CAT DE RAPID SE PLIAZA

PROTEINELE
NITU DENISA MARIA
BIOINFORMATICA ANUL II
• Plierea unei proteine reprezinta un proces de auto-
asamblare moleculară în timpul căruia un lanț
polipeptidic dezordonat se desface pentru a forma
o structură tridimensională compactă bine definită.
• Au fost propuse numeroase teorii pentru a descrie
plierea proteinelor și nu s-a ajuns la niciun consens
cu privire la care dintre aceste teorii este corecta,
datorita eterogentitatii rezultatelor obtinute, atât in
studiile experimentale, cât și in cele de calcul care
s-au concentrat în general pe o anumita proteină
la un moment dat, studii efectuate fiecare în
condiții diferite sau cu tehnici diferite.

• S-au studiat 12 domenii proteice care variază ca

mărime între 10 și 80 de reziduuri de aminoacizi, nu
conțin legături disulfură sau grupuri protetice și
includ membrii celor trei clase structurale majore :
α(elicoidală), β(foaie) si α/ β.
• Structuri reprezentative ale stării pliate observate în simulări de pliere
reversibile a 12 proteine. Pentru fiecare proteină este reprezentata structura
pliată obținută din simulare (albastru) suprapusă structurii determinate
experimental (roșu), cat si timpul total de simulare.
• In toate simularile care au folosit un singur câmp de forță și au inclus molecule de
solvent reprezentate în mod explicit, 11 din cele 12 proteine ​pliate spontan se
potrivesc structurilor lor native determinate experimental la rezoluția atomică (Fig. 1).
Starea nativă a celei de-a 12-a proteine, Homeodomina, s-a dovedit instabilă în
simulare, dar s-a folosit o proteina diferita din aceeasi clasa cu aceeasi structura
generala.
• Pentru fiecare din cele 12 proteine, s-au efectuat între una și patru simulări, fiecare
între 100 ms și 1 ms ca durata și s-a observat un total de cel puțin 10 evenimente de
pliere și 10 de desfășurare. În total, s-au colectat ~ 8 ms de simulare, conținând
peste 400 de evenimente de pliere sau desfășurare.

• Pentru 8 din cele 12 proteine, cea mai reprezentativă structură a stării pliate s-a
încadrat în deviația pătrată medie a rădăcinii pozitiilor atomice (RMSD) a structurii
experimentale (Fig. 1).

• Deosebit de notabil, având în vedere calculele RMSD au inclus reziduurile de coadă

flexibile, în unele cazuri, nu a existat o structură experimentală disponibilă pentru
secvența exact simulata (s-a calculat RMSD la structura proteinei cu cea mai similară
secvență).
 CARE ESTE NATURA GENERALĂ ȘI ORDINEA
EVENIMENTELOR CARE DUC LA PLIERE?

• Ca un prim pas, s-au împărțit toate traiectoriile în segmente pliate,

desfășurate și segmente in tranziție.

• Formarea unei topologii native și a unei structuri secundare începe mai

devreme decât formarea majorității contactelor nonlocale, doar câteva căi
de contact specifice sunt formate relativ devreme pe căile de tranziție, dar in
majoritatea cazurilor, formarea structurii secundare pare să scadă aria
proteinei expusă la solvent, în conformitate cu observațiile experimentale.

• Pentru fiecare eveniment de pliere și desfășurare, s-a cuantificat formarea

topologiei native, a structurii secundare și a contactelor native nelocale de-a
lungul căii de tranziție (Fig. 2).
 Cele trei panouri arată acumularea de structuri secundare native, contacte native locale și
topologie nativă în timpul unui singur eveniment de pliere pentru α3D. Fiecare din cele trei
cantități a fost normalizată astfel încât valoarea medie în starea desfășurată a fost 0, iar
valoarea medie în starea pliată a fost 1. Deasupra celor trei panouri se prezintă șapte
structuri reprezentative din această cale de tranziție, cu punctele de timp corespunzătoare
prezentate cu săgeți.
CÂTE CĂI DE PLIERE DISTINCTE SUNT PREZENTE ȘI CÂT DE
DIFERITE SUNT UNELE DE ALTELE?

 în majoritatea cazurilor, ordinea formării structurii native este

similară pe diferitele căi;

 pentru 9 din proteine căile aparținând diferitelor grupuri împărtășesc

mai mult de 60% din contactele native formate la un moment dat în
timpul procesului de pliere, acestea par sa partajeze un nucleu de
pliere obisnuit, fiind dificil sa distingem diferite cai folosind
experimente de ansamblu disponibile in prezent.

 numărul exact de căi și rute determinate de analiza depinde de

criteriile detaliate utilizate pentru clasificarea tranzițiilor pliabile, in
general plierea este de obicei un proces relativ omogen în care
elementele structurale individuale tind să se formeze într-o ordine
bine definită .
CE ROL JOACĂ, DACĂ EXISTĂ, STRUCTURA REZIDUALĂ
ÎN STAREA DESFĂȘURATĂ?

• S-a analizat cantitatea de structură

secundară reziduală în stare desfășurată
determinând procentul de reziduuri care
se găsesc fie în structura elicoidală, fie în
foaie, în starea desfășurată
• Procentul de helix și foaie este raportat
împreună cu cantitatea de structură
secundară care nu este nativă. Deși cea
mai mare parte a structurii reziduale
elicoidale pare a fi nativă, insa observăm
un anumit nivel de structură elicoidală
reziduală non-nativă în starea
desfășurată.

Fracția medie a reziduurilor care formează structură

secundară în stare desfășurată
EXISTĂ O BARIERĂ DE ENERGIE LIBERĂ PENTRU PLIERE ȘI
CARE ESTE AMPLOAREA ACESTEIA?

• Unele dintre proteinele simulate au fost directionate să se plieze în jos,

definite prin absența unei bariere distincte de energie liberă pentru pliere.

• În toate cele 12 cazuri, aplicarea acestei metode a dus la plierea barierelor

de energie liberă mai mici de 4,5 KbT (unde Kb este constantă a lui
Boltzmann și T este temperatura)

• Pentru trei proteine ​(BBL, proteina B și homeodomain), nu s-a putut

identifica o barieră de energie liberă care separă stările pliate și
desfășurate. Lipsa unei bariere de energie liberă în aceste cazuri se poate
datora, în principiu, incapacității de a separa în mod corespunzător bazinele
pliate și desfăcute prin utilizarea unei singure coordonate de reacție.
 CONCLUZII
• Constatăm că elemente ale structurii locale de natură locală sunt formate tranzitoriu
în starea desfășurată; formarea câtorva contacte cheie suplimentare asigură o
stabilizare suplimentară pentru aceste elemente structurale și inițiază tranziția de
pliere. În cele mai multe cazuri, plierea continuă apoi pe o singură cale dominantă, în
care se formează elemente structurale suplimentare într-o secvență bine definită, Cu
toate acestea, pentru două proteine, găsim dovezi clare pentru mecanisme de pliere
eterogene cu „clase” de stare de tranziție diferite.(NTL9 și varianta proteinei G,
prezintă două căi de pliere distincte din punct de vedere structural, ambele sunt
proteine α/ β de dimensiuni moderate, iar diferența dintre rute este un ordin diferit
de formare a catenelor β.

• De asemenea, este remarcabil faptul că un singur câmp de forță a fost capabil să

plieze în mod constant un număr substanțial de proteine, întinzând toate cele trei
clase structurale majore, în stările lor native. Astfel câmpurile de forță ale mecanicii
moleculare actuale sunt suficient de exacte pentru a face simularea MD un
instrument puternic pentru caracterizarea modificărilor conformaționale mari ale
proteinelor.
Va multumesc!