TRANSCRIPTOMICA

Transcriptomica studiaza cu diferite metode (microrectie de expresie a ADN, secventierea ARN, etc.), profilul
expresiei genice intr-o anumita populatie celulara.Transcriptomul reprezint setul de transcripte, molecule de ARN
codante sau necodante, produse ntr-o celul / esut / organ ntr-un anumit moment al vieii; el reflect genele care
sunt exprimate n acel moment i, de obicei, este variabil.Abordrile clasice pentru analiza expresiei genetice sunt
capabile s analizeze expresia unui singur sau a ctorva gene la un moment dat i nu pot fi u or automatizate.Pentru
analiza pe scar larg a expresiei genelor la nivel de transcriere, au fost dezvoltate metode care s permit profilarea
a mii de gene simultan in diferite celule, esuturi i condiii fiziologice.Unele dintre ele depind de cunoa terea
prealabil a secvenelor genetice i disponibilitatea clonelor ADN, n timp ce altele sunt capabile s detecteze noi
transcrieri fr informaii anterioare.Metodele de profilare a expresiilor genetice pot fi clasificate n trei categorii:
hibridizare, reacia n lan a polimerazei (PCR) i secvenierea.

Etichetele secveniale exprimate (EST) sunt scurte (aproximativ 300 pn la 500 de nucleotide), o secven cu o
singur trecere derivat din clonele ADNc selectate aleatoriu.EST ofer cel puin calitativ expresie de date pentru o
anumit surs, dei sunt necesare multe secventieri din cauza sensibilitii sczute a ADNc. n unele cazuri,
nivelurile de expresie ale ARNm pot fi de asemenea deduse.Metodele de normalizare selectiva reduc nivelul de
reprezentare a transcrierilor abundente, astfel nct rezultatul preparatele cu ARNm con in att tranzi ii abundente,
ct i rare, la nivele similar.Identificarea genelor exprimate n mod obinuit, permite identificarea de noi gene
necunoscute i exprimate slab, dar elimin informaiile cantitative obinute prin secven ierea ADNc par ial. n
concluzie, strategia EST este mai util in identificarea de noi gene i transcrieri dect pentru determinarea expresiei
lor in termeni cantitativi.

Analiza serial a expresiei genelor (SAGE) este o variaie inteligent i eficient a abordrii aleatorii a secven ierii
ADNc.Astfel de metode bazate pe secvene permit identificarea i cuantificarea transcriptelor derivate din gene noi,
precum i din gene necunoscute i nu necesit o disponibilitate preexistent a clonelor sau secven elor genice.Trei
principii se bazeaz pe metodologia SAGE: o etichet de secven scurt (10-14bp) conine suficiente informa ii
pentru a identifica o transcriere n mod unic, cu condiia ca eticheta s fie obinut dintr-o poziie unic n cadrul
fiecrei transcrieri; Tagurile pot fi legate mpreun pentru a forma molecule seriale lungi care pot fi clonate i
secvenializate; i cuantificarea numrului de ori pe care o anumit etichet este observat furnizeaz nivelul de
expresie al transcrierii corespunztoare.Pe baza informaiilor despre secvene, prezena i frecven a unei transcrieri
se deduce din prezena i frecvena etichetei corespunztoare din eantion. Aceast procedur este efectuat pentru
fiecare populaie ARNm care urmeaz s fie analizat.

METAGENOMICA

O nou dezvoltare captivant n genomica microbian este explorarea comunitilor prin izolarea fragmentelor mari
de ADN direct din mediul nconjurtor i prin clonarea acestora n vectori, cum ar fi BAC-urile, urmat de sondare,
secveniere sau screening pentru funcii.
Aceast abordare, denumit comunitate genomic sau metagenomic, permite o nelegere a diversit ii microbiene
i poate duce la descoperirea de noi gene i funcii, ci metabolice noi i proprieti necunoscute anterior ale
microorganismelor care nu pot fi cultivate.Cel mai important, analiza metagenomic poate duce la reconstruc ia
funciilor din secvenele genomului de organisme care nu au fost niciodat cultivate.

Analiza comparativ a diferitelor medii a demonstrat c metagenomurile conin semnturi specifice habitatelor care
pot fi folosite pentru diagnosticarea mediului. Uneori, genele gsite n metagenomi pot fi "aduse la via " n
laborator prin exprimarea segmentului ADN ntr-o gazd adecvat.Organismele solului au fost cele mai valoroase
surse de produse naturale de tot felul, de cnd bacteriologul scoian Alexander Fleming a descoperit n 1928 c
ciuperca solului Penicillium a produs o substan care a ucis bacteriile Staphylococcus.O descoperire remarcabil
provenit din screeningul metagenomic realizat de Rondon i colab. (2000) se refer la o clon care a avut activitate
antibacterian mpotriva Bacillus subtilis i Staphylococcus aureus, dar nu mpotriva E. coli. Clona n care a fost
gsit aceast activitate a fost secvenializat complet i prea c conine 29 ORF, inclusiv un grup de opt gene
asociate cu transportul fosfat. Acest lucru a artat c este posibil ca clonele BAC s con in operoni complet intacti.
La paisprezece din cele 29 ORF-uri nu s-a atribuit o funcie.

O caracteristic specifica a abordrii metagenomice este aceea c genele i funciile sunt studiate fr a lua n
considerare speciile din care deriv ADN-ul. Metagenomul unui habitat const astfel din genomul colectiv al tuturor
organismelor mpreun.Desigur, o astfel de abordare are limitrile ei, deoarece un mediu celular specific i expresia
n comun a mai multor gene mpreun ntr-un volum delimitat sunt adesea cruciale pentru funcia respectiv. n plus,
genomii diferitelor specii vor diferi n dinamic i rspunsuri la schimbrile de mediu, astfel nct compozi ia unui
metagenom ar putea fi foarte variabil n timp. Cu toate acestea, au fost fcute cteva descoperiri importante prin
cercetarea comunitilor n acest fel, dup cum vom vedea n exemplele discutate mai jos.Abordarea genomic sau
metagenomic a comunitii a adus, de asemenea, un interes nou n bioprospect; Adic explorarea funciilor noi prin
screening-ul metagenomic n care genele necunoscute din mediul nconjurtor sunt exprimate ntr-o gazd
heterolog. Aceast strategie sa concentrat pn acum pe cea mai mare parte pe funcii de relevan biotehnologic
(noi enzime, ci antibiotice); Cu toate acestea, nu vedem niciun motiv pentru care aceeai abordare nu ar putea fi
aplicat la rezolvarea problemelor ecologice.