BIOCHIMIE-capitole speciale

Sl. dr. ing. Cristian Boscornea

boscornea_cristian@yahoo.com
0745186652

Obiective
Recunoaterea i definirea unor termeni specifici biochimiei.
Cunoaterea principalelor clase de constitueni structurali ai lumii vii.
Cunoaterea mecanismelor de biosintez i degradare care au loc n natur.
nelegerea mecanismelor biocatalitice ce guverneaz procesele metabolice
i degradative prezente n natur.

Capitolul
Introducere
Apa n procesele
biochimice.
Proprietile fizicochimice i funcionale ale
glucidelor.
Proprietile fizicochimice i funcionale ale
proteinelor.

Continutul
Compoziia chimic a sistemelor vii. Organizarea moleculara a sistemelor 2
biologice. Termodinamica proceselor biochimice.
Structura i proprietile fizico-chimice ale apei. Rolul apei. Influena 2
activitii apei asupra reaciilor chimice i biochimice n alimente. Interaciuni
hidrofobe.
Glucide. Rspndire i importan. Monoglucide. Structur, izomerie. 4
Proprieti fizicochimice. Oligoglucide. Poliglucide. Glicozide. Reprezentani.
Proprietile fizico-chimice ale aminoacizilor. Clasificarea proteinelor.
4
Organizare structurala la nivel supramolecular. Proprietile funcionale ale
proteinelor. Activitatea chimic a proteinelor.

Proprietile fizicochimice i funcionale ale

lipidelor.

Structura i proprietile fizico-chimice a lipidelor. Acizii grai, gliceride, lipide 2

complexe. Proprietile funcionale a lipidelor. Interaciuni hidrofobe.
Modificarea lipidelor prin hidroliz, degradarea oxidativ i degradarea
termic.

Enzime

Natura i structura enzimelor. Proprietile fizico-chimice i catalitice. 4

Clasificarea, nomenclatura i simbolistica. Specificitate. Cinetica reaciilor
enzimatice. Coenzime. Nomenclatur i clasificare. Structur. Proprieti.

Procese biochimice de
transformare a
polizaharidelor

Metabolismul glucidelor. Procese anabolice. Chimiosinteza. Fotosinteza.

6
Biosinteza oligoglucidelor i poliglucidelor. Catabolismul glucidelor.
Degradarea oxidativ a glucidelor. Glicoliza. Ciclul lui Krebs. Calea
pentozofosfailor. Aplicatii industriale
Metabolismul lipidelor. Digestia i absorbia lipidelor. Biosinteza lipidelor.
4
Biosinteza acizilor grai. Biosinteza trigliceridelor. Biosinteza fosfolipidelor.
Catabolismul lipidelor. Catabolismul acizilor grai liberi. Aplicatii industriale

Procese biochimice de
transformare a lipidelor

Ore

BIBLIOGRAFIE
1. C. Tarabasanu, C. Boscornea, V. Gorduza, "Compusi naturali - alimente", Ed. SemnE,
2001 (http://www.upb-coloranti.yzi.me/carte-1.html)
2. A. Popescu, Biochimie general, Partea I, Ed. Printech, 2001.
3. A. Popescu, Biochimie general, Partea a II-a, Ed. Printech, 2002.
4. David L. Nelson, Michael J. Cox, Lehninger Principle of biochemistry, W. H.
Freeman; Sixth Edition, (http://bcs.whfreeman.com/lehninger6e), 2013.
5. Pamela C Champe, Richard A Harvey Biochimie Ilustrat, Ed. Callisto, 2010.
6. Christopher K. Mathews, Kensal E. van Holde, Dean R. Appling, Spencer J. AnthonyCahill, Biochemistry 4/E, Prentice Hall, 2012, http://www.learningace.com
7. Reginald H. Garrett, Charles M. Grisham, Biochemistry, ed. III, Cengage Learning,
2007 (http://dwb.unl.edu/)

Evaluare

Activitate individual (teme de rezolvat)

20% din nota final

Activitate de laborator

30% din nota final

-prezenta la toate laboratoarele

Examen final

50% din nota final

Platforma Moodle - http://cursuri.chim.upb.ro/

BIOCHIMIA = tiina care studiaz compoziia i procesele chimice ale

materiei vii;
-este o tiin modern, cu caracter complex, care are drept material de studiu
materia vie i fenomenele specifice acesteia, din punct de vedere al organizrii,
compoziiei i structurii biomoleculelor componente, precum i al proceselor
complexe de transformare a acestora, n corelaie cu efectele energetice
asociate reaciilor metabolice.

BIOCHIMIA descrie:
structura i proprietile compuilor materiei vii;
transformrile acestor compui n organism;
relaiile ntre diferitele etape metabolice.

Istoria biochimiei
-poate fi considerata ca incepand cu lucrarea Lifetime a lui Philippus Aureolus Paracelsus
(14931541)-medic si alchimist suedez care proclama Procesele vitale sunt n esen de natur
chimic i bolile pot fi vindecate prin medicamente.
-Karl Wilhelm Scheele (17421786)-un farmacist suedez,care descopera compozitia chimica a
unor materiale de origine vegetala si animala. Izoleaza acidul citric din sucul de lamaie, acidul lactic
din laptele acru, acidul malic din mere si acidul uric din urina.
-Antoine Lavoisier (17431794), chimist francez dezvolta conceptul de oxidare si clarifica natura
respiratiei animale. El concluzioneaza ca respiratia este echivalenta combustiei si desi este mai
lenta nu este esential diferita de aceasta. Este considerat parintele biochimiei moderne.
-in 1828, Friedrich Whler, chimist german, sintetizeaza ureea, substanta de natura biologica din
cianat de amoniu (compus anorganic).
-Pierre Eugene Marcellin Berthellot (18271907) chimist francez a sintetizat o serie de compusi
organici (alcool metilic, alcool etilic, metan, benzen, acetilena) din compusi anorganici.
-Hermann Emil Fischer (1852-1919)-biochimist german a studiat structurile carbohidratilor,
aminoacizilor i grsimilor.
-Claude Bernard (18131878) descopera glicogenul din ficat si relatia glucidelor din sange cu
starea de sanatate.

-Louis Pasteur (18221895) microbiolog francez, studiaza procesele de fermentatie,

izoleaza cateva organisme capabile de a produce fermentatia si introduce conceptele de
organisme aerobe si anaerobe.
-Soren Srensen (18681939)-chimist danez dezvolta conceptul de pH;
-1918 - Gustav Embden si Otto Meyerhof explica din punct de vedere chimic
mecanismul glicolizei si identifica toate reactiile care au loc.
-1926, James B. Sumner (18871955) cristalizeaza enzima ureaza din extract de fasole
si demonstreaza natura ei proteinica.
-1930 - Leonor Michaelis si Maud Menten publica principiul de formare a compusului
chimic ntre enzim i substrat sustinut pe baze experimentale. (cinetica MichaelisMenten).
-1937 - Albert Szent-Gyrgyi si Hans Adolf Krebs clarifica ciclul Krebs-ciclul acidului
citric.
-1941 - Fritz Albert Lipmann (18991986) si Kurt Henseleit fac observatii notabile
privind utilizarea ATP ca rezervor de energie in organismele vii.
-1951 - Linus Carl Pauling (19011994) si Robert Corey (18971971) dezvolta
conceptul de structura secundara a proteinelor in forma -helix.

-1953- James Dewey Watson si Francis Harry Compton Crick propun structura de
dubla elice pentru molecula de ADN.
1959 Max Perutz determina structura 3-D a hemoglobinei.
1966 incep studiile pentru descifrarea codului genetic.

Biochimia este astazi o stiinta multidisciplinara - pentru a o intelege sunt

necesare cunostinte de fizica, chimie, genetica, fiziologie, biologie
celulara, microbiologie, evolutionism.

Moleculele chimice sunt entitati lipsite de viata. Dar in numar si

complexitate corespunzatoare, ele compun lucrurile vii.
Aceste sisteme vii sunt distincte si diferite de lucrurile neinsufletite printro serie de proprietati extraordinare: se pot dezvolta, se pot misca, pot
efectua incredibila chimie a metabolismului, pot raspunde la stimuli
exteriori din mediul inconjurator si mai ales se pot reproduce cu fidelitate
exceptionala.
Structura complexa si comportamentul organismelor vii pot fi intelese si
descrise numai prin cunoasterea structurii lor moleculare. Chimia celulei
vii seamana cu chimia reactiilor organice.
Chimistii organicieni sunt mai interesati de desfasurarea reactiilor in
laborator in timp ce biochimistii incearca sa inteleaga cum au loc acestea
in organismele vii.

Albert Lester Lehninger (februarie 17, 1917 Martie 4, 1986)-biochimist american.

A fost profesor la University of WisconsinMadison, University of Chicago si Johns
Hopkins University din Baltimore.
-este autorul celor mai importante tratate de biochimie adunate sub denumirea
Principiile biochimiei - Principles of biochemistry.

Lehninger a enuntat o serie de axiome care stau la baza existentei si functionarii

organismelor vii:
Exist o simplitate de baz n structura moleculelor biologice.
Toate organismele vii folosesc aceleai tipuri de molecule pentru construirea
biomoleculelor i, astfel, par s aib un strmo comun.
Identitatea fiecrei specii sau organism este conservata prin posesia de seturi
distincte
de acizi nucleici i proteine.
Toate biomoleculele au functii specifice in celule.
Organismele vii creaza i menin structuri complexe, ordonate, pe seama energiei
libere din mediul lor, returnand catre acesta energie in forme mai putin utile.
Celulele vii sunt motoare chimice care funcioneaz la temperatur constant.
Necesitile de energie ale tuturor organismelor sunt asigurate, direct sau indirect, de
ctre energia solar.
Organismele vegetale si animale sunt dependente unele de altele prin schimburi de
energie i materie prin intermediul mediului.

 Celulele vii sunt motoare chimice autoreglate, care funcioneaza pe principiul de

economie maxim.
Informaia genetic este codificat n uniti de dimensiuni submoleculare; aceste
uniti sunt cele patru tipuri de nucleotide din care este compus ADN.
Celula vie este un sistem izoterm de molecule organice auto-asamblabil, auto-reglabil,
auto-perpetuabil care extrage energia liber i materii prime din mediul su.
Celula vie efectueaz mai multe reacii consecutive organice promovate de catalizatori
organici, pe care ea nsi ii produce.
Celula vie se menine ntr-o stare de echilibru dinamic propriu care funcioneaz pe
principiul economiei maxime de parti i procese.
Sistemul foarte precis de auto-replicare de-a lungul multor generaii este asigurat de o
auto-reparare a sistemului liniar de codificare.

Materia vie este format din dou grupe principale de substane:

- substane anorganice reprezentate de apa si saruri minerale;
- substane organice reprezentate de: glucide, lipide,
nucleici, vitamine, hormoni, pigmeni, enzime.

protide, acizi

Peste 99% din atomii prezenti in organismele vii sunt asigurati de numai 4 elemente:
carbon, oxigen, hidrogen si azot.
Hidrogenul si oxigenul sunt constituenti ai apei ce formeaza circa 60-70% din masa
celulelor.
Carbonul, hidrogenul, oxigenul si azotul sunt constituentii principali ai compusilor
organici de care depind procesele fundamentale ale vietii;
Pe langa acestea compusii organici din organismele vii mai contin sulf si fosfor.
Cele sase elemente chimice sunt esentiale pentru toate organismele vii.

Al doilea grup de elemente, care reprezinta circa 0.5% din masa celulelor sunt ionii
anorganici constituiti din:
- metale alcaline (sodiu si potasiu),
- -metale alcalino-pamantoase (magneziu si calciu);
- clor. Clorul se gaseste intotdeauna in forma ionica in componenta celulelor.
Cele doua grupuri constituie grupul macroelementelor.

Al treilea grup este constituit din elemente prezente in cantitati foarte mici dar care sunt
esentiale in functionarea organismelor avand in special un rol biocatalitic in procesele
metabolice din organisme: fier, zinc, cupru, mangan, cobalt, etc.
De asemeni iodul si seleniul intra in aceasta categorie.
Toti acesti compusi fac parte din grupul microelementelor (sau oligoelemente).

 Cele mai
abundente sase
elemente sunt in
rosu (CHNOPS)
Cei cinci ioni
esentiali in violet
Microelementele in
albastru inchis
(cele mai comune)
si albastru
deschis (mai putin
comune)

Chimia vietii este chimia carbonului. De ce?

-Ce proprietate unete H, O, C, i N i face aceste
atomi att de potriviti pentru chimia vietii?
Este capacitatea lor de a forma legturi covalente
prin punerea in comun a electronilor.
n plus, H, C, N, O se numr printre cele mai
usoare elemente din tabelul periodic capabile s
formeze astfel de legaturi.
Deoarece taria legaturilor covalente este invers
proporional cu masele atomice ale atomilor
implicati, H, C, N, O vor forma i cele mai puternice
legturi covalente.

Scoarta
pamantului

Corpul uman

Eleme
nt

% (atom)

Element

H
O
C
Ca
Na
K
Mg
Ti
Si
Fe
Al

0.22
47
0.19
3.5
2.5
2.5
2.2
0.46
28
4.5
7.9

H
O
C
Ca
Na
K
Mg
S
Cl
P
N

Doua proprietati ale legaturilor covalente ale

carbonului merita o atentie speciala:
-abilitatea carbonului de a forma legaturi cu el
insusi;
-structura tetraedrica a carbonului atunci cand
formeaza legaturi covalente simple care confera
posibilitatea obtinerii unei mari varietati de
compusi lineari, ramificati sau ciclici ai carbonului.
Diversitatea acestor compusi este multiplicata de
posibilitatea includerii atomilor de H, O si N in
structura compusilor formati.

%
(atom
)
63
25.5
9.5
0.31
0.03
0.06
0.01
0.05
0.08
0.22
1.4

Structura liniara (acidul stearic)

Structura ciclica(colesterol)

Structura ramificata (-caroten)

Structura planara (-clorofila)

-compozitia corpului uman difera mult de cea a scoartei

Pamantului
Ar putea exista viata avand la baza alt element
chimic?
-un candidat ar putea fi siliciul?
Carbon

Siliciu

Obs.

Structura

1s22s22p2

1s22s22p43s23d03p2

-pentru a completa ultimul strat in cazul C avem

nevoie de numai 4e ceea ce face ca legaturile
covalente formate sa fie foarte puternice in timp
ce pentru Si sunt necesari 14e.

Formarea
de legaturi
cu el
insusi

Foarte
buna

Se cunosc putini
compusi in stare
naturala cu mai mult
de 3 atomi de Si uniti
intre ei.

Legaturile siliciu-siliciu sunt mai putin puternice,

ele devenind instabile n prezenta a multor lichide,
mai ales n prezenta apei.
Si realizeaza greu legaturi duble si triple, ceea ce
limiteaza gama de compusi chimici bazati pe
siliciu.

Reactia cu
O2

-rezulta
CO2, un
gaz

-rezulta SiO2, solid

CO2 se combina usor, la rndul lui, cu alti compusi

chimici, iar legatura dintre carbon si oxigen se
poate rupe usor n cadrul unor procese biochimice,
cum este cel de fotosinteza.
Cu siliciul lucrurile stau cu totul altfel. Si el se
combina usor cu oxigenul, numai ca bioxidul de

Se pot pune in evidenta cateva dintre caracteristicile pe care ar trebui sa le

ndeplineasca un anumit element chimic pentru a sta la baza materiei vii.
1. Elementul ce sta la baza vietii trebuie sa fie suficient de abundent pe planeta, pentru a
favoriza reactiile chimice prebiotice.
2. Acesta trebuie sa poata participa la ciclurile bio-geo-chimice din ansamblul biosferei,
atmosferei, oceanelor, pentru a favoriza dezvoltarea ecosistemelor.
3. Atomii de baza ai materiei vii trebuie sa formeze cel putin trei legaturi chimice, pentru
a realiza un sistem de biopolimeri tridimensionali.
4. Legaturile chimice dintre atomii care alcatuiesc materia vie trebuie sa fie suficient de
stabile, pentru a evita ca structura creata sa fie distrusa la variatii foarte mici ale
conditiilor exterioare.

Avem nevoie de carbon si de ce altceva?

n cazul cunoscut de noi, avem nevoie de apa n stare lichida. Sa enumeram cteva dintre
caracteristicile apei, care o fac de nenlocuit pentru desfasurarea proceselor biologice.
n stare lichida, apa prezinta avantajul ca poate ajuta formele vii, dizolvnd componentii,
transportnd moleculele cheie si activnd reactiile chimice.
Apa este un solvent universal. Atomii de hidrogen din compozitia ei se pot lega usor cu alte
molecule.
Datorita structurii sale, apa permite constructia enzimelor, macromolecule care catalizeaza
reactiile chimice. n absenta apei si enzimelor, nu s-ar putea realiza reactiile metabolice din
celule.
Apa are o proprietate extrem de importanta: cea mai ridicata caldura specifica dintre substantele
cunoscute. Altfel spus, este nevoie de o cantitate mare de caldura pentru a ridica cu putin
temperatura apei. Aceasta calitate a apei face ca ea sa poata juca rolul unui excelent regulator
termic.

Reactiile biochimice necesita legaturi chimice specifice sau anumite grupari functionale.
Cele mai importante astfel de centre de reactie sunt prezentate in continuare:
Compusi organici

Grupari
functionale:

Legaturi in compusi
biochimici

Macromolecule
Cele mai importante biomolecule sunt macromoleculele.
Macromoleculele biologice sunt forme polimere formate prin unirea mai multor molecule organice
mici (monomeri) prin condensare cu eliminare de apa.
Fiecare monomer incorporat intr-un lant macromolecular poarta numele de rest.
In unele cazuri (de ex. carbohidratii) un singur rest este repetat de mai multe ori, in alte cazuri
(proteine sau acizi nucleici) o varietate de resturi este legata intr-o anumita ordine. Fiecare rest
dintr-un polimer este adaugat prin aceasi reactie catalizata de o enzima.
Toate resturile dintr-o macromolecula sunt aliniate in aceasi directie iar capetele
macromoleculei sunt chimic distincte.
Polipeptidele se formeaza prin legarea
gruparii COO- din pozitia a unui
aminoacid de gruparea aminica din pozitia
a altui aminoacid.

Polizaharidele se formeaza prin

legarea atomului de C din pozitia 1
a unui rest de glucoza de hidroxilul
din pozitia 4 al altui rest de glucoza.

Macromoleculele biologice sunt structuri informationale

Intrucat macromoleculele biologice au un sens in structura lor, ordinea secventiala a componentelor
din care sunt construite are capacitatea de a furniza informatii asemenea literelor alfabetului care
pot forma cuvinte prin aranjare intr-o secventa liniara.

Nu toate macromoleculele biologice sunt bogate in informatii. Polizaharidele sunt

compuse din aceleasi unitati structurale repetate atat in celuloza cat si in amidon, fiind
homopolimeri ai glucozei.

Pe de alta parte proteinele si nucleotidele sunt compuse din unitati aranjate intr-o
structura putin repetitiva, unica, asemanatoare cu literele si semnele de punctuatie de
formeaza o propozitie descriptiva. n aceste secvene unice se afl sensul. Pentru a
discerne sensul, desigur este nevoie de un mecanism de recunoatere.

Un fragment de ADN

Un segment de polipeptida

Tipuri de macromolecule
A. Proteine

Aminoacid

Dipeptida

Proteina
-functioneaza ca enzime sau ca elemente structurale ale celulelor si organismelor
B. Polizaharide
rol de stocare a energiei sau elemente structurale;

Glucoza

Polizaharid (Celuloza)

C. Acizi nucleici
-formati din mai multe nucleotide. Nucleotidele contin un monozaharid cu 5 atomi de
carbon, o baza azotata heterociclica si cel putin o grupa fosfat.

timina

Adenozintrifosfat (ATP)adenina +riboza +fosfat

Dezoxi riboza

adenina
Dinucleotida

Fragment de ADN

Lipide si membrane
-lipidele sunt molecule bogate in carbon si hidrogen, dar cu un continut mic de oxigen;
-multe lipide nu sunt solubile in apa, dar solubile in solventi organici.
-cele mai simple lipide sunt acizii grasi, ce intra in componenta glicerofosfolipidelor,
care se gasesc in membranele biologice.
-tot lipide sunt si steroizii (colesterolul , de ex.) si cerurile.
-lipidele au un cap polar , hidrofil si o coada nepolara, hidrofoba. In mediu apos
moleculele lipidice se asociaza formand un strat bilipidic, componentul de baza al
tuturor membranelor biologice.

Cap polar
(hidrofil)

Coada
nepolara
(hidrofoba)

Strat
bilipidic

Proteine

Schimburile de materie i de energie dintre organism i mediu, care definesc nsi

viaa, implic desfurarea unui numr mare de reacii chimice, care alctuiesc
metabolismul, cu dou laturi principale:
catabolismul (degradarea constituenilor celulari la compui mai simpli) implic
procese exergonice, n care se produce energie;
anabolismul (edificare i refacerea constituenilor celulari) decurge prin reacii
endergonice, n care se consum energia mobilizat n procesele catabolice.
Organismele vii sunt deci sisteme deschise, aflate ntr-un permanent schimb de
energie i materie cu mediul nconjurtor, constituind sediul unui triplu flux, de
materie, de energie i de informaie.