nfrngerea armatei bizantine de turcii selgiucizi, la Mantzikert, la 19 august 1071, a dus la retragerea granielor imperiului mult spre vest, ceea ce a afectat i jurisdicia vechilor patriarhii rsritene, care pierdeau multe teritorii locuite de cretini, n care, cu vreme, s-au instalat islamicii. Organizarea bisericeasc pe principiul etnic, urmnd organizrii statale, a dus la apariia unor Biserici Autocefale (n Serbia 1219/1345, Bulgaria 1234, Rusia 1448) ceea ce micora aria jurisdicional a Patriarhiei Ecumenice. Cucerirea Constantinopolului de ctre cruciai, n 1204, i nfiinarea Imperiului latin de Rsrit, precum i a altor formaiuni statale au avut consecine grave pentru Biseric. Patriarhul ecumenic s-a mutat la Niceea, iar la Constantinopol s-a instalat un patriarh latin. Patriarhii din Ierusalim i Antiohia s-au confruntat cu situaii similare. n urma cuceririi Antiohiei de ctre cruciai (3 iunie 1098), aici s-a format un principat latin, principatul Antiohiei (1098-1268). La 15 iulie 1099, cruciaii au cucerit Ierusalimul unde a luat natere regatul latin al Ierusalimului. Patriarhii din Antiohia i Ierusalim au fost nevoii s ia calea pribegiei, rtcind prin diferite mnstiri sau gsindu-i refugiul la Constantinopol, pentru a- i putea exercita misiunea ncredinat.
Patriarhia ecumenic din Constantinopol
Patriarhia Ecumenic a continuat s-i menin prioritatea onorific n cadrul Bisericii Ortodoxe, extinzndu-i jurisdicia din Asia Mic, pn n Rusia, din inuturile romneti i srbeti, pn n Grecia i sudul Italiei. Dinastia Comnenilor a extins graniele Imperiului, sporind astfel i prestigiul Patriarhului. La mijlocul secolului XII, Patriarhia ecumenic numra 644 episcopi i 65 mitropolii, iar misionarii bizantini erau menionai n Mongolia i China, nc din secolul XIII, doar n Constantinopol erau 485 biserici i 825 mnstiri. Cruciada a IV-a a provocat o mare criz. n 13 aprilie 1204 se creeaz Imperiul latin; patriarhul ecumenic s-a mutat la Niceea. Pentru a menine legturile cu ortodocii din Balcani i de la nord de Dunre, patriarhul i mpratul au recunoscut autocefalia Bisericilor locale existente n aceste regiuni. n 1219 se creeaz Arhiepiscopia Autocefal a srbilor, iar 2
n 1234, s-a creat Arhiepiscopia Autocefal a bulgarilor, ambele avnd ranguri onorifice de patriarhii. ntre 1204-1261 s-a ntemeiat Mitropolia Vicinei pentru romni. Pentru a pstra prestigiul Patriarhiei Ecumenice, patriarhul Gherman II s-a intitulat patriarh ecumenic i a rezervat pentru scaunul din Constantinopol dreptul de sfinire a Sfntului Mir. Alegerea patriarhului se fcea dintre cei 3 candidai propui de sinod i confirmat de mprat, care i oferea nsemnele patriarhale n sala de aur a palatului Magridura iar mai trziu n palatul Vlaherne. Stpnirea temporar a latinilor n Constantinopol a declanat feudalizarea Imperiului i chiar a bisericii. Dup recucerirea Constantinopolului mpratul i patriarhul au continuat s-si refac prestigiul.
Patriarhia Alexandriei
Patriarhia Alexandriei a suferit mult sub stpnirea islamic, instaurat dup cucerirea Egiptului de ctre arabi. Att patriarhul ortodox, ct i cel copt au trebuit s-i mute reedina de la Alexandria la Cairo, capitala sultanului. Se cunosc multe cazuri n care patriarhii Alexandriei s-au refugiat la Constantinopol unde se bucurau de mare cinste. Scaunul patriarhal din Alexandria rmne adeseori vacant pentru lungi perioade de timp, deoarece patriarhii Alexandriei erau considerai poteniali aliai ai Bizanului, dumanul de secole al arabilor.
Patriarhia Antiohiei
n 1085, ea a czut sub stpnirea turcilor selgiucizi. n 1098, Antiohia a fost ocupat de cruciai, iar patriarhul ortodox a fost alungat, avndu-i reedina n regiunea Cilicia, la Niceea sau Constantiopol; el era doar oaspete n Antiohia, unde era titular patriarhul latin. Patriarhul Antiohiei avea la sfritul secolului XII 14 mitropolii, 12 arhiepiscopii i 127 episcopii. n 1268, mamelucii egipteni au recucerit Antiohia i teritoriile din jurul ei. Patriarhul ortodox a revenit n vechiul ora, dar ncepnd din secolul XIV sediul patriarhiei a trebuit s se mute la Damasc, n Siria, provincie cucerit de mamelucii islamici nc din 1254. 3
Dup 1517, cnd aceste teritorii au fost cucerite de turcii otomani, scaunul patriarhal a fost ocupat mai mult de episcopi greci, dependeni de Patriarhia Ecumenic din Constantinopol, dei majoritatea credincioilor erau vorbitori de limba arab i doar o minoritate de limb greac. Aceast stare de lucruri a dat natere la tensiuni n secolele urmtoare.
Patriarhia Ierusalimului
Patriarhia Ierusalimului era ameninat de turcii selgiucizi i, ncepnd din 1071 i-a restrns activitatea la protejarea Locurilor Sfinte din Palestina, prin nfiinarea friei Sfntului Mormnt. ntre 1099-1245, Palestina era n mare parte sub dominaia cruciat. Patriarhul ortodox, nlocuit de unul latin, rezida mai mult la Constantinopol. El avea n subordine 4 mitropolii. A putut reveni n Ierusalim abia dup ncetarea dominaiei cruciate, la sfritul secolului XIII. n 1516, Ierusalimul a fost ocupat de turcii otomani. n timpul stpnirii otomane, patriarhul Ierusalimului era subordonat Patriarhiei Ecumenice din Constantinopol.