CT

RMN

Tehnici și sisteme de imagistică

medicală. Python
NUCLEAR

Laborator 2
US

TSI
 CT Conținut

• Python
RMN
• Instalare și creare mediu virtual
• Medii de dezvoltare (interfețe)
NUCLEAR
– Spyder
• Biblioteci folosite
• Instrucțiuni python
US
– Variabile și secvențe de instrucțiuni
– Citirea și afișarea imaginilor
TSI
 CT Python
• limbaj de programare interpretat, multi-platformă open-source ce
poate fi rulat pe Windows, Linux, macOS cât și pe mașini virtuale
RMN Java sau .NET.
• se pot dezvolta aplicații web, RaspberryPi, mobile, de analiză a
datelor, machine learning, Web Scrapping, jocuri
Medii de dezvoltare:
NUCLEAR
• Editoare de cod. Ex: notepad++, etc.
• Medii integrate de dezvoltare (IDE). Ex: Spyder, PyCharm,
Eclipse + PyDev, Thonny, Visual Studio, Jupyter Notebook
• Platforme Cloud. Ex: Kaggle, Google Colab , Azure Notebooks,
US Amazon Sagemaker, etc.
Instalare:
• Individiuală a fiecărui modul în parte
TSI • Anaconda
 CT Crearea mediului de lucru
Crearea mediului de dezvoltare necesar realizării laboratorului (doar
pentru Anaconda)
1. Instalare Anaconda (slide 4)
RMN • Descărcați executabilul potrivit platformei dumneavostră
(https://www.anaconda.com/products/individual) și parcurgeți instalarea cu setările
implicite.
2. Descridere „Anaconda Prompt” (din Start) – Run as Administrator
3. Creare mediu virtual
• conda create -n medical python=3.7
4. Activare mediu create
• conda activate medical
NUCLEAR 5. Instalarea bibliotecilor necesare în mediul creat la pasul 3 (fiecare linie
trebuie rulata pe rând)
• conda install numpy
• conda install matplotlib
• conda install -c anaconda scipy (conda install scipy)
US • conda install -c anaconda pillow
• conda install -c conda-forge pydicom
• conda install -c conda-forge nibabel
6. Instalare Spyder
• conda install spyder
TSI 7. Deschidere Spyder
• Spyder
8. Familiarizare interfață
 CT Comenzi conda
Alte comenzi utile:
RMN
• Crearea clonei myclone a mediului myenv:
conda create –name myclone –clone myenv
• Dezactivarea mediului activ: conda deactivate
• Listarea mediilor disponibile: conda env list
NUCLEAR • Listarea pachetelor instalate: conda list

US

TSI
 CT Spyder

RMN

NUCLEAR

US

• Pentru deschiderea figurilor în ferestre grafice noi trebuie urmați pașii:

➢ Tools -> Preferences -> IPython console (meniul din stânga) -> selecția tab-ului
TSI Graphics - > Backend: Automatic (implicit era Inline) -> Ok/Apply
➢ Pentru ca modificările să fie aplicate trebuie repornit Spyder-ul.
 CT Spyder
Combinații de taste sau comenzi utile în procesul de dezvoltare:
• F9(editor) pentru execuția liniilor selectate (copy-paste din editor în consolă)
RMN
• Ctrl + i (consola și editor) afișează detalii despre funcția dorită, în fereastra
help. Cursorul trebuie sa se afle pe obiectul pe care doriți să îl inspectați.
(informațiile din imaginea de mai jos au putut fi obținute dupa ce
matplotlib.image a fost important)

NUCLEAR

US

• help(nume_functie) afișează în consolă detalii despre fucția dorită

TSI • reset –f (comandă în consolă) ștergerea tuturor bibliotecilor importate și
variabilelor din “Variable explorer”
 CT Biblioteci folosite
• os (https://docs.python.org/3/library/os.html)
– funcții dependente de sistemul de operare (cale fișiere, creare/ștergere
foldere, schimbare folder curent, aflarea conținutului unui folder, etc.)
RMN
• numpy (https://numpy.org/doc/stable/user/whatisnumpy.html)
– calcul științific, operații matematice, manipulare matrici etc.
• matplotlib (https://matplotlib.org/stable/contents.html)
– metode grafice statice, animate sau interactive de vizualizare a datelor
– citire, afișare, salvare imagini
NUCLEAR • scipy (http://scipy.github.io/devdocs/tutorial/index.html)
– operații matematice, științifice și inginerești mai complexe ce folosesc
funcții de bază din numpy, matplotlib și altele
• pillow (https://pillow.readthedocs.io/en/stable/handbook/overview.html) (PIL)
– operații destinate procesării imaginilor
US
• pydicom (https://pydicom.github.io/)
– Operații destinate manipulării și procesării fișierelor dicom
• nibabel (https://nipy.org/nibabel/)
– Operații destinate manipulării și procesării mai multor formate de
TSI imagini medicale printre care cele destinate neuroimagisticii (nifti)
 CT Instrucțiuni Python

RMN
➢L2_fisa_p1.doc
–Variabile
– Instrucțiuni ciclice
NUCLEAR

➢L2_fisa_p2.doc
US
–Citirea și afișarea imaginilor
TSI