Biologie structurală - curs 5

Prof. Dr. Adriana ISVORAN

 2.8. Domenii structurale in proteine
• Multe proteine prezinta o structură spațială globulară în care lanțul
proteic este organizat în jurul unui centru hidrofob și conferă proteinei o
forma sferică, globulară.
• Totuși, un număr foarte mare de proteine sunt alcătuite din mai multe
unități de împachetare separate numite domenii structurale. Aceste
domenii pot avea o separare netă, dar de cele mai multe ori nu putem
defini exact regiunea de separare dintre domenii. De asemenea, domeniile
pot fi omoloage din punct de vedere structural sau diferite.
 Domenii structurale in proteine

Un număr mare de proteine contin mai multe domenii, fiecare domeniu având
un rol funcțional distinct. Fiecare modul este o unitate structurală separată și
se impachetează separat.
 Domenii structurale in proteine

Structura de tip butoi – butoi TIM (TIM barrell): 8 elice alfa si 8 foi beta care se succed si
Reprezintă un motiv structural comun multor enzime (de ex glicozidaze) alcătuind situsul
lor catalitic.
Domenii structurale in proteine

Structura de tip cilindru

 Clasificarea structurală a proteinelor
În ceea ce priveste clasificarea structurală a proteinelor, există trei mari baze de date:
Structural Classification of Proteins (SCOP),
Class, Architecture, Topology and Homologous (CATH)
Families of Structurally Similar Proteins (FSSP).

Baza de date SCOP conține o descriere a relațiilor structurale si de evoluție pentru

proteinele cu structuri cunoscute. Ea este organizată ca o structură ierarhică bazată pe
mai multe niveluri:
- familie, care conține proteine care
au o legătură evolutivă evidentă
- superfamilie, care conține proteine
cu similaritate secvențială mică, dar
ale căror aracteristici structurale si
funcționale sugerează o posibilă
origine evolutivă comună.
- - împachetare, care conține acele
proteine care au elementele de
structură secundară organizate în
acelasi ranjament spațial si cu
aceleasi conexiuni topologice.
 Clasificarea structurală a proteinelor
Baza de date CATH conține o clasificare ierahică a domeniilor structurale ale proteinelor
pentru care există structuri determinate si care sunt depuse în PDB. Ierarhizarea
domeniilor clasificate în baza de date CATH conține următoarele
categorii:
- clasa structurală (C) în funcție de conținutul de elemente de structură secundară (alfa,
beta, alfa-beta);
- arhitectura (A) în funcție de forma generală dată de orientarea elementelor de
structură secundară în spațiu fără a ține cont de conectivitatea acestora;
- topologia (T) care ține cont atât de orientarea elementelor de structură secundară în
spațiu cât si de conectivitatea lor;
- superfamilia omoloagă (H) care conține toate proteinele care au un ancestor comun.
 Proteine neimpachetate nativ
Există un număr mare de proteine care se găsesc in
stare neîmpachetată sau semi-împachetată avand o
flexibilitate și instabilitate mari. Aceste proteine se
structurează de obicei atunci când interacționează cu
alte proteine, dar in lipsa partenerului specific de
interacțiune sunt instabile si neimpachetate. Este
posibil ca doar anumite regiuni ale nor proteine să fie
nativ neîmpachetate sau semi-împachetate. De obicei,
aceste regiuni sunt reprezentate de capetele lanțului
proteic.
 Proteine neimpachetate nativ
Lactat dehidrogenaza formeaza un teramer datorita capetelor N-terminale ale fiecărui lanț
Care interacționează cu lanțurile vecine și mențin structura teramerului.
 Proteine fibrilare
• agregate de proteine
globulare care se
împachetează fie liniar fie
elicoidal;
• proteine cu structura
extinsă: keratina,
miozina, troponina
• Fibre amiloidice -
insolubile obținute prin
polimerizarea fibrelor
subțiri.
 Proteine membranare
• Proteine superficiale -
globulare (solubile) prezente
la suprafața membranei si care
interacționează cu capetele
lipidelor și sunt ancorate in
membrana prin intermediul
ueni ”cozi” hidrofobe de obicei
organizata in elice.
• proteine integrale – complet
imersate in membrană elice –
bacteriodopsina, foi pliate
beta – porinele.
 Suprafața proteinelor

Forma suprafeței și rugozitatea acesteia sunt

caracteristici foarte importante pentru
proteină deoarece ele determină
interacțiunile pe care proteina le realizează
cu diferiți liganzi.
Analiza suprafeței proteinei cuprinde mai
multe aspecte:
• aprecierea cantitativă a suprafeței
moleculare a proteinei,
• aprecierea rugozității suprafeței,
identificarea si caracterizarea posibilelor
cavități care servesc ca situsuri de legare
pentru liganzi.
 Suprafața proteinelor
Există mai multe modalități de definire a suprafeței unei proteine:
Suprafața van der Waals se obține prin sumarea suprafețelor expuse de atomii
constituenți ai proteinei considerați sfere rigide si având razele date de proprietățile
lor van der Waals cunoscute.
Suprafața de contact este o parte a suprafeței van der Waals obținută prin
sumarea punctelor de contact realizate prin rularea unei sfere cu diametrul egal cu
cel al moleculei de apă pe suprafața proteinei. Punctele care nu pot fi atinse de
această sferă formeaza intrândurile și sumarea lor conduce la obținerea suprafaței
intrândurilor. Sumarea suprafeței de contact cu suprafața intrândurilor formează
suprafața moleculară.
 Suprafața proteinelor
- suprafața hidrofobă – dispoziția hidrofobocității/hidrofilicității pe
suprafața proteinei
- suprafața electrostatică – dispoziția potențialului electrostatic pe
suprafața proteinei.
 Suprafața proteinelor
Cavități și buzunare pe suprafața proteinelor:
- Sunt foarte importante pentru interacțiunile proteine-proteine și
proteine liganzi (substrați, inhibitori, inductori, medicamente).
- Sunt importante proprietățile lor: dimensiune,
hidrofobicitate/hidrofilicitate, sarcina electrică, etc.

CAVER - Permite analiza si vizualizarea canalelor si tunelurilor în

proteine.
http://www.caver.cz/

3D-SURFER - Vizualizarea si compararea suprafeței proteinei

investigate cu suprafețele altor proteine.
http://dragon.bio.purdue.edu/3dsurfer/index.php?home

CASTp Identifică si caracterizează cavități situate pe suprafața

proteinelor. http://sts.bioengr.uic.edu/castp/

FPocket Identifică si caracterizează cavități situate pe suprafața

proteinelor.
http://fpocket.sourceforge.net/