BIOCHIMIA

STRUCTURA
PROTEINELOR

Obiectivele:

1.
2.
3.

1.Rolul biochimiei n sistemul de instruire a medicului.(1-4)

2.Particularitile materiei vii.(6)
3. Metodele de studii biochimice.(7)
4. Cele mai importante descoperiri ale secolului XX (8)
5. Proteinele, rolul lor biologic (9-10)
6. Teoria polipeptidic a structurii proteinei.(11-12)
7. Gradele de organizare ale moleculei proteice (13)
a) AA, structura, principiile de clasificare (14-18)
b) structura primar i principiul descifrrii ei.(19-27)
c) Structura secundar ( Alfa elicea i Beta structura)(28-31)
d) Structura teriar. Domenile.(32-33)
e) Structura cuaternar. (34)
8) Proteinele fixatoare de Ca 35
9) Colagenul(36-38)
10) Clasificarea proteinelor (39-48)
11) Endotelinele (49-51)

Biochimia:
- ca termen a fost ntrodus pentru prima dat
in 1903 de ctre Carl Neiberg.
- Bios (din greac nseamn "via").
- este tiina care studiaz bazele moleculare
ale vieii.
- este tiina despre structura i transformarea
substanelor chimice, care ntr n
componena materiei vii, procesele fizicochimice, care stau la baza activitii vitale.
- este nrudit cu fiziologia, chimia organic dar
nu este o simpl sintez a acestor tiine.

Deosebim biohimie:
- static - studiaz componena
materiei vii i proprietile compuilor
biologici separai.
- dinamic studiaz complexitatea
modificrilor de substane n
organism.
- funcional cerceteaz procesele
chimice ce stau la baza diferitelor
manifestri ale vitalitii.

Rolul biochimiei n practica medical:

Pe plan teoretic descoperirile biochimiei
mbogesc i adncesc cunotinele despre
manifestrile vitale.
n domeniul practicii promoveaz progresul :
- cercetrilor medicale;
- diagnosticului clinic de laborator;
- al farmacologiei i farmaceuticii;
- al microbiologiei, virusologiei i imunologiei.
Studiaz:
-compoziia chimic a esuturilor i lichidelor
biologice n condiii fiziologice i patologice,
-corelaiile dintre modificrile metabolice ale
diferitor organe, esuturi i lichide biologice;
-dinamica indicilor metabolici n diverse stri
fiziologice (mbtrnire, efort fizic) i n patologii

2. Particularitile materiei
vii:

gradul superior de organizare structural

(caracterizat prin structura compus i
diversitatea de molecule)
Funcia strict determinat i sensul su
specific pentru fiecare parte component.
Capacitatea de a transforma i a utiliza
energia
Schimbul de substane cu mediul
nconjurtor i autoreglarea
transformrilor chimice.
Capacitatea de autoreplicare sau
transmitere a informaiei genetice.

Metodele de studii
biochimice
-

Biochimia are de-a face cu obiectele vii, folosind

metode extrem de fine de separare a anumitor
substane.
- Obiect de studiu poate fi organismul integru pe care se
fac concluzii (administrarea unor substane i
determinarea produselor finale, care se elimin),
- organ, esut, celul care mai nti se supun omogenizrii
(frmirii) folosind omogenizatoare speciale care le
dezintegreaz pn la structuri subcelulare (nuclee,
mitocondrii, lizozomi, peroxisomi, citomembrane), care
se separ prin ultracentrifugare, apoi se extrag
structuri biomoleculare, care se reextrag,se purific
prin distilare, evaporare, dializ, evaporare,
electroforez, cromatografie, i multe alte metode.

Cele mai importante

descoperiri ale secolului XX
-

1902 - A Fier a efectuat sinteza artificial a proteinei, a

elaborat teoria polipeptidic a structurii proteinei
Knoop i Linen, Lipman, Kennedy, Leninjer au elucidat
procesele de oxidare i sintez a acizilor grai i altor lipide.
Emben, Meierhof Krebs, M.Dikkens, Varburg ct i Engelhardt,
Parnas, Ivanov, au creat schemele diferitor ci de
transformare a glucidelor i formare n cursul acestor
transformri a ATP- ca purttor chimic de energie.
Brautein, Severin, Orehovschi, Coland, Linen au separat
multe enzime n stare cristalin, au stabilit structura lor,
mecanismele reaciilor chimice i reglarea activitii
acestora.
n ultimii 30-40 de ani n studiile biochimice au aprut
modificri radicale datorit utilizrii metodelor moderne de
cercetare. A crescut considerabil sensibilitatea i
exacticitatea aprecierilor cantitative a diferitor metabolii n
structurile biologice.

Proteinele:
- sunt substanele organice azotate, alctuite
din AA, legai n lanuri prin legturi
peptidice, care posed cel mai nnalt grad de
complexitate, varietate molecular, i care
prezint specificitate de specie, de organ.
-"proteios", din greac nseamn "de prim
rang", pentru via.
- ca termen folosit pentru prima dat n 1838
de ctre savantul german Mulder.
-"Majoritatea modificrilor biochimice n
organismele vii snt determinate de
proteine.

Rolul biologic al proteinelor:

Structural (colagenul, elastina, keratina);

Catalitic (amilaza, pepsina, LDH);
De recepie (receptorii hormonali);
contractil i locomotor (dinamic) actina, miozina ;
transport i depozitare (Hb transport oxigenul, iar
Mb l depoziteaz n muchi; transferina i feritina
transport i depoziteaz fierul n snge, ficat);
reglator i hormonal - reglarea creterii i
diferenierii celulelor (insulina, proteinele- represor);
de protecie fa de corpi strini, virusuri, bacterii
(imunoglobuline);
homeostatic meninerea constantelor sngelui
(albuminele determin presiunea oncotic
cantitatea, volumul lichidului n vasele sanguine);
de rezerv, trofic proteinele alimentare.

Teoria polipeptidic a
structurii proteinei
- propus n 1902 de Emil Fier
Este: Proteinele sunt substanele organice azotate,
alctuite din AA, legai n lanuri prin legturi peptidice,
care posed cel mai nnalt grad de complexitate, varietate
molecular, i care prezint specificitate de specie, de
organ. Putem deduce principalele caracteristici ale
proteinelor

coninutul de Azot este destul de constant (n medie 16%

din masa uscat).

Prezena permanent a componenilor structurali AA

Prezena legturilor peptidice ntre AA cu ajutorul crora se

leag n LP

Masa molecular mare (de la 4-5 pn la cteva milioane de

Daltoni).

Organizarea structural complicat.

Argumente experimentale ale teoriei

polipeptidice :

Eliberarea la hidroliz a unui numr esenial de

grupri funcionale carboxilice i aminice, care
erau ocupate n formarea legturii peptidice.
Reacia pozitiv cu biuretul dovedete
prezena legturii peptidice, alte reacii de
culoare ca Ninhidrinic-dovedete prezena
alfa AA.
Analiza Rentgenostructural a permis de a
vedea repartiia resturilor de AA din catena
polipeptidic ct i organizarea lor.
Argumentarea de baz este posibilitatea de a
sintetiza proteina, care posed activitate
biologic.

Gradele de organizare ale

moleculei proteice
Structura:
primar, secundar, teriar,
cuaternara

Aminoacizii

sunt derivaii acizilor carboxilici la care

un atom de H a fost substituit de grupa
aminic.
n funcie de poziia n care a avut loc
substituia destingem alfa, beta, gama i
etc. AA.
20 de aminoacizi fundamentali
proteinogeni sunt Alfa AA i sunt de linia
L.

AA pot fi clasificai dup

urmtoarele principii:

Dup structura R lateral (n alifatici

aromatici; substituii-nesubstituii;
dup acidul carboxilic, n care a fost
substituit atomul de H)
n funcie de proprietile fizicochimice (acizi, bazici i neutri)
i clasificarea biologic dup gradul de
indespensibilitate al AA pentru
organism

Structura primar

prezint componena i succesiunea

aminoacizilor din lanul polipeptidic,
determinat genetic.
Este stabilizat de legturile
peptidice covalente, care se
formeaz la interaciunea grupei carboxilice a unui aminoacid cu aminogrupa urmtorului aminoacid.

Structura primar

Proprietile legturii
peptidice:

este o legtur covalent

coplanarea toi atomii
grupelor peptidice se afl
ntr-un singur plan
2 forme de
rezonan(ceto sau enol)
poziia trans a
substituienilor n raport
cu leg C-N
capacitatea de a forma
legturi de hidrogen
(fiecare gr. peptidic
poate forma 2 legturi de
hidrogen)

Principiile de descifrare a
succesiunii AA-etapele:

hidroliza acid a proteinelor cu determinarea

calitativ i cantitativ a AA.
determinarea AAr N i C terminali.
La determinarea AA N-terminal se utilizeaz:
-metoda Sandger (cu fluordinitrobenzol)
- Edman (cu fenilizotiocianat)
- enzimatic (cu aminopeptidaza)
-metoda cu dansil
Determinarea AA C-terminal se efectueaz prin:
Metoda chimic cu hidrazina (metoda Acabori)
enzimatic (carboxipeptidaz)
reductori: NaBH4 sau LiBH4

Principiile de descifrare a
succesiunii AA-etapele:

hidroliza selectiv a
proteinei prin doua
metodele diferite
(tripsina, chimotripsina,
pepsina) sau chimice
(cu bromura cianidic)
identificarea succesiunii
AA n fragmentele
obinute prin metoda
Edman.
deducerea structurii
primare prin
suprapunerea
segmentelor obinute.

Metoda lui Sandger

Metoda lui Edman

Metoda lui Acabori

Orice dereglare a structurii

primare a proteinelor duce
afectarea proprietii biologice.
BUFET BUKET
n anii 50 a fost descris
structura primar a
hemoglobinei, ce const
din 600 resturi de AA i
dac n loc de acidul
glutamic se include valina
Hb devine mai nestabil,
mai ru fixeaz O2 , este
insolubil i duce la
apariia anemiei cu celule
falciforme.

Structura secundar

reprezint modul mpachetrii catenei

polipeptidice ntr-o structur ordonat,
datorit formrii legturii de H ntre grupele
peptidice ale unei catene sau a catenelor
nvecinate.
Dup configuraie structura secundar
poate fi sub form de -elice, sau s
structur
n spaiu molecula proteic tinde s ocupe
o form cu cea mai mic energie liber.

Particularitile de baza
ale -spiralei:

orientat spre dreapta

posed simetrie elicoidal;
legturile de hidrogen se
formeaz ntre grupele peptidice
ale primului i ale celui de al
patrulea rest de aminoacid;
radicalii laterali ai aminoacizilor
nu particip la formarea spiralei i snt dispui n exterior.
regularitatea i identitatea
spirelor: nalimea unei spire
constituie 0,54 nm (5,4 A) i
cuprinde 3,6 resturi de
aminoacizi (nlimea unui
aminoacid este de 0,15 nm sau
1,5 A).
Periodicitatea regularitii spiralei este egal cu 5 spire sau
cu 18 aminoacizi. Lungimea unei
perioade este de 2,8 nm.

Aminoacizii ce diminuieaz
(mpedic) formarea elicei:

Prezena:
prolinei (atomul de N nu are H i nu e capabil s formeze
legturi de hidrogen intracatenar se formeaz o ndoire, o
ncovoiere n lan.

radicalilor voluminoi ((Val, Asp) confer o

strngere steric a elicei)

Ser, Tre gr. OH pot forma puni de H pot servi ca factori

destabilizatori

Glu, Liz, His, Arg apar fore electrostatice de

respingere sau atragere

-structur

are configuraia curbat, care se

formeaz cu ajutorul legturilor de
hidrogen intercatenare n limita unor
sectoare a aceluia lan polipeptidic
sau a lanurilor alturate.
Aceast structur se mai numete
structur n straturi pliante.
-structur poate fi de 2 tipuri:
cross form particip un singur
lan
-structur complet particip 2 sau
mai multe catene, care pot fi:
- paralele (N-terminaiile catenelor

polipeptidice snt ndreptate n aceeai direcie)

- antiparalele (N-terminaiile snt ndreptate n

diferite direcii).

distana ntre 2 resturi de aminoacizi

este de 3,5 A

Structura teriar

reprezint modul de mpachetare a LP n spaiu

tridimensional.
proteinele se mpart n globulare i fibrilare.
se formeaz datorit interaciunii dintre radicalii AA
situai la distanta.
Legturile ce stabilizeaz structura teriar:
Legturile covalente:
- disulfidice,
- pseudopeptidice
- esterice
Legturile necovalente
- de hidrogen,
- ionice,
- electrostatice
- forele Van der Waals

Domeniile:
reprezint regiuni
compacte cu
organizarea teriar
specific, relativ rigide,
separate ntre ele de
segmente mai puin
organizate care permit
micarea unui domeniu
n raport cu altul.
- sunt responsabile de
anumite funcii
- cu structuri i proprieti
similare sunt prezente
n diferite proteine

Structura cuaternar a
proteinelor:

este caracteristic pentru proteinele alctuite din mai multe

LP(protomeri sau subuniti).
- reprezint asamblarea protomerilor n spaiu (oligomer)
Funcia specific a unei proteine oligomere se manifest numai la
nivelul structurii cuaternare, protomeri separai sunt inactivi.
Legturi care stabilizeaz structura cuaternar sunt legturile
slabe (de hidrogen, saline, fore hidrofobe etc.).
Interaciunile prin suprafee
complementare prezint fenomenul
de cooperare- primele interaciuni
favorizeaz formarea celorlalte.
Ex. molecula hemoglobinei const
din 4 protomeri.
-

Proteinele fixatoare de Ca

sunt proteine ce posed afinitate major

de legare a ionilor de Ca. Toate aceste
proteine conin resturi de
carboxiglutamat de care se fixeaz ionii
de Ca. carboxiglutamatul se formeaz
din Glu sub aciunea enzimei
(carboxilaza), care ca coenzim are
vitamina K.
Exemple:
- colagenul
- calmodulina o protein mic ce
posed patru locusuri de fixare pentru
ionii de Ca
- factorii coagulrii sngelui(II,VII,IX,
X)
- fosfolipaza C

Colagenul:
cea mai rspndita protein din organism.
Este o protein extracelular, fibrilar, componenta
major a esutului conjuctiv i osos. n esutul conjuctiv
ea ofer rezisten, iar n cel osos constituie carcasa
organic a mineralizrii.
Particularitile structurale:
1. Fiecare al treilea aminoacid din caten este prezentat
prin glicin (30%)
2. Fiecare al patrulea - prin prolin i hidroxiprolin (25%)
3. Conine 10% alanin
4. Conine hidroxilizin
5. Coninutul tioaminoacizilor i tirozinei este redus
Se deosebesc cinci feluri de lanuri primare: 1I, 1II,
1III, 1IV, 2. Prin combinarea lor se formeaz 4 tipuri
principale de colagen.

Colagenul:

Structura primar prezint o caten

polipeptidic curbat alctuit din
circa 1000 resturi de aminoacizi.
Structura secundar reprezint alfa
catene spiralate rsucite spre stnga
3 alfa catene spiralate, rsucite spre
stnga formeaz tropocolagenul.
Tropocolagenul este subunitatea
structural a colagenului.
Structura cuaternar: aezarea
subunitilor de tropocolagen sub
form de trepte, fiecare molecul
fiind deplasat cu din lungime fa
de moleculele vecine. Monomerii sunt
legai stabil prin legturi covalente
ncruciate inter i intramoleculare,
care le confer microfibrilelor
rezisten mecanic. Prin asocierea
microfibrilelor se formeaz fibrilele,
iar din ele - fibra de colagen.
Colagenul este proteina care activ
fixeaz ionii de Ca2+.

Clasificarea contemporan a
proteinelor.

Savanii M.Levitt i C.Chiothia (1970) examinnd

structura proteinelor le-au devizat n 5 clase
(fiecare clas difer dup prezena i poziia spiralei i -structurii).
Proteine ce conin 100% -elice, formnd o
structur globular;
Proteine ce conin -structur i, de regul, sunt
alctuite din dou straturi antiparalele sau situate
n forme butoiae;
Proteine ce conin att ct i componente;
Proteine ce nglobeaz / segmente alternate n
structura secundar, formnd structura teriar cu
centrul i ncercuite de -spirale;
Proteine neorganizate cu structura secundar
evideniat nesemnificativ.

Dup dinamica
domeniilor structurale

Proteine cu domenii rigide, imobile,

dure, unite prin segmente mari,
flexibile, ce le permit fluctuaii n
diapazon larg;
Proteine cu domenii rigide, dure, unite
prin poriuni mici, denumite balama
cu o circulaie mai redus;
Proteine unde domeniile au roluri
diverse folosesc flexibilitatea pentru
asigurarea unor funcii.

Proteinele simple
(holoproteine)
-

Histonele -localizate n nucleu, conin aminoacizi bazici

pn la 30% (Arg, Liz). Au sarcina pozitiv, sunt legate
electrostatic cu acizii nucleici. Funcia: iau parte la reglarea
metabolic a activitii genomului, funcie structural
- Albuminele i globulinele prezint masa principal a
proteinelor sanguine, a lactatelor, masei musculare.
Raportul albumine-globuline rmne constant: 1,5 2,3.
- Albuminele mas molecular mic, PI 4,7, sarcin
negativ, sunt solubile n ap. Rolul: determin presiunea
oncotic, particip la transportul substanelor.
- Globulinele - mas molecular mai mare ca albuminele,
au caracter acid (PI 6 -7,3), conin n cantitate mare Glu,
se dizolv n soluii saline slabe, dar nu n ap.
Rolul imunologic: sintetizeaz anticorpi.
Protaminele, prolaminele, glutelinele

Proteinele conjugate
(Proteide):

Nucleoproteine
Cromoproteine
Fosfoproteine
Lipoproteine
Metaloproteine
Glicoproteine

Nucleoproteinele

compuse din:
1- proteine (histonele, bogate n Arg i
Liz.)

2 - acizi nucleici.
Rol: constituie baza molecular a unor
procese biochimice fundamentale ca:
stocarea, transmiterea i exprimarea
informaiei genetice, biosinteza
proteinelor, diviziunea celular.

Cromoproteinele:
compuse din protein i partea neproteic
colorat.
- Sunt porfirinice i neporfirinice
Reprezentanii: clorofila, hemoproteidele (Hb),
sistemul de citocromi, catalaza, peroxidaza.
Rolul:
1. particip n fotosintez
2. transportul oxigenului i CO2
3. reaciile de oxido-reducere
4. senzaiile de lumin i culoare

Fosfoproteinele:

proteine +
acidul fosforic (legate prin
legturi esterice- de

hidroxiaminoacizi
Ser, Tre
)
Reprezentani: cazeinogenul
(proteina

laptelui), vitelina, vitelenina (din

glbenuul de ou), ihtulina (din icre de
pete).
Rolul:
- servesc ca material energetic, plastic n
porocesul de embriogenez i cretere
postnatal
- alimentar

Lipoproteine - proteine +
lipide (fosfolipide, TAG,
colesterol)

Rolul:
Reprezint constituieni structurali ai celulelor
intervin n permeabilitatea biomembranelor
furnizeaz energia
particip la transportul prin snge i limf a unor
substane liposolubile (vitaminele liposolubile A, D, E,
K, unii hormoni, unele medicamente)
n plasma sanguin lipoproteinele(LP) se difereniaz
n 4 fraciuni pe baza densitii lor:
chilomicronii (d mai mic ca 0,95)
- LP cu densitate foarte mic (VLDL) (d mai mic ca
1,006)
- cu densitate mic (LDL) (d mai mic ca 1,065)
- cu densitate mare (HDL) (d mai mic ca 1,2)

Glicoproteinele proteine +
glucidic (glucozamin,
galactozamin, a. hialuronic,

Rolul:
glucozaminglicani)

sunt constituieni plastici ai celulei, intr n

componena membranelor biologice
au rol de protecie a mucoaselor
gastrointestinale, ale aparatului respirator i
urogenital fa de aciunea enzimelor
proteolitice, a unor compui chimici sau
ageni mecanici
sunt inhibitori ai aglutinrii hematiilor
sunt componente specifice de grup sanguin
particip n reaciile imunologice

Metaloproteine: protein
+metal (Fe, Cu, Zn, Mg)

Exemple: Hb- conine Fe: transportul gazelor

Feritina conine Fe, localizat n ficat, constituie
rezerva, depozitul de Fe din organism
Transferina conine Fe, Cu i Zn, se afl n
plasma sanguin, transport Fe n oprganism
Mioglobina conine Fe, se afl n muchi, rol de
transportor i rezervor al oxigenului n muchi
Ceruloplasmina conine Cu, se afl n plasma
sanguin, transportor al Cu n organism i
aciune oxidazic asupra vitaminei C.

Peptidele active:

Endotelinele o familie de peptide noi cu

activitate biologic activ deosebit. n anul 1988
Yangisana au obinut din cultura endoteliului
vascular un peptid cu efect biologic pronunat
numit endotelina (ET).
ET- sunt cei mai efectivi factori vasoactivi.
Clasificare: deosebim ET1, ET2, ET3 (izoforme).
Deosebirile ntre ele:
sunt codificate de gene diferite
sunt expresate n mod diferit n esut vascular.
Et-1 i ET2 sunt vasoconstrictori puternici
Structur: ET1 un peptid biciclic format din 21
aminoacizi.

Sinteza i degradarea:

Sintez: trei etape:

hidroliza proteolitic a preproendotelinei (92
a/a) sub aciunea convertazei 1 cu formare
de endotelin (40 a/a).
hidroliza captului C terminal ( 2 a/a) sub
aciunea carboxipeptidazei
sub aciunea convertazei 2 proendotelina
trece n endotelin (21 a/a).
Degradarea: 2 enzime
metaloendopeptidaz cu PH optim de 5,5
endotelinaz (serinproteinaza)

Endotelinele
Aciune: 2 tipuri de receptori: ET-A i ET-B situai nu

numai n endoteliul vaselor ci i n rinichi, plmni,

suprarenale, esut nervos.
ET-A receptorii + structurile fixatoare de G protein mediaz constricia vaselor. Funcia ET-B receptorilor e
cuplat cu activarea fosfolipazei C i A2, majorarea nivelului
de Ca intracelular cu majorarea intensiv a prostaciclinei
i/sau tromboxanului A2 ceea ce conduce att la
constricia ct i dilatarea vaselor.
Rolul:
regleaz tonusul vaselor i n general cardiohemodinamica
particip n patogenia HTA eseniale
ET-1 i ET-3 posed efecte neurologice (n esutul nervos
intensific sinteza fosfoinozitolfosfatului), provoac
modificri n reaciile de comportare, efect central
cardiorespirator.
regleaz starea funcional a endoteliului, stratului intim
arterial i venos din diferite vase