Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
Biochimia:
- ca termen a fost întrodus pentru prima dat ă in 1903 de c ătre Carl Neiberg.
- Bios (din greacă înseamnă "viaţă").
- este ştiinţa care studiază bazele moleculare ale vie ţii.
- este Ştiinţa despre structura şi transformarea substan ţelor chimice, care într ă în componen ţa materiei vii,
procesele fizico-chimice, care stau la baza activit ăţii vitale.
- este înrudită cu fiziologia, chimia organică dar nu este o simpl ă sintez ă a acestor ştiin ţe.
COLAGENUL
cea mai răspândita proteină din organism (30-35% din cantitatea totală de proteine).
este o proteină extracelulară, fibrilară, componenta majoră a ţesutului conjuctiv şi
osos.
Rolul:
în ţesutul conjuctiv ea oferă rezistenţă,
în cel osos constituie carcasa organică a mineralizării.
PARTICULARITĂŢI STRUCTURALE
Fiecare al treilea AA din catenă este prezentat prin glicină (30%)
2. Fiecare al patrulea - prin Pro şi hidroxiPro (25%)
3. Conţine 10% Ala
4. Conţine hidroxilizină
5. Conţinut redus de Tyr, absenţa Trp şi Cys
Se deosebesc 3 tipuri de lanţuri peptidice: a1, a2, a3. a1 prezintă 5 subtipuri:: a1I, a1II,
a1III, a1IV, aV. Prin combinarea lor se formează diverse tipuri de colagen.
Datorită acestui fapt la trecerea unui curent electric în soluţie, AA vor migra în mediu acid spre catod(-), iar
în mediu alcalin spre anod(+).
Punct izoelectric
- E ste o valoare a pH-ului la care suma sarcinilor pozitive este egală cu suma sarcinilor negative (migrarea
proteinelor sau a AA într-un cîmp electric este nulă)
se notează pHi şi este diferit pentru fiecare aminoacid sau proteină.
În această formă se exercită forţe de atracţie reciproce între grupările – COO- şi - NH3+; are loc o
aglomerare a moleculelor din soluţie şi solubilitatea devine minimă.
pHi
Pentrui AA neutri se află între pH 6-7
Pentrui AA bazici se află în mediu bazic
Pentrui AA acizi se află în mediu acid
Sarcina proteinei
La un pH mai acid ca valoarea pHi proteina capătă o sarcină pozitivă (cation) şi migrează spre catod(-);
la PH mai mare ca pHi proteina capătă o sarcină negativă şi migrează spre anod(+)
15
Protenele sint macromolecule cu proprietati hidrofile,deci sint solubile.Aceasta proprietate se
datoreaza repartizarii resturilor de aminoacizi pe suprafata molecule si a grupelor polare(NH2 si
COOH).Aceasta proprietate este determinata de mai multi factori:
1-Componenta aminoacizilor
*In dependent de predominarea aminoacizilor hidrofili sau hidrofobi se determina si modul de
interactiune a proteonei cu dipolul de apa.
2-Forma molecule
*Luind in considratie modul de impachetare a proteinelor in structure cuaternare
Fibrilare-insolubile
Globulare-grade diferite de solubilitate
3-Sarcina proteinei
*la fel determinate de modul de aranjare a aminoacizilor,mai concret a grupelor polare pe partea
externa a molecule proteice.Daca proteina va avea sarcina(+sau-)ea va avea grad de solubilitate iar
daca sarcina va fi zero-proteina va sedimenta la fundul vasului.
4-Natura solventului
*Este cea ce tine de mediul in care este introdusa proteina(temperatura,pH,presiune etc…)
5-Temperatura solventului
*La o temperature inalta proteina poate sa difuzeze mai rapir in solvent sau sa denaturize cu
consecinta de sedimentare
6-pH solventului
*In dependenta de sarcina proteinei se stabileste si mediul in care proteina este solubila
Acida-va fi solubila in mediul bazic si neutru avint sarcina +/- si insoluvila in mediul acid fiind in
pHi
Bazica-solubila in mediul acid si neuru,insolubila in mediul bazic
Neutral-solubila in mediul bazic si acid
Solubilitatea este influentata de urmatorii factori:
1-Prezenta sarurilor metalelor usoare-NaCl,MgCl2,Na2SO4…
*in concentratie mica-maresc solubilitatea
*in concentratii mari-scad solubilitatea si ele precipita,metoda numita salifiere(depinde de sarcina
enzimei in legatura cu sarsina mediului in care este introdusa)
micşorarea solubilităţii
Renaturare (renativare).
(renativare).
- este restabilirea structurii şi activităţii biologice a proteinei la înlăturarea agentului denaturant.
17 calitative si cantitative a
proteinelor
Cromatografie-este identificarea şi separarea aminoacizilor.
* Principiul: Metoda este bazată pe diferenţa coeficientului de repartiţie a
aminoacizilor în apă şi solvent organic (butanol), care nu se amestecă cu
apa.
* Apa se absoarbe pe hîrtia cromatografică, constituind faza staţionară, iar
solventul organic, migrează pe ea. Concomitent cu ultimul se mişcă şi
aminoacizii.
* Viteza migrării aminoacizilor pe banda cromatografică este direct
proporţională cu gradul de solubilitate în butanol.
Electroforeza -este metoda de separare a particulelor ce
posedă sarcină (proteine) într-un cîmp electric.
* Direcţia migrării Pr depinde de pH-ul mediului; Pr fiind electroliţi amfoteri — în
mediul acid ele posedă sarcină + şi se mişcă spre C, în mediul bazic posedâ sarcină
“-”migrează spre A.
Separarea Pr din serul sanguin
La pH-ul 8,6 -8,9 în câmpul electric continuu Pr serului posedă sarcina negativă şi vor migra
spre A cu o viteză care depinde în aceeaşi măsură de mărimea sarcinii electrice şi de masa
moleculară a particulelor. În rezultat se separă
Albumine(care agung primele),apoi globulinele care se separă în fracţii: a1, a2; b şi în final
g-globulinele.
FLAVINA:
Derivaţi ai vitaminei B2
FMN şi FAD
Rolul:
1. Participă în reacţiile de oxido-reducere:
2. Dezaminarea AA
3. Degradarea aldehidelor (aldehidDH)
4. Degradarea purinelor (xantinoxidaza)
5. Ciclul Krebs (succinatDH)
6. Oxidarea AG
7. DOP (dihidrolipoilDH)
NIcotinamidice:
• Sunt derivaţi ai vitaminei PP –niacina, niacinamida, B5
• se include în structura a 2 Co- NAD şi NADP
• Rolul
• Participă în reacţiile de oxido-reducere (dehidrogenarea S –transferul unui hibrid ion (H+ şi
2 e). Alt proton rămâne în soluţie H+
21. Exemple de reactii in care participa coenzimele vitaminelor B1, B2, B6, PP
1. Reacţia sumară a decarboxilării oxidative a piruvatului cu participarea TPP (deriv. Vit.
B1)
Prima etapă:
Difuzia S spre E şi legarea cu CA al E - formarea complexului ES
* de scurtă durată
* depinde de concentraţia substratului şi de viteza lui de difuzie spre centrul activ al enzimei.
2. Transformarea complexului primar ES în unul sau cîteva complexe activate - ES*, ES**
(este cea mai lentă). Are loc dereglarea legăturilor S, ruperea lor sau formarea noilor legături în
urma interacţiunii grupelor catalitice ale E.
3. Despărţirea produselor reacţiei de CA al E şi difuzia lor în mediul ambiant (complexul EP
disociază în E şi P).
Ipoteza “lacăt-cheie” (Fischer) şi “coincidenţa forţată” (Koshland)
* Modelul clasic (Emil Fischer) consideră că potrivirea S cu CA al E este analog cu
potrivirea “lacăt-cheie”. Acest model presupune o rigiditate a structurii enzimei în zona CA.
* modelul Koshland, numit “centrul activ indus”- potrivire indusă , presupune că CA nu
este rigid, că forma acestuia se modifică în momentul legării S.
Mecanismul de acţiune al E
7. La nivel molecular acţiunea E poate fi lămurită prin următoarele efecte:
1. Efectul de orientare a substratelor (CA al E fixează S şi le orientează într-un mod
convenabil pentru acţiunea gr. catalitice)
2. Efectul de deformare a S (după unirea în CA molecula S se întinde, se deformează –
favorizând scindarea ei)
3. Cataliza acido-bazică (în procesul fixării S în CA asupra lui acţionează grupele electrofile
ale sectorului catalitic, are loc redistribuirea densităţii electronice în S şi ruperea legăturilor
din S
4. Cataliza covalentă – formarea legăturilor covalente între CA şi S, complexul ES e foarte
instabil, uşor disociază eliberând P reacţiei
23. Specificitatea.
Este capacitatea unei E de a selecta dintr-un numar de compusi S particular
Este o proprietate a E, care institue eficienta si ordine de metabolism, prevenind
desfasurarea lui haotica.
Este conditionata de comlimentaritatea conformationala si electrostatica intre CA al E si S.
Este capacitatea unei enzime de a selecta dintr-un numar mare de S unul particular,
Este conditionata de complimentaritatea conformationala si electrostatica intre CA al E si S .
Tipurile de specificitate :
Specificitatea de reactie : E- catalizeaza un anumit tip de reactie ce sta la baza clasificarii
enzimelor: ohidroliza, o reactie redox, formarea unei legaturi , etc.
Specificitatea de substrat: stereochimica , absoluta si relativa:
Stereochimica: E catalizeaza transformarea numai a unui din stereoizomerii posibili. Ex:
Amilaza scindeaza legaturile α 1-4 glucozidice din amidon sau glicogen si nu influenteaza asupra
legaturilor β di celuloza.
Specificitatea de S absoluta – E cataliza transformarea doar a unui S ( anhidraza carbonica,
ureaza ) .
Specificitatea de S relativa –
E actioneaza nu asupra unor grupe de mol S ci asupra anumitor legaturi si anumitei grupe de S
(protezele : chimotripsina – legatura peptidica, formata de legatura COOH a Phe, Tyr, Trp; tripsina
– de COOH a Lyz si Agr)
E catalizeaza transfomarea grupei de substante asemanatoare (alcoolDH)
E catalizeaza transformarea substantelor care apartin diferitor grupe de compusi organici ( cit.
P450)
24. CLASIFICAREA ENZIMELOR
Pricipiul cardinal ce sta la baza clasificarii si denumirea enzimelor e determinat de tipul reactiei
catalizate si mecanismul ei .Criteriile acestei sistemizari constau in urmatoarele:
Reactiile si enzimele respective sunt aranjate in sase clase, in fiecare clasa se diferentiaza citeva
subclase ( de la 4 la 13 )
Denumirea enzimei e compusa din doua parti: prima- denumirea substratului (sau a substraturilor),a
doua – tipul reactiei catalizate si finalizieaza cu –aza.
Fiecare ferment are codul sau dupa clasificarea data : prima cifra reprezinta clasa de reactii , a doua
–subclasa , si a treia – subclasa (acceptorul), ultima cifra indica numarul de ordine .
Enzimele, in afara de denumirea lor sistemica, mai poseda si o denumire trivala. Mai jos sunt redate
cele 6 clase de enzime si numele exemple
1.oxidoreductazele
Enzimele date catalizeaza reactiile de oxidoreducere, transferul electronilor cu participarea a doua
substraturi. Sunt catalizate reactiile cu participarea grupelor CH-OH(1) ,C-OH, C=O(2), CH-CH (3)
,CH-NH2 (4) siCH-NH (5).
Unele exemple de subclase :
enzimele ce actioneaza asupra grupei CH-OH ca donatoare (NAD+)
enzimele ce actioneaza asupra grupelor C-OH sau C=Oca donatoare (NAD+)
enzimele ce actioneaza asupra grupei CH-CH ca donatoare (NADP+)
enzimele ce actioneaza asupra grupei CH-NH2 ca donatoare (NAD(P)+)
enzimele ce actioneaza asupra grupei C-N ca donatoare (NAD(P)+)
enzimele ce actioneaza asupra grupelorNADH sau NADPH ca donatoare 1.8
enzimelece actioneaza asupra grupelor ce contin sulf ca donator
1.11 enzimele ce actioneaza asupra H2O2 ca acceptor
1.99. altele enzime ce utilizeaza O2 ca oxidant- lipooxigenaza, oxigenaza etc.
2.Transferazele
Sunt enzime ce catalizeaza transferul grupelor functionale (G) (diferite deautomul de hidrogen) de
la unsubstrat la altul: S-G
Catalizeaza aceste enzime transferul grupelor : monocarbonice (1)cetonice sau aldehidice (2) aci(3)
glicozil(4) azotice (6) ce contin fosfor (7) si sulf(8). Unele exemple :
2.1 Transferul grupelor monocarbonice
2.2 Transferul grupelor aldehidice si cetonice
2.3 transferul grupelor acil
2.6 Transferul grupelor azotice
2.7 Transferul grupelor ce contin fosfor
2.8 transferul grupelorce contin sulf.
3.Hidrolazele
Catalizeaza reactiile de hidroliza, cu utilizarea moleculelor de apa
Actioneaza asupra legaturilor esterice
Actioneaza asupra compusilor glicozilici
Actioneaza asupra legaturlor eterice
Actioneaza asupra legaturilor peptidice
Actioneaza asupra legaturilor C-N
Actioneaza asupra legaturilor anhidrice
Inhibitia necompetitiva.In acest caz inhibitorul,a carui structura poate sa difere mult se structura
substratului,se leaga prin legaturi slabe in alt loc decat centrul aktiv al enzimei.Afinitatea pentru
substrat a enzimei pare a nu fi modificata.Exista posibilitatea ca o parte din ES si EI sa formeze
ESI:transformarea lui S din acest complex in produs este scazuta ,deci v0 cat si Vmax sunt mai
mici.Inhibitia necompetitiva depinde numai de concentratia inhibitorului,deoarece substratul in
exces nu il poate deplasa pe acesta.Exemple sunt unele enzime care contin SH libere in alte pozitii
decat centrul activ.Acestea rindul lor pot fixa prin legaturi slabe ioni ai unor metale grele Ag si
Hg,care inhiba transformarea substantele in produsi.
Inhibitia uncocompetitiva: 1Inhibitorul nu se combina cu enzima libera si nu afecteaza relatia ei cu
substratul.2Inhibitorul se combina cu complexul ES,formind un complex ESI ce nu poate genera
produsul dorit.Contribue la micsorarea si Km si Vmax.
Inhibitie prin modificarea covalenta a moleculei E-prin fosforilarea pe baza ATP-ului.Unele E
fosforilate pierd activitatea de exemplu enzima glicogensintaza.
Inhibitia prin exces de S—in CA se fixeaza simultan surplus de S ce nu poate fi transformat.Este o
inhibitie reversibila cu inlaturarea S.
28.Reglarea activitatii enzimelor (proteoloza partiala,reglarea alosterica
,autostructurarea cuaternara ,reglarea covalenta).
Sunt : 1. nespecifice: temperatura , iradierea
2. specifice
- Se activează la majorarea concentraţiei S cînd este insuficient
- La majorarea cantităţii E (creşte numărul de molecule de produs, în-tr-o unitate de timp)
La introducerea coenzimelor cînd sunt insuficiente
Introducerea ionilor metalelor Fe, Cu.
Se cunosc urmatoarele tipuri de reglare a activitatii enzimatice:
Reglare covalenta-proteoliza limitata /fosforilare si defosforilare
Autostructurarea cuaternara
Alosterica
Reactivare.
* Unele enzime (proteine) se sintetizează în forma neactivă de precursor – proenzime
(zimogeni)
Exemplu:
1) enzimele digestiei: pepsinogenul, chimotripsinogenul, tripsinogenul, proelastaza,
procarboxipeptidaza - scindeaza proteinele in stomac şi duoden.
2) coagularea singelui e determinată de cascada de reacţii cu activitate proteolitică;
3) hormonii proteici (insulina);
4) proteinele fibrilare (colagenul).
* Mecanismele de activare a proenzimelor este proteoliza limitata - este scindarea unui sector
al catenei în rezultat E se restructurează şi se formează CA.
H+
Pepsinogen ------→pepsină
-42AA
Transformarile acestea sunt uniderectionale ,nu exista posibilitatea refacerii zimogenului din
enzimele active.
Importanta biologica a prezentei formelor neactive:
1. Protejază de proteoliză proteinele celulelor producătoare de E.
2. Este o forma de rezervă a E, care rapid pot fi activate şi intervin în reacţie.
Unele enzime sunt active in forma fosforilata sau defosforilata.
Exzemplu:glicigen fosfataza-activa in forma fosforilata/glicogen sintaza –este active in forma
defosforilata.Fosforilarea se face de catre ATP care transfera un singur rest de acid fosforic;acestea
esterifica grupari hidrxil ale unor resturi de serina,mai rar tirozina sau treonina,ce nu fac parte din
central aktiv.Reactiile de fosforilare sunt catalizate de kinaze specific e,reactiile de fosforilare sunt
ireversibile.Transformarea inversa,forma defosforilata-forma fosforilata,se face hidrolitic in
prezenta unor fosfataze specifice ,fiind reactii ireversibiele E-OP----------E-OH +H3PO4.
Autostructurarea cuaternara.
Este caracteristică E ce posedă structură cuaternară
Fiecare protomer în parte nu posedă activitate enzimatică
La asamblarea lor – se modifică conformaţia fiecărui protomer şi corespunzător se modifică şi
conformaţia CA, devenind astfel favorabil pentru fixarea şi transformarea S
Reglarea alosterica:
* La fixarea modulatorului, E alos îşi modifică conformaţia. Modulatorii accelerează sau
inhibă utilizarea S de enzima respectivă.Aktivitatea enzimelor alosterice creste in prezenta
unor compusi care au fost numiti modulatori pozitivi,asemenea modulatori poate fi
substratul .
* Din punct de vedere stuctural aproape toate enzimele alosterice sunt oligomeri cu un numar
par de monomeri
* Reactiile catalizate de aceste enzime au G0 negativ,sunt deci exergonice si ireversibile;ele
imprima sensul unic al cailor metabolice din care fac parte;situarea chear la inceputul caii
metabolice a acestor reactii asigura nu numai un control al intensitatii caii,dar si
imposibilitatea parcurgerii ei in sens invers,ceea ce se traduce printr-o economie maxima.
* Compusii chimici cu rol reglator a enzimelor alosterice sunt prezenti permanent la locul de
actiune al acestor enzime;variaza doar concentratia lor.
29.Organizarea enzimelor in celula. Reglarea activitatii enzimelor in celula. Importanta
principiului de retroinhibitie?
Tipurile de organizare a sistemelor polienzimatice:
Organizarea funcţională - enzimele sunt asociate în sisteme polienzimatice, care îndeplinesc o anumită
funcţie. Produsul reacţiei prirmei enzime a lanţului serveşte drept substrat pentru enzima următoare etc.
Ex.de organizare funcţională - enzimele glicolizei, unde toate E participante se găsesc în stare
solubilă; Fiecare reacţie este catalizată de enzime aparte. Drept verigă de legătura aici servesc metaboliţii.
Organizarea structural-funcţională consta în faptul ca enzimele formează sisteme structurale cu o
anumită funcţie.
Ex.- complexul polienzimatic piruvatdehidrogenazic, constituit din cîteva enzime, care participă la
oxidarea acidului piruvic, sau sintetaza acizilor graşi constituită din şapte enzime legate structural, care în
ansamblu îndeplinesc funcţia de sinteza a acizilor grasi.
Afară de complexele multienzimatice e posibila şi o altă varianta de organizare structural-funcţională.
Astfel enzimele se pot aranja în lanţ, fixindu-se de membrana biologică. Ex.enzimele lanţului respirator
mitocondrial, care participă la transferul de electroni şi protoni şi la generarea de energie.
Tipul mixt de organizare a sistemelor polienzimatice reprezintă o îmbinare a ambelor tipuri de
organizare, adică o parte din sistemul polienzimatic are organizare structurala, iar cealaltă parte -
organizare funcţională.
Ex.- ciclul Krebs, unde o parte din enzime sunt asociate în complex structural (complexul 2-
oxoglutaratdehidrogenazic), îar altă parte se leagă funcţional prin metaboliţii de legătură.
Retroinhibiţie
Sistemele polienzimatice
Fiecare celulă a organismului conţine setul său specific de enzime. Unele se găsesc în toate celulele, altele
sunt prezente doar în anumite celule sau anumite compartimente celulare. Funcţia fiecărei enzime, nu este
izolată, ci strins legată de funcţia altor enzime. Astiel din enzime aparte se formeaza sisteme
polienzimatice sau conveiere.
Funcţtia sistemelor polienzimatice depinde de particularitatile de organizare a lor in celule.
Se cunosc urmatoarele tipuri de organizare a sistemelor polienzimatice:
- funcţională,
- structural-funcţională şi
- mixtă.
Reglarea activitatii enzimelor in celula
Deosebim:
inhibiţie specifică
inhibiţie nespecifică (T, pH, agenisii denaturării )
Inhibiiţia stă la baza aciţiunii substaniţelor medicamentoase, agenţilor toxici.