Secvențierea genomului virusului SARS-CoV-2 în România

 
Biolog specialist dr. Mihaela Lazăr, șef Laborator Infecții Respiratorii Virale 
din Institutul Național de Cercetare-Dezvoltare Medico-Militară „Cantacuzino”
 

     Coronavirusurile cuprind numeroase virusuri care pot determina infecții atât la animale cât și
la oameni. La om, coronavirusurile provoacă infecții respiratorii, forme ușoare sau severe precum
Sindromul Respirator din Orientul Mijlociu (MERS), sau Sindromul Respirator Acut Sever
(SARS). Cel mai recent coronavirus a fost identificat pentru prima dată în China (orașul Wuhan,
provincia Hubei) în decembrie 2019 și provoacă boala coronavirus COVID-19.
    Infecția COVID-19 în România a fost raportată în data de 26 februarie 2020 prin confirmarea
primului pacient cu SARS-CoV-2 prin rRT-PCR (reverse transcriptase–polymerase chain
reaction), în următoarele 18 săptămâni înregistrându-se 15.501 cazuri confirmate și 966 decese
[1].
    Virionii corona au  formă sferică şi cel mai mare genom dintre toate virusurile cu genom ARN
(120-160nm în diametru), unitar, nu segmentat așa cum este al virusurilor gripale. Virionul
corona este format din nucleocapsida cu simetrie helicală alcătuită din ARN și proteina N,
acoperită de un înveliș (peplos) în care sunt inclavate glicoproteinele virale. Genomul conține
două cadre de citire la capătul 5’ (open reading frames, ORF), ORF1a și ORF1b, care codifică 16
proteine non-structurale (exp. ARN polimeraza ARN-dependentă, RdRp). La capătul 3’ al
genomului se află genele care codifică cele 4 proteine structurale majore: glicoproteina S
(proteina structurală a spiculilor care conferă virionilor aspectul caracteristic de coroană și
permite virusului să pătrundă în celulele gazdă prin utilizarea enzimei 2 de conversie a
angiotensinei, ACE2, ca receptor de intrare), proteina E (de înveliș), M de membrană
(componentă minoră a peplosului) și proteina N a nucleocapsidei [2-5]. Coronavirusurile pot
prezenta variabilitate genetică datorită mutațiilor apărute în genomul viral. Mutațiile genetice
reprezintă erori de transcriere ale ARN-polimerazei care dispune de mecanisme de corectare
(proof-reading) ineficiente (exp. încorporarea greșită a unei baze care poate duce la schimbarea
mesajului unui codon), ceea ce permite reasortarea materialului genetic. Mutaţia poate genera noi
variante antigenice și o variaţie limitată a potenţialului patogenic. Recombinarea, un eveniment
mult mai rar, produce un virus nou, cu o nouă combinaţie de gene şi cu proprietăţi antigenice
noi. Emergenţa unei tulpini virale noi este condiţionată de capacitatea sa de multiplicare şi de
diseminare la organismele sensibile, iar apariția de epidemii sau pandemii depinde de capacitatea
de diseminare a virusului (contagiozitate) [6, 7].
    În fazele incipiente ale epidemiei din România, sursa de infecție a fiecărui caz a fost
identificată prin anchete epidemiologice amănunțite, urmate de detecția și izolarea/ carantinarea
contacților. Odată cu răspândirea virusului în populația generală, această strategie nu mai poate
furniza date exacte. Pe măsură ce virusul se răspândește, apar multiple oportunități de selecție
naturală a unor mutații care pot avea impact major asupra transmisibilității virusului.
    Secvențierea genomică oferă o alternativă de monitorizare în timp real a dinamicii transmiterii
virale, prin identificarea unor secvențe care agregă împreună în clustere și corelarea lor cu datele
clinice și epidemiologice.
    Primele informații asupra întregului genom al virusului SARS-CoV-2 identificat în România,
au fost obținute în Laboratorul Infecții Respiratorii Virale, Centrul Național de Gripă din
Institutul Național de Cercetare-Dezvoltare Medico-Militară ”Cantacuzino”, prin utilizarea
tehnologiei secvențierii de nouă generație (NGS) cu ajutorul sistemului de secvențiere Illumina
MiSeq și a softului DNASTAR Lasergene.
    Analiza filogenetică a primelor trei genomuri secvențiate (întregul genom, acoperire 100%) au
evidențiat identitate 99.95% cu tulpina de referință Severe acute respiratory syndrome
coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, complete genome (NCBI Reference Sequence: NC_045512.2)
și identitate 99,97% - 99,96% cu tulpini identificate în Austria, Danemarca, Franța, Germania,
Grecia, India, Italia, Marea Britanie, Spania sau SUA (Figura1).
 
 
 
  
   Identificarea variantelor virale trebuie atent interpretată și monitorizată pentru întelegerea
adaptării, evoluției și transmiterii virusului SARS-CoV-2 în populația umană, precum și pentru
evaluarea metodelor de diagnostic.
    Deoarece acest virus este una dintre cele mai mari amenințări cu care oamenii s-au confruntat
în ultima vreme, la nivel mondial se depun eforturi considerabile pentru secvențierea tulpinilor de
SARS-Cov-2 pentru identificarea originii virusului, a surselor de proveniență ale epidemiilor din
diferite regiuni și a dinamicii transmiterii intracomunitare. Înțelegerea modului de răspândire este
crucială pentru lupta care trebuie dusă împotriva acestui virus. Pentru identificarea unui profil
viral specific României, studiul va fi completat cu analize ulterioare și va cuprinde secvențele
virusului izolat din diferite regiuni geografice, de la pacienți asimptomatici, cu simptome ușoare
și severe. Identificarea variantelor genomice și analiza filogenetică a tulpinilor SARS-CoV-2 din
România va permite monitorizarea patogenicității tulpinilor circulante în relație cu exprimarea
fenotipică a infecției la pacienții cu COVID-19 precum și a potențialului de adaptare a virusului
SARS-CoV-2 la organismele umane. Secvențierea genetică poate ajuta la înțelegerea COVID-19
în vederea alcătuirii unui ghid al tratamentelor în viitor și posibil, pentru evaluarea impactului
intervențiilor medicale cu rol în îmbunătățirea stării de sănătate.
    Secvențele genomice complete sunt disponibile în bazele de date internaționale (GenBank,
GISAID), iar evoluția pandemiei poate fi monitorizată în timp real pe site-ul
https://nextstrain.org/ncov/global care permite analiza filogenetică și analiza ratei de variabilitate
virală.