FARMACOGENOMICA

• include farmacogenetica
dar nu se limitează la
aceasta
• cercetează variatiile
genomice in genele ţintă
ale medicamentelor şi
diferenţele expresiei
genice induse de
medicamente.
• studiază relatia „„many
drugs — one genome
(normative genome) “.
Dacă utilitatea farmacogeneticii este în
principal de natură clinică, permitand
individualizarea tratamentului, beneficiul
farmacogenomicii rezidă în orientarea
cercetării farmaceutice de descoperire
si dezvoltare mai rapida si mai eficientă
a celui mai competitiv candidat
terapeutic dintr-o serie de compusi noi
supusi testării
• în domeniul conceperii rationale a candidatilor
terapeutici farmacogenomica relevă potentialul
genomului uman si a proteomului de a oferi ţinte
moleculare ale acţiunii candidaţilor terapeutici şi se
distinge prin capacitatea de predicţie cu acurateţe a
proprietăţii unei anumite proteine de a fixa cu
afinitate înalta si specificitate compusi chimici cu
moleculă mica drug-like”, exclusiv pe baza structurii
sale 3D (,,predicting genome and protein
druggability”).
• Impactul abordării farmacogenomice asupra
design-ului candidatilor terapeutici se va
concretiza atât in economia de resurse
financiare şi materiale necesare in faza initială
de screening şi selectare a compuşilor “lead”
dotati cu afinitate faţă de tinta terapeutică, cât şi
în directionarea cercetărilor ulterioare cu
reducerea numărului de experimente pe animale
de laborator
INTRODUCERE IN GENETICA
MOLECULARA

ADN / ARN
STRUCTURA SI FUNCTIE
Introducere :

 50% din substanta uscata a celulei = proteine

 proteinele = polimeri (lanturi) de aminozcizi

 Fiecare proteina este caracterizata printr-o secventa proprie de

aminoacizi.
Ex. lizozimul (126 AA)
Lys-Val-Phé-Gly-Arg-Cys-Glu-Leu-Ala-Ala-Ala-Met-Lys-Arg-His-Gly-Leu-Asp-
Asn-Tyr-Arg-Gly-Tyr-Ser-Leu-Gly-Asn-Trp-Val-Cys-Ala-Ala-Lys-Phe-Glu-Ser-
Asn-Thr-Gln-Ala-Thr-Asn-Arg-Asn-Thr-Asp-Gly-Ser-Thr-Asp-Tyr-Gly-Ilu-Leu-
Gln-Ilu-Asn-Ser-Arg-Trp-Trp-Cys-Asn-Asp-Gly-Arg-Thr-Pro-Gly-Ser-Arg-Asn-
Leu-Cys-Asn-Ilu-Pro-Cys-Ser-Ala-Leu-Leu-Ser-Ser-Asp-Ilu-Thr-Ala-Ser-Val-
Asn-Cys-Ala-Lys-Lys-Ilu-Val-Ser-Asp-Gly-Asp-Gly-Met-Asn-Ala-Trp-Val-Trp-
Arg-Asn-Arg-Cys-Lys-Gly-Thr-Asp-Val-Gln-Ala-Trp-Ilu-Arg-Gly-Cys-Arg-Leu
Introducere :

Nucleul contine
cromatina

Cromatina = proteine histonice + ADN

Introducere :

 Crick si Watson, 1953

 au descoperit structura moleculara a ADN

 ADN si ARN = acizi nucleici

 acizii nucleici = polimeri ai nucleotidelor

Introducere :

 NUCLEOTIDE = oze + baze azotate + acid fosforic

Baza azotata

Grupare
fosfat

5’

4’ 1’
Oza

3’ 2’
Introducere :

 oza: pentoza ciclica

5‟ 5‟
HOH2C OH HOH2C OH

4‟ 1‟ 4‟ 1‟

3‟ 2‟ 3‟ 2‟

OH OH OH

Riboza Dezoxiriboza

 acid fosforic :
OH
O P OH
OH
Introducere :

 Bazele azotate: purine si pirimidine

Uracile
ADN : structura

 ADN = Acid dezoxiribonucleic

 Polimeri de nucleotide unite intre ele prin legaturi esterice

4‟ 1‟

5‟ 5‟ 3‟ 2‟
3‟
 Oza = dezoxiriboza
legatura 3‟OH-5‟P
 Bazele azotate : Adenina, Guanina, Citozina si Timina
ADN : structura

 Ipoteza lui Crick si Watson : A se leaga cu T si C cu G:

A cu T : doua legaturi
de hidrogen

C cu G : trei
legaturi de
hidrogen
ADN : structura

 Molecula de ADN este formata din 2 catene de nucleotide

 Cele doua catene au trei proprietati importante :

 antiparalele

 complementare

 helicoidale
ADN : structura

 Orientarea dintre catene formeaza o

structura de dublu helix cu pasul pe dreapta :
 Planurile bazelor sunt perpendiculare pe axa
helixului
ADN : structura

 10 perechi de baze pe helix

 pasul helixului = 3,4 nm
 diametrul helixului : 2 nm
 catenele antiparalele delimiteaza doua
adancituri inegale : minore si majore
 unii atomi ai bazelor sunt accesibili in
adancituri permitand recunoasterea specifica a
unei secvente de ADN
ADN

 In toate organismele :
Reprezinta informatia genetica
Structura de dublu helix (exceptie cateva virusuri)

 Diferente :
Numarul de molecule de ADN : 1 pentru E. Coli si 46 pentru om
Lungimea : cateva mii de nucleotide pana la mai multe milioane
Forma : liniara sau circulara
Locul in celula : separat sau nu de citoplasma printr-o membrana
Secventat in baze

 Virusuri : genomul este foarte mic (cateva mii de nucleotide)

pentru ADN sau ARN
ADN

 Procariote : ADN in citoplasma

Un singur cromozom « circular » = continu
Milioane de nucleotide
Prezenta plasmidelor = mici fragmente de ADN
circular, independent de ADN-ul principal

 Eucariote : ADN in nucleu

Mai multi cromozomi formati din ADN, compact si
liniar ADN
Miliarde de nucleotide
ADN asociat cu proteine
Histones
 ADN mitocondrial :
ADN circular
Cod genetic diferit de ADN nuclear
Transmiterea caracterelor pe cale materna
ARN : structura

 ARN = Acid Ribonucleic

 Plomeri de nucleotide legate intre ele prin legaturi esterice

5’
HOH2C OH
 Oza = riboza
Riboza
4’ 1’

3’ 2’

OH OH

 Bazele azotate : Adenina, Guanina, Citozina si Uracil

 ARN = monocatenar
Tipuri de ARN :

 ARNr = ARN ribozomal

Participa cu proteinele ribozomale la formarea ribozomilor
(molecule necesare pentru sinteza proteinelor)

 ARNt = ARN de transfer

Transfera aminoacizii la locul de sinteza a proteinelor

 ARNm = ARN mesager

Transfera informatia genetica din ADN la locul de sinteza a
proteinelor

 ARNsn= ARN nuclear mic

Prezent numai in nucleu
Participa la mecanismele de reglare post-transcriptionale
 STRUCTURA ARN
ARN de transfer
• Se noteaza ARNt, se mai numeste de transport sau solubil
• Are cea mai mica molecula fiind format din 70-80 nucleotide in
forma de trefla (frunza de trifoi) sau cu 3 bucle si o portiune
bicatenara (petiolul frunzei) mentinuta prin legaturi de hidrogen
• Contine o serie de baze azotate rare
• In bucla mediana contine o succesiune de 3 nucleotide specifice
formand anticodonul adica bazele complementare codonului din
ARN- mesager
• De aceasta imperechere codon-anticodon depinde insertia corecta
a unui aminoacid in lantul polipeptidic, proces ce are loc la nivelul
ribozomilor
• Exista atatea tipuri de ARNt cati AA exista (20)
• Rolul ARN t este de a transporta AA la locul sintezei proteice in
procesul de translatie si de a asigura insertia corecta a AA conform
codului genetic din ARNm.
vue tridimensionnelle : site de fixation de l'acide
aminé en orange ; branche D en rouge ; boucle de
l'anticodon en bleu, anticodon en noir ; boucle T en
vert
 ARN ribozomal
• Se noteaza ARN r
• Are o molecula superioara ARN t, cu structura
deformabila (in forma de ghem) cu scurte regiuni
helicoidale
• Contine numeroase baze azotate metilate, si un
continut ridicat de guanina si citozina
• Se sintetizeaza in nucleoli, este format din mai
multe fractiuni care se asambleaza in ribozomi
dupa ce el este “exportat” din nucleu in
citoplasma prin membrana nucleara
• In ribozomi ARN r se cupleza cu proteinele
ribozomale formand un ribozom functional
 ARN mesager
• Se noteaza ARN m
• Contine informatia genetica pentru sinteza proteinelor specifice in
care succesiunea codonilor (formatiune de cate 3 nucleotide)
determina succesiunea aminoacizilor din lantul proteic
• Se sintetizeaza in nucleu in contact cu ADN nuclear prin procesul
de transcriptie in care una din catenele ADN determina secventa
bazelor complementare in ARN m (A – U; T – A; G – C, C - G)
• ARN m are o structura monocatenara, de lungime variabila, in
functie de cantiatea informatiei genetice continute in molecula sa
• Este instabil el se reinoieste continuu in contact cu ADN nuclear
• Dupa eliminarea unor portiuni noninformationale (introni) ARN m
este transportat prin membrana nucleara in citoplasma unde isi
desfasoara functia sa biologica de codificare a proteinelor specifice
fiind un intermediar (mesager) intre ADN si proteinele specifice
• Poate fi sintetizat si in vitro pornind de la ribonucleotide sau in
prezenta unor secvente de ADN, tehnici utilizate in biologia
moleculara si in ingineria genetica
ARN-mesager
Proprietatile fizico-chimice ale acizilor nucleici :

 Proprietati importante pentru studiul acizilor nucleici

 Stabilitate : Legaturi de H = specifice intre perechile de baze

Interactiuni hidrofobe si aromatice

 Solubilitate : solubili in fenol, solutii saline si alcaline

precipita in alcool si solutii ale acizilor tari
in solutie apoasa sunt foarte acizi

 Viscozitate : ADN lung si subtire in solutii foarte vascoase

 Densitate : aprox 1,7 g/cm3, izolare in gradient de cesiu

 Denaturare : chimica de uree sau formamida

termica : ARN denaturare progresiva la caldura
ADN denaturare la temperatura precisa (Tm)
in functie de continutul in G-C
Proprietatile fizico-chimice ale acizilor nucleici :

 Proprietati importante pentru izolarea si studiul acizilor nucleici

 Absorbtie UV : Bazele absorb UV cu un maxim la 260 nm

 Cuantificare : determinarea concentratiei prin absorbtie la 260 nm

solutie de 1mg/ml intr-o cuva de 1 cm, A260=20

 Puritatea ADN : utilizarea raportului A260/A280

daca A260/A280 > 1,8 contaminare cu ARN
daca A260/A280 < 1,8 contaminare cu proteine