STUDIUL COMPUTATIONAL ASUPRA EFECTELOR BIOLOGICE ALE

PRINCIPALILOR COMPONENTI AI MORCOVULUI

 1. Identificarea constituientilor din morcov in baza de date a foodb.ca

Referinta: http://foodb.ca

FooDB este cea mai mare și mai cuprinzătoare resursă din lume cu privire la constituenții alimentari,
chimie și biologie. Oferă informații atât despre macronutrienți cât și despre micronutrienți, inclusiv mulți dintre
constituenți care dau aromă, culoare, gust, textura și aroma.

Fiecare compus chimic din FooDB conține mai mult de 100 de câmpuri de date separate care
acoperă informații compoziționale, biochimice și fiziologice detaliate (obținute din literatură). Acestea includ
date privind nomenclatura compusului, descrierea sa, informații privind structura sa, clasa chimică, datele
fizico-chimice, sursa (sursele) alimentară, culoarea, aroma, gustul, efectul său fiziologic, concentrații în diverse
alimente si studii publicate despre compusi.

Utilizatorii pot căuta in FooDB componentul dupa sursa de alimentare, numele, descriptorii, funcția
sau concentrațiile. În funcție de preferințele individuale, utilizatorii au posibilitatea de a vizualiza conținutul
Foodatabase din Food Browse (lista de alimente dupa compoziția lor chimică) sau Compus Browse (lista
compusilor chimici dupa sursele alimentare)

Nr.crt. Denumire Structura Continut Indetificatori

1 Acid pectic 29.050 mg/100g ZINC04228259

2 2,3-Acid 0.56415 mg/100g ZINC00388166

Dihidroxibenzoic

3 4-Hidroxiproline 0.28000 mg/100g ZINC00895455

4 Acid aminoadipic 3.550 mg/100g ZINC01532798

5 Acid benzoic 0.02970 mg/100g ZINC00001011

6 Creatinina 3.940 mg/100g ZINC00967189

7 Dopamina ZINC00033882
0.02000 mg/100g

8 Acid glutamic 184.325 mg/100g ZINC01482113

9 Histamina ZINC18217584
0.07000 mg/100g

10 L-Citrullina 3.040 mg/100g ZINC01532614

 2. Identificarea proprietatilor fizico chimice ale compusilor morcovului
Referinta: http://zinc.docking.org

ZINC este o resursă publică gratuită pentru descoperirea ligandului. Baza de date conține peste
douăzeci de milioane de molecule disponibile în comerț în reprezentări relevante biologic, care pot fi
descărcate în formate populare și submulțimi populare. Site-ul web permite, de asemenea, căutări după
structură, activitate biologică, proprietate fizică, furnizor, număr de catalog, nume și număr CAS. Micile
subseturi personalizate pot fi create, editate, partajate, andocate, descărcate și transmise unui furnizor pentru
cumpărare. Baza de date este menținută și tratată pentru o rată de succes ridicată a achiziției.

Denumire Formula SMILES Xlog H- H-bond Sarcina tPSA Greutate Rotatabl

P bond acceptors electric (Ų) moleculara e bonds
donors a (g/mol)
Acid [C@@H]1([C@H]([C@H](O -2.7 4 7 -1 130 193.131 1
pectic [C@@H]([C@@H]1O)O)C(
=O)[O-])O)O

acid 2,3- c1cc(c(c(c1)O)O)C(=O)[O-] 1.17 2 4 -1 81 153.113 1

Dihidroxib
enzoic
4- C1[C@H](C[NH2+][C@H]1 -2.64 3 4 0 76 131.131 1
Hidroxipr C(=O)[O-])O
olina
Acid C(C[C@@H](C(=O)[O- -2.74 3 5 -1 108 160.149 5
aminoadi ])[NH3+])CC(=O)[O-]
pic
Acid c1ccc(cc1)C(=O)[O-] 1.85 0 2 -1 40 121.115 1
benzoic
Creatinina CN1CC(=O)N=C1N -1.15 2 4 0 59 113.12 0
Dopamina c1cc(c(cc1CC[NH3+])O)O -1.62 5 3 1 68 154.189 2
Acid C(CC(=O)[O- -3.25 3 5 -1 108 146.122 4
glutamic ])[C@@H](C(=O)[O-
])[NH3+]
Histamina c1c(nc[nH]1)CC[NH3+] 0.85 4 3 1 56 112.156 2
L- C(C[C@@H](C(=O)[O- -3.43 6 6 0 123 175.188 5
Citrullina ])[NH3+])CNC(=O)N
 3. Predictia profilelor ADME-Tox ale compusilor morcovului
SWISSADME

Referinta: http://www.swissadme.ch/index.php

Acest site vă permite să calculați descriptorii fizico-chimici, precum și să preziceți parametrii ADME,
proprietățile farmacocinetice, natura medicamentoasă și asocierea cu chimiei medicale a uneia sau mai multor
molecule mici pentru a susține descoperirea de noi medicamente.

Proprietati parafarmaceutice

Denumire Absorbtia BBB substrat CYP1A2 CYP2C19 CYP2C9 CYP2D6 CYP3A4 Log Kp (skin
GI permeant P-gp inhibitor inhibitor inhibitor inhibitor inhibitor permeation)
Acid pectic scazuta nu nu nu nu nu nu nu
-9.14 cm/s
2,3- ridicata nu nu nu nu nu nu da -6.38 cm/s
Dihidroxibenzoic
acid
4-Hidroxiprolina scazuta nu nu nu nu nu nu nu -9.35 cm/s
Acid aminoadipic scazuta nu nu nu nu nu nu nu -9.51 cm/s
Acid benzoic ridicata nu nu nu nu nu nu nu -5.71 cm/s
Creatinina scazuta nu nu nu nu nu nu nu -8.24 cm/s
Dopamina ridicata nu nu nu nu nu nu nu -7,94 cm/s
Acid glutamic scazuta nu nu nu nu nu nu nu -9.81 cm/s
Histamina ridicata nu nu nu nu nu nu nu -7.40 cm/s
L-Citrullina scazuta nu nu nu nu nu nu nu -9.63 cm/s

Biodisponibilitate

Denumire Lipinski Ghose Veber Egan Muegge Biorelativitarea

Acid pectic Da 0 Nu; 2 violations: da Da No; 2 violations: 0,56
vibratii WLOGP<-0.4, MW<200,
MR<40 XLOGP3<-2
Acid 2,3- Da 0 da da No; 1 violation: 0,56
Dihidroxibenzoic vibratii Nu; 4 violations: MW<200
MW<160, WLOGP<-
0.4, MR<40,
#atoms<20

4-Hidroxiprolina Da 0 No; 4 violations: da da No; 2 violations: 0,56

vibratii MW<160, WLOGP<- MW<200,
0.4, MR<40, XLOGP3<-2
#atoms<20
Acid aminoadipic Da 0 No; 2 violations: nu nu No; 2 violations: 0,56
vibratii WLOGP<-0.4, MW<200,
MR<40 XLOGP3<-2
Acid benzoic Da 0 No; 3 violations: da da 0,56
vibratii MW<160, MR<40, No; 1 violation:
#atoms<20 MW<200

Creatinina Da 0 No; 4 violations: Da Da 0,56

vibratii MW<160, WLOGP<- No; 2 violations:
0.4, MR<40, MW<200, #C<5
#atoms<20
Dopamina Da 0 da da No; 1 violation: 0,55
vibratii No; 1 violation: MW<200
MW<160
Acid glutamic Da 0 No; 4 violations: da da No; 2 violations: 0,56
vibratii MW<160, WLOGP<- MW<200,
0.4, MR<40, XLOGP3<-2
#atoms<20
Histamina Da 0 No; 4 violations: da da No; 1 violation: 0.55
vibratii MW<160, MW<200
WLOGP<-0.4,
MR<40,
#atoms<20
L-Citrullina Da 0 No; 1 violation: da da No; 2 violations: 0.55
vibratii WLOGP<-0.4 MW<200,
XLOGP3<-2

4. Predictia tintei moleculare a compusului - Acid pectic - Cytochrome P450 2D6 P10635
(CP2D6_HUMAN) unul din cei 10 compusi din morcov

Swiss targetrediction

Referinta: http://www.swisstargetprediction.ch/result.php?job=1957228749&organism=Homo_sapiens

Acest site permite să se prezeze țintele unei molecule mici folosind o combinație de măsuri de
similaritate 2D și 3D, compară molecula care se cerceteaza cu o gama de 280'000 compuși activi pe mai mult de
2000 de ținte din 5 organisme diferite.

Serverul web este descris în detaliu în articolul nostru: SwissTargetPrediction: un server web pentru
predicția țintă a moleculelor bioactive mici, Nucl. Acids Res. (2014).

Receptori de menbrana: 87%

Alte enzime13%

Cytochrome P450 2D6 P10635 (CP2D6_HUMAN)

4WNT
 5. Functii moleculate si biologice referitoare la compulsul Cytochrome P450 2D6 P10635
(CP2D6_HUMAN)

Referinta: https://academic.oup.com

http://www.uniprot.org

UniProt reprezinta un motor de cautare pentru acizi nucleici, contine o cantitate insemnata de
secvente proteice si adnotatii in detaliu.

UniProt este o colecție de baze de date care permite oamenilor de știință să acceseze o cantitatea
vastă de informații secvențiale și funcționale disponibile pentru proteine.

Baza de date conține peste 60 de milioane de secvențe de proteine, dintre care peste jumătate de
milion de secvențe au fost tratate de experți care analizează critic datele experimentale și prezise pentru
fiecare proteină. Restul sunt adnotate în mod automat pe baza sistemelor de reguli care se bazează pe
cunoștințele experimentate curate. O mare parte din aceste date provin din secvențe care au fost în mare parte
derivate din secvențializarea cu mare viteză a ADN-ului care au fost adnotate de sistemele noastre automate de
adnotare bazate pe reguli

UniProt Knowledgebase (UniProtKB) este resursa centrală care combină UniProtKB / Swiss-Prot și
UniProtKB / TrEMBL. UniProtKB / Swiss-Prot.

Pentru aceste intrări, informațiile experimentale au fost extrase din literatura de specialitate și au
fost organizate și sintetizate, facilitând foarte mult accesul oamenilor de știință la informațiile referitoare la
proteine.

UniProt Knowledgebase (UniProtKB) este sistemul central pentru colectarea informațiilor

funcționale despre proteine, cu o adnotare precisă, consistentă și bogată. Pe lângă captarea datelor de bază
obligatorii pentru fiecare intrare UniProtKB (în principal, secvența de aminoacizi, numele sau descrierea
proteinei, datele taxonomice și informațiile de citare), se adaugă cât mai multe informații de adnotare.

Arhiva UniProt (UniParc) care oferă un set complet de secvențe cunoscute, inclusiv secvențe istorice învechite.

Functii moleculare:

Functie aromatica
Formarea legaturilor chimimice in medicamente
Legarea ionilor de fier
Activitatea de monooxigenaza
Activitatea oxidoreductazei
Activitatea oxidoreductazei, care acționează asupra donatorilor perechi, cu încorporarea sau reducerea
oxigenului molecular, a flavoproteinei reduse ca un donator și încorporarea unui atom de oxigen
Activitatea de hidroxilază a steroidului

Functii biologice:

Proces catabolic alcaloid

Proces metabolic alcaloid
Proces metabolic al acidului arahidonic
Proces metabolic de cumarină
Proces catabolic de medicament
Procesul metabolic al heterociclu
Procesul metabolic al alcaloizilor izochinolinei cu un proces biosintetic al acizilor grași cu lanț lung
Procesul metabolic monoterpenoid
Reglementarea negativă a legării
Reglarea negativă a procesului metabolic celular de organofluorină
Proces de oxidare-reducere
Demetilarea oxidativă
Procesul metabolic al steroizilor
Procesul metabolic xenobiotic

Secveta proteinei Cytochrome P450 2D6 in format Fasta este:

>sp|P10635|CP2D6_HUMAN Cytochrome P450 2D6 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CYP2D6 PE=1 SV=2

MGLEALVPLAVIVAIFLLLVDLMHRRQRWAARYPPGPLPLPGLGNLLHVDFQNTPYCFDQ
LRRRFGDVFSLQLAWTPVVVLNGLAAVREALVTHGEDTADRPPVPITQILGFGPRSQGVF
LARYGPAWREQRRFSVSTLRNLGLGKKSLEQWVTEEAACLCAAFANHSGRPFRPNGLLDK
AVSNVIASLTCGRRFEYDDPRFLRLLDLAQEGLKEESGFLREVLNAVPVLLHIPALAGKV
LRFQKAFLTQLDELLTEHRMTWDPAQPPRDLTEAFLAEMEKAKGNPESSFNDENLRIVVA
DLFSAGMVTTSTTLAWGLLLMILHPDVQRRVQQEIDDVIGQVRRPEMGDQAHMPYTTAVI
HEVQRFGDIVPLGVTHMTSRDIEVQGFRIPKGTTLITNLSSVLKDEAVWEKPFRFHPEHF
LDAQGHFVKPEAFLPFSAGRRACLGEPLARMELFLFFTSLLQHFSFSVPTGQPRPSHHGV
FAFLVSPSPYELCAVPR

6. Comparam secvente proteinei Cytochrome P450 2D6 P10635 cu serventele proteinelor similare de la
alte organisme.

Referinta: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

Pentru aceasta folosim programul BLAST - Centrul Național de Informare Biotehnologică- Biblioteca
Nationala de medicina.
Instrumentul de căutare locală pentru alinierea locală (BLAST) găsește regiuni de asemănare locală
între secvențe, care pot fi folosite pentru a deduce relațiile funcționale și evolutive între secvențe, precum și
pentru a ajuta la identificarea membrilor familiilor genetice.

Proteina Proteina similara Grad de similaritate al secventei

Alpha-2A adrenergic 100.0%
receptor (Homo sapiens)
Adrenoceptor alpha 2A (Gorilla 99,6%
gorilla gorilla)
ADRA2A isoform 1 (Pan 99.3%
troglodytes)
ADRA2A isoform 1 (Pongo abelii) 98,9%

7. Calculam proprietatile fizico chimice a proteinei Cytochrome P450 2D6 folosind programul Port
Param.

Referinta: http://www.expasy.org/tools/protparam.html

Port Param este un instrument care permite calcularea parametrilor fizici și chimici diferiți pentru o
anumită proteină stocată în Swiss-Prot sau TrEMBL sau pentru o secvență de proteine introdusă de utilizator.
Parametrii calculați includ greutatea moleculară, pI teoretică, compoziția aminoacizilor, compoziția atomică,
coeficientul de extincție, timpul de înjumătățire estimat, indicele de instabilitate, indicele alifatic și media mare
a hidropaticii (GRAVY)
 Numarul Masa Puntul Numarul Numarul Indexul Indexul
de moleculare izoelectric total al total al instabilitatii alifatic Medie mare
aminoacizi sarcinilor sarcinilor de
negative negative hidropaticitate
(Asp + (Arg + Lys)
Glu)
450 48956.82 9.80 32 54 44.83 88.47 0.030

8. Analizam variatia hidrofobicitatii si flexibilitatii medii in lungul latului proteinei Cytochrome P450
2D6 cu programul Prto Scale

Prot scale permite compiuterizare si reprezentare al unui profil produs de un aminiacid scanat intr-
o proteina selecatata. Prot scale poate fi folosit cu 50 de scale predefinite folosite din literatura.
Valorile scalei pentru cei 20 de aminoacizi, precum și referințele din literatură, sunt furnizate pe ExPASy pentru
fiecare dintre aceste scale. Pentru a genera date pentru un grafic, secvența de proteine este scanată cu o
fereastră glisantă de o anumită dimensiune. La fiecare poziție, se calculează valoarea medie a scalei
aminoacizilor din fereastră și această valoare este reprezentată grafic pentru punctul de mijloc al ferestrei.
Puteți seta mai mulți parametri care controlează calcularea unui profil de scală, cum ar fi dimensiunea ferestrei,
modelul de variație a greutății, valoarea relativă a greutății marginii ferestrei și normalizarea scării

Dimensiunea ferestrei Dimensiunea ferestrei este lungimea intervalului de utilizat pentru calculul
profilului, adică numărul de aminoacizi examinați la un moment dat pentru a determina un punct de caracter
hidrofob. Atunci când se calculează scorul pentru un anumit reziduu i, sunt luați în considerare aminoacizii într-
un interval de lungime aleasă, centrat în jurul reziduului i. Cu alte cuvinte, pentru o dimensiune a ferestrei n,
vom folosi reziduurile i- (n-1) / 2 în fiecare parte a reziduului i pentru a calcula scorul pentru reziduul i. Scorul
pentru reziduul i este suma valorilor scalei pentru acești aminoacizi, opțional ponderați în funcție de poziția lor
în fereastră. Trebuie să alegeți o fereastră care să corespundă dimensiunii așteptate a motivului structural
investigat: o dimensiune a ferestrei de 5 până la 7 este adecvată pentru a găsi regiuni hidrofile care sunt
susceptibile de a fi expuse la suprafață și care ar putea fi antigenice. Dimensiunile ferestrei de 19 sau 21 vor
face ca domeniile hidrofobe, care se întind în membrană, să fie destul de clar (de obicei> 1.6 pe scala Kyte-
Doolittle [7]).

Greutatea relativă a marginilor ferestrei Aminoacidul central al ferestrei are întotdeauna o greutate
de 100%. În mod implicit, aminoacizii la pozițiile ferestrelor rămase au aceeași greutate, dar puteți atribui o
greutate mai mare (în comparație cu celelalte reziduuri) cu reziduul din centrul ferestrei prin stabilirea valorii
greutății pentru reziduuri la extremitățile intervalului până la o valoare cuprinsă între 0 și 100%. Scăderea
greutății dintre centru și muchii va fi fie liniară, fie exponențială, în funcție de setarea opțiunii modelului de
variație a greutății.

Documentația ProtScale include ilustrații grafice ale celor două modele disponibile. 3.5.3. Scale
Normalization Puteți alege dacă să utilizați valorile scalei selectate nemodificate din literatura de specialitate
sau să normalizați valorile astfel încât să se încadreze în intervalul de la 0 la 1. Normalizarea este utilă dacă
doriți să comparați rezultatele profilurilor obținute cu scări diferite , și face parcele cu un aspect mai uniform.
582 Gasteiger și colab. 3.5.4. Interpretarea rezultatelor Metoda de alunecare a ferestrelor și, prin urmare,
ProtScale, oferă doar un semnal brut și nu include interpretarea rezultatelor în termeni de scoruri. La
interpretarea rezultatelor, trebuie luate în considerare doar semnale puternice. Pentru a confirma o eventuală
interpretare, s-ar putea schimba ușor dimensiunea ferestrei sau poate înlocui scara cu un alt model similar (de
exemplu, două scale diferite de hidrofobicitate) și se va asigura că semnalul puternic este încă prezent.
Using the scale Hphob. / Kyte & Doolittle, the individual values for the 20 amino acids are:

Ala: 1.800 Arg: -4.500 Asn: -3.500 Asp: -3.500 Cys: 2.500 Gln: -3.500
Glu: -3.500 Gly: -0.400 His: -3.200 Ile: 4.500 Leu: 3.800 Lys: -3.900
Met: 1.900 Phe: 2.800 Pro: -1.600 Ser: -0.800 Thr: -0.700 Trp: -0.900
Tyr: -1.300 Val: 4.200 : -3.500 : -3.500 : -0.490

Analiza structurii proteinei Cytochrome P450 2D6

Proteina analizata este hidrofila

Cea mai hidrofoba regiune intre intervalul 190-200

Cea mai hidrofila regiune 0-50

Folosind scala Hphob. / Hopp & Woods, (aceasta este o scala inversa fata de Hphob. / Kyte & Doolittle)
valorile individulale ale celor 20 de aminoacizi sunt:

Ala: -0.500 Arg: 3.000 Asn: 0.200 Asp: 3.000 Cys: -1.000 Gln: 0.200

Glu: 3.000 Gly: 0.000 His: -0.500 Ile: -1.800 Leu: -1.800 Lys: 3.000
Met: -1.300 Phe: -2.500 Pro: 0.000 Ser: 0.300 Thr: -0.400 Trp: -3.400

Tyr: -2.300 Val: -1.500 : 1.600 : 1.600 : -0.215

Proteina analizata este hidrofile

Cea mai hidrofoba regiune intre intervalul 10-20

Cea mai hidrofile regiune 190-200

Average flexibility, the individual values for the 20 amino acids are:

Ala: 0.360 Arg: 0.530 Asn: 0.460 Asp: 0.510 Cys: 0.350 Gln: 0.490
Glu: 0.500 Gly: 0.540 His: 0.320 Ile: 0.460 Leu: 0.370 Lys: 0.470
Met: 0.300 Phe: 0.310 Pro: 0.510 Ser: 0.510 Thr: 0.440 Trp: 0.310
Tyr: 0.420 Val: 0.390 : 0.485 : 0.495 : 0.428
Regiune flexibila: 150-160

Regiune rigida: 170-180

9. Proteine Database

Referinta: https://www.rcsb.org

PDB-101 este un portal online pentru profesori, studenți și publicul larg pentru a promova explorarea
în lumea proteinelor și a acizilor nucleici. Învățarea despre diferitele forme și funcții ale acestor macromolecule
biologice ajută la înțelegerea tuturor aspectelor legate de biomedicină și agricultură, de la sinteza proteinelor
până la sănătate și boală până la energia biologică.

Cercetătorii din întreaga lume studiază aceste molecule la nivel atomic. Aceste structuri 3D sunt
disponibile gratuit la Băncii de Proteine (PDB), depozitul central al structurilor biomoleculare. Acest site
construiește materiale introductive pentru a ajuta începătorii să acceseze acest domeniu ("101", ca și la un curs
la nivel de intrare), precum și resurse pentru învățarea extinsă.

PDB-101 este dezvoltat de RCSB PDB, o resursă globală pentru dezvoltarea cercetării și educației în
biologie și medicină. Împreună cu colaboratorii noștri din cadrul PDB la nivel mondial, RCSB PDB curează,
adnotă și face publice datele PDB depuse de oamenii de știință din întreaga lume. RCSB PDB furnizează apoi o
fereastră pentru aceste date printr-o bogată resursă on-line cu instrumente puternice de căutare, raportare și
vizualizare pentru cercetători. Aceste informații sunt apoi raționalizate pentru elevii și profesorii de la PDB-101.
 RCSB PDB este finanțat de către Fundația Națională de Științe (DBI-1338415), Institutele Naționale de
Sănătate și Departamentul Energiei.

Fisierul structutral potrivit proteinei Human Cytochrome P450 2D6 BACE1 Inhibitor 6 Complex are
codul structural 4XRZ si contine o structura DIFRACȚIE X-RAY si o Rezoluție: 2,4 Å

Structura proteica contine 4 lanturi cu o lungine de 479 de aminoacizi nu sunt mutatii

Denumirea liganzilor:

(4aR,6R,8aS)-8a-(2,4-difluorophenyl)-6-(1H-pyrazol-4-yl)-4,4a,5,6,8,8a-hexahydropyrano[3,4-d][1,3]thiazin-2-
amine C16 H16 F2 N4 O S KLYAOLDBWRAAEM-JJMVLAAESA-N

ZINC ION Zn PTFCDOFLOPIGGS-UHFFFAOYSA-N

SODIUM ION Na FKNQFGJONOIPTF-UHFFFAOYSA-N

GLYCEROL GLYCERIN; PROPANE-1,2,3-TRIOL C3 H8 O3

PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N

PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE HEME C34 H32 Fe N4 O4

KABFMIBPWCXCRK-RGGAHWMASA-L

Interpretarea structurii lantului proteic

Structura unui sigur lant de proteina - lantul A

Reprezentarea suprafetei lantului A a proteinei

Scheletul preteinei cu toti atomi

Reprezentarea lant proteinei A tip plasa

Hidrofobicitatea suprafetei proteinei

Latul proteine A incarcat electrostatic

Rosu sarcina negativa albastru sarcina pozitiva

Suprafata hidrofoba cele albastre sunt hidrofile cele portocalii hidrofobe

Rprezentarea sectiune din lantul proteine si legatura intre aceasta structura si o alta secventa prin adaugarea
denumirii si numarului aminoacizilor dintr-o anumita regiune

10. Detectia si caracterizarea proteinei Cytochrome P450 2D6

Referinta: http://fpocket.sourceforge.net/run_online.html

Fpocket este un algoritm de predicție a unui pachet de proteine. Având în vedere o structură de
proteine PDB, aceasta permite utilizatorilor identificarea portiunilor puternice de legare. Pe baza
tessellationului Voronoi, acest algoritm este foarte rapid și deosebit de bine adaptate pentru proiecțiile de
legare la proteine pe scară largă și dezvoltarea de funcții de scoring pentru legaturile lantului specificat .
Acum,acest permite și detectarea lanturilor de proteine și evaluarea capacității de legare a unui alt compus.

Fpocketul încearcă să furnizeze o documentație utilă și ușor de înțeles, un lucru care lipsesc complet în
majoritatea software-urilor științifice open source din zilele noastre. Este un program standalone scris în C. Cu
toate acestea, dacă nu doriți să vă deranjez și să instalați programul il puteți încerca serverul web fpocket
găzduite la RPBS. Rezultatul nu este la fel de fantezist ca cel de versiunea standadizat. Există, de asemenea,
unele caracteristici suplimentare, cum ar fi mdpocket și hpocket disponibile. Dacă aveți nevoie de parametri
non-standard pentru a rula fpocket sau mdpocket, ar trebui să utilizați versiunea independentă în loc să
mergeți pentru serverul web.
 Cavitatea Hidrofobicitatea Polaritatea globala Volumul Hidrofobicitatea
global locala
0 19.7273 6 2113.8833 26.9677
1 3.9000 6 1584.9701 17.0000
2 32.9167 8 983.0349 9.0000
3 7.4545 7 1386.3282 4.0000
4 2.1429 7 1602.4070 13.0000
Cavitatea principala a preteinei Cytochrome P450 2D6 are un caracter global hidrofob, are cel mai mare
volului si prezinta o zona de hidrofobicitatea foarte ridicata acest lucru inseamana ca proteina poate adopata
in acesata cavitate componenti chimici de diverse dimensiuni si cu caracter hidrofob.

11. Preditita retelei de interactiuni pentru proteina Cytochrome P450 2D6

Referinta: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5210637//

https://string-db.org//

STRING este o bază de date cu interacțiuni proteice-proteice cunoscute și prezise. Interacțiunile includ
asociații directe (fizice) și indirecte (funcționale); ele provin din predicția computațională, din transferul de
cunoștințe între organisme și din interacțiunile agregate din alte baze de date (primare).

String data base sunt impartie pe urmatoarele categorii:

Genomic Context Predictions

High-throughput Lab Experiments

(Conserved) Co-Expression

Automated Textmining

Previous Knowledge in Databata

Majoritatea datelor sun obtinute experimental, astfel ca exista o mare posibilitate ca acestea sa fie reale.
Concluzii:

Am identificat principali componenti ai morcovului, am repezentat structura chimica a acestor componenti si

cantitatea existenta in 100g produs.

Am identificarea proprietatile fizico chimice ale principalilor compusilor ai morcovului.

Am prezentat proprietățile farmacocinetice și biodisponibilitate

Am prezentat predictia tintei moleculare a unui compusu din cei prezenti in continului produsului studiat si
functiile moleculate si biologice referitoare la acest compulsul .

Am prezentat Secveta proteinei luate un lucru in format Fasta si am comparat cu cu serventele proteinelor
similare de la alte organisme.

Am calculam proprietatile fizico chimice a proteinei si am facut analiza variatia hidrofobicitatii si flexibilitatii
medii in lungul latului proteinei studiate si am identificat zonele cele mai hidrofile si cele mai hidrofobe ale
proteinei.

Am identificat in structura proteica a compusului studiat continutul a 4 lanturi de proteine , am reprezentat

lantul A al proteina in structura, in intreaga suprafata, Scheletul preteinei cu toti atomi, lant proteinei A tip
plasa, hidrofobicitatea suprafetei proteinei si sectiune din lantul proteine si legatura intre aceasta structura si
oalta secventa.

Am prezentat detectia si caracterizarea proteinei luata in lucru si preditita retelei de interactiuni si legaturile
existente.