Sunteți pe pagina 1din 263

Acizii

nucleici
Obiectivele:
1. Tipurile de acizi nucleici, funciile i repartizarea lor n celul.
2. Constituienii acizilor nucleici; bazele azotate, pentozele, acidul fosforic.
3. Nucleozidele i nucleotidele. 3, 5- cAMP
4. Acidul Dezoxiribonucleic (ADN): structura i funciile. Dublul helix i conformaiile
lui de tip B, A, Z.
5. Nivelurile de compactizare a moleculei de ADN la procariote (nucleoidul) i
eucariote (nucleozomii, cromatina i cromozomii).
6. Proprietile fizico-chimice ale ADN. Denaturarea i renaturarea. Hibridizarea.
7. Replicarea ADN la procariote matricea, substraturile, enzimele i factori proteici.
Mecanismul biochimic i etapele biosintezei ADN.
8. Particularitile replicrii la eucariote. Telomerele i telomeraza. Structura
telomerazei. Rolul biomedical al telomerazei.
9. Mecanismele biochimice ale reparaiei ADN. Enzimele implicate.
10. Mecanismele biochimice ale genezei mutaiilor punctiforme. Rolul biomedical al
mutaiilor
Acizi nucleici
Acizi nucleici sunt polinucleotide,
alctuite din mononucleotide, unite prin
legturi 3, 5-fosfodiesterice.
1. ADN - acidul dezoxiribonucleic;
2. ARN - acidul ribonucleic.
ADN

Localizarea:
a. 97-99% - concentrat n nucleu
b. 1-3% - situat n MC.
Rolul: deine, pstreaz i transmite
informaia genetic.
ARN
Localizarea:
11% - n nucleu
15% -n mitocondrii
50% - n ribosomi
24% - n hialoplasm
Deosebim:
1. ARN mesager
2. ARN ribozomal
3. ARN de transport
ARN nuclear heterogen
ARN nuclear cu molecul mic
ARN mesager (mARN)
Localizat -n nucleu i citozol.
prezint copia sectorului de ADN i conine
informaia despre structura catenei polipeptidice
a proteinei.
Rolul:Transmite informaia de la ADN spre
ribozomi, unde o traduce n sinteza de proteine.
ARN ribozomal (rARN)
constituie 60% din totalul ARN-ului.
Localizat- n ribozomii citoplasmei.
Rolul - formeaz scheletul ribozomilor. Joac un
rol auxiliar n procesul de asamblare a
proteinelor.
ARN de transport (tARN)

constituie 15% din totalul ARN-lui.


Localizat: n citoplasm, ribosomi,
mitocondrii.
Rolul: particip la activarea i
transportul AA spre ribozomi i
asamblarea lor n polipeptide.
Structura chimic a AN
La hidroliz AN degradeaz n
mononucleotide (MN),
MN la hidroliza complet degradeaz n
BA, pentoze i acid fosforic.
ADN----A; G; C; T + dR+ H2PO3
ARN---- A; G; C; U+ R+ H2PO3
Bazele azotate
BA se clasific n:
1. majore:
a. purinice: A, G
b. pirimidinice: C,T,U
2. minore:
a. purinice (2metil A; 1 metilG)
b. pirimidinice (5 metil C;5 hidroximetil C)
Structura BA

Purine:

pirimi
dine:
Structura BA minore
Proprietile BA:
1. Sunt slab solubile n H2O
2. BA pirimidinice prezint fenomenul de
tautomerie: forme lactim (enol OH)
lactam (ceto C=O)
3. Sunt responsabile de informaia genetic
4. BA purinice- au structur plan; cele
pirimidinice- aproape plan, puin plat
5. max capacitii de absorbie n ultraviolet
este ntre 260-280 nm
Bazele azotate prezint
fenomenul de tautomerie
NH
NH2 NH2

C C
N N NH

NH O forma amino forma imino


Citozina

C C
HN O N OH

forma lactam forma lactim


Bazele azotate prezint
fenonemul de tautomerie
Formele mai stabile:
Forma lactam este mai
stabil dect forma lactim
Forma amino este mai stabil
dect forma imino

nacizii nucleici exist


formele lactam i amino
Pentoze
Riboza Dezoxiriboza
5
HO CH2 OH HO CH2 OH
O O
4 1
3
2 lipsete
OH OH 2-OH
OH
Atomii de carbon ai pentozelor sunt
numerotai de la 1 la 5.
Pentoza din ADN este dezoxiriboza,
cruia i lipsete gruparea hidroxil 2-OH.
Pentoza din ARN este riboza.
Structura R i dR
Nucleozide
Alctuite dintr-o BA
(purinic sau pirimidinic)
+
o pentoz (R sau dR)

BA purinice +R(dR) ---


ozin
Unite ntre ele prin
BA pirimidinice +R (dR) --- legtura N glucozidic
idin
Nucleozide

atomul C-1 al pentozei este unit cu N-9


al purinei
Nucleozide

atomul C-1 al pentozei este unit


cu N-1 al pirimidinei
Structura nucleozidelor
Nucleozidele
Proprietile:
Mai solubile n H2O
dect BA
Mai stabile n soluii
alcaline
Uor se hidrolizeaz la
nclzire cu acid
NUCLEOTIDE - compui alctuii din
nucleozide i rest de acid fosforic
Nucleozid mono-; di-; trifosfafat

Rest al Nucleozid
acidului fosforic
NUCLEOTIDE
NUCLEOTIDE

Phosphate ester bonds


NUCLEOTIDE
Nucleotide - Rolul

1. Element structural al AN
2. Intermediari energetici (ATP-
purttorul energiei chimice n
organism)
3. Intr n componena Co
4. Servesc ca activatori ai unor
molecule (UDP-Gl; CDP-
colina)
5. Servesc ca mesageri
secunzi intracelulari ai
hormonilor (AMPc; GMPc)
AMPc

NH2 Adenine 3,5adenozin


N
monofosfatul ciclic
N
(AMPc) este mesager
N N secund imlicat n
O CH 2
O
transmiterea mesajului
Ribose hormonal din mediul
extracelular n
O P
interiorul celulei.
O OH
O

AMPc
NUCLEOTIDE
Structura primar a AN
Reprezint secvena mononucleotidelor n
lanul polinucleotidic liniar, legate ntre ele
prin legturile 3' - 5' fosfodiesterice
Catenele au dou capete:
5 nucleozid tri fosfatul;
3 gr. OH liber
Str. primar a ADN i ARN
Str. primar a ADN
Dublu helixul ADN
Watson i Crick
(1953) au postulat
modelul structural al
moleculei de DNA -
dublul helix (spiral
dubl)
Caracteristicile dublei
spirale:

1. 2 lanuri polidezoxiribonucleotidice se
rsucesc helicoidal n jurul unui ax comun,
formnd dublul helix cu orientare spre
dreapta;
2. Cilindrul ce ncadreaz dublul helix are
d=2nm
Caracteristicile dublei spirale:
3. lanurile sunt antiparalele (unul
are direcia 53, altul 35)
4. complimentaritatea (A i
corespunde T; iar G-C).
5. Stabilitatea dublului helix este
asigurat att de interaciunile
hidrofobe dintre BA, ct i de
legturile de hidrogen ntre BA
(A=T formeaz 2 legturi de
hidrogen, iar G C trei legturi).
Caracteristicile dublei spirale:
6. BA hidrofobe sunt situate n interiorul
spiralei duble i aranjate sub form de
stive, pe cnd complexul pentozofosfat este
situat la exteriorul spiralei duble, bine
interacioneaz cu apa, de aceia molecula
gigant de DNA se dizolva n ap.
Caracteristicile dublei spirale:
7. Spiraleste regulat (fiecare spir
cuprinde 10 nucleotide). Distana dintre
BA nvecinate este de 0,34 nm, perioada
de identitate (pasul) 3,4 nm.
8. La pH=7 grupele fosfat sunt ionizate,
poarta sarcini negative, deaceia DNA
prezint acid puternic.
9. Dublul helix este de tip plectonemical
(transversal n acelai plan), dar nu
paranemical (longitudional)
Caracteristicile dublei spirale:

10. nu este
simetric, avnd
adncituri mici i
mari
Asimetria
demonstreaz
orientarea steric
a ADN n replicare
i transcriere
Legitile lui Chargaff
1. Coninutul A=T, iar al G=C
2. n orice preparat de DNA, independent de
specie, suma bazelor purinice este egal cu
cea a bazelor pirimidinice (A+G=T+C)
3. Preparatele de DNA separate din diferite
esuturi a uneia i aceeiai specie de
organisme sunt absolut identice privind
componena nucleotidic.
4. Componena nucleotidic a DNA la aceeai
specie nu se modific odat cu vrst, nu
depinde de regimul alimentar i modificrile
mediului.
Legitile lui Chargaff
5.dac A+T este mai mare dect G+C avem
DNA de tip AT
6. dac G+C este mai mare dect A+T avem
DNA de tip GC
7. t de topire este mai mica cnd predomin
perechile A-T
8. t de topire este mai mare cnd predomin
perechile G-C
9. la eucariote DNA mitocondrial este
circular
Exist diferite forme de
DNA
- care sunt determinate de gradul de dehidratare a AN: A,B
i Z.
- forma A:
- conine 11 resturi la o spir,
- este rsucit spre dreapta.
- Pasul spirei este de 32 A
forma clasic B:
- conine 10,4 perechi de baze per spir.
- este rsucit spre dreapta.
- 10 nucleotide ocup 34 A (3,4 nm).
- o nucleotid cuprinde 3,4A (0,34 nm).
Conformaia Z
este rsucit spre stnga.
conine 12 baze per spir
pasul spirei este de 45 A
Caracteristicile conformaiilor
elicei ADN
Caracteristici Conformai Conformai Conformai
eB eA eZ
Sens de drept drept stng
rsucire
Perechi de baze 10,4 11 12
per spir
Pasul (nlinea 3,4nm 3,2 nm 4,5 nm
pe ax)/pe plan 0,34 nm 0,29 nm G-C -0,35 nm
de baze C-G 0,41 nm
Diametru 2 nm 2,5 nm 1,8 nm
Fosa: mare Mare i ngust i -
profund profund ngust i
mic ngust i Mare i profund
profund profund
Structura ADN B

Imaginea se bazeaz pe
studiile cu raze X realizate
pe dodecamerul
d(CGCGAATTCGCG)
Structura ADN A

Vedere de-a lungul axei helixului


Structura ADN Z

Vedere de-a lungul axei helixului


Trecerea ADN B n ADN Z

Trecerea ADN-B n ADN Z, reprezentat la nivelul unui fragment de 4 pb, implic


rsucirea cu 1800 a fiecrei perechi de baze n raport cu lanul oz-fosfat
ADN circular

Labacterii, virui cele 2


extremiti ale unor molecule de
ADN dublu catenare se pot lega
covalent formnd ADN circular
De la ADN la cromozomi
In eucariote ADN-ul este stocat n nucleu.
Deoarece nu este suficient spaiu iar
molecula ADN-ului este extrem de mare
(lungimea ADN de la o singur celul
uman e 2m!!!), ADN-ul trebuie compactat.
Organizarea materialului
cromosomial la eucariote
n perioada de repaus a celulei, aproape tot
ADN se afl n cromatina nucleului, care
formeaz cromosomi naintea mitozei.
Cromatina conine: ADN (35%); ARN (5%)
proteinele bazice histone (H1, H2A, H2B,H3,
H4) i proteine nehistonice- hertone.
Unitatea structural a cromatinei este
nucleosomul
Nucleosomul
este
un octamer histonic (2H2A; 2H2B;
2H3; 2H4) nfurat de aproximativ de 2 ori
de ADN (dublul helix, cu lungimea de 146
perechi de nucleotide).
ntre 2 nucleosomi se gsete ADN de
legtur (linker) asociat cu H1
Nucleosomul
Nivelele de
compactare a ADN
n nucleu
-Primul nivel-

r
fiecare unitate de
ADN spiralat de
1,75 ori n jurul unui
compelx histonic se
numete
nucleozom.

Histonele sunt
proteine bazice
bogate n aa bazici
(Arg pt.H2A, H2B i,
Lys pt H3, H4).
compactare a ADN n
nucleu
-Primul nivel-

r
Polinulceozomul
seamn cu nite
mrgele pe a
(=fibrile de cromatin
de 10nm ).
Mrgele de ametist
Nivelele de
compactare a ADN n
nucleu
-al doilea nivel-

Polinucleozomul se
superspiraleaz pentru a
forma structura de solenoid.

Solenoidul conine 6-7


nucleozomi per tur. Pasul e de
10nm, diametrul de 30 nm.

Solenoidul formeaz fibrele de


cromatin de 30 nm.
Compactizarea
DNA cromatinei

Firul de
cromatin?
~ 1,000

30 nm Solenoid ~40 / 50

Nucleosoma
= ctamer de
histone
H2a, H2b, H3, H4 Cromosoma metafazic/
146 / 200 bp DNA cromatina interfazic
Compactizare ~ 10,000
~10 ori
Nivelele de compactare
a ADN n nucleu
-nivelele 3,4 i 5-

-Fibrele de cromatin se
r compacteaz i mai mult
formnd domenii n form de
bucl.
- Aceste domenii n bucl sunt
superspiralizate i organizate
n structuri distincte numite
cromozomi.
- ADN -ul uman nuclear (
genomul) const n 23
perechi de cromozomi.
Cromozomii genomului uman
STRUCTURA ADNului
Proprietile fizico-chimice ale
acizilor nucleici
- masa molecular mare.
- proprietatile coloidale si osmotice, tipice pentru
toi compuii macromoleculari.
- proprietile lor hidrofile depind de fosfai.
- viscozitatea i densitatea nalt a soluiilor,
- capacitatea de denaturare.
- la pH fiziologic toti AN sunt polianioni (-)
Denaturarea i renaturarea
Denaturarea sub aciunea agenilor
denaturani (temperaturii, pH,
substanelor chimice) are loc ruperea
legturilor de hidrogen i forelor
hidrofobe ce stabilizeaz structura AND
-ului.
ADN i pierde proprietile biologice.
Denaturarea
ADN
Renaturarea
La rcirea treptat catenele din nou se
reunesc dup principiul complementarittii,
formnd spirala dubl nativ.
Acest fenomen se numete renaturare
(atunci cnd t e mai mic dect cea de topire).
La racirea brusc renaturarea nu are loc.
Denaturarea i renaturarea AN este nsoit
de schimbarea activittii lor optice.
Renaturarea
ADN
Hibridizarea AN
Pe capacitatea de renaturare a AN este
bazat metoda de determinare a gradului
de nrudire a AN, care poart denumirea
de hibridizare molecular.
La baza ei st mperecherea
complementar a sectoarelor unicatenare
ale AN cu formarea unui heteroduplex
Hibridizarea AN
1. AN se denatureaz separat;
2. se incubeaz mpreun ambele tipuri
de DNA (ori DNA i RNA).
3. n condiiile unui grad relativ crescut
de complementaritate a acestora se
formeaz moleculele hibride (DNA-
DNA sau DNA-RNA). Aceste
molecule constau din sectoare
spiralate i nespiralate. Cu ct gradul
de nrudire este mai nalt, cu att
hibridizarea este mai complect.
Hibridizarea AN
Hibridizarea AN
Hibridizarea AN
Aceast metod a permis descoperirea
particularitilor structurii primare a DNA.
S-a stabilit, c n componena DNA a
animalelor se afl sectoare cu o
succesiune nucleotidic identic, care de
multe ori se repet.
Hibridizarea decurge foarte repede.
Restul DNA este prezentat printr-o
succesiune unical a nucleotidelor, care nu
se dubleaz.
REPLICAREA
TRANSCRIPIA
Dogma central a
geneticei moleculare
Dogma central a geneticii
moleculare

DNA

RNA Protein
Replicarea
transmiterea informaiei genetice de la ADN
parental la ADN fiic.
Localizarea: n nucleol
Proces semiconservativ
Biderecional
Semidiscontinuu
Semi-
conservativ
Replicarea ADN este bi-direcional
(Cairns, 1963).

Replicarea ncepe ntr-un punct bine determinat


numit origine de replicare (ori) i pornind din
acest punct se deruleaz simultan n ambele
direcii.

bidirecional
Bidirectional DNA
replication in E. coli
Replicarea este semi-discontinu

Reiji Okazaki a propus i demonstrat n 1968 c n timp ce


sinteza unei catene (catena leading) este continu, sinteza
celei de-a doua catene (catena lagging ) este discontinu (n
runde de 150-250 nt).
Caracteristicile:

prezena praimerului este obligatorie


replicarea este cuplat cu desfurarea
DNA parental (necesit energie)
replicarea decurge n ambele direcii cu
aceeai vitez.
Pe catena ntrziat se sintetizeaz
fragmentele Okazaki.
Caracteristicile:

Este bazat pe mpachetarea


complementar a BA
Catena-fiic este antiparalel cu
catena parental dar nu identic
dup secvena nucleotidic
Fora motrice a procesului este
hidroliza pirofosfatului
Componentele necesare replicrii:

1. Matri - ADN bicatenar


2. Substrat:
a. dezoxiribonucleozid trifosfaii: dATP, TTP, dGTP,
dCTP;
b. ribonucleozid trifosfaii: ATP, GTP, CTP, UTP
3. prezena ionilor de Mg, Mn; Zn
4. Sistemul multienzimatic complex
Sistemul multienzimatic
complex
1. Helicaza (Proteina DnaB) - desfacerea
dublului helix, treptat, pe poriuni mici
(necesit energie; consum 2 molecule
de ATP per 2 legturi de hidrogen
desfcute).
2. Single stranded proteins (SSBs) - se
leag de cele dou catene ADN i le
menine separate
Sistemul multienzimatic
complex
3. Topoisomerazele - I i II nltur
supertorsiunile ADN, rezolv problemele
topologice aprute n cursul desfacerii
lui.
Topoizomeraza de tip I relaxeaz ADN
prin inducerea de tieturi la nivelul unei
singure catene a duplexului ADN
Clase de topoizomeraze:
topoizomeraza I
acioneaz ca o endonucleaz reversibil, printr-un
mecanism de tiere-coasere care permite rotaia liber a
ADNmc (aciune de suveic) .
economic (nu necesit aport energetic): hidrolizeaz o
legtur fosfat diesteric a crei energie o conserv ntr-o
legtur fosfat esteric implicnd Tyr din centrul activ al
enzimei i ulterior o folosete la refacerea catenei incizate

Enzima Enzima

tiere coasere
ADN
relaxare
topoizomeraza II
ADN-giraza
Introduce n molecula de ADN supertorsiuni (-), spre
stnga, n sens contrar celor create de naintarea bifurcaiei
de replicare; astfel compeseaz n avans constrngerile
impuse de desrsucirea duplexului de ADN
Necesit energie (consum de ATP)
ADN giraza nltur super-rsuricirile pozitive
care apar n mod normal la nivelul furcii de
replicare
Topoizomeraza de tip II modific topologia
ADN prin scindarea si resudarea ambelor
catene
Modelul activitii catalitice a topoizomerazei II
(ADN giraza) din E. coli
Sistemul multienzimatic
complex
4. . Primaz - sintetizeaz primerul
n direcia 5'- 3 .
Sistemul multienzimatic
complex
5. ADN polimeraza ( ADNp I, II, III)-
sinteza catenei fiice n direcia 5'3' .
- ADN p III:
aciune polimerazic (5'- 3)
- aciune exonucleazic (3'- 5)
- ADN p II - este implicat n reparea
leziunilor ADN (are activitate 3' -> 5
exonucleazic.
- ADN p I - posed activitate 5'- 3
exonucleazic, nltur primerul i-l
nlocuiete cu fragmente de ADN
ADN polimerazele la
procariote (continuare)

ADN pol IV
- Pol IV este o ADN polimeraz predispus la erori de
mperechere (nu are activitate de proof-reading ca la pol III,
pol II i pol I)
- Pol IV este responsibil de 50% din mutaiile adaptative.

ADN pol V
- Pol V aparine unei ci speciale de reparare (un fel de
ultima barier) denumit calea SOS de reparare a ADN.
- Pol V este sintetizat cnd celula este expus la doze mari
de radiaii sau de mutageni, cnd pot s apar lez. majore
ADN.
Sistemul multienzimatic
complex
6. ADN ligaza- unete fragmentele Okazaki
de pe catena ntrziat.
Catalizeaz formarea unei legturi fosfat
diesterice ntre 3'-OH a unui fragment de
ADN i extremitatea 5' monofosfat al altuia.
Enzimele implicate n replicarea ADN

Helicase desface SSB stabilizeaz Primaza sintetizeaz


dublu helix ADNmc un ARN primer pe
matri de ADN

ADN polimeraza III ADN polimeraza I Ligaza leag


leag nucleotidele (exonucleaza) Fragmentele
pt. a forma noul ADN nlocuiete ARN primer Okazaki).
cu ADN
Mecanismul replicrii
3 etape:
iniierea,
elongarea,
Terminarea
ETAPELE REPLICRII ADN
(i elementele-cheie ale fiecrei etape)

Iniierea: primozomul- un complex de proteine


i originea replicrii ori

Elongarea: replizomul- un complex de


proteine, asociate cu ADN cu rol n sinteza
catenelor noi de ADN
Terminarea: proteina Tus - situsul de
terminare ter
Originea replicrii
Iniierea replicrii 5 3
Identificarea originii de 3 5
replicare

Dezrsucirea mediat de
ctre helicaz 5 3
(denaturarea) duplexului 3 5
ADN cu fomarea ADNmc
i a bifurcaiilor de
replicare
5 3
3 5
Legarea SSB la ADNmc

5 3
Formarea primozomului 3 5
(conine i primaza)

Sinteza ARN primer


5 3 5 3
3 5
5 3
Originea replicrii
Originea replicrii
(oriC) este o regiune
de 245 perechi baze
bogat n AT
OriC este recunoscut oriC
de ctre proteina dnaA
care se leag la oriC,
i care mpreun cu
proteina dnaB
(helicaza) desface
ADNdc (folosind ATP).
Iniierea parcurge dou etape:

a. Formarea furcii de replicaie- sub aciunea


helicazelor are loc desfacerea duplexului
parental (la scindarea leg. de H dintre BA - se
utilizeaz min 2 mol. de ATP).
La desfacerea duplexului parental apar regiuni
superhelicoidale, care se regleaz cu ajutorul
girazei (topoizomerazei).
Topoizomeraza efectueaz rupturi
monocatenare apoi sudeaz legtura
fosfodiesteric i favorizeaz relaxarea structurii
DNA
b. Sinteza primerului
Sinteza primerului - sub
aciunea primazei se
sintetizeaz o poriune
mic de ARN n direcia
5'- 3'.
Primerul este format din 4-12
ribonucleotide.
Cruparea 3OH e un iniiator
al sintezei de ADN.
2. ETAPA DE
ELONGARE
Elongarea
ADN polimeraza III unindu-se la
captul 3' OH al primerului
ncepe sinteza ADN fiic.
Reacia decurge prin atacul
nucleofil al grupei 3' OH al
primerului asupra unui dRNTP
complementar catenei de ADN
matri.
Se formeaz legtura
fosfodiesteric i se elibereaz
PP; hidroliza PP determin
polimerizarea propriu zis.
DNA Polymerase
Mechanism
Elongarea
Elongarea decurge n
direcia 5' 3 i parcurge
cu aceeai vitez pe
ambele catene
Catena de baz se va
sintetiza continuu, iar cea
ntrziat - discontinuu: va fi
format din fragmente
Okazaki (dimensiuni de
1000 2000 nucleotide la
procariote i 150-200 la
eucariote).
Etapa de elongare

-Catena parental 3- 5 (care este citit n aceei direcie cu


deplasarea bifurcaiei de replicare) este copiat continuu.
-Catena nou astfel sintetizat este catena
leading.
Etapa de elongare
-Catena parental 5- 3 (care este citit n direcie opus fa
de deplasarea bifurcaiei de replicare) este copiat discontinu.
Catena nou astfel sintetizat este catena lagging i este
sintetizat n fragmente mici (1fragment per rund
sintez)-fragmentele Okazaki
Etapa de elongare

3 5
5 3
3 5
5 3

3 5
5 3
3 5
5 3
Etapa de elongare
ADN polimeraza I exclude primerii i sintetizeaz
complementar ADN.
Fragmentele snt unite cu enzima ADN ligaza
(necesit ATP la eucariote i NAD la procariote).
Schema etapelor de iniiere i
elongare
3 5
5 3
3 5 3 5 Primase
Single strand
Laging Strand binding
5 proteins
Okazaki 5
fragment 3
5
RNA
Primers
DNA
Polymerase
5
3
Helicase

Leading Strand
5
3
3. ETAPA DE TERMINARE
Terminarea replicrii
Regiunea de terminare :
- situat la 180 grade fa de ori;
conine capcane pentru
bifurcaia de replicare
- la acest nivel bifurcaiile de TerD
replicare se ntlnesc i dezleag
catenele de ADN nc asociate. TerA

Situsurile de terminare
oriC TerC
- sunt pori care permit trecerea
TerB
bifurcaiei de replicare ntr-un
singur sens;
- conin 23 perechi de baze
Terminarea Replicarii
Un set de situsuri Ter opresc bifurcaia de replicare
care progreseaz n sensul acelor de ceasornic, al 2-lea
set blocheaz bifurcaia de replicare care avanseaz n
Invers acelor de ceasornic:

Situsurile Ter
foreaz cele dou
bifurcaii de
Cromozom replicare s se
ntlneasc ntr-un
punct specific.

TerB TerA
ELEMENTELE CHEIE ALE TERMINRII REPLICRII:
SITUSURILE TER I PROTEINA TUS

Situsurile Ter sunt locurile de legare ale proteinei Tus.

Tus: 35.8 kD
activitate de legare la Ter
Monomer
Bifurcaia de replicare
Tus
oprit ntr-o
DNA manier polar

Ter

Tus poate inhiba progresiunea bifurcaiei de replicare


direct prin legarea de DnaB helicaz, inhibnd dezrsucirea
helixului.
Replicarea
3
3 5
5
3

5 3
5

Helicaza se leag la originea de replicare i


dezrsucete dublu helixul ADN.
SSB previn renaturarea ADN.
Primaza sintetizeaz ARN primer.
Replicarea
Direcia de avansare a 3
bifurcaiei de replicare
3 5
5

5 3
5

DNA pol adaug nucleotide la ARN primer.


Replicarea
Direcia de avansare a
3
bifurcaiei de replicare
3 5

5
3

5 3
5

DNA pol verific bazele mperecheate i le nlocuiete


pe cele greit mperecheate.
Replicarea
Direcia de avansare a 3
bifurcaiei de replicare
3 5

5
3

5 3
5

Sinteza catenei leading continu n direcia 5 to 3.


Replicarea
Direcia de avansare a 3
bifurcaiei de replicare
3 5

5
Fragment Okazaki
3

5 3 5 3
5

Sinteza discontinu produce segmente ADN numite


fragmente Okazaki.
Replicarea
Direcia de avansare a 3
bifurcaiei de replicare
3 5

5
Okazaki fragment
3

5 3 5 3
5

Alungirea fragmentului Okazaki.


Replicarea

3
3 5

5
3
5 3 5 35 3
5

Alungirea catenei leading i sinteza de noi fragmente


pe Okazaki msur de bifurcaia mai avanseaz.
Replicarea

3
3 5

5
3
5 35 35 3
5

Alungirea noului fragment Okazaki, n paralel cu


alungirea catenei leading .
Replicarea

3
3 5

5
3
5 35 35 3
5

Activitatea exonucleazic a ADN pol I


ndeprteaz ARN primer.
Replicarea

3
3

5
3
5 35 3
5

Activitatea polimerazic a ADN pol I umple golurile.


Ligaza formeaz legturi fosfatdiesterice ntre
gruparea 3 OH de la captul unui fragment Okazaki cu
gruparea 5 fosfat de la captul altui fragment Okazaki.
.
REPLICAREA ADN

3 Pol III synthesises leading strand


2 1 Helicase opens helix
Topoisomerase
nicks DNA to 4 Primase synthesises RNA primer
relieve tension
from unwinding 5 Pol I excises RNA primer; fills gap
6
7

Pol III elongates primer; DNA ligase links Okazaki


produces Okazaki fragment fragments to form
continuous strand
Replicarea simultan prin formarea
de bucle ale matriei catenei
lagging.
Replicarea simultan: molecula ADN pol III este
responsabil de sinteza ambelor catene de ADN.
Caracteristici ale replicrii la
eucariote
Replicarea este bidirectional
Are mai multe origini de replicare
deoarece molecula de ADN este foarte
lung i viteza de aciune a replizomului
este mic
Histonele vechi se asociaz cu duplexul
nou care conine catena leading.
Replicarea la eucariote
Particulariti:
ADN polimerazele:
- implicat n replicarea ADN nuclear-
responsabil de sinteza catenei ntrziate
sinteza primerilor
rspunde de sinteza catenei lider. Ea
manifest aciune exonucleazic
implicat n reparaia ADN
- implicat n replicarea ADN mitocondrial,
aciune exonucleazic
Proprietile ADN polimerazelor la
eucariote

ADN pol

localizare nucleu nucleu mitocondrie nucleu nucleu

funcie nlocuire reparare sinteza ADN Replicaza reparare


primer mitocondrial

Sinteza Sinteza
catena caten
lagging leading
similaritate Pol I Pol II Pol II Pol III Pol II
cu enzime
de la
procariote
Tabel comparativ:

Procariote Eucariote
1 ori region Multiple ori regions
2 bifurcaii de replicare per 100 bifurcaii de replicare per
cromozom cromozom
Viteza replicrii Viteza replicrii
1.000 perechi baze/sec 100 perechi baze/sec

Lungime frag. Okazaki Lungime fragmente Okazaki


1000-2000 nucleotide 150-200 nucleotide

1 eoare la 1mil-10mil 1 eroare la 1000 mil


FIDELITATEA REPLICRII
Este asigurat de 2 factori:

1. respectarea principiului complimentaritii


2. Activitii exonucleazice a ADN polimerazei
Telomer Telomeraza
Replicarea capetelor 5 ale
catenei fiice este incomplet
(teoria lui Olovnicov, 1971),
deoarece dup nlturarea
primerului ultimului fragment
Okazaki, ADN p I nu e
capabil s completeze
aceste goluri.
Astfel la fiecare replicare,
capetele ADN se scurteaz.
Telomerul
Aceasta nu afecteaz informaia genetic
deoarece catenele conin fragmente repetitive
neinformative telomere.
Telomer complex format din ADN i proteine
- sunt segmente de ADN repetitiv GGGTTA
Telomeraza
Telomerele sunt replicate de o E specific
telomeraza
Telomeraza - reprezint o
ribonucleoproteid: ARN i protein
Subunitatea proteic TRT (telomeraze
revers transcriptase) posed activitate
catalitic
Telomeraza fiind o revertaz (ADN
polimeraza ARN dependent) folosete ca
matri propria coenzim un fragment de
ARN.
I etap are loc asocierea telomerazei la
captul 3 al catenei lider din regiunea
telomeric- TTAGGG
II E extinde catena, utiliznd ca matri ARN
telomeric (se repet)
III Catena complementar a ADN telomeric e
sintetizat dup principiul catenei ntrziate
de ADNp
Mecanismul elongrii
capetelor cromozomului
la eucariote
Mecanismul elongrii capetelor
cromozomului la eucariote

cromozoma GGGTTAG 3
AUCCCAAUC 5
Fixarea telomerei TTAGGG
elongarea GGGTTAGGGTTAG
5 AUCCCAAUC

translocarea GGGTTAGGGTTAG
5 AUCCCAAUC
Structura i funcia RNA telomerazice.
Structura primar: la majoritatea RNA
telomerice, regiunea matricial se afl la
deprtarea de 50 nucleotide de la captul 5, i
are urmtoarea succesiune de nucleotide 5-
CUAACCCUA-3.
Structura secundar e compus din 4 bucle i
un fragment unicatenar, ce conine matria pentru
sinteza DNA telomerice.
Inhibitorii telomerazei
azidotimidina,
didezoxiguanozina.
dideoxiinozina
La om telomeraza e activ numai
n
celulele embrionale,
n epiteliul intestinului,
spermatozoizi i
celule canceroase.
Numrul telomerilor determin durata vieii
fiecrei celule i condiioneaz reducerea critic
a numrului lor, induce moartea programat a
celulei deci pierderea motivelor telomerice este
cauza imbtrnirii (telomera conine mii de motive
TTAGGG).
lungimea telomerei este marcherul
biologic al mbtrnirii.
Reparaia ADN
Erorile n timpul replicrii sunt reduse la
minimum datorit DNA polimerazei ce posed
funcie endonucleazic
Tipuri de deteriorri:
1. Formarea de bree
2. Modificarea BA
3. Pierderea de BA
4. Xerodermie - Formarea dimerilor de
pirimidin sub aciunea razelor ultraviolete
Dezaminarea BA
Mecanisme de reparare a ADN
Repararea defectelor de mperechere a bazelor
(prin excizia nucleotidelor) proteinele MUT
Repararea defectelor cauzat de lumina UV
(dimerii de timin)
Corectarea defectelor BA (excizia bazelor)
Repararea rupturilor bicatenare
Repararea defectelor de
mperechere a bazelor (prin
excizia nucleotidelor)
proteinele MUT
Repararea prin excizia dimerilor de
pirimidin

Recunoaterea i excizarea dimerilor de ctre


endonucleaze UV specifice
SPAIU GOL E OCUPAT DE ADN polimerazei I
sub aciunea ADN ligazei, gruparea 3-OH a
catenei nou sintetizate este legat de 5-fosfat a ADN
iniial.
Reparaia prin
excizia dimerului
Repair of UV
Induced Thymine
Dimers
Reparaie prin fotoreactivare
Reparaie prin recombinare
Mutaiile
Modificrile genomului organismului,
care se pstreaz i se transmit prin
ereditate
se transmit apoi de la o generaie la
alta.
Modificrile pot interesa o pereche de
baze (mutatii punctiforme) sau un
grup de baze pe una sau pe ambele
catene ale unei molecule de DNA.
Mutaiile
Mutatiile punctiforme: pot decurge prin:
l. Substituie - misens mutatii, unde deosebim 2 tipuri:
a. Tranziie - o BA purinic este
nlocuit tot cu una purinc, una pirimidinic -tot cu una
pirimidinic.
b.Transversie - o pereche de baze
purinice este nlocuit cu una pirimidinic sau invers.
2. Inserie - const n ntroducerea unei perechi de baze
suplimentare n catena de DNA.
3. Deleia - const n excluderea unei perechi de baze n
aa mod ca ea nu mai poate f complementar i la
replicare apare "golul" n ambele catene.
Mutaiile
La afectarea segmentelor mari de gen apar
mutaii ntinse.
n dependen de consecinele modificrilor
deosebim mutaie:
benign,
neutr,
nociv.
Agenii mutageni pot provoca mutaiile
spontane ct i mutaiile induse.
BIOSINTEZA
ARN
Obiectivele:
ARN. Tipurile. Structura
Dogma central a geneticii moleculare. Concepia: o
gen - un polipeptid.
Transcripia sau biosinteza ARN: matricea,
substratele, enzimele, mecanismul
Trsanscripia invers.
Biosinteza ARN pe matrice de ARN
Modificrile posttranscripionale (processing)
Inhibitorii sintezei acizilor nucleici.
TIPURI DE ARN
Structura secundar i teriar
a ARNm
ARNm fiecrei gene i corespunde molecula sa
de ARNm, de aceea el este foarte heterogen
Elementul de codificare al ARNm este tripletul
nucleotidic numit codon. Fiecare codon
corespunde unui anumit AA
Structura secundar a ARNm o caten curbat
Structura teriar se aseamn cu un fir
nfurat pe bobin, rolul creia l ndeplinete o
protein de transport numit informer
Structura secundar a t-RNA
are infiarea unei "frunze de trifoi" - se
formeaz n urma imperecherii
complementare intracatenare a
nucleotidelor anumitor sectoare.
Sectoarele, care nu sunt ncadrate n
formarea legturilor de H formeaz
lanuri sau bucle
Structura
secundar a ARNt
1. Sectorul de acceptare (4 nucleotide, 3 din care au
aceeai succesiune- CCA cu hidroxilul 3OH liber la
care se fixeaz grupa COOH al AA.
2. Bucla anticodonic - format din 7 nucleotide.
Conine un triplet nucleotidic specific pentru fiecare t-
RNA numit anticodon. Anticodonul t-RNA dup
principiul complementarittii se mperecheaz cu
codonul respectiv din RNAm.
3. Bucla pseudouridilic - const din 7 nucleotide
(restul acidului pseudouridilic este obligatoriu),
particip la interaciunea cu ribozomii.
4. Bucla dihidrouridinic - const din 8-12 resturi
nucleotidice ( resturi de dihidrouridin ),
interactiuneaz cu E- aminoacil-RNAt-sintetaza
Structura teriar a tRNA
Are forma L
Include 2 segmente de dublu helix situate
perpendicular (fiecare helix-10 perechi de baze)
n afara spiralei bazele formeaz legturi de
hidrogen. Interaciuni apar ntre bazele
necomplementare (A-A; A-C).Multe baze sunt
aranjate n stive (hidrofobe)
Structura
teriar a ARNt
ARNr
Structura secundar e prezentat prin
sectoare spiralate unite ntre ele cu ajutorul
unei catene curbate
Structura teriar prezint scheletul
ribosomului. Are forma unui bastona sau
ghem pe suprafaa cruia sunt nfurate
proteinele ribosomului.
Transcripia
biosinteza ARN pe matri de ADN
Particulariti:
Matri - DNA dublu helicoidal (prezena catenei
anticodogene de ADN) (catena+),
Substrat - ribonucleozidtrifosfai (ATP, GTP, CTP,
UTP)
Sinteza are loc n direcia 53
Este asimetric copierea catenei
necodifictoare
Este incomplet are loc copierea doar a unei
poriuni de ADN (transcripton: promotor, operator,
GS, terminator)
Fora motrice a procesului e hidroliza PP
Enzima - ARN polimeraza
ARN polimeraza

1. este o holoenzim
2. la procariote - este oligomer din 5 protomeri
(2, , 1 i sigma ).
subunitile centre catalitice;
- fixeaz substratul;
1 se leag de ADN,
- are rol n recunoaterea secvenelor
matriei numit promotor, unde ader enzima
3. Nu necesit prezena primerului
4. Nu posed funcie nucleazic, doar
polimerazic
5. ADN polimeraza conine Zn2+ i necesit
prezena n mediu a ionilir de Mg2+, Mn2+
- ARN polimeraza
- ARN polimeraza
la eucariote:
1. RNA p I sintetizeaza RNA ribozomal
(28S si 18S)
2. RNA p II sintetizeaza RNAm
3. RNA p III sintetizeaza RNAt, RNAr
5S i molecule mai mici
Etapele transcripiei
Sinteza decurge n 3 etape:
iniierea, elongarea, terminarea.
Iniierea ncepe n anumite secvene de
ADN numite promotor (P 40 nucleotide)
recunoscut de ARN polimeraza.
CASETELE la procariote
Toi P bacterieni au 2 secvene consens situate pe
catena codifictoare:
Caseta -35 - 5 TTGACA 3 - locusul de
legare lax a ARN polimerazei.
- Caseta Pribnow (-10) 5 TATAAT 3 locusul de
recunoatere - responsabil de iniierea
denaturrii locale a ADN.
Locusul de recunoatere e situat la o distan de
25 nucleotide de locusul de legare i 10
nucleotide de la punctul de iniiere (+1)
rspunde de exactitatea iniierii transcripiei.
1. subunitatea recunoate caseta -35 i E se leag
2. ARNp alunec de-a lungul ADN i n jurul casetei
-10 deschide dublul helix formnd complexul deschis de
iniiere
3. se formeaz complexul de iniiere: legarea I nucleotid
trifosfat (de regul purinic - captul 5 al ARN). CA al E se
afl n punctul de start.
4. ARNp catalizeaz formarea primei leg.
fosfodiesterice ntre nucleotidul +1 i +2
Sigma subunitatea :
1. Activeaz identificarea secvenelor de ARN
polimeraz
2. Ia parte la desfacerea dublului helix
3. Ia parte la formarea primei legturi
fosfosiesterice
Astfel complexul de iniiere este format, sigma
subunitatea e disociat de la holoenzim i ia
parte la iniierea unui alt ciclu de transcriere
Fig. 5.4
Elongarea i Terminarea
Elongarea - alunecarea ARN polimerazei pe
matra de ADN sinteza transcriptului (50
nucleotide pe secund) . ARNp nu controleaz
catena sintetizat erorile sunt mai multe fa de
replicare. Pe msur naintrii ARNp are loc
desprinderea ARN de la ADN i refacerea
dublului helix
Terminarea semnal de terminare
ARNp recunoate secvenele nucleotidice
specifice de pe ADN, ce conin un numr mare
de G, C .
Terminare dependent de
factorul
Proteina - se asociaz la E i se mic
mpreun cu ea, ns la identificarea
semnalelor de terminare coboar de pe
matri i ncetinete aciunea
E,producnd transcriptul cu folosirea
energiei ATP. ADN-se reformeaz n
dublul helix.
Transcripia la eucariote
1. RNA p alctuit din 9-11 subuniti
2. Folosesc mai multe tipuri de ARN p:
a. ARN polimeraza I ARNr (18S, 28S,
5,8S; 45S)
b. ARN polimeraza II ARNm;
c. ARN polimeraza III ARNt i ARNr (5S)
d. ARN polimeraza IV (mitocondrial)- toate
tipurile de ARN mitocondrial
Transcripia la eucariote
3. P la eucariote:
GC casete GGGCG (-90)
CAAT casete 5-GGCCAATCT -3 (-75)
Caseta Hogness TATAT/AT (-35)
Primele 2 sunt responsabile de frecvena
transcripiei (cnd ncepe), a 3 - - implicat n
iniiere semnal (unde).
4. Secvenele alctuite din 10-20 nucleotide
enhancers i silencers cresc i scad
respectiv V transcrierii.
Procesingul la eucariote
ARN-ul mesager obinut difer la procariote fa
de eucariote.
n ARN-ul procariot molecula este continu deci
intreaga informaie de aici poate fi folosit pentru
sinteza proteinelor.
n ARN-ul eucariot s-a observat prezena unor
poriuni repetitive de nucleotide numite introni
care nu dein nici o informaie pentru sinteza
proteic.
ARN-ul mesager primar este mult mai lung dect
ARN-ul mesager folosit de ribozom.
Toi precursorii de ARN n nucleu trec etapa de
maturizare posttranscripional. Pe parcursul
procesingului - pre-ARN se transform n ARN
matur.
Procesingul la eucariote
Procesingul nclude:
1. Modificarea fragmentelor terminale 5 i 3
ale ARN:
a. Cap-area: la captul 5 -este adiionat
guanozina metilat (5- 5 trifosfat - protejarea
mARN de atacul 5-exonucleazelor i pentru
recunoaterea de ctre ribosomi ca semnal de
iniiere);
b. la captul 3 se adaug o secven mare de
poli A (200 A -coad). Ea servete la exportul
moleculelor de ARN din nucleu n citoplasm.
Procesingul la eucariote
Fig. 5.11
Procesingul la eucariote
2.Splisingul - excizia intronilor i sudarea
exonilor. Aa numitul splising are loc n nucleul
celulei.
Excizarea intronilor se poate face in 2 feluri:
Cu ajutorul unor enzime speciale care recunosc
capetele fiecarui intron (exemplu: ARN U1)
acestia sunt eliminati si capetele libere ale
exonilor sunt sudate.
Prin autocataliza, fenomen remarcabil care pune
pentru prima data in discutie posibilitatea
catalitica a unui compus neproteic. Deci chiar
ARN-ul ribozomal isi autoelimina intronii printr-un
proces care genereaza o bucla (reprezentata de
intron), eliminarea acestei bucle cu ajutorul
guanozinei si coaserea exonilor.
a.
a. ARN nuclear (ARN U1-U6): identific secvenele de baze la
jonciunea intron exon(5 -GU, iar la 3 - AG),
b. se fixeaz complementar la ele, bucleaz intronul, astfel apropiind
capetele exonilor.
c. Are loc scindarea legturilor fosfodiesterice dintre exoni i introni,
capetele exonilor sunt juxtapuse, apoi sudate de RNA ligazele
Mecanismul
ARN U1 se leag la GU a intronului
ARN U2 se unete la A din interiorul intronului
ARN U4,U5, U6 se asociaz cu U1 i U2 formnd
bucla (5 al intronului cu 2 al A)
Eliberarea lui U4 din complex duce la clivarea
captului 3 al intronului. Intronul se nltur
mpreun cu U2,U5, U6
Formarea legturilor 3-5fosfodiesterice ntre
capetele exonilor
Fig. 5.13
e.g., Fig. 5.13
Transcripia invers
sinteza ADN pe catena de ARN
Matria ARN
Substrat dRNTP:dATP, dGTP, dCTP, TTP
Enzima revers transcriptaza
Caracteristic viruilor oncogeni
Mecanismul:
a. Revers transcriptaza sintetizeaz pe ARN viral catena de
ADN- hibrid: ADN_ARN
b. Scindarea ARN viral de o nucleaz
c. Autoreplicarea ADN cu formarea unui duplex de ADN
Reglarea sintezei proteinelor
Sinteza proteinelor nu e constant ea trebuie s se
adapteze cerinelor vitale
Celulel dispun de 3 tipuri de enzime :
1. Constitutive - se sintetizeaz n celul cu o vitez
constant.
2. Inductible - sunt E a cror c% depinde de prezena sau
absena n mediu a unui compus denumit inductor. Sunt
implicate n cile catabolice,
3. Represible - sunt E a cror c% depinde de prezena sau
absena n mediu a unui compus denumit corepresor.
Sunt implicate n cile anabolice.
n mod normal cantitatea de E inductibile n celule este
foarte mic,dar ea poate crete atunci cnd apare
necesitatea utilizrii substratului E respective ( S care se
comport ca inductor).
Modelul operonului
Schema reglrii biosintezei proteinei la procariote - - poart
denumirea de teoria lac-operonului (Jacob i Monod, 1961) .
Modelul e bazat pe studiul reglrii metabolismului lactozei n
Escheria coli.
Schema general a reglrii activitii genelor procariote a fost propus de
F.Jacob i J.Monod n 1961.

Schema unui operon:


R gena reglatoare; P promotor; O operator;
S gene structurale; T terminator; r represor.
1. GS - codific sinteza celor 3 E inductibile impicate n
utilizarea lactozei: -galactozidaza, permeaza i
transacetilaza 1,2,3)
2. Expresia lor e controlat de gen reglatoare (GR), care
codific represorul (R).
Funcionarea operonului lac
1. GR determin sinteza unei proteine numit R
2. R se leag de operator (O).
Legarea R la O blocheaz accesul ARN
polimerazei la promotor avnd ca rezultat
suprimarea transcrierii GS.
Blocarea exprimrii operonului
Reglarea sintezei proteinei prin
inducie
n prezena lactozei:
Inductorul (n acest caz lactoza) se leag specific la R, ca
urmare are loc desprinderea acestuia de la operator. n
aceast situaie, ARN p se leag la promotor, iniiind
transcrierea GS, adc a ARNm care codific E implicate
n catabolismul lactozei.
Efectul tipului de substrat
asupra functionarii operonului
Bacteria are ca surs lactoza
Ce se ntmpl dac bacteria dispune simultan
de glucoz i lactoz?
Bacteria nu consum energie pentru sinteza lac-
operonului, atta timp ct dispune de glucoz.
Bacteria crete pe seama glucozei - i numai
atunci cnd c% acesteea devine minim ncepe
s utilizeze lactoza. Metabolizarea simultan a
glucozei i lactozei sunt excluse.
Cum se comut activitatea bacteriei pe utilizarea
lactozei cnd c% glucozei scade?
n lipsa glucozei se mrete c% AMPc ce reprezint
semnalul foamei la bacterii.
Ca urmare, AMPc se leag de o protein receptoare
specific (proteina activatoare a genei catabolice
CAP) - formeaz complex (CAP- AMPc), apt s se
lege de promotor (p-locus)
Acest proces favorizeaz ptrunderea ARNp n locusul
de reglare. Dac lactoza este prezent n mediu, operatorul
este liber i ARNp efectueaz transcrierea genelor lac.
CAP dispune de 2 centre: pentru AMPc i pentru ADN
Reglarea lac-operonului ntr-un
mediu ce conine glucoz

Cu ct c% glucozei e mai mare, c%AMPc e mai


mic.
Lipsete i complexul CAP- AMPc.
n final ARNp nu se leag de P i GS nu sunt
transcrise, indiferent dac exist sau nu lactoz,
indiferent de faptul dac operatorul este sau nu
ocupat de R.

AP catabolite activator protein

cAMP
(

)
-


TGTGA TCACA
ACACT AGTGT
Ilustrarea mecanismului de reglare a
sintezei proteinei prin represie
Teoria operonului explic i represia prin produs final
al biosintezei E
Ex: sinteza His: la c% mari de His (corepresor CoR)
se leag de R, modificndu-i conformaia
activndu-l n rezultat favorizeaz legarea R la O.
His produs final, CoR- sisteaz transcrierea
genelor ce codific E implicate n propria sa sintez
Ilustrarea mecanismului de
reglare a sintezei proteinei prin
represie
:

Trp

Trp Trp
REZUMM:
GR controleaz exprimarea anumitor GS prin
intermediul unei proteine R
Ra suprim sinteza de ARNm, deci de
proteine; R inactivat permite transcrierea
GS i sinteza proteinei
E inductibile - cnd n mediul apare I R se
inactiveaz are loc sinteza ARNm- proteinei
E represibile R este inactiv are loc
transcripia i translaia. Cnd n mediu se
acumuleaz produsul final al cii anabolice
(CoR)- R se activeaz, formarea complexului
R-CoR i sistarea transcripiei i translaiei.
Reglarea sintezei la eucariote
Att la nivelul transcripiei ct i la nivelul translaiei
Reglarea hormonal - reglarea biosintezei proteice la
nivelul transcrierii:
cortizol- induce sinteza E gluconeogenezei; estrogenii,
androgenii, vitamina D sintez de proteine specifice)
Amplificare genic anumite evenimente produse la
nivelul genomului pot modifica numrul de exemplare a
unei proteine sau al unui ARNm. Dac celula are nevoie
de o P n cantitate mare, ea crete nr de copii per genom
a genei ce codific P respectiv (iniiere repetat n
cursul sintezei ADN)
.
Reglarea sintezei la eucariote
Reglarea exspresiei genetice prin moleculele
proteice legate de ADN (histonele) sinteza
ARN pe ADN e inhibat prin adaosul de histone
Metilarea ADN-ului o gen mai puin metilat
are anse mai mari de a se exprima comparativ
cu una metilat.
Reglarea proteinei la nivelul translaiei e
posibil prin aciunea factorilor proteici, care
contribuie iniierea, elongarea, terminarea
Codul genetic
Translaia
Reglarea sintezei
proteinei
Obiectivele:
Codul genetic. Proprietile.
Ribozomii - sediul sintezei proteinelor, structura lor.
Procesul de translare (sinteza proteinelor).
Modificrile posttranslaionare ale proteinelor.
Reglarea biosintezei proteinelor. Inducia i represia
enzimelor.
Inhibitorii sintezei proteice.
Polimorfismul proteinelor (variantele hemoglobinei,
enzimelor, grupelor sanguine).
Bolile ereditare i diagnosticul lor biochimic.
Codul genetic
Informaia genetic referitor la biosinteza
proteinelor se transmite cu ajutorul codului
genetic - dicionar ce traduce secvena
nucleotidelor din ARN n succesiunea AA
din lanul polipeptidic.
Proprietile codului genetic
Este triplet -64 codoni: 3 nonsens:UAG; UGA; UAA; 61
codific AA corespunztori
- este degenerat - unui AA poate s-i corespunda mai
muli codoni (Ex. Arg, Leu, Ser - codificate de 6 codoni;
Met- i Trp - un codon). Codonii unui aminoacid sint
sinonime. Specificitatea codonului e determinat de
primele dou litere. Degenerarea se refer la nivelul
nucleotidului 3 din codon sau 1 din anticodon care
oscileaza.
- nu este ambiguu- acelai triplet nu semnific 2 AA
diferii
- Are o structur liniar (colinear) o concordan liniar
ntre gen i proteina codifictoare
- Nu se suprapune (excepie- viruii)
Proprietile codului genetic
- Este universal toate veuitoarele utilizeaz acelai
mecanism de traducere (abatere prezint codul genetic al
mitocondriilor);
- nu are virgule, semne de punctuatie - ce ar indica nceputul
i sfritul fiecarui codon.

1. AUG - este codonul de initiere


2. UAG, UAA,UGA - codoni stop (non sens)
3. Toi codonii cu U (n pozitia 2) codifica AA hidrofobi
4. codonii cu A n pozitia -2 codific AA polari
5. Uracilul n poziia 1 prezint codonul nonsens
6. dac n anticodon n directia (5'->3') prima baz nucleotidic
e:
a) Citozina sau Adenina, el va citi un singur codon;
b) Uracilul sau Guanina el va citi 2 codoni;
c) inozina - respectiv va citi 3 codoni
Ribozomii
Reprezint sediul de traducere a ARNm i sinteza proteinelor.
Structura- complexe ribonucleoproteice i sunt formai din
dou subuniti de mrime inegal (mare i mic)
Structura ribozomilor:
procariotici:
subunitatea 30 S conine ARNr 16S i 21 proteine.
subunitatea 50S ARN r 5S, 23S i 31 proteine.
Sinteza ARNr i formarea subunitilor are loc n citoplasm.
eucariotici:
subunitatea 40S ARNr 18S i 33 proteine.
subunitatea 60S ARN r 5S, 5,8S, 28S i 49 proteine. ARNr
se formeaz n nucleol.
Ribozomul va avea constanta de sedimentare 70S la
procariote si 80S la eucariote.
S este coeficientul de sedimentare Svedberg, care depinde
de forma, densitatea i dimensiunea particulelor.
Prokaryotic Ribosome Structure
Eukaryotic Ribosome
Structure
Centrele catalitice ale
ribosomilor
Situsul A - aminoacil responsabil de unirea
complexului aminoacil- ARNt
Situsul P peptidil gzduiete ARNt legat de un
lan polipeptidic deja sintetizat
Situsul E e responsabil de eliminarea ARNt
n starea complet nedisociat ribozomii sunt activi.
Deplasarea lber a ribozomilor n diferite sectoare ale
celulei, sau combinarea lor n diferite locuri cu
membranele reticulului endoplasmatic ofer
posibilitatea de asamblare a proteinei n celul.
POLIRIBOZOMUL
Mai muli ribozomi pot
citi simultan acela ARN
mesager pe care il
parcurg in acela sens.
Se constituie astfel un
poliribozom, structur ce
permite accelerarea
sintezei proteice.
Translaia
Translaia sau biosinteza proteinelor propriu zis.
Bazele moleculare ale translaiei:
1. m-RNA ca matri genetic (determin succesiunea AA
n protein);
2. aminoacil ARNt;
3. ribozomii ca maini moleculare pentru unirea
succesiv a AA n catena polipeptidic conform
programului mRNA;
4. GTP ca surs de energie;
5. factorii proteici;
6. ca cofactori - unii ioni (Mg 2+, K+).
Etapele
se realizeaza in 5 etape:
Activarea AA.
Iniierea lanului polipeptidic.
Elongarea lanului polipeptidic.
Terminarea lanului polipeptidic si eliberarea
acestuia.
Prelucrri post traducere ale proteinei sintetizate.
Activarea AA
are loc n citozol
Sunt necesare:
1. AA (procariote Nformil-Met; la eucariote Met)
2. ARNt
3. ATP, Mg, K
4. E aminoacil ARNt sintetaza
a. Posed 4 centre: pentru AA, ATP, ARNt, H2O
b. Specificitatea E e determinat de structura ARNt
c. Fidelitatea e asigurat de capacitatea de autocontrol
d. Conine grupri libere sulfhidrilice
e. sunt ligazele, care au o specificitate absolut.
Activarea AA
Se desfoar n dou etape:
ATP PPi
1. NH2-CH-COOH NH2-CH-CO O-AMP
I I

R R Aminoacil Adenilat

Aminoiacil ARNt
sintetaza
2. NH2-CH-CO O-AMP+ARNt NH2-CH-CO O-RNAt +AMP
I I

R R
Aminoacil RNAt
I etap - AA reacioneaz cu ATP rezultnd aminoacil-AMP. PP eliberat este hidrolizat
i in acest fel reacia ireversibil.
II etap - complexul cedeaz AA moleculei de ARNt, specific acelui AA
Aminoacyladenylate Formation
NH2

N
N

N
N O O O

O P O P O P O-
O
H H O- O- O-
NH2
H
H OH OH
O N
N
O C

N
CH H N O
PPi
NH2 O P O-
O
H H O
H
H OH OH O C

CH H

NH2
Aminoacyl-tRNA Synthetase Rxn
NH2 NH2

N N
N N

5' tRNA
N N N
N O

O P O- O
O O
H H O H H
H H H
H OH OH O OH
O C
H
CH H NH2
NH3+
N
N

5' tRNA
AMP N N

O
O
H H
H H
O OH

O C

CH H

NH3+
Activarea AA
Esena procesului este fixarea AA la ARNt n zona
acceptorie la 3' CCA OH
Activarea AA consum 2 legturi macroergice
E recunoate AA greit fixat pe ARNt
- l elimina i l nlocuiete cu AA
corespunztor (prezint i un locus
hidrolitic).
Translaia propriu zis
Citirea ARNm se face n direcia 5- 3' iar
proteina se sintetizeaz de la captul
Nterminal la C terminal
se desting trei etape:
Iniierea
Elongarea
terminarea.
Iniierea
Necesar:
1. ARNm (AUG)
2. Ribosomul cu subunitile
disociate
3. ARNt f-met (Met)
4. GTP, Mg
5. IF1, IF2, IF3
Scopul: formarea complexului de
iniiere
Formarea complexului de iniiere:
Subunitatea mic leag IF3 i
previne reasocierea ribosomilor FI2
La subunitate adiioneaz ARNm FI3
(AUG) 30S
La complex adiioneaz IF1 legat de
formil Met-ARNt i IF2 legat de GTP
ndat cum are loc fixarea P 50S A
anticodonului fMet-ARNt cu codonul
AUG (ARNm), are loc hidroliza GTP, FI1
eliberarea FI i unirea subunitilor
Formil Met-ARNt e fixat n centrul
P
Elongarea
Necesar:
1. ARNm cu urmtorul codon
2. ARNt cu urmtorul AA
3. GTP
4. FE: Tu, Ts, G
Elongarea translaiei include trei etape:
1. Legarea aminoacil ARNt;
2. Transpeptidarea- formarea legturii peptidice,
3. Translocarea (deplasarea ARNm cu un codon).
1. Adaptarea (legarea)AA
are loc dup principiul codon-
anticodon n centrul A
a. Aminoacil-ARNt se fixeaz cu
Tu+GTP adiioneaz la complexul
de iniiere.
b. AA se fixeaz n centrul A.
Simultan are loc hidroliza GTP n
GDP i P
Tu-GDP+GTP-Ts------Tu-GTP

Legarea AA
2. Transpeptidarea
este formarea legturii peptidice ntre doi
aminoacizi.
AA din centrul P sub aciunea
peptidiltransferazei trece n centrul A.
Se formeaz dipeptida
n centrul P rmne ARNt liber
3. Translocarea
deplasarea ribosomului pe ARNm cu un
triplet n direcia 5- 3' .
Dipeptida din centrul A trece n centrul P
sub aciunea factorului G (translocazei) i
GTP
ARNt din P prsete ribosomul
Elongarea
Decurge n 3 etape :1 fixarea noului
Aminoacil ARNt
complexul: aminoacil-ARNt, factorul de FE-G
elongare T (FE-T) i GTP.
se fixeaz pe situsul A, dup ce are
loc hidroliza GTP la GDP care se 30S
elibereaz mpreun cu FE-T.
2. formarea legturii peptidice.
Enzima peptidil-transferaza catalizeaz P 50S A
formarea legturii peptidice ntre doi
AA din situsul A i P.Peptida rmne
ataat de RNAt de pe situsul A. FE-T
translocaia
ribozomul se deplaseaz la
urmtorul codon de pe ARNm i
peptidilARNt trece de pe situsul A pe E-PT
P
aceast etap necesit factorul de
elongare G (FE-G) i GTP (necesar FE-T
pentru realizarea modificrilor
conformaionale care deplaseaz
ribozomul).
Terminarea
are loc cnd sunt ntlnii codonii UAA, UGA, UAG
i factorii proteici de terminare: R1, R2, S.
Nici un tRNA nu se poate lega cu codonii de
terminare.
Factorii de terminare:
elibereaz lanul polipeptidic
Elimin ARNt din centrul P
Disocierea ribosomului n subunitile respective
Degradarea ARNm
DECI:

La formarea unei legturi peptidice se


consum patru legturi macroergice:
2 n etapa de activare a AA (ATP) i
2 n translaia propriu zis: - GTP.
Prelucrrile posttraducere
Modificarea captului N- i C-terminal; captul N se
acetileaz;
ndeprtarea secvenei semnalizante cu ajutorul unei
peptidaze;
modificarea unor AA:
1. hidroxilarea enzimatic a Pro, Lyz obinerea
hidroxiprolinei, hidroxilizinei .
2. Metilarea (Lyz n muchi)
3. Carboxilarea Glu - -carboxil-glutamatului (protrombin)
4. oxidarea reziduuriilor de Cis - cistinei;
5. iodurarea reziduurilor de Tir ale tireoglobulinei.
Prelucrrile posttraducere
ataarea unor gr. funcionale: fosfat,
glicozil, metalelor pentru formarea
fosfoproteinelor,glicoproteinelor,
metaloproteinelor .a.
Formarea punilor disulfurice
Proteina se autoasambleaz formnd
conformaia nativ structura
tridimensional
Particularitile biosintezei
proteice la eucariote
AA iniiator este Met
ARNm este monocistronic (un singur
semnalde iniiere)
Ribosomul eucariot nu sare peste codonii
terminali
Viteza procesului e mai mare
FI (eIF1-eIF10); elongare i terminare.
Inhibitori ai sintezei proteinei
la nivelul replicrii:
1. Mitomicina, N-gaze mpiedica separarea catenelor de
ADN
2. Doxorubicina- inhiba complexul enzimatic al replicarii
3. Foscarnetul, aciclovirul- inhiba AND polimeraza
4. Acid nalidixic inhiba ADN giraza
la nivelul transcriptiei:
- Actinomicina D, olivomicina, dactinomicina,
vinblastima,vincristina - se fixeaza pe ADN
Rifampicina - inhiba ARN polimeraza (tuberculoza)
- Amanitina inhiba ARN polimeraza II
- Amanitotoxina- inhiba ARN polimeraza III
-
Inhibitorii sintezei proteinei
la nivelul translatiei:
Cordicepina- inhibitor al trecerii ARNm in citoplasma
5 floruracil- dezintegraza ARNm
Streptomicina inhiba legarea ARNt iniiator la
subunitatea 30S
Cloramfenicol -inhiba peptidil transferaza
Tetraciclina - inhiba legarea ARNt la ribozomi
Eritromicina,Azitromicina blocheaza subunitatea 50S
Lincomicina- inhiba peptidil-transferaza
Puromicina blocheaza elongarea inhibnd competitiv
ARNt
Neomicina, Kanamicin - erori n reproducerea codului
genetic
Toxina difteric - inhib translocaza
Polimorfismul proteinelor
Tipuri de Hb normale:
Hb A 2 2 adult major
Hb A2- 2 2 adult minor (2-3%)
HbF - 2 2 fetal (la ft i 80% la nou-nscui)
Hb E - 2 2 - embrionar
Variante genetice ale Hb umane -300-
hemoglobinoze
Hemoglobinoze
Hb S- nlocuirea Glu din poziia a 6 a lanurilor
cu Val deformarea i aglomerarea hematiilor
Modificri ale AA care tapeteaz buzunarul
hemului duce la modificri ale oxigenrii
formarea methemoglobinei (legarea Fe 3+):
scderea afinitii pentru oxigen, dispariia
cooperativitii)
Talazemii care nu sintetizeaz lanurile sau
.