http://multimedia.mcb.harvard.

edu/
‘Inner life of a cell’
Studiul DINAMICII MOLECULARE:
 intelegerea comportamentului unei molecule la nivel atomic
ACTIVITATEA BIOLOGICA

- Structura 3D
A UNEI PROTEINE

- Flexibilitatea (dinamica ) structurii 3D

- Interactiunea cu mediul-
apa si/sau lipide
+ - Interactiunea cu liganzii

- Interactiunea cu alte proteine

Amplitudine Tipul miscarii Functionalitate Timp

Fluctuatii atomice;
Acomodarea
MICA; <1 Å miscarea lanturilor fs – ps
liganzilor
laterale

Modificarea situsului
MEDIE; 1-5 Å Miscarea buclelor activ; specificitatea ns
de legare

MARE; Miscarile domeniilor si a µs –

Tranzitii alosterice
5-10 Å subunitatilor ms

GLOBALE; Asocierea subunitatilor, Functionalitatea

ms – h
> 10 Å modificarea plierii proteinelor
 Simulari de dinamica moleculara
 modelarea miscarilor de amplitudine mica si medie
 permite adaugarea solventului si a membranei
 CHARMM, NAMD, AMBER

 Analiza de moduri normale

 modelarea miscarilor colective (amplitudine mare)
 permite studiul sistemelor cu un numar limitat de
atomi
 CHARMM
http://services.cbu.uib.no/tools/normalmodes
 TOPOLOGIA: tipurile de atomi, legaturile formate, sarcinile
partiale ale resturilor, specificatiile de legare a resturilor +
coordonate interne
 PARAMETRII: valori numerice specifice pentru rezolvarea
functiei empirice de energie – distante, unghiuri, improprii,
diedre si constantele de forta la echilibru
V=Vlegatura+Vnelegatura

 k (l  l )  k    
2
Vlegatura ( R)  l 0
2
 0 
legaturi unghiuri


k ( 
improprii
 0 ) 2
  A [1  cos(n   )]
diedre
n 0

rijmin rijmin qi q j
Vnelegatura ( R)   ( [( )  2( ) ]
12 6

i j
ij rij rij 4 r  0 rij

C:/Program Files/University of llinois/VMD/plugins/noarch/tcl/readcharmmpar1.1/

par_all27_prot_lipid_na.inp
 Determinata experimental
 Cristalografie de raze X
 RMN

• lipsa atomilor de H
- Adaugarea atomilor din coordonatele interne

• suprapunerea de atomi nelegati

• legaturi si unghiuri deformate

Structurile cu energie mare – stari tranzitionale, instabile

MINIMIZAREA ENERGIEI
• Modificarea coordonatelor atomilor in sensul descresterii
energiei moleculei

•Variatia energiei in functie de coordonatele atomilor =

profilul energetic al moleculei
- distributia structurilor pe profilul energetic

-Conditia de minim energetic - ∆Energie~ 0

  simulari realiste – influenta ‘solventului’
apa lipide

Solvatare:
VMD Main – Extensions – Modeling – Add Solvation Box

Utilizarea scripturilor de solvatare

VMD Main – Extensions – Tk Console

Modelarea bistraturilor lipidice:

VMD Main – Extensions – Modeling – Membrane Builder
 C:\MD\ubq

 Psf – ul: informatii structurale (legarea atomilor)

‘topologia moleculei’
 ubq.psf ( extensia Automatic PSF Builder)
 Pdb – ul: coordonatele atomice ale sistemului
 ubq.pdb

 VMD Main – Extensions – Tk Console

 Directorulde lucru (cd .. ; dir )
 source wat_sphere.tcl
 source wat_box.tcl
 In vid 
 C:\MD\ubq: ubq.psf, ubq.pdb
 VMD Main – Extensions – Simulation – NAMD Graphical Interface
 Edit – Other simulation parameters - Binary output files
 Minimization
 Run NAMD

 VMD – Extensions – Analysis – NAMD Plot - *.out

 *.coor - *_min.pdb
 Cuantificarea modificarilor – RMSD (root mean square
deviation): VMD – Extensions – Analysis – RMSD Calculator
  Rezultatul:
traiectoria de dinamica = set de conformatii *.dcd

Fluctuatiile moleculei: pozitie

-Dependenta de timp
viteza
-Amploarea

C:\MD\ubq: ubq.psf, ubq.pdb

VMD Main – Extensions – Simulation – NAMD Graphical Interface
Edit – Other simulation parameters - Binary output files
Minimization Molecular dynamics
Run NAMD
 VMD Main – Extensions – Simulation – NAMD Graphical
Interface – Edit

 Ensemble – tipul de dinamica: NVE – Energie constanta

- temperatura (K)

 Fixed atoms

 Other simulation parameters

 DCD/XST output frequency
 Time Step
 Incalzirea moleculei - treptat
 Temperatura – distributia vitezelor
 Vitezele initiale ale atomilor – ‘arbitrare’

lipsa corelatiilor intre miscarea atomilor legati

 Echilibrarea structurii – zeci-sute ps

 Cu rescalarea vitezelor in acord cu temperatura

 Fara a rescala vitezele

 Structura insuficient minimizata
 ERORI

 Simulare OK
Energia cinetica Temperatura

Dinamica
‘utila’

Rezultate de incredere:
VMD – Extensions –
- Sistemul de calcul echilibrat
-Simulare stabila Analysis – NAMD
- Respectarea conditiei de energie constanta Plot - *.out
 RMSD:
VMD – Extensions – Analysis – RMSD Trajectory Tool
 Distante:
VMD - Mouse – Label – Bonds
VMD – Graphics – Labels – Bonds - Graph
 Unghiuri
VMD - Mouse – Label – Angles
VMD – Graphics – Labels – Angles - Graph
 Punti de hidrogen
VMD – Extensions – Analysis – Hydrogen bonds
 RMSD mediu / aminoacid

 VMD Main – Extensions – Tk Console

 Directorul de lucru C:\MD\ubq (cd .. ; dir )
 source residue_rms.tcl (procedura de calcu a
RMSD mediu)
 set sel_resid [[atomselect top “protein and
apha] get resid]
 rmsd_residue_over_time top $sel_resid
 residue_rms.dat
 Coloring method - User

 http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/
 Conditii periodice

 C:\MD\bsa\ bsa.psf
 BSA, apa + ioni

 bsa.dcd:
 20 ps
 Time step – 2 fs
 Distanta dintre frame-uri
0.2 ps
 Temperatura
1000 K – 300 K
 RMSD
 VMD – Extensions – Analysis – NAMD Energy
 Interactiunea proteina (selection1) si apa (selection2)
 Forta non-bonded

 Alte analize ?