STUDIU - Genele - Text Complet Gratuit - Genomul Viermelui Galben de Făină, Tenebrio Molitor - Este Mai Mare Decât Crezi

12/27/23, 9:23 PM Genele | Text complet gratuit | Genomul viermelui galben de făină, Tenebrio molitor: este mai mare
r: este mai mare decât crezi
prima pagina
Traducere în Română Afișați originalul Opțiuni ▼
(/) Descărcați PDF (/2073-4425/14/12/2209/pdf?version=1702520889)
searchmenu
(/)
Jurnalele (/about/journals) Subiecte (/topics) informație (/authors) Servicii de autor
(/authors/english) Inițiative (/about/initiatives) Despre (/about)
Conecteaza-ta inscrie-te (/user/login)
Trimite (https://susy.mdpi.com/user/manuscripts/upload?journal=genes)
 
Căutați articole:
Titlu/Cuvânt cheie
Autor / Afiliere / Email
Genele
Toate tipurile de articole
Căutare
AvansatCăutare
Jurnalele (/about/journals) / Genele (/journal/genes) / Volumul 14 (/2073-4425/14) /

Problema 12 (/2073-4425/14/12) / 10.3390/genes14122209 /
(/journal/genes)
Trimiteți la acest Jurnal

(https://susy.mdpi.com/user/manuscripts/upload?
form%5Bjournal_id%5D%3D31)
Recenzie pentru acest Jurnal

(https://susy.mdpi.com/volunteer/journals/review)
Propuneți o problemă specială

(/journalproposal/sendproposalspecialissue/genes) Inapoi susTop
https://www.mdpi.com/2073-4425/14/12/2209 1/49
12/27/23, 9:23 PM Genele | Text complet gratuit | Genomul viermelui galben de făină, Tenebrio molitor: este mai mare decât crezi
prima pagina(/)
► Meniul articolelor
Descărcați PDF (/2073-4425/14/12/2209/pdf?version=1702520889)
Meniul articolelor
searchmenu
Editor academic keyboard_arrow_up
Valentina (https://sciprofiles.com/profile/1496697?
G. utm_source=mdpi.com&utm_medium=website&utm_campaign=avatar_name)
Kuznetsova
Abonați-vă SciFeed (/2073-

4425/14/12/2209/scifeed_display)
 
Articole recomandate
Linkuri de informații conexe keyboard_arrow_down

Mai multe de la Authors Links keyboard_arrow_down
Vizualizări ale articolului 1396
Cuprins keyboard_arrow_up
Acces deschis Articol
Genomul viermelui galben de făină, Tenebrio molitor: este

mai mare decât crezi
de
Brenda Opert (https://sciprofiles.com/profile/1504987?utm_source=mdpi.com&utm_med
1,*,†  (mailto:please_login) (https://orcid.org/0000-0003-0443-4220),
Aaron T. Dossey (https://sciprofiles.com/profile/author/cEZpeC9OS2VHMENZQ0lmQllsT1
2,3,† (mailto:please_login) (https://orcid.org/0000-0002-6652-964X),
Fu-Chyun Chu (https://sciprofiles.com/profile/author/aUtXV3RvcXdobVk2UWhDZmJZdE
2,‡  (mailto:please_login),
Eva Šatović-Vukšić (https://sciprofiles.com/profile/818326?utm_source=mdpi.com&utm_

4  (mailto:please_login) (https://orcid.org/0000-0002-5570-4238), Inapoi susTop
prima pagina
Miroslav Plohl (https://sciprofiles.com/profile/1087738?utm_source=mdpi.com&utm_me
4  (mailto:please_login) (https://orcid.org/0000-0001-6868-2448),
Timothy P. L. Smith (https://sciprofiles.com/profile/author/ZVNEOWhhVk44WGdFcE05M2

searchmenu
5  (mailto:please_login) (https://orcid.org/0000-0003-1611-6828),
Serghei Koren (https://sciprofiles.com/profile/author/TEdLd0xwZEErTTZqUVpFZ2t5cXhT

6,
Morgan L. Olmstead (https://sciprofiles.com/profile/3252268?utm_source=mdpi.com&ut

1,§  (mailto:please_login) (https://orcid.org/0000-0001-8955-1033),
Dewey Leier (https://sciprofiles.com/profile/author/VEFXWmF3a1NsNWJnanZhczNoQUM
7 (mailto:please_login),
 Gail Ragan (https://sciprofiles.com/profile/3190345?utm_source=mdpi.com&utm_mediu

1  (mailto:please_login) (https://orcid.org/0000-0003-3995-4111)și
J. Spencer Johnston (https://sciprofiles.com/profile/author/YTRvOFdWUElQd0J3cWpxR

8,‖  (mailto:please_login)
1 Serviciul de Cercetare Agricolă al USDA, Centrul de Cercetare a Sănătății Cerealelor și

Animalelor, 1515 College Ave., Manhattan, KS 66502, SUA
2 All Things Bugs LLC, 755 Research Parkway, Suite 465, Oklahoma City, OK 73130, SUA
3 Institutul de Studii Nevertebrate, 2211 Snapper Ln, Midwest City, OK 73130, SUA
4 Divizia de Biologie Moleculară, Institutul Ruđer Bošković, Bijenička 54, 10000 Zagreb, Croația
5 USDA ARS US Meat Animal Research Center, Clay Center, NE 68933, SUA
6 Secția de informatică a genomului, Filiala Genomică Computațională și Statistică, Institutul
Național de Cercetare a Genomului Uman, Institutul Național de Sănătate, Bethesda, MD
20894, SUA
7 Departamentul de Biologie Moleculară și Biofizică, Universitatea de Stat Kansas, Manhattan,
KS 66506, SUA
8 Departamentul de Entomologie, Universitatea Texas A&M, College Station, TX 77843, SUA
* Autorul căruia trebuie adresată corespondența.
† Acești autori au contribuit în mod egal la această lucrare.
‡ Afiliere actuală: Arana Bioscience, 75 Moulton St, Cambridge, MA 02138, SUA.
§ Afiliere curentă: Departamentul de Entomologie și Patologie a plantelor, Universitatea de Stat
din Carolina de Nord, Raleigh, NC 27606, SUA.
‖ Retras.
Gene 2023, 14(12), 2209 ; https://doi.org/10.3390/genes14122209 Inapoi susTop

(https://doi.org/10.3390/genes14122209)
prima pagina (/) Descărcați PDF (/2073-4425/14/12/2209/pdf?version=1702520889)
Candidatura primită: 30 septembrie 2023 / Revizuit: 26 noiembrie 2023 /
Acceptat: 4 decembrie 2023 / Publicat: 14 decembrie 2023
searchmenu
(Acest articol aparține Colecției Feature Papers in „Animal Genetics and Genomics” (
/journal/genes/topical_collections/feature_paper_animal ))
Descarca keyboard_arrow_down Răsfoiți cifre (https://pub.mdpi-res.com/genes/genes-14-
02209/article_deploy/html/images/genes-14-02209-g001.png?1702520998)
(https://pub.mdpi-res.com/genes/genes-14-02209/article_deploy/html/images/genes-14-
02209-g002.png?1702521000) (https://pub.mdpi-res.com/genes/genes-14-
 
Versiuni Note (/2073-4425/14/12/2209/notes)
Inapoi susTop
Abstract searchmenu
Principal: insectele sunt o sursă durabilă de proteine pentru hrana umană și hrana animalelor.
Prezentăm un ansamblu de genom, editarea genelor CRISPR și transcriptoame specifice etapei
de viață pentru viermele galben de făină, Tenebrio molitor, una dintre cele mai intens crescute
insecte din lume. . Metode: Citirile lungi și scurte și datele pe distanță lungă au fost obținute
dintr-un T. molitor pupă masculă. Secvențierea transcrierilor din 12 T. molitoretapele de viață au
dus la 279 de milioane de citiri pentru predicția genelor și inginerie genetică. Un sistem unic de
livrare a plasmidelor care conține ARN-uri ghid care vizează gena culorii ochiului vermilion care
flanchează mușchiul actina< un promotor de genă i=10> și un marker EGFP au fost utilizate în

transformarea CRISPR/Cas9. Rezultate: Ansamblul este de aproximativ 53% din dimensiunea 
genomului de 756,8 ± 9,6 Mb, măsurată prin citometrie în flux. Asamblarea a fost complicată de
un satelitom de cel puțin 11 ADN sat foarte conservat, care ocupă 28% din genom. Injectarea
plasmidei în embrioni a dus la knock-out de Tm vermilion și knock-in de EGFP. Concluzii:
Genomul lui T. molitor este mai lung decât ansamblurile actuale (inclusiv ale noastre) datorită
unei cantități substanțiale (26,5%) dintr-o singură secvență de ADN satelit foarte abundentă.
Secvențele genetice și instrumentele de transformare pentru o insectă importantă pentru
industria alimentară și a furajelor vor promova utilizarea durabilă a viermilor de făină și a altor
insecte de crescătorie.
Cuvinte cheie:Editarea genei CRISPR Cas9 (/search?q=CRISPR+Cas9+gene+editing);
insecte ca hrană și furaj (/search?q=insects+as+food+and+feed); genomica și genetica
insectelor (/search?q=insect+genomics+and+genetics); insectă produsă depozitat
(/search?q=stored+product+insect); Tenebrio molitor (/search?q=Tenebrio+molitor);
vierme galben de făină (/search?q=yellow+mealworm)
1. Introducere
Viermele galben de făină, Tenebrio molitor (Coleoptera: Tenebrionidae), este un dăunător

cosmopolit al fermelor de păsări, în principal. Cu toate acestea, T. molitor reprezintă, de
asemenea, un grup de insecte care sunt încorporate ca sursă de proteine alternative în alimente
și furaje pentru o populație mondială în plină dezvoltare [1 ]. Suntem interesați de genetica
speciilor de insecte crescute pentru hrană, furaje și alte aplicații [2,3< /span>].
Viermii de făină au fost crescuți comercial în principal ca hrană pentru animale de companie
pentru reptile și păsări. Cu toate acestea, în ultimul deceniu a apărut o nouă industrie pentru a
valorifica beneficiile semnificative de mediu ale agriculturii insectelor în comparație cu alte
Inapoi susTop
animale [4] Aceste insecte reprezintă un aliment bogat în proteine sărac în grăsimi care este
animale [4]. Aceste insecte reprezintă un aliment bogat în proteine, sărac în grăsimi, care este,

de asemenea, bogat în vitamine și minerale [5]. În plus, viermii de făină au un impact mai mic
asupra mediului decât animalele tradiționale, necesitând mai puțin pământ, apă și hrană de
intrare pentru a produce aceeași cantitate de proteine ca animalele tradiționale [6]. Creșterea
searchmenu
insectelor pentru aplicații alimentare într-un sistem închis de interior poate reduce emisiile și
poate preveni focarele de boli în colonii [7]. Fermele de insecte cresc insecte pe verticală din ce
în ce mai mult, reducându-le în continuare amprenta la sol și cerințele de teren, și în apropierea
fabricilor de produse alimentare pentru a minimiza nevoile de transport.
Insecte, în special T. molitor, au câștigat atenția ca sursă de hrană durabilă și nutritivă
pentru oameni și animale, în special în regiunile care se confruntă cu insecuritatea alimentară
[8]. În timp ce SUA utilizează în principal insecte de crescătorie ca hrană suplimentară pentru
animale, în special păsările de curte și peștii, există o recunoaștere tot mai mare a potențialului
 
insectelor ca alternativă la producția tradițională de carne, care contribuie semnificativ la
schimbările climatice [7]. Aprobarea de către Autoritatea Europeană pentru Siguranța Alimentară
a T. molitor pentru consumul uman subliniază potențialul ca insectele comestibile de a servi ca
hrană și furaj în viitor datorită caracteristicilor lor nutriționale benefice și impactului redus asupra
mediului [9>].8 în conversia la scară largă a biomasei vegetale în proteine evidențiază și mai
mult potențialul său ca sursă durabilă de hrană și furaje [T. molitor]. Semnificația economică a
10 sunt recunoscute pentru valoarea lor nutritivă ridicată, inclusiv pentru conținutul ridicat de
lipide și proteine, făcându-le o sursă de hrană valoroasă [T. larvele molitor]. În plus,
Insectele sunt relativ ușor de crescut și de întreținut în laborator și au fost folosite ca
organisme model pentru studiul unei varietăți de întrebări biologice. Insectele sunt o parte
importantă a lanțului alimentar și joacă un rol vital în polenizare și alte servicii ecologice critice
[11,12,13,14,15]. Insectele pot fi, de asemenea, folosite ca biofabrici pentru diverse aplicații,
inclusiv producția de proteine și biofabricarea [4]. Eforturile de biofabricare pe bază de insecte
au condus la dezvoltarea de sisteme de bioreactor și formulări de mediu cu costuri reduse,
sporind eficiența și rentabilitatea producției de proteine recombinante [16]. Tehnologia de
bioconversie care utilizează insecte oferă oportunități de a produce furaje și energie din
subproduse ale industriei agroalimentare [17].
Oamenii de știință încorporează insecte în lanțul alimentar ca parte a unei economii
circulare care va reduce impactul asupra mediului al producției de viermi de făină, cum ar fi
dezvoltarea unor metode de hrănire mai eficiente, inclusiv robotica, sau încorporarea deșeurilor
reciclate [< a i=1>18,19,20< a i=6>,21]. Noi și alții încercăm să îmbunătățim valoarea
nutrițională a viermilor de făină prin experimentarea dietei sau manipularea genetică. În mod
ideal, îmbunătățirile, cum ar fi conținutul crescut de proteine și alte cercetări cu valoare
adăugată, vor face din viermi de făină o sursă de hrană mai atrăgătoare pentru oameni și alte
animale. Inapoi susTop

Genomul insectelor conțin genele și elementele de reglare care contribuie la dezvoltarea și
funcția biologică a acestora, determinând baza genetică pentru trăsături specifice, cum ar fi
rezistența la pesticide sau capacitatea de a tolera medii extreme. Secvențierea genomului
searchmenu
insectelor este, de asemenea, un instrument puternic pentru a înțelege relațiile evolutive, pentru
a identifica genele care au fost conservate de-a lungul timpului și pentru a dezvolta noi
organisme model. Recent, ansambluri de genom pentru T. molitor au fost eliberate [22,23,24]. În
această lucrare, comparăm valorile noastre de asamblare cu ansamblurile publicate de citire
lungă, oferim o analiză a transcrierilor din T. molitoretape de viață, explică în continuare modul
în care sateliții relativ unici și extrem de conservați contribuie la evoluția insectelor și descriu
tehnologia care poate valorifica informațiile genetice în aplicații pentru agricultură. Datele
noastre indică faptul că genomul este mai mare decât măsurătorile anterioare, iar importanța
 
ansamblului genomului pentru industria alimentară pentru insecte este un pas major în
dezvoltarea insectelor pentru aplicații alimentare din aval.
2. Materiale și metode
2.1. Insecte
Toate probele provin dintr-o colonie de laborator de T. molitor crescut la Center for Grain
and Animal Health Research (CGAHR), Manhattan, KS, SUA, la 27,5 °C, 65% R.H., 0L:24D pe
o dietă de viermi de făină de 50% laminate ovăz, 2,5% drojdie de bere și 47,5% făină de grâu.
Pentru inginerie genetică, T. molitor au fost primite de la CGAHR la All Things Bugs LLC în
2018 și menținute ca o colonie de laborator pentru mai multe generații. Larvele au fost crescute
în cuști formate dintr-o cutie de pantofi (6-Quart, Sterilite, Townsend, MA, SUA) cu o deschidere
de 150 × 30 mm pe capacul acoperit cu material plasă de ecran. Larvele au fost hrănite cu
tărâțe de grâu în treimea inferioară a cutiei (Nuts.com, Cranford, NJ, SUA) cu 10 ml de cristal de
apă hidrură (Prestige Import Group, Deerfield Beach, FL, SUA) într-o cutie Petri (150 × 15). mm,
VWR, Radnor, PA, SUA) plasate deasupra tărâțelor de grâu, cu cristale de apă de 3–5 ml
furnizate la două săptămâni. Pupele au fost transferate manual într-o cutie separată cu niște
tărâțe de grâu, dar fără cristale de apă până când au apărut ca adulți. Adulții au fost îndepărtați
de două ori pe săptămână într-o altă cutie de ouă pentru adulți care conținea făină de grâu
cernută (Nuts.com, Cranford, NJ, SUA), cu hârtie de țesut peste făină pentru a ține vasul cu
cristal de apă. De două ori pe săptămână, adulții au fost îndepărtați folosind o linguriță de tăiței
(356 × 155 mm, Goodcook, Broadway, CA, SUA) într-o cutie goală, iar făina a fost cernută cu o
sită (12′ ochiuri nr. 25, Advantech, Danvers, OH, SUA) pentru a colecta ouă, cu o pensulă mică
folosită pentru a îndepărta eventualele ouă de pe pereții cuștii. Ouăle au fost plasate într-un vas
Petri (150 × 10 mm) până la ecloziune și adulții au fost înlocuiți pe făina cernută. Inapoi susTop
2.2. Secvențierea și asamblarea genomului

Bărbat și femeie T. adulții molitor au fost expediați la Texas A&M University, College Station,
TX pentru analiza citometriei cu celule în flux a mărimii genomului T. molitor, efectuat așa cum
este descris în [3,25 ]. ADN-ul genomic a fost extras dintr-un singur mascul T. molitor pupă
searchmenu
folosind un protocol descris anterior [26] și un E.Z.N.A. Kit ADN pentru insecte (Omega BioTek,
Norcross, GA, SUA). Aproximativ 30 micrograme de ADNg cu o dimensiune medie de > 50 kb
au fost livrate manual la unitatea de secvențiere de la Centrul de Cercetare a Animalelor din
Carne din S.U.A., Centrul de Argilă, NE, SUA. Selectarea mărimii unei porțiuni a ADNg a fost
prin BluePippin (Sage Science Inc., Beverly, MA, SUA) folosind o valoare limită mai mică cu 15
kb. Bibliotecile pentru secvențierea de citire lungă pe platforma RSII au fost construite folosind
SMRTbell™ Template Prep Kit 1.0 așa cum este recomandat de producător (Pacific
Biosciences, Menlo Park, CA, SUA). Patru biblioteci au fost pregătite și secvențiate pe
 
șaisprezece celule SMRT ale PacBio RSII utilizând chimia P6/C4 (opt celule fiecare) până la o
acoperire de 44x.
Secvențierea cu citire scurtă a fost cu ADNg extras din T masculin și feminin. molitor pupe.
Fiecare insectă a fost o reproducere biologică individuală cu replici tehnice variabile, așa cum
este indicat: adică patru pupe masculi = patru replici biologice și 12 replici tehnice; două pupe
femele, cinci replici tehnice; și adulți de sex masculin și feminin ca mai sus: șapte adulți de sex
masculin, 11 replici tehnice; două femei adulte, cinci replici tehnice. Bibliotecile au fost realizate
cu un kit Nextera DNA Flex pe un NeoPrep și au fost secvențiate pe MiSeq 2 × 300 paired-end
(toate produsele Illumina, San Diego, CA, SUA). Secvențele au fost trimise către NCBI SRA cu
numărul de acces SUB13823713.
Asamblarea PacBio citește din T. molitor a fost întreprins folosind un script personalizat
CANU [27] pentru a suprima repetările, deoarece timpul de rulare în parametrii impliciti a fost
estimat la 20 k ore CPU (similar cu genomul uman) și a fost copleșitoare de stocare a datelor.
Ansamblul a fost rulat cu Canu v1.3 + 148 commit-uri (r7764) cu o opțiune adăugată
corMhapFilterThreshold = 0,0000002. În plus, în cadrul suprapunerii MHAP, scara repetare-idf a
fost setată la 50, mai degrabă decât la valoarea implicită de 3. Primul parametru marchează mai
mulți k-mer ca fiind repetitivi din lista completă; a doua face ca suprapusul să prefere mai
puternic k-merii nerepetitivi. După asamblarea finală, orice ieșire din asm.unassembled.fasta
care a fost compusă dintr-o citire mai mult de o citire a fost adăugată la secvențele de
asamblare finale. Procesarea post-asamblare a inclus lustruirea săgeților și un ecran prin
purge_haplotigs [28].
O T diferită. pupa mascul molitor a fost expediată la Cantata (fosta Dovetail, Scotts Valley,
CA, SUA) pentru schele. Detaliile schelei pentru Chicago și Hi-C folosind HiRise au fost descrise
anterior [29,30< a i=6>]. Un ansamblu hibrid a fost obținut prin utilizarea schelelor
Chicago/HiRise într-un ansamblu ghidat de referință cu citiri scurte (vezi Inapoi susTopîn
mai sus)
SeqMan NGen 14.1.0 build 115 (DNAstar, Madison, WI, SUA), iar acel ansamblu hibrid a

fost utilizat de către Cantata pentru schela finala cu date Hi-C (tot in HiRise).
Completitudinea secvențelor de codificare din fiecare ansamblu a fost evaluată prin
[31,32] folosind insecta_odb10 (Data creării: 10 septembrie 2020). Ansamblul schelei a fost
searchmenu
depus la NCBI cu numărul de acces JAWJDX010000000.
2.3. Predicție, adnotare și analiză genetică
Genele din T. asamblarea genomului molitor au fost prezise în Omicsbox 3.0.30 [33]
(Valencia, Spania) în pachetul Augustus 3.4 .0 [34] setată la găsirea genelor eucariote, folosind
T. castaneum ca specie cea mai apropiată și transcrierile din stadiul de viață/sex ca date de
dovezi extrinseci. Proteinele traduse au fost trimise la CloudBlast folosind blastp împotriva
proteinelor de referință (ref-seq_protein v5) și un filtru de taxonomie 7070 (T. castaneum).

Maparea 
adnotărilor Gene Ontology (GO) [33] a fost completată de Interproscan [35]. Analizele
de îmbogățire au fost efectuate utilizând ShinyGO v0.77 (FDR 0.05) [36] și Panther 17.0 [37].38,
Au fost efectuate analize Synteny pe un cluster HPC (CERES, ARS USDA) folosind ieșirea
BUSCO pentru ansamblul nostru (Tmo) împotriva T. castaneum ansamblu 5.2 (Tcas5.2, acces #
GCA_000002335), precum și compararea unui alt T. asamblare molitor (Tmo_v3, acces #
GCA_907166875.3 [23] la Tcas5.2. Am folosit software-ul BUSCO, versiunea 5.4.7 [32] cu setul
de date de descendență insecta_odb10, cu 75 de genomi și 1367 de BUSCO. Au fost utilizate
date BUSCO care se potriveau cu schelele de la Tmo sau Tmo v3 numai atunci când
dimensiunea schelei a fost mai mare de 10 milioane de perechi de baze. RIdeograma v.0.2.2
[39] a fost folosită pentru a crea graficele de sinteza genomului care arată Tcas 5.2 față de Tmo
sau Tmo v3. SQLite [40], software care oferă o platformă de baze de date relaționale, a fost
folosit pentru a reformata datele pentru a se conforma cerințelor de intrare ale RIdeogram .
Fișierele BUSCO modificate de ieșire full_table.tsv din noua rulare Tmo schele și rularea Tmo v
3 BUSCO au fost intrări în SQLite. Aceste tabele modificate au fost unite pe ID-ul BUSCO
folosind SQLite. Tabelul rezultat a furnizat datele RIdeograma utilizate pentru a crea Bézier
curbează de la barele orizontale de sus la barele orizontale de jos. RIdeograma necesită, de
asemenea, lungimea fiecărui cromozom pentru fiecare dintre ansambluri. Un obstacol a apărut
în timpul încercării de a utiliza RIdeogram cu bare orizontale neetichetate cu numere ordinale
secvențiale care încep cu unu. Un utilizator poate introduce etichete non-ordinale, dar datele
curbei Bézier trebuie să conțină numere ordinale. Pentru a depăși acest obstacol, a fost folosit
un tabel SQLite suplimentar pentru a potrivi etichetele barelor noastre orizontale cu numerele
ordinale necesare.
2.4. Secvențierea și analiza transcriptomului
Doisprezece T. S-au eșantionat stadiile de viață molitor, inclusiv ouă (ouă), larve timpurii
Inapoi susTop
(el), larve mijlocii (ml), larve târzii (ll), pupe femele timpurii (efp), pupe masculine timpurii ( emp),
pupe femele târzii (lfp), pupe masculine târzii (lmp), femele adulte timpurii (efa), adult masculin
prima pagina
timpurii (ema), adult femele târzii (lfa) și adult masculin târziu (lma) ( Tabelul S1). Etapele de
viață au fost stocate în scutul Zymo ADN/ARN la -20 °C și extrase folosind un kit Zymo Insect
ARN (ambele produse de la ZymoResearch, Irvine, CA, SUA), iar bibliotecile au fost realizate
searchmenu
folosind kituri de selecție Corall polyA și de pregătire a bibliotecii de ARN total. (Lexogen, Viena,
Austria). Bibliotecile au fost secvențiate pe un ciclu NextSeq P2 200 cu citiri de sfârșit pereche
de 101 × 101 bp (Illumina). Eșantioanele au inclus 3–4 replici biologice și citiri totale pe etapă de
viață și au variat între 20 și 30 de milioane de citiri, cu excepția pupelor masculine târzii, cu doar
2 replici și 7 milioane de citiri (Tabelul S1). În total, au fost utilizate un total de 279 de milioane
de citiri pentru identificarea genelor din ansamblul genomului, precum și pentru a identifica
secvențele utilizate în țintirea CRISPR Cas9. Citirile au fost transmise la numărul de acces NCBI
SRA PRJNA1012330.
 
Citirile au fost aliniate la T. molitor asamblarea genomului în ArrayStar v. 17 (DNAstar
Lasergene, Madison, WI, SUA). Adnotările au fost încărcate, iar numele genelor, descrierile,
valorile RPKM și termenii GO au fost colectate într-o foaie de calcul (Fișier S1). Gene similare
cu T. castaneum au fost folosite în analizele de îmbogățire. Expresiile diferențiale ale tuturor
genelor în toate etapele de viață au fost comparate (ANOVA, p < 0,05), iar acele gene sub limita
statistică au fost analizate de ShinyGO 36]. Gene cu niveluri de expresie > 1000 RPKM au fost
introduși în Panther (v 17.0; [37]) pentru analiza funcțională a clasei de proteine față de T.
castaneum genom.
2.5. Detectarea și analiza ADN-ului satelit (SatDNA).
Utilizarea instrumentelor pentru procesarea datelor FASTQ pe serverul Galaxy
(https://repeatexplorer-elixir.cerit-sc.cz/galaxy/ (https://repeatexplorer-elixir.cerit-
sc.cz/galaxy/), accesat la 1 martie 2023), MiSeq citește din T. molitor specimenele femele
adulte au fost preprocesate, filtrate de calitate și tăiate. Acoperirea scăzută a genomului
(<0,50×) este optimă pentru identificarea secvențelor repetitive de către instrumentele de calcul
RepeatExplorer2 și TAREAN [41], după cum citirile provin din elementele repetitive produc mai
multe lovituri de similaritate. Astfel, ele pot fi identificate ca grupuri de secvențe care apar
frecvent, în timp ce aproape nu sunt detectate asemănări între citirile derivate din secvențe cu o
singură copie. Citirile au fost eșantionate aleatoriu pentru a obține seturi care se aflau în
intervalul optim de acoperire a genomului. Gruparea de citire bazată pe similaritate a fost
efectuată pe serverul Galaxy cu parametrii impliciti, folosind mai multe seturi subeșantionate
aleatoriu, care conțineau 35.208, 31.453 și 262.363 de citiri, corespunzătoare unei acoperiri a
genomului de 0,006×, 0,007× și, respectiv, 0,05×. La grupare, secvențele de consens de ADN-
sat au fost obținute în raportul TAREAN. Numărul de citiri din fiecare grup este proporțional cu
abundența genomică a ADN-ului sat corespunzător, ceea ce face din aceasta o metodă
Inapoi susTop
independentă de asamblare de alegere în detectarea și determinarea abundenței ADN sat [41]
independentă de asamblare de alegere în detectarea și determinarea abundenței ADN-sat [41].

Secvențele consens de ADN-uri satelit obținute prin trei runde de grupare de citire au fost
comparate între ele folosind megablast discontinuu cu parametrii impliciti în Geneious Prime
(Biomatters Ltd., Auckland, Noua Zeelandă) pentru a detecta clustere aparținând aceluiași ADN-
searchmenu
sat din analize diferite și toate ulterioare. analiza secvenței. Abundența ADN-urilor satelit care
cuprind satelitul a fost mediată din rezultatele celor trei analize de grupare. Secvențe consens
ale celor 11 ADN-sat care constituie satelitul T. molitor sunt în Fișier S2. Acestea au fost utilizate
pentru adnotarea ADN-urilor sat în T. molitor schele, permițând o divergență de 70% față de
consens, pentru a include diferite variante de monomeri. Folosind NCBI BLAST (accesat în
august 2023), s-a efectuat o căutare blastn pe tot genomul contigs (WGS) și colecția de
nucleotide (nt) a bazelor de date de insecte, folosind secvențele consens ale celor 11 ADN-sat.
Pentru mai multe potriviri aparținând aceleiași specii, a fost prezentat cel mai bun în ceea ce
 
privește acoperirea interogării și scorul de identitate. Timpul de separare al comenzilor de
insecte a fost generat ca „Arborele timpului” în baza de date Arborele vieții TimeTree [42] (
http://www.timetree.org/ (http://www.timetree.org/) accesat la 1 februarie 2023).
2.6. CRISPR
2.6.1. Proiectarea genei țintă CRISPR
Un total de 120 bp din primul și al doilea exon al genei Tm vermilion au fost alese ca site-
țintă CRISPR, în care trei Site-urile de direcționare CRISPR au fost folosite pentru a proiecta trei
sgRNA-uri diferite pentru experimente knock-out (GGP sgRNA Designer, Broad Institute) (Tabel
S2). Secvențele sgRNA țintă au fost de la Synthego (Redwood City, CA, SUA). Pentru a verifica
secvența knock-out în T. molitor, gDNA a fost extras folosind un kit de miniprep Quick-DNA
pentru insecte (ZymoResearch). PCR folosind un primer direct „5′-CGTAAACACTCGACTTCC-
3′” și primer invers „5′-ATCAACACGACACGATTCAG-3′” a fost utilizat pentru a amplifica
secvența țintă din gDNA. Produsul PCR a fost izolat și eluat pe un gel de agaroză 1%, iar un
primer de secvențiere „5′-TACGTCAGCTTGATTAAGTC-3′” a fost folosit pentru a verifica knock-
out (Oklahoma Medical Research Foundation DNA Sequencing Facility, Oklahoma City, OK,
SUA). ).
2.6.2. Plasmid DNA Construct Design
Proteina fluorescentă verde îmbunătățită cu gena marker (EGPF) condusă de promotorul
genei Tm actină musculară a fost utilizată ca construcție knock-in prin CRISPR/Cas9. Gena
actinei musculare din T. castaneum a fost folosit într-o căutare BLAST reciprocă pentru a
identifica T. molitor ortolog din datele transcriptomului, iar secvența ARNm din acea căutare a
fost utilizată pentru a identifica gena actinTm muscular în ansamblul genomului. Pentru a
identifica promotorul pentru gena actinei musculare Tm, o secvență de ADN în amonte la 1 kb
Inapoi susTop
de codonul de pornire a
https://www.mdpi.com/2073-4425/14/12/2209
fost transmisă la Neural Network Promoter Prediction (Berkeley
11/49
de codonul de pornireGenele
12/27/23, 9:23 PM
a fost transmisă la Neural Network Promoter Prediction (Berkeley
| Text complet gratuit | Genomul viermelui galben de făină, Tenebrio molitor: este mai mare decât crezi
prima pagina
Drosophila (/) Genome). Proiect, https://fruitfly.org/seq_tools/promoter.html
(https://fruitfly.org/seq_tools/promoter.html)). Secvența de promotor prezisă de 732 bp și 5′
UTR pentru Actina musculară Tm au fost plasate în amonte de secvența de codificare EGFP ca
genă marker și o secvență de poliadenilare sv40. Siturile CRISPR knock-in au constat din 121
searchmenu
bp de ADNg de fiecare parte a genei marker pentru constructul final de ADN knock-in, Tm-actin-
EGFP-KI. Construcția a fost sintetizată folosind GeneScript (Piscataway, NJ, SUA) într-o
plasmidă vector pUC57 ca produs final.
2.6.3. Microinjecție
T. T. Procesul de microinjecție molitor a fost similar cu cel utilizat într-un studiu anterior [43].
Componentele soluțiilor de microinjecție knock-in au fost: 100 ng/mL de construct ADN Tm-
actin-EGFP-KI, 6 pmol/mL de sgRNA sau 18 pmol/mL total de toate cele trei sgARN împreună, 1

µg/mL de TrueCut Cas9 proteina V2 (ThermoFisher, Waltham, MA, SUA) și 20% tampon roșu 
fenol (Sigma Aldrich, St. Louis, MO, SUA). Soluția a fost amestecată și incubată la temperatura
camerei timp de 5-10 minute pentru legarea Cas9-sgRNA și a fost păstrată pe gheață în timpul
microinjecției. Au fost injectate fie trei sgARN combinate, fie un singur sgARN (#1, #2 sau #3)
(Tabelul S2). În plus, două seturi de microinjecții fie cu 100 ng/mL de construct ADN Tm-actin-
EGFP-KI, fie 100 ng/mL de construct ADN Tm-actin-EGFP-KI cu 1 µg/mL de proteină TrueCut
Cas9 V2 (ambele seturi fără sgRNA) au fost injectate ca martori negativi.
2.6.4. Screening pentru CRISPR Knock-Out/in și Colonii stabilite
Pentru a verifica fie pentru fenotipuri de expresie ochi albi (Tm vermilion knock-out) sau
EGFP (EGFP knock-in), G proaspăt hașurat 0 T. larvele molitor au fost observate la un
microscop de disecție cu lumină albă LED standard pentru a căuta perturbarea culorii ochilor
sau la un microscop de disecție fluorescent (Leica M125, Leica Microsystems Inc., Deerfield, IL,
SUA) cu o lumină fluorescentă albastră și un filtru GFP pentru a identifica fenotipurile de
expresie a EGFP. Larvele G0 cu un fenotip pozitiv al culorii ochilor, dar fără detectarea EGFP, au
fost crescute la pupe ca larve „knock-out” într-o delicatesă de 16 oz recipient (S-24414, Uline,
Pleasant Prairie, WI, SUA) cu tărâțe de grâu și un capac ventilat. Larvele G0 cu fenotipul EGFP-
pozitiv au fost crescute în pupe în recipiente separate ca larve „knock-in”. Nu au fost reținute
larvele G0 cu fenotipul ochiului de tip sălbatic și fără expresie EGFP. Pe măsură ce larvele
„knock-out” au devenit pupe, acestea au fost separate după sex în două containere noi pentru
pupe pentru ecloziune. Auto-încrucișările „knock-out” pentru adulți (doi masculi și patru până la
șase femele din același grup de injectare) au fost transferate într-un recipient de delicatese de
16 oz umplut cu făină cernută, acoperit cu hârtie absorbantă pentru a păstra un capac mic de
vase Petri (35 × 10 mm, VWR, PA, SUA) cu cristale de apă și acoperit cu un capac ventilat. S-a
folosit o sită (nr. 25 ochiuri) pentru a cerne făina și a colecta ouăle săptămânal. Ouăle din
Inapoi susTop
încrucișări din fiecare grup de tratament au fost transferate în plăci Petri separate, iar larvele
ș
nou apărute au fost testate atât pentru fenotipurile knock-in cât și knock-out. Pupele de tip
prima pagina
knock-in au fost separate în funcție de sex în recipiente pentru pupe masculine/female până la
adulți. Grupuri mici încrucișate au fost create folosind G0s EGFP-pozitiv cu un G0 încrucișează
cu 2–3 gândaci de tip sălbatic, etichetați încrucișări „knock-in”. Ouăle din grupurile încrucișate
searchmenu
au fost colectate așa cum este descris mai sus. G1 generații au fost verificate și toate
fenotipurile de culoare albă a ochilor au fost selectate ca G1s auto-încrucișări).1-urile fără ochi
albi sau expresie EGFP din încrucișările knock-in, a fost testată o auto-încrucișare suplimentară
pentru a recupera ochiul alb sau fenotipul EGFP (denumit G1 knock-in. Pentru toate G1s și
EGFP pozitive au fost selectate ca G
3. Rezultate
 În următoarele secțiuni, oferim valori pentru ansamblul nostru de genom al T. molitor, 
comparați acele metrici cu cele ale altor ansambluri citite lung, descrieți pe scurt transcrierile din
diferite T. molitoretape de viață, caracterizează și analizează în continuare satelitomul din T.
molitorși descrie un sistem de plasmidii atât pentru introducerea, cât și pentru eliminarea
simultană a genelor.
3.1. Rezultate
3.1.1. Ansamblul genomului T. molitor
Am asamblat secvențele genomului din date de citire scurtă și lungă, precum și din date pe
distanță lungă, după cum urmează. Un script CANU modificat a fost folosit pentru a asambla
citirile lungi PacBio într-un ansamblu schiță. Metricale ansamblului proiect au fost 417.676.750
baze lungime totală, 7484 contigs, N50 din 103.701 baze; scorul BUSCO a fost de 96,1% C,
82,7 unic, 13,4 duplicat, 1,2 fragment, 2,7 lipsă (Tabelul 1).
Tabelul 1. Metrici pentru asamblarea T. genomul molitor. Ansamblul de proiect de la

CANU a fost folosit pentru a schela parțial cu Chicago/HiRise. Ieșirea de la
Chicago/HiRise a fost folosită ca referință pentru un ansamblu ghidat de citiri MiSeq în
SeqManNGen. Acest ansamblu hibrid a fost montat cu Hi-C în HiRise pentru un asamblare
final.
Ansamblul proiectat a fost introdus în schelele Chicago/HiRise, ceea Inapoi

ce asusTop
redus
semnificativ numărul de contigs la 2364 și a crescut N50 la 2,01 Mb, precum și dimensiunea
ansamblului la 423.052.750 de baze. În acest moment, am folosit schela Chicago/HiRise într-un
ansamblu ghidat de referință cu citiri scurte (vezi mai sus) pentru a încerca să îmbunătățim atât
contiguitatea, cât și acuratețea apelului de bază, rezultând un ansamblu hibrid cu o reducere a
searchmenu
contig-urilor la 1293 și total de 400.747.566 de baze și o ușoară îmbunătățire a N50 la 2,12 Mb.
Ansamblul hibrid a fost apoi folosit ca intrare pentru schele cu date Hi-C în HiRise, reducând
numărul de schele și mai mult la 1031 și baze totale de 400.765.366, dar o îmbunătățire
marcată a N50 până la 26,2 Mb. Scorurile BUSCO au crescut, de asemenea, treptat până la un
scor final de 98,3% în asamblarea finală (C: 98,3% [S: 83,2%, D: 15,1%], F: 0,5%, M: 1,2%, n:
1367). În timp ce scorurile au indicat că cele mai multe gene de referință au fost găsite în
ansamblu, au existat și 15,1% dublări, probabil din cauza dificultății de a elimina dublările din
ansamblul schiță.
 
Histograma Hi-C a indicat că existau 14 schele mari care aproximează cromozomii (Figura
1). Schelele au variat de la 11,4 la 44,9 Mb și au corespuns grupurilor de legătură (cromozomi)
din T. castaneum printr-o diagramă de sintonia a genelor BUSCO din cele două genomi (Figura
S1). Au fost găsite 1454/1575 de gene BUSCO în schelele mai mari (>10 Mb) ale T. molitor
ansamblu de genom, în timp ce analiza BUSCO într-un alt ansamblu de genom (Tmo_v3) [23] a
identificat 1191/1575 de gene în schelele lor mai mari. Vizualizarea genelor BUSCO care se
mapează la LG-ul Tcas5.2 și fie ansamblul nostru (Tmo), fie GCA_907166875.3 (Tmo_v3) au
identificat gene BUSCO fragmentate și lipsă (Figura S1). Patru schele din ansamblul nostru
(Tmo) au fost fragmentate: schelele 907 și 11 au corespuns grupurilor de legătură Tcas5.2
(TcasLG) 3; 7 și 908 corespundeau cu LG6; 393 și 4 corespundeau LG9; iar 224 și 14
corespundeau LG10. Tmo_v3 schele 1 corespundea cu Tcas5.2 LGX și era mai mare decât
schelele noastre corespunzătoare 2. Cu toate acestea, schelele Tmo_v3 rămase au fost mai
mici decât schelele noastre Tmo și nu s-au găsit gene BUSCO de la Tcas LG6 sau 10 în
schelele mai mari ale Tmo_v3.
Inapoi susTop
Figura 1. Histograma densității legăturii (stânga) și tabelul de schele de la T. molitor

ansamblu (dreapta). În dreapta, comparație a ansamblului nostru (acest studiu, Tmo), T.
castaneum Tcas5.2 (TcasLG) și un T anterior. molitor asamblare [23] (Tmo_v3).
searchmenu
Corespondența schelelor cu LG-ul Tcas5.2 a fost realizată prin analiza sinteniei
GCA_907166875.3 și T. castaneum 5.2, precum și ansamblul nostru (Tmo) vs. Tcas5.2,
vizualizat din rezultatele analizelor BUSCO din fiecare ansamblu de genom (Figura S1 ).
Predicția genei Augustus a găsit 39.608 de gene între 944 de schele din ansamblul nostru
de genom (Fișier S1). Cu toate acestea, 81,2% dintre gene au fost găsite în cele 14 schele mai
mari (>10 Mb). Proteinele prezise au fost supuse blastp împotriva T. castaneum bază de date
pentru analiza în aval. Adnotarea genelor prezise a indicat că aproximativ 47% dintre adnotări
 
fie nu aveau adnotări, fie erau ipotetice/nenumite/necaracterizate.
Dimensiunea genomului pentru T. molitor a fost estimat folosind citometria în flux. Femei T.
molitor au fost estimate a avea un genom de 791,6 ± 9,3 Mb (n = 4), în timp ce la bărbați a fost
de 756,8 ± 9,6 Mb (n = 2). Aceste valori sunt considerabil mai mari decât raportate anterior în
alte T. molitoransambluri de genom [23,24,25], inclusiv a noastră.
3.1.2. Comparația T. molitor Ansambluri de genom
Am comparat ansamblul nostru de genom al T. molitor celor care au folosit și secvențierea
de citire lungă (Tabelul 2). Ansamblul nostru de genom (Tmo) a fost de aproximativ 53% din
dimensiunea genomului care a fost prezisă de analiza noastră prin citometrie în flux, comparativ
cu 33-38% în celelalte două ansambluri (GCA_907166875.3; GCA_027725215.1). Am extras
gDNA pentru o singură pupă masculină, la fel ca GCA_907166875.3, în timp ce
GCA_027725215.1 a extras gADN din cap și picioare. Am fost singurul ansamblu cu citire lungă
care folosea PacBio (RSII P6), în timp ce celelalte două s-au bazat pe tehnologia Oxford
Nanopore. Toate cele trei ansambluri au încorporat citiri scurte Illumina în ansambluri. Numărul
prezis de gene a fost mai mare în ansamblul nostru Tmo (35.281) decât în celelalte ansambluri
(19.830 și 21.418), probabil din cauza dublării în schelele noastre din cauza dificultăților de
purjare a haplotigilor. Numărul total de schele din ansamblul nostru Tmo (1031) a fost
intermediar între GCA_907166875.3 (111) și GCA_027725215.1 (1986), dar schela N50 pentru
ansamblul nostru (26,2 Mb) a fost mai lung decât celelalte ansambluri (20,8 și 21,9), iar schela
L50 a fost 7 față de 6 pentru celelalte adunări. Am folosit atât schele Chicago, cât și Hi-C, în timp
ce GCA_907166875.3 a folosit doar Hi-C (ambele de Dovetail/Cantata) și nu am găsit dovezi ale
schelei cu GCA_027725215.1.
Tabelul 2. Comparația T. molitor ansambluri de genom care utilizează tehnologia de

Inapoi susTop
citire lungă. Valorile de ansamblu includ ale noastre (acest studiu, Tmo),
12/27/23, 9:23 PM g ( ,
Genele | Text complet gratuit | Genomul viermelui galben de făină, Tenebrio molitor: este mai mare decât crezi ),
prima pagina
GCA_907166875.3
(/) [23] și GCA_027725215.1 [24].
searchmenu
3.2. Sateliți în T. molitor
Pentru a obține o prezentare generală a inventarului complet de ADN-sat din genomul T.
molitor, au fost efectuate mai multe runde de grupare TAREAN pe trei seturi subeșantionate de
citiri scurte. Rezultatele combinate ale celor trei analize au dus la 11 ADN sat care au constituit
satelitul acestei specii și a ocupat 28% din genom (Tabelul 3). SatDNA-urile detectate au
prezentat o gamă de lungimi de monomeri, de la 93 (TmSat11) la 735 bp (TmSat8). TmSat1 a
 
fost cel mai abundent, constituind 26,5% din T. genomul molitor și corespundea repetării deja
descrise de 142 bp despre care se știe că reprezintă o parte semnificativă a genomului viermilor
galbeni de făină [44]. Ocuparea genomului a 10 noi ADN-sat care cuprind satelitul a fost relativ
scăzută, variind de la 0,45% (TmSat2) la 0,01% din genom (TmSat11).
Tabelul 3. T. molitor satelitomul. Caracteristicile primare ale celor 11 satADN care

constituie satelitul T. molitor.
Distribuția celor 11 ADN-sat a fost inspectată folosind o analiză in silico pe T. molitor schele
prin adnotarea secvențelor de consens ale fiecărui ADN-sat pe noul ansamblu de genom.
Numărul de monomeri detectați, numărul de schele ocupate, identitatea monomerului și
ocuparea ansamblului pentru fiecare ADN satelit este prezentat în Tabelul 3. SatDNA major al
acestei specii, TmSat1, ocupă cel mai mare număr de schele; cu toate acestea, unul iese în
evidență (TmoDt5_rgH0X_scaff_79) ca fiind plin de această secvență. De fapt, acest fenomen
poate fi de fapt vizualizat în histograma densității legăturii în liniile orizontale și verticale de lângă
375 Mbp (Figura 1). Monomerii tuturor ADN-ului sat din această specie prezintă o conservare
notabilă a secvenței, cu identitate medie de monomer de la 83,8 (pentru TmSat9) la 98,6%
(pentru TmSat3). Unsprezece ADN satelit ocupă 0,79% din ansamblu, cu 0,41% aparținând
TmSat1.
Secvențele de ADN sat au fost supuse analizelor BLAST într-o căutare a similitudinii
Inapoi susTopcu
secvențele disponibile public depozitate în bazele de date NCBI GenBank Căutarea a evidențiat
secvențele disponibile public depozitate în bazele de date NCBI GenBank. Căutarea a evidențiat

similitudini în 9 din 11 ADN-sat inspectate (cu excepția TmSat9 și TmSat11) care au fost găsite
în alte genomi de insecte (Tabelul S3). Puține specii prezintă similitudini care să cuprindă
aproape 100% din lungimea monomerului, păstrând în același timp o identitate de secvență
searchmenu
ridicată (TmSat1 în Solenopsis invicta, Periplaneta americana, Zophobas morio și Tenebrio
obscurus< a i=10>, iar TmSat7 în Dinoponera quadriceps). Numai T. obscurus și Z. morio
aparțin aceluiași ordin ca și T. molitor (Coleoptera), în timp ce alte trei specii aparțin ordinelor
Blattoidea (P. americana) și Hymenoptera ( a> aparțin ordinelor Coleoptera (17), Lepidoptera
(13), Hymenoptera (4), Diptera (6), Hemiptera (2) și Blattodea (1) (T. molitora), indicând
existența potențială. a unei cutii conservate în secvența de ADN sat. Specii de insecte care
prezintă similitudini cu secvențele de ADN sat ale Figura 2). Cu toate acestea, chiar și întinderi
scurte de similaritate de la specii diferite sunt situate frecvent în același segment al secvenței
 
monomerului (exemplificat în Tabel S3). La alte specii s-a constatat asemănare cu segmentele
de monomeri, cu dimensiuni variabile (D. cvadriceps și S. invicta). Timetree a indicat timpul de
separare a ordinelor de insecte (Figura 2b), în care Coleoptera și Blattoidea s-au separat ~380
MYA, iar Coleoptera și Hymenoptera ~340 MYA. Prezența TmSat1 la speciile din ordinele
Coleoptera și Blattoidea indică faptul că Sat1 este derivat din strămoșul comun, cu vârsta
minimă estimată a acestei secvențe de ADN sat la 380 MY, iar o vârstă minimă a TmSat7 fiind
de aproximativ 340 MY. Două ADN-sat, TmSat9 și TmSat11, nu au fost detectate la niciuna
dintre speciile de insecte inspectate (cu date genomice disponibile în prezent), ceea ce
sugerează că aceste secvențe de ADN-sat au apărut în genomul lui T. molitor mai târziu în
istoria evolutivă.
Inapoi susTop
prima pagina(/) Descărcați PDF (/2073-4425/14/12/2209/pdf?version=1702520889)
searchmenu
 
Figura 2. TmSat8 găsit în ordinele de insecte. (a) Locația hit-urilor de similaritate

aparținând Zophobas atratus, Tribolium madens , T. freemani și Latheticus oryzae cu
privire la secvența de interogare TmSat8. (b) Arborele de timp care prezintă timpul de
separare a ordinelor de insecte. T. Ordinul molitor (Coleoptera) este marcat cu galben,
ordinele speciilor care prezintă asemănări care cuprind aproape 100% din lungimea
monomerului ADN-sat, păstrând în același timp identitatea de secvență ridicată, sunt
subliniate cu roșu, iar ordinele speciilor cu asemănări restricționate la satDNA segmentele
de monomer sunt subliniate cu albastru. Liniile gri întrerupte indică timpii de separare
Coleoptera-Blattoidea și Coleoptera-Hymenoptera, indicând vârsta minimă a TmSat1 (380
MYA) și TmSat7 (340 MYA).
3.3. Transcrieri din T. molitor Stadii de viață

Transcrierile au fost secvențiate din 12 etape de viață/sexe diferite ale T. molitor. Aceste
transcrieri au fost folosite pentru predicția genelor din ansamblul genomului și adnotarea acestor
gene. Am examinat pe scurt îmbogățirea termenilor GO în gene exprimate diferențiat
semnificativ și cele care au fost cel mai puternic exprimate în rândul eșantioanelor. Inapoi susTop

Au existat 3078 de gene care au fost exprimate diferențiat între toate etapele vieții (p <
0,05). Termenul GO cel mai puternic îmbogățit din acel grup a fost familia 18 de glicozil
hidrolaze, în timp ce termenul cu cel mai scăzut FDR și cel mai mare număr de gene a fost
searchmenu
hidrolaza (Figura S2). Acești termeni reflectă probabil schimbările mari ale genelor asociate cu
hrănirea și metabolismul care apar în diferite etape ale vieții sau între bărbați și femei. Alți
termeni au inclus citocromul P450, în special cei din clasa E, grupa I, inclusiv CYP1 și CYP2
care detoxifică în principal și CYP17 și CYP21 care metabolizează compușii endogeni.
Numărul de gene exprimat > 1000 RPKM în fiecare etapă de viață/sex a fost similar
(Tabelul S4). În cinci dintre cele 12 stadii de viață/sexe, gena cea mai mare exprimată a fost
g38548.t1, care codifică o peptidă ipotetică estimată de 67 aa, care este foarte conservată la
alte insecte, dar și la alte organisme, inclusiv bacterii și ciuperci. Folosind o îmbogățire a
 
termenilor de ontologie genetică (GO) în genele cele mai puternic exprimate, am constatat că
termenul „proteină element virală sau transpozabilă” a fost împărțit între fiecare probă (Figura 3
). Stadiile de adult târziu masculin și feminin au conținut mai multe gene cu adnotări definite
decât alte stadii. Stadiile incipiente ale T. molitor se concentrează pe creștere și dezvoltare (și
pe termeni GO îmbogățiți, inclusiv oxidoreductaze, subunități ribozomale și dezvoltare
citoscheletică). La adulți, pe lângă termenii GO asociați cu dezvoltarea și reproducerea
continuă, am găsit și mai multe gene care codifică enzime dietetice, cum ar fi amilaza sau
cisteina peptidazelor.
Figura 3. Îmbogățirea termenilor GO în transcrierile din T. molitorstadii de viață sau

sexe. Termenii GO îmbogățiți în transcrierile de la ouă la adulți și pupe și adulți
masculin/femei au fost asociați cu procesele de viață în fiecare etapă .
3.4. Inginerie genetică Inapoi susTop


Pentru a perturba expresia genei vermilion în T. molitor, 2759 de ouă au fost microinjectate
cu patru sgRNA diferite (#1, 2, 3 sau 1–3) și 1272 de larve (36% până la 57%) au fost eclozate
cu succes, cu o ecloziune medie. rata de 46% (Tabelul S5). Eficiența CRISPR a fost evaluată în
searchmenu
microinjecții cu injecții individuale de sgRNA #1, 2 sau 3 sau o combinație de #1/2/3 (Tabel S2) .
Knock-out-urile complete au fost ușor identificate la larve; cu toate acestea, fenotipurile knock-
out parțiale sau mozaic au fost dificil de distins, deoarece petele oculare din T. larvele molitor
sunt foarte mici. Astfel, nu am urmărit ratele knock-out din G0. Cu toate acestea, toate injecțiile
de sgRNA au dus la unele larve cu fenotipuri knock-out complete (adică, pierderea culorii
ochilor), iar acei indivizi au fost utilizați pentru auto-încrucișările knock-out. Culoarea ochilor nu a
fost perturbată în tratamentele cu control negativ.
 Rata de exprimare tranzitorie G0 EGFP a fost foarte scăzută atunci când se foloseau trei

ARNsg (13%), comparativ cu doar unul (50-69% ) (Tabelul S5). Cu toate acestea, expresia
tranzitorie a EGFP în G0 a fost observată încă de la ouă de 3-4 zile în structurile clasice ale
fibrelor musculare striate fluorescente în verde sub lumină albastră (Figura 4). Localizarea și
nivelurile de expresie au variat între diferiți indivizi din toate grupurile de injecție (Figura 4B–D).
Expresia tranzitorie a EGFP a fost detectată în toate tratamentele, inclusiv în cele fără ARNsg,
iar fenotipul a fost același cu expresia EGFP în țesutul muscular.
Figura 4. Expresia tranzitorie EGFP în T. molitordupă microinjecție. (A) Embrion

dezvoltat, ( larvă cu expresie tranzitorie EGFP scăzută (săgeată albă), (< /span> larvă cu
40% din mușchi cu EGFP tranzitorie expresie. 0) GD larvă cu 10% din mușchi cu expresie
tranzitorie EGFP, (0) GC0) GB
Toate injecțiile cu ARNsg au furnizat G1/2 indivizi cu fenotipul knock-out (Tabel S6).
Fenotipul knock-out de succes a fost o reducere a pigmentării ochilor negri la o culoare maro
deschis la pupe și adulți și o pierdere completă a pigmentării larvelor tinere (Figura 5). Rata de
knock-out a fost de la 30% la 47% cu injectarea de sgRNA individual, iar sgRNA #1 a avut cel
mai mare număr de knock-out comparativ cu alte sgARN injectate individual. Cu toate acestea,
Inapoi susTop
cea mai mare rată de knock-out, 54%, a fost din toate cele trei ARNs injectate împreună.
12/27/23, 9:23 PM j p
Genele | Text complet gratuit | Genomul viermelui galben de făină, Tenebrio molitor: este mai mare decât crezi
searchmenu
 Figura 5. Tm vermilion fenotip knock-out în diferite stadii de viață. Fenotip knock-out 

este notat cu săgețile albe. (A): Larva, (B): pupă târzie, ( C): Adult.
Au existat un out-cross și două grupuri de auto-încrucișări în urma examinării lui G0 și G1

insecte. Mai întâi am încrucișat G0 indivizii GFP-pozitivi cu insecte de tip sălbatic. Auto-
încrucișările au fost configurate ca indivizi G0 injectați cu sgRNA cu un fenotip modificat și un alt
grup din G1 insecte lipsite de expresie EGFP, dar cu posibile eliminări de Tm vermilion.
Descendenții pentru potențialul G1 încrucișarea knock-out de culoarea ochilor au fost din nou
încrucișați și culoarea ochilor a fost din nou evaluată în G2. Toate G0 injectate cu ARNsg au dus
la unii indivizi cu un G1 fenotip knock-out (Tabelul S6). Auto-încrucișările cu knock-out au avut
rate mult mai mici de auto-încrucișări (4 din 25 de încrucișări, 16%) comparativ cu auto-
încrucișările G1 (22 din 36 de încrucișări, 61%). În două grupuri de sgRNA, nu am fost capabili
să detectăm niciun indivizi G1 knock-out în auto-încrucișări, dar toate grupurile de injecție cu
sgRNA au avut G. 1 auto-încrucișări cu indivizi knock-out.
Secvențierea genei țintă Tm vermilion din grupurile de injecție sgRNA #1 și #2 a fost
utilizată pentru a evalua efectele CRISPR. Rezultatul secvențierii a indicat indels în jurul zonei
de țintire a sgRNA (Figura 6).
Inapoi susTop
Figura 6. Rezultatul secvențierii Tm vermilion knock-out în G< a i=4>1 indivizi. Au

fost detectate diferite deleții în secvențele țintă sgRNA apropiate de PAM în diferite
evenimente knock-out. Secvențele de culoare roz sunt secvențele țintă sgRNA.
searchmenu
Secvențele de culoare albastră sunt PAM. Cratimele de culoare roșie sunt ștergerile
secvenței. V1: G1 indivizi din grupurile de injectare sgRNA#1. V2: G1 indivizi din grupurile
de injectare sgRNA#2.
Knock-in-ul EGFP nu a fost detectat la G1 indivizi din combinația #1/2/3 sgRNAs injectată.
Cu toate acestea, indivizii EGFP-pozitivi au fost observați la indivizi G1 din fiecare dintre injecțiile
unice de sgRNA. sgRNA #2 a avut cea mai mare rată de atragere, 30%, iar cea mai scăzută a
fost în grupul sgRNA #1, 10% (Tabel S7), cu fenotipul expresiei EGFP musculare observat în
 
diferite stadii de viață (Figura 7). Spre deosebire de combinația #1/2/3 rata de inactivare a
EGFP, rata de inactivare pentru injecția triplă sgRNA a fost cea mai mare (53%) (Tabelul S6< a
i=10>). Rata de knock-out pentru injecțiile individuale de sgRNA a variat de la 30% la 47%,
cu cea mai mare rată de knock-out cu sgRNA #1 (47%), iar sgRNA #2 a avut cea mai mică
rată de knock-out (30%) dintre tratamente.
lens
Abstract
lens
Introducere
lens
Materiale și metode
lens
Rezultate
lens Figura 7. Fenotipul knock-in EGFP în T. molitor. (A): Proiectare de construcție de tip
Discuţie
lens Knock-in. (B): ouă EGFP-pozitive și de tip sălbatic sub lumină albă. (C): ouă EGFP-
Concluzii
lens pozitive și de tip sălbatic sub screening fluorescent. (D): larve de tip sălbatic (stânga) și
Materiale suplimentare
lens EGFP-pozitive (dreapta) sub lumină albă. (E): larve de tip sălbatic (stânga) și EGFP-
Contribuții ale autorului
lens pozitive (dreapta) sub screening fluorescent. (F): pupe de tip sălbatic (stânga) și EGFP-
Finanțarea
lens pozitive (dreapta) sub lumină albă. (G): pupe de tip sălbatic (stânga) și EGFP-pozitive
Declarația Comisiei de revizuire
(dreapta) sub screening fluorescent. (H): adulți de tip sălbatic (stânga) și EGFP-pozitiv
instituțională
lens (dreapta)desub
Declarație lumină albă. (I): adulți de tip sălbatic (stânga) și EGFP-pozitiv (dreapta) sub
consimțământ
screening fluorescent.
informat Inapoi susTop
lens prima pagina

4. Declarație
(/)
Discutie de disponibilitate a
lens
datelor
Pe măsură ce lumea se străduiește să găsească surse alternative de proteine pentru
Mulțumiri
searchmenu
alimente și furaje, insectele au fost identificate ca o alternativă durabilă pentru a furniza proteine
lens
Conflicte de interes
de
lens
înaltă calitate, reducând în același timp impactul asupra mediului al agriculturii și al producției
Referințe
de alimente [< a i=1>1,45]. Totuși, la fel ca și cercetarea agricolă din trecut, creșterea insectelor
va fi mai eficientă și productivă, cu atribute de calitate sporite, prin ansambluri exacte și
complete ale genomului. Din aceste motive, am obținut un ansamblu de genom de referință, un
(https://w
transcriptom în etapă/sexat și instrumente de inginerie genetică conduse de CRISPR pentru T.
domain=www.md
molitor, una dintre cele mai intens cultivate insecte din lume. Altmetric
acț
Strategia noastră a fost să extragem ADNg de la un singur mascul T. molitor pupa pentru

datele 
de secvențiere cu citire lungă și utilizați date de citire lungă, citire scurtă și pe distanță
Acțiune
lungă pentru asamblarea de cea mai bună calitate. Așteptările că citirile lungi generate de ADN-
ul genomic extras de la o singură insectă ar fi mai ușor de asamblat au fost în curând eliminate,
deoarece complicațiile ADN-ului sat abundent au devenit evidente. Cu toate acestea, am ajustat
parametrii de ansamblu pentru a obține un proiect rezonabil de ansamblu pentru a începe
Ajutor
anu
schela. La acea vreme, eram îngrijorați de acuratețea datelor de citire lungă din secvențierea
PacBio RSII și, astfel, am încorporat date de citire scurtă într-un ansamblu ghidat de referință
Cita
format_quote
înt
pentru a obține o precizie mai mare a apelurilor de bază într-un ansamblu hibrid. În prezent,
această abordare nu este recomandată, deoarece acuratețea datelor de citire lungă s-a
Discutați în
îmbunătățit mult cu secvențierea PacBio HiFi. T. ansamblul molitor reprezintă aproximativ 53%
SciProfiles
din dimensiunea estimată a genomului de 756,8 ± 9,6 Mb măsurată prin citometrie în flux. Este
(https://s
probabil ca tehnologiile care oferă citiri ultra-lungi și/sau precizie ridicată vor fi necesare groups/p
pentru a
depăși dificultatea ADN-ului sat omogen în cromozomi. utm_sou
deg
Folosind valorile ansamblului, am comparat ansamblul nostru cu ansamblurile anterioare cu
citire lungă. Ansamblul nostru a conținut mult mai multe gene decât două ansambluri anterioare
Susține
și, combinat cu analiza BUSCO care a găsit o duplicare de 15% a genelor de referință, este
probabil ca ansamblul nostru să conțină date de secvențe duplicate. Am comparat cele 39.608
de gene din T. molitor la 16.516 gene identificate în T. castaneumși știm că numărul de gene de
cometariu
cisteină peptidază prezis în acest ansamblu (75) este considerabil mai mare decât cele 29 care
tex
au fost prezise anterior [46< /span>]. Deși secvențierea noastră cu citire lungă a fost de la
PacBioRSII, fie cantitatea de acoperire, fie metoda de asamblare ar fi putut contribui la un
ansamblu de schiță mai complet, deoarece experiența noastră în secvențierea genomului de
insecte ne-a învățat că a avea un ansamblu de schiță de citire lungă este esențială pentru
schele din aval.23 genomul a constatat că cele mai mari schele ale noastre aveau patru seturi
de schele fragmentate. Cu toate acestea, aceste paisprezece schele au conținut 92,3% din setul
Inapoi susTop
total de gene de referință BUSCO. Un ansamblu anterior avea schele mai mici (cu excepția
total
12/27/23,de
9:23gene
PM de referință
GeneleBUSCO. Un |ansamblu
| Text complet gratuit anterior
Genomul viermelui avea
galben de făină, schele
Tenebrio maimaimici
molitor: este (cucrezi
mare decât excepția

unuia care corespundea lui Tcas LGX), iar genele BUSCO găsite în Tcas5.2 LG6 și LG10 nu au
fost identificate în cele mai mari schele [T. castaneum]. În plus, analiza sintonia cu
O analiză scurtă a găsit un T. molitorsatelit conținând 11 ADN sat cu conservare
searchmenu
remarcabilă a secvenței (83,8 la 98,6%) ocupând 28% din genom. Aceste ADN-sat au fost
mapate pe schelele ansamblului genomului și au fost găsite, de asemenea, în alte genomi de
insecte. Regiunile genomice repetitive, în special cele care sunt foarte asemănătoare și
răspândite în întregul genom, cauzează probleme tehnice semnificative în secvențierea și
asamblarea ADN-ului și sunt în mare parte omise sau subreprezentate în ansamblurile
genomului. Din acest motiv, ansamblurile genomului existente trebuie frecvent reevaluate și
actualizate. Deoarece caracterizarea, clasificarea și adnotarea cuprinzătoare și precise a
secvențelor repetitive reprezintă o contribuție importantă la înțelegerea arhitecturii genomice,
 
multe instrumente bioinformatice, baze de date și conducte au fost generate pentru a satisface
aceste cerințe (revizuite în [47]). În special, strategiile care combină secvențe de ADN cu citire
scurtă neasamblate (cu acoperire scăzută) și instrumente bioinformatice specializate prezintă un
concept complet nou de detecție la scară largă și analize de mare debit, permițând identificarea
unui inventar complet de ADN-sat din genom (adică, satelitul), fără a fi nevoie de un ansamblu
de genom [41,4849]. Astfel de abordări sunt deosebit de utile, deoarece pot oferi informații
valoroase cu privire la datele neasamblate și lacunele din ansamblurile existente.
Un aspect impresionant al genomului lui T. molitor este contribuția unui ADN-sat în special.
Acest ADN sat are o lungime de repetare a monomerului de 142 bp, localizată de FISH în
heterocromatina pericentromerică a tuturor cromozomilor și s-a estimat că constituie aproximativ
50% din lungimea cromozomii metafazei [44< a i=4>,50,51] (Petitpierre și colab. 1988, Juan şi
colab. 1990, Petitpierre şi colab. 1995). Unele estimări ale ocupării genomului de către acest
ADN satelit sunt de până la 60% [52]. Localizarea primară a acestui ADN-sat în heterocromatina
pericentromerică a tuturor cromozomilor a fost confirmată prin digestia cu restricție in situ a
cromozomilor metafazici de către endonucleaze cu situsuri de recunoaștere în monomerul ADN-
sat [53], și s-a demonstrat că variantele de secvență ale acestui ADN sat sunt distribuite între
toți cromozomii [54]. Discrepanța dintre evaluările experimentale mai vechi ale conținutului de
ADN sat de 142 bp la aproximativ 50% din genom și noile metode fără asamblare utilizate în
această lucrare, care au o medie a valorii sale la 26,5%, s-ar putea datora atât impreciziei
evaluărilor mai vechi. și saturația noilor conducte cu unități repetate foarte asemănătoare
prezente în numere mari de copii. Analiza in silico ulterioară a localizat 142 bp TmSat1 pe un
număr de schele; cu toate acestea, o cantitate semnificativă este localizată în întregul schelet
TmoDt5_rgH0X_scaff_79, care este plin cu acest ADN satelit major de T. molitor. Deși această
schelă nu este inclusă în cele 14 schele mai mari la scară cromozomală, este încă o contribuție
Inapoi
semnificativă la 2.386.707 bp și probabil că nu s-ar putea integra în ansamblu dinsusTop
cauza
concentrației satelitului major. Există posibilitatea ca aceste matrice să provină de fapt din diferiți

cromozomi și părți ale genomului, dar să fi fost asamblate în mod dominant pe această schelă.
Cu toate acestea, a fost realizată o îmbunătățire semnificativă în ceea ce privește cantitatea de
142 bp TmSat1 prezentată în acest ansamblu de genom. Pentru comparație, în ansamblurile
searchmenu
anterioare la nivel de schelă ale T. molitor, RepeatMasker a detectat 406 de instanțe ale acestui
ADN satelit în 25 de schele (0,08% din ansamblu) [23] , și 334 de instanțe pe 155 de schele
(0,02% din ansamblu) [22]. În Kaur et al. [24], toate ADN-urile satelit împreună au constituit
0,15% din ansamblu, fără distincție specială a contribuției TmSat1.
În timp ce încercările anterioare de a detecta alt ADN-sat în acest organism folosind metode
clasice bazate pe restricții au eșuat, folosirea datelor de citire scurtă și a instrumentului TAREAN
a permis detectarea a 10 ADN-sat suplimentar cu copii reduse în acest organism. În timp ce
TmSat1 și TmSat7 au fost găsite la alte specii de insecte cu identitate de secvență mare, alte
 
ADN-sat au doar similaritate parțială de secvență, în cea mai mare parte limitată la un anumit
segment al secvenței monomerului. Se știe că monomerii ADN-sat conțin uneori segmente
conservate care prezintă o variabilitate redusă în raport cu restul secvenței de monomeri.
Această variabilitate redusă este propusă a fi rezultatul constrângerilor impuse acestui segment
de secvență din cauza unor roluri funcționale, cum ar fi interacțiunile ADN-proteină. Un exemplu
este proteina CENP-B, care facilitează formarea centromerului la recunoașterea și legarea cutiei
CENP-B conservate, care se află în secvența satelitului α [55]. În acest sens, este posibil ca
variante divergente ale lui T. molitorsatDNA-urile există și la alte specii, cu asemănarea păstrată
doar într-un anumit segment al monomerului satDNA, potențial implicat într-o anumită
interacțiune funcțională.
Un proiect de transcriptom cu 12 stadii de viață/sexe cu 279 de milioane de citiri a fost
utilizat pentru predicția genelor și inginerie genetică. Analiza completă a transcriptomului este în
afara domeniului acestei lucrări și va face obiectul unei viitoare publicații, dar am efectuat mai
multe analize pentru a examina diferențele în expresia genelor între diferitele etape ale vieții.
Genele care au fost cele mai diferite din punct de vedere statistic în exprimare între etapele de
viață și sexe au avut termeni GO asociați glicozil și alte hidrolaze și citocrom P450 și au fost
probabil asociate cu metabolismul divers și stresul de mediu între etapele de viață sau între
sexe. O genă foarte exprimată în multe dintre stadii, g38548.t1, a codificat o peptidă care este
conservată în multe organisme, inclusiv bacterii și ciuperci, de unde s-ar putea să-și fi provenit.
Deși aceasta este o peptidă ipotetică în multe organisme, omologii din unele au fost adnotați ca
o proteină CHK1 punct de control care este o serină/treonin kinază implicată în mitoză și
deteriorarea ADN-ului. Găsirea unui termen comun GO pentru proteinele elementului viral sau
transpozabil în toate probele sugerează că aceste transcrieri ale genelor străine ar putea fi
evoluat funcții esențiale la această insectă. O formă specială de exaptare TE, cunoscută și sub
Inapoicooptate
numele de domesticire, apare atunci când proteinele sau domeniile codificate TE devin susTop

în proteine funcționale gazdă și se știe că numeroase proteine de legare a ADN-ului și factori de
transcripție sunt derivați din transpozaze (revizuite de [< /span>]).56
Un nou sistem CRISPR Cas9 a fost dezvoltat folosind un sistem de livrare a plasmidelor
searchmenu
care conține ARN-uri ghid care vizează gena culorii ochilor vermilion de la < a i=3>T. molitor,
flancând un T. promotor de actin mușchi molitor și marker EGFP [3]. Am stabilit că utilizarea unui
construct ADN knock-in ca plasmidă circulară care conține atât ARN-uri ghid, cât și EGFP a
oferit un marker pentru CRISPR de succes. Acest argument a fost folosit pentru a proiecta
experimentul CRISPR pentru T. molitor în acest studiu și a creat cu succes atât un fenotip de
culoare a ochilor knock-out, cât și expresia markerului EGFP knock-in. Pentru screening-ul de
culoare a ochilor knock-out, a fost ușor de identificat fenotipul la o larvă nou eclozionată, dar a
fost mai dificil în etapele ulterioare, deoarece se bronzează în timpul celui de-al doilea stadiu.
 
Deși au existat dovezi de eliminare a genei Tm vermilion, a existat totuși o pigmentare treptată
care a dus la o culoare a ochilor similară tipului sălbatic. Un fenomen similar a fost observat la
vârsta adultă, deoarece a fost mult mai greu de identificat fenotipul knock-out la adulții în vârstă.
Pentru eficiența knock-out, am reușit să identificăm doar fenotipul complet al culorii ochilor
knock-out la larvele G0. Fenotipurile mozaice (knock-out parțial) au fost observate numai atunci
când au fost găsite în evenimentele knock-out somatice mai puternice. Prin urmare, am
înregistrat doar evenimentele knock-out complete în G0s, dar nu și rata de knock-out.
Fenotipul knock-in al expresiei EGFP a fost clar și ușor de verificat. Inițial, am etichetat G0-
urile EGFP-pozitive drept „knock-in somatic”. Cu toate acestea, multe larve G0 fără sgARN în
amestecul de injecție au avut și expresie EGFP. Între injecțiile cu sgRNA și non-sgRNA, G0-urile
EGFP-pozitive au avut același model de expresie ca în țesutul muscular și uneori exprimat într-o
zonă mare de corpul de asemenea. În cele din urmă, ne-am referit la toate ca expresii tranzitorii
G0s pentru o descriere mai precisă. Expresia tranzitorie se poate datora ouălor injectate în
stadiul timpuriu de dezvoltare embrionară. La indivizii G2 nu au existat urmași knock-out și
EGFP-pozitivi din tratamente non-sgRNA, ceea ce este o dovadă suplimentară că EGFP a
observat-o la insecte. injectat fără ghidaje a fost expresie tranzitorie. Cu toate acestea, din
această cauză, nu putem identifica diferențele dintre expresia tranzitorie și knock-in somatic în
G0s.
Auto-încrucișările cu knock-out nu au oferit întotdeauna G1s knock-out. De fapt, două din
trei tratamente cu ARNs unic nu au avut G1s knock-out. Cu toate acestea, rata de knock-out ar
trebui să fie mai mare decât cea raportată, deoarece acest knock-out a culorii ochilor a fost un
fenotip recesiv, iar descendenții de culoarea ochilor de tip sălbatic nu au fost menținuți, dar este
posibil să fi avut evenimente de knock-out alelelor. În plus, G2-uri knock-out au fost recuperate
din G01 auto-încrucișările cu o rată de knock-out de 61% au fost mult mai bune decât knock-out
Inapoi
G2 auto-încrucișări (16%), indicând faptul că G0s-uri care exprimă EGFP ar putea fi susTop
folosite
pentru a recupera ambele fenotipuri și timp de screening redus și încrucișări suplimentare în

viitor. Mai interesant, datele de utilizare a unui ghid față de trei, în special cu sgRNA #2 cu cea
mai mică rată de knock-out (30%), dar o rată de exprimare tranzitorie mai mare în G0 (69%) și
rata de declanșare în G1 (30%), sugerează că prea multă tăiere CRISPR este problematică sau
searchmenu
cumva diminuează efectele de succes, cum ar fi tăierea excesivă CRISPR a plasmidei de
construcție inactivă în sine, tăierea excesivă a secvenței genomului țintă sau alte probleme.
Folosind citometria în flux, am constatat că secvența genomului lui T. molitor este mai lungă
decât determinările anterioare datorită acumulării de secvențe de ADN sat foarte asemănătoare.
În timp ce majoritatea ansamblurilor conțin o mare parte de secvențe de codificare, informații
despre modul în care sateliții pot afecta funcția genelor, precum și o schelă mai completă pentru
a dezvălui regiunile de reglementare, vor fi necesare pentru a înțelege pe deplin biologia și
evoluția acestei insecte. Secvențierea unei insecte atât de importante în industria alimentară și a
 
furajelor va promova dezvoltarea viermilor de făină și a altor insecte de crescătorie pentru hrana
suplimentară în agricultură.
5. Concluzii
Este nevoie urgentă de identificare a surselor alternative de proteine pentru alimente și

furaje. Insectele răspund acestei nevoi, fiind o proteină de înaltă calitate cu producție care are
efecte minime asupra mediului. Pentru a dezvolta produse alimentare și furaje specifice pe bază
de insecte pentru aplicații, sunt necesare instrumente de secvențiere a genomului și de inginerie
genetică pentru insectele de crescătorie. Obținerea ansamblului genomului de referință complet
al unei insecte majore de crescătorie, T. molitor, este complicată de secvențe de ADN satelit în
mare parte omogene prezente în număr mare de copii. Cu toate acestea, T. ansamblul molitor
include majoritatea regiunilor de codificare și va sprijini proiecte precum genomica populației și
îmbunătățirile genetice. Demonstrarea unei noi plasmide CRISPR Cas9 pentru a elimina gena
culorii ochilor Tm vermilion și introducerea unei gene marker EGFP va permite ingineria rapidă a
viermilor de făină. și alte insecte pentru aplicații în aval.
Materiale suplimentare
Următoarele informații justificative pot fi descărcate de la: https://www.mdpi.com/article/1

0.3390/genes14122209/s1 (https://www.mdpi.com/article/10.3390/genes14122209/s1),
Tabelul S1. Metrica transcrierilor din etapele de viață/sexe ale T. molitor; Tabelul S2. Trei sgARN
selectați din gena Tm vermilion pentru utilizare în injecțiile CRISPR/Cas9; Tabelul S3.
Rezultatele căutărilor în baza de date NCBI GenBank cu 11 ADN-sat de T. molitor; Tabelul S4.
Statistici privind numărul de gene exprimate > 1000 RPKM în diferitele T. molitoretape de viață
sau sexe; Tabelul S5. T. microinjecții de embrioni molitor, rata de ecloziune și rataInapoi susTop
de expresie
tranzitorie; Tabelul S6. Rezultatele T. molitor ecran fenotip knock-out auto-traversat; Tabelul S7.
Rezultatele T. molitor G1 ecran fenotip knock-in EGFP. Figura S1. Grafice Synteny ale citirilor
mapate BUSCO ale T. castaneum(Tcas5.2) la T. molitor ansambluri Tmo_v3
(GCA_907166875.3) si Tmo (acest lucrare); Figura S2. Reprezentarea ShinyGO a termenilor
searchmenu
GO îmbogățiți în genele exprimate diferențial între toate etapele vieții (p < 0,05); Fișierul S1.
Informații despre adnotarea genelor T. molitorasamblare; Fișierul S2. Fișierul Fasta al T.
molitorsecvențe de ADN sat.
Contribuții ale autorului
B.O. și A.T.D. a contribuit în mod egal la această lucrare. Conceptualizare, B.O. și A.T.D.;
metodologie, B.O., A.T.D., F.-C.C., E.Š.-V., M.P., T.P.L.S., S.K. și J.S.J.; analiza formală, B.O.,

A.T.D., 
F.-C.C., M.L.O. și G.R.; resurse, B.O.; curatarea datelor, B.O., A.T.D. și F.-C.C.; scris—
întocmirea proiectului original, B.O., A.T.D. și F.-C.C.; scriere – recenzie și editare, toți autorii;
administrarea proiectului, B.O. și A.T.D.; achiziție de finanțare, B.O. și A.T.D. Toți autorii au citit și
au fost de acord cu versiunea publicată a manuscrisului.
Finanțarea
Acest material se bazează pe lucrări susținute de Agenția de Proiecte de Cercetare

Avansată a Apărării (DARPA) în baza Contractului nr. 140D6318C0055. Cercetarea a fost
finalizată în baza Acordului de Cooperare de Cercetare și Dezvoltare Numărul 58-3020-7-013
între ARS, ATB și NCSU.
Declarația Comisiei de revizuire instituțională
Această cercetare a fost efectuată în conformitate cu Biroul de Conformitate în Cercetare a

Universității de Stat din Kansas, numărul de înregistrare al Comitetului Instituțional de
Biosecuritate cu numărul 1191, „Genomica funcțională a insectelor de produse stocate”.
Declarație de consimțământ informat
Nu se aplică.
Declarație de disponibilitate a datelor
Toate datele au fost depuse la NCBI, inclusiv T. molitor ansamblu genomului—

JAWJDX010000000, secvențele de ADN genomic transmise la SRA—SUB13823713, iar
transcrierile din etapele de viață au fost transmise la SRA—PRJNA1012330. Inapoi susTop
prima pagina
Mulțumiri
Mulțumim lui Tom Morgan, Ken Friesen, Samantha Stoss, Alaysha Monk și Sierra Upton searchmenu
pentru contribuțiile lor tehnice excelente și lui Ben Rosen pentru ajutor în îmbunătățirile post-
asamblare. Acest ansamblu de genom este o contribuție la proiectele i5k și USDA ARS
AgPest100. Menționarea denumirilor comerciale sau a produselor comerciale în această
publicație are doar scopul de a furniza informații specifice și nu implică recomandare sau
aprobare din partea Departamentului Agriculturii din SUA. USDA este un furnizor și un angajator
de șanse egale.
Conflicte de interes
 
Autorii nu declară niciun conflict de interese.
Referințe
1. Dossey, A.T.; Morales-Ramos, J.A.; Guadalupe Rojas, M. (Eds.) Insecte as Sustainable

Food Ingredients: Production, Processing and Food Applications; Academic Press: San
Diego, CA, SUA, 2016. [Google Scholar
(https://scholar.google.com/scholar_lookup?
title=Insects+as+Sustainable+Food+Ingredients:+Production,+Processing+and+Fo
od+Applications&author=Dossey,+A.T.&author=Morales-
Ramos,+J.A.&author=Guadalupe+Rojas,+M.&publication_year=2016)] [CrossRef< a
i=6>] (https://doi.org/10.1016/B978-0-12-802856-8.00003-X)
2. Oppert, B.; Perkin, L.C.; Lorenzen, M.; Dossey, A.T. Analiza transcriptomului etapelor de
viață ale greierului de casă, Acheta domesticus, pentru îmbunătățirea producției de culturi
de insecte. Sci. Rep. 2020, 10, 3471. [< a i=8>Google Scholar] [CrossRef
(https://doi.org/10.1038/s41598-020-59087-z)]
title=Transcriptome+analysis+of+life+stages+of+the+house+cricket,+Acheta+dome
sticus,+to+improve+insect+crop+production&author=Oppert,+B.&author=Perkin,+L
.C.&author=Lorenzen,+M.&author=Dossey,+A.T.&publication_year=2020&journal=S
ci.+Rep.&volume=10&pages=3471&doi=10.1038/s41598-020-59087-z)
(https://doi.org/10.1038/s41598-020-59087-z)
Inapoi susTop
prima pagina
3.
Dossey, A.T.; Opppert, B.; Chu, F.-C.; Lorenzen, M.D.; Scheffler, B.; Simpson, S.; Koren,
S.; Johnston, J.S.; Kataoka, K.; Ide, K. Genomul și ingineria genetică a greierului de casă
(Acheta domesticus): O resursă pentru agricultură durabilă. Biomolecule 2023, 13, 589.
searchmenu
[Google Scholar (https://scholar.google.com/scholar_lookup?
title=Genome+and+genetic+engineering+of+the+house+cricket+
(Acheta+domesticus):+A+resource+for+sustainable+agriculture&author=Dossey,+
A.T.&author=Oppert,+B.&author=Chu,+F.-
C.&author=Lorenzen,+M.D.&author=Scheffler,+B.&author=Simpson,+S.&author=Ko
ren,+S.&author=Johnston,+J.S.&author=Kataoka,+K.&author=Ide,+K.&publication_
year=2023&journal=Biomolecules&volume=13&pages=589&doi=10.3390/biom13040
 589)] [CrossRef (https://doi.org/10.3390/biom13040589)] 
4. Dossey, A.T.; Tatum, J.T.; McGill, W.L. Industria alimentară modernă bazată pe insecte:
starea actuală, tehnologia de prelucrare a insectelor și recomandări în avans. În Insectele
ca ingrediente alimentare durabile: producție, procesare și aplicații alimentare; Dossey,
A.T., Morales-Ramos, J.A., Guadalupe Rojas, M., Eds.; Presa academică: San Diego,
CA, SUA, 2016; p. 113–152. [Google Scholar
(https://scholar.google.com/scholar_lookup?title=Modern+Insect-
Based+Food+Industry:+Current+Status,+Insect+Processing+Technology,+and+Rec
ommendations+Moving+Forward&author=Dossey,+A.T.&author=Tatum,+J.T.&autho
r=McGill,+W.L.&publication_year=2016&pages=113%E2%80%93152)] [CrossRef
(https://doi.org/10.1016/B978-0-12-802856-8.00005-3)]
5. Williams, J.P.; Williams, J.R.; Kirabo, A.; Chester, D.; Peterson, M. Conținutul de nutrienți
și beneficiile pentru sănătate ale insectelor. În Insectele ca ingrediente alimentare
durabile: producție, procesare și aplicații alimentare; Dossey, A.T., Morales-Ramos, J.A.,
Guadalupe Rojas, M., Eds.; Presa academică: San Diego, CA, SUA, 2016; pp. 61–84.
title=Nutrient+Content+and+Health+Benefits+of+Insects&author=Williams,+J.P.&au
thor=Williams,+J.R.&author=Kirabo,+A.&author=Chester,+D.&author=Peterson,+M.
&publication_year=2016&pages=61%E2%80%9384)] [CrossRef
(https://doi.org/10.1016/B978-0-12-802856-8.00003-X)]
Inapoi susTop
prima pagina
6.
Gahukar, R.T. Agricultura de insecte comestibile: eficiență și impact asupra traiului

familiei, securității alimentare și mediului în comparație cu animalele și culturile. În
Insectele ca ingrediente alimentare durabile: producție, procesare și aplicații alimentare;
searchmenu
Dossey, A.T., Morales-Ramos, J.A., Guadalupe Rojas, M., Eds.; Presa academică: San
Diego, CA, SUA, 2016; pp. 61–84. Google Academic
title=Edible+Insects+Farming:+Efficiency+and+Impact+on+Family+Livelihood,+Foo
d+Security,+and+Environment+Compared+with+Livestock+and+Crops&author=Ga
hukar,+R.T.&publication_year=2016&pages=61%E2%80%9384)]
7. van Huis, A.; Oonincx, D.G.A.B. Durabilitatea mediului a insectelor ca hrană și furaj. Un
 comentariu. Agron. Susține. Dev. 2017, 37, 43. [< a i=6>Google Scholar] [CrossRef 
(https://doi.org/10.1007/s13593-017-0452-8)]
title=The+environmental+sustainability+of+insects+as+food+and+feed.+A+review&
author=van+Huis,+A.&author=Oonincx,+D.G.A.B.&publication_year=2017&journal=
Agron.+Sustain.+Dev.&volume=37&pages=43&doi=10.1007/s13593-017-0452-8)
(https://doi.org/10.1007/s13593-017-0452-8)
8. Grau, T.; Vilcinskas, A.; Joop, G. Agricultura durabilă a viermilor de făină Tenebrio molitor
pentru producția de alimente și furaje. Z. Naturforsch C 2017, 72, 337–349. [Google
Scholar (https://scholar.google.com/scholar_lookup?
title=Sustainable+farming+of+the+mealworm+Tenebrio+molitor+for+the+productio
n+of+food+and+feed&author=Grau,+T.&author=Vilcinskas,+A.&author=Joop,+G.&p
ublication_year=2017&journal=Z.+Naturforsch+C&volume=72&pages=337%E2%80
%93349&doi=10.1515/znc-2017-0033&pmid=28525347)] [CrossRef
(https://doi.org/10.1515/znc-2017-0033)] [PubMed
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28525347)]
9. Franco, A.; Salvia, R.; Scieuzo, C.; Schmitt, É.; Russo, A.; Falabella, P. Lipide din insecte
în cosmetică și pentru produse de îngrijire personală. Insecte 2021, 13, 41. [Google
title=Lipids+from+insects+in+cosmetics+and+for+personal+care+products&author
=Franco,+A.&author=Salvia,+R.&author=Scieuzo,+C.&author=Schmitt,+%C3%89.&a
uthor=Russo,+A.&author=Falabella,+P.&publication_year=2021&journal=Insects&v
olume=13&pages=41&doi=10.3390/insects13010041&pmid=35055884)] [CrossRef
(https://doi.org/10.3390/insects13010041)] [ PubMed
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/35055884)] Inapoi susTop
10. Sönmez, E. Efectul diferitelor perioade de depozitare la rece asupra cantității totale de
lipide a larvelor Tenebrio molitor (coleoptere: Tenebrionidae). J. Anatol. Mediul. Anim. Sci.
2021, 6, 449–455. [Google Scholar (https://scholar.google.com/scholar_lookup?
searchmenu
title=The+effect+of+different+cold+storage+period+on+total+lipid+amount+of+Tene
brio+molitor+
(coleoptera:+Tenebrionidae)+larvae&author=S%C3%B6nmez,+E.&publication_year
=2021&journal=J.+Anatol.+Environ.+Anim.+Sci.&volume=6&pages=449%E2%80%9
3455&doi=10.35229/jaes.970307)] [CrossRef (https://doi.org/10.35229/jaes.970307)]
11. Losey, J.E.; Vaughan, M. Valoarea economică a serviciilor ecologice furnizate de insecte.
BioScience 2006, 56, 311–323. [Google Scholar
 (https://scholar.google.com/scholar_lookup? 
title=The+economic+value+of+ecological+services+provided+by+insects&author=
Losey,+J.E.&author=Vaughan,+M.&publication_year=2006&journal=BioScience&vol
ume=56&pages=311%E2%80%93323&doi=10.1641/0006-
3568(2006)56%5B311:TEVOES%5D2.0.CO;2)] [CrossRef
(https://doi.org/10.1641/0006-3568(2006)56[311:TEVOES]2.0.CO;2)]
12. Scudder, G.G. Importanța insectelor. În Biodiversitatea insectelor; Foottit, R.G., Adler,
P.H., Eds.; JohnWiley & Fii: Hoboken, NJ, SUA, 2017; pp. 9–43. Google Academic
title=The+Importance+of+Insects&author=Scudder,+G.G.&publication_year=2017&
pages=9%E2%80%9343)]
13. Noriega, J.A.; Hortal, J.; Azcárate, F.M.; Berg, M.P.; Bonada, N.; Briones, M.J.; Del Toro,
I.; Goulson, D.; Ibanez, S.; Landis, D.A.; et al. Tendințele de cercetare în serviciile
ecosistemice oferite de insecte. Aplicație de bază Ecol. 2018, 26, 8–23. [Google Scholar
title=Research+trends+in+ecosystem+services+provided+by+insects&author=Nori
ega,+J.A.&author=Hortal,+J.&author=Azc%C3%A1rate,+F.M.&author=Berg,+M.P.&a
uthor=Bonada,+N.&author=Briones,+M.J.&author=Del+Toro,+I.&author=Goulson,+
D.&author=Ibanez,+S.&author=Landis,+D.A.&publication_year=2018&journal=Basic
+Appl.+Ecol.&volume=26&pages=8%E2%80%9323&doi=10.1016/j.baae.2017.09.006)
] [CrossRef (https://doi.org/10.1016/j.baae.2017.09.006)]
Inapoi susTop
14. Saunders, M.E.; Rader, R. Serviciile ecosistemice ale insectelor. În Enciclopedia

insectelor sociale; Starr, C., Ed.; Springer: Cham, Elveția, 2020. [Google Scholar
searchmenu
title=Ecosystem+Services+of+Insects&author=Saunders,+M.E.&author=Rader,+R.&
publication_year=2020)]
15. Donkersley, P.; Ashton, L.; Lamarre, G.P.A.; Segar, S. Declinul global al insectelor este
rezultatul unui eșec politic intenționat: un plan de luptă pentru entomologie. Ecol. Evol.
2022, 12, e9417. [Google Scholar (https://scholar.google.com/scholar_lookup?
title=Global+insect+decline+is+the+result+of+willful+political+failure:+A+battle+pla
n+for+entomology&author=Donkersley,+P.&author=Ashton,+L.&author=Lamarre,+
 G.P.A.&author=Segar,+S.&publication_year=2022&journal=Ecol.+Evol.&volume=12
&pages=e9417&doi=10.1002/ece3.9417)] [CrossRef
(https://doi.org/10.1002/ece3.9417)]
16. Rubio, N.; Pește, K.; Trimmer, B.; Kaplan, D. Posibilități pentru țesutul de insecte
proiectat ca sursă de hrană. Față. Susține. Sistem alimentar 2019, 3, 24. [ Google
title=Possibilities+for+engineered+insect+tissue+as+a+food+source&author=Rubio
,+N.&author=Fish,+K.&author=Trimmer,+B.&author=Kaplan,+D.&publication_year=
2019&journal=Front.+Sustain.+Food+Syst.&volume=3&pages=24&doi=10.3389/fsuf
s.2019.00024)] [CrossRef (https://doi.org/10.3389/fsufs.2019.00024)]
17. Czekała, W. Conceptul de proiect în ulei bazat pe bioconversia subproduselor din

industria de prelucrare a alimentelor. J. Ecol. Ing. 2017, 18, 180–185. [Google Scholar
(https://scholar.google.com/scholar_lookup?title=Concept+of+in-
oil+project+based+on+bioconversion+of+by-
products+from+food+processing+industry&author=Czeka%C5%82a,+W.&publicati
on_year=2017&journal=J.+Ecol.+Eng.&volume=18&pages=180%E2%80%93185&doi
=10.12911/22998993/76211&pmid=35578829)] [CrossRef
(https://doi.org/10.12911/22998993/76211)] [PubMed
Inapoi susTop
18. Madau, F.; Arru, B.; Furesi, R.; Pulina, P. Creșterea insectelor pentru producția de furaje
și alimente dintr-o perspectivă a modelului de afaceri circular. Sustenabilitate 2020, 12,
5418. [Google Scholar (https://scholar.google.com/scholar_lookup?
searchmenu
title=Insect+farming+for+feed+and+food+production+from+a+circular+business+m
odel+perspective&author=Madau,+F.&author=Arru,+B.&author=Furesi,+R.&author=
Pulina,+P.&publication_year=2020&journal=Sustainability&volume=12&pages=5418
&doi=10.3390/su12135418)] [CrossRef (https://doi.org/10.3390/su12135418)]
19. Moruzzo, R.; Riccioli, F.; Diaz, S.E.; Secci, C.; Poli, G.; Mancini, S. Mealworm (Tenebrio
molitor): Potențialul și provocările pentru promovarea economiei circulare. Animale 2021,
11, 2568. [Google Scholar (https://scholar.google.com/scholar_lookup?
 title=Mealworm+ 
(Tenebrio+molitor):+Potential+and+challenges+to+promote+circular+economy&aut
hor=Moruzzo,+R.&author=Riccioli,+F.&author=Diaz,+S.E.&author=Secci,+C.&author
=Poli,+G.&author=Mancini,+S.&publication_year=2021&journal=Animals&volume=1
1&pages=2568&doi=10.3390/ani11092568&pmid=34573534)] [CrossRef
(https://doi.org/10.3390/ani11092568)] [ PubMed
20. Smetana, S.; Spykman, R.; Heinz, V. Aspecte de mediu ale producției în masă de insecte.
J. Hrană pentru insecte. 2021, 7, 553–571. [Google Scholar
title=Environmental+aspects+of+insect+mass+production&author=Smetana,+S.&a
uthor=Spykman,+R.&author=Heinz,+V.&publication_year=2021&journal=J.+Insects
+Food+Feed.&volume=7&pages=553%E2%80%93571&doi=10.3920/JIFF2020.0116)]
[CrossRef (https://doi.org/10.3920/JIFF2020.0116)]
21. Grigoropoulos, C.J.; Zerefos, S.; Tsangrassoulis, A.; Doulos, L.T. Produsele de iluminat ca
parte a economiei circulare și strategiile care o afectează. O privire de ansamblu asupra
literaturii. IOP Conf. Ser. Mediul Pământului. Sci. 2022, 1123, 012006. < a i=6>Google
Scholar] [CrossRef (https://doi.org/10.1088/1755-1315/1123/1/012006)]
title=Lighting+products+as+part+of+the+circular+economy+and+strategies+that+af
fect+it.+A+literature+overview&author=Grigoropoulos,+C.J.&author=Zerefos,+S.&a
uthor=Tsangrassoulis,+A.&author=Doulos,+L.T.&publication_year=2022&journal=I
OP+Conf.+Ser.+Earth+Environ.+Sci.&volume=1123&pages=012006&doi=10.1088/17
55-1315/1123/1/012006) (https://doi.org/10.1088/1755-1315/1123/1/012006)
Inapoi susTop
22. Eriksson, T.; Andere, A.A.; Kelstrup, H.C.; Emery, V.; Picard, C. Genomul viermelui galben
de făină (Tenebrio molitor): O resursă pentru insectele emergente ca industria alimentară
și a furajelor. J. Hrană alimentară pentru insecte. 2020, 6, 445–455. [Google Scholar
searchmenu
(https://scholar.google.com/scholar_lookup?title=The+yellow+mealworm+
(Tenebrio+molitor)+genome:+A+resource+for+the+emerging+insects+as+food+and
+feed+industry&author=Eriksson,+T.&author=Andere,+A.A.&author=Kelstrup,+H.C.
&author=Emery,+V.&author=Picard,+C.&publication_year=2020&journal=J.+Insects
+Food+Feed.&volume=6&pages=445%E2%80%93455&doi=10.3920/JIFF2019.0057)]
[CrossRef (https://doi.org/10.3920/JIFF2019.0057)]
23. Eleftheriou, E.; Aury, J.M.; Vacherie, B.; Istace, B.; Belser, C.; Noel, B.; Moret, Y.; Rigaud,
 T.; Berro, F.; Gasparian, S.; et al. Asamblarea la scară cromozomală a genomului 
viermelui galben de făină [versiunea 3; evaluare inter pares: 2 aprobat]. Deschideți Res.
Eur. 2022, 1, 94. [< a i=6>Google Scholar] [CrossRef
(https://doi.org/10.12688/openreseurope.13987.3)]
(https://scholar.google.com/scholar_lookup?title=Chromosome-
scale+assembly+of+the+yellow+mealworm+genome+%5Bversion+3;+peer+review:
+2+approved%5D&author=Eleftheriou,+E.&author=Aury,+J.M.&author=Vacherie,+B.
&author=Istace,+B.&author=Belser,+C.&author=Noel,+B.&author=Moret,+Y.&author
=Rigaud,+T.&author=Berro,+F.&author=Gasparian,+S.&publication_year=2022&jour
nal=Open+Res.+Eur.&volume=1&pages=94&doi=10.12688/openreseurope.13987.3)
(https://doi.org/10.12688/openreseurope.13987.3)
24. Kaur, S.; Stinson, S.A.; diCenzo, G.C. Ansambluri întregi ale genomului Zophobas morio
și Tenebrio molitor. G3 Genes|Genomes|Genet. 2023, 13 , jkad079. [Google Scholar
title=Whole+genome+assemblies+of+Zophobas+morio+and+Tenebrio+molitor&aut
hor=Kaur,+S.&author=Stinson,+S.A.&author=diCenzo,+G.C.&publication_year=202
3&journal=G3+Genes%7CGenomes%7CGenet.&volume=13&pages=jkad079&doi=1
0.1093/g3journal/jkad079)] [CrossRef (https://doi.org/10.1093/g3journal/jkad079)]
25. Johnston, J.S.; Bernardini, A.; Hjelmen, C.E. Estimarea dimensiunii genomului și
citogenetica cantitativă la insecte. Metode Mol. Biol. 2019, 1858, 15–26. Google Scholar
title=Genome+size+estimation+and+quantitative+cytogenetics+in+insects&author=
Johnston,+J.S.&author=Bernardini,+A.&author=Hjelmen,+C.E.&publication_year=2
019&journal=Methods+Mol.+Biol.&volume=1858&pages=15%E2%80%9326)]
Inapoi susTop
26. Oppert, B.; Stoss, S.; Călugăr, A.; Smith, T. Extracția optimizată a ADN-ului genomic al
insectelor pentru secvențierea cu citire lungă. Metode Protoc. 2019, 2, 89. [Google
searchmenu
title=Optimized+extraction+of+insect+genomic+DNA+for+long-
read+sequencing&author=Oppert,+B.&author=Stoss,+S.&author=Monk,+A.&author
=Smith,+T.&publication_year=2019&journal=Methods+Protoc.&volume=2&pages=8
9&doi=10.3390/mps2040089)] [CrossRef (https://doi.org/10.3390/mps2040089)]
27. Koren, S.; Walenz, B.P.; Berlin, K.; Miller, J.R.; Bergman, N.H.; Phillippy, A.M. Canu:
Asamblare cu citire lungă scalabilă și precisă prin ponderare adaptivă k-mer și separare
repetată. Genome Res. 2017, 27, 722–736. [Google Scholar
 (https://scholar.google.com/scholar_lookup? 
title=Canu:+Scalable+and+accurate+long-read+assembly+via+adaptive+k-
mer+weighting+and+repeat+separation&author=Koren,+S.&author=Walenz,+B.P.&a
uthor=Berlin,+K.&author=Miller,+J.R.&author=Bergman,+N.H.&author=Phillippy,+A.
M.&publication_year=2017&journal=Genome+Res.&volume=27&pages=722%E2%8
0%93736&doi=10.1101/gr.215087.116)] [CrossRef
(https://doi.org/10.1101/gr.215087.116)]
28. Roach, M.J.; Schmidt, S.A.; Borneman, A.R. Purge haplotigs: reatribuire contig alelic
pentru ansamblurile genomului diploid din a treia generație. BMC Bioinform. 2018, 19,
title=Purge+haplotigs:+Allelic+contig+reassignment+for+third-
gen+diploid+genome+assemblies&author=Roach,+M.J.&author=Schmidt,+S.A.&aut
hor=Borneman,+A.R.&publication_year=2018&journal=BMC+Bioinform.&volume=1
9&pages=460&doi=10.1186/s12859-018-2485-7)] [CrossRef
(https://doi.org/10.1186/s12859-018-2485-7)]
29. Putnam, N.H.; O’Connell, B.L.; Stites, J.C.; Rice, B.J.; Blanchete, M.; Calef, R.; Troll, C.J.;
Câmpii, A.; Hartley, P.D.; Sugnet, C.W.; et al. Ansamblu de pușcă la scară cromozomală
folosind o metodă in vitro pentru legarea la distanță lungă. Genome Res. 2016, 26, 342–
title=Chromosome-scale+shotgun+assembly+using+an+in+vitro+method+for+long-
range+linkage&author=Putnam,+N.H.&author=O%E2%80%99Connell,+B.L.&author
=Stites,+J.C.&author=Rice,+B.J.&author=Blanchette,+M.&author=Calef,+R.&author
=Troll,+C.J.&author=Fields,+A.&author=Hartley,+P.D.&author=Sugnet,+C.W.&public
ation_year=2016&journal=Genome+Res.&volume=26&pages=342%E2%80%93350&
Inapoi susTop
doi=10.1101/gr.193474.115)] [CrossRef (https://doi.org/10.1101/gr.193474.115)]
30. Oppert, B.; Muszewska, A.; Steczkiewicz, K.; Šatović-Vukšić, E.; Plohl, M.; Fabrick, J.A.;
Vinokurov, K.S.; Koloniuk, I.; Johnston, J.S.; Smith, T.P.L.; et al. Genomul Rhyzopertha
dominica (Fab.) (Coleoptera: Bostrichidae): Adaptare pentru succes. Gene 2022, 13, 446.
searchmenu
title=The+genome+of+Rhyzopertha+dominica+(Fab.)+
(Coleoptera:+Bostrichidae):+Adaptation+for+success&author=Oppert,+B.&author=
Muszewska,+A.&author=Steczkiewicz,+K.&author=%C5%A0atovi%C4%87-
Vuk%C5%A1i%C4%87,+E.&author=Plohl,+M.&author=Fabrick,+J.A.&author=Vinoku
rov,+K.S.&author=Koloniuk,+I.&author=Johnston,+J.S.&author=Smith,+T.P.L.&publi
cation_year=2022&journal=Genes&volume=13&pages=446&doi=10.3390/genes1303
 0446)] [CrossRef (https://doi.org/10.3390/genes13030446)] 
31. Simão, F.A.; Waterhouse, R.M.; Ioannidis, P.; Kriventseva, E.V.; Zdobnov, E.M. BUSCO:
Evaluarea ansamblului genomului și a completității adnotărilor cu ortologi cu o singură
copie. Bioinformatică 2015, 31, 3210–3212. [Google Scholar
title=BUSCO:+Assessing+genome+assembly+and+annotation+completeness+with
+single-
copy+orthologs&author=Sim%C3%A3o,+F.A.&author=Waterhouse,+R.M.&author=I
oannidis,+P.&author=Kriventseva,+E.V.&author=Zdobnov,+E.M.&publication_year=
2015&journal=Bioinformatics&volume=31&pages=3210%E2%80%933212&doi=10.1
093/bioinformatics/btv351)] [CrossRef
(https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv351)]
32. Manni, M.; Berkeley, M.R.; Seppey, M.; Zdobnov, E.M. BUSCO: Evaluarea calității datelor
genomice și nu numai. Curr. Protoc. 2021, 1, e323. [Google Scholar
title=BUSCO:+Assessing+genomic+data+quality+and+beyond&author=Manni,+M.&
author=Berkeley,+M.R.&author=Seppey,+M.&author=Zdobnov,+E.M.&publication_y
ear=2021&journal=Curr.+Protoc.&volume=1&pages=e323&doi=10.1002/cpz1.323)]
[CrossRef (https://doi.org/10.1002/cpz1.323)]
Inapoi susTop
33. Götz, S.; García-Gómez, J.M.; Terol, J.; Williams, T.D.; Nagaraj, S.H.; Nueda, M.J.;
Robles, M.; Talón, M.; Dopazo, J.; Conesa, A. Adnotare funcțională de mare performanță
și extragere de date cu suita Blast2GO. Rez. acizi nucleici 2008, 36, 3420–3435. [Google
searchmenu
Scholar (https://scholar.google.com/scholar_lookup?title=High-
throughput+functional+annotation+and+data+mining+with+the+Blast2GO+suite&a
uthor=G%C3%B6tz,+S.&author=Garc%C3%ADa-
G%C3%B3mez,+J.M.&author=Terol,+J.&author=Williams,+T.D.&author=Nagaraj,+S.
H.&author=Nueda,+M.J.&author=Robles,+M.&author=Tal%C3%B3n,+M.&author=Do
pazo,+J.&author=Conesa,+A.&publication_year=2008&journal=Nucleic+Acids+Res.
&volume=36&pages=3420%E2%80%933435&doi=10.1093/nar/gkn176)] [CrossRef
 (https://doi.org/10.1093/nar/gkn176)] 
34. Stanke, M.; Steinkamp, R.; Waack, S.; Morgenstern, B. AUGUSTUS: Un server web
pentru găsirea genelor la eucariote. Rez. acizilor nucleici 2004, 32, W309–W312.
title=AUGUSTUS:+A+web+server+for+gene+finding+in+eukaryotes&author=Stanke
,+M.&author=Steinkamp,+R.&author=Waack,+S.&author=Morgenstern,+B.&publicat
ion_year=2004&journal=Nucleic+Acids+Res.&volume=32&pages=W309%E2%80%9
3W312&doi=10.1093/nar/gkh379)] [CrossRef (https://doi.org/10.1093/nar/gkh379)]
35. Jones, P.; Binns, D.; Chang, H.Y.; Fraser, M.; Li, W.; McAnulla, C.; McWilliam, H.; Maslen,
J.; Mitchell, A.; Nuka, G.; et al. InterProScan 5: Clasificarea funcției proteinelor la scară
genomică. Bioinformatică 2014, 30, 1236–1240. [Google Scholar
(https://scholar.google.com/scholar_lookup?title=InterProScan+5:+Genome-
scale+protein+function+classification&author=Jones,+P.&author=Binns,+D.&autho
r=Chang,+H.Y.&author=Fraser,+M.&author=Li,+W.&author=McAnulla,+C.&author=M
cWilliam,+H.&author=Maslen,+J.&author=Mitchell,+A.&author=Nuka,+G.&publicatio
n_year=2014&journal=Bioinformatics&volume=30&pages=1236%E2%80%931240&d
oi=10.1093/bioinformatics/btu031)] [CrossRef
(https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu031)]
36. Ge, S.X.; Jung, D.; Yao, R. ShinyGO: Un instrument grafic de îmbogățire a setului de
gene pentru animale și plante. Bioinformatică 2020, 36, 2628–2629. [Google Scholar
(https://scholar.google.com/scholar_lookup?title=ShinyGO:+A+graphical+gene-
set+enrichment+tool+for+animals+and+plants&author=Ge,+S.X.&author=Jung,+D.
&author=Yao,+R.&publication_year=2020&journal=Bioinformatics&volume=36&pag
es=2628%E2%80%932629&doi=10.1093/bioinformatics/btz931)] [CrossRef
(https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz931)] Inapoi susTop
37. Thomas, P.D.; Ebert, D.; Muruanujan, A.; Mushayahama, T.; Albou, L.-P.; Mi, H.
PANTHER: Facand filogenetica la scara genomului accesibila tuturor. Protein Sci. 2022,
31, 822. [Google Scholar (https://scholar.google.com/scholar_lookup?
searchmenu
title=PANTHER:+Making+genome-
scale+phylogenetics+accessible+to+all&author=Thomas,+P.D.&author=Ebert,+D.&a
uthor=Muruganujan,+A.&author=Mushayahama,+T.&author=Albou,+L.-
P.&author=Mi,+H.&publication_year=2022&journal=Protein+Sci.&volume=31&pages
=822&doi=10.1002/pro.4218)] [CrossRef (https://doi.org/10.1002/pro.4218)]
38. Mi, H.; Muruanujan, A.; Huang, X.; Ebert, D.; Mills, C.; Guo, X.; Thomas, P.D. Actualizare
a protocolului pentru analiza la scară largă a genomului și a funcției genelor cu sistemul
 de clasificare Panther (v.14.0). Nat. Protoc. 2019, 14, 703–721. [Google Scholar 
(https://scholar.google.com/scholar_lookup?title=Protocol+update+for+large-
scale+genome+and+gene+function+analysis+with+the+Panther+classification+sys
tem+
(v.14.0)&author=Mi,+H.&author=Muruganujan,+A.&author=Huang,+X.&author=Ebert
,+D.&author=Mills,+C.&author=Guo,+X.&author=Thomas,+P.D.&publication_year=2
019&journal=Nat.+Protoc.&volume=14&pages=703%E2%80%93721&doi=10.1038/s4
1596-019-0128-8)] [CrossRef (https://doi.org/10.1038/s41596-019-0128-8)]
39. Hao, Z.; Lv, D.; Ge, Y.; Shi, J.; Weijers, D.; Yu, G.; Chen, J. RIdeogramă: Desenarea
graficelor SVG pentru a vizualiza și a mapa datele la nivelul genomului pe idiograme.
PeerJ Comput. Sci. 2020, 6, e251. [Google Scholar
title=RIdeogram:+Drawing+SVG+graphics+to+visualize+and+map+genome-
wide+data+on+the+idiograms&author=Hao,+Z.&author=Lv,+D.&author=Ge,+Y.&aut
hor=Shi,+J.&author=Weijers,+D.&author=Yu,+G.&author=Chen,+J.&publication_yea
r=2020&journal=PeerJ+Comput.+Sci.&volume=6&pages=e251&doi=10.7717/peerj-
cs.251)] [CrossRef (https://doi.org/10.7717/peerj-cs.251)]
40. Hipp, R.D. SQLite. 2020. Disponibil online: https://www.sqlite.org/index.html (https://w
ww.sqlite.org/index.html) (accesat la 1 februarie 2023).
Inapoi susTop
41. Novák, P.; Robledillo, L.A.; Koblížková, A.; Vrbová, I.; Neumann, P.; Macas, J. TAREAN:
Un instrument de calcul pentru identificarea și caracterizarea ADN-ului satelit din citiri
scurte neasamblate. Rez. acizi nucleici 2017, 45, e111. [Google Scholar
searchmenu
title=TAREAN:+A+computational+tool+for+identification+and+characterization+of+
satellite+DNA+from+unassembled+short+reads&author=Nov%C3%A1k,+P.&author
=Robledillo,+L.A.&author=Kobl%C3%AD%C5%BEkov%C3%A1,+A.&author=Vrbov
%C3%A1,+I.&author=Neumann,+P.&author=Macas,+J.&publication_year=2017&jour
nal=Nucleic+Acids+Res.&volume=45&pages=e111&doi=10.1093/nar/gkx257)]
[CrossRef (https://doi.org/10.1093/nar/gkx257)]
 42. Kumar, S.; Suleski, M.; Craig, J.E.; Kasprowicz, A.E.; Sanderford, M.; Li, M.; Stecher, G.;

Vii vii, S.B. TimeTree 5: O resursă extinsă pentru timpii de divergență a speciilor. Mol.
Biol. Evol. 2022, 39, msac174. [Google Scholar
title=TimeTree+5:+An+expanded+resource+for+species+divergence+times&author
=Kumar,+S.&author=Suleski,+M.&author=Craig,+J.E.&author=Kasprowicz,+A.E.&au
thor=Sanderford,+M.&author=Li,+M.&author=Stecher,+G.&author=Hedges,+S.B.&p
ublication_year=2022&journal=Mol.+Biol.+Evol.&volume=39&pages=msac174&doi=
10.1093/molbev/msac174)] [CrossRef (https://doi.org/10.1093/molbev/msac174)]
43. Oppert, B.; Chu, F.-C.; Reyna, S.; Pinzi, S.; Adrianos, S.; Perkin, L.; Lorenzen, M.
Efectele țintirii culorii ochilor la Tenebrio molitor prin interferența ARN a triptofanului 2,3-
dioxigenazei ( vermilion): Implicații pentru creșterea insectelor. Arh. Biochimie a
insectelor. Fiziol. 2019, 101, e21546. [Google Scholar
title=Effects+of+targeting+eye+color+in+Tenebrio+molitor+through+RNA+interfere
nce+of+tryptophan+2,3-dioxygenase+
(vermilion):+Implications+for+insect+farming&author=Oppert,+B.&author=Chu,+F.-
C.&author=Reyna,+S.&author=Pinzi,+S.&author=Adrianos,+S.&author=Perkin,+L.&
author=Lorenzen,+M.&publication_year=2019&journal=Arch.+Insect+Biochem.+Ph
ysiol.&volume=101&pages=e21546&doi=10.1002/arch.21546)] [CrossRef
(https://doi.org/10.1002/arch.21546)]
Inapoi susTop
44. Petitpierre, E.; Gatewood, J.M.; Schmid, C.W. ADN satelit de la gândacul Tenebrio
molitor. Experientia 1988, 44,
498–499. [Google searchmenu
Scholar
title=Satellite+DNA+from+the+beetle+Tenebrio+molitor&author=Petitpierre,+E.&aut
hor=Gatewood,+J.M.&author=Schmid,+C.W.&publication_year=1988&journal=Expe
rientia&volume=44&pages=498%E2%80%93499&doi=10.1007/BF01958925)]
[CrossRef (https://doi.org/10.1007/BF01958925)]
45. van Huis, A. Insectele comestibile sunt viitorul? Proc. Nutr. Soc. 2016, 75, 294–305.
title=Edible+insects+are+the+future?
 &author=van+Huis,+A.&publication_year=2016&journal=Proc.+Nutr.+Soc.&volume
=75&pages=294%E2%80%93305&doi=10.1017/S0029665116000069)] [CrossRef
(https://doi.org/10.1017/S0029665116000069)]
46. Martynov, A.G.; Elpidina, E.N.; Perkin, L.; Oppert, B. Analiza funcțională a cisteinei
peptidazelor din familia C1 în intestinul larvar al Tenebrio molitor și Tribolium castaneum
a>]CrossRef (https://doi.org/10.1186/s12864-015-1306-x)] [Google Scholar
title=Functional+analysis+of+C1+family+cysteine+peptidases+in+the+larval+gut+of
+Tenebrio+molitor+and+Tribolium+castaneum&author=Martynov,+A.G.&author=Elp
idina,+E.N.&author=Perkin,+L.&author=Oppert,+B.&publication_year=2015&journal
=BMC+Genomics&volume=16&pages=75&doi=10.1186/s12864-015-1306-x) , 75. [16,
2015BMC Genomics . (https://scholar.google.com/scholar_lookup?
title=Functional+analysis+of+C1+family+cysteine+peptidases+in+the+larval+gut+of
+Tenebrio+molitor+and+Tribolium+castaneum&author=Martynov,+A.G.&author=Elp
idina,+E.N.&author=Perkin,+L.&author=Oppert,+B.&publication_year=2015&journal
=BMC+Genomics&volume=16&pages=75&doi=10.1186/s12864-015-1306-x)
(https://doi.org/10.1186/s12864-015-1306-x)
47. Šatović, E.; Cvitanić, M.T.; Plohl, M. Instrumente și baze de date pentru rezolvarea
problemelor de detectare și identificare a secvențelor ADN repetitive. Perioada. Biol.
2020, 121–122, 7–14. [Google Scholar (https://scholar.google.com/scholar_lookup?
title=Tools+and+databases+for+solving+problems+in+detection+and+identification
+of+repetitive+DNA+sequences&author=%C5%A0atovi%C4%87,+E.&author=Cvitan
i%C4%87,+M.T.&author=Plohl,+M.&publication_year=2020&journal=Period.+Biol.&v
olume=121%E2%80%93122&pages=7%E2%80%9314&doi=10.18054/pb.v121-122i1-
2.10571)] [CrossRef (https://doi.org/10.18054/pb.v121-122i1-2.10571)] Inapoi susTop
48. Novák, P.; Neumann, P. Analiza globală a ADN-ului repetitiv din citirile de secvențe
neasamblate folosind RepeatExplorer2. Nat. Protoc. 2020, 15, 3745–3776. [Google
searchmenu
title=Global+analysis+of+repetitive+DNA+from+unassembled+sequence+reads+usi
ng+RepeatExplorer2&author=Nov%C3%A1k,+P.&author=Neumann,+P.&publication
_year=2020&journal=Nat.+Protoc.&volume=15&pages=3745%E2%80%933776&doi=
10.1038/s41596-020-0400-y)] [CrossRef (https://doi.org/10.1038/s41596-020-0400-y)]
49. Novák, P.; Neumann, P.; Pech, J.; Steinhaisl, J.; MacAs, J. RepeatExplorer: Un server
web bazat pe Galaxy pentru caracterizarea la nivel de genom a elementelor repetitive
eucariote din citirile de secvențe de generație următoare. Bioinformatică 2013, 29, 792–
 793. [Google Scholar (https://scholar.google.com/scholar_lookup? 
title=RepeatExplorer:+A+Galaxy-based+web+server+for+genome-
wide+characterization+of+eukaryotic+repetitive+elements+from+next-
generation+sequence+reads&author=Nov%C3%A1k,+P.&author=Neumann,+P.&aut
hor=Pech,+J.&author=Steinhaisl,+J.&author=MacAs,+J.&publication_year=2013&jo
urnal=Bioinformatics&volume=29&pages=792%E2%80%93793&doi=10.1093/bioinfo
rmatics/btt054)] [CrossRef (https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt054)]
50. Juan, C.; Gosálvez, J.; Mezzanotte, R.; Petitpierre, E. Caracterizarea citologică și
biochimică a digestiei endonucleazei in situ a Tenebrio molitor< fixat a i=4> cromozomi.
Cromozom 1991, 100, 432–438. [Google Scholar
title=Cytological+and+biochemical+characterization+of+the+in+situ+endonuclease
+digestion+of+fixed+Tenebrio+molitor+chromosomes&author=Juan,+C.&author=G
os%C3%A1lvez,+J.&author=Mezzanotte,+R.&author=Petitpierre,+E.&publication_ye
ar=1991&journal=Chromosoma&volume=100&pages=432%E2%80%93438&doi=10.1
007/BF00364553)] [CrossRef (https://doi.org/10.1007/BF00364553)]
51. Petitpierre, E.; Juan, C.; Pons, J.; Plohl, M.; Ugarkovic, D. Satellite DNA and Constitutive
Heterochromatin in Tenebrionid Beetles. În Conferința Cromozomului Kew IV; Brandham,
P.E., Bennet, M., Eds.; Grădinile Botanice Regale: Richmond, Marea Britanie, 1995; p.
351–362. Google Academic (https://scholar.google.com/scholar_lookup?
title=Satellite+DNA+and+Constitutive+Heterochromatin+in+Tenebrionid+Beetles&a
uthor=Petitpierre,+E.&author=Juan,+C.&author=Pons,+J.&author=Plohl,+M.&author
=Ugarkovic,+D.&publication_year=1995&pages=351%E2%80%93362)]
Inapoi susTop
52. Davis, C.A.; Wyatt, G.R. Distribuția și omogenitatea secvenței unui ADN satelit abundent
la gândacul, Tenebrio molitor. Rez. acizilor nucleici 1989, 17, 5579–5586. [Google
searchmenu
title=Distribution+and+sequence+homogeneity+of+an+abundant+satellite+DNA+in
+the+beetle,+Tenebrio+molitor&author=Davis,+C.A.&author=Wyatt,+G.R.&publicati
on_year=1989&journal=Nucleic+Acids+Res.&volume=17&pages=5579%E2%80%93
5586&doi=10.1093/nar/17.14.5579)] [CrossRef
(https://doi.org/10.1093/nar/17.14.5579)]
53. Juan, C.; Petitpierre, E. C-banding și conținut de ADN la șapte specii de Tenebrionidae
(Coleoptera). Genom 1989, 32, 834–839. [Google Scholar
 (https://scholar.google.com/scholar_lookup?title=C- 
banding+and+DNA+content+in+seven+species+of+Tenebrionidae+
(Coleoptera)&author=Juan,+C.&author=Petitpierre,+E.&publication_year=1989&jou
rnal=Genome&volume=32&pages=834%E2%80%93839&doi=10.1139/g89-519)]
[CrossRef (https://doi.org/10.1139/g89-519)]
54. Plohl, M.; Borstnik, B.; Lucijanić-Justić, V.; Ugarković, D. Dovezi pentru distribuția
aleatorie a variantelor de secvență în ADN-ul satelit Tenebrio molitor. Genet. Res. 1992,
60, 7–13. [Google Scholar (https://scholar.google.com/scholar_lookup?
title=Evidence+for+random+distribution+of+sequence+variants+in+Tenebrio+molit
or+satellite+DNA&author=Plohl,+M.&author=Borstnik,+B.&author=Lucijani%C4%87
-
Justi%C4%87,+V.&author=Ugarkovi%C4%87,+D.&publication_year=1992&journal=
Genet.+Res.&volume=60&pages=7%E2%80%9313&doi=10.1017/S001667230003061
5)] [CrossRef (https://doi.org/10.1017/S0016672300030615)]
55. Masumoto, H.; Masukata, H.; Muro, Y.; Nozaki, N.; Okazaki, T.A. Antigenul centromer
uman (CENP-B) interacționează cu o secvență specifică scurtă în ADN-ul alfoid, un satelit
centromer uman. J. Cell Biol. 1989, 109, 1963–1973. [Google Scholar
(https://scholar.google.com/scholar_lookup?title=Human+centromere+antigen+
(CENP-
B)+interacts+with+a+short+specific+sequence+in+alphoid+DNA,+a+human+centro
meric+satellite&author=Masumoto,+H.&author=Masukata,+H.&author=Muro,+Y.&au
thor=Nozaki,+N.&author=Okazaki,+T.A.&publication_year=1989&journal=J.+Cell+Bi
ol.&volume=109&pages=1963%E2%80%931973&doi=10.1083/jcb.109.5.1963)]
[CrossRef (https://doi.org/10.1083/jcb.109.5.1963)]
Inapoi susTop
56. Feschotte, C. Elemente transposabile și evoluția rețelelor de reglementare. Nat. Pr.

Genet. 2008, 9, 397–405.
[Google searchmenu
Scholar
title=Transposable+elements+and+the+evolution+of+regulatory+networks&author=
Feschotte,+C.&publication_year=2008&journal=Nat.+Rev.+Genet.&volume=9&page
s=397%E2%80%93405&doi=10.1038/nrg2337)] [CrossRef
(https://doi.org/10.1038/nrg2337)]
Renunțarea la răspundere/Nota editorului: Declarațiile, opiniile și datele conținute în toate publicațiile sunt exclusiv ale autorilor și
contribuitorilor individuali și nu ale MDPI și/ sau editorul(i). MDPI și/sau editorii își declină responsabilitatea pentru orice vătămare a
persoanelor sau a bunurilor care rezultă din orice idei, metode, instrucțiuni sau produse la care se face referire în conținut.
 
© 2023 de către autori. Licențiat MDPI, Basel, Elveția. Acest articol este un articol cu acces liber
distribuit în conformitate cu termenii și condițiile licenței Creative Commons Attribution (CC BY)
(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ (https://creativecommons.org/licenses/by/
4.0/)).
Distribuie și citează
 (mailto:?
&subject=From%20MDPI%3A%20%22The%20Genome%20of%20the%20Yellow%20Mealw
orm%2C%20Tenebrio%20molitor%3A%20It%26rsquo%3Bs%20Bigger%20Than%20You%2
0Think"&body=https://www.mdpi.com/2599422%3A%0A%0AThe%20Genome%20of%20th
e%20Yellow%20Mealworm%2C%20Tenebrio%20molitor%3A%20It%26rsquo%3Bs%20Big
ger%20Than%20You%20Think%0A%0AAbstract%3A%20Background%3A%20Insects%20
are%20a%20sustainable%20source%20of%20protein%20for%20human%20food%20and%
20animal%20feed.%20We%20present%20a%20genome%20assembly%2C%20CRISPR%20
gene%20editing%2C%20and%20life%20stage-
specific%20transcriptomes%20for%20the%20yellow%20mealworm%2C%20Tenebrio%20
molitor%2C%20one%20of%20the%20most%20intensively%20farmed%20insects%20worl
dwide.%20Methods%3A%20Long%20and%20short%20reads%20and%20long-
range%20data%20were%20obtained%20from%20a%20T.%20molitor%20male%20pupa.%2
0Sequencing%20transcripts%20from%2012%20T.%20molitor%20life%20stages%20result
ed%20in%20279%20million%20reads%20for%20gene%20prediction%20and%20genetic%
20engineering.%20A%20unique%20plasmid%20delivery%20system%20containing%20gui
Inapoi susTop
de%20RNAs%20targeting%20the%20eye%20color%20gene%20vermilion%20flanking%20
de%20RNAs%20targeting%20the%20eye%20color%20gene%20vermilion%20flanking%20
prima pagina
the%20muscle%20actin%20gene%20promoter%20and%20EGFP%20marker%20was%20u
sed%20in%20CRISPR%2FCas9%20transformation.%20Results%3A%20The%20assembly
%20is%20approximately%2053%25%20of%20the%20genome%20size%20of%20756.8%20
%26plusmn%3B%209.6%20Mb%2C%20measured%20using%20flow%20cytometry.%20As
searchmenu
sembly%20was%20complicated%20by%20a%20satellitome%20of%20at%20least%2011%
20highly%20conserved%20satDNAs%20occupying%2028%25%20of%20the%20genome.
%20The%20injection%20of%20the%20plasmid%20into%20embryos%20resulted%20in%2
0knock-out%20of%20Tm%20vermilion%20and%20knock-
in%20of%20EGFP.%20Conclusions%3A%20The%20genome%20of%20T.%20molitor%20is
%20longer%20than%20current%20assemblies%20%28including%20ours%29%20due%20
to%20a%20substantial%20amount%20%2826.5%25%29%20of%20only%20one%20highly
%20abundant%20satellite%20DNA%20sequence.[...])
  
(https://twitter.com/intent/tweet?
text=The+Genome+of+the+Yellow+Mealworm%2C+Tenebrio+molitor%3A+It%E2%80%99s
+Bigger+Than+You+Think&hashtags=mdpigenes&url=https%3A%2F%2Fwww.mdpi.com
%2F2599422&via=Genes_MDPI)  ( http://www.linkedin.com/shareArticle?
mini=true&url=https%3A%2F%2Fwww.mdpi.com%2F2599422&title=The%20Genome%20o
f%20the%20Yellow%20Mealworm%2C%20Tenebrio%20molitor%3A%20It%E2%80%99s%2
0Bigger%20Than%20You%20Think%26source%3Dhttps%3A%2F%2Fwww.mdpi.com%26s
ummary%3DBackground%3A%20Insects%20are%20a%20sustainable%20source%20of%
20protein%20for%20human%20food%20and%20animal%20feed.%20We%20present%20a
%20genome%20assembly%2C%20CRISPR%20gene%20editing%2C%20and%20life%20st
age-
specific%20transcriptomes%20for%20the%20yellow%20mealworm%2C%20Tenebrio%20
molitor%2C%20one%20of%20the%20most%20intensively%20%5B...%5D) 
(https://www.facebook.com/sharer.php?u=https://www.mdpi.com/2599422) 
(http://www.reddit.com/submit?url=https://www.mdpi.com/2599422)
(http://www.mendeley.com/import/?url=https://www.mdpi.com/2599422)
Stil MDPI și ACS

Opppert, B.; Dossey, A.T.; Chu, F.-C.; Šatović-Vukšić, E.; Plohl, M.; Smith, T.P.L.; Koren, S.;
Olmstead, M.L.; Leierer, D.; Ragan, G.; et al. Genomul viermelui galben de făină, Tenebrio
molitor: este mai mare decât crezi. Gene 2023, 14, 2209.
https://doi.org/10.3390/genes14122209
Stil AMA
Inapoi susTop

Oppert B, Dossey AT, Chu F-C, Šatović-Vukšić E, Plohl M, Smith TPL, Koren S, Olmstead ML,
Leierer D, Ragan G, et al. Genomul viermelui galben de făină, Tenebrio molitor: este mai mare
decât crezi. Genele. 2023; 14(12):2209. https://doi.org/10.3390/genes14122209
searchmenu
Stilul Chicago/Turabian
Oppert, Brenda, Aaron T. Dossey, Fu-Chyun Chu, Eva Šatović-Vukšić, Miroslav Plohl, Timothy P.
L. Smith, Sergey Koren, Morgan L. Olmstead, Dewey Leierer, Gail Ragan, şi şi colab. 2023.
„Genomul viermelui galben de făină, Tenebrio molitor: It’s Bigger Than You Think" Genele 14, nr.
12: 2209. https://doi.org/10.3390/genes14122209
error_outline Rețineți că din primul număr din 2016, acest jurnal folosește numere de articol în loc de
numere de pagină. Vedeți mai multe detalii aici
 
(https://www.mdpi.com/about/announcements/784).
Valorile articolului
Citate
error_outline Nu au fost găsite citate pentru acest articol, dar puteți verifica pe Google Scholar
title=The+Genome+of+the+Yellow+Mealworm%2C+Tenebrio+molitor%3A+It%26rsqu
o%3Bs+Bigger+Than+You+Think&volume=14&doi=10.3390%2Fgenes14122209&jour
nal=Genes&publication_year=2023&author=Brenda+Oppert&author=Aaron+T.+Doss
ey&author=Fu-Chyun+Chu&author=Eva+%C5%A0atovi%C4%87-
Vuk%C5%A1i%C4%87&author=Miroslav+Plohl&author=Timothy+P.+L.+Smith&autho
r=Sergey+Koren&author=Morgan+L.+Olmstead&author=Dewey+Leierer&author=Gai
l+Ragan&author=J.+Spencer+Johnston)
Inapoi susTop
searchmenu
Statistici de acces la articole
Article access statistics

2000
1500
1000
 500 
0
14 16 18 20 22 24 26 28
. De .D . De .D .D .D .D .D
c ec c ec ec ec ec ec
Article Views
Pentru mai multe informații despre statisticile revistei, faceți clic aici (/journal/genes/stats).
error_outline Solicitările multiple de la aceeași adresă IP sunt considerate ca o singură vizualizare.
Gene (/journal/genes), EISSN 2073-4425, Publicat de MDPI

RSS (/rss/journal/genes) Alertă de conținut (/journal/genes/toc-alert)
Informatii suplimentare
Taxe de procesare a articolului (/apc)

Plătiți o factură (/about/payment)
Politica de acces deschis (/openaccess)
Contactați MDPI (/about/contact)
Locuri de munca la MDPI (https://careers.mdpi.com)
Instrucțiuni
Pentru autori (/authors) Inapoi susTop

Pentru recenzori (/reviewers)
prima pagina(/)
Pentru editori (/editors)

Pentru bibliotecari (/librarians)

Pentru editori (/publishing_services)
searchmenu
Pentru Societăți (/societies)
Pentru organizatorii de conferințe (/conference_organizers)
Inițiativele MDPI
Sciforum (https://sciforum.net)
Cărți MDPI (https://www.mdpi.com/books)
Preprints.org (https://www.preprints.org)
Scilit (https://www.scilit.net)
 
SciProfiles (https://sciprofiles.com?
utm_source=mpdi.com&utm_medium=bottom_menu&utm_campaign=initiative)
Enciclopedie (https://encyclopedia.pub)
DULȚURI (https://jams.pub)
Seria Proceedings (/about/proceedings)
Urmăriți MDPI
LinkedIn (https://www.linkedin.com/company/mdpi)
Facebook (https://www.facebook.com/MDPIOpenAccessPublishing)
Stare de nervozitate (https://twitter.com/MDPIOpenAccess)
Abonați-vă pentru a primi notificări

de lansare a problemelor și buletine
informative de la revistele MDPI
selectati optiunile
Introdu adresa ta de e-mail...
Abonati-va
© 1996-2023 MDPI (Basel, Elveția) dacă nu se specifică altfel

Inapoi susTop
Disclaimer
https://www.mdpi.com/2073-4425/14/12/2209
Termeni și condiții (/about/terms-and-conditions) 48/49
Disclaimer Termeni și condiții (/about/terms and conditions)
Politica de confidențialitate (/about/privacy)

STUDIU - Genele - Text Complet Gratuit - Genomul Viermelui Galben de Făină, Tenebrio Molitor - Este Mai Mare Decât Crezi

Încărcat de

Informații document

Titlu original

Drepturi de autor

Formate disponibile

Partajați acest document

Partajați sau inserați document

Opțiuni de partajare

Vi se pare util acest document?

Este necorespunzător acest conținut?

Drepturi de autor:

Formate disponibile

STUDIU - Genele - Text Complet Gratuit - Genomul Viermelui Galben de Făină, Tenebrio Molitor - Este Mai Mare Decât Crezi

Încărcat de

Drepturi de autor:

Formate disponibile

12/27/23, 9:23 PM Genele | Text complet gratuit | Genomul viermelui galben de făină, Tenebrio molitor: este mai mare

r: este mai mare decât crezi

Jurnalele (/about/journals) Subiecte (/topics) informație (/authors) Servicii de autor

(/authors/english) Inițiative (/about/initiatives) Despre (/about)

Conecteaza-ta inscrie-te (/user/login)

Autor / Afiliere / Email

Toate tipurile de articole

Jurnalele (/about/journals) / Genele (/journal/genes) / Volumul 14 (/2073-4425/14) /

Trimiteți la acest Jurnal

Recenzie pentru acest Jurnal

Propuneți o problemă specială

Abonați-vă SciFeed (/2073-

Linkuri de informații conexe keyboard_arrow_down

Acces deschis Articol

Genomul viermelui galben de făină, Tenebrio molitor: este

Eva Šatović-Vukšić (https://sciprofiles.com/profile/818326?utm_source=mdpi.com&utm_

Timothy P. L. Smith (https://sciprofiles.com/profile/author/ZVNEOWhhVk44WGdFcE05M2

Serghei Koren (https://sciprofiles.com/profile/author/TEdLd0xwZEErTTZqUVpFZ2t5cXhT

Morgan L. Olmstead (https://sciprofiles.com/profile/3252268?utm_source=mdpi.com&ut

J. Spencer Johnston (https://sciprofiles.com/profile/author/YTRvOFdWUElQd0J3cWpxR

1 Serviciul de Cercetare Agricolă al USDA, Centrul de Cercetare a Sănătății Cerealelor și

Gene 2023, 14(12), 2209 ; https://doi.org/10.3390/genes14122209 Inapoi susTop

Descarca keyboard_arrow_down Răsfoiți cifre (https://pub.mdpi-res.com/genes/genes-14-

Versiuni Note (/2073-4425/14/12/2209/notes)

prima pagina (/) Descărcați PDF (/2073-4425/14/12/2209/pdf?version=1702520889)

Viermele galben de făină, Tenebrio molitor (Coleoptera: Tenebrionidae), este un dăunător

prima pagina (/) Descărcați PDF (/2073-4425/14/12/2209/pdf?version=1702520889)

prima pagina (/) Descărcați PDF (/2073-4425/14/12/2209/pdf?version=1702520889)

2.2. Secvențierea și asamblarea genomului

prima pagina (/) Descărcați PDF (/2073-4425/14/12/2209/pdf?version=1702520889)

prima pagina (/) Descărcați PDF (/2073-4425/14/12/2209/pdf?version=1702520889)

Tabelul 1. Metrici pentru asamblarea T. genomul molitor. Ansamblul de proiect de la

Ansamblul proiectat a fost introdus în schelele Chicago/HiRise, ceea Inapoi

prima pagina (/) Descărcați PDF (/2073-4425/14/12/2209/pdf?version=1702520889)

Figura 1. Histograma densității legăturii (stânga) și tabelul de schele de la T. molitor

Tabelul 2. Comparația T. molitor ansambluri de genom care utilizează tehnologia de

Tabelul 3. T. molitor satelitomul. Caracteristicile primare ale celor 11 satADN care

prima pagina (/) Descărcați PDF (/2073-4425/14/12/2209/pdf?version=1702520889)

prima pagina(/) Descărcați PDF (/2073-4425/14/12/2209/pdf?version=1702520889)

Figura 2. TmSat8 găsit în ordinele de insecte. (a) Locația hit-urilor de similaritate

3.3. Transcrieri din T. molitor Stadii de viață

prima pagina (/) Descărcați PDF (/2073-4425/14/12/2209/pdf?version=1702520889)

Figura 3. Îmbogățirea termenilor GO în transcrierile din T. molitorstadii de viață sau

3.4. Inginerie genetică Inapoi susTop

prima pagina (/) Descărcați PDF (/2073-4425/14/12/2209/pdf?version=1702520889)

Figura 4. Expresia tranzitorie EGFP în T. molitordupă microinjecție. (A) Embrion

prima pagina (/) Descărcați PDF (/2073-4425/14/12/2209/pdf?version=1702520889)

 Figura 5. Tm vermilion fenotip knock-out în diferite stadii de viață. Fenotip knock-out 

Au existat un out-cross și două grupuri de auto-încrucișări în urma examinării lui G0 și G1

prima pagina(/) Descărcați PDF (/2073-4425/14/12/2209/pdf?version=1702520889)

Figura 6. Rezultatul secvențierii Tm vermilion knock-out în G< a i=4>1 indivizi. Au

lens prima pagina

prima pagina (/) Descărcați PDF (/2073-4425/14/12/2209/pdf?version=1702520889)

prima pagina (/) Descărcați PDF (/2073-4425/14/12/2209/pdf?version=1702520889)

prima pagina (/) Descărcați PDF (/2073-4425/14/12/2209/pdf?version=1702520889)

prima pagina (/) Descărcați PDF (/2073-4425/14/12/2209/pdf?version=1702520889)

Este nevoie urgentă de identificare a surselor alternative de proteine ​pentru alimente și

Următoarele informații justificative pot fi descărcate de la: https://www.mdpi.com/article/1

Contribuții ale autorului

Acest material se bazează pe lucrări susținute de Agenția de Proiecte de Cercetare

Declarația Comisiei de revizuire instituțională

Această cercetare a fost efectuată în conformitate cu Biroul de Conformitate în Cercetare a

Declarație de consimțământ informat

Este nevoie urgentă de identificare a surselor alternative de proteine pentru alimente și