Studiu chemoinformatic asupra bananei

1. Identificarea componentului banana din baza de date foodb

Baza de date foodb ofera informatii despre nomeclatura ,clasificare , descriere ,
structura , date despre culoare , aroma, gust si textura. Utilizatorii pot folosii
butonul de „cautare” al bazei de date pentru sursa , nume , functii sau concentratii . In
functie de preferinte,utilizatorii pot vedea continutul bazei de date din „ Food browse ”
( care afiseaza alimente privind valorea lor chimica) .

Alimentul ales - banana

Denumirea Structura Continut Formula Smiles

compusului

Zahar 25143.333 mg/100g OC[C@H]1O[C@@](CO)

(O[C@H]2O[C@H](CO)[C@@H](O)
[C@H](O)[C@H]2O)[C@@H](O)
[C@@H]1O

Glucoza 5390.000 mg/100g InChI=1S/3C6H12O6/c7-1-

2(8)5-3(9)4(10)6(11)12-5;7-
1-2-3(8)4(9)5(10)6(11)12-
2;7-1-3(9)5(11)6(12)4(10)2-
8/h2*2-11H,1H2;1,3-6,8-
12H,2H2

Fructoza 4325.000 mg/100g OC[C@H]1OC(O)(CO)[C@@H](O)

[C@@H]1O

Amidon 4040.000 mg/100g OC[C@H]1OC(O)(CO)[C@@H](O)

[C@@H]1O
Zaharoza 2896.667 mg/100g OCC1OC(CO)
(OC2OC(CO)C(O)C(O)C2O)C(O)C1
O

Acid Aspartic 252.333 mg/100g N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O

Acid glutamic 223.667 mg/100g N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O

Leucina 223.667 mg/100g CC(C)CC(N)C(O)=O

Histidina 168.667 mg/100g NC(CC1=CN=CN1)C(O)=O

Serina 108.667 mg/100g NC(CO)C(O)=O

 2. Identificarea compusilor din baza de date pubchem

Referinta bibliografica : Kim S, Chen J, Cheng T, Gindulyte A, He J, He S, Li Q,

Shoemaker BA, Thiessen PA, Yu B, Zaslavsky L, Zhang J, Bolton EE. PubChem 2019
update: improved access to chemical data. Nucleic Acids Res. 2019 Jan 8;
47(D1):D1102-1109. doi:10.1093/nar/gky1033. [PubMed PMID: 30371825]

PubChem este o bază de date deschisă la National Institutes of Health (NIH). "Deschis"
înseamnă că vă puteți pune datele științifice în PubChem și că alții îl pot folosi. De la lansarea
în 2004, PubChem a devenit o resursă cheie de informații chimice pentru oamenii de știință,
studenți și publicul larg. PubChem conține în special molecule mici, dar și molecule mai
mari, cum ar fi nucleotide, carbohidrați, lipide, peptide și macromolecule modificate chimic.
Colectăm informații despre structuri chimice, identificatori, proprietăți chimice și fizice,
activități biologice, date de sănătate, siguranță, toxicitate și multe altele.
FAFDrugs (Free ADME-Tox Filtering Tool) este un serviciu online bazat pe programul
FAF-Drugs pentru filtrarea bibliotecilor mari de compuși înaintea experimentelor de
screening silico sau a studiilor de modelare aferente. Un obiectiv înrudit este predicția de
calcul a unor proprietăți ADME-Tox (adsorbție, distribuție, metabolizare, excreție și
toxicitate). În plus, fără a gestiona întregul proces de filtrare, FAF-Drugs are capacități de
bază, cum ar fi eliminarea sărurilor și contraionilor, eliminarea duplicatelor sau calcularea
descriptorilor ADME-Tox fără a filtra baza de date.

Valorile compusului (linia albastră) ar trebui să se încadreze în zona de filtrare asemănătoare

medicamentului. (albastru deschis)
Valorile compuse (linia albastră) suprapuse pe o bibliotecă orală minima și maxima (roz și

roșu).

Compușii localizați în triunghiul galben pot avea o permeabilitate optimă (clearance scăzut) și
o bună stabilitate metabolică
Spațiul proprietății chimice a fost obținut prin aplicarea unui PCA din cei 15 descriptori
fizico-chimici principali ai (compusului utilizatorului) comparativ cu două biblioteci orale
extrase din eDrugs și DrugBank.

Valorile compuse (linia albastră) ar trebui să se încadreze în zona de reguli RO5 și Veber.
(verde deschis)
Denumir Oral Bioavailability Drug Safety Profiling
e compus
Lipinski Veber Egan Bayer Oral GSK Pfizer Phospholipidosis
RO5 Rule Rule Physchem 4/400 3/75 Rule Non Inducer
Score Rule
Serina

Leucina

Zaharoza

Fructoza

Glucoza

Regiunile marcate cu verde au biodisponibilitate buna si nu sunt toxice.

3. Predictia profilurilor almetox si a toxicitatii asupra organelor cu programul

admetSAR.

Despre admetSAR

Proprietățile de absorbție, distribuție, metabolizare, excreție și toxicitate (ADMET) ale

candidaților la medicamente sau ale substanțelor chimice pentru mediu joacă un rol esențial în
descoperirea de droguri și în evaluarea pericolului pentru mediu. Serverul de relații structură-
activitate ADMET, intitulat admetSAR, este o cunoștință și un instrument cuprinzător pentru
a prezice proprietățile ADMET ale candidaților la medicamente și a substanțelor chimice
pentru mediu.
Referinta bibliografica : 1. Hongbin Yang, Chaofeng Lou, Lixia Sun, Jie Li, Yingchun Cai,
Zhuang Wang, Weihua Li, Guixia Liu, Yun Tang. admetSAR 2.0: web-service for prediction
and optimization of chemical ADMET properties. Bioinformatics, 2018, bty707. 2. Feixiong
Cheng, Weihua Li, Yadi Zhou, Jie Shen, Zengrui Wu, Guixia Liu, Philip W. Lee, Yun Tang.
admetSAR: a comprehensive source and free tool for evaluating chemical ADMET
properties. J. Chem. Inf. Model., 2012, 52(11): 3099-3105. (This paper is the hot paper of
JCIM in Dec. 2012)
Compus HIAbsorb BBB perm CYP3A4Inh CYP2C9 i CYP2C19i CYP2D6i CYP1A2i

Zahar - 0.978 - 0.757 - 0.9716 - 0.937 - 0.8821 - 0.939 - 0.942

Fructoza - 0.961 + 0.950 - 0.984 - 0.950 - 0.925 - 0.957 - 0.976

Amidon - 0.961 +0.671 -0.966 -0.964 -0.961 -0.964 -0.980

Zaharoza -0.978 +0.939 - 0.971 -0.937 -0.881 -0.939 -0.942

Acid Aspartic -0.531 +0.837 -0.937 -0.965 -0.973 -0.954 -0.960

Acid glutamic -0.531 +0.845 -0.930 -0.972 -0.972 -0.958 -0.904

Leucina +0.860 +0.890 -.955 -0.954 -0.960 -0.933 -0.904

Histidina +0.898 +0.978 -0.830 -0.964 -0.965 -0.956 -0.981

Serina -0.395 -0.452 -0.908 -0.951 -0.945 -0.934 -.0.908

Semnul - ne arata probabilitatea ca efectul sa nu se produca

Semnul + ne arata probabilitatea ca efectul sa se produca

Culoarea rosie reprezinta compusii care nu sunt ambsorbiti in intestin

 Toxicitatea asupra organelor

Com Carcino- Eye- Eye Ames Cardioto Hepatoto Endocrin e effects

pus genity corrosion irritation mutagenesi X
s
Zaha - 0.98 - 0.98 - 0.97 - 0.870 - 0.58 - 0.85 - 0.838
r 5 9 6 3 0
Fruct - 0.98 - 0.99 - 0.94 - 0.770 - 0.69 - 0.90 - 0.910
oza 5 0 8 6 0
Amid - 0.98 - 0.98 - 0.96 - 0.780 - 0.64 - 0.95 - 0.910
on 5 6 4 2 0
Zaha - 0.98 - 0.98 - 0.97 - 0.870 - 0.58 - 0.85 - 0.838
roza 5 9 6 3 0
Acid - 0.82 - 0.98 + 0.635 - 0.860 - 0.94 - 0.75 - 0.938
Aspa 8 7 6 0
rtic
Acid - 0.82 - 0.98 - 0.65 - 0.990 - 0.82 - 0.77 - 0.952
gluta 8 8 1 9 5
mic
Leuci - 0.71 - 0.91 - 0.52 - 0.940 - 0.86 - 0.77 - 0.909
na 4 6 7 4 5
Histi - 0.94 - 0.98 - 0.90 - 0.670 - 0.78 - 0.55 - 0.952
dina 2 7 5 9 0
Serin - 0.77 - 0.94 + 0.744 - 0.920 - 0.85 - 0.82 - 0.956
a 4 1 0 5

Concluzie :

Rezultatele tabelului suprind compusii care nu sunt toxici si nu provoaca alergii, inafara de
acidul aspartic si serina care provoaca iritarea ochilui.