BIOCHIMIE-CURS 1-2010 1. Aminoacizi Aminoacizii au o importanta deosebita pentru organismul uman.

Acestia sunt elemente structurale de baza care intra in componenta proteinelor, compusi cu importanta biologica remarcabila. Aminoacizii au fost obtinuti din proteine prin hidroliza acida (6M HCl) a legaturilor peptidice. Primul aminoacid descoperit a fost asparagina (in radacina si tulpina sparanghelului; 1806). Ultimul aminoacid, treonina, a fost descoperit in 1938. La inceput aminoacizii au fost denumiti in functie de sursa de provenienta (asparagina din Asparagus, glutamatul din gluten si tirozina din branza-tyros-branza) sau dupa alte proprietati (Glicina-Glykos-dulce). Aminoacizii se afla in forma libera sau combinata in sange. De asemenea, aminoacizii sunt precursori ai hormonilor, purinelor, pirimidinelor, porfirinelor, vitaminelor sau aminelor cu rol fiziologic. 1.1. Structura aminoacizilor Structura tridimensionala a aminoacizilor este ilustrata in figura 1. Proprietatile aminoacizilor sunt dictate de gruparile care sunt grefate pe atomul de carbon din pozitia . La acest atom de carbon disting urmatoarele grupari: a) gruparea amino-grupare protonata (-NH3+) in conditii de pH fiziologice ; b) gruparea carboxil-grupare deprotonata (-COO-) in conditii de pH fiziologice; c) catena laterala-confera proprietati specifice aminoacizilor, fiind responsabila si de asimetria atomului de carbon din pozitia . Din cei 21 de aminoacizi existenti in proteine 20 (exceptie face aminoacidul glicina) se afla in conformarie L (Figura 1). Pana in prezent se cunosc peste 200 de aminoacizi. Unii sintre acestia apar numai in plante sau in anumite microorganisme. In natura aminoacizii exista si in conformatia D. De exemplu, D-alanina si acidul D-glutamic intra in componenta peptidelor din peretele Figura 1 bacterian. 1.2. Clasificarea aminoacizilor Aminoacizii pot fi clasificati dupa urmatoarele criterii: - prorietati chimice; - utilitatea lor in biosinteza proteinelor; - necesitatea biosintezei lor pentru organism; - implicarea lor ca substrat al gluconeogenezei. 1.2.1. Catena latera determina diferentele dintre proprietatile chimice ale aminoacizilor In functie de natura catenei laterale se disting: a) catene laterale alifatice sau aromatice nepolare: - aminoacizi alifatici: glicina, alanina, valina, leucina, izoleucina, metionina; Glicina este aminoacidul cu structura cea mai simpla, avand in catena laterala un atom de hidrogen. Alanina, valina, leucina si izoleucina au catene laterale hidrocarbonate (de la gruparea metil in alanina la gruparile butiril izomere din izoleucina si leucina).

- aromatici: fenilalanina, tirozina si triptofanul; Resturi aromatice (fenilalanina, tirozina si triptofanul) pot fi detectate prin spectroscopie in domeniul UV (250-300 nm). Aceasta proprietate este folosita in special pentru estimarea concentratiei proteinelor care contin aceste resturi sau pentru studiul impachetarii acestor macromolecule. Fluorescenta proteinelor (polimeri care au drept unitati structurale aminoacizii) este in general obtinuta prin excitarea acestor molecule la lungimi de unda mai mari de 280 nm (dat fiind faptul ca fluorescenta fenil alaninei este mai mica si maximul de absorbtie al acestui aminoacid este in jurul valorii de 260 nm se prefera excitarea la valori mai mari ale absorbantei). Proteinele absorb la 280 nm datorita triptofanului si tirozinei. In schimb, la lungime de unda mai mari de 295 nm, absorbtia este atribuita in special triptofanului. Astfel, triptofanul trebuie excitat la 295-305 nm pentru a emite. Maximele de emisie ale tirozinei si triptofanului (aminoacizi individuali) in solutie apoasa sunt 303 respectiv 348 nm.sau de fluorescenta (triptofanul desi putin abundent in proteine are proprietati fluorescente datorita nucleului indolic si tirozina).

- heterociclici: prolina (singurul aminoacid care are o grupare amino secundara)

b) catene laterale neincarcate (serina, treonina, asparagina, glutamina, cisteina, selenocisteina). Gruparile -OH (serina, treonina aminoacizi alifatici, tirozina aminoacid aromatic) pot fi implicate in legaturi de hidrogen.

Pe catena laterala mai pot fi prezente si alte grupari: -SH (cisteina),-SeH (seleno-cisteina) tioeteri (metionina), sau amidica (glutamina, asparagina). Selenocisteina este deasemenea un aminoacid codat de tripletul UGA (care este si tripletul de oprire in sinteza proteica). Acest aminoacid este mult mai reactiv decat cisteina. Inlocuirea atomului de S cu Se in unele enzime (catalizatori biochimici) determina o crestere semnificativa (cu peste 100 de ori) a vitezei de reactie. c) catene laterale incarcate: -pozitiv (lisina, arginina, histidinaimidazolul are un pKa de aprox. 7 in consecinta este deprotonat la valori ale pHului mai mari decat 7);

- negativ (gruparile carboxil aflate pe catena laterala a resturilor aspartat si glutamat ionizeaza la valori ale pKa-ului de 3,9 si 4,3 si sunt foarte polare in conditii fiziologice).

Aceste grupari sunt implicate in interactii electrostatice (punti de hidrogen, etc.) Aminoacizii cu catene laterale alifatice sau aromatice nepolare cu exceptia glicinei sunt hidrofobi, iar cei care poseda catene laterale incarcate sunt hidrofili. Aminoacizii polari care au catene laterale neincarcate au incarcari intermediare (atat hidrofobi cat si hidrofili).

1.2.2. In functie de aminoacizii care intra in compozitia proteinelor se disting: a) aminoacizi proteinogeni-aminoacizii care intra in compozitia proteinelor; b) aminoacizi neproteinogeniaminoacizii care nu intra in compozitia proteinelor: -ornitina si citrulina apar in decursul ciclului ureei; -homocisteina; -5-hidroxi-triptofan un precursor al serotoninei si un intermediar in metabolismul triptofanului; -homoserina este un intermediar al catabolismului metioninei; -taurina intra in componenta acizilor biliari; --Alanina este parte a coenzimei A.

1.2.3. Aminoacizii esentiali nu pot fi sintetizati de organismul uman Aminoacizii care nu pot fi sintetizati de organismul uman, si ca atare pot fi suplimentati prin aport alimentar, poarta denumirea de aminoacizi esentiali. Pentru organismul sunt esentiali: valina, leucina, izoleucina, fenilalanina, triptofan, lisina, Tabel 1 metionina si treonina (Tabelul 1). Ceilalti aminoacizi, pot fi sintetizati de Esentiali Neesentiali organismul uman plecand de la acizii esentiali sau prin Arginina Alanina scindarea proteinelor, si sunt denumiti neesentiali. Histidina Asparagina Aminoacizii esentiali se gasesc in proteinele vegetale si Izoleucina Aspartat animale. Compozitia in aminoacizi difera de la o Leucina Cisteina proteina la alta. Proteinele din lapte contin diverse Lisina Glutamat Metionina Glutamina proportii de aminoacizi in asa fel incat asigura o nutritie Fenil-alanina Glicina adecvata. In contrast proteinele din fasole au un continut Treonina Prolina ridicat de lisina, dar nu contin amino acizi cu sulf Triptofan Serina (metionina, cisteina si cistina). Din acest motiv este Valina Tirosina recomandata o dieta echilibrata de proteine (atat de origine vegetala cat si animala) pentru a oferi raportul optim aminoacizi esentiali / neesentiali organismului uman. Clasificarea in aminoacizi esentiali si neesentiali este relativa deoarece toti cei 20/21 aminoacizi sunt necesari pentru o buna functionare a proceselor biochimice din organism. 1.2.4. Din scheletul atomilor de carbon al unor aminoacizi poate fi sintetizata glucoza Scheletul hidrocarbonat al unor aminoacizi poate fi utilizat la sinteza glucozei. Acesti aminoacizi (cu exceptia leucinei si lisinei) se numesc aminoacizi glucogeni, iar restul aminoacizi cetogeni deoarece sunt transformati in corpii cetonici.

1.3.

Propritatile acido-bazice ale aminoacizilor

1.3.1. Aminoacizii sunt amfoliti Aminoacizii pot ceda sau accepta protoni si ca atare pot sa se comporte asemeni acizilor si bazelor (amfolit). Gruparea amino poate fi protonata: Valoarea constantei de aciditate, pKa, a acestei reactii este de 9-10,5 (in functie de catena laterala a aminoacidului). In conditii fiziologice de pH gruparea amino este protonata. Gruparea carboxil din aminoacizi poate fi deprotonata: Valoarea constantei de aciditate, pKa, pentru reactia de deprotonare a gruparii carboxil este de 1,7-2,4. Acest fapt dicteaza o incarcare negativa la valori fiziologice ale pHului. Proprietatile acido-bazice ale gruparilor din catena laterala De asemenea, grupele disociabile din catena laterala a aminoacizilor au valori ale pKului specifice si pot contribui la proprietatea de amfolit a acestora. O importanta deosebita o are nucleul imidazolic din catena laterala a histidinei (cu un pK = 6). Din acest motiv unele resturi de histidina din enzime iau parte la diverse reactii. Cisteina ionizeaza la pH bazic (pKa = 8,3) sau poate fi oxidata la cistina, acest fapt confera resturilor de cisteina un rol deosebit in impachetarea tridimensionala a proteinelor.

De asemenea, tirozina, un aminoacid aromatic, poseda o gruparea fenolica ce ionizeaza la valori mari ale pHului (pKa =10,1).

1.3.2. Punctul izoelectric Daca la valori mici ale pHului (pH1) toate grupele disociabile sunt protonate si aminoacizii sunt incarcati pozitiv la valori mari ale pHului (pH11) toate grupele functionale sunt deprotonate si grupele carboxil incarcate negativ. Exista insa si situatii in care la anumite valori ale pHului o parte din gruparea carboxil este deprotonata (reactie de echilibru), pe cand gruparea amino este protonata. Valoarea pHului la care incarcarea neta a aminoacidului este 0 poarta numele de punct izoelectric.

In cazul aminoacizilor dicarboxilici punctul izoelectric are valori mai mici comparativ cu cei monocarboxilici (pIaspartic = 2,97). In schimb, acizii diaminocarboxilici poseda puncte izoelectrice mai ridicate (pIlisina = 9,74) comparativ cu cei amino carboxilici. este intalnit in proteinele care interactioneaza cu acizii nucleici. 1.4. Derivati ai aminoacizilor 1.4.1. Modificarea catenei laterale a proteinelor. Codul genetic universal care este aproape identic in toate organismele se refera doar la cei 20 de aminoacizi standard. Exista insa si alti aminoacizi care intra in componenta unor proteine. In cele mai multe cazuri acesti aminoacizi apar datorita modificarilor pe care le sufera un aminoacid standard dupa ce lantul polipeptidic a fost sintetizat modificari posttraslationale. Cele mai comune modificari constau intr-o simpla modificare a catenei laterale:

hidroxilarea, metilarea, acetilarea carboxilarea sau fosforilarea. 4-hidroxiprolina este intalnita in proteinele din peretele celular al plantelor sau in colagen, o proteina din tesutul conjuctiv (alaturi de 5-hidroxilizina). -carboxiglutamatul, este un aminoacid gasit in protrombina (proteina implicata in coagularea sangelui) sau in alte proteine care leaga ionii de Ca2+. Metil-lisina si 3-metil-histidina, sunt aminoacid care se afla in catena proteinei miozina, din muschiul cardiac. -hidroxi-lisina are doua functii importante in colagen: serveste la atasare de zaharuri (galactoza sau glucozil-galactoza) sau joaca un rol important in stabilizarea intra sau intermoleculara (resturile de lisina sau -hidroxi-lisina sunt dezaminate oxidativ in pozitia unde formeaza grupari aldehidice, grupari care pot fi reticulate cu resturile de lisina intacte). De asemenea, pot fi atasate grupari voluminoase (lipide, carbohidrati) pe catena laterala a aminoacizilor din componenta proteinelor. Gruparile N- sau C- terminale din lanturile polipeptidice pot fi modificate chimic. Aceste modificari sunt importante pentru functia proteinelor. 1.4.2. Aminoacizi si derivati biologic activi Cei 20 de aminoacizi standard sufera adesea transformari chimice. Aceste transformari au drept rezultat obtinerea altor aminoacizi sau a unor compusi inruditi si sunt parte integranta a transformarilor care au loc in sinteza celulara sau in procesele de degradare. De asemenea, aminocizii pot fi utilizati la: transportul azotului sub forma grupelor amino, sursa de energie (in urma oxidarii) sau la comunicarea dintre celule. Alte roluri ale aminoacizilor si derivatilor acestora: - glicina, acidul -amino-butiric (AGAB, un produs rezultat prin decarboxilarea acidului glutamic), dopamina (un derivat de tirosina) sunt compusi eliberati de celula nervoasa cu scopul de a modifica comportamentul celulelor vecine (neurotransmitatori) - histamina (produsul de decarboxilare al histidinei) este un potential mediator local pentru reactiile alergice. - tiroxina (un alt derivat la tirozinei) este un hormon tiroidian (contine iod) care reduce presiunea sangvina, pulsul, temperature sau greutatea vertebratelor.

Compusi derivati de la aminoacizi cu proprietati biologice