17.10.

2016
Baza:atomul de C
Compusi organici:
- naturali
- sintetici
Biochimie= aplicare chimie in stiintele vietii
Studiul sistemelor vii:-dinamism si structura se asigura informative
Atomul= un sistem de dimensiuni foarte mici care este consituit din 2 zone distincte
-

O parte centrala=nucleu format din neutron si protoni, neutronii nu au sarcina,

dar au masa = unitatea international ; protonii au masa =1 si au sarcina 1+
=>nucleul per ansamblu este pozitiv

In jurul nucleului orbiteaza electroni. Electronii nu au masa prin conventie si au sarcina

negativa. Atomul este electro neutru din pct de vedere electric. Nr electroni din orbita=
nr de protoni din nucleu
Ioni : -negativi/ pozitivi
Cation +
Aninon
Potential de ionizare= capacitatea de a smulge electoni din ultimul strat electronic
Orbitali : s, p,d,f - forme geometrice
Orbitalii= zonele din jurul nucleului unde exista probabilitatea gasirii electronului
Orbitalii pot constitui substraturi
Substrat- o reuniune de orblitale care poseda aceeasi energie si aceeasi simetrie
Substraturi : s, p , d, f similari cu cele de la orbitale.
s- 1 singur orbital => maxim 2 elect
p- are 3 orbitale => maxim 6 elect

d- are 5 orbitale => maxim 10 elect

f- are 7 orbitale => maxim 14 elect
Regula :intr-un substrat, orbitalii sunt ocupati cu cate unul fiecare, si apoi acestia pot fi
cuplati
Stratul electronic = reuniunune de substrate care poseda energii si simetrii diferite
Configuratia electronica este o forma in care electronii se aranjeaza pe nivele
energetice in ordine stricta a cresterii energiei. In aceasta ordine NU se tine cont de
straturile electronice si de nivelele energetice care se deosebesc de straturile
energetice(electronice) prin faptul ca sunt reuniuni de substraturi de forme(simetrii)
diferite, dar de energii apropiate.
Pe ultimul nivel energetic intotdeauna o specie atomic completeaza electronul distinctiv
care este electronul aflat la cea mai mare distanta de nucleu si care participa la
constituirea legaturilor chimice cu alte specii atomice .
Prin conventie in urma interactiei dintre doua specii atomice se considera starea cea
mai stabila dpdv termodinamic este starea de octet sau dublet.
Din aceasta cauza toate sistemele cunoscute in chimia organic tind catre aceste stari
stabile. Unele specii atomice (grupele 5 6 7) tind sa constituie octetul prin acceptare de
electroni si au caracteristici electronegative.
Iar alte specii atomice tind catre starea de octet/dublet ->(grupele12,3)prin expulzarea
unuia sau mai multor electroni si atunci sunt electropositive .
Metale tranzitionale= ultimul electron e de tip d
Elemente din grupe principale = ultimul electron pe strat tip s sau p
Hibridizare
Hibridizarea este o amestecare a orbitalilor si substraturilor de energii si simetrii diferite
cu formarea orbitalilor hibrizi care poseda aceeasi energie si aceeasi simetrie.

Hibridizarea a fost introdusa ca o necessitate in chimia organic deoarce pe baza

configuratiei electronice a unor specii atomice N , O ,C , era imposibil sa se justifice
comportarea acestora in combinatiile lor.
Pentru atomul de Carbon a carui configuratie electronica este 1s^2 2s^2 2p^2 acesta ar
trebui sa posede valenta 2(2 electroni necuplati) .Acesta este valabil pt putine
substante, de ex: CO , in rest majoritatea combiatiilor Carbonului poseda valenta 4
Se considera ca atomul de carbon in starea fundamentala poate sa treaca in stare
excitata datorita energiei mediului care este suficienta pentru promovarea unui electron
2s intr-un orbital 2p si in acest mod in starea excitata se intalnesc 4 electroni necuplati
capabili sa fie pusi in comun pentru constituirea combinatiilor organice.
Pentru atomul de carbon se definesc 3 stari hibride dependent de modul in care la
nivelul starii excitate se realizeaza amestecarea orbitalilor. Daca se amesteca un orbital
2s cu 3 orbitali 2p se obtin 4 orbitali hibrizi care poseda aceeasi energie si aceeasi
simetrie. Daca energia 2s <energie 2p hibrizii au energia intre ele. Acesti orbital hibrizi
se aranjeaza in spatiu si constituie hibridizarea sp3 in forma de tetraedru regulat sub un
unghi 108 28 .
Daca se amesteca 1 orbital 2s cu 2 orbitali 2p se obtin 3 orbitali hibrizi cu aceeasi
energie, cu aceeasi simetrie si un orbital ramane p pur .
In hibridizarea sp2, orbitalii hibrizi se aseaza in plan dupa colturile unui triunghi
echilateral sub un unghi de 120 iar orbitalul p se aranjeaza perpendicular pe planul
desemnat de orbitalii hibrizi.
Daca atomii de carbon aflati in hibridizarea sp3 participa nu mai si numai la constiuirea
legaturilor covalente de tip sigma ,orbitalii hibrizi de tip sp2 pot participa atat la
constituirea legaturilor sigma cat si pi .
Daca un orbital 2s se amesteca cu un orbital 2p se obtin 2 orbitali hibrizi de tip sp
asezati de-a lungul unei axe sub un unghi de 180 grade , iar ceilalti 2 electroni p ramasi
se aranjeaza perpendicular intre ei si perpendicular pe axul desemnat de orbitalii hibrizi.

Ca si in cazul anterior, atomul de hibridizare sp poate participa la constituirea legaturilor

sigma sau pi.
Legaturi chimie
Legaturile chimice sunt interactii intre speciile atomice
-Covalent= punere in comun de electroni de catre cei doi participanti in vederea
constituirii starii stabile de dublet sau de octet. In constituirea legaturilor covalente
participa atomi care poseda electronegativitati apropiate.
Dependent de modul in care se realizeaza interactia, legaturile covalente pot fi sigmadc se realizarza de-a lungul axei catre centul atomului sau pot fi pi daca interactia se
realizeaza de o parte si de alta a axei ce uneste centrii aflati in interactie.

Toti compusii care adopta legaturi covalente, constituie molecule si cu cat in constituirea
moleculei se intalnesc atomi cu electronegativitati foarte apropiate, cu atat
hidrofobicitatea(lipofilie)va fi mai pronuntata si invers. Electronegativitate diferenta
considerabila-> hidrofil(lipofob)
Moleculele in general adopta toate starile de agregare cunoscute :gaz, lichid ,solid,
plasma.
Legatura ionica este o interactive realizata prin transfer de sarcina electrica si la
constituirea acestei interactii participa specii atomice cu electronegativitati indepartate.
In urma transferului de sarcina electrica apar ioni de semne opuse care interactioneaza
conform legii lui Culomb
Se obtine cationul.
Din electronegative se accepta electronul si se incarca negative=>anion .Intre cele doua
specii apare forta de interactie .
Aparitia anionilor si a cationilor in combinatiile ionice determina ca majoritatea acestora
sa fie solubile in apa sau lichide biologice. Pentru ca apa fiind bun dipol electric va

hidrata fiecare dintre ionii constituienti ai interactiei si va slabi interactia de tip

electrovalent.
Spre deosebire de molecule, combinatiile ionice nu pot fi gasite in stare gazoasa.
Componentii de natura electrica (ionii) se aranjeaza in orice combinative ionica in spatiu
ordonat (nu exista dezordine , de ex +-+- etc) si de aceasta cauza constituie in spatiu
sisteme regulate geometric care conduc la constituirea cristalelor. Aceasta
caracterisitica este rar intalnita in constituirea retelelor moleculare(atunci cand avem
legaturi covalente).
Legatura coordinative: care se constituie tot prin punere in comun de electroni, dar de
catre unul dintre participanti, celalalt vine cu un gol de electroni in vederea constituirii
octetului sau dubletului. Odata stabilita legatura coordinativa, aceasta nu se mai
deosebeste de legatura covalenta, deosebirea dintre cele 2 specii se refera doar la
geneza(formare).
Stucturile organice care sunt ioni de obicei sunt solubile in lichide biologice.
Legatura de Hidrogen este interactia in care atomul de hidrogen se gaseste legat
covalent de un element electro negative si in spatiu se gaseste in apropierea altui
element (atom) electronegativ.Ca si legatura ionica, legatura de hidrogen este de tip
electrovalent ,deosebirea se refera la faptul ca in cazul legaturilor de hidrogen sarcinile
electrice sunt partiale si nu intregi. Legatura de hidrogen poate fi de tip intramolecular,
dar si intermolecular.
Daca legatura de hidrogen se realizeaza intermolecular (intre molecule) intre moleculele
participante se realizaeaza o retea spatial ordonata pentru a carei distructie este
necesar un surplus energetic (din exterior). Din aceasta cauza toate combinatiile care
adopta legaturi de hidrogen intermoleculare poseda pcttopire si pctfierbere anormal de
mari.
Legatura van der Waals este o interactive inter molecular datorata prezentei
moleculelor in apropiere unele in raport cu celelalte. Intre speciile molecular exista

intotdeauna(dependent de structura acestora) distante de echilibru in raport cu care se

aranjeaza moleculele iar dependent de aceasta distanta de echilibru, fortele care apar
pot fi de atractie sau de respingere(caracter dual) .
Interactiile de natura van der Waals, in prezenta apei se numesc interactii hidrofobe si
sunt cu atat mai intense cu cat cantitatea de apa dintre molecule este mai puternic
indepartata. In chimia organica se intalnesc numeroase specii moleculare in care se
intalneste o zona exstinsa in spatiu cu caracteristici hidrofobe alaturi de o zona foarte
mica in spatiu cu caracter hidrofil ,acestea se numesc amfifile. Speciile moleculare cu
caracteristici amfifile se aranjeaza in spatiu cu zonele hidrofobe inspre interior (in
absenta contactului cu apa) , in timp ce zonele cu caracteristici hidrofile se aranjeaza
inspre exterior in contact direct cu apa. In acest mod se constituie structure numite
micelle(micelii) care reprezinta o relative stabilitate termodinamica in mediul apos.

31.10.2016
Efecte electronice- moleculele sunt constituite pe baza interactiilor de natura covalenta
intre atomii constituent.Atomii aflati in interactive pot fi de aceasi natura sau de tipuri
diferite, si astfel moleculele pot sa apara ca structuri omogene sau heterogene in ceea
ce priveste repartizarea electronilor in intreaga structura.Daca atomii constituenti
poseda electronegativitati diferite la nivelul moleculei exista o polarizare in sensul
aparitiei sarcinilor electrice partiale, procese care apar datorita atractiei sau respingerii
electronilor de catre speciile atomice.
Intotdeauna elementele electronegative se vor incarca partial negativ iar atomii cu grad
de electronegativitate mai redus se vor incarca partial pozitiv.DAca la niv unei molecule
exista un lant hidrocarbonat la niv caruia este substituit un atom electronegativ efectul
indus de acesta se va resimtii pana la cel mult 5 atomi de C iar capacitatea de incarcare
electrica partiala va fi din ce in ce mai slaba cu cat se tinde catre atomul al 5-lea.
Acest comportament se daoreaza efectului inductiv care pune in practica energii relativ
joase in raport cu energia legaturii covalente.Dpdv al efectului inductiv radicalii implicati
in structurile biochimice pot fi alchil( R ) respingator de electroni si respectiv aril ( ar )
atragator de electroni.Daca se exclud atomii puternic electronegativi

Efectul electromer sau de conjugare presupune existenta in moleculele studiate a

electronilor pi/n neparticipanti, care tind sa isi extinda deplasarea in spatiu. Daca in
cazul efectelor inductive se produc fenomene de atractie/respingere in efectul
elecrtomer sau de conjugare se produc procese de cedare si respectiv acceptare de
electroni si respectiv aparitia sarcinilor electrice intregi despartite la niv sistemului
considerat.
In general efectul electromer este mai puternic decat efectul inductiv si atunci cand la
niv unei molecule cele doua efecte se desf in sensuri opuse, cel care va dicta
deplasarea electronilor va fi cel electromer.
In urma efectului electromer produs la niv moleculei de fenol electronii neparticipanti de
pe atomul de O intra in rezonanta cu electronii Pi din nucleul aromatic si astfel pot sa
apara 3 structuri limita distincte in care densitatea de sarcina electrica negativa poate fi
in pozitiile orto-, orto- si respectiv paraAceasta repartizare a sarcinii electrice negative la niv nucleului aromatic determina ca
interactiile pentru introducerea urmatorului substituent in molecula fenolului sa se desf
la nivelul uneia din cele 3 pozitii.
Pozitiile meta-, meta- posedand in fiecare dintre acestea densitati de sarcina
nemodificata. Substituentii care actioneaza la niv nucleului aromatic in sensul cresterii
densitatii de sarcina in o,o,p sunt de ordinul 1 si acestia NU poseda in pozitia Alfa fata
de nucleul aromatic electroni pi
Toti constituentii care in pozitia alfa in raport cu nucleul aromatic poseda electroni pi
sunt grupari de ordinul 2 si vor pozitiva pozitiile o,o,p; pozitiile meta poseda densitatile
cele mai mari de electroni si din aceasta cauza la acest nivel va intra urmatorul
substituent.
Efectul de conjugare determina datorita miscarii ordonate de sarcina o stabilizare a
moleculei in raport cu mediul . Extinderea deplasarilor electronilor pi/ n in spatiu sta la
baza aparitiei senzatiei de culoare a unor compusi prin prezenta gruparilor cromofore
care induc miscarea ordonata in asa fel incat energia necesara absorbtiei moleculare sa
scada semnificativ si astfel lungimile de unda sa fie componente ale domeniului vizibil.

Echilibrul chimic- In natura foarte putine reactii sunt ireversibile, majoritatea sunt
reversibile deci, nu se va transforma intreaga cantitate de reactant in produs de
reactie(reactiile se desf cu randamente). Pentru reactiile reversibile A+ B <->C + D se
aplica la stabilirea echilibrului termodinamic legia actiunii maselor si astfel e stabilita
constanta de echilibru printr-un raport al produsului conc produsilor cu produsul con
reactantilor.
Compozitia amestecurilor la echilibru este dependenta de conc reactantiilor, conc
produsilor de reactie, temperatura, presiune.
In practica biochimica se introduce notiunea de fractie molara (xi) ca fiind raportul dintre
nr de moli a unui compus i raportat la nr total de moli din sistemul dat.Similar cu fractia
molara se introduce notiunea de presiune partiala (pi) ca fiind produsul dintre fractia
molara si presiunea totala a sistemului.
Presiunea partiala a unui component dintr-un amestec gazos este acea presiune a
componentului daca acesta ar ocupa intregul volum al amestecului in care se afla .
Apa sisteme apoase- apa este substanta in care se desf toate reactiile biochimice, in
absenta apei la niv planetei pamant nu poate exista viata. Apa poate sa aiba rol
structural si stabilizator al mediului biologic, de asemenea poate sa genereze ionii de
hidroniu sau ionii de hidroxid care sunt implicati in hidroliza, cataliza si in sistemele
tampon.Datorita polaritatii moleculei de apa aceasta se aranjeaza ordonat in jurul ionilor
(hidratare) si astfel tinde sa diminueze interactiile dintre ionii de semne opuse din
compusii ionici. Prin intermediul apei sunt transportate toate componentele la niv
organismelor vii(lichide biologice). Avand o caldura latenta de vaporizare mare apa
poate fi eliminata din organismele vii prin consum de energie si astfel aceasta poseda si
rol termoregulator.Dpdv structural apa poseda o molecula asimetrica si astfel aceasta
poate fi descrisa de un dipol electric in care exista sarcini electrice partiale despartite.
Din aceasta cauza intre moleculele de apa se pot constituii leg de H si astfel moleculele
de apa pot descrie o retea spatiala ordonata. Cu cat temp este mai joasa cu atat
moleculele sunt organizate sub forma de retea tridimensionala (ingheata) si cu cat temp
tinde catre valoarea pct de fierbere leg de H intermoleculare scad ca numar, in stare de
vapor moleculele fiind individuale .

Alaturi de leg de H dintre moleculele de apa se pot constituii leg de H intermoleculare si

cu alti compusi, daca acestia pot participa la interactia de tip leg de H.Majoritatea
compusilor care au capacitatea de a constituii leg de H cu apa sunt solubili in apa si
respectiv in lichidele biologice.
In general moleculele polare sau puternic polare pot constituii leg de H cu apa iar
compusii ionici prin intermediul ionilor corespunzatori pot fi solubilizati in apa datorita
proceselor de hidratare.
Ionizarea apei- Apa pura se gaseste in echilibru dinamic cu ionii sai.Echilibrul e deplasat
foarte slab spre dreapta iar constanta de echilibru aplicata sist are valoarea
10-14 mol/l2
Pt a putea lucra cu valorile conc ionilor apei Sorensen a introdus notiunea de pH
Prin localizarea relatiei cu semn schimbat se obtine valoarea pH-ului
pH fiziologic : 7,35-7,45
In conditii patologice este posibil ca valorile pH-ului sangelui sa existe in afara
intervalului de normalitate si astfel se poate instala acidoza si respectiv alcaloza. Daca
valorile pH-ului tind sa se indeparteze de intervalul de normalitate organismul poate fi
incompatibil cu viata.
In mediu neapos Lewis introduce notiunea de acid ca fiind orice compus capabil sa
accepte electroni din mediu iar baza este orice compus capabil sa cedeze dublete
neparticipante.
Relatia Henderson-Hasselbach: pentru un acid in mediu apos se poate scie reactia de
echilibru in care daca acidul este slab echilibrul e foarte putin deplasat spre dreapta
lgKa-exponent de aciditate se defineste similar cu pH-ul.Daca la echilibrul termodinamic
acceptorului de protoni este egala cu concentratia donorului de protoni pH=pKa
Relatia HH permite dependent de valoriile conc la echilibru a acceptorului sau donorului
de proton determinarea fie a pH-ului sistemului fie a exponentului de aciditate
In biochimie toate reactiile sunt catalizate de enzime(glicoproteine). Enzimele react in
intervale bine determinate de pH si orice modificare a pH-ului mediului poate influenta

activitatea enzimatica a proteinenzimei si respectiv transformarea limitata a reactantilor

in produsi de reactie.