Baze de date pentru compusi chimici

biologic activi si pentru proteine

Prof. Dr. Adriana Isvoran
 Baze de date pentru compusi chimici
CHEMBank – contine informatii despre compusi chimici ”mici” care au
activitate potentiala biologica și/sau si medicala
 Baze de date pentru compusi chimici
ZINC http://zinc.docking.org/ - cuprinde informatii despre circa 35 000 000 de
compusii chimici si care se gasesc pe piata in USA si cqre pot fi folositi in studii
de andocare moleculara
 Baze de date pentru compusi chimici
ZINC
- Nume alternative pentru fiecare compus, analogi
- Producatori
- Formule si reprezentare: 1D SMILES, 3D (sdf, mol2)
- Proprietati fizico-chimice

Apolar Polar Molecular

pH H-bond H-bond Net Rotatabl
xlogP desolvation desolvation tPSA(Ų) weight
range donors acceptors charge e bonds
(kcal/mol) (kcal/mol) (g/mol)

Reference
5.04 8.95 -44.96 0 2 -1 40 199.314 10
(pH 7)
 Baze de date pentru compusi chimici
ChemSPIDER http://www.chemspider.com/ - baza de date care ofera acces la
structuri si proprietati pentru mai mult de 35 000 000 de compusi chimici.
 Baze de date pentru compusi chimici
- ChemExper http://www.chemexper.com/ - informatii cu privire la
proprietatile fizico-chimice ale diversilor compusi chimici.
 Baze de date pentru compusi chimici
- PubChem https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/search/ - baza de date pt
molecule mici cu activitate biologica
 Baze de date pentru compusi chimici
PubChem este organizata sub forma a 3 baze de date interconectate
PubChem Substance, PubChem Compound, PubChem BioAssay
- PubChem Substance contine iformatii generale despre un compus chimic: nume,
structura, date despre depunerea compuslui in baza de date
- PubChem Compound contine structuri chimice validate pentru compusul cautat,
proprietati fizico-chimice, reactii la care particpa, referinte bibliografice, etc
- PubChem BioAssay contine informatii despre activitatea biologica a compusului
studiat, proteinele cu care interactioneaza (informatii despre calea/caile fiziologice
in care este implicat compusul cautat).

Acid lauric Molecular Formula:C12H24O2

Molecular Weight:200.317 g/mol
Heavy Atoms:14
H-Bond Donors:1
H-Bond Acceptors:2
Rotatable Bonds:10
XLogP:4.2
Polar Area:37.3 Å2
Complexity:132
 Baze de date pentru compusi chimici
- ChEMBL - https://www.ebi.ac.uk/chembl/ - o baza de date ce contine
compusi chimici si informatii cu privire la structura, proprietatile, functiile
acestora. Este conectata cu celelate baze de date.
 Baze de date pentru compusi chimici
- ChEBI - https://www.ebi.ac.uk/chebi/ baza de date pentru molecule mici
cu importanta biologica
 Baze de date pentru compusi chimici
- DrugBank - http://www.drugbank.ca/ baza de date cu date farmacologice
si farmacocinetice ale 8070 de compusi care actioneaza ca medicamente
in corelatie cu tintele lor moleculare si caile fiziologice/patologice in care
intervin.
 Baze de date pentru compusi chimici
- Human Metabolome database http://www.hmdb.ca/ baza de date
informatii despre 41993 compusi chimici care sunt gasiti ca metaboliti in
organismul uman: date chimice, date clinice si date biochimice si/sau de
biologie moleculara.
 Baze de date pentru compusi chimici
- Toxin and Toxin Target Database (T3DB) http://www.t3db.ca/ baza de date
informatii despre 3673 compusi chimici care au caracter toxic: poluanti,
pesticide, medicamente, toxine alimentare. Fiecare intrare ofera informatii
cu privire la proprietatile fizico-chimice, descriptori, indice de toxicitate,
tinte si interactiuni moleculare, informatii medicale.
 Baze de date pentru compusi chimici
- FooDB http://foodb.ca/ baza de date cu informatii despre compusii chimici
care sunt micronutrienti, macronutrieniti, aditivi alimentari
Baze de date pentru compusi chimici
 Baze de date pentru compusi chimici
PPDP – Pesticide Properties Data Base
http://sitem.herts.ac.uk/aeru/footprint/index2.htm contine informatii despre
proprietatile fizico-chimice ale pesticidelor si date ecotoxicologice.
 Baze de date pentru compusi chimici
eMolecules
http://www.emolecules.com/
Este o baza de date destinata mai mult comercializării moleculelor cu importata
biologica.
 Baze de date specilaizate
• NMRShiftDB http://nmrshiftdb.nmr.uni-koeln.de/ -
conține structuri ale moleculelor organice obținute
prin metoda RMN precum și spectrele RMN ale
acestora. De asemenea, analizeaza spectre încarcate
de utilizatori.
 Baze de date pentru proteine
UNIPROT - secvente
-Prezintă secvențele proteinelor si informații despre funcțiile acestora.

http://www.uniprot.org/
 Baze de date pentru proteine
PDB - structuri
Pentru informații structurale asupra proteinelor este utilizată banca de date
Protein Data Bank conține structuri determinate experimental prin metode de
difracție a razelor X, RMN si/sau microscopie electronică, pentru proteine, acizi
nucleici si complexe realizate de către aceste macromolecule.

http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
 Baze de date pentru clasificarea
structurală a proteinelor
În ceea ce priveste clasificarea proteinelor, există trei mari
baze de date:
• Structural Classification of Proteins (SCOP,
http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/),
• Class, Architecture, Topology and Homologous (CATH,
http://www.cathdb.info/)
• Families of Structurally Similar Proteins (FSSP,
ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/mirror_database/fssp/fssp.html).