MINISTERUL EDUCAŢIEI, CULTURII ȘI CERCETĂRII AL REPUBLICII MOLDOVA

UNIVERSITATEA TEHNICĂ A MOLDOVEI

Facultatea Calculatoare, Informatică şi Microelectronică

Departamentul
Microelectronică și Inginerie Biomedicală

REFERAT
la lucrarea de laborator nr.3
Tema:„ Modelarea in mediul BioUML
Disciplina: „Modelarea sistemelor biomedicale”

A elaborat st. gr.IBM-181, Țurcan Ilie

A verificat conf.univ., dr. Pocaznoi Ion

Chișinău 2020
BioUML este o platformă software open-source pentru analiza datelor din
cercetările științelor omice și a altor biologii computaționale avansate dezvoltate de
oamenii de știință de la Institutul de biologie sistemică din Novosibirsk, Rusia.
Platforma este disponibilă gratuit online și utilizată în laboratoare de cercetare - în
special în instituții academice - pentru descoperirea originilor bolilor și prevenirea
acestora.

Versiunea actuală a BioUML este versiunea 0.9.3 lansată în octombrie 2010 și

include 3 versiuni;
Server BioUML - care oferă acces la date și metode de analiză instalate pe server
pentru clienții BioUML (banc de lucru și ediție web) pe Internet.
BioUML Workbench - Aceasta este o aplicație Java care poate funcționa
independent sau ca „client gros” pentru ediția server BioUML.
BioUML Web Edition - Acesta este un „client subțire” bazat pe browser web
pentru ediția server BioUML și oferă cea mai mare parte a funcționalității bancului
de lucru BioUML. Folosește tehnologia AJAX și HTML5 pentru editarea
interactivă a datelor și modelarea vizuală.
Platforma a fost dezvoltată continuu din 2003 și oferă analize de date și vizualizări
pentru oamenii de știință implicați în cercetări complexe de biologie moleculară.
Sistemul permite descrierea formalizată a structurii și funcției sistemelor biologice,
inclusiv instrumentele necesare pentru a face descoperiri legate de genomică,
proteomică, transcriptomică și metabolomică. Platforma BioUML este construită
într-o arhitectură modulară care a permis adăugarea relativ simplă de noi
instrumente. Acest lucru a permis integrarea multor instrumente terță parte în
platformă în cei 7 ani în care a fost disponibilă.
BioUML a fost folosit ca banc de lucru principal pentru baza de date integrată
Cyclonet privind reglarea ciclului celular și carcinogeneză în 2007

Secvențierea de generație următoare (NGS) și alte metode cu randament ridicat

creează seturi de date uriașe (numite „date mari”) în regiunea de 100 terabytes în
sus. BioUML poate disemina, analiza și produce vizualizări și simulări, permite
ajustarea parametrilor și acceptă multe alte tehnici de analiză necesare pentru a
trata cantități mari de date brute. Deoarece cercetarea este de obicei împărtășită
între diferite instituții, stocarea, livrarea și partajarea volumelor de „date mari” a
fost o provocare tehnică. Un set de date tipic al genomului ar putea conține 500 de
terabyți de date care ar putea fi necesare pentru a fi partajate, adesea la nivel
internațional folosind tehnologia Internet2. Au fost create mecanisme proprietare
de compresie a datelor (de către Valex LLC) pentru proiectul NCBI Short Read
Archive, care permit livrarea datelor brute de cercetare la viteze de până la 40
Gbit / s. Pentru a oferi o soluție completă pentru astfel de cercetări colaborative,
producătorii BioUML au dezvoltat un nou sistem hardware / software în
parteneriat cu Valex LLC. Această versiune a BioUML se numește Biodatomică.

INSTRUMENTE ,,BioUML,, PENTRU MODELAREA MODULELOR

Prezentarea grafică Denumirea Descrierea

Submodel Modul, care conţine modelul matematic:

-Modelul prin module,

-Modelul SBML
-Modelul matematic în BioUML.
Datele de intrare şi ieşire se prezintă de către porturi

Modul- mediator Modul, care determină valoarea medie a semnalului de

intrare şi pe care în transmite la intrare

Modul - comutator Modul, care în dependenţă de condiţii transmite la intrare

unul din două semnale

Modul - constantă Modul, care transmite la intrare parametri (valori)

constante

Modul- grafic Modul, care preia semnalul şi îl prezintă pe grafic

Modul - şină Cîteva şine pot servi unei variabile

Portul - intrare Port, care determină variabila de intrare a submodelului

 Port - ieşire Port, care determină variabila de ieşire a submodelului

Port - contact Port, care determină variabila divizibilă a submodelului

Legătură Legătură, care specifică transmiterea semnalului dintr-un

direcţionată modul în alt în alt modul

Legătură fără Legătură, care specifică schimb de semnale între module

direcţie

Interfata
Exemplu de un model complex a unui sistem despre ciclu de viata a unei celule
si dinamica acestuia . Acest exemplu este format din mai multe subsisteme care
determina ciclu de viata a celulei.
STRUCTURA BAZEI DE DATE CICLONET ȘI CONȚINUT Baza de date
Cyclonet constă din trei componente principale (vezi Tabelul 1): (i) diagrame și
modele de căi biologice (metabolice căi, căi de transducție a semnalului și genei
rețele) implicate în reglarea ciclului celular și carcinogeneză; (ii) microarray de
date originale și rezultatele statisticilor acestora analiză; (iii) date chimioterapice -
ținte medicamentoase, liganzi și activități farmacologice pentru tratamentul
cancerului. Baza de date Cyclonet este organizat ca o bază de dată relațională
(SGBD MySQL). Toate secțiunile conțin un număr de tabele care sunt extrem de
interconectate prin referințe încrucișate. Astfel de schema relațională elaborată
permite interogări complexe care combină diferite tipuri de informații. Datele din
Cyclonet sunt compilate în principal de literatura manuală adnotare. Sunt furnizate
linkuri către bazele de date publice, cum ar fi, GeneOntology (4), RefSeq (5) și
Ensembl (6) din gene, proteine și alte intrări respective. Cyclonet conține și un
corp vast.
In exemplu observam 2 diagrame oscilatorii cu ciclu de viata a celulei .
Prima dinamica folosind legatura reversibila inhibatorie
A doua diagrama oscilatorie pe parcursul vietii a celulei.

Concluzie: In urma efectuarii lucrarii de laborator am facut cunostinte aprofundate

cu suftul BioUML dupa care am cercetat un exemplu despre un sistem complex
despre sistemul de viata a celulei .