TAXONOMIA MICROORGANISMELOR

• Clasificare
Filogenetica
Taxon biologic= indivizi posesori ai unei informatii genetice comune
Specia = taxon de baza al lumii vii
Gen
Familii
Ordine
Clase
Diviziuni
Regnuri
Particularitatea la procariote
- Numar redus de caractere morfologice
- Putine amprente fosile
- Studiul vizeaza populatia bacteriana= tulpina
- Aparitia de clone
- Inmultire vegetativa
Specia bacteriana = grup tulpini cu multe caractere in comun ce difera
semnificativ de alte tulpini (alese de taxonomist)

Tehnici:
- Continut G+C
- Omologia secventelor nucleotidice ale ADN
- Studiul ARN ribozomal
- Structura izoenzimelor sau a citocromului c
- Studiul imunologic al proteinelor bacteriene omoloage
•Numire
Sistem binominal Linné
Staphylococcus aureus
Gen – um, -us, -as, a
Corynebacterium, Pseudomonas, Neisseria
Familie – aceae – Enterobacteriaceae
Ordin – ales , Spirochetales
Clase – es, Mollicutes
•Identificare
- Utilizarea in practica a schemei de clasificare

Chei dihotomice
Taxonomia numerica (computerizata) – matricea de frecventa

Subtiparea (grupari infraspecie) = marcheri epidemiologici

Taxonomia virală
• Familie – include în denumire sufixul -viridae;
• Subfamilie – include în denumire sufixul -virinae;
• Gen – include în denumire sufixul -virus.
• Criterii de clasificare
Proprietăţile genomului
Replicarea
Proprietăţile virionului
Structura antigenică
Tropismul celular, tisular şi de gazdă
 Nutriţia
COMPUŞI - prin simplă solvire (C02, 02, săruri minerale)
- prin digestie extracelulară (proteaze, lipaze, amilaze)

↓ ↓ ↓ ↓
Proteine polizaharide lipide acizi nucleici

aa., scurte monozaharide AG nucleozide

fragmente glicerol fosfaţi anorganici
polipeptidice

Principalele elemente necesare majorităţii bacteriilor sunt: C, N, 02,

săruri minerale.
Surse de carbon
Autotrofe – C02

Heterotrofe – compuşi organici (capnofile)

,
Surse de azot
- pentru sinteza proteinelor pot utiliza azot din sursă organică (peptide, aa.) sau
anorganică (săruri de amoniu)
Surse de oxigen
- aa., nucleotide, gliceride - ajung în celule prin nutrienţi
- 02 necesar respiraţiei aerobe
Elementele minerale
Sulful - aa. sub forma grupării tiol (-SH)
- vitamine (tiamina, biotina)
- coenzima A
Fosforul - asimilat sub forma fosfaţilor anorganici
- esenţial pentru sinteza acizilor nucleici, fosfolipidelor membranare,
ATP
Na, K, Mg, Cl – asigură echilibrul fizico-chimic al celulei
Fe,Se – intră în structura chimică a citocromilor, peroxidazelor, hidrogenazelor
Ca + acidul picolinic = dipicolinat de calciu
Co, Cu, Zn - oligoelemente prezente ca impurificatori ai unor nutrienţi
Factori de creştere
Metaboliţi esenţiali a căror prezenţă este obligatorie în mediu (aa., baze
purinice, pirimidinice, vitamine)
Bacterii fastidioase – bacteriile dependente de numeroşi factori de creştere
Sintrofie – o specie bacteriană utilizează factor de creştere sintetizat de o altă
specie.
Mutant auxotrof - prin mutaţie pierde o enzimă oprind sinteza unui metabolit
esenţial. Mutantul creşte numai dacă acest metabolit apare preformat în
mediu (ex. mutant auxotrof pentru metionină). Auxotrofia oferă avantaj
selectiv – bacteria auxotrofă se multiplică mai rapid decât tulpina prototrofă
(parenterală).
e.g. Treponema pallidum, Mycobacterium leprae
Importanţa cunoaşterii necesităţilor nutritive
- utilizarea unor medii de cultură adecvate pentru izolarea din produse
patologice
Metabolismul bacterian
Importanţa cunoaşterii

- înţelegerea modului de viaţă şi a habitatului diverselor specii, cât şi a

probabilităţii de a veni în contact cu omul
- definirea caracterelor fiziologice importante în identificarea speciei.
- înţelegerea mecanismului patogenic în raport cu posibilitatea unei bacterii
de a se localiza şi multiplica într-un anumit ţesut sau organ.

Catabolismul → energie conservată în molecule de ATP şi apoi eliberată prin

fosforilare pentru anabolism, transport activ transmembranar, mobilitate,
45% pierdută prin căldură.
Chemotrofe – bacteriile care obţin energia prin reacţii de oxido-reducere
Fototrofe – radiaţii luminoase
Chemolitotrofe - donor de electroni o substanţă anorganică
Chemoorganotrofe – donor de electroni o substanţă organică (bacterii de
interes medical)
Catabolismul hidraţilor de carbon
Glucoza cea mai folosită dintre moleculele organice.
Bacteriile pot elibera energia din glucoză prin - respiraţie
- fermentaţie
Respiraţia - aerobă – acceptorul final este 02
- anaerobă – altul decât 02 - ionul nitrat, sulfat
Presupune 3 etape – glicoliza, ciclul Krebs, lanţul transportului de electroni
 glicoliza – calea Embden-Meyerhof-Parnas - 2 molecule ATP+2 NADH
- căi alternative - pentozo-fosfaţilor – 1moleculă ATP
- Entner-Doudoroff – 1 moleculă ATP
 ciclul Krebs – 2 molecule de ATP, cale amfibolică folosită de bacterii atât în
catabolism cât şi în anabolism. Enzimele glicolizei şi ciclului Krebs sunt
localizate în citoplasmă
 lanţul transportului de electroni - energia stocată în coenzimele NADH şi
FADH este transferată în molecula de ATP, proces care se desfăşoară la
bacterii în membrana citoplasmatică.
- sunt incluse 3 clase de molecule de
transport: flavoproteine (flavina, coenzimă derivată din vit.B12 ), citocromi,
ubiquinone sau coenzima Q (molecule neproteice).
În respiraţia aerobă la procariote: 1 moleculă glucoză = 38 molecule ATP (34
molecule ATP din lanţul transportului de electroni+2 ATP glicoliza+2ATP
ciclul Krebs)
În respiraţia anaerobă – cantitatea de ATP variază – numai o parte a ciclului
Krebs funcţionează în condiţii anaerobe, numai unele molecule de
transport participă în lanţul transportului de electroni
Fermentaţia – obţinerea energiei prin reacţii de oxido-reducere în care atât
donorii cât şi acceptorii de electroni sunt compuşi organici. Cantitatea de
ATP este mică 2 molecule.

Bacterii - strict aerobe – folosesc exclusiv respiraţia aerobă

- strict anaerobe – exclusiv procesele fermentative
- aerotolerante – metabolism de tip fermentativ, dar rămân viabile în
prezenţa oxigenului
- facultativ anaerobe – respiraţia + fermentaţia
- microaerofile – concentraţii reduse de 02 (5-6%)
Creşterea bacteriilor. Dinamica multiplicării.
Creşterea celulelor – sporirea mărimii şi masei acestora. La bacterii se
referă la creşterea numărului de celule într-o populaţie, prin diviziune,
realizată în progresie geometrică cu raţia 2 (11……. 2n ).
- timp de generaţie – timpul necesar dublării populaţiei
- rata de creştere - numărul de generaţii în unitatea de timp
 Genetica microbiană

Genomul bacterian
Variabilitatea bacteriilor
- variaţia fenotipică
- variaţia genotipică
Semnificaţiile biologice ale variaţiei genetice a bacteriilor

Genetica virusurilor
- variaţia genetică
- mutaţii
- interacţiuni genetice
Genetica bacteriană

Genomul bacterian este format din: cromosom, plasmide, episomi + genomul

profagilor la bacteriile lizogene

Cromosomul bacterian -16x106 perechi de nucleotide organizate în 6000 de

gene

Plasmidele - elemente genetice extracromosomale

- se replică autonom
- sunt circulare sau lineare
- 5% din greutatea cromosomului, sunt ataşate unui situs
membranar de replicare
- elemente genetice accesorii, pot lipsi
- când există, asigură supravieţuirea bacteriilor în condiţii modificate
de mediu, dar prelungesc timpul de generaţie
- caracterele codificate sunt caractere de tulpină, nu de specie
- structura: determinanţi genetici esenţiali pentru autonomia
replicativă + determinanţi ce codifică structuri exprimate în fenotipul bacterian
+ conjugoni - determinanţi ce codifică structuri implicate în conjugarea
bacteriană
- în aceeaşi celulă un plasmid poate fi prezent în una sau mai multe copii
Clasificarea în raport de caracterele exprimate fenotipic:
- plasmide de virulenţă
- plasmide care codifică enzime implicate în căi metabolice particulare
- plasmide care codifică sinteza unor agenţi antimicrobieni (bacteriocine,
unele antibiotice)
- plasmide de rezistenţă la agenţi antimicrobieni
- plasmide criptice
Episomi – plasmide sau genome profagice integrate linear în cromosom

Variabilitatea bacteriilor
- Fenotipică – indusă de interacţiunea genomului cu factori de mediu
- reversibilă
- nu se transmite ereditar
- adaptează o populaţie bacteriană cu acelaşi genotip la condiţii
modificate de mediu
Exemple:
- represia genelor vegetative în cursul sporulării
- inducţia unor beta - lactamaze de antibiotice beta – lactamice
- în prezenţa lactozei este indusă sinteza enzimelor prin care Escherichia coli
degradează dizaharidul (galactozid – permeaza, beta – galactozidaza,
thiogalactozid – transcetilaza).
- represia sintezei de triptofan de către E. coli în prezenţa lui în mediu
Genotipică - modificare bruscă, transmisă ereditar, ce interesează unul sau
mai multe caractere
- generată de mutaţii şi
- transferul de ADN urmat sau nu de recombinare genetică
Mutaţiile
- Mutaţia = modificare în secvenţa nucleotidică a unei gene, o eroare de
autoreplicare a ADN
Mutaţia eveniment rar
- Rata mutaţiei= probabilitatea apariţiei unei mutaţii, măsurată per celulă şi per
generaţie, pentru un singur caracter variază între 10-6- 10-9.
Rata mutaţiei creşte sub acţiunea agenţilor mutageni
- fizici – radiaţii ultraviolete, ionizante
- chimici – ex. acid nitros
Factori favorizanţi ai prezenţei şi manifestării mutaţiilor
- mărimea populaţiilor bacteriene – in vitro la sfârşitul fazei exponenţiale,
populaţia unei bacterii poate ajunge la 1010- 1012 celule/ml
- caracterul haploid al bacteriilor – expresia mutaţiei bacteriene este imediată
Mutaţiile sunt spontane şi imprevizibile
- identificăm mutanta într-o populaţie bacteriană numai în măsura în care
utilizăm o presiune selectivă prin care omorâm sau oprim creşterea
populaţiei parentale şi favorizăm înmulţirea mutantei care va genera o clonă
cu caracter mutant – “sită selectivă”
Mutaţiile sunt discontinui
- nu există forme de trecere între tipul sălbatic şi tipul mutant
Ex. variaţia S→R a pneumococilor, brusc prin mutaţia genei ce codifică
polizaharidul capsular
Mutaţiile sunt specifice şi independente
Rata mutaţiei pentru rezistenţa la rifampicină este de 10-8, pentru izoniazidă
 de 10-5, pentru dublă rezistenţă 10-13. O cavernă tuberculoasă evolutivă
conţine 108 bacili. În monoterapie selecţia poate începe de la 1 mutantă
rezistentă la rifampicină şi 103 mutante rezistente la izoniazidă. Asocierea
drogurilor previne selecţia oricărei mutante rezistente.
Mutantele sunt stabile
- caracterul mutant se transmite indefinit la descendenţi chiar în absenţa
presiunii selective asupra culturilor. Tipul sălbatic poate fi restaurat numai
dacă apar mutaţii reverse cu aceeaşi rată.
Mecanismele de reparare a ADN
- prin excizie controlată de 4 enzime: endonucleaze (“pipăie”) clivează de o
parte şi de alte a erorii; 3`exonucleaza excizează situsul erorii; ADN-
polimeraza transcrie de pe catena parenterală situsul excizat; ADN ligaza
reface continuitatea catenei. Timp până la metilarea nucleotidelor.
- răspunsul S.O.S. – dacă eroarea este extinsă furca de replicare a ADN-ului
este blocată la nivelul erorii, clivare, excizie. Proteina recA se fixează pe
catena parentală în dreptul exciziei şi acţionează : iniţiază recombinări
genetice; inactivează represori ai enzimelor sistemului de reparare a ADN
Modalităţile mutaţiei şi impactul asupra fenotipului bacterian
- substituţii şi inversii nucleotidice – sunt punctiforme modifică un singur
codon. Pot avea 3 consecinţe: 1. - apariţia unui codon sinonim, lanţul
polipeptidic codificat nu se modifică
2. - apare un codon nou = mutaţie cu sens
greşit (mutaţie mută, funcţie pierdută
sau modificată)
3. - apare un codon non-sens = mutaţie non-
sens
- inserţiile şi deleţiile pot interesa unul sau mai multe nucleotide
- microinserţiile şi microdeleţiile interesează un singur nucleotid, duc
la decalarea fazei de citire – mutaţii cu schimbare de proiect – apare o
proteină total nouă
- macroinserţiile – mutaţie cu pierderea funcţiei codificată de genă
- macrodeleţiile – mutaţii letale

Transferuri şi recombinări genetice

Bacterie donatoare de ADN – exogenot + bacterie receptoare–ADN =
endogenot
La bacterii transferul genetic este parţial şi diploidia parţială este temporară.
Gene ale exogenotului pot persista numai integrate în endogenot =
recombinare genetică.
Recombinările pot fi:
- legitime – recombinarea generalizată – se face prin ruperea şi reunirea
moleculelor de ADN după substituirea uneia sau mai multor alele.
Controlată de genele rec care codifică enzimele implicate în ruperea şi
reunirea ADN. Mutaţii ale acestor gene scad eficienţa recombinării
generalizate.
- recombinarea situs specifică – integrarea în cromosom a unor
episomi – zonă de homologie restrânsă la câteva perechi de baze
- nelegitimă sau transpoziţia – excizia cỏpiilor monocatenare ale unor
secvenţe specifice de ADN urmată de inserţia lor aleatorie în acelaşi
replicon sau într-unul diferit. Elementele transpozabile sunt secvenţele de
inserţie şi transpozonii. Structura:
- repetări inversate a 20-40 perechi de baze care flanchează elementul;
unii transpozoni sunt flancaţi de secvenţele de inserţie.
- gene care codifică propriile transpozaze
- gene care se exprimă în fenotipul gazdei prin rezistenţă la diferite
antibiotice, factori de patogenitate, activităţi biochimice – prezente numai la
transpozoni
Copii ale aceluiaşi transpozon se pot înscrie repetat în repliconul acceptor,
ceea ce determină expresia cantitativ importantă a caracterului fenotipic. După
deleţia transpozonului genele revin la expresia normală.
Transferuri genetice
3 mecanisme la bacterii: transformarea, conjugarea, transferul prin bacteriofagi
1. Transformarea (transformanţi)
Când o bacterie acceptă ADN liber provenit de la bacteria donor. Are rol redus
în evoluţia naturală a bacteriilor.
În medii naturale ADN-ul transformant rezultă din liza spontană a bacteriilor
donatoare. Transformarea a fost descrisă la câteva bacterii gram-pozitive
(pneumococi, Bacillus spp.) şi gram negative (Haemophilus, Neisseria,
Moraxella-Branhamella)
Este restrictivă:
- prezenţa ADN-ului liber trebuie să coincidă cu starea de competenţă a
bacteriei receptoare
- ADN-ul transformant trebuie să fie bicatenar şi cu dimensiunea critică de cel
mult 1% din genomul bacterian
- în prezenţa unui exces de ADN doar 10% din bacteriile competente îl primesc
efectiv
- frecvenţa recombinării este de 10-4 - 10-6
2. Conjugarea
- transfer genetic realizat prin contact fizic între 2 bacterii cu polarizare
sexuală, intra şi interspecific
- se face în sens unic de la bacteria donator la cea receptoare; după transfer
bacteria donator rămâne viabilă
- capacitatea de donator conferită de plasmide conjugative
- la bacteriile gram-negative conjugarea se face prin pili sexuali, iar la
enterococi prin feromoni - hormoni sexuali primitivi
Factorul F şi conjugarea prin pili sexuali
- factorul F este cel mai simplu conjugon prezent la bacilii gram-negativi care
poartă operonul tra
- bacteriile care găzduiesc factorul F sunt F+ au pili sexuali şi sunt donatoare;
cele F- au receptori pentru pilii sexuali şi sunt acceptoare de ADN
- factorul F se replică autonom fiind fixat la un situs membranar de replicare
în vecinătatea căruia se formează pilul sexual
- prin fixararea acestui pil pe receptorul specific se formează o pereche
specifică; retractarea pilului apropie bacteriile partenere cu formarea unei
perechi eficiente unită printr-o punte citoplasmatică; este declanşată
replicarea de transfer: o nuclează clivează una din catenele ADN la originea
transferului; capătul 5`al acestei catene trece prin puntea citoplasmatică în
celula receptoare.
Conjugonii se replică pe matriţele catenelor parentale, se circularizează,
prin ruperea cuplului se formează 2 bacterii F+. După 1 oră de contact
între o populaţie F+ şi F- - 50% din bacteriile F- devin F+.
Unii conjugoni poartă şi gene care se exprimă
fenotipic prin sinteza de enzime ce inactivează antibiotice (factorii R),
sinteza de bacteriocine (factorii col) sau sinteza unor structuri de
virulenţă.
Fiziologia conjugării între bacterii Hfr şi bacterii F -
Când plasmidul care conţine factor F este integrat în cromozom vorbim
despre bacterie Hfr (high – frequency recombinant cells) care transferă cu
mare eficienţă gene cromozomale.
În timpul conjugării funcţionează ca donor. Episomul se autoreplică
sincron cu cromozomul folosind situsul de replicare al cromosomului.
Integrarea episom în cromosomi este situs specifică, de ex. factorul F
între ultima genă structurală şi terminarea replicării. Pentru transferul unui
cromozom complet sunt necesare 120 min. Dar, contactul dintre cele 2 bacterii
nu este destul de persistent (mişcarea browniană, mobilitatea unui
partener). Bacteria receptoare poate rămâne F-.
3. Transferuri genetice mediate de bacteriofagi
Transducţia -generalizată – fagul transductor conţine numai ADN
-oricare parte – obţinut de la donator
-specifică – gene fagice+ gene bacteriene vecine
Transductorii – fagi temperaţi – preferaţi ca transductori –
lizogenizează bacteria
- mutante ale fagilor virulenţi
Conversia lizogenică – toxigeneza unor bacterii
Semnificaţii biologice ale variaţiei genetice a bacteriilor
Selectează indivizi cu caractere noi
Selecţie relativă – pozitivă
- negativă
Selecţie absolută

Variaţie genetică – joc site selective-clone cu caractere modificate