1.

Date generale despre genetic

INTRODUCERE

1.1

ADN este prescurtarea de la acidul dezoxiribonucleic (n englez: deoxyribonucleic acid, DNA). Acesta este format din molecule organice dintre cele mai complexe. Substana se gsete n fiecare celul a fiinelor vii i este esenial pentru identitatea oricrui organism, de la Euglena viridis, mica fiin unicelular aflat la grania dintre plante i animale, i pn la Homo sapiens sapiens, omul contemporan. ADN ul este o polinucleotid, adic un compus n structura cruia se repet un set limitat de macromolecule numite nucleotide; n acest sens, el este definit ca fiind un copolimer statistic. Nucleotida, ce reprezint unitatea de baz a ADN-ului, este o macromolecul organic compus (prin policondensare) din: un carbohidrat, adic o glucid de tipul pentoz, o baz azotat de tipul pirimidinei, sau o variant a acesteia condensat cu inelul imidazolic, numit purin i un rest de acid fosforic (esterificat cu unul din hidroxilii pentozei), adic un grup fosfat. Dou dintre bazele heterociclice azotate ale ADN-ului sunt purinice (adenina i guanina), iar celelalte dou sunt pirimidinice (citozina i timina). n ARN uracilul nlocuiete timina. Cele patru baze (A, C, T i G) nu se pot combina dect ntr-un anumit mod, i anume: adenina doar cu timina (A + T sau T + A), i citozina doar cu guanina (G + C sau C + G) ADN-ul este reeta necesar sintezei de proteine, molecule organice eseniale pentru organismele vii; i conine zone numite gene, zone fr funcie, precum i zone cu un rol nc necunoscut. Are o structur de dublu helix i este alctuit din dou lanuri organice elastice ce sunt conectate prin treptele realizate de legturile de hidrogen. http://ro.wikipedia.org/wiki/Adn Genele (fig.1) sunt uniti purttoare ale ereditii n organismele vii. Ele sunt constituite din ADN (sau ARN, pentru unele virusuri) i asigur bazele dezvoltrii i funciilor celulelor, organelor i indivizilor. Genele codeaz toat informaia necesar pentru construcia substanelor chimice, precum proteinele, necesare funcionrii organismului. "Gen" se refer mai ales la cauzele ereditare ale trsturilor i bolilor unei fiine vii. Aceste aspecte ale ereditii -- efectul
1

combinat ntre gene i mediu, influena mai multor gene, par s fie ceva obinuit la multe i probabil chiar majoritatea trsturilor complexe. Termenul "fenotip" se refer la caracteristicile care rezult din acest efect combinat. Fig. 1 Gen ca parte din structura de spiral dubl a ADN-ului din care e format un cromozom de tip X.

http://ro.wikipedia.org/wiki/Gene Un fenotip este un ansamblu de caractere (atribute), sau trsturi, ale unui organism: de exemplu morfologia, proprietile biochimice sau fiziologice, dezvoltarea, comportarea. Fenotipurile rezult din exprimarea genelor organismului, din influena factorilor ambientali, ca i din posibila interacie a acestor dou elemente. Fenotipul e dependent de genotip; dar nu toate organismele cu acelai genotip arat sau se comport la fel, fiindc nfiarea i comportarea sunt modificate de condiii ambientale i de dezvoltare. De asemenea, nu toate organismele care arat la fel au n mod necesar acelai genotip. Fenotipul este rezultatul interaciunii dintre genotip i mediu. http://ro.wikipedia.org/wiki/Fenotip Un genotip este compoziia genetic (n ansamblu sau parial) a unei celule, organism sau individ; de obicei ea e determinat n raport cu un anumit caracter, sau o anumit trstur). Cu alte cuvinte, genotipul este compoziia n alele, relevant pentru trstura de referin. Este general acceptat ideea c genotipul motenit, factori ambientali neereditari, precum i combinaia acestor dou elemente, contribuie la fenotipul unui individ. http://ro.wikipedia.org/wiki/Genotip

Cromozomul ( din limba greac chromo- culoare i soma- obiect) este o structur celular ce poate fi observat n cursul diviziunilor celulare n etapa numit metafaz i care reprezint forma condensat a cromatinei interfazice, structur nucleoproteic format din asocierea unei molecule de ADN cu proteine. Cromozomii au rol n pstrarea i transmiterea corect a informaiei ereditare la celulele fiice n cursul diviziunilor celulare mitotice sau meiotice. http://ro.wikipedia.org/wiki/Cromozom Splicingul (n englez splicing) este procesul de maturare a ARN-ului premesager realizat intranuclear prin care intronii transcrii n moleculele de pre-ARNm sunt excizai i eliminai, n timp ce exonii sunt reunii, rezultnd moleculele de ARNm matur. Genele sunt formate din secvene codante numite exoni a cror informaie se va regsi n proteine, separate prin zone necodante numite introni. Dup transcrierea ntregii gene, intronii sunt eliminai prin aciunea unui complex multiproteic numit spliceozom iar exonii sunt unii, formnd o molecul de ARNm matur funcional fig.2. Molecula de ARNm matur va fi exportat n afara nucleului i va servi, la nivelul ribozomilor, de matri pentru sinteza proteinei. Numrul intronilor i exonilor este variabil de la o gen la alta: exist gene monoexonice, cum sunt gene ce codific histonele, dar i gene care au peste cincizeci de exoni.

Fig.2 Pre-mRNA_to_mRNA.svg http://ro.wikipedia.org/wiki/Splicing ARN mesager este o molecul de ARN ce are rolul de a copia informaia genetic a unei catene de ADN, proces numit transcripie. ARN mesager este monocatenar i are o lungime variabil, n funcie de lungimea genei (ADN) pe care a transcris-o, de mrimea mesajului genetic purtat. Dup ce molecula de ARN i ndeplineste rolul su de mesager, el este supus hidrolizei enzimatice si depolimerizat. http://ro.wikipedia.org/wiki/ARN_mesager Codul genetic este un set de reguli dup care are lor fenomenul de translaie, pornind de

Sinteza proteic are loc pe baza la o caten nucleotidic de ARNm, care este tradus ntr-o caten polipeptidic cu ajutorul ribozomilor. Tabelul de mai jos indic aminoacizi (Adenin, Guanin, Cytosin, Uracil i Thymin) din codon i felul sau succesiunea n care se pot combina, avnd un numr de 4 =64 codoane (combinaii) posibile care pot fi cifrate sau codificate dup urmtorul model: codului genetic i se realizeaz n dou etape: 1. Transcripia = copierea informaiei genetice din molecula de ADN n molecula de ARNm prin sinteza ARNm pe baza catenei matri ADN 2. Translaia = sinteza proteinelor pe baza informaiei codate n ARNm sub forma codului genetic al speciei respective

2.

Informaii generale despre boala LYME

2.1. Articole NCBI Pubmed Boala Lyme (Lyme borrelioza sau borrelioza) este o boal infecioas produs de o bacterie (Borrelia burgdorferi sau Borrelia garinii, ori Borrelia afzelii), transmis omului prin neptura de cpu (nu toate cpuele sunt purttoare ale bacteriei Borrelia). Lyme mai este supranumit i boala cu 1000 de fee din pricina faptului c, afectnd ntregul organism, simptomele ei mimeaz pe cele ale altor boli; reacia individual fa de agentul patogen este foarte diferit de la om la om, de aici i multitudinea de manifestri. http://ro.wikipedia.org/wiki/Boala_Lyme Borrelia burgdorferi, un agent patogen transmis de cpue, este responsabil de rspndirea bolii numite Lyme, i un vaccin pentru om nu este disponibil. Recent s-au determinat secvene genomice de la cteva tulpini de B. Burgdorferi. Dezvoltarea genetice moleculare ne ajut s nelegem mecanismul prin care patogenii bolii Lyme supravieuiesc ntr-un ciclu complex de infecii enzootic. S-a identificat un numr mare de patogeni i vectori produi de gene i care contribuie la aceast virulen microbian i persist. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23252492 Exist nc ntrebri n ceea ce privete diagnosticarea i tratamentul bolii Lyme, datorit incapacitii documentrii existenei i locului bacteriei. Bacteria probabil este prezent n loci intracelulari. B.bourgdorferi este sensibil la diverse antibiotice, inclusiv penicilina i tetraciclina, dar exist un numr mare de factori care afecteaz eficacitatea clinic a acestor antibiotice. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23248715 n ceea ce privete diagnosticarea, acest articol ne arat c majoritatea pacienilor n ultima faz a bolii Lyme au anticorpii IgG specifici, urmai de IgM. Antigenele specifice borrelial se pot detecta print-un test de snge. Nu exist nici un test serologic pozitiv care s indice aceast boal, de aceea boala trebuie diagnosticat pe baza unor rezultate clinice. Anticorpii specifici din clasa IgM se pot dovedii n aproximativ 50% din pacieni, ntre 2-4

sptmni de la infecie. Un simplu test serologic pozitiv nu indic prezena bolii, indiferent de nivelul de anticorpi, de vremem ce rezultatele clinice sunt limitate. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21553464 2.2. Articole EMBL CiteXplore Datorit unei abordri genomice, n anticorpii umani s-au identificat 122 de proteine antigenice Borrelia asociate cu Lyme Borreliosis. Folosind cteva teste in vitro s-a restrns selecia la 15 candidai la vaccin. Aceste antigene au fost analizate pentru antigenitate i reactivitatea cross-reactivity ncuciat cu ser provenit de la oareci infectai cu patogeni de la cele trei sp. de Borrelia. Pentru o selecie a acestor antigene, s-a observat un rspuns preferenial pro-inflamator la oarecele C3H/HeN n timp rspunsul celulelor de tip 2 T au fost vzute n oarecul rezistent la tulpina BALB/c de la Borrelia. Astefel rspunsul antigenelor celulelor T de tip 2 sau combinate ar putea candida ca vaccinuri pentru evaluarea bolii Lyme pe organisme Model. http://www.ebi.ac.uk/citexplore/citationDetails.do?externalId=22100635&dataSource=M ED 3. ncadrarea taxonomic ncadrarea taxonomic a fost luat de pe NCBI pentru bacteria Borrelia burgdorferi care are numrul de acces 445985. Borrelia burgdorferi ZS7 Taxonomy ID: 445985 Inherited blast name: spirochetes Rank: no rank Genetic code: Translation table 11 (Bacterial, Archaeal and Plant Plastid) Other names: equivalent name: Borrelia burgdorferi strain ZS7 equivalent name: Borrelia burgdorferi str. ZS7 Lineage( full ) cellular organisms; Bacteria; Spirochaetes; Spirochaetia; Spirochaetales; Spirochaetaceae; Borrelia; Borrelia burgdorferi group; Borrelia burgdorferi

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Info&id=445985&lvl=3& keep=1&srchmode=1&unlock&lin=f

4. Gena BbuZS7 la bacteria Borrelia burgdorferi n genebank

Localizarea genei BbuZS7 i descrierea acestea pe GeneCards nu a fost posibil din motivul c aceast gen este o gen care aparine unei bacterii i nu gena unui om. ntreg genomul speciei Borrelia Burgdorferi a fost secveniat, avnd 906707 pB, iar numrul de acest este NC_011728 cu ID 218249161, alte numere de acces: CP001205 ABCX01000000 ABCX01000001-ABCX01000043

Borrelia burgdorferi ZS7, complete genome

NCBI Reference Sequence: NC_011728.1
FASTAGraphics Go to:

LOCUS NC_011728 906707 bp DNA circular BCT 16-AUG-2011 DEFINITION Borrelia burgdorferi ZS7, complete genome. ACCESSION NC_011728 VERSION NC_011728.1 GI:218249165 DBLINK Project: 59429 BioProject: PRJNA59429 KEYWORDS . SOURCE Borrelia burgdorferi ZS7 ORGANISM Borrelia burgdorferi ZS7 Bacteria; Spirochaetes; Spirochaetales; Spirochaetaceae; Borrelia; Borrelia burgdorferi group. REFERENCE 1 (bases 1 to 906707) CONSRTM NCBI Genome Project TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (17-DEC-2008) National Center for Biotechnology
7

Information, NIH, Bethesda, MD 20894, USA REFERENCE 2 (bases 1 to 906707) AUTHORS Fraser-Liggett,C.M., Mongodin,E.F., Casjens,B., Dunn,J., Luft,B., Qiu,W., Schutzer,S. and Ouyang,S. TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (15-OCT-2008) J. Craig Venter Institute, 9704 Medical Center Drive, Rockville, MD 20850, USA COMMENT PROVISIONAL REFSEQ: This record has not yet been subject to final NCBI review. The reference sequence was derived from CP001205. The DNA or cells for this strains can be obtained from Sherwood Casjens (Univ. of Utah, sherwood.casjens@path.utah.edu) or Benjamin J. Luft (SUNY at Stony Brook, bluft@notes.cc.sunysb.edu). COMPLETENESS: full length. FEATURES Location/Qualifiers source 1..906707 /organism="Borrelia burgdorferi ZS7" /mol_type="genomic DNA" /strain="ZS7" /db_xref="taxon:445985" gene 57..629 /locus_tag="BbuZS7_0001" /db_xref="GeneID:7106702" CDS 57..629 /locus_tag="BbuZS7_0001" /codon_start=1 /transl_table=11 /product="hypothetical protein" /protein_id="YP_002374535.1" /db_xref="GI:218249783" /db_xref="GeneID:7106702" /translation="MILMKYSAILLICSVNLFCFQNKLTTSRWEFPKEDLIKKKIKIG IIYHNYINSIFYNENYKYIAFIGILTSYNEWIEIQFSPINFFTIPTNKDFISNTYFNL
8

AFTIYITKYSILTDTLAIKFFIGTQIDLTLRTTIFTGKTTHAFLYPILPIITFKFEID FIPNNYSIYYKLSTSFKEFILLDLGISIFI" gene complement(720..1748) /locus_tag="BbuZS7_0002" /db_xref="GeneID:7106160" CDS complement(720..1748) /locus_tag="BbuZS7_0002" YCFVNYN" gene 584094..585695 /gene="pyrG" /locus_tag="BbuZS7_0588" /db_xref="GeneID:7106588" CDS 584094..585695 /gene="pyrG" /locus_tag="BbuZS7_0588" /EC_number="6.3.4.2" /note="CTP synthase; cytidine triphosphate synthetase; catalyzes the ATP-dependent amination of UTP to CTP with either L-glutamine or ammonia as the source of nitrogen; in Escherichia coli this enzyme forms a homotetramer" /codon_start=1 904409..905593 /locus_tag="BbuZS7_0879" /db_xref="GeneID:7106828" CDS 904409..905593 /locus_tag="BbuZS7_0879" /note="identified by match to protein family HMM PF04313" /codon_start=1 /transl_table=11 /product="type I restriction enzyme R" /protein_id="YP_002375342.1" /db_xref="GI:218249872" /db_xref="GeneID:7106828"
9

/translation="MLNEYKDINFENSIKAVSRKIQKDKDLIENEAQTRQNLIDPFLD AMGYDHTDISIVKVEEKADILKDGLKRVDYVIYPTKKDEEPTILIEAKYHNSREKLEN HLKQLKPYFENIRSQAKRVEFGILTDGIEYRFYTDLDKDNLLDNEPFMVVNLEKLTSK DFEYLKKFSRNSLNVEEARSFALEKKYTDKFSAYLKKETKNPSVDLLDFFKAKIGFKK TYSDKIFNDIIKNIFSMFFDEKKSDVLVNSKKSDIEDDTDSGIKDNNIKTENLKKFEK LNSDMKAIYKELEDFIFVLNFNEIEKVETQCYTGFKVQGGYFVDFSFRPGVNKINITI TVALDQIILKEGFTRYIKNIGKWGRGDVQILCTSDSQVEEIKYLIKLSYNNIISKMKK IH" ORIGIN 1 tttaaaaaac tgtttgtata atataatatt attatatata atattaagca actactatga 61 tactaatgaa gtatagtgct attttattaa tatgtagcgt taatttattt tgttttcaaa 121 ataaattaac tacttctcga tgggaattcc ctaaagaaga tttaattaaa aaaaaaataa 181 aaataggcat aatttaccat aattacataa attctatctt ttacaatgaa aattataaat 241 acattgcctt tatcggaata ttgacatctt ataatgaatg gattgaaata caatttagcc 301 ccataaattt ttttactatc ccaacaaata aagattttat ttcaaatact tatttcaatt 361 tagctttcac tatttacatt accaagtatt caattttaac tgatacactt gctataaaat 421 tttttattgg aacccaaatc gatttaactc tgagaactac tatatttaca ggaaaaacaa 481 ctcatgcatt tctctatcca attcttccca taattacctt caaatttgaa attgatttca 541 tacctaataa ctatagtatt tactataaat tatcgacttc ttttaaagaa tttatccttt 601 tagatctagg aatttctata tttatataat ccttttttta ttatagaact ttttttatgg 661 tataaattat ttaacacaaa ttgtaaaaag accaaaaaca aattttcaaa acaatttcac

10

721 taaggaatga gtactatatt gacacccgaa ctcaaagact ttttaatagc attttcaata 781 ttagaaaaac ttcttgtaat tgctcccata tcataagaat ctgtcatcat aatactagta 841 atatttaaat tttcccttat aatattaaca atacttttag acatgctagt tatatcttta 901 gaaattttag gaacatttac atgaccaatc ataataaatt tagcagctct accaaaaaca 961 aatggaacaa aattatttaa cattaaaaag cttttactat aaggcaaaaa tgctaaatat 1021 ttatgtgtat ctgtagttgt tccccctaat ccaggaaaat gtttgattgc cgaaaatact 1081 ccattattct gcataccatc aataaaagct tctaccataa gtccaatatt ataagcggaa 1141 tatcctccaa atgtcctatt taataaagga gtatgtggtg caaattttat atcggcaact ............................................................................................................................................................ ............................................................................................................................................................ 906001 taataaagat atttcaatct ttttattata gttgcaatat tttcttatgt tatcattaaa 906061 catgtggcgt ataaagcccc tatattatag tagccaatat ttgagtttat actaatgtgg 906121 tctagtaaac aagaattatt aagtgacaat tagcttattg tggcaattca tgcttattgt 906181 tttttcaata atttttccaa ataagtatcc tattaatttt tattattgat catatgaaaa 906241 tatatatctt tataatttat atttataaat ttgcttaatt ttcaaagaaa ttgtttgttt 906301 acatgatttt attgtagttt gttgtgaaaa attgtaagtt tttgcatgaa cttattttat 906361 aatacattta caataaaata gtagtaagat ttttttcttg taaaggttgt tttaatctat 906421 ctgatagtga ttgatagtag tcttgtagtt ttaaaaacta atcttttcaa gggagcaatt 906481 aatttcataa taaattatag atttggggat tgttatcaaa agatgatttg actatgactt 906541 ttggtttttc taatatacca aggtattctt gctgcaataa aaaatatttt gatcccttta 906601 tctactaatt accgttggtt aagttatggc tttgtttaat tctaatcgtt ttttctatag 906661 aatttttcta tagaatatac aaatagagta gaaaaattca agggtaa
11

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011728.1?from=582246&to =583052&report=genbank
Secvena din gena BbuZS7, i anuma gena BbuZS7_0586, secvena care are 807 pB i ncepe de la regiunea 582246-583052, aceast regiune fiind un AND liniar i are protein YP_002375081.1

4.1. Borrelia burgdorferi ZS7, secven genom

NCBI Reference Sequence: NC_011728.1
FASTAGraphics Go to:

LOCUS NC_011728 807 bp DNA linear BCT 16-AUG-2011 DEFINITION Borrelia burgdorferi ZS7, complete genome. ACCESSION NC_011728 REGION: 582246..583052 VERSION NC_011728.1 GI:218249165 DBLINK Project: 59429 BioProject: PRJNA59429 KEYWORDS . SOURCE Borrelia burgdorferi ZS7 ORGANISM Borrelia burgdorferi ZS7 Bacteria; Spirochaetes; Spirochaetales; Spirochaetaceae; Borrelia; Borrelia burgdorferi group. REFERENCE 1 (bases 1 to 807) CONSRTM NCBI Genome Project TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (17-DEC-2008) National Center for Biotechnology Information, NIH, Bethesda, MD 20894, USA REFERENCE 2 (bases 1 to 807) AUTHORS Fraser-Liggett,C.M., Mongodin,E.F., Casjens,B., Dunn,J., Luft,B., Qiu,W., Schutzer,S. and Ouyang,S. TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (15-OCT-2008) J. Craig Venter Institute, 9704 Medical Center Drive, Rockville, MD 20850, USA

12

COMMENT PROVISIONAL REFSEQ: This record has not yet been subject to final NCBI review. The reference sequence was derived from CP001205. The DNA or cells for this strains can be obtained from Sherwood Casjens (Univ. of Utah, sherwood.casjens@path.utah.edu) or Benjamin J. Luft (SUNY at Stony Brook, bluft@notes.cc.sunysb.edu). COMPLETENESS: full length. FEATURES Location/Qualifiers source 1..807 /organism="Borrelia burgdorferi ZS7" /mol_type="genomic DNA" /strain="ZS7" /db_xref="taxon:445985" gene 1..807 /locus_tag="BbuZS7_0586" /db_xref="GeneID:7106658" CDS 1..807 /locus_tag="BbuZS7_0586" /note="identified by match to protein family HMM PF00005" /codon_start=1 /transl_table=11 /product="ABC transporter ATP-binding protein" /protein_id="YP_002375081.1" /db_xref="GI:218249410" /db_xref="GeneID:7106658" /translation="MAIEAVNVKFSYKRKEVYSDLNLNIETPQAYLLLGKNGVGKTTL LKLVSGLLEPLKGKILFNSLAAFPRNPLNLVNLFFIPEEFSLPRLSLAEYSKALSIFY PNFNEADFKKYLSDFDLDISLDLSSASFGQKKKSIIAFSLAANVSCLLFDEPTNSLDI VSKNVFRNMLSNLKDRIIFITGHNVRDLAGVVDYLIIVGEKSILFSNSVSYINKNYKI KIISELNGNELYYEKNKDGFKALYFESSNGAEVVDIEFFFLYVTENKKKR"
13

ORIGIN 1 atggctattg aggctgttaa gaaaagaagt ctattcggat 61 ttaaatttaa acattgagac ttggcaaaaa tggagttgga 121 aaaacaactt tacttaaact ccttaaaagg gaaaattttg 181 tttaactctt tagcagcttt tagtgaattt gttttttatt 241 cctgaagaat tttcacttcc acagcaaggc tttatctata 301 ttttatccaa atttcaatga tatcggattt tgatcttgat 361 atttctcttg acttatcttc aaaaaagtat tattgcattc 421 tctctagctg caaatgtttc caacaaatag tcttgatatt 481 gtttcaaaaa atgtttttag aggatagaat catttttatt 541 acaggccaca atgtaagaga atttaatcat tgttggggaa 601 aagtcaattc ttttttccaa aaaattataa gattaaaatt 661 atcagcgagc tgaatggaaa ataaggatgg atttaaggcg 721 ctttattttg agagtagcaa ttgagttttt ctttttatat 781 gttactgaaa ataaaaagaa tgtaaaattt tcctataaga tcctcaagcc tatttgcttc tgtaagtgga cttttggagc tccaagaaat cccttgaatt cagattgtct ttagccgaat ggcagatttt aaaaaatatt agcttctttt ggacagaaga ttgtttattg tttgacgagc aaacatgctt tctaatttaa tttggcaggg gttgtggatt ttcagtatct tatattaata tgaattatat tatgaaaaaa tggcgctgaa gttgttgata gaggtaa

Genomic context NC_011728.1

14

Genomic

regions,

transcripts,

and

products

5. Alinierea BLAST a secventei BbuZS7 a fost identificat pe NCBI avnd rezultatul:

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
15

5.1.Raportul sub form de arbore taxonomic generat n urma alinierii BLAST este urmtorul: Borrelia ........................... 100 hits 23 orgs [root; cellular organisms; Bacteria; Spirochaetes; Spirochaetia; Spirochaetales; Spirochaetaceae] Borrelia burgdorferi group ....... 94 hits 17 orgs Borrelia burgdorferi ........... 84 hits 9 orgs Borrelia burgdorferi ZS7 ..... 4 hits 1 orgs Borrelia burgdorferi B31 ..... 1 hits 1 orgs Borrelia burgdorferi JD1 ..... 2 hits 1 orgs Borrelia burgdorferi N40 ..... 5 hits 1 orgs Borrelia burgdorferi 64b ..... 1 hits 1 orgs Borrelia burgdorferi 297 ..... 6 hits 1 orgs Borrelia burgdorferi 156a .... 1 hits 1 orgs Borrelia burgdorferi WI91-23 . 1 hits 1 orgs Borrelia garinii ............... 4 hits 3 orgs Borrelia garinii NMJW1 ....... 1 hits 1 orgs Borrelia garinii BgVir ....... 1 hits 1 orgs Borrelia garinii PBi ........... 1 hits 1 orgs [Borrelia bavariensis] Borrelia bissettii DN127 ....... 1 hits 1 orgs [Borrelia bissettii] Borrelia afzelii ............... 4 hits 3 orgs Borrelia afzelii PKo ......... 2 hits 1 orgs Borrelia afzelii HLJ01 ....... 1 hits 1 orgs Borrelia turicatae 91E135 ........ 1 hits 1 orgs [Borrelia turicatae] Borrelia hermsii DAH ............. 1 hits 1 orgs [Borrelia hermsii] Borrelia duttonii Ly ............. 1 hits 1 orgs [Borrelia duttonii] Borrelia crocidurae str. Achema .. 1 hits 1 orgs [Borrelia crocidurae] Borrelia recurrentis A1 .......... 1 hits 1 orgs [Borrelia recurrentis] Borrelia lonestari ............... 1 hits 1 orgs http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/treeview/treeView.cgi#

6. Proteina pentru gena BbuZS7 de la bacteria Borrelia Burgdorferi Este o protein dintr-o secven mai exact care are numrul de acces YP_002375081.

16

Genome annotation databases EnsemblBacteria EBBORT00000002963; EBBORP00000002702; EBBORG00000002963. GeneID 7106658. GenomeReviews Gene locus BbuZS7_0586 in contig CP001205_GR. KEGG bbz:BbuZS7_0586. PATRIC 20560599. VBIBorBur54821_0704.
http://www.uniprot.org/uniprot/B7J2D6 Ea are urmatoarele caracteristici chimice, determinate cu Protein Calculator v3.3.

Masa molecular Punct izoelectric C N Numr de atomi O S H http://www.scripps.edu/cgi-bin/cdputnam/protcalc3

278.3072
5.50

14 2 4 0 18

17

7.

KEGG este baz de date care ne ajut s nelegem funciile i utilitile sistemului

biologic, n celula, organismul i ecosistemul pornind de la informaii moleculare generate de secvene de genom.

http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?bbz:BbuZS7_0586

8.Domeniile de conservare a proteinei YP_002375081.1, sunt n numr de dou.

COG1122 Location:1 208 Blast Score: 225 CbiO; ABC-type cobalt transport system, ATPase component [Inorganic ion transport and metabolism]cd03230, este o parte a unei ierarhi de CD modele, ierrhie care are si un graphic:

18

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?ascbin=8&maxaln=10&seltype= 2&uid=213197 Location:3 198 Blast Score: 300 ABC_DR_subfamily_A; This family of ATP-binding proteins belongs to a multisubunit transporter involved in drug resistance (BcrA and DrrA), nodulation, lipid transport, and lantibiotic immunity. In bacteria and archaea, these transporters usually include an ATPbinding ...

Conserved domains on [gi|218249410|ref|YP_002375081|] ABC transporter ATP-binding protein [Borrelia burgdorferi ZS7] Graphical summary

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi?seqinput=YP_002375081.1
19

filled 500

YP_002375081.1 rep

cdd

false

true

0.010000

iar motivele sunt n numr de 12, lucru care este evideniat n KEGG proteinei, proteina avnd 268aminoacizi: SSDB Motif Search Result Organism : Borrelia burgdorferi ZS7

Gene : BbuZS7_0586

http://www.kegg.jp/ssdb-bin/ssdb_motif?kid=bbz:BbuZS7_0586 Rmnnd la aceeai secven, putem sa vedem i harta genomului cu localizarea exact a secvenei de interes n cazul nostru secvena BbuZS7_0586 localizat n poziia 582246-583052:

20

http://www.genome.jp/kegg-bin/show_genomemap?ORG=bbz&ACCESSION=BbuZS7_0586 Graficul secvenei din genom unde se poate observa proteina care corespunde acestei secvene:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011728.1?from=582124&to=583172&report=graph& content=5

21

22