orașul Reșița, în teritoriul comunei Prigor județul Caraș-Severin, fiind formată la confluența a două brațe Nergana și Nerganița. Se varsă în Dunăre, formând pe o porţiune de 15 km frontieră de stat cu Serbia. Curge drept spre sud de la vârful Piatra Goznei, de unde izvorăște. La satul Borlovenii Vechi, se întoarce către sud-vest, primind ca afluent principal pe Prigor apoi pe Rudăria, și trecând pe lângă numeroase sate, printre care Patas, Prilipeț, Dalboșeț și Moceriș, până ce ajunge la Șopotu Nou unde se întoarce către nord-vest, intrând în Cheile Nerei. Trece apoi pe lângă satele Sasca Română, Sasca Montană, Slatina-Nera, Bogodint și Naidăș de unde devine râu de graniță între România și Serbia.
În secțiunea de graniță, Nera curge prin depresiunea Biserica Albă.
Printre așezările de pe malul ei se numără Lescovița, Zlatița și Socol pe malul românesc, în timp ce pe cel sârb există un singur sat situat chiar pe râu, Kusić, mai multe așezări aflându-se în vecinătatea apei: Kaluđerovo, orașul Biserica Albă, Vračev Gaj și Banatska Palanka. La Vračev Gaj, râul se întoarce către sud și se varsă în Dunăre, în apropiere de satul Stara Palanka. În ultima secțiune, are 20-40 m lățime, adâncime variabilă, și, cum albia e formată în principal din pietrișuri, formează limanuri cu ape tulburi. Gura de vărsare este o destinație populară printre amatorii de pescuit. Nera drenează o suprafață de 1.240 km², aparținând bazinului hidrografic al Dunării, și nu este navigabilă. Suprafaţa bazinului de recepţie este de 1.380 km2 , iar densitatea reţelei hidrografice este 0,42 km/ km2 . Scurgerea medie multianuală are valori cuprinse între 20 l/ s/ km2 în zona montană cu altitudini de 800-900 m şi sub 8 l/ s/ km2 în zonele mai joase, sub 400 m altitudine. Afluenți de stânga: Nerganița, Prigor, Rudăria, Bănia, Valea Mare, Șopotu, Bârzu, Boinița, Răchita, Ogașu Rogozului, Ogașu Babei, Ogașu Mare, Haimeliug, Ogașu Porcului, Ulmu Mic, Ulmu Mare, Ogașu Porcariului, Padina Bașchii, Zgârcea Șușara, Fântâna Seacă. Afluenți de dreapta: Nergana, Coșava, Hiclișag Ciurezu, Miniș, Lighidia, Agriș, Lăpușnicu, Oreștica, Moceriș, Ducin, Bresnic, Arsa, Meliugel, Ogașu Alunilor, Radovanu, Valea Rea, Padina Seacă, Lindina, Beu. Principalele localități traversate: Borlovenii Noi, Borlovenii Vechi, Prilipeț, Dalboșeț, Bârz, Șopotu Nou, Driștie, Sasca Română, Sasca Montană.
Lungimea cursului de apă: 143 km.
Cerna are o lungime de 79 km, iar bazinul său de recepţie are o suprafaţă de 1.360 km2 . Cerna şi-a dezvoltat cea mai mare parte a cursului pe linia tectonică dintre grupele Munţilor Cernei-Gugu şi Vâlcan-Mehedinţi. Lungimea reţelei hidrografice din bazinul hidrografic Cerna este de 524 km, densitatea acesteia fiind de 0,39 km/ km2 . Scurgerea medie multianuală variază cu altitudinea. În zona superioară a bazinului hidrografic se întâlnesc debite specifice ce oscilează în jurul valorii de 50-55 l/ s/ km2 (zona Izbucului Cernei).
ROSCI0375 Râul Nera intre Bozovici si Moceris. Situl se localizează
pe râul Nera în zona albiei minore a acestuia după coordonatele: Latitudine: N44 53 22” Longitudine: E 21 58 24” Suprafaţa: 394 ha. Situl se caracterizează printr-o zonă umedă din regiunea biogeografică continentală reprezentând habitat specific pentru şase specii de mamifere de interes conservativ. Acest sit este important pentru protejarea unei specii de peşti: Cobitis elongata. De asemenea este important pentru protejarea unor specii de mamifere printre care Lutra Lutra şi a unor specii de amfibieni: Bombina variegata şi Triturus cristatus.