MASTER GENETICĂ MOLECULARĂ

2017 – 2018
Nume: Munteanu Madalina

BAZE DE DATE

Gene
BRCA1, BRCA2, HRas, KRas, NRas, HER2, TP53, CDK1, CDK2, CDC25A, CDC25C, BCL2,
IL-1, IL-6, IL-17, IL-22, HSP90, ALX1, ATP8A2, CR1, EFCAB1, MMP26, PNOC,
https://cancer.sanger.ac.uk/census
F5 (factor V Leiden)

BLAST (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)

1. Utilizând secvența unei gene nucleare:

a) Rulați BLASTn în baza de date cu secvențe umane și altele. Precizați diferențele.
Homo sapiens chromosome 1 clone ABC10_000001608170_C18, complete sequence
similaritate 100%

b) Rulați tBLASTx și BLASTx pentru secvența menționată, cu matricile BLOSUM 80 și 45.

Precizați diferențele.
Blosum80-tblastx

Blosum45-tbalstx
 BLASTx-Blosum45

BLASTx-Blosum80

c) Comparați utilitatea rezultatelor obținute. Care comparații sunt mai utile? Între secvențe
nucleotidice sau între secvențe de aminoacizi?
2. Utilizând baza de date UCSC (http://genome.ucsc.edu/) identificați:

a) Care este localizarea în cadrul genomului (cromosom, brat)?

Cromozom 1. (q32.2)

b) Care este dimensiunea genei în perechi de baze?

 143,142 bp

c) care sunt genele adiacente?

d)Câți exoni are gena?
39
UniGene (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/unigene)
4. Cate regiuni EST are gena în diferite țesuturi (min, max)?
41 de regiuni ESTs.

5. Precizați la nivelul căror țesuturi, gena este supraexprimată

Nodul limfatic; Intestin; Gură; Stomac; Sânge; Uter; Placenta; Țesut conjunctiv; Limf; Nerv

6. Precizați dacă gena este supraexprimată în cancer?

NU.
7. Câte regiuni EST prezintă gena?
10 DIN 41
8. În care țesuturi umane se exprimă gena?

9. Concluzii legate de expresia și funcțiile genei

Human Protein Atlas (https://www.proteinatlas.org/)

10. Există dovezi ale expresiei proteinei?
DA.

11. Există o corelație între expresia ARN și a proteinei?

12. Precizați daca proteina este supra exprimată în cancer?
Da este supraexprimata in cancer.
13. Pentru a studia implicațiile genei în cancer, ce linii celulare ați utiliza ca model?

14. Pentru a determina localizarea intracelulară a proteinei, ce anticorpi pot fi utilizati?

15. Utilizând modulul BLAST, identificați gene omoloage ortoloage și paraloage

SUPLIMENTAR

BLAST

16. Utilizând BLAST, identificați proteine cu secvență similară

>query
MLGIWTLLPLVLTSVARLSSKSVNAQVTDINSKGLELRKTVTTVETQNLEGLHHDGQFC
HKPCPPGERKARDCTVNGDEPDCVPCQEGKEYTDKAHFSSKCRRCRLCDEGHGLEVEI
NCTRTQNTKCRCKPNFFCNSTVCEHCDPCTKCEHGIIKECTLTSNTKCKEEGSRSNVKRK
EVQKTCRKHRKENQGSHESPTLNPETVAINLSDVDLSKYITTIAGVMTLSQVKGFVRKN
GVNEAKIDEIKNDNVQDTAEQKVQLLRNWHQLHGKKEAYDTLIKDLKKANLCTLAEKI
QTIILKDITSDSENSNFRNEIQSLV

a. Care sunt proteinele care prezintă similaritatea cea mai mare?

b. Care sunt diferențele semnificative în aliniere?
17. Identificați gena și mutația:

>query
TGCCTCCTTTGGTGAAGGTGACACATCATGTGACCTCTTCAGTGACCACTCTACGGT
GTCGGGCCTTGAACTACTACCCCCAGAACATCACCATGAAGTGGCTGAAGGATAAG
CAGCCAATGGATGCCAAGGAGTTCGAACCTAAAGACGTATTGCCCAATGGGGATGG
GACCTACCAGGGCTGGATAACCTTGGCTGTACCCCCTGGGGAAGAGCAGAGATATA
CGTACCAGGTGGAGCACCCAGGCCTGGATCAGCCCCTCATTGTGATCTGGG

Gena HFE.
Apar predominant mutatii de tip substitutie: tranzitie.