina (aflat n sucul pancreatic) hidrolizeaz legturi peptidice din vecintatea grupei aminice, respectiv carboxil a unui rest de fenilalanin sau de tirosin. Tripsina hidrolizeaz legturi peptidice din vecintatea grupei carboxil a unui rest de lisin sau arginin.
+

H3N

R C NH R C NH R C NH R C NH R C NH R COO O O O endopeptidaze O n O exopeptidaze (carboxipeptidaze)

exopeptidaze (aminopeptidaze)

Exopeptidazele hidrolizeaz legturile de la marginea catenei polipeptidelor. Acestea prezint o specificitate absolut, astfel nct carboxipeptidazele hidrolizeaz legturi de la marginea carboxilic a cetenei scindnd aminoacidul C-terminal, pe cnd aminopeptidazele scindeaz aminoacidului N-terminal al catenei polipeptidice. i aceste exopeptidaze prezint specificitate pentru legturi vecine unor anumii aminoacizi n cadrul polipeptidelor naturale, nefiind eficace la hidroliza peptidelor sintetice, de exemplu di- i tripeptide. Acestea sunt hidrolizate de alte enzime specifice, numite dipeptidaze, respectiv tripeptidaze.

C. Metode de sintez a peptidelor

Metode pentru obinerea unei peptide: purificarea din esuturi; inginerie genetic; sinteza chimic direct. Izolarea din surse naturale - proces dificil cu multiple dezavantaje: concentraii foarte mici (10-12 - 10-15 mol/mg esut proaspt); localizarea celulelor prin tehnici imunohistochimice; pericolul ridicat de contaminare a esuturilor utilizate pentru izolarea peptidelor i proteinelor terapeutice cu diferii virui patogeni (factorul VIII utilizat la tratamentul hemofiliei a fost contaminat cu virusul HIV; hormonul de cretere izolat din hipofiza uman infectat cu maladia Creutzfeld-Jacob); incompatibilitatea imunologica a preparatelor medicamentoase astfel obinute. Din acest motiv multe peptide i proteine cu roluri terapeutice se obin prin tehnici de recombinare. Ingineria genetic - indicat pentru obinerea de proteine endofarmaceutice utilizate n terapia bolilor cardiovasculare, tumorilor, bolilor autoimune i infeciilor. Sinteza chimic direct (Theodor Curtis i Emil Fisher) - o variant atractiv de obinere a peptidelor. Obinerea unor compui identici cu cei naturali - implic att meninerea activitii optice a aminoacizilor ce formeaz lanuri cu lungimi predeterminate ct i a secvenei lanurilor de aminoacizi. In principiu, sinteza unei peptide pare a fi un proces chimic simplu ce const n acilarea grupei amino dintr-un aminoacid cu grupa carboxil a unui alt aminoacid i eliminarea unei molecule de ap. La dipeptida astfel obinut se condenseaz un al treilea aminoacid formndu-se tripeptida, i apoi, prin operaii similare se construiete peptida cu numrul i n succesiunea dorit de fragmente de aminoacizi. Cele dou grupe funcionale amino i carboxil reactive ale fiecrui aminoacid pot reaciona liber cu grupele echivalente din cellat aminoacid utilizat la etapa de condensare, producnd reacii secundare nedorite. In plus, n fiecare etap de sintez este important meinerea chiralitii aminoacizilor constitueni.

Racemizarea centrilor activi ai aminoacizilor este determinat doi factori: prezena unei baze tari prevenit prin utilizarea aminelor teriare.

formarea azlactonelor a fost observat n etapa de activare a funciunii carboxil din aminoacizi cu
grupe de tip N-acil (acetil, benzoil, peptidil) care favorizeaz racemizarea atomului de carbon chiral printr-o reacie de tautomerie la intermediarul oxazolonic al azlactonei.

Grupele amino-protectoare alcoxicarbonil, cu caracter slab nucleofug, (benziloxicarbonil i terbutoxicarbonil) nu formeaz azlactone. De asemenea racemizarea nu apare n etapa de activare a grupei carboxil cu azide. Condiiile de reacie care inhib formarea azlactonelor i minimalizeaz racemizarea sunt: utilizarea solvenilor nepolari, a unor cantiti minime de baze i temperaturi sczute. Protejarea intermediar selectiv (temporar sau tranzitiv) i protejare semipermanent a grupelor funcionale suplimentare prezente n structura catenei laterale a unor aminoacizi ca serina, treonina, tirozina, acidul aspartic, acidul glutamic, lizina, arginina, histidina i cisteina. Grupele protectoare semipermanente sunt ndeprtate doar dup sinteza peptidei i doar ocazional ntr-o etap intermediar.

Etapele necesare obinerii unei noi legturi amidice n cadrul sintezei unei peptide sunt:
1. Blocarea grupei amino din aminoacid (sau peptid) cu un agent de acilare (Cbz (benziloxicarbonil), Boc (ter-butoxicarbonil), Ddz (,-Dimetil-3,5-dimetoxibenziloxicarbonil) sau Fmoc (fluorenil-9metiloxicarbonil), notate cu litera Z) n urma creia se obine componenta carboxil liber din aminoacid, disponibil pentru o reacie de cuplare cu o grup amino liber dintr-un alt aminoacid.
Z + H3N CH COO R Z NH CH COOH R

2. Activarea componentei carboxil (prin transformare n clorur acid sau prin tratare cu diciclohexilcarbodiimid (DCC) sau carbonildiimidazol, notat cu litera X).
Z NH CH COOH R Z NH CH C X R O

3. Condensarea aminoacidului (sau peptidei) N-protejat(e) i activat la grupa carboxil cu un alt aminoacid cu grupa amino liber. Aceast etap are loc n solveni organici, n prezena unui mic exces bazic.
Z NH CH C R O X + H3N CH COO R' Z NH CH C NH CH COOH R O R'

4. Repetarea etapelor 2 i 3 de reacie pn la constituire integral a lanului de fragmente de aminoacizi i n succesiunea dorit a acestora. 5. Eliberarea catenei peptidice de agentul de blocare Z a grupei amino N-protejate i ndeprtarea selectiv sau total a grupelor protectoare amino i carboxil din catena lateral, cu formarea peptidei libere.
Z NH CH C NH CH COOH R O R' Z + H3N CH C NH CH COO R O R'

Etapele necesare obinerii unei noi legturi amidice n cadrul sintezei unei peptide prin metoda de sintez bazat pe blocarea sau protejarea iniial a grupei carboxil din aminoacidul C-terminal: 1. Blocarea sau protejarea grupei carboxil prin esterificare (notat cu litera Y).
Y + H3N CH COO R H2N CH COO Y R

2. Cuplarea (condensarea) aminoacidului C-blocat cu un alt aminoacid N-protejat n prezena unui agent de cuplare de tipul diciclohexilcarbodiimidei (DCC) sau carbonildiimidazolului.
Z NH CH COOH + H2N CH COO Y R R' agent de cuplare Z NH CH C NH CH COO Y R O R'

3. Deblocarea grupei amino terminale N-protejate.

Z NH CH C NH CH COO Y R O R' Z + H2N CH C NH CH COO Y R O R'

4. Repetarea etapelor 2 i 3 de reacie pn la obinerea peptidei dorite.

5. Deblocarea grupelor carboxil i amino terminale din catena di- sau polipeptidei sintetizate.
Z NH CH C NH CH COO Y R O R' H3N CH C NH CH COO + Z + Y R O R'

Avantaje ale sintezei chimice: importan n cazul peptidelor ce se gsesc n natur doar n cantiti foarte mici
(de ordinul nanogramelor, 10-9 g); permite obinerea unor peptide cu puritate mai ridicat (corticotropina, secretina, glucagonul) dect n cazul izolrii sale din surse naturale ; Sinteza chimic permite obinerea peptidelor de dimensiuni mici (aspartamul, +5000 tone/an), peptide de dimensiuni medii i resturi de aminoacizi marcai cu 13C i 15N, utilizai pentru determinri structurale prin spectrometrie de RMN Dezavantajul este dat n principal de timpul lung de reacie (sinteza chimic a structurii complete a insulinei (1960) a durat doi ani). Strategia de obinere a unei anumite peptide trebuie aleas cu atenie i depinde de un numr de factori, incluznd lungimea i secvena peptidei precum i scara la care se realizeaz sinteza (micro, semimicro, industrial).

Metode consacrate de sintez chimic a peptidelor i polipeptidelor: sinteza n soluie i n faz solid. Sinteza n soluie necesit izolarea, controlul i caracterizarea intermediarilor formai pentru fiecare etap a sintezei de peptide cu aciune farmacologic. - oxitocina (9 aminoacizi; Vincent Du Vigneaud, 1953; premiul Nobel n chimie 1955) - ribonucleaza n forma cristalin (124 aminoacizi; H.Yajima i N.Fuji, 1981) Metoda se poate aplica n dou moduri: a) Sinteza n trepte - eficient la sinteza unor peptide mici sau medii: oxitocinei (9 aminoacizi), gastrina (17) i secretina (27). Dezavantaje - cu creterea masei moleculare a lanului peptidic, concentraia molar a componentei amino scade, ceea ce necesit un timp de cuplare mai lung i implicit o vitez de reacie mult sczut. Solubilitatea polipeptidei protejate scade sensibil n solvenii folosii uzual n sintezele de peptide (diclormetan, dioxan, tetrahidrofuran sau dimetilformamid). b) Sinteza prin condensare de fragmente - o strategie alternativ, n care sunt sintetizate, n paralel, fragmente ale secvenei dorite (ntre 10 i 15 resturi de aminoacid). Peptidele omogene ce conin mai mult de 100 de resturi de aminoacizi se pot obine doar prin purificarea riguroas a unor peptide protejate de dimensiuni mai mici. Dezavantaje - munc extrem de laborioas i cunotine avansate n vederea alegerii strategiilor de protejare, a metodelor de cuplare, asamblarea final a fragmentelor de peptide necesit o ndemnare practic deosebit; randamente mici pentru etapele de cuplare a fragmentelor mari, datorit solubilitii reduse a peptidelor de dimensiuni mari. De exemplu, randamentului total la realizarea unui lan de 100 aminoacizi (dac randamentele etapelor ar fi toate egale cu 90%, atunci randamentul total este de doar 0,002656%! (total = 100 x 100%). Avantaje - puritatea ridicat a produsului final, ns aceasta depinde de purificarea intermediarilor de reacie. Condensarea pe fragmente este util pentru sinteza peptidelor de toate mrimile, iar optimizarea poate conduce la metode de producie economice n care se poate realiza controlul riguros al calitii intermediarilor.

Sinteza n faz solid (1963 Robert Bruce Merrifield, premiul Nobel n chimie 1984)
Metoda elimin dezavantajele legate de separarea i purificarea peptidelor intermediare pe parcursul sintezei prin metoda chimic clasic de sintez n soluie i minimalizeaz formarea de produi secundari. Sinteza se bazeaz pe blocarea iniial a grupei carboxil din aminoacidul C-terminal din peptid prin legarea acestuia de un suport solid (rin) - polimer insolubil de tip polistiren clorometilat, introdus ntr-o coloan similar cu cea cromatografic.
CH2 CH CH2 CH CH2 CH Cl-CH2-O-CH2-Cl sau Cl-CH2-O-CH3 cat. SnCl4 - H2O sau -CH3OH CH2 CH CH2 CH CH2 CH

n Polistiren

n CH2 Cl CH2 Cl Polistiren clorometilat

Etapele sintezei n faz solid Legarea grupei carboxil a primului aminoacid de suportul polimeric printr-o legtur de tip covalent. Tratarea polimerului clorometilat cu o soluie a srii de sodiu a aminoacidului care astfel se fixeaz pe polimerul solid sub form de ester benzilic. Att grupa amino ct i grupele funcionale din catenele laterale ale aminoacidului legat de polimer sunt protejate, pentru a preveni eventualele reacii nedorite. Grupa amino poate fi protejat cu grupe acil cum ar fi: Boc (ter-butoxicarbonil) sau Fmoc (fluorenil-9metiloxicarbonil). Deprotejarea se face n primul caz prin splarea polimerului cu diclorometan ce conine cantiti catalitice de acid trifluoroacetic, iar n cel de-al doilea cu o soluie slab bazic de piperidin, 1,8-diazabiciclo[5.4.0]undec-7-en (DBU), 2-aminoetanol, morfolin sau amoniac lichid. Procedeul implic deprotejarea repetat a grupei amino terminale, urmat de condensarea cu un aminoacid N-protejat n prezena diciclohehilcarbodiimidei (DCC), ca agent de cuplare, pn cnd se obine peptida dorit. La finalul fiecrei etape, reactivii i coproduii se ndeprteaz prin splri repetate ale polimer-peptidei blocate cu solveni adecvai.

Dup asamblarea peptidei protejate, toate catenele laterale sunt deprotejate, iar peptida este eliberat n soluie de pe polimer prin splarea acestuia cu acid fluorhidric anhidru (nu scindeaz legturile peptidice). Etapele de deprotejare-cuplare au un caracterul repetitiv, grupa aminoprotectoare este ndeprtat i are loc formarea legturii peptidice. Randamentele sunt aproape cantitative n etapa de legare a aminoacizilor. Stabilitatea legturii amidice din peptid reduce n mod semnificativ numrul i importana reaciilor secundare.

 O strategie invers, n care grupa amino s fie legat de rin, este foarte rar utilizat, datorit nivelului ridicat al racemizrii n etapa de protejare-deprotejare a grupei carboxil . Condiii pentru realizarea sintezei pe suport: - lanul peptidic n cretere trebuie s fie bine legat de un compus insolubil i uor filtrabil, astfel c toate operaiile de purificare s se limiteze la splarea reactivilor n exces i a produilor secundari solubili, fr s existe pierderi ale produsului sintetizat; - utilizarea rinilor pe suport de polistiren (Merrifield) i suporturi noi de poliamid; - randamentul fiecrei etape a sintezei trebuie s fie cantitativ pentru a se putea obine un produs finit unitar, neputndu-se realiza purificri suplimentare ale lanului peptidic legat de polimer. - activarea grupei carboxil a aminoacidului: in situ (metoda cu carbodiimide), cu anhidride simetrice i formarea esterilor activi a clorurilor sau fluorurilor aminoacizilor. - Automatizarea metodei a condus la mbuntirea timpului de reacie i a reproductibilitii: sinteza unei proteine formate din 100 de resturi de a.a. cu randamente bune n doar cteva zile (vs. 5 secunde pentru o sintetizat biochimic). Dezavantajele metodei de sintez n faz solid sunt: - Produsul final legat pe suport polimeric este omogen doar dac toate etapele de protejare i cuplare au loc cantitativ; - Pentru conversia complet n etapa de cuplare este necesar un exces mare de aminoacid; - Riscul de apariie a reaciilor secundare nedorite n timpul activrii, cuplrii i deprotejrii; - Monitorizarea fiecrei etap de reacie i analiza conversiei complete este dificil; - Metoda de sintez este influenat de difuziunea reactivilor i expandarea rinii polimerice; - Sinteza poate fi complicat de fenomenul de agregare la nivelul lanul peptidic; Scindarea peptidei de pe suportul polimeric n condiii energice poate afecta produsul final; Randamentul sintezei depinde de eficiena fiecrui ciclu chimic n parte. Astfel, o reacie incomplet din cadrul unei etape a sintezei, conduce la apariia unor impuriti (formarea de peptide scurte) n etapa urmtoare, afectnd att puritatea final a peptidei, ct i randamentul global al procesului. Cu toate dezavantajele ei, prin metoda de sintez n faz solid se pot sintetiza la ora actual unele oligopeptide naturale, de origine nonbacterian, cu diferite lungimi ale lanului peptidic.

Sinteze n faz lichid - combin avantajele sintezei n faz solid cu cele ale sintezei n soluie. - carbonul C-terminal al aminoacidului din secven este legat printr-o legtur covalent de un polimer solubil (polietilenglicol, PEG). - datorit solubilitii suportului polimeric, sinteza are loc prin adiii n trepte a derivaiilor de aminoacizi n soluii omogene Dezavantaje: - posibilitatea apariiei unor probleme de solubilitate n soluie atunci cnd lanul mrit al peptid formeaz structuri secundare, ceea ce conduce la aglomerri; - purificarea intermediarului poate fi afectat de precipitarea peptidelor legate de polimer i de splarea reactivilor n exces.

Semisinteze - modificarea selectiv a secvenelor de aminoacizi din peptide i polipeptide naturale cu recombinarea acestora pentru producerea de analogi de peptide sau proteine care nu se pot obine prin tehnica recombinrii. Metoda este ntrebuinat pe scar larg n sinteza insulinei.
Sinteze enzimatice Avantaje: - utilizarea de aminoacizi neprotejai sau parial protejai, nefiind necesar protejarea n caten lateral, iar cuplarea are loc fr racemizare datorit stereoselectivitii enzimelor folosite; - fiind compui nenaturali, D-aminoacizii nu se pot cupla prin cataliz enzimatic; - datorit condiiilor de lucru (soluii apoase / amestec de solveni organici i ap), sinteza enzimatic poate fi combinat cu sintezele chimice. Ca metode disponibile pentru sinteza de peptide, metoda recombinrii joac un rol important. Dezavantaje: - fiecare reacie de cuplare este unic, deci trebuie optimizat; - anumite cuplri nu se pot realiza ( ex. cele dintre cistein i prolin); - ca metod de producie, sinteza enzimatic nu este semnificativ. La scar mic (mg g) cea mai utilizat este metoda sintezei n faz solid, dar la scar mai mare (102 g kg) se aplic sinteza n soluie.

Biosinteza proteinelor - este un proces dinamic continuu, controlat enzimatic n organismele vii - rolul esenial este determinat de acizii nucleici, mai precis de succesiunea definit de cele trei perechi de baze pirimidino-purinice n catena de ARN-mesager. - acizii nucleici sunt moleculele cu structuri complexe macromoleculare care stau la baza tuturor celulelor vii - au rolul de a se replica transmind informaia genetic noilor structuri celulare sintetizate. - cele dou etape ale biosintezei proteinelor se desfoar n nucleul celular (conine ADN), respectiv n citoplasma celular (conine ARN). - cromosomii sunt componenete ale nucleelor celulelor n care are loc transmiterea ereditar a caracterelor speciilor i sunt formai dintr-o elice dubl de ADN cu o lungine de 700-900 m. - genele sunt segmente bine determinate ale cromosomilor care conin anumite caractere ereditare ale organismelor avnd funcie dubl, de reproducere i de sintez biologic a proteinelor - fiecare gen fiind responsabil de sinteza unei anumite proteine cu propria ei structur i activitate biologic. Informaia existent n gene (cod genetic) este transmis n citoplasm pentru a dirija sinteza de polipeptide sau proteine de ctre ARN care particip direct la procesele de sintez. Procesul de transmitere a codului genetic are dou etape: - Prima etap are loc n nucleul celulei i const n transcrierea codului genetic de pe segmentele de ADN din gen pe o caten de ARNm - transport informaia genetic de la gene n ribozomi. - Ribosomii sunt structuri celulare complexe de ARN i proteine, localizai n citoplasma celular, care printr-un proces numit translaie utilizeaz instruciunile din codul genetic al ARNm pentru a lega o secven specific de aminoacizi ntr-o caten polipeptidic pentru sinteza de proteine. ARNm trece n citoplasm constituind tiparul pentru sinteza polipeptidei sau proteinei la care iau parte ARNr i ARNt. Acetia se denumesc dup funciile pe care le au n timpul sintezei i difer prin structur, compoziie i mas molecular.

Macromoleculele de ADN sunt formate din dou catene spiralate sub forma unei -elice duble, care are proprietatea de a se desface formnd dou elice simple identice. Baze purinice: adenina (A) i guanina (G); baze pirimidinice: citosina (C), timina (T) i uracilul (U).

Bazele purinice i pirimidinice, ce formeaz nucleotidele, se afl dispuse nspre zona interioar a elicei duble (asigur meninerea stabilitii acesteia prin formarea legturilor de hidrogen), iar fragmentele de pentoz i fosfat nspre exterior. Un pas al spiralei (~34) este fomat din aproximativ zece perechi de nucleotide, iar distana ntre dou spirale ale elicei duble este de aproximativ 20. Sinteza ARN-ului mesager, a crui caten formeaz o elice unic, are loc prin desfacerea elicei duble a ADN-ului expunnd o poriune din secvenele de baze purinice i pirimidinice n exterior. Nucleotidele reprezint unitile structurale ale macromoleculelor acizilor nucleici i sunt formate dintr-o baz purinic sau pirimidinic, o pentoz i un rest de acid fosforic esterificat la hidroxilul din poziia 3 sau 5 a restului de pentoz. Clasificarea nucleotidelor i acizilor nucleici n funcie de natura pentozei: - ribonucleotide (au n componena lor D-riboz) - formeaz unitatea structural a acizilor ribonucleici (ARN) ce se gsesc n plasma celulelor (citoplasma) - desoxiribonucleotide (2-desoxi-D-riboz) - formeaz unitatea structural a acizilor desoxiribonucleici (ADN) din nucleele celulelor. Doar bazele purinice, adenina (A) i guanina (G), sunt comune structurilor ADN i ARN, cele pirimidinice fiind diferite: citosina (C) i uracilul (U) - se afl n structura ARN, iar citosina (C) i timina (T) - se regsesc n structura a ADN-ului.

 Bazele purinice i pirimidinice se leag de ribonucleotidele existente n nucleele celulelor formnd legturi de hidrogen. Acestea sunt posibile numai ntre purinele i pirimidinele compatibile: - adenina (A) timina (T), respectiv guanina (G) citosina (C) n structura ADN-ului i
- adenin (A) uracil (U), respectiv guanin (G) citosin (C) n structura ARN.

In prezena biocatalitic a enzimei, ARN-polimeraza, fragmentele de ribonucleotide se leag ntre

ele formnd o caten a crei secven de baze purinice i pirimidinice sunt complementare celor din perechea catenei provenit din elicea dubl a ADN-ului care a servit ca model. Transcrierea informaiei genetice de pe catena ADN pe cea a ARNm i sinteza acestuia este prezentat n figura de mai jos. Astfel, succesiunea bazelor purinice i pirimidinice T-C-A-G din elicea simpl a ADN-ului duplicat devine A-G-U-C n catena de ARNm, iar desoxiriboza este nlocuit cu riboz.

Sinteza tiparului; rolul ARN-ul de transfer (ARNt) Sinteza catenei unei polipeptide sau proteine are loc citoplasma celular n care este localizat ribosomul care poart un ARNm. Ribosomul este format dintr-o protein legat de ARNr i are o mas molecular 5105 1106 u.a.m. Acesta fixeaz prin legturi de hidrogen catena ARNm i formeaz un polisom prin unirea a mai muli ribosomi. Prin intermediul ARNm, polisomii constituie situsul molecular al sintezei proteinelor. Un rol important n sinteza proteinelor l are cel de-al treilea tip de ARN, numit ARNt. Aceti acizi ribonucleici de transfer (ARNt) cu mase moleculare relativ mici, formai din secvene de aproximativ 70-90 de nucleotide, au rolul de-a transporta aminoacizii spre anumite zone ale ARNm fixat pe polisom. Fiecrui aminoacid natural i corespunde un ARNm propriu. Spre deosebire de ARNm, ARNt prezint spirale duble ramificate pe mai multe brae, una dintre ele are la capt o secven de trei nucleotide ce conin secvena C-C-A. Aminoacidul se fixeaz la acest fragment terminal de adenosin printr-o legtur esteric la grupa hidoxil din poziia 3. La captul unei alte ramificaii a ARNt se afl o alt secven specific de trei baze purinice i pirimidinice, numit anticodon, care particip la fixarea ARNt pe ARNm. Succesiunea de transport a aminoacizilor de ctre ARNt la situsul molecular al ARNm depinde strict de secvenele a trei baze din ARNm care codific tipul de aminoacid ce trebuie adus n fiecare etap de biosintez. Aceast secven de nucleotide din ARNm este numit codon, ea fiind complementar cu cea din ARNt, numit anticodon. Secvenele formate din cte trei nucleotide care comand sinteza unui anume aminoacid formeaz aa numitul cod genetic. Codul genetic nscris n ADN este transcris n catena ARNm i apoi tradus n ribosom ntr-o succesiune specific de aminoacizi care formeaz catena polipeptidei sau proteinei. Calculnd numrul de combinaii posibile pentru cele patru baze luate cte trei rezult 64 de posibiliti, ceea ce confirm existena a mai multor codoni pentru fiecare din cei 20 de aminoacizi naturali utilizai n sinteza de polipeptide i proteine. De exemplu, alaninei i corespund 4 succesiuni de baze (codoni), fenilalaninei doar 2, iar argininei 6. Codonii corespunztori aminoacizilor sunt prezentai n tabelul 1.

Tabelul 1. Codul genetic pentru sinteza proteinelor din aminoacizi naturali.

Aminoacid Glicocol Succesiunea bazelor n codon GGA, GGC, GGG, GGU Aminoacid Treonin Succesiunea bazelor n codon ACA, ACC, ACG, ACU

Alanin
Valin

GCA, GCC, GCG, GCU

GUA, GUC, GUG, GUU

Tirosin
Cistein

UAC, UAU
UGC, UGU

Leucin
Izoleucin Serin

CUA, CUC, CUG, CUU, UUA, Metionin UUG

AUA, AUC, AUU Lisin AGC, AGU, UCA, UCC, UCG, Arginin UCU Prolin Histidin Triptofan nceput Sfrit sintez AAC, AAU GAA, GAG CAA, CAG UUC, UUU

AUG
AAA, AAG AGA, AGG, CGA, CGC, CGG, CGU CCA, CCC, CCG, CCU CAC, CAU UGA, UGC AUG (codul pentru formilmetionin) UAA, UAG

Acid asparagic GAC, GAU Asparagin Acid glutamic Glutamin Fenilalanin

Etapele sintezei lanului polipeptidic al unei proteine:

Sinteza lanului polipeptidic al unei proteine decurge n ribosomul purttor de ARNm. Ea are loc n etape succesive, fiecrei polipeptide sau proteine i corespunde un ARNm care are o secven ce indic punctul de pornire a sintezei i una corespunztoare opririi acesteia, dup care proteina sintetizat se desprinde de ribosom. Sinteza catenei proteinelor ncepe cu formilmetionina (bacterii) sau metionina (eucariote), careia i corespunde codonul AUG. La finalul sintezei catenei polipeptidice a proteinei, grupa formil este eliminat printr-o reacie enzimatic. In citoplasma celulelor aminoacizii naturali sunt legai printr-o legtur esteric de fragmentul nucleosidic adenilic al unui ARNt ce are fiecare un anticodon cu secvene caracteristice ce corespund unui anumit codon. Procesul de sintez a unei proteine ncepe prin fixarea unui ARNt corespunztor unui aminoacid pe secvena de start a ARNm din ribosom. Aceast cuplare a ARNt cu ARNm are loc prin intermediul legturii codon-anticodon. In continuare un alt ARNt, avnd anticodonul complementar codonului secvenei urmtoare, se fixeaz alturi i n prezena unei enzime specifice, numit amidaz, are loc reacia enzimatic de cuplare a celor doi aminoacizi legai de cei doi ARNt. In urma formrii legturii amidice, ribosomul se deplaseaz spre secvena urmtoare de codon a ARNm. Aceasta se va cupla prin intermediul legturii codon-anticodon de un alt ARNt i ulterior va forma o nou legtur peptidic ntre aminoacidul corespunztor acestuia i catena existent. Procesul de sintez biochimic se tot repet, respectnd secvenele codonilor de pe ARNm ce sunt apoi traduse n ribosom genernd succesiunea specific de aminoacizi care formeaz catena polipeptidic a proteinei, pn cnd se ajunge la codonul care comand oprirea sintezei. In aceast etap ribosomul se desprinde de ARNm i elimin catena proteinei care are deja format structura secundar, teriar i cuaternar. Increirea catenelor polipeptidice din structurile proteinelor au loc naintea terminrii sintezei ntregii catene la nivelul situsurilor moleculare ale ribosomilor. Intr-un ribosom se pot forma aproximativ 150 de legturi peptidice pe minut, iar ntr-un polisom n care sunt activi mai muli ribosomi de-a lungul unei catene de ARNm, sinteza unei proteine poate dura doar cteva secunde.

Sinteza lanului polipeptidic al unei proteine: sinteza catenei ncepe ncepe cu formilmetionina, creia i corespunde codonul AUG, urmat de tirosin (UAC), izoleucin (AUA), prolin (CCG), treonin (ACA), etc.

Nucleotide cu funciuni de coenzime

In organismele vii, vegetale i animale, transformrile biochimice sunt catalizate enzimatic. Enzimele sunt catalizatori organici ce favorizeaz desfurarea reaciilor biochimice n condiii blnde i cu viteze mari, iar transformrile catalizate de enzime se numesc reacii enzimatice. Enzimele se clasific i se denumesc dup aciunea pe care o produc, fiind mprite n ase clase mari : Din clasa hidrolazelor fac parte: - esterazele - catalizeaz hidroliza esterilor, amidelor, peptidelor; - glicozidazele - hidrolizeaz legturile glicozidice; - amidazele - hidrolizeaz legturile C-N; - proteazele - hidrolizeaz legturile peptidice; - purin-desaminazele - hidrolizeaz leg. C-N transformnd amino-purinele n hidroxipurine i amoniac; - nucleasele - hidrolizeaz acizii nucleici. Alte clase de enzime sunt: transferazele, oxido-reductazele, liazele, ligazele sau sintetazele, izomerazele i racemazele. Denumirea enzimelor se face adugnd sufixul az la numele reacie catalizate sau al substratului de care se leag acestea. Exist ns i denumiri empirice consacrate (pepsina, emulsina, etc.). Unele enzime pot cataliza aceeai reacie dar pentru substraturi diferite, altele sunt specifice doar unui anumit substrat, ns n toate cazurile prezint o nalt specificitate fa de substrat i tipul reaciei pe care l catalizeaz. Complexul enzim - substrat poate fi comparat cu perechea cheia potrivit pentru o broasc ce deschide calea desfurrii unei anumite reacii bichimice. n funcie de structura lor enzimele se mpart n enzime proteice, formate dintr-o protein, i enzime formate dintr-o protein i o alt substan, numit coenzim. Coenzima poate cataliza reaciile unui numr mare de substraturi, ns pentru fiecare substrat n parte difer proteina. Practic proteina asigur specificitatea enzimei, iar coenzima realizeaz reacia chimic.

Derivaii acidului adenosin-5-fosforic (ATP i ADP)

Acidul adenosin-5-fosforic (izolat din extract de muchi, izomer cu acidul adenosin-3-fosforic hidroliza acizilor nucleici), este componentul structural al mai multor coenzime eseniale proceselor biochimice din organismele vii: coenzimele reaciilor de transfer de grupe fosfat, de grupe acetil, de hidrogen.

Funcia fiziologic a acidului adenosintrifosforic (ATP) este aceea a unei coenzime (cofosforilaz) de transfer a unui rest de acid fosforic substratului. La transferul grupei fosfat terminale are loc i cedarea unei cantiti importante de energie substratului. Legtura dintre molecula substratului organic i grupa fosfat este o legtur bogat n energie, fiind disponibil pentru sinteze endoergice (consumatoare de energie) ale organismului.

Energia nmagazinat n ATP este transformat n energie mecanic, electric sau n energie luminoas. n timpul contraciei musculare, ATP se descompune n ADP i fosfat anorganic, procesul biochimic fiind catalizat de miosin (adenosin-trifosfataz) o enzim din muchi. Aceasta este vectorul care asigur transformarea energiei chimice n energie mecanic. Cnd muchiul se afl n repaus, ATP se resintetizeaz din ADP i fosfat anorganic folosind energia furnizat la degradarea biochimic a hidrailor de carbon. n cazul unui muchi solicitat, ajuns n pragul epuizrii, care conine doar mici cantiti de ATP i n care regenerarea acestuia este lent, exist i un mecanism auxiliar de regenerare a ATP din ADP i un rest de fosfat cedat de fosfocreatin, un aminoacid fosforilat format printr-o reacie reversibil din creatin (guanidino-N-metilglicocol) i ATP.

Piridin-nucleotide (NAD+ i NADP+)

Coenzima nicotinamid-adenin-dinucleotida (NAD+) este o difosfopiridin-dinucleotid (DPN) izolat din extractul de drojdie, iar nicotinamid-adenin-dinucleotid-fosfat (NADP+, n care cel de-al treilea fragment de fosfat este legat la grupa hidroxil din poziia 2 a moleculei de adenosin) este o trifosfopiridin-dinucleotid (TPN) izolat din hematii. Ambele codehidraze sunt coenzime de transfer de hidrogen i care conin un rest de vitamin, nicotinamida - singura component ce nu poate fi sintetizat de organismul animal. Amida acidului nicotinic, considerat vitamin, trebuie introdus n organismul unor animale odat cu hrana.

Funcia biochimic a celor dou coenzime n reaciile enzimatice este de a fixa hidrogenul cedat de substrat cu formarea hidrocoenzimelor. Acestea cedeaz mai departe hidrogenul unor acceptori de tipul sistemelor enzimatice ale diaforazei, regenernd coenzimele respective. Transferul de hidrogen de la substrat (AH2) la coenzima (NAD+) decurge prin intermediul unui ion de hidrur (H:) care este acceptat de nucleul piridinic al nicotinamidei n poziia 4, iar protonul (H+) din substrat trece n soluia apoas formnd ionul de hidroniu (H3O+). La regenerarea coenzimei, ionul de hidrur este cedat unui alt acceptor care leag simultan i un proton din soluie, n cele dou procese reversibile transferndu-se n total doi atomi de hidrogen.

Coenzima acetilrii sau coenzima A (CoASH)

In organismul animal acidul acetic este utilizat ca materie prim pentru biosinteza grsimilor, proteinelor, fosfatidelor, colesterolului, acizilor biliari i a altor compui acetilai, dar i n procesul de eliminare a unor compui toxici de tipul anilinelor i sulfanilamidelor crora li se diminueaz toxicitatea prin acetilare.

Activitatea coenzimei A se datoreaz grupei tiolice (SH) din fragmentul de cisteamin care leag grupa acetil din acidul acetic sub form de tioester, formnd acetil-coenzima A, numit i acid acetic activ. Acetilarea biochimic se realizeaz prin transferul unei grupe acetil (Ac) de la un donor la un acceptor prin intermediul coenzimei A, notat CoASH. Donor de grup acetil + CoASH CoASCOCH3 CoASCOCH3 + Acceptor CoASH + AcceptorCOCH3 Ca donor de grupe acetil menionm acidul piruvic provenit din glicoliz i ionii acetat. Ca i n cazul ATP, n acetil-coenzima A legtura dintre grupa Ac i coenzima A are o energie mrit (~ 8,2 kcal/mol), care la transferul grupei acetil spre un acceptor potrivit nu se pierde, ci este transferat reaciei de formare a unei molecule de ATP din ADP i o molecul de fosfat anorganic.

Flavin-adenin-dinucleotida (FAD) este o coenzim de transfer de hidrogen care accept doi atomi
de hidrogen de la un donor la radicalul heterociclic al izoaloxazinei din riboflavin transformndu-se n FADH2. Din punct de vedere structural molecula flavin-adenin-dinucleotidei este format dintr-un fragment de acid adenosin-5-difosforic legat de riboflavin (vitamina B2).

Proprietile peptidelor, polipeptidelor i proteinelor

Peptidele inferioare au proprieti similare cu aminoacizii prezentnd un caracter amfoter; sunt solubile n ap i insolubile n alcool, eteri, esteri i hidrocarburi alifatice i aromatice. Polipeptidele i proteinele au proprieti fizice, chimice, biologice i optice dependente de structura lor primar, structurile secundare, teriare i cuaternare. n afara specificitii avansate n biocataliza enzimatic a unor reacii regioselective i mai ales stereospecifice, este de menionat i activitatea optic mult superioar a unei conformaii sub form de elice comparat cu suma activitilor optice ale tuturor aminoacizilor constitueni ai acesteia.

Clasificarea proteinelor: proteine solubile, respectiv insolubile n ap i soluii de electrolii.

Proteinele insolubile (proteine fibroase sau de schelet): keratina, colagenul i elastina, fibroina. - nu sunt hidrolizate de enzimele aparatului digestiv; nu au valoare nutritiv; - proteina poate fi hidrolizat numai prin ruperea oxidativ sau reductiv a punilor de sulf prezente n marea majoritate a structurilor acestora. Proteinele solubile: albumine (solubile n ap) i globuline (solubile n soluii de electrolii). Multe dintre acestea au proprieti fiziologice importante. Proteinele globulare au structuri cuaternare i teriare bine definite datorit legturilor de hidrogen i a altor interacii care au loc ntre catenele spiralate de elice .

Denaturarea proteinelor - proces ntlnit de obicei n cursul etapelor de separare i purificare a

proteinelor; const n alterarea strucurii naturale native cu modificarea parial sau distrugerea total a activitii biologice printr-o serie de tratamente care ns nu afecteaz structura primar. - are loc modificarea structurilor teriare, cuaternare i secundare din proteina nativ, sub influena cldurii, a radiaiilor ultraviolete, la modificarea pH-ului (adugare de acizi sau baze) sau la modificarea triei ionice (adugare de electrolii = sruri). - de exemplu, pentru multe dintre proteinele globulare modificarea pH-ului la valoarea pH-ului izoelectric (pI) va favoriza precipitarea acestora; de asemenea, tratarea proteinelor cu soluii de acid tricloroacetic (Cl3C-COOH) sau uree (H2N-CO-NH2) va determina precipitarea acestora.

Prin denaturare, proteinele cu activiti fiziologice (enzime, hormoni, anticorpi) i pierd activitatea. - denaturrile pot fi ireversibile cum este cea termic a albuminei (din albuul de ou) care se transform ntr-o protein fibroas, insolubil sau - pot fi reversibile, fenomen cunoscut sub numele de renaturare, caz n care activitatea fiziologic este restaurat, dar n condiii extreme de temperatur sau pH, procesul este ireversibil. Cteva dintre metodele sau tratamentele care conduc la denaturarea proteinelor sunt prezentate n tabelul de mai jos.

Tipul aciunii care determin denaturarea

nclzirea (tratament termic)

Mecanismul procesului de denaturare (exemple)

Ruperea legturilor de hidrogen datorit creterii energiei de rotaie-vibraie a moleculelor (coagularea albuminei din albuul de ou la prjire/fierbere) Similar cu cel al tratamentului termic (expunerea la soare) Formarea srurilor; ruperea legturilor de hidrogen (arsuri chimice, precipitarea proteinelor) Competiia ureei la formarea legturilor de hidrogen (precipitarea proteinelor solubile) Modificarea constantei dielectrice i hidratarea grupelor ionice (procesul de dezinfectare i precipitare al proteinelor) a legturilor de hidrogen (baterea albuului de ou cu coagularea albuminei i formarea unei spume)

Radiaii UV

Tratarea cu acizi sau baze tari

Tratarea cu o soluie de uree Tratatrea cu solveni organici (etanol & aceton) Agitarea mecanic i ultrasonarea

Peptide, proteine i proteide cu activitate fiziologic

Peptidele, polipeptidele, proteinele i proteidele constituie compui biologici cu importan major n funcionarea organismelor. Din aceast clas fac parte unii compui toxici generai de virusuri, microorganisme, plante, animale, precum i substanele de aprare sau neutralizare ale acestora. Complexitatea acestora este foarte diferit. Pentru exemplificare, n tabelul de mai jos vom meniona cteva peptide naturale mai reprezentative. Denumire (nr. aminoac.) Glutation (3) (GSH) Surs sau funcie n organism Majoritatea celulelor vii (stimuleaz creterea esuturilor) Secvena de aminoacizi / structur
(+)H NCH(COO())CH CH CONHCH(CH SH)CONHCH COOH 3 2 2 2 2

-Glu-Cis-Gli (sau ECG)

TRH (3)

Neurohormon hipotalamic (controleaz eliberarea de tireotropin)

Agent de cretere a Asp-Arg-Val-Tir-Ile-His-Pro-PheNH2 Angiotensin II presiunii arteriale (8) (acioneaz ca hormon al (sau DRVYIHPFNH2) glandei suprarenale) Bradikinin (9) Hipotensor Vasodilator (acioneaz pe muchii netezi) Arg-Pro-Pro-Gli-Fen-Ser-Pro-Fen-Arg (sau RPPGFSPFR)

Oxitocin (9) Somatostatin (14) Endotelin (21)

Hormon contracie muchi uter (stimuleaz lactaia) Elibereaz hormonii inhibitori ai creterii (tratament ulcer)

Potenial vasoconstrictor (structur similar cu venin de arpe) Veninul albinelor (utilizat n tratamentul reumatismului)
Gli-Ile-Gli-Ala-Val-Leu-Lis-Val-Leu-Tre-Tre-Gli-Leu-Pro~ ~Ala-Leu-Ile-Ser-Trp-Ile-Lis-Arg-Lis-Arg-Gln-GlnNH2 (sau GIGAVLKVLTTGLPALISWIKRKRQQNH2) His-Ser-Gln-Gli-Tre-Fen-Tre-Ser-Asp-Tir-Ser-Lis-Tir-Leu-Asp~ ~Ser-Arg-Arg-Ala-Gln-Asp-Fen-Val-Gln-Trp-Leu-Met-Asn-Tir (sau HSQGTFTSDYSKYLDSRRAQDFVQWLMNT)

Melitin (26)

Factor hiperglicemic Glucagon (29) secretat de pancreas (antidiabetic) Insulin (51) Hormon pancreatic (tratament diabet)

Oxitocina (sau ocitocina) i vasopresina fac parte din clasa hormonilor polipeptidici, fiind izolate din glanda hipofiz. Vasopresina regleaz tensiunea arterial prin inhibarea diurezei, iar oxitocina contracia uterului. Ambele sunt nonapeptide cu o punte de sulf; oxitocina difer de vasopresin doar prin nlocuirea a dou resturi de aminoacizi: fenilalanin i lisin cu izoleucin i respectiv leucin.
S S Cis Cis Pro Tir Asn Leu Ile Gln Gli NH2 S S Cis Cis Pro Tir Asn Lis Fen Gln Gli NH2

Oxitocina

Vasopresina

Insulina, hormonul secretat de pancreas, regleaz concentraia glucozei n snge la valori cuprinse ntre 0,1-0,15%. Insulina este format din dou catene polipeptidice unite prin dou puni de sulf: - catena A = 21 de aminoacizi prezint nc o punte intracatenar de sulf, i - catena B = 30 de aminoacizi constitueni. Structurile primare i cuaternare 3D ale insulinei bovine sunt prezentate in figurile de mai jos:

Enzimele care catalizeaz reacii biochimice regioselective i stereospecifice in vivo sau in vitro sunt proteine. Enzimele proteice acioneaz independent, iar cele neproteice acioneaz mpreun cu coenzime. Enzima care hidrolizeaz acidul ribonucleic, ribonucleaza bovin pancreatic A este format dintr-o caten polipeptidic de 124 de aminoacizi ce conine patru puni de sulf. Aceasta este o protein mic cu structur tipic globular a crei structur tridimensional se prezint sub form de elice cu aspect de panglici.

Pepsina, tripsina i chimotripsina sunt enzime din sucul pancreatic care hidrolizeaz proteinele la peptide de dimensiuni mari. Pepsina hidrolizeaz enzimatic legturile peptidice ale fenilalaninei la marginea amidic, pe cnd chimotripsina hidrolizeaz legturile peptidice ale arilaminoacizilor de tipul fenilalaninei, tirosinei i triptofanului la marginea carboxilic. Tripsina hidrolizeaz legturile peptidice ale aminoacizilor bazici de tipul lisinei i argininei, la marginea carboxilic.
NH CH CO NH CH CO CH2 CH2 COOH OH pepsina OH chemotripsina CH2 NH CH CO NH CH CO CH2 R NH CH CO NH CH CH2 R CH2 CH2 CH2 NH2 tripsina HN C NH2 NH CO

Hidroliz chimic selectiv a peptidelor la marginea carboxilic a metioninei are loc n prezena bromcianului.

 Peptidele ciclice sunt combinaii organice formate din secvene de aminoacizi n care grupa
carboxil C-terminal formeaz o legtur peptidic cu grupa amino N-terminal, nchizndu-se astfel o caten ciclic. Peptide ciclice au fost identificate i izolate din microorganisme. Un aspect neobinuit, adesea observat la acestea, este prezena n structura ciclic a unor D-aminoacizi (considerai nenaturali), cum ar fi de exemplu ornitina (Orn) sau fenilalanina (Fen). Gramicidina S este o astfel de ciclodecapeptid produs de o specie de bacterie gram-pozitiv, Bacillus brevis. Este un antibiotic natural eficient mpotriva unor bacterii gram-pozitive, gramnegative i a unor fungi. Structura gramicidinei S este prezentat n figura de mai jos; poate fi scris formal ca ciclo(Val-Orn-Leu-Fen-Pro-)2 i const din dou pentapeptide identice (cu excepia configuraiei aminoacizilor Orn i Fen) legate cap-coad.

Mecanismul aciunii catalitice de hidroliz a enzimei necesit vecintatea spaial a trei aminoacizi: acidul aspartic, histidina i serina, care pot fi aflai la distan n catena enzimei, dar care se apropie la centrul de reacie prin faldurile catenei. Histidina are rolul de transfer a unui proton de la grupa hidroxil a serinei la grupa carboxilat a acidului aspartic, formnd astfel o grup alcoxid, cu caracter nucleofil pronunat, la restul de serin. Restul de fenilalanin din polipeptida / proteina ce urmeaz a fi hidrolizat la marginea carboxilic, se poziioneaz n faldurile catenei enzimei, favoriznd dispunerea spaial centrului de reacie ntr-o poziie favorabil acesteia. Specificitatea enzimei este dat de conformaia acestei secvene a catenei polipeptidice ce constituie un tipar n recunoaterea unui anumit H is tip de legtur peptidic. Ser
57 A sp 102 C H2 C O O H N N H R H N 195 C H2 C H2 O
-

R CH C H2

det erm ina sp ecificit at ea

C O

F ixarea p rot einei p e enz im a

H is 57 A sp 102 C H2 C O O
-

Ser 195 C H2 O C N H2 O CH R F orm area enz imei acilat e

C H2 H N N R

C H2

Enzima acilat reacioneaz cu o molecul de ap regenernd enzima (se reface grupa carboxilat din serin prin hidroliza grupei esterice a anzimei acilate) i formnd grupa carboxil a restului de fenilalanin. Apoi substratul astfel hidrolizat este eliberat din faldurile enzimei care poate s-i reia activitatea hidrolitic.
H is 57 A sp 102 C H2 C O O
-

Ser 195 C H2 O H C O H O CH R

C H2 H N N

H idroliz a grup ei acet il de p e sup rafat a enz im ei

C H2

H is 57 A sp 102 C H2 C O O H N N H HO C O R CH C H2 C H2

Ser 195 C H2 O
-

R egenerarea enz im ei p rin sep ararea grup ei carboxil a am inoacidului C -term inal din p ep t ida hidroliz at a de p e sup rafat a enz im ei

 Proteidele (proteine conjugate) - combinaii organice ntre o enzim proteic i o molecul neproteic, numit grup prostetic. Proteidele se pot clasifica dup natura grupei prostetice. Grupa prostetic ndeplinete de obicei funciunea chimic (hidrolitic, reductoare, oxidativ, de transesterificare, transaminare, etc.), iar proteinei i se atribuie caracterul de tipar sau specificitatea, asigurnd fixarea specific a grupei prostetice pe substrat. Dintre proteidele cu activitate fiziologic vom meniona doar cteva mai caracteristice: - Hemoglobinele, sunt cromoproteidele din snge, avnd drept grup prostetic porfirine (derivai ai pirolului) i ferul ca metal. - Hemocianinele din sngele molutelor, melcilor i arahnidelor conin cupru, ceea ce-i confer o culoare albastr. - Nucleoproteidele au ca grup prostetic acizi nucleici, iar - Glicoproteidele sunt proteine cuplate cu hidrai de carbon (de exemplu albuminele). - Lipoproteidele sunt compui formai din proteine i fosfatide. Acestea intr n structura membranelor celulare. - Fosfoproteidele conin grupe fosforice. De exemplu, caseina din lapte are n structura sa grupe fosforice legate de serin i calciu. - Virusurile sunt ageni patogeni care fac parte din clasa riboproteidelor cu mase moleculare foarte mari. Acetia pot fi obinui n stare cristalin ca i compui bine definii. Acidul ribonucleic confer proprietatea acestor compui de-a se multiplica n celula gazd, conferindu-le astfel caracteristicile fiinelor vii de diviziune i nmulire celular. Primii virui studiai - mozaicul tutunului, cu o structur proteic foarte simpl ce conine doar 158 de aminoacizi. Sunt bine cunoscute i studiate virusurile gripale, guturaiului, poliomielitei, rujeolei (pojarul), variolei, rubeolei, parotiditei, rabiei (turbrii), etc.

Proteinele provenite din virusuri sau produse de bacterii, denumite i toxine, introduse n organismul animal, determin formarea de proteine de aprare denumite imunoglobuline (Ig) sau anticorpi. Anticorpii prezint o nalt specificitate leagndu-se de bacterii, virusuri sau alte molecule mari identificate ca strine (non-self) i le marcheaz spre a fi distruse de limfocitele T (Tc cells) sau celule T ucigae. Proteinele care determin formarea de anticorpi se numesc antigeni. Acetia sunt de regul secvene de catene polipeptidice din structura celular a bacteriilor sau virusurilor, dar sunt cunoscui i antigeni cu structur polizaharidic, cum ar fi cel produs de pneumococ. Fiecare antigen determin formarea unui anticorp specific care se leag numai cu antigenul pentru care a fost sintetizat de organism. Specificitatea anticorpilor este determinat de structura lor. Anticorpii determinai de un anumit antigen se formeaz timp ndelungat, ceea ce explic imunitatea dobndit de organism fa de unii germeni patogeni mult timp dup ce aciunea lor direct nceteaz. Utilizarea vaccinurilor n medicin urmrete formarea de anticorpi n scopul imunizrii organismului. Un vaccin care va proteja organismul mpotriva unei infecii particulare virale conine de obicei un virus atenuat parial sau total, ori o protein izolat din membrana sau capsida acestuia. Practic n vaccin se regsete antigenul ce va declana rspunsul imunitar al organismului prin producerea anticorpilor specifici.