Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
secvenţialǎ.
Are următoarele caracteristici:
1) constituie “coloana vertebrală” a oricărei molecule proteice;
2) conţine legături peptidice;
3) este alcătuită din secvenţe (succesiuni) bine definite ale aminoacizilor in catenele peptidice,
secvenţe aflate sub control genetic. Pe scurt, aceasta se explică astfel: secvenţa nucleotidelor din ADN
(molecula eredităţii) este transcrisă într-o secvenţă complementară de nucleotide din ARN. Secvenţa de
nucleotide din ARN este cea care determină succesiunea aminoacizilor din proteine, fiecare aminoacid
fiind codificat prin una sau mai multe secvenţe de trei nucleotide numite codoni.
4) determinǎ configuraţia specifică oricărei proteine. Structura tridimensională (conformaţia
spaţială) şi activitatea biologică a proteinei sunt dependente si controlate de secvenţa de aminoacizi
caracteristică structurii primare.
Proteinele sunt macromolecule naturale, majoritatea cu catenă liniară (neramificată). Legătura
peptidică este stabilizată prin rezonanţă şi are aproximativ 40% caracter de dublă legătură, prin urmare
atomii de carbon şi azot nu se pot roti liber, iar atomii de oxigen şi hidrogen se află în poziţie trans.
C .. H C H C + H
+
C N
C ' ._.O C N
C'
_ C N
C'
O O
Atomii de carbon, oxigen, azot, hidrogen, împreună cu cei doi atomi de carbon C α şi Cα’ implicaţi
în legăturile peptidice sunt coplanari iar resturile de aminoacizi (radicalii organici ai aminoacizilor) sunt
dispuşi alternativ deasupra şi sub planurile legăturilor peptidice, într-un aranjament trans repetabil.
H O R H H O R H
C N C C N C C
C C N C C N C
O H R H O H R H O
Aşa cum am menţionat anterior, natura chimica a radicalilor din aminoacizi (R1, R2 etc.) are o
importanta decisiva in organizarea globala a proteinelor, deoarece ei pot interactiona in cadrul catenelor
sau intre catenele polipeptidice ale moleculelor proteice.
Operatiile analitice necesare elucidarii structurii primare a proteinelor sunt extrem de complexe,
laborioase si de mare finete. Prima proteina cu structura complet elucidata a fost insulina, alcătuită din 51
aminoacizi grupaţi în două lanţuri peptidice (Friederich Sanger, 1954), urmata de mioglobina (153
aminoacizi), hemoglobina (protomerul α alcatuit din 141 aminoacizi, protomerul β din 146), ribonucleaza
(124 aminoacizi), γ-globulina (1320 aminoacizi) etc.
I. Prima etapa in studiul unei proteine o constituie izolarea (separarea) in stare pura a proteinei.
Acest lucru se realizeaza in special prin metode cromatografice (cromatografia pe hirtie, in strat subtire, pe
coloana, pe geluri, pe schimbatori de ioni, cromatografie de afinitate), prin electroforeza dar si prin tehnici
de cristalizare, precipitare, dizolvare selectiva etc.
II. A doua etapa o reprezinta analiza calitativa si cantitativa.
1. dacă proteina conţine mai multe lanţuri polipeptidice, acestea se separă prin tratare cu un acid,
o bază sau o sare foarte concentrate ori cun agent de denaturare şi se purifică;
2. toate punţile de sulf sunt rupte (spre exemplu cu ajutorul acidului performic sau β-
mercaptoetanolului), iar grupele SH rezultate se alchilează (de obicei cu iodoacetat);
3. se efectuează hidroliza totală a fiecărui lanţ peptidic, în mediu puternic acid (HCl la fierbere),
urmată de dozarea cromatografică a amestecului de aminoacizi rezultaţi. Se obţine compoziţia
peptidei, dar nu este furnizată nicio informaţie cu privire la ordinea (succesiunea)
aminoacizilor în catena polipeptidică;
4. se identifică aminoacizii N- şi C-terminali;
5. se efectuează hidrolize parţiale, chimice sau enzimatice, obţinându-se peptide mai mici din
care se poate determina secvenţa de aminoacizi.
Pentru determinarea succesiunii aminoacizilor se apelează la următoarea strategie:
Determinarea aminoacidului N-terminal (metoda Friederich Sanger) cu ajutorul unui reactiv ce
“marcheaza” aminoacidul N-terminal. Reactivul poate fi:
► 2,4-dinitrofluorobenzenul (DNFB, reactivul lui Sanger)
O2 N F + H2N CH C NH CH CO O2 N NH CH C NH CH CO
R1 O R2 R1 O R2
NO2 NO2
H2 O
O2 N NH CH COOH + H2N CH CO + amestec de aminoacizi
H+
R1 R2 si oligopeptide
NO2
Se efectuează apoi hidroliza rezultând aminoacidul “marcat”, galben strălucitor, care se separă de
restul aminoacizilor formaţi prin extracţie cu eter de petrol. Prin această metoda catena polipeptidică este
distrusă.
► fenilizotiocianatul. Prin tratarea cu acest reactiv rezulta un derivat de tiouree care este scindat de
restul peptidei printr-o hidroliza blinda (cu HCl diluat sau acid trifluoroacetic).
pH=9 ..
Ph N C + H2N CH CO NH CH CO Ph NH
.. C NH CH R
S R R' S
CO NH CH CO
Fenilizotiocianat
F3CCOOH R'
anh.
R O R O
+ +
H H3N CH CO NH CH CO
+
HN N Ph N S
R' R''
S NH Ph
In acest caz se separa un singur aminoacid (cel N-terminal), restul catenei polipeptidice ramânând
intact.Operaţia poate fi repetata, detaşându-se si analizându-se de fiecare dată un singur aminoacid
(procedeu pus la punct in 1950 de către Pehr Edman, care a reusit apoi automatizarea acestuia). Procedeul
este limitat la polipeptide cu cel mult 20 aminoacizi.
► alti reactivi pentru capatul N-terminal: clorura de 1-dimetilaminonaftalin-5-sulfonil (clorura de
dansil) si clorura de 4-dimetilaminoazobenzen-4’-sulfonil (clorura de dabsil), metodele respective fiind
foarte sensibile
H3C CH3
N
H3C
N N N SO2Cl
H3C
SO2Cl
Clorura de dansil Clorura de dabsil
(Clorura de 1-DimetilAminoNaftalin-5-Sulfonil) (Clorura de 4-DimetilAminoAzoBenzen-4'-Sulfonil)
In cazul utilizarii acestor reactivi, dar si in cazul folosirii reactivului Sanger, pentru peptide cu
numar mic de aminoacizi este utila efectuarea unei hidrolize partiale (folosind cantitati de apa si acid mai
mici decit cele necesare stoechiometric), hidroliza in urma careia rezulta un amestec de aminoacid marcat,
alti aminoacizi si di, tri, polipeptide. Polipeptidele se separa din amestec si sint supuse unei noi hidrolize,
obtinindu-se aminoacizii componenti. Restul se reduce la o problema de logica.
Determinarea aminoacidului C-terminal
Se realizeaza cel mai bine prin hidroliza enzimatica cu ajutorul peptidazelor (enzime hidrolitice
-hidrolaze- specializate in hidroliza unei anumite legaturi peptidice). In functie de pozitia legaturii
peptidice atacate de enzima se deosebesc: exopeptidaze (hidrolizeaza legaturile peptidice marginale) si
endopeptidaze (hidrolizeaza legaturi peptidice interioare). Spre exemplu, carboxipeptidaza (enzimă
extrasă din pancreas) este o exopeptidază care atacă legatura peptidică vecină cu COOH liber, realizându-
se astfel “descompunerea” lantului polipeptidic pornind de la capatul C-terminal. Aceasta metoda poate fi
si ea automatizata. Similar, aminoacid peptidazele (aminopeptidazele) realizează ruperea legăturii
peptidice formate de aminoacidul N-terminal.
Atât endo- cât şi exo-peptidazele au cerinţe specifice legate de natura resturilor de aminoacid ce
alcătuiesc legătura peptidică pe care o scindează (v. mai jos).
Dintre celelalte metode de identificare a aminoacidului C-terminal merită amintite:
► esterificarea cu metanol urmata de reducere cu LiBH4 si apoi de hidroliza totala, cind rezulta
aminoalcoolul corespunzator alaturi de ceilalti aminoacizi liberi;
+
H
H2N CH CO NH CH CO NH CH CO NH CH COOH + CH3OH
R1 R2 Rn-1 Rn
LiBH4
H2N CH CO NH CH CO NH CH CO NH CH COOCH3
R1 R2 Rn-1 Rn
LiBH4 H2O
H2N CH CO NH CH CO NH CH CO NH CH CH2OH
HCl
R1 R2 Rn-1 Rn
H2O + _ + _ + _ +
H3N CH COO + H3N CH COO + ............. + H3N CH COO + H3N CH CH2OH
HCl
R1 R2 Rn-1 Rn
►hidrazinoliza(reacţia cu hidrazina în mediu acid), prin care toate legaturile peptidice sunt
desfacute obtinindu-se aminoacidul C-terminal liber alături de aminoacil-hidrazidele respective.
H2N CH CO NH CH CO NH CH CO NH CH CO NH CH CO NH CH COOH
R1 R2 Rx Ry Rn-1 Rn
- exo-aminopeptidaze - exocarboxipeptidaze
- metoda Sanger - esterificare si reducere cu LiBH4
- metoda Edman - bromcian pt. Rx = Met - hidrazinoliza
- clorura de dansil/dabsil - endo-peptidaze:
COOH NH2
* pepsina pt. Ry = Phe, Tyr, Trp SH
NH2
* tripsina pt. Rx = Lys, Arg COOH
= activare = dezactivare
* chimotripsina pt. Rx = Phe, Tyr, Trp COOH
(Leu, Met, Asn, Glu etc.)
Structura secundară
Reprezintă organizarea spatiala a catenei polipeptidice principale (a “coloanei vertebrale” a
moleculei polipeptidice, alcătuite din atomii participanţi la legăturile amidice, fără considerarea catenelor
laterale). Este realizată şi stabilizată prin legăturile de hidrogen intra- şi intercatenare dintre grupele amino
si carbonil ale legăturilor peptidice.
Este reprezentată prin doua conformaţii caracteristice proteinelor fibrilare: elice α (α- helix) si “foi
pliate” sau conformatie β (β-pleated sheet). O conformatie speciala o reprezinta conformaţia tip colagen.
Important de mentionat este faptul ca structura tertiara este foarte sensibila la actiunea factorilor
fizici si chimici care produc ruperea legaturilor implicate in organizarea tertiara. Aceasta determina
denaturarea proteinelor, insotita de obicei de pierderea proprietatilor biologice.
Structura cuaternară este caracteristicǎ unor proteine cu mase moleculare mai mari de 100
kDa, constituite din mai multe catene polipeptidice (subunităţi) şi se referă la aranjamentul spaţial al
subunităţilor componente. Aceste proteine se gasesc ca agregate moleculare numite oligomeri (dimeri,
trimeri, tetrameri), alcatuiti din mai multi protomeri (2, 3, 4).
Interactiunile prin care se asambleaza subunitatile agregatului molecular (protomerii) sunt de
natura fizică: interacţiuni electrostatice si legaturi de hidrogen localizate la suprafata fiecarei catene
polipeptidice.
Exemplul tipic este hemoglobina: tetramer alcatuit din 2 catene α si 2 catene β, iar alt exemplu il
reprezinta enzimele alosterice (v. mai departe) ale căror subunităti sunt asamblate în molecula proteică
prin interacţii necovalente. Spre deosebire de acestea, mioglobina, alcătuită dintr-un singur lanţ
polipeptidic, sau chimotripsina, ce conţine trei lanţuri polipeptidice menţinute împreună prin legături
covalente (punţi de sulf intercatenare), nu prezintă structuri cuaternare.
PROTEINE GLOBULARE
Caracteristici generale:
• au forma sferica sau ovala;
• conformatia este mult mai complexa decit a proteinelor fibroase;
• au activitate biologica (spre deosebire de proteinele fibroase care au functie structurala si
mecanica): majoritatea sint enzime; unele au rol in apararea organismelor impotriva bolilor
(imunoglobuline), altele transporta diverse substante ca oxigen, acizi grasi, lipide, hormoni etc.
• exemple: albumine, globuline
Albuminele
• pot fi atit de origine vegetala cit si animala; cele de origine animala sint raspindite in citoplasma si in
lichidele biologice (spre ex. plasma sanguina)
• in compozitia lor intra toti aminoacizii cu exceptia glicocolului
• albuminele plasmatice (serumalbuminele) reprezinta cca 60% din proteinele plasmatice; sint
sintetizate in ficat, având printre altele, rol în:
* mentinerea presiunii osmotice a singelui, controlul presiunii singelui si implicit al tensiunii;
* menţinerea echilibrului acido-bazic (moleculele au sarcină negativa şi alături de ionii fofat şi de
hemoglobină constituie principalii ioni negativi care se alătură anionului Cl - pentru compensarea
sarcinilor pozitive constituite din Na+ şi K+);
* legarea şi transportul unor molecule endogene (acizii grasi, bilirubina) şi exogene (xenobiotice –
medicamente, toxice);
* captarea radicalilor liberi (cu efect oxidant nociv pentru organism) datorită numeroaselor grupe
SH reducătoare pe care le conţin;
• constituie o rezerva de proteine in unele plante, seminţe, ouă;
• sint insotite de globuline – spre exemplu: serumalbuminele sint insotite in plasma sanguina de
serumglobuline; lactoalbuminele din lapte sint insotite de lactoglobuline; ovalbuminele din albusul de ou
de ovoglobuline; mioalbuminele din muschi de mioglobuline (anume de miozina; aceasta este proteina
contractila din tesutul muscular care este alcatuita din trei catene elicoidale avind un segment terminal cu
aspect globular – prezinta deci proprietati caracteristice atit proteinelor fibroase cit si celor globulare)
Globulinele
• serumglobulinele reprezinta cca 36% din proteinele plasmatice si sint de mai multe tipuri: α, β, γ.
Valorile cantitative ale acestor fractiuni variaza in functie de specie si de anumite stari patologice
• α si β globulinele sint sintetizate in ficat si ajuta la transportul lipidelor si al vitaminelor liposolubile;
γ sint produse in tesuturile limfatice si functioneaza ca anticorpi de imunitate
• pot fi separate de albumine (cu care coexista) prin precipitare in solutii de sulfat de amoniu:
albuminele precipita din solutii saturate, iar globulinele precipita la concentratii mai mici (50%) de sulfat
de amoniu
Mioglobina si hemoglobina sunt heteroproteine, mai exact cromoproteine porfirinice dar si
metaloproteine. Cromoproteinele contin ca si componenta prostetica o substanta colorata care confera
culoare intregii molecule. Se clasifica in cromoproteine porfirinice si cromoproteine neporfirinice.
In cromoproteinele porfirinice componenta prostetica este o combinatie tetrapirolica diferit
substituita numita porfirina
Mioglobina este cromoproteina de culoare rosie existenta in muschi.
Are rol de a stoca si difuza oxigenul in tesutul muscular si se gaseste in cantitate mare in tesuturile
musculare ale animalelor acvatice (balena, foca, morsa etc.) care trebuie sa stocheze mari cantitati de
oxigen pentru a putea supravietui sub apa timp indelungat.
Componenta proteica este formata dintr-un singur lant polipeptidic alcatuit din 153 aminoacizi;
75% din catena este α-helix (cei 153 aminoacizi sint grupati in 8 segmente de elice α unite prin portiuni
neelicoidale constituite din prolina, serina si izoleucina). Contine o singura grupare hem.
Reprezinta prima proteina a carei structura tridimensionala a fost studiata in detaliu cu ajutorul
razelor X (rezultatele publicate in 1960 de catre John Kendrew). Cercetarile au evidentiat o structura
compacta, in care catenele laterale nepolare ale aminoacizilor sint orientate spre interior, iar hemul este
plasat intr-un “buzunar” captusit cu resturi de aminoacizi nepolari fiind fixat prin forte hidrofobe.
Singurele resturi polare din interiorul moleculei sint doua resturi de histidina legate coordinativ de ionul
de fier din centrul hemului.
Afinitatea mioglobinei pentru oxigen este de cca 6 ori mai mare decit cea a hemoglobinei, formând
cu acesta un complex disociabil.
MbO2 Mb + O2
Volumul maxim de oxigen pe care pot sa-l lege 100 ml singe (ce contine ~15g hemoglobina) este
de cca 20 ml si se numeste putere oxiforica a hemoglobinei.
H O Factorul esential care influenteaza echilibrul oxigenare -
C
N C
N
deoxigenare este presiunea partiala a oxigenului: la nivelul alveolelor
CH
O H pulmonare, unde presiunea partiala a oxigenului este mare (~100
H 2C
NH mmHg) se formeaza HbO2, iar la nivelul vaselor capilare din tesuturi,
unde presiunea partiala a oxigenului este mica (~30 mmHg), are loc
H 2C N
CH CH3 disocierea HbO2 cu eliberarea oxigenului necesar oxigenarii
H 3C CH CH2
tesuturilor si deci reactiilor biochimice celulare ce necesita oxigen.
N 2+ N Fixarea reversibila a oxigenului la hemoglobina are loc prin legatura
Fe
N N coordinativa cu ionul Fe2+, prin indepartarea moleculei de apa prin
H 3C CH3 intermediul careia Fe2+ era legat de al doilea rest de histidina din
H2 C O CH2
molecula globinei prin legatura coordinativa (are loc de fapt
_ O _ eliberarea unui rest de histidina si inlocuirea moleculei de apa cu
OOC H 2C CH2 COO molecula de oxigen).
Oxihemoglobina